Mikrobni biodiverzitet

Budui da su mikroorganizmi
postojali milijardu godina prije pojave
biljaka i ivotinja, ne udi da je
njihov diverzitet znatno izraeniji od
diverziteta viih organizama.

Najstariji fosili bakterija su nitaste fototrofne

bakterije za koje se smatra da su srodne
recentnim zelenim nesumpornim bakterijama
iz skupine Chloroflexus koje imaju anoksigeni
tip fotosinteze

Radi se o oblicima koji su suvie sitni da

bi se uoili bez mikroskopa, obino se
gubi iz vida da su mikrobi najzastupljenija
ivotna forma na naoj planeti, kako
biomasom, tako i po broju vrsta.
Novije procjene ukazuju da je u morima i
okeanima prisutno oko 2 miliona razliitih
bakterija, dok jedna tona tla moe da
sadri i do 4 miliona vrsta bakterija.

Prokarioti su opterasprostranjeni!

Zastupljenost mikroba
Prokarioti su i dan danas
najrasprostranjeniji organizmi na
planeti.
Broj prokariota koji u ovom trenutku
ivi na Zemlji procenjuje se na oko 5
miliona triliona triliona, to jest 5
1030, to ini oko polovinu ukupne
biomase na planeti.

U kapi vode nekoliko miliona MO

U 1 g tla vie milijardi MO

Golim okom vidimo samo mikrobne kolonije!

Umjesto mikroflora treba koristiti

termin
mikrobiota!
Mikrobiom - svi mikrobi jednog
organizma tj. ekosistem organizma

 Banke gena sadre oko 30 000 sekvenci

razliitih bakterija, dok je svega 13 000
vrsta dosad formalno opisano
U petogodinjem poduhvatu nazvanom
Projekt ljudskog mikrobioma koji je
usporeen s Projektom ljudskog genoma,
dvije stotine znanstvenika iz osamdeset
razliitih institucija je obavilo
sekvenciranje genetikog materijala
bakterija uzetih iz 250 zdravih ljudi.

 Bakterije u ljudskom organizmu po

brojnosti (100 triliona) 10 puta
nadmauju ukupan broj stanica u tijelu
(10 triliona).
Ukupna teina bakterija koje ive u
ljudskom tijelu iznosi 1.5 do 2 kg.
Iako neki od ovih mikroba uzrokuju
bolesti, 99% njih je benigno i ima i
zatitnu ulogu u naem organizmu.

60% stanica imunolokog sistema nalazi se u

crijevnom traktu.

Hologenom - genom domaina i

genomi njegovih mikroskopskih
simbionata
Bakterije su zajedno s ovjekom
prolazile kroz proces evolucije
pomaui mu pri probavi hrane,
sintezi vitamina, regulaciji
imunolokog sistema, titei ga od
tetnih bakterija, tako odravajui
zdravlje njegovog organizma.

Moderan nain ivota mijenja sastav

mikroba koji nastanjuju nae tijelo i mogao
bi prouzrokovati izumiranje mnogih od
naih mikroba prije nego to ih uope
uspijemo prouiti i razumjeti.
Iako je teko eksperimentalno dokazati,
istraivai su povezali promjene u
mikrobnim populacijama s rastuim
stopama gojaznosti, alergija, autoimunih i
drugih hroninih bolesti kod ljudi

Rije probiotik, kojom se oznaavaju

korisne bakterije, najee iz
skupine bakterija mlijenog vrenja, u
upotrebi je tek od ezdesetih godina
prologa stoljea. Unato relativno
kratkom vijeku modernog
probiotikog koncepta, danas su
probiotici u aritu interesa
znanstvenika.

Koristei saznanja dobivena prouavanjem

mikrobioma, velike su mogunosti za
postizanje novog pristupa u lijeenju
pacijenta.
Znanstvenici smatraju da e u budunosti
otkriti naine manipuliranja mikrobiomom u
cilju ponovne uspostave balansa koji je
naruen naim modernim nainom ivota.
Medicina budunosti bie PESONALIZIRANA.

PROBIOTI
CI

Tipovi bakterijskog
diverziteta

BIODIVERZITET BAKTERIJA
Diverzitet bakterija moe se izuavati sa
vie
aspekata, pa razlikujemo:
(1) Metaboliki diverzitet
(2) Strukturalni diverzitet
(3) Morfoloki diverzitet
(4) Genetiki diverzitet

Metaboliki diverzitet
Na naoj planeti postoji bezbroj mikrobiolokih nia,
to je dijelom i uzrok tako velikog metabolikog
diverziteta recentnih mikroorganizama.
Ni u jednoj drugoj skupini organizama nije tako
izraen metaboliki diverzitet kao to je kod
prokariota, jer imaju sposobnost da koriste razliite
izvore energije, ugljika i nutijenata,
Neki metaboliki procesi su jedinstveni za prokariote
(ED put razgradnje glukoze, sinteza peptidoglikana,
sinteza lipopolisaharida i teihonske kiseline,
azotofiksacija i metanogeneza).

Na osnovi izvora energije i izvora

ugljika mikroorganizmi se mogu
svrstati u etiri osnovne metabolike
grupe:
1. Fotoautotrofi,
2. Fotoheterotrofi,
3. Hemoautotrofi i
4. Hemeheterotrofi;

Strukturalni diverzitet

Ogleda se u osnovnim strukturnim

razlikama izmeu Gram-pozitivnih i
Gram-negativnih bakterija, te u
prisustvu (odsustvu) specijalnih
struktura bakterijske stanice
(endospora, glikokaliksa), rasporeda
flagela, fimbrija, pila i slino;

Mikroskopski preparati obojeni po Gramu : A. gram-negativna bakterija E. coli (debelo crijevo), B. gram
Staphylococcus epidermidis (koa) i C. gram-pozitivna bakterija Bacillus cereus (tlo)

Mikoplazme su pleomorfne
nemaju stalan oblik jer
ne posjeduju staninu
stijenku

ENDOSPORE
Oblik, promjer i poloaj endospore u stanici je
karakteristian za vrstu bakterije i predstavlja
taksonomski karakter.
Spore su loptastog ili ovalnog oblika, a njihova
veliina moe biti manja od bakterijske stanice, tako
da ne mijenja njen oblik kao kod Bacillus sp. ili su
vee od tijela bakterije i zavisno od njenog poloaja
stanica poprima oblik vretena ili reketa kao kod
Clostridium sp.
Poloaj spore u stanici moe biti centralan,
subterminalan ili terminalan.

Bacillus sp.

Oblik i poloaj
endospore

GLIKOKALIKS

Glikokaliks kompaktne grae (vrstine gela) i vrsto

priljubljen za staninu stijenku naziva se kapsula
(ahura), a ako je slabo priljubljen i fleksibilan (difuzan,
sluzav i rastresit) naziva se sluzavi sloj.

Posjedovanje glikokaliksa je genetiki determinirano svojstvo

Za bakterije koje posjeduju kapsulu koristi se termin
inkapsulirane bakterije.

Razmjetaj bieva
Stanica moe posjedovati jedan ili vie bieva, a
poznato je nekoliko tipova njihovog razmjetaja:
(1) Monotrih - jedan bi se nalazi na jednom polu
bakterije;
(2) Lofotrih - uperak bieva smjeten na
jednom polu bakterije,
(3) Amfitrih - po jedan ili vie bieva na oba pola
stanice; i
(4) Peritrih - bievi razmjeteni preko itave
stanice.

monotrih
lofotrih
amfitrih
peritrih

Morfoloki diverzitet
Odnosi se na razliite oblike i veliinu
bakterija
Osim tri osnovna oblika bakterija: bacilli,
koki i spirili, postoje i filamentozne,
zvjezdolike, kockaste i pleomorfne forme.
Izuzetna varijabilnost prokariota je
izraena i u njihovoj veliini od malih
stanica promjera
0,2 m (tzv. nanobakterije) do onih velikih
dijametra nekoliko stotina m.

Veina bakterija je dimenzija od 1 do

10 m
Npr. veliina Escherichia coli je 1 x 3
m.

Najvea poznata bakterija

Thiomargarita namibiensis
pronaena 1999. godine u okeanskim
sedimentima u Namibiji moe dosei
prenik od 0.75mm (750m).

Druga po veliini je Epulopiscium fishelsoni 80-600 m

Najmanja poznata bakterija

Francisella tularensis -prenik svega 0.2 m.

Osnovni oblik bakterijske

stanice
Kuglast (gr. coccus)
tapiast (lat. bacillus)
Spiralan (lat. spirillum)

Drugi oblici bakterijskih stanica:

Nitasti -Cyanobacteria
Oblik kvadra (arcula)
Oblik zvijezde (astra)
Filamentozne aktinomicete
Stabljiast Caulibacter
Pleomorfne nemaju stalan oblik
mikoplazme

Koki
Mogu se dijeliti u jednoj, dvije ili tri
ravnine:
Diplokoki koki u parovima
Streptokoki poredani u lanac
Tetrada - po 4 koka
Sarcina 8 stanica poredanih u kocku
Stafilokoki - formiraju grozdaste
nakupine

Bacili
Bacili se dijele samo u jednoj ravni i
to po kraoj osi a poslije diobe
stanice mogu ostati pojedinane, u
parovima (diplobacilli) ili u formi
duih ili kraih lanaca (streptobacilli).
Prelazne forme tzv. kokobacili.

Spirili
U stvari tapiaste bakterije koje su
jedanput ili vie puta uvijene oko svoje
zamiljene ose.
vibrio - bakterije savijene u obliku zareza,
spirile - krute bakterije koje imaju manji
broj zavoja
spirochete- savitljive bakterije koje imaju
vie zavoja i pokreu se pomou aksijalne
niti

Genetiki diverzitet
Komparativna analiza sekvenci 16S
rRNK izuzetno je uticala na nae
poimanje opsega genetikog
diverziteta bakterija.
Danas, kada su sekvencirani genomi
brojnih mikroba, moe se sagledati
puni opseg ovog diverziteta

 Istraivanje bakterijskog diverziteta

obino se izvodi amplifikacijom 16S
rRNK gena iz uzoraka DNK izoliranih
iz prirodnih stanita.
Sekvence se potom kompariraju kako
meusobno, tako i sa 16S rRNK
sekvencama ostalih poznatih vrsta.

 Ukoliko nema bliskog podudaranja sa

postojeim 16S rRNK sekvencama,
smatra se da testirana sekvenca
potie iz nove vrste bakterija i biljei
se u banku gena kao nekultivabilna
bakterija.
Tako se ak i u dobro istraenim
sredinama kao to su ljudska usta
stalno otkrivaju nove vrste
nekultivabilnih bakterija.

 Geni za 16S rRNK se uzimaju kao

standard, jer se smatra da su ostali
konzervirani tokom evolucije, a da
pokazuju izvjesne varijacije u
sekvenci izmeu blisko srodnih vrsta.
Meutim, problem kod primjene ovih
gena je to su esto prisutni u veem
broju kopija, pa se za uzorkovanje
specifinih populacija mogu koristiti i
drugi reprezentativni geni.