UNIVERSIDAD NACIONAL MAYOR DE SAN MARCOS

Facultad de Qumica e Ing. QUMICA

BIOQUMICA
EL AGUA
Profesor: Fred Garca Alayo, Ph.D.
Agosto 2017
 Qu es un aminocido?
Un aminocido es cualquier molcula que contiene un
grupo funcional cido y un grupo amino
Cul de las siguientes cuatro molculas no es un aminocido?
 Cul de las siguientes cuatro
molculas si es un -aminocido?
 Formas estereoqumicas de los aminocidos
Adems, con la excepcin de la glicina, en los 19
aminocidos restantes el carbono- posee 4
sustituyentes distintos y, por tanto, existen dos
ismeros pticos para estos aminocidos:
el ismero L y el ismero D
Estos ismeros son imgenes especulares entre s:
 Propiedades de los -aminocidos
Propiedades cido base
Reactividad qumica
Mtodos de cuantificacin
Separacin y anlisis de mezclas de
aminocidos
 Propiedades cido base

Dado que todos los aminocidos poseen un grupo cido (-COOH) y un

grupo bsico (-NH2), todos los aminocidos libres presentan
caractersticas cido-base. As, si nosotros titulamos un aminocido como
la glicina, observaremos lo siguiente:
cada punto de inflexin, indica la condicin en que la forma cida y la forma bsica
de un grupo qumico son equimolares.
El pH al que esto ocurre corresponde a:
-log (constante de ionizacin del cido) = pKA

(tal como lo indica la ecuacin de Hendersson-Haselbach)

La ecuacin de Henderson-Hasselbalch es una expresin utilizada
en qumica para calcular el pH de una disolucin reguladora, o tampn, a
partir del pKa o el pHb (obtenidos de la constante de disociacin del cido o
de la constante de disociacin de la base) y de las concentraciones
de equilibrio del cido o base y de sus correspondientes base o cido
conjugado, respectivamente.

donde:
S es la sal o especie bsica, y
A es el cido o especie cida
 La ecuacin implica el uso de las concentraciones de equilibrio del cido y su base
conjugada.

Aplicamos el operador matemtico ( -log10 )

E invirtiendo el cociente:
 El primer grupo en titularse es el grupo cido:
R-COOH -->R-COO- + H+
el pKA aproximado de este grupo en los aminocidos es
cercano a 2.2 y es inferior al del cido actico, esto
debido al efecto electro-atractor del grupo -amino,
que a este pH se encuentra cargado positivamente.
El segundo grupo en titularse es el grupo -amino:
R-NH3+ --> R-NH2 + H+
que posee un pKA bsico cercano a 9.8.
 En varios aminocidos, la cadena lateral tambin posee carcter cido
base y por tanto tendremos un tercer grupo ionizable.
Grupo Aminocido Estructura pKA

10.53
-amino lisina (lys, K)

12.48
guanidio Arginina (arg, R)

6.00
Imidazol Histidina (his, H)

3.86
-carboxilato Asprtico (asp, D)

4.25
-carboxilato Glutmico (glu, E)

8.33
sulfhidrilo Cistena (cys, C)
 Estos aminocidos presentan 4 especies inicas distintas y
sus curvas de titulacin poseen tres puntos de inflexin.
La posicin del punto de inflexin adicional puede
encontrarse en la porcin central de la escala de pH (como
en la histidina) o ms all del punto de titulacin del grupo
amino (como en la arginina).
Siempre que una molcula presenta dos o ms grupos
ionizables, existe un valor de pH al cual la especie inica
ms abundante posee una suma de cargas positivas y
negativas igual a cero, es decir, no posee carga elctrica
neta. Tal como ya se indicaba en la curva de titulacin de la
glicina.
 Si se analiza movimiento electrofortico de los aminocidos
a distintos valores de pH, encontraremos un valor al cual su
movilidad electrofortica es nula.
Este valor de pH corresponde a la condicin en la cual la
especie dominante es aquella que no posee carga elctrica
neta.
Este valor de pH recibe el nombre de punto isoelctrico
(pI).
El punto isoelctrico puede calcularse como el valor
promedio de los valores de pKA de los dos grupos
siguientes:
El grupo cido que al perder su protn da lugar a la especie
sin carga neta.
y
El grupo bsico que al ganar un protn da lugar a la especie
sin carga neta.
Cuando una mezcla de molculas ionizadas y con una carga elctrica neta son
colocadas en una campo elctrico, stas experimentarn una fuerza de
atraccin hacia el polo que posea carga opuesta:

As, si se deja transcurrir un cierto tiempo las molculas

cargadas positivamente se desplazarn hacia el ctodo (el polo negativo) y
aquellas cargadas positivamente se desplazarn hacia el nodo (el polo
positivo).
El movimiento de las molculas est gobernado tambin por dos fuerzas
adicionales; por un lado, la friccin con el solvente dificultar este movimiento
(es decir, al moverse los solutos chocarn con las molculas de solvente que
estn en su camino), lo que genera una fuerza que se opone al movimiento; por
otro lado, las molculas tienen a moverse en forma aleatoria (movimiento
browniano) debido a que poseen energa cintica propia.
Esto se denomina difusin y sigue la llamada ley de Fick. La energa cintica de
las molculas aumenta con la temperatura, por ello a mayor temperatura mayor
difusin.
La suma de todas estas fuerzas provoca que las molculas no migren de una
manera homognea, de tal manera que, si la molculas son colocadas en un
cierto lugar de la solucin, los iones comenzarn a moverse formando
un frente cuya anchura aumentar con el tiempo

Para reducir la anchura de este frente podemos reducir el movimiento de las

molculas empleando un medio que oponga ms resistencia a dicho movimiento.
Una forma comn de hacer esto es formar un gel. El gel consiste de un polmero
soluble de muy alto peso molecular que atrapa molculas de agua y forma un
tamiz molcular que dificulta el movimiento de los solutos.
Consecuentemente, la migracin electrofortica de las molculas ser ms lenta, pero el
ensanchamiento del frente se ver reducido tambin. Si ahora aumentamos la intensidad
del campo elctrico, podemos acelerar la migracin molecular, pero no por ello variar la
difusin y nuestro frente migrar de un modo cada vez ms compacto.
As, podemos mejorar la definicin del frente aumentando la diferencia de potencial
entre los polos y esto estar limitado tan slo la capacidad de la solucin para disipar el
calor generado por el paso de la corriente elctrica.
Esto ltimo, debido a que si el calor se acumula se puede hacer hervir a la solucin, e
incluso descomponer el gel y/o los solutos.

La presencia del gel tiene una consecuencia adicional, ya que aquellas molculas de
mayor tamao hallarn mayor resistencia al avanzar a travs de los poros del gel que
aquellas molculas pequeas. Por lo tanto, la friccin que se observa durante el
movimiento electrofortico en un gel depende de la masa y la forma de la molcula, en
adicin a su carga elctrica.
Aunque el solvente puede, por si solo, producir una friccin diferente sobre diversas
molculas, su efecto es muy poco apreciable cuando no existe el entramado del gel.
 Reactividad qumica
Los 20 L--aminocidos naturales poseen un grupo cido que puede sufrir
las reacciones caractersticas de los cido carboxlicos, por ejemplo:

tambin poseen un -amino que el un nucle filo reactivo y puede reaccionar con
electrfilos, entre otros diversos compuestos carbonlicos, por ejemplo:
 Adems de ello, los grupos R de los aminocidos
son diversos, por lo que pueden reaccionar de
varias maneras.
As, aminocidos como al cido asprtico y el
cido glutmico poseen un segundo cido
carboxlico, la lisina, posee un segundo grupo
amino.
Adems, otros aminocidos con grupos laterales
reactivos son: la cistena (-SH), la arginina
(guanidio), la histidina (imidazol), la serina, la
treonina y la tirosina (alcoholes), la asparagina y
la glutamina (amidas), la metionina (un tioeter) y
el triptofano (indol).
 La reactividad de estos grupos funcionales ha sido
aprovechada de diversas maneras en el estudio y
anlisis de la protenas.
Como un ejemplo, se menciona el caso de las lisinas,
que reaccionan con aldehdos (carbonilo) para formar
bases de shift, esto se ha aprovechado para producir un
papel aldehdico, al que las protenas se unen
covalentemente, lo que permite fijarlas para su estudio.
Tambin es posible hacer reaccionar las cistenas o las
lisinas con diversos grupos qumicos reactivos
presentes en resinas, con lo que es posible unir
protenas a materiales para columnas de cromatografa
y fabricar columnas con enzimas inmovilizadas,
anticuerpos y receptores estereoselectivos para
ligandos especficos.
 Mtodos de cuantificacin
Los aminocidos pueden cuantificarse mediante la reaccin del
grupo -amino con ninhidrina. Este compuesto reacciona
rpidamente con el grupo amino, lo oxida y libera amonio, el cual se
condensa con la ninhidrina reducida y con otra molcula de
ninhidrina para producir un aducto prpura.
 Otros mtodos de cuantificacin se basan en la
reaccin del grupo amino con un cloruro de
cido unido al anillo fluorescente del dansilo
(vease reacciones de grupos amino), la amida
resultante puede cuantificarse por su
fluorescencia.
 Una tercera aplicacin de la reactividad de los
restos laterales de los aminocidos est en
identificar el tipo de aminocidos involucrados
directamente en cierta funcin de una protenas.
As. por ejemplo, si un residuo de cistena
participa en el reconocimiento de un ligando
especfico, al modificar este residuo con metil-
metano-tiosulfonato, la protena pierde su
actividad biolgica.
En cambio, si el metil-metano-tiosulfonato se
aade cuando el ligando est presente, la
presencia del ligando protege a la cistena con la
que interacta y evita la prdida de la funcin.
En medio fuertemente alcalino los grupos peptdicos de los polipptidos pasan a la forma enlica, en la que
interaccionan con el ion Cu2+, formando el complejo coloreado de biuret, aproximadamente de la siguiente
estructura:
R O

CH C N CH C N CH
R O- R

Cu

R O R
CH C N CH C N CH
R O-

Al principio, como resultado de la interaccin del aminocido con la

ninhidrina, se forma la base de Shiff. Luego de la reagrupacin se descarboxila
y descompone a aldehdo y aminodicetohidrindeno.
O H2O O

Reagrupacin
O + HN CH COOH N CH COOH
2

R R
O O
Base de Shiff
O
O
CO2 O
H
H O
H
Disociacin + R
N C COOH C H
Descarboxilacin N CHR
R NH2
O
O
O Aldehdo
Dicetohidrindamina
 El compuesto aminodicetohidrindeno se condensa con una molcula ms
de ninhidrina, y el compuesto obtenido enolizndose, pasa a una forma
coloreada azul-violeta denominada Prpura de Rhueman:
O O H2O O O

H H
+ O N
NH2

O O O O

O O O O

N N + H+

-
OH O O O
Azul-violeta de Ruemann

En presencia de solventes orgnicos (acetona, etanol, piridina, etc.), en los que

comnmente se prepara la solucin de ninhidrina, ocurre la siguiente reaccin:
El producto de esta reaccin contiene en su composicin el radical (R) del
aminocido inicial, el cual determina los diferentes colores de los compuestos
(celeste, rojo, etc.) que se forman por la reaccin de los aminocidos con la
ninhidrina O
-
O O O
H

N CH CH2 R + O N + H2O

O CH
O O- O
CH

R
a. Reaccin xantoproteica sobre el anillo aromtico de aminocidos cclicos

O
OH OH O O ONa
O2N NO2 O2N N O2N N O
O
+ 2 HNO3 + NaOH
- 2 H2O - H2O

CH2 CH2 CH2 CH2

H2N C COOH H2N C COOH H2N C COOH H2N C COOH
H H H H
Tirosina Dinitrotirosina Forma quinoidea Sal de sodio de la
de dinitrotirosina estructura quinoidea
(color amarillo) de dinitrotirosina
(color anaranjado)

b. Reaccin de Milln sobre la tirosina

OH OHg
NO
2+
Hg ; HNO3
+ HgNO2 + H 2O

CH 2 CH 2
H 2N C COOH H 2N C COOH
H H
Tirosina Compuesto de mercurio
de nitrosotirosina
Reaccin de Milln sobre la tirosina

OH OHg
NO
2+
Hg ; HNO3
+ HgNO2 + H 2O

CH 2 CH 2
H 2N C COOH H 2N C COOH
H H
Tirosina Compuesto de mercurio
de nitrosotirosina
Reaccin de Hopkins-Cole (Adamkiewicz) sobre triptfano

O H2SO4 O
HOOC C
H
CO2 + H C
H
cido glioxlico Formaldehdo

COOH COOH COOH COOH

H2N CH HC NH2 H2N CH HC NH2
CH2 CH2 CH2 CH2

O H2SO4
+ + CH2 + H2O
C N N
N H H N
H H H H

Triptofano Triptofano bis-2-triptofanilmetano

 Reacciones de coloracin de la prolina.

O O

+
O + HN N + CO2 + H 2O

-
O COOH O COOH

Ninhidrina Prolina compuesto de color amarillo

 Reaccin de Foly sobre aminocidos que contienen
azufre dbilmente unido (cistena, cistina).

H2C SH H2C OH
HC NH2 + 2 NaOH HC NH2 + Na 2S + H 2O

COOH COOH
Cistena Serina

Pb(CH3COO)2 + 2 NaOH Pb(OH)2 + 2 CH3COONa

Pb(OH)2 + 2 NaOH Na 2PbO2 + 2 H2O

Na 2S + Na 2PbO2 + H2O PbS + 4 NaOH

Color negro
 Adems, las propiedades qumicas de los aminocidos
ciertamente son aprovechadas por los sistemas vivos para
realizar diferentes funciones
La reactividad de los Grupos R de los aminocidos y las funciones de las
protenas en los seres vivos.
Los grupos R de muchos aminocidos poseen elevada reactividad qumica, lo que
les permite ser utilizados por los seres vivos para diversas funciones:

Formacin de enlaces laterales de disulfuro.

El grupo R de las cistenas sufre reacciones de oxidorreduccin que dan lugar a la
formacin de enlaces de disulfuro.
Estos enlaces su forman entre dos cistenas y pueden por lo tanto unir
covalentemente dos polipptidos o dos regiones del mismo polipptido entre si:
 Fosforilacin de residuos de serina, treonina y tirosina.
Los alcoholes de los grupos R de las serinas, treoninas y tirosinas pueden formar
steres con el cido fosfrico para dar lugar a protenas fosforiladas.
La protena fosforilada posee diferente carga elctrica y sus propiedades
biolgicas son a menudo distintas.
En muchos casos una de las formas (ya sea la fosforilada o la no fosforilada) es
incativa mientras que su contraparte presenta actividad in vivo, de este modo la
clula puede "prender o apagar" una actividad biolgica.
 Las encargadas de fosforilar a las protenas son enzimas que se denominan
cinasas de protenas y en general seleccionan slo uno o unos pocas de
entre todos los residuos de la protena que poseen -OH.
(identificacin de sitios de fosforilacin en fosfoprotenas)

Glicosilacin de residuos de Serina, treonina.

Las protenas pueden tambin ser modificadas en forma natural mediante la adicin
de cadenas laterales de carbohidratos. Esta modificacin aade solubilidad al
polipptido y le dota de sitios que sirven como etiquetas para el reconocimiento de
la molcula, ya sea dentro de la clula que produjo la protena, o por otra clula a la
que se le envia dicha protena. Las protena con carbohidratos aadidos en Serina o
treonina se dice que estn o-glicosiladas, en tanto que las modificadas en
asparagina se dice que estn N-glicosiladas.
 Un caso especial de glicosilacin lo constituyen las
glicosilaciones en aminocidos modificados,
especficamente la 4-hidroxi-prolina y la 5-
hidroxilisina.
Esta modificacin est presente por ejemplo en la
colgena, protena estructural que da firmeza a los
tejidos y cuya formacin requiere de cido ascrbico
(vitamina C), mismo que es empleado en la
hidroxilacin de las lisinas y prolinas de esta protena.
De ah que los individuos con deficiencia de vitamina C
presenten sangrado de las encas, cada del pelo y otras
alteraciones en tejidos sujetos a continuo desgaste
Separacin y anlisis de mezclas de aminocidos
A menudo se tienen mezclas de aminocidos que se desean
analizar. Antes de poder cuantificar estas mezclas es
necesario separarlas. Tres mtodos de separacin han sido
frecuentemente empleados en los laboratorios:
Cromatografa de capa fina. Este mtodo se basa en la
separacin de las molculas adsorbidas a una capa muy delgada
de gel de slice, mediante el flujo de una columna de solvente
que se deja ascender mediante capilaridad. La separacin se
realiza en base a la polaridad de las molculas y la mezcla de
solventes ms empleada ha sido butanol:agua:ac. actico (4:1:1,
 Cromatografa lquida en columnas de intercambio
aninico.
En este caso, los aminocidos se hacen pasar por una
columna de resina con un grupo catinico.
Los aminocidos, segn su carga se van a unir a la
columna y luego, mediante un cambio gradual en el pH
del solvente que se aplica a la columna, se va eluyendo
cada aminocido a un pH distinto (segn su punto
isoelctrico).
Como algunos aminocidos son ms difciles de separar
que otros, a menudo es necesario emplear una columna
corta para separar un grupo de aminocidos y una
columna larga para separar los aminocidos restantes
 Cromatografa lquida de alta resolucin en columnas de fase reversa.
Este mtodo consiste en aplicar los aminocidos disueltos en una fase
acuosa acidificada a una columna de slice unida a una cadena
hidrocarbonada. Los aminocidos, segn su polaridad se van a unir a la
columna y entonces el eluyente se mezcla gradualmente con cantidades
cada vez mayores de un solvente menos polar que el agua.
Los aminocidos van siendo lavados de la columna conforme la polaridad
del solvente baja lo suficiente
La cromatografa en fase reversa (RPC) permite separar molculas en base
a su polaridad. El principio de la cromatografa en fase reversa es semejante
al de la cromatografa en capa fina. Sin embargo, aqu la fase estacionaria
es de partculas de slica qumicamente modificadas con hidrocarburos
saturados, insaturados o aromticos de diferentes tipos. Esto convierte a la
fase estacionaria en una matriz apolar. Por lo tanto, para este tipo de
cromatografas se emplean mezclas de solventes polares, tales como agua,
acetonitrilo, acetato de etilo, acetona y alcoholes alifticos.
 En virtud de lo anterior, este tipo de cromatografa ha
sido tambin llamada como cromatografa de
interaccin hidrofbica (HIC). En general, este ltimo
trmino se ha empleado para referirse a las aplicaciones
en las que se emplean substituyentes y matrices
compatibles con fluidos biolgicos.
Por tanto, el termino HIC es comn cuando se habla de
purificacin de protenas y carbohidratos, en tanto que
RPC es ms empleado para referirse a la separacin de
molculas en sistemas que son inadecuados para la
separacin de macromolculas biolgicas.
 Las molculas se retienen en la columna en virtud de las
interacciones hidrofbicas que establecen con la slica modificada.
Aunque, las interacciones hidrofbicas son en general bastante
dbiles, son tambin a menudo muy numerosas y para elur las
molculas es casi siempre necesario disminuir la polaridad del
disolvente; para ello se puede substituir el agua de la fase mvil con
un solvente orgnico cuya concentracin se va aumentando
gradualmente.
Debido a diversas limitaciones prcticas de la cromatografa de capa
fina en fase reversa, entre las que destaca el costo de usar placas no
reutilizables de una matrz difcil de sintetizar, la cromatografa en
fase reversa ha sido adaptada para el uso de columnas. La
versatilidad y eficiencia de este tipo de cromatografa se ha visto
incrementada con el uso de sistemas de alto desempeo (HPLC, del
ingls "High Performance Liquid Chromatography") que utilizan
alta presin para mejorar la resolucin y reducir los tiempos de
separacin.
Los sistemas de alto desempeo pueden tambin emplearse en otros
tipos de cromatografas, de manera que para referirse a la
cromatografa en fase reversa en sistemas de alto desempeo se
emplea la abreviatura HPLC-RPC. Tambin
 A la salida de la columna se coloca un detector (generalmente de absorcin
ultravioleta o de fluorescencia) y si se desea recuperar las molculas que eluyen de
la columna, se requiere un colector. En el anlisis y la cuantificacin de
aminocidos, la recuperacin de la muestra es innecesaria; pero cuando se separan
pptidos producto de la fragmentacin de una protena para propsitos de
secuenciacin, el colector es indispensable.
En los sistemas modernos la formacin del gradiente de acetonitrilo y el anlisis de
la informacin obtenida se realizan mediante una computadora acoplada al equipo;
lo que permite estandarizar la cromatografa, identificar la naturaleza los picos
eludos y cuantificar su contenido.
Un cromatograma tpico luce como sigue: