T - F 3D Struktura Proteina

Univerzitet u Tuzli Tehnoloki fakultet Tuzla
Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi
1. Aminokiselinska sekvenca odreuje trodimenzionalnu

strukturu proteina.
2. Funkcija proteina zavisi od njegove strukture.
3. Jedan izolovani protein ima jedinstvenu ili priblino
jedinstvenu strukturu.
4. Najvanije veze koje stabiliziraju strukturu proteina su
nekovalentne interakcije.
5. Izmeu velikog broja jedinstvenih proteinskih struktura
moemo prepoznati neke zajednike strukturne uzorke koji
nam pomau da organiziramo nae razumijevanje proteinske
arhitekture.
Struktura
globularnog
proteina
himotripsina.
Radi usporedbe
veliine desno je
prikazana molekula
glicina.
Raspored atoma u prostoru zove se konformacija.

Mogua konformacija proteina ukljuuje bilo koje
strukturno stanje bez cijepanja kovalentnih veza.
Konformacija koja prevladava u odreenim uslovima
obino je termodinamiki najstabilnija, ima najmanji
sadraj Gibbsove slobodne energije.
Nativni proteini su proteini u svojoj funkcionalnoj
svijenoj konformaciji.
Stabilnost proteina se moe definirati kao tenja proteina

da odri nativnu konformaciju.
Odreeni polipeptidni lanac moe teoretski poprimiti
bezbroj konformacija.
Konformacijska entropija i vodikove veze nastoje da
odre nesvijeno stanje proteina.
Disulfidne veze i slabe interakcije stabiliziraju nativnu
konformaciju.
Slabe interakcije su zbog svoje brojnosti dominantna
stabilizirajua snaga u strukturi proteina.
Corey i Pauling 30-tih godina 20. vijeka analizirali

peptidnu vezu.
Atomi asocirani na peptidnu vezu su koplanarni.
Postoji rezonanca ili parcijalna podjela dva para
elektrona izmeu oksigena u >C=O i nitrogena u
>NH grupi.
Usljed rezonancije peptidna veza ima karakter dvostruke

veze i usljed toga ne moe rotirati. Rotacija je mogua
oko N-C i C-C.
Planarne peptidne grupe. C-atomi susjednih aminokiselina razdvojeni su

sa tri kovalentne veze.
Kima polipeptidnog lanca je serija rigidnih povrina koje se izmjenjuju sa
takom rotacije oko C.
Uglovi izmeu N-C oznaen je kao (fi), a izmeu C-C (psi).
Dozvoljene
vrijednosti za
i mogu se
odrediti iz
Ramachandran
dijagrama.
Ramachandran
dijagram za ostatke
L-alanina.
Termin sekundarna struktura odnosi se na prostornu

organizaciju polipeptidnog lanca.
Jo 1951. god. Pauling i Corey predvidjeli su postojanje
sekundarne strukture proteina, nekoliko godina prije nego
to je prva struktura proteina potpuno razjanjena.
Desni alfa-heliks.
Povrine rigidnih
peptidnih veza
paralelne su sa
uzdunom osom
heliksa. Uzduna osa
prikazana je kao
vertikalni tap.
U svim proteinima
nalazi se desni alfa-
heliks.
Jedinica koja se
ponavlja je jedan
okret heliksa duine
0,54 nm i sadri 3,6
aminokiselinskih
ostataka.
Hidrogenske veze se
formiraju izmeu
hidrogen atoma >NH
grupe jedne
aminokiseline i
oksigen atoma iz
>C=O grupe 4.
aminokiseline prema
N-terminusu.
Alfa-heliks prikazan
odozgo prema dole.
R grupe su prikazane
kao purpurne lopte
okrenute su prema
vani u odnosu na
heliksnu kimu.
Jednostavni metod
za odreivanje desne
i lijeve uzvojnice.
Elektrini dipol
peptidne veze prenosi
se du alfa-heliksa
preko unutarlananih
hidrogenskih veza.
Rezultat je heliksni
dipol.
Stabilnost heliksa zavisi od aminokiselinske sekvence.

Veliki blok Glu destabilizira uzvojnicu.
Veliki blok Arg ili Lys destabilizira uzvojnicu.
Pro ili Gly ograniavaju formiranje uzvojnice. Pro uvodi destabilizirajue
petlje u alfa-uzvojnicu.
Usljed zavoja kritine interakcije se odigravaju izmeu AK ostataka
meusobno udaljenih za 3 ili 4 AK ostatka s obje strane.
Negativno nabijene AK u blizini amino terminusa stabiliziraju uzvojnicu i
vice versa.
Negativno nabijene AK u blizini karboksi terminusa destabiliziraju

uzvojnicu i vice versa.
Na stabilnost alfa heliksa utie veliina i tip susjednih R-skupina.
R-ostaci se mogu elektrostatski privlaiti ili odbijati.
Beta-konformacija
polipeptidnih lanaca
-antiparalelna
Organizira polipeptidne
lance u ravne povrine.
Kima polipeptidnog
lanca prua se u cik-cak
strukturi.
Polipeptidni lanci se
smjetaju jedan do
drugog i obrazuju serije
nabora.
Vodikove veze se
formiraju izmeu
susjednih segmenata
polipeptidnih lanaca.
R grupe susjednih AK
stre iz cik-cak
strukture u suprotnim
smjerovima.
U globularnim proteinima 1/3 aminokiselina nalazi se u

okretima ili petljama u kojima polipeptidni lanac mijenja
smjer.
Vani elementi koji spajaju sukcesivne nizove alfa heliksa
ili beta konformacije.
Okret sadri 4
aminokiselinska
ostatka.
Struktura beta-okreta.
Cis izomer prolina esto se javlja u beta-okretima.

Sekundarne strukture
imaju karakteristine
uglove veza i
aminokiselinski sastav.
Ramachandran
dijagram za razliite
strukture.
Relativna
vjerovatnoa
javljanja
pojedinih
aminokiselina u
tri osnovna tipa
sekundarne
strukture.
Cjelokupni trodimenzionalni aranman svih

atoma u proteinu predstavlja tercijernu strukturu
proteina.
Neki proteini sadre dva ili vie polipeptidnih
lanaca koji mogu biti identini ili razliiti.
Aranman takvih proteinskih podjedinica u
trodimenzionalnim kompleksima predstavlja
kvaternernu strukturu.
Prilikom razmatranja viih nivoa strukture

korisno je klasificirati proteine u 2 glavne
grupe
1. Fibrilarne proteine i
2. Globularne proteine
Fibrilarni proteini sadre polipeptidne lance
organizirane u duge niti ili povri, dok
globularni proteini sadre polipeptidne lance
svijene u globularni ili sferni oblik.
Fibrilarni proteini se uglavnom sastoje od jednog

tipa sekundarne strukture. Slue za potporu,
daju oblik i vanjsku zatitu kimenjaka.
Globularni proteini esto sadre nekoliko tipova
sekundarne strukture. U ovu grupu spadaju
enzimi, regulatorni proteini, transportni
proteini i dr.
Fibrilarni proteini (skleroproteini) su prilagoeni

za strukturnu funkciju.
Sastavljeni su od bazinih jedinica-jednostavnog
ponavljajueg elementa sekundarne
strukture.
Netopivi su u vodi usljed visoke koncentracije
hidrofobnih aminokiselina.

Alfa-keratin se nalazi u sisara i ini najvei dio suhe

teine kose, vune noktiju, kandi, bodlji, papaka i
vanjskog dijela koe.
Alfa-keratin je lan velike familije proteina koji se zovu
proteini intermedijernog filamenta (IF).
Alfa-keratinski heliks je desno orijentiran. Dva heliksa
su umotana jedan oko drugog i ine superuzvojnicu
koja je lijevo orijentirana. Dva lanca superheliksa su
paralelna i povezana su preko hidrofobnih ostataka.
Dva lanca superheliksa su paralelna i povezana su preko

hidrofobnih ostataka.
Struktura kose. etiri protofibrila (32 lanca alfa-keratina)

kombiniraju se u intermedijerni filament.
Jaina fibrilarnih proteina poveava se kovalentnim

poprenim vezivanjem polipeptidnih lanaca unutar
multiheliksnih snopova i izmeu susjednih lanaca u
supramolekularnom rasporedu.
U alfa-keratinu poprene disulfidne veze stabiliziraju
kvaternernu strukturu.
Popreni presjek
kose.
Trajna ondulacija predstavlja biohemijski inenjering.

KOLAGEN
Daje vrstinu strukturama. Nalazi
se u svim tkivima i organima
kojima daje oblik i strukturnu
jainu.
Nalazi se u organskom matriksu
kostiju, kornei oiju, zubima,
koi.
Struktura kolagena. Alfa-lanac

kolagena ili kolagenski heliks
predstavlja poliprolinsku uzvojnicu
tip II koja je jedinstvena
sekundarna struktura lijevo
orijentirana.
Povrina peptidne veze okomita je
na osu heliksa za razliku od alfa-
heliksa gdje je ova veza paralelna
sa osom.
U jednom okretu uzvojnice nalaze se tri

aminokiselinska ostatka.
Unutar heliksa nema vodikovih veza.
Redoslijed aminokiselina unutar heliksa
je
Gly-Pro-Y ili Gly-X-Hyp
Tri lanca molekule kolagena uvijaju se
jedan oko drugog formirajui
superheliks.
Ostaci glicina okrenuti su prema unutranjosti

i ine hidrofobnu ivicu.
Lanci superuzvojnice meusobno se dre
hidrofobnim vezama i vodikovim vezama
koje nastaju interakcijom peptidnih veza
susjednih lanaca.
Tri kolagenska heliksa (tropokolagen)
stabiliziraju se pomou sterikih odbijanja
pirolidonskih prstenova prolinskih i
hidroksiprolinskih ostataka.
Za enzimsku
hidroksilaciju prolina
i lizina neophodan je
C-vitamin.
Struktura fibrila kolagena.

Specifini poredak
kolagenskih molekula i broj
poprenih veza zavisi od
vrste tkiva i daje
karakteristinu poprenu
ispruganost na
elektronmikrografu.
Sa starenjem se poveava krutost i krtost vezivnog tkiva usljed

akumulacije kovalentnih veza u fibrilima.
Sisari sadre vie od 30 strukturnih varijanti kolagena.

Genetski defekti u strukturi kolagena ilustriraju povezanost izmeu
strukture i funkcije.
Osteogenesis imperfecta (abnormalno formiranje kostiju u beba) i Ehlers-
Danlosov sindrom (labavi zglobovi) posljedica su zamjene jednog ostatka
glicina sa veom aminokiselinom.
Glicin ne moe biti zamijenjen sa drugom aminokiselinom, a da ne doe do
bitnih teta po strukturu kolagena.
Kolagen je glikoprotein.
Sintetizira se u fibroblastima. Nakon sinteze polipeptid se
hidroksilira, glikozilira te stvara trostruku uzvojnicu.
Iz fibroblasta se izluuje u obliku prokolagena.
Nakon skraivanja, hidrolizom peptidnih veza, nastaju
snopovi tropokolagena koji se lociraju na staninoj
povrini u obliku zrelog kolagenskog vlakna.
Fibroin svile
proizvode insekti i
pauci. Polipeptidni
lanci su preteno u
beta konformaciji.
Bogati su Gly i Ala.
Lanci fibroina
(plavi) pauka
prikazani obojenim
elekronskim
mikrografom.
Elastin se ubraja u fibrilarne proteine zbog funkcije i

relativne netopivosti.
Nalazi se u ligamentima, pluima, zidovima arterija i
koi.
Elastin nema pravilnu sekundarnu strukturu.
Sadri nesreenu strukturu u kojoj su aminokiselinski
ostaci visoko mobilni.
Protein posjeduje kinetiki slobodne i ekstenzivno
popreno vezane strukture koje mu daju elastinost
slinu gumi.
Dezmozin
kovalentno
povezuje
poprene
polipeptidne
lance u
vlaknima
elastina.
Humani serum albumin Mr 64 500 ima 585

aminokiselinskih ostataka u jednom lancu.
Tercijerna struktura
mioglobina kita.
Kendrew i sar. 50-tih
godina 20. vijeka otkrili
strukturu mioglobina
pomou difrakcije x-zraka.
Prvi put je uoena veza
izmeu strukture i funkcije.
Metode za odreivanje 3D strukture proteina su difrakcija x-zraka i

NMR spektroskopija.
Uzorci za difrakciju x-zraka pripremaju se od kristala proteina.

Komplementarna metoda za
odreivanje
trodimenzionalne strukture
makromolekula je NMR.
Prednost ove tehnike u
odnosu na difrakciju x-zraka
je da se izvodi na
makromolekulama u
otopini.
Globularni proteini imaju razliite

trodimenzionalne strukture.
Citohrom c je hem protein.

Sastoji se od jednog polipeptidnog lanca
sa 104 AK ostatka (Mr 12.400).
40% lanca je u obliku alfa heliksa
Lizozim je enzim
Sastoji se od jednog
polipeptidnog lanca sa oko 129
AK ostataka (Mr 14.600).
40% lanca je u obliku alfa
heliksa, a 12% u obliku beta
konformacije.
etiri disulfidne veze
stabiliziraju strukturu.
Ribonukleaza je mali globularni

protein koji se izluuje iz
pankreasa u tanko crijevo.
Sastoji se od jednog
polipeptidnog lanca sa oko 124
AK ostataka (Mr 13.700).
26% lanca je u obliku alfa heliksa,
a 35% u obliku beta
konformacije.
etiri disulfidne veze stabiliziraju
strukturu.

Analiza mnogobrojnih globularnih proteina otkriva zajednike strukturne

uzorke.
Razumijevanje kompletne 3-D strukture gradi se preko analize njenih
dijelova.
Supersekundarne strukture, motivi ili nabori (folds) su posebno stabilni
aranmani nekoliko elemenata sekundarne strukture i veza izmeu njih.
Proteini izgraeni iz vie stotina AK ostataka esto se svijaju u dvije ili
vie stabilnih globularnih jedinica koje se zovu domeni. Razliiti domeni
obino imaju i razliite funkcije.
Strukturni domeni u troponinu C. Ovaj protein koji vee kalcijum ima odvojene
domene za vezanje kalcijuma. Domeni su oznaeni plavo i ljubiasto.







Stvaranje veih motiva iz manjih. / je est motiv koji se

stvara ponavljanjem jednostavnih motiva tzv. -- petlji.
Proteinski motivi su osnova za strukturnu klasifikaciju proteina

(SCOP).
SCOP je baza podataka u kojoj su svi proteini podijeljeni u 4 klase:
1. sve
2. sve
3. /
4. +
U svim proteinima postoji manje od 1000 uzoraka svijanja.
.
Proteini sa signifikantnom slinou primarne sekvence i/ili

dokazivo slinom strukturom pripadaju istoj familiji.
Dvije ili vie familija s malom slinou u primarnoj sekvenci

mogu koristiti iste glavne strukturne motive i tako imati
funkcionalnu slinost. Ovakve familije grupiraju se u
superfamilije.
.
Proteinski motivi su osnova

za strukturnu klasifikaciju
proteina (SCOP).



.
Proteinske kvaternerne strukture proteu se od jednostavnih dimera
do velikih kompleksa.
Multimer sadri od 2-100 podjedinica.
Oligomer sadri smo nekoliko podjedinica.
Protomer je jedinica koja se ponavlja.
.
Kvaternerna struktura deoksihemoglobina.

Identine podjedinice multimernih proteina aranirane su u

ogranieni set simetrinih uzoraka.
Simetrija moe biti rotacijska i heliksna.
Postoje granice u veliini proteina.
Veliina je limitirana sa 2 faktora:

1. kapacitetom nukleinskih kiselina da kodiraju proteine
2. tanou sinteze proteina
.



Virusni kapsidi. Proteinski omota poliovirusa ima ikosaedarsku strukturu.

Virusni kapsidi.
Mozaini virus
duhana ima
heliksnu strukturu.
Gubitak strukture proteina dovodi do

gubitka funkcije.
Denaturacija je naruavanje
trodimenzionalne strukture proteina
koji dovodi do gubitka funkcije.
Denaturacija je i reverzibilan proces
Ponovno uspostavljanje nativne
konformacije uklanjanjem denaturanata
naziva se renaturacija (desno Anfinsenov
eksperiment sa ribonukleazom).
Denaturirani protein postoji kao skup djelimino svijenih

oblika.
Odvijanje proteina je kooperativni proces.
Toplina djeluje na hidrogenske veze.
Ekstremni pH mijenja neto naboj proteina. Dovodi do
elektrostatskih odbijanja i cijepanja hidrogenskih veza.
Organska otapala (alkohol, aceton), urea, gvanidin i
deterdenti djeluju na hidrofobne interakcije.
Polipeptidi se svijaju brzo pomou procesa koji se odvija korak

po korak.
Svijanje je hijerarhijski proces. Prvo se formira lokalna
sekundarna struktura, a zatim interakcijama na veim
rastojanjima se stvaraju supersekundarne strukture. Proces se
nastavlja formiranjem domena i konano nastaje kompletno
svijeni protein.
Kompjuterska simulacija svijanja proteina.

Svijanje zapoinje spontanim kolapsom polipeptida u

kompaktno stanje koje se formira hidrofobnim interakcijama
izmeu nepolarnih ostataka.
Stanje hidrofobnog kolapsa moe imati visok sadraj
sekundarne strukture, ali boni lanci aminokiselina nisu u
potpunosti fiksirani.
Kolapsno stanje esto se naziva molten globule-staljene
globule.
Termodinamika
proteinskog svijanja
moe se prikazati
pomou tzv. lijevka
slobodne energije.
Defekti u svijanju proteina

mogu biti molekularna
osnova za veliki broj
genetskih poremeaja u ljudi.
Cistinu fibrozu izaziva
poremeaj na proteinu koji se
zove CFTR-transmembranski
regulator provodljivosti koji
ima ulogu kanala za hloridne
ione.
Mutacija koja dovodi do

cistine fibroze je delecija
Phe na poziciji 508 u CFTR.
Mutacija izaziva neadekvatan
folding proteina.
Mutacije u kolagenu dovode
do bolesti.
Prionske bolesti nastaju zbog

pogrenog svijanja prionskog
proteina. To su degenerativne
bolesti mozga, spongiformne
encefalopatije u koje spadaju:
kravlje ludilo, Creutzfeldt-
Jacobova bolest, scrapie,
kuru.
Nekim proteinima je potrebna pomo prilikom svijanja.

Molekularni aperoni su proteini koji reaguju sa djelimino
svijenim ili neadekvatno svijenim proteinima. Takoer se veu za
proteine da bi sprijeili njihovo prijevremeno svijanje. Veu se za
nesvijena mjesta bogata hidrofobnim ostacima.
Prva klasa aperona su Hsp 70-heat shock proteini.
Druga klasa su tzv. aperonini. To su proteinski kompleksi
neophodni za svijanje elijskih proteina koji se ne mogu spontano
sviti.
Na slici je
prikazan ciklini
put kojim
aperoni veu i
oslobaaju
polipeptide.
Na slici je
prikazana
uloga
aperonina
u svijanju
proteina.
Povrina i
uzduni presjek
GroEL/GroES
kompleksa
E.coli.

T - F 3D Struktura Proteina

Uploaded by

Document Information

Original Title

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

T - F 3D Struktura Proteina

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

Univerzitet u Tuzli Tehnoloki fakultet Tuzla

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

1. Aminokiselinska sekvenca odreuje trodimenzionalnu

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Raspored atoma u prostoru zove se konformacija.

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Stabilnost proteina se moe definirati kao tenja proteina

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Corey i Pauling 30-tih godina 20. vijeka analizirali

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Usljed rezonancije peptidna veza ima karakter dvostruke

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Planarne peptidne grupe. C-atomi susjednih aminokiselina razdvojeni su

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Termin sekundarna struktura odnosi se na prostornu

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Stabilnost heliksa zavisi od aminokiselinske sekvence.

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Negativno nabijene AK u blizini karboksi terminusa destabiliziraju

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

U globularnim proteinima 1/3 aminokiselina nalazi se u

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Cis izomer prolina esto se javlja u beta-okretima.

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Cjelokupni trodimenzionalni aranman svih

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Prilikom razmatranja viih nivoa strukture

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Fibrilarni proteini se uglavnom sastoje od jednog

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Fibrilarni proteini (skleroproteini) su prilagoeni

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Alfa-keratin se nalazi u sisara i ini najvei dio suhe

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Dva lanca superheliksa su paralelna i povezana su preko

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Struktura kose. etiri protofibrila (32 lanca alfa-keratina)

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Jaina fibrilarnih proteina poveava se kovalentnim

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Trajna ondulacija predstavlja biohemijski inenjering.

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

Struktura kolagena. Alfa-lanac

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi

U jednom okretu uzvojnice nalaze se tri

Predavanja iz predmeta Opta biohemija Prof. Dr. Lejla Begi