Referat Respirologi

GENE-XPERT
Disusun Oleh:
Mega Hasenda G99162079
Laurita Laras Pratiwi G99162084
Fitri Maulani G99162166
Megayani Santoso G99172112

Pembimbing :
Ismiranti Andarini, dr.,Sp.A,M.Kes

KEPANITERAAN KLINIK SMF ILMU KESEHATAN ANAK FAKULTAS KEDOKTERAN

UNS/RSUD DR MOEWARDI
SURAKARTA
2018
Pendahuluan

2011 -> World Health Organization/WHO

memperikarakan ada sekitar 500.000 kasus TB MDR dan
angka kematian 150.000.

WHO memperkenalkan Programmatic Management of

Drug Resistant TB (PMDT).

Prevalensi TB MDR di dunia diperkirakan 2-3 kali lipat

lebih tinggi dari insidens.
Pendahuluan

Indonesia telah melakukan beberapa survei resistansi

OAT untuk mendapatkan data resistansi OAT.

Kabupaten Timika Papua pada tahun 2004 -> 2 %

Provinsi Jawa Tengah pada tahun 2006 -> 1.9%
Kota Makasar pada tahun 2007 -> 4.1%
Jawa Timur pada tahun 2010 -> 2% dan 9.7%

WHO pada tahun 2011 menggunakan angka 2% untuk kasus baru

dan 12% untuk kasus pengobatan ulang untuk memperkirakan
jumlah kasus TB MDR di Indonesia.
Tinjauan Pustaka

Definisi

GeneXpert mulai diperkenalkan pada tahun 2009.

Xpert MTB / RIF mendeteksi M. tuberculosis yang
mengalami mutasi yang memberikan resistansi
rifampisin menggunakan tiga primer spesifik
maupun lima molekul probe tertentu untuk
memastikan tingkat spesifisitas yang tinggi.
(WHO, 2014)
Tinjauan Pustaka
Sejarah

Genexpert pertama kali diluncurkan pada

tahun 2004.

Studi validasi klinis pertama dilakukan pada

tahun 2009.

Saat ini geneXpert telah dikembangkan oleh

Foundation for Innovative New Diagnostics
(FIND).
Tinjauan Pustaka
Manfaat
Cara paling banyak untuk mendiagnosis TB selama 125 tahun -
> pemeriksaan sputum dengan mikroskop dan separuh dari
seluruh kasus TB luput diamati.

Banyak dokter yang salah mendiagnosa karena menggunakan

alat yang tidak tepat.

New England Journal of Medicine menyebutkan, GeneXpert

telah memungkinkan seorang paramedis yang tidak terlatih
mendiagnosa tuberculosis dan mendeteksi tuberculosis resisten
terhadap Rifampisin dalam waktu sembilan puluh menit.
Tinjauan Pustaka
Prinsip Kerja
Bekerja dengan metodereal time PCR. Perangkat ini
menggunakan kartrid, reagen atau pereaksi, cairan buffer dan
pembersih. Kemudian hasil pengujian akan dideteksi dengan
menggunakan laser enam warna.

Sistem ini terdiri atas mesin GeneXpert, komputer dan

perangkat lunak. Setiap pemeriksaan menggunakan Kartrid
sekali pakai (Kementrian Kesehatan RI, 2015).

Pemeriksaan Xpert MTB/RIF dapat mendeteksi MTB kompleks

dan resistensi terhadap rifampisin secara simultan (Kementrian
Kesehatan RI, 2015).
Tinjauan Pustaka
Syarat GeneXpert

 Persyaratan penggunaan program GeneXpert :

 Meninjau penggunaan seusai algoritma diagnostis,
kebijakan, formulir, dan panduan diagnosis
 Kapasitas untuk uji kultur dan resistensi obat konvensional
sesuai dengan rujukan diagnostik
 Jaringan mikroskopi yang terjamin kualitas untuk
memantau pengobatan TB yang peka terhadap obat
 Kapasitas untuk pengobatan TB-MDR, termasuk fasilitas,
staf, dan obat-obatan
  Dukungan teknis komputer dan perangkat lunak
 Persediaan dan manajemen rantai pasokan
untuk komoditas
 Pemantauan rutin, evaluasi, dan pengawasan
pelaksanaan
 Anggaran untuk mendukung investasi awal mesin
dan infrastruktur dan untuk mendukung biaya
operasional kartrid dan kalibrasi.
 (Piatek dkk, 2013)
  Sistem pembuangan sampah untuk
kartrid baik
 Amankan lokasi untuk melindungi mesin
dan komputer dari pencurian
 Petugas laboratorium terlatih dan staf
klinis
 Kalibrasi
tahunan modul
GeneXpert.
 (Piatek dkk, 2013)
  Dukungan teknis komputer dan perangkat lunak
 Persediaan dan manajemen rantai pasokan
untuk komoditas
 Pemantauan rutin, evaluasi, dan pengawasan
pelaksanaan
 Anggaran untuk mendukung investasi awal mesin
dan infrastruktur dan untuk mendukung biaya
operasional kartrid dan kalibrasi.
 (Piatek dkk, 2013)
Tinjauan Pustaka
Cara Kerja

Prosedur Pengolahan Spesimen Dahak :

 Beri label identitas pada setiap kartrid. Identitas
spesimen dapat ditempel atau ditulis pada bagian sisi
kartrid.
 Bukalah penutup pot dahak, tambahkan sample
buffer dengan perbandingan 1 bagian volume sampel
dan 2 bagian volume sample buffer yang tersedia.
 Tutup kembali pot dahak, kemudian kocok dengan
kuat sampai campuran dahak dan sample buffer
menjadi homogen.
 Diamkan selama 10 menit pada suhu ruang.
 Kocok kembali campuran, lalu diamkan selama 5
menit.
 Bila masih ada gumpalan, kocok kembali agar
campuran dahak dan sample buffer menjadi
homogen sempurna dan biarkan selama 5 menit
pada suhu kamar.
 Buka penutup kartrid dan pot dahak. Gunakan
pipet yang disediakan untuk memindahkan
spesimen dahak yang telah diolah sebanyak 2 ml
(sampai garis batas pada pipet) ke dalam kartrid
secara perlahan-lahan untuk mencegah terjadinya
gelembung yang bisa menyebabkan error.
 Tutup kartrid secara perlahan dan masukan
kartrid ke dalam mesin GeneXpert.
 Sputum diproses dan diperiksa oleh GeneXpert
secara otomatis, hasilnya dapat diperoleh
setelah ± 2 jam.
 1 sample buffer untuk pengolahan 1 spesimen
dahak tidak diperbolehkan menggunakan sample
buffer yang sama untuk spesimen dahak berbeda.
 Jika spesimen yang diolah telah dimasukan ke
dalam kartrid, maka pemeriksaan harus dilakukan
dalam kurun waktu 4 jam.
 Jika terdapat sisa spesimen yang telah diolah,
spesimen tersebut dapat disimpan selama 4 jam
pada suhu 28°C dan dapat digunakan jika
dibutuhkan pemeriksaan ulang. (Piatek dkk, 2013)
Tinjauan Pustaka
Keuntungan dan Kerugian

 Keuntungan utama dari tes ini adalah, untuk

diagnosis, dalam hal reliabilitas bila
dibandingkan dengan mikroskopi sputum dan
kecepatan mendapatkan hasil bila dibandingkan
dengan tes kultur.
 Keuntungan utama dalam mengidentifikasi
resistansi rifampisin hanya pada kecepatan.
 Mendeteksi TB dan resistensi Rifampicin pada saat yang
bersamaan
 Cepat (hasil bisa ditunggu dalam ±2 jam)
 Sensitivitas tinggi (88%) dan spesifisitas tinggi (99%)
dibandingkan kultur sputum
 Membutuhkan kadar biosafety yang rendah dibandingkan
kultur tetapi level biosafety sama dengan pemeriksaan
mikroskop
 Membutuhkan pelatihan pengguna yang singkat
 Dapatmendeteksi TB pulmoner dan TB ekstrapulmoner
 Sistem yang sama dapat digunakan pada kondisi lain
seperti diagnosis HIV pada bayi dan memonitoring
jumlah virus (Trebucq et al, 2011; WHO, 2015))
Kerugian
 Kartrid hanya bertahan 18 bulan dan disimpan
di bawah suhu 28C (pada ruangan ber AC)
 Suplai listrik yang sangat stabil dibutuhkan
 Alat-alat dibutuhkan dikalibrasi secara rutin
setiap tahun
 Harga lumayan mahal
 Tidak dapat mengevaluasi terapi TB
 Suhu ruangan tidak boleh lebih dari 30 (Trebucq
et al, 2011; WHO, 2015)
Tinjauan Pustaka
Sensitivitas dan Spesifisitas

Sensitifitas
 Hemi-nested PCR akan meningkatkan sensitivitas
 Sangat sensitif untuk konfirmasi sampel BTA positif dan BTA
negatif
 Prosedur ekstraksi sonication / mekanis DNA yang kuat
 Kontrol ekstraksi internal memastikan kinerja ekstraksi
(Cepheid, 2009)
 Untuk kultur TB positif, genExpert memiliki sensitivitas 98%
sedangkan pada pasien dengan HIV, genExpert memiliki
sensitivitas 79% dan pada pasien tanpa HIV sensitivitasnya
86%. (Steingart, 2014)
Spesifitas
 GeneXpert MTB / RIF pengujian menggunakan 3 primer
spesifik dan 5 probe molekuler unik untuk memastikan
tingkat spesifisitas yang tinggi (Cepheid, 2009)
 Memeriksa target rpoB gen, yang sangat penting untuk
mengidentifikasi mutasi yang terkait dengan resistansi
rifampisin
 Tidak ada reaksi silang yang diamati dengan banyak
spesies bakteri lainnya yang diuji, termasuk panel
komprehensif Mycobacteria (Cepheid, 2009)
 Spesifitas geneXpert adalah 98,3% dibandingkan dengan
pemeriksaan kultur
Efisiensi
 Hasil cepat, sesuai permintaan berarti pasien yang
terinfeksi dapat ditempatkan dalam isolasi secara efisien
dan diobati dengan terapi yang tepat secara efektif
 Mycobacterium tuberculosis - obati dan isolasi
 Pendeteksian resistansi rifampisin yang cepat tidak hanya
memandu masing-masing terapi pasien tetapi membantu
dengan pengendalian infeksi dan aktivitas kesehatan
masyarakat juga
 PPV: 93.6%
 NPV: 99.3%
(Cepheid, 2009)