Whole Genom

sequencing
 Pengertian
O Adalah proses laboratorium yang
menggambarkan sequensing DNA secara
lengkap dari suatu genom organisme pada
sekali waktu.
O Instrumental informasi genomik yang
mengidentifikasi gangguan bawaan,
karakteristik mutasi dari progresi penyakit
kanker, mengetahui tracking dari outbreak
penyakit dan metode yang kuat untuk
penelitian genomik.
 Pengertian
O Berbeda dengan DNA profiling 
menggambarkan ekspresi genetik yang
berasal dari individu tertentu atau grup, dan
tidak mengandung informasi tambahan
pada hubungan genetik, asal atau
kecocokan pada penyakit secara spesifik.
 Keuntungan
O Menyediakan resolusi yang tinggi, “base by
base view of genom”
O Mampu menangkap variasi besar dan kecil
O Mengidentifikasi varian potensial causative
untuk studi lanjut dari ekspresi gen dan
regulasi mekanismenya.
O Memberikan sejumlah data yang besar
dalam waktu yang singkat untuk
mengkonfirmasi sejumlah genome baru
 Keuntungan
O Mampu mendeteksi varian nukleotida
tunggal, insersi/ delesi, perubahan
sejumlah turunan/ copy dan varian dari
struktur yang besar
 4 Tahapan cara kerja Whole
Genom Sequencing
1. DNA shearing : using molecular scissor to cut the DNA
(A’s, C’s, T’s dan G’s) into pieces that small enough for
the sequencing machine to read
2. DNA bar-coding : add small piece of DNA tags or bar
codes to identify which piece of sheared DNA belongs to
which bacteria
3. Whole Genom Sequencing : the bar-coded DNA from
multiple bacteria are combined and put in the whole
genome sequencer. The sequencer identifies the DNA
that make up each bacterial sequences
4. Data analysis : use computer analysis tools to compare
bacterial sequences and identify differences
 Metode
1. Large Whole Genom Sequencing
2. Small whole genome sequencing
3. De Novo sequencing
4. Phased Sequencing
 Large Whole Genom
Sequencing
O > 5 mb  menyediakan informasi yang
berharga untuk studi penyakit dan level
populasi
O Mampu menganalisa tumor, investigasi
penyebab penyakit, pemilihan tanaman dan
hewan untuk program agricultural breeding
dan mengidentifikasi variasi genetik secara
umum dari populasi.
 Large Whole Genom
Sequencing
Keuntungan :
1. Menyediakan resolusi yang tinggi, “base by
base view of genom”
2. Menggabungkan “short insert” dan “longger
reads” untuk menyediakan karakteristik dari
genom manapun
3. Menyatakan “disease-causing alleles” yang
mungkin tidak teridentifikasi
4. Mengidentifikasi varian potensial causative
untuk studi berikutnya
 Small whole genome
sequencing
O ≤ 5 Mb  melibatkan sequencing dari
semua genom bakteri, virus, atau mikroba
lainnya dan kemudian membandingkan
sequence nya dengan referensi yang
diketahui.
O Berguna untuk testing makanan pada publik
health, surveilance penyakit infeksius, studi
epidemiologi molekular dan metagenomik
 De Novo sequencing

O Merujuk kepada sequensing genom baru yang

belum tersedia referensi sequensing untuk
kesejajarannya
O Pembacaan sequence di kumpulkan sebagai
“contigs” dan kualitas ulasan data dari “de novo
sequencing” tergantung dari ukuran dan
kelanjutan “contigs” (sejumlah gap didalam
data)
O Lebih cepat dan lebih akurat dibanding metode
traditional (contoh sanger sequensing)
 De Novo sequencing

O Menghasilkan referensi sequensing yang akurat

meskipun genomnya kompleks atau polyploid.
O Menyediakan informasi untuk “mapping
genomes” dari organisme yang baru atau
“finishing genomes” dari organisme yang
dikenal.
O Menjelaskan sejenis yang sangat mirip atau
atau “repetitive regions” untuk de novo yang
lebih tepat.
O Mengidentifikasi struktur varian dan kompleks
rearrangement seperti delesi, inversi dan
translokasi.
 Phased Sequencing

O Sejarahnya, whole genom sequensing

mengasilkan konsensus sequensing tanpa
membedakan antara varian dari kromosom
yang homolog.
O Phased sequensing/ genome phasing
menunjukkan keterbatasan identifikasi alel
pada kromosom ibu dan ayah.
 Phased Sequencing

Keuntungannya :
1. Menginformasikan studi compleks traits, yang
sering dipengaruhi oleh interaksi antara gen
dan alel.
2. Menyediakan informasi untuk penelitian
penyakit, yang mengacaukan alel dalam posisi
“cis” atau “trans” pada suatu kromosom,
sehingga timbul beberapa gangguan genetik.
3. Membantu peneliti untuk menganalisa
heterozygot gabungan, mengukur ekspresi alel
spesifik dan mengidentifikasi “variant linkage”
 Daftar pustaka
O www.illumina.com/techniques/sequencing/
dna-sequencing/whole-genome-
sequencing.html