Professional Documents
Culture Documents
5 Enzimi
5 Enzimi
ENZIMI
5.1. Hemijski sastav, strukture i funkcije E
5.2. Energija aktivacije i specifičnost enzima
5.3. Michaelis-Mentenov prilaz kinetici
enzimskih reakcija
5.3.1. Vmax i Km i mogućnosti odredjivanja
5.3.2. Značenje vrednosti Km i Vmax
5.3.3. Kinetička savršenost enzimske
katalize: kcat/Km odnos
5.3.4. Mehanizam enzimske katalize
5.4. Faktori koji utiču na aktivnost enzima
5.5. Nomenklatura i klasifikacija enzima
5.6. Izoenzimi i multienzimski kompleks
5.7. Enzimi biljaka
5.8. Regulacija aktivnosti enzimskih reakcija
5.9. Značajne oznake u enzimologiji
Karbon anhidraza
Razmena materija i svih životnih procesa odvija
se biohemijskim reakcijama katalizovanim sa
nekoliko hiljada proteinskih katalizatora - enzima
Enzimi - su specifični prosti ili složeni globularni
proteini (sa izuzetkom nekih skoro otkrivenih ribonukleaza-
RNaza koje katalizuju sopstveno uplitanje) koji ubrzavaju, ili
regulišu brzinu termodinamički mogućih reakcija,
smanjivanjem energije aktivacije na relativno
niskoj temperaturi i normalnom pritisku. U
ćelijama se nalaze u količini od 90% u odnosu
na ukupne proteine, ali je samo mali broj enzima
aktivan u posmatranom trenutku.
5.1. Hemijski sastav, strukture
i funkcije enzima
Proučavanje hemijskog sastava enzima započelo je
izolovanjem prvog enzima ureaze (1926. godine) u
kristalnom stanju, iako su procesi katalizovani
enzimima bili poznati od davnina. Smatra se da je do
danas izolovano i hemijski determinisano oko 3.000
enzima čije realativne molekulske mase (Mr) imaju
vrednosti od 12.000 do preko 1.200 000.
Prema hemijskom sastavu enzimi se mogu klasifikovati
u 3 grupe i to:
proste proteinske enzime,
metalo-proteinske enzime i
složene proteinske enzime
Prostorna struktura
Aktivni centar karbon
anhidraze
Metalo-proteinski
enzimi - kao Metalni
Naziv enzima
biokatalizatori pored joni
proteina u svojoj
strukturi imaju i
metalni jon (kao Katalaza, peroksidaza Fe2+ /Fe3+
Tirozinaza Cu2+
kofaktor) koji olakšava Mn2+
Arginaza Zn2+
enzimu da obavi Alkohol-dehidrogenaza Mg
katalitičku funkciju. Fosfo-hidrolaza K+
Neki od enzima koji u Piruvat-kinaza Se2+
svojoj strukturi sadrže Glutation-peroksidaza
metalni jon dati su u
tabeli.
3. Složeni PROTEINSKI enzimi
Enzim + supstrat
Energija aktivacije i specifičnost enzima
E+S
Brzine stvaranja i razlaganja ES kompleksa:
brzina stvaranja: ES = k1 c(E) c(S)
brzina razlaganja: ES = (k2 + k3) c(ES)
k1 k3
E+S ES E+P
k2
Michaelis-Menten-ova jednačina
Michaelis-Mentenovom MM-jednačina:
jednačinom se definišu
kvantitativni odnosi c(S)
između V i c(S) kada su V= Vmax
Vmax i Km poznate
c(S) + Km
vrednosti
MM-konstanta (Km):
Km = c[S] x Vmax / 2
► Značenje vrednosti Vmax
i Km ?
Multisupstratne reakcije
Utvrdjeno je da se kinetika
multisupstratnih reakcija može odvijati po
tri različita mehanizma i to:
♦ uredjenom mehanizmu
♦ slučajnom mehanizmu
ping-pong mehanizmu
Uredjeni mehanizam
E E
EA E AB E PQ EQ
Slučajni mehanizam
EA EP
E E
EB (EAB EPQ ) EQ
B A P Q
Ping-pong mehanizam
E E
EA FP F FB EQ
5.3.1. Vmax i Km i mogućnosti njihovog
određivanja
Km i najveća brzina Vmax mogu 1 1 Km 1
se lako odrediti iz brzina katalize pri
različitim koncentracijama V V max V max S
supstrata ako enzim deluje prema
jednostavnoj šemi datoj u jednačini
5-2. Zbog toga je pogodno MM-
jednačinu preurediti u izraz koji
daje pravolinijski dijagram što su
1934.g. učinili Lineweawer i Burk 1/V
koristeći recipročne vrednosti obeju nagib:
strana MM-jednačine: Km/Vmax
Značenje vrednosti Km
E S ES ES EP E P
U prvoj fazi E se pravilno približava supstratu (da bi se za njega vezao
jonskom, kovalentnom ili nekom drugom vezom). U drugoj fazi se
indukovano menja S pod uticajem enzima da bi se omogućila
odgovarajuća enzimska reakcija (III faza). U četvrtoj fazi se oslobadja
proizvod reakcije (P) i regenerisan enzim je sposoban da stupi u narednu
reakciju.
Mehanizmi enzimskih reakcija su često isti. Oni se mogu tumačiti samo
ako je poznata primarna struktura aktivnog centra enzima. Neki ostaci
aminokiselina su predodredjeni za katalitičko delovanje. Smatra se da su
za enzimsku katalizu odgovorna tri mehanizma i to:
kovalentna kataliza,
kiselo-bazna kataliza i
kataliza jonima metala.
5.4. Faktori koji utiču na
aktivnost enzima
koncentracija supstrata,
koncentracija enzima,
temperatura,
pH,
koenzimi i prostetične grupe,
aktivatori i inhibitori,
alosterični efektori i interkonverzija i dr.
Vrste inhibitora
Konkurentna inhibicija
E + S
+I
ES
+I
E + P
E + S ES E + P
ESI EI + S
+I
EI
Nekonkurentna inhibicija
E + S ES E + P
+I +I
ESI EI + S
Aktivatori i inhibitori
Regulatorni enzimi
cija enzima
fumaraza fumarna kiselina
peroksidaza peroksid
saharaza saharoza
Zavise od:
glukoza-6-fosfataza glukoza-6-fosfat
M4 M3 L1 M2 L2 M1 L3 L4
COO- + COO-
NA D ( P ) H NA D ( P )
C O H C N H 3+
CH2 + N H 4+ CH2 + H 2O (5-50)
CH2 CH2
COO- COO-
-ketoglutarat l-glutamat
Glutamin-sintetaza (GS, EC 6.3.1.2) -
katalizuje endergonu reakciju primarne
asimilacije azota odn. amonijaka u glutamin uz
učešće ATP (jednač. 5-51)
Glutamat-sintaza (GOGAT, EC 1.4.1.13) -
katalizuje prenošenje amino-grupe sa
glutamina na -ketoglutarat pri čemu nastaju
dva molekula glutamata (jednačina 5-52).
- - -
COO COO + COO
+
NA D(P)H NA D(P)
HC NH 3 +
C O H C NH 3
(1)
CH 2 + CH 2 CH 2 (5-52)
(2) 2
CH 2 CH 2 CH 2
- Fdred Fd ox -
O C NH 2 COO COO
COO- COO-
H C NH3+ (EC 2.6.1.2) C O
COO -
COO - +
CH 2 + CH2 (5-54)
CH 2 C O HC NH 3+ CH2
COO- CH 3 CH 3 COO-
l-glutamat piruvat l-alanin -ketoglutarat
Enzimi metabolizma CO2 - Najznačajniji
enzimi ove grupe su
ribuloza-1,5-difosfat-karboksilaza
(Ribisko, RuDP-karboksilaza, EC
4.1.1.39) kod C3 i
fosfoenolpiruvat-karboksilaza (PEP-
karboksilaza, EC 4.1.1.31) kod C4 tipa
biljaka.
Ribuloza-1,5-difosfat-karboksilaza (Ribisko, EC 4.1.1.39) - je
enzim koji katalizuje prvu reakciju u Kalvinovom ciklusu tj.
kondenzaciju ribuloze-1,5-difosfata sa CO2 iz atmosfere u
prelazni oblik 6-C intermedijera koji brzo hidrolizuje dajući dva
molekula 3-fosfoglicerata. Karboksilacija ribulozo-1,5-difosfata
data je jednačinom 5-55.
CH 2O P CH 2O P (5-55)
H 2O
C O
-
OOC C OH COO -
CHOH + CO2 C O 2 CHOH + H+
CHOH CHOH CH 2O P
CH 2O P CH 2O P 3-Fosfoglicerat
Ribuloza-1,5-difosfat 2-Karboksi-3-ketoribitol
1,5-difosfat
Ovaj enzim je lokalizovan na strani stroma
tilakoidne membrane i verovatno je
najzastupljeniji protein u prirodi i čini oko
15% ukupnih proteina hloroplasta.
Molekulska masa Ribiska je oko 560 kDa, i
sadrži 8 velikih subjedinica (Mr 55 kDa) i 8
malih subjedinica (Mr 15 kDa) (slika 5-31).
Velika subjedinica ima katalitičku, dok
mala subjedinica ima regulatornu ulogu.
Fosfoenolpiruvat-karboksilaza (PEP-
karboksilaza, PEPc, EC 4.1.1.31) - je enzim
koji katalizuje prvu reakciju fotoasimilacije odn.
fiksacije CO2 kod C4 biljaka koje imaju
karakterističnu anatomiju listova u tzv. Hatch-
Slake-Kortshakovom ciklusu. PEP-karboksilaza
katalizuje reakciju karboksilacije
fosfoenolpiruvata (PEP) do oksalacetata
(jednačina 5-57)
Enzimi “gasioci” kiseoničnih radikala -
COO- COO -
(M D H )
HO C H + NA D + C O + NA DH + H
+
(5-73)
CH 2 CH 2
COO- COO -
l-M alat Oksalacetat
Regulacija aktivnosti enzimskih
reakcija