PHARMACOGENETICS:

HUMAN POLYMORPHISMS
 pendahuluan
► We are all defference

But
► Kita diobati dengan obat & metode yang
sama
► Trial and error
 implikasi
► Miliaranrupiah dibelanjakan untuk
pengobtan yang tidak efektif
► Reaksi serius >>2,2 juta, dengan
kematian >100.000
 Limitasi pharmacothreatment
► Mengapa pengobatan efektif pada
seseorang sementara tidak efektif pada
yang lain?
► Mengapa seseorang menderita ADR
sementara yang lain tidak?
7% of patients are hospitalized due to adverse drug
events
JAMA 1998, 279:1200-1205
• Additional duration of hospitalization : 2.2 days
• Additional costs : 3.000,- US$
JAMA 1997, 277:307-311
• In departments of psychiatry the proportion of
patients hospitalized due to adverse drug events is
estimated with 16%
solusi?
Solusi-Pharmacogenetics/genomic
: pharmacology + genetics
mempelajari bagaiamana pengaruh genetik
terhadap respon pengobatan
Pharmacogenomic: study tentang genom
manusia termasuk variasi genetik, RNA,
ekspresi protein individu yang berbeda
untuk memprediksi respon pengobatan
pada individu/kelompok individu
 sejarah
► 1953 : Watson and Crick describe DNA’s double helix. Bonicke
et al describe slow and rapid acetylation of isoniazid
► 1956 : Alving et al discover a genetic link to haemolytic
reactions to primaquine
► 1957 : Motulsky proposes that ‘inheritance might explain
many individual differences in the efficacy of drugs and in the occurrence
of adverse drug reactions’

► 1959 : Vogel introduces the term “Pharmacogenetics” to

indicate the influence of heredity on drug response
► 1960 : Evans establishes the genetic control of isoniazid
acetylation
► 1990 : Human genome project is started and completed 2003
► 1962:Kalow mengenalkan
pharmacogenetics sebagai
hub.herediterrespon obat
► In 1975, several laboratory scientists at St.Mary’s
Hospital Medical School in London each ingested a
40 mg dose of debrisoquine, an anti hypertensive
drug then in clinical use.
► While the majority of the researchers reported no
adverse side effects
► Robert L. Smith experienced dizziness and suffered
from a bout of orthostatic hypotension that lasted
several days (A. Mahgoub et al., Lancet 1977;2:584-6)
 Tujuan pharmacogenomics
► Avoid adverse drug reactions
► Maximize drug efficacy
► Select responsive patients
► Pharmacogenetics didefinisikan sebagai adanya variasi
genetik yang dapat menimbulkan respon obat yang
berbeda pada suatu individu (respon obat yang
berbedadicarai perbedaan genetiknya pada individu)
► Pharmacogenomicspopulasi
► Tujuan studi farmakogenetik adalah penggunaan informasi
genetik untuk menentukan jenis obat, dosis obat dan
durasi pengobatan sehingga didapatkan efek terapi yang
optimal dengan sedikit efek samping. Dengan adanya riset
tentang farmakogenetik akan memungkinkan seorang
klinisi menggunakan hasil test genetik dalam meramalkan
respon individu terhadap pengobatan dan menseleksi obat
pada pasien berdasar profil DNA-nya (Cavallari & Lam,
2005)
Types of polymorphism
– SNPs
– Indel (insertion, deletion)
– VNTR (Variable Number Tandem Repeat)*
– Haplotype

Populations
– Types of populations
– Geographic project

Significance
 Single-Nucleotide Polymorphisms
► Genetic polymorphism: A variation in DNA sequence
occurring with a frequency of at least 1% in the
population.

► Majority of genetic variations are single-nucleotide

polymorphisms (SNPs; “snips”).

- SNPs are common DNA sequence variations among

individuals.
- Many SNPs that do not themselves change protein
expression and cause disease. But they may be close on
the chromosome to deleterious mutations.
- SNPs are used as markers to unearth mutations and
accelerate efforts to find therapeutic drugs.
 SNPs = single nucleotide polymorphisms

 Estimated 1 every 1000 bases

 Approx 10 million common SNPs in
human genome
 Most examples show 2 alleles (I.e. 2
bases observed)
A/G A/C G/T
 How many SNPs are there in
Humans today?

► Human Mutation rate is ~2.5 x 10-8

mutations/site/gen
► ~150 mutations/diploid genome/generation
► 6.3 billion people in the world = 945,000,000,000
mutations in the world today.
► With 3 billion nucleotides = each nucleotide in the
world today is mutated 315 times.
The most common sources of variation
between humans are SNPs: single base
differences between genome sequences.
Fragments of two sequences, with eight
SNPs, are shown.
 SNPs
► Critical
SNPs can be clinically relevant and
impact drug response or lead to expression or
suppression of inheritable disease phenotype.
► SNPs have important role in PGx due to their
high prevalence rate and ease of their analysis.
► Once specific SNPs are discovered, the next
step is to determine whether these SNPs have
phenotypic or physiological consequences.
 How do SNPs arise?
 DNA polymerase is the enzyme that
replicates DNA one base at a time
 Polymerase has base substitution error
rate of 1/10,000-100,000
 Most of these are fixed by proofreading
and then DNA mismatch repair
 Still leaves errors but less than
1/1,000,000,000 bases
 Indel
 Insertion - one or more extra bases at a
specific location relative to the reference
sequence
 Deletion - one or more bases less than the
reference sequence at a specific location
 Reference sequence - can be hard to
define what the most common allele is
(due to population differences) so better
to use common standard E.g. Golden Path
whole genome sequence at UCSC
 Indel in ACE

► ACE is involved in the pathways that

control blood pressure
► Indel in intron 16
► I allele has 289bp alu type repeat
► D allele is deletion
► D allele associated with higher
expression of ACE
► Implicated in hypertension, response to
antihypertensives, physical endurance,
cardiovascular disease.
 G Protein Beta 3 Gene (GNB3) Case:

► There is a polymorphism (C825T) in the gene

encoding the G protein b3 subunit (GNB3)
► This SNP is associated with some diseases
such as hypertension and obesity.
► The G-protein 825T allele is associated with
altered drug responses while the underlying
mechanism is not fully understood.
► Differential expression of transcripts from the
C and T alleles could contribute to this
process.
► Pemberian obat pada penderita yang
mempunyai kelainan metabolisme obat
(kelainan enzim pemetabolisme) atau
kelainan pada tempat aksi obat dapat
menimbulkan outcome yang tidak sesuai
dengan yang diharapakan dan bahkan
dapat bersifat fatal
► Mutasi pada gen pengkode
CYP2D6(CYP2D6*5&CYP2D6*6) akan menghambat
metabolisme obat metoprolol (suatu obat antihipertensi
golongan beta blocker) sehingga akan menimbulkan
akumulasi obat tersebut dalam plasma, akibatnya bisa
menimbulkan intoksikasi
► Pada orang pemetabolisme cepat dengan gen CYP2D6*2 ,
pemberian notriptilin pada dosis lazim akan berakibat
kurang efektifnya pengobatan (Omen, 2003; Wang &
Weinshilbaum, 2008).
► Pemberian obat antidiabetik pada orang dengan mutasi
gen pengkode CYP2C9 dapat menimbulkan efek berlebihan
dan berakibat fatal (Constable & Pirmohamed, 2006),
demikian juga dengan warfarin (Mc Leod et al., 2006).
► Mutasi/defekgenetik juga bisa menimbulkan efek
samping yang berbeda yang kadang bersifat fatal.
Contoh yang bisa disebutkan adalah
 Terjadinya hemolisis pada orang dengan defisiensi
enzim G6PD yang mendapat primakuin (Lee et al.,
2006),
 terjadinya prolong apneu pada orang dengan defisiensi
kolinesterase yang mendapat suksinilkolin (Rang, 2003),
 peningkatan resiko terjadinya VTE pada individu dengan
faktor Leiden yang menerima kontrasepsi oral
(Rosendaal, 2005; LeBlanc & Laws, 1999 ).
 Tipe dari variasi genetik
► Variasigenetik terjadi karena defek atau
adanya polimorfisme pada gen.
Polimorfisme merupakan variasi genetik
yang terjadi pada paling tidak 1% dari
populasi. Contohnya adalah gen pengkode
enzim CYP. Terdapat beberapa varian dari
enzim CYP, misalnya CYP2A6, 2C9, 2C19,
2D6 dan 3A4 yang semuanya merupakan
polimorfisme.
► Single nucleotida polimorfisme (SNPs) merupakan variasi genetik
paling sering pada DNA manusia, yang terjadi sekitar 1X tiap 1000
pasangan nucleotida. Sekitar 3,7 juta SNPs dipetakan pada genom
manusia. SNPs terjadi ketika satu pasangan basa nucleotida berpindah
tempat, sehingga SNPs merupakan perbedaan basa tunggal yang
muncul diantara individu. Substitusi nucleotida mengakibatkan
kemungkinan dua allele. Satu alele pertama merupakan allele yang
originil, terjadi biasanya paling sering dan disebut wild type, sedang
allele kedua (allele alternatif) dinyatakan dalam variant allele. Suatu
SNPs dapat mengubah codon yang mengakibatkan substitusi asam
amino yang bisa (atau tidak) mengubah ekspresi genetik. Sebagai
contoh adalah guanin(G) yang disubstitusikan pada adenin (A) pada
nukleotida 46, ini mengakibatkan substitusi glysin pada arginin pada
asam amino posisi 16. SNPs yang mengakibatkan substitusi asam
amino seperti ini disebut nonsynonymous, sedang SNPs yang tidak
mengakibatkan perubahan asam amino disebut synonymous.
► Nonsynonymous SNPs biasanya didesain berdasar
keterlibatan asam amino dan codonnya. Sebagai contoh
Arg16Gly atau Arg16Gly mengiindikasikan bahwa glysin
disubstitusikan pada arginin pada codon 16.Jika suatu
SNPs merubah ekspresi suatu protein yang mengkontribusi
respon obat, maka kemungkinan akan menyebabkan
perubahan sensitifitas pasien terhadap obat atau bisa
menimbulkan munculnya ADRs. (Cavallari & Lam, 2005).
Synonymous SNPs biasanya didasarkan pada keterlibatan
nukleotidanya dan posisi basa nucleotidanya. Sebagai
contoh, misalnya A1166C atau A1166C mengindikasikan
bahwa cytosin disubstitusikan pada adenin pada posisi
nucleotida 1166.
 variasi genetik yang lain adalah
► 1). Insertion-deletion plymorphism terjadi jika satu
nucleotida ditambahkan atau dihilangkan dari sequence
DNA-nya,
► 2). Tandem Repeats dimana sequence nukleotida berulang
secara tandem (contohnya: AGAGAGAGAG merupakan
pengulangan lima tandem),
► 3). Aberrant splice site dimana proses terbentuknya protein
pada sisi berganti ganti,
► 4). Premature stop codon. Polymorphysm dimana terjadi
terminasi secara prematur dari rantai polipeptida oleh stop
codon (suatu sequence spesifik dari tiga nukleotida yang
tidak mengkode asam amino tetapi lebih spesifik untuk
terminasi rantai polipeptida) dan lain-lain (Cavallari & Lam,
2005)
 Polymorfisme
► Variasi genetik yang terjadi pada sekitar 1%
dari polpulasi yang bisa menimbulkan
respon obat berbeda dikatakan sebagai
polimorfisme.
 Macam tempat polimorfisme
► 1). Polimorfisme gen pengkode pada enzim
yang memetabolisme obat ,
► 2). Polimorfisme dalam drugs tranporter
genes , dan
► 3). Polimorfisme dalam drugs target genes
(Cavallari & Lam, 2005).
 Polimorfisme gena pada enzim
pemetabolisme obat.
► Polimorfisme dalam enzim pemetabolisme obat
merupakan polimorfisme pertama kali diketahui
dan merupakan contoh variasi genetik yang paling
banyak terdokumentasi yang menimbulkan respon
obat dan toksisitas yang berbeda. Pada fase I
metabolisme dikenal polimorfisme pada enzim CYP
(Cytochrome enzymes P450), sementara pada
fase II metabolisme dikenal polimorfisme dalam
enzim N-asetyiltransferase, thiopurine S-
methyltransferase, dan glutation
transferase(Cavallari & Lam, 2005).
► Pada manusia terdapat paling tidak 58
isosim sitokrom P450 (CYP)(misal CYP1A1),
dari 41 sub famili(misal CYP1A) dari 18
famili (CYP1-CYP18)
► cYP ini berepran dalam metabolic pathway
fungsi fisiologis tubuh, contoh:
 Biosintesis kholestero oleh CYP51A1, CYP20A1
 Metabolisme hormon steroid: CYP1A2, CYP2C9,
CYP2C18, CYP2C19 dll
► CYP2D6 merupakan enzim yang cukup banyak variannya. Paling tidak
dikenal 6 varian genotypic pada CYP2D6. CYP2D6*1 merupakan wild
type variant dan menunjukkan aktivitas enzim yang normal, CYP2D6*2
memiliki aktivitas yang sama dengan CYP2D6*1 tetapi memiliki
kemampuan untuk duplikasi dan amplifikasi, kedua CYP tersebut
muncul pada individu dengan extensive-metabolizer (EM).
► CYP2D6*4 (defectice splicing) dan CYP2D6*5 (gene deletion), muncul
pada individu dengan poor metabolizer (PM) dan mengakibatkan dalam
inaktivitasnya anzim atau bahkan ketiadaan enzim.
► Pada orang asia dan afrika kebanyakan memilki CYP2D6*10 (pro34Ser)
dan CYP2D6*17 (Arg296Cys) yang keduanya mengakibatkan substitusi
asam amino tunggal dan konsekuensinya akan menurunkan aktivitas
enzim.
► Omeprazol merupakan contoh obat yang
jika diberikan pada individu dengan
CYP2C19*2 atau CYP2C19*3 akan
memberikan efek terapi yang meningkat
dimana akan meningkatkan kecepatan
penyembuhan terhadap infeksi helicobakter
pylori( Cavallari & Lam., 2005).
► Terdapat beberapa varian pada CYP2A6 antara lain
CYP2A6*1 (wild type), CYP2A6*2 (single amino acid
susbtitution), CYP2A6*3 (gene conversion) dan tiga gene-
deletion allele (CYP2A6*4A, CYP2A6*4B dan CYP2A6*4C) (
Cavallari & Lam., 2005). Delesi pada CYP2A6 sangat sering
dijumpai pada orang asia.
► Nikotin merupakan salah satu senyawa yang
dimetabolisme oleh CYP2A6. Ketidakmampuan
memetabolisme nikotin karena defektif allele CYP2A6
menyebabkan peningkatan toleransi nikotin dan
peningkatan adverse effect karena nikotin( Cavallari &
Lam., 2005).
Polimorfisme pada drug transporter
genes.
► Variasi genetik pada protein pentranspor obat akan
mempengaruhi distribusi dan mengubah konsenstrasi obat.
Salah satu protein pentranspor obat yang menunjukkan
polimorfisme yang paling dikenal adalah P-glikoprotein
yang dikode oleh multidrug-resistance-1 (MDR-1) gene. P-
glycoprotein ini pertama kali dikenal karena
kemampuannya mengeluarkan agen antikanker dari sel
kanker dan menyebabkan resistensi obat-obat kanker. P-
glycoprotein juga berpengaruh pada distribusi obat-obat
lain seperti digoksin, siklosporin dan tracrolimus dan ARV
protease inhibitor. Peningkatan di intestinal dari ekspresi P-
glikoprotein akan menurunkan absorbsi P-glikoprotein
substrat dan menurunkan bioavailabilitasnya (Cavallari &
Lam, 2005).
 Polimorfisme dalam drug target
genes
► Polimorfisme dapat juga terjadi pada protein
target obat seperti reseptor, enzim dan
protein signalling intraseluler.
► Reseptor β1- dan β2-adrenergik banyak menjadi fokus riset
tentang determina genetik pada pemberian β-agonis dan
β-antagonis. β1-adrenergic terletak pada jantung dan
ginjal yang mengontrol tekanan darah. Dua synonimous
SNPs umumnya terjadi pada gen reseptor β1 pada codon
49 (SerGly) dan 389 (ArgGly) dan terdapat bukti
keterlibatan mereka dalam mengontrol tekanan darah.
Pasien-pasien hipertensi dengan homozygot baik pada
allele Ser49 maupun Arg389 akan terjadi efek penurunan
tekanan darah diastolik yang lebih besar pada pemberian
metoprolol dibanding dengan carrier pada allele Gly49 dan
atau Gly389. Data ini menunjukkan bahwa genotype pada
reseptor β1 memegang peranan penmting dalam
pengontrolan tekanan darah terhadap β blocker(
Beitelshees et al., 2006).
► Pada individu dengan CYP2D6*4 & CYP2D6*6 dengan PM
yang mengakibatkan tidak adanya anzim atau kelemahan
dalam metabolisme obat yang tergantung enzim tersebut
(CYP2D6) akan mengakibatkan efek yang
berbeda(berlebihan). Contohnya adalah terjadinya
neurophaty setelah pemberian perhexilin (obat antiangina),
sedang pemberian kodein dan tramadol akan mengurangi
efek analgesiknya.
► CYP2D6*10 (dihubungkan dengan aktivitas enzim yang
rendah) akan mengakibatkan tingginya konsentrasi obat
neuroleptic (halloperidol) yang diberikan dan menimbulkan
efek yang berlebihan ( Cavallari & Lam., 2005).
tambahan
 Genetic Classification of CYPs
► Several( at least 12) CYP Families identified
► Main CYP gene family members:
 CYP1
 CYP2
 CYP3
 CYP4

► Classification is based on amino acid sequence

and is lot limited to a particular species
 CYP 2D6
► CYP 2D6 is responsible for metabolism of
more than 25% of drugs available in the
market including
- antiarrhytmic drugs,
- antidepressants,
- neuroleptics,
- beta-adrenoceptor blockers,
- others eg. debrisoquine, codeine, etc.
(Ref: British Journal of Pharmacology, 53:111-122)
Some drugs whose metabolism is catalyzed by CYP2D6
(Ref: British Journal of Pharmacology, 53:111-122)
 Differences in metabolic activity of CYP2D6 is attributed to mutations or
duplications of CYP2D6 gene

Example: Patients taking antidepressant

nortriptyline require different doses based on
CYP2D6 genotype
- Normal CYP2D6 activity (one or more active alleles):
100-150 mg/day nortriptyline
- Poor metabolizer (2 inactive alleles):
10-30 mg/day nortriptyline
- Ultra-rapid metabolizer (CYPD26 duplication):
500 mg/day nortriptyline !!!
 Patients taking antidepressant nortriptyline
require different doses
based on CYP2D6 genotype

- Normal CYP 2D6 activity (one or more active alleles):

(Lancet,
100-150 mg/day nortriptyline
356:1667,
2000)

- Poor metabolizers (2 inactive alleles):

10-30 mg/day nortriptyline
- Ultra-rapid metabolizers (CYP D26 duplication):
500 mg/day nortriptyline !!!
 CYP2D6 and Codeine
► Codeine
is metabolized by CYP2D6 to
morphine.
H3CO

O-demethylation
O

Morphine
NCH3
CYP2D6
HO

CODEINE

► Sincemorphine is the active form having

analgesic properties, poor CYP2D6
metabolizer will not benefit relief from
codeine !
 A. PM
(poor
metabolizer

B. IM
(intermediate
metabolizer)

C. EM
(extensive
metabolizer)

D. UM
(Ultra
Metabolizer)

Pharmacogenetic Effect of Cytochrome Genotypes

(http://www.healthanddna.com/professional/pharmacogenetics.html)
► Michael died from an
adverse reaction to
Fluoxetine hydrochloride
(Prozac).

► (Prozac is the most widely

prescribed antidepressant
in history)

► He was a slow metabolizer

for CYP2D6 gene

► His Doctor would have

changed his medication if
s/he had known !!!

► (Ref:http://www.hcroi.com/presentations
/Coleman,%20Howard%20(session%201
1.05).ppt)
 Based on PGx data,
FDA started to include PGx-based
drug safety and efficacy drug labels !

Drug Biomarker Drug Label

Propafenone is used to treat arrhythmias and to maintain a normal heart rate

 SUCCINYLCHOLINE APNEA
► Succinylcholine is a rapid acting, rapid recovery
neuromuscular blocking agent.
SUCCINYLCHOLINE
O O
+ +
(H3C)3NH2CH2C O C CH2CH2 C O CH2CH2N(CH3)3

► Often used to produce muscular relaxation during surgery

► usual paralysis lasts 2 to 6 min in patients

Succinylcholine is metabolized by
pseudocholinesterase

► Genetic variation is one of the major factors determining the

activity of enzyme
 SUCCINYLCHOLINE APNEA
►Pseudocholinesterase deficiency
decreases succinylcholine inactivation.

► There are several variants of gene

affecting metabolization of succinylcholine

►Occasionally even when conventional

doses of succinylcholine are used,
prolonged paralysis of the respiratory
muscles results.
 G6PD Deficiency
► G6PD is present in all human cells but is
particularly important to red blood cells (RBCs)
► It is required to make NADPH (Nicotinamide
adenine dinucleotide phosphate) in RBCs.
► It is also required to make glutathione.
► Glutathione and NADPH both help protect red
blood cells against oxidative damage.
► Thus, when G6PD is defective, oxidative
damage to red blood cells readily occurs, and
they break open as a result. This event is
called hemolysis, and multiple hemolysis in a
short time span constitute an episode of
hemolytic anemia.
► The Pentose Phosphate Pathway. Note the importance of
G6PD in the production of reduced G-SH, ribose, and NADPH
(adapted from: Yoshida and Beutler, 1986, pg.8).
- NADP+ = nicotinamide adenine dinucleotide phosphate
- NADPH = reduced nicotinamide adenine dinucleotide phosphate
- GS-SG = oxidized glutathione
- G-SH = reduced glutathione
 G6PD Deficiency
► The most common
enzyme deficiency !

► Worldwide 400 million (?) patients !!!

► Patients with G6PD deficiency are at increased risk of
developing hemolytic anemia when given oxidant drugs,
such as antimalarial (e.g., Chloroquine, primaquine),
aspirin, probenecid, and vitamin K.
(http://www.merck.com/mrkshared/mmanual/section22
/chapter301/301a.jsp)
 Compounds reported in the literature that may induce hemolysis in
G6PD deficient individuals (from: Avery, 1980; Koda-Kimble, 1978).
ANALGESICS/ANTIPYRETICS MISCELLANEOUS
- acetanilid - alpha-methyldopa
- acetophenetidin (phenacetin) - ascorbic acid
- amidopyrine (aminopyrine) - dimercaprol (BAL)
- antipyrine - hydralazine
- aspirin - mestranol
- phenacetin - methylene blue
- probenicid - nalidixic acid
- pyramidone - naphthalene
ANTIMALARIALS - niridazole
- chloroquine - phenylhydrazine
- hydroxychloroquine - pyridium
- mepacrine (quinacrine) - quinine
- pamaquine - toluidine blue
- pentaquine - trinitrotoluene
- primaquine - urate oxidase
- quinine - vitamin K (water soluble)
- quinocide
CARDIOVASCULAR DRUGS CYTOTOXIC/ANTIBACTERIAL
- procainamide - chloramphenicol
- quinidine - co-trimoxazole
SULFONAMIDES/SULFONES - furazolidone
- dapsone - furmethonol
- sulfacetamide - nalidixic acid
- sulfamethoxypyrimidine - neoarsphenamine
- sulfanilamide - nitrofurantoin
- sulfapyridine - nitrofurazone
- sulfasalazine - PAS
- sulfisoxazole - para-aminosalicylic acid
 GENETIC MODIFICATION OF RECEPTORS

► Effectiveness of drugs is determined by

their binding to receptors in addition to
serum levels.
► For example, Familial
hypercholesterolemia (FH) is a disease in
which the ability to synthesize receptors
for low-density lipoprotein (LDL) is
impaired.
► LDL receptors (LDLRs) are needed for
hepatic uptake of LDL.
 GENETIC MODIFICATION OF RECEPTORS

► Patients with FH have very high levels of

circulating LDL.
► HMG-CoA Reductase inhibitors (important
class of drug for lowering circulating
cholesterol levels; Atorvastatin, Lovastatin, etc.)
function largely by increasing number of
hepatic LDLRs.
► These drugs are useless to FH patients since
they lack the genetic material needed for
LDLR !!!
(HMG : 3-Hydroxy-3-MethylGlutaryl)
 ADVERSE DRUG REACTIONS (ADRs)
► ADRs are responsible for:
- 6.7% of hospitalization (2.2 million/yr)
- 0.32 % of mortality (100,000 deaths/yr)
► 6th leading cause of death (in the USA)

► Although ADRs may normally occur as result of

higher levels of drugs, genetic variation may
increase an individual’s risk of developing ADR.

► Severity of ADRs as well as response to a

given medication vary widely among
individuals and are determined by genetic
make-up.
 ADR Test for CYP2C9
► CYP2C9 Metabolizes warfarin
► Warfarin associated incidence of hemorrhages
0.8% fatal, 4.9% major, 15% minor
► Poor Metabolizers at 2-4 X greater risk for
hemorrhages
► 5-10% of population - Poor Metabolizers
► Genetic testing prior to the administration of
warfarin will reduce the incidence of adverse
bleeding event
► 12 CYPC29 alleles identified. Patients with CYP2C9*2 and CYP2C9*3 alleles
have lower mean daily warfarin doses and a greater risk of bleeding. Testing
for gene variants could potentially alter clinical management in patients
commencing warfarin.
 TOOLS FOR PGx
►Medical Bioinformatics: to
correlate genetic information with
biological activity
►Microarray Technology (DNA chip
Technology):
- In the past, gene expression analysis
was very laborious and difficult.
- Using microarray DNA chips, thousands
of genes, even whole genomes, can be
analyzed in a short time !.
 FUTURE OF PGx:

► It is hoped that within the next decade:

- researchers will be able to correlate DNA
variants with individual responses to
medical treatments,
- and identify particular subgroups of
patients, and eventually develop drugs
customized for those populations.
Top 10 PGx Tests
1) CYP 2D6 (*)
2) TPMT
3) CYP 2C9
4) CYP 2C19 (**)
5) NAT (*)
6) CYP 3A5
7) UGT1A1
8) MDR1/P-glycoprotein
9) CYP 2B6
10) MTHFR
September 1, 2004: First DNA Chip based test for two CYP 450 genes, CYP2D6 and
CYP2C19, is approved by European Committee.
December 27, 2004: U.S. Food and Drug Administration (FDA) has granted
regulatory clearance for the Affymetrix GeneChip(R) System 3000Dx (GCS 3000Dx),
an instrumentation system to analyze in vitro diagnostic microarrays.
AmpliChip CYP450 Array
PGx test for irinotecan, an antineoplastic drug.
“Do not be surprised if in
the next year or two, (this
kind of) DNA testing will be
considered as a necessary
step before writing a
prescription”.
Dr. Francis Collins
The Director
National Human Genome Research Institute
Matur nuwun