NÜKLEİK ASİTLER

Prof.Dr.H.Asuman TOKULLUGİL
 1.RNA: Ribonükleik asitler
2.DNA: Deoksiribonükleik asitler

Genetik bilginin depolanmasında → DNA

Genetik bilginin transferinde → RNA
rol oynar.

2
 Azotlu bir baz
+
şeker nükleotid
+ (monomer)
fosforik asit

nükleotidler=N.A oluşturur (polinükleotid)

monomer polimer

mononükleotid= N.A yapıtaşı,yapı birimi 3

Nükleotid Yapı Taşları

 1.Azotlu baz: Pürin veya pirimidin

 2.Şeker : D-riboz veya

2 deoksi D- riboz

 3.Fosforik asittir

4
I.AZOTLU BAZLAR

a.PURİNLER
A-PURİNLER

5
 B.PİRİMİDİNLER

6
 İnozin : (pürin)

 Pseudoüridin : (pirimidin)

→ t.RNA yapısında metilli

türevlerdir.

7
 TAUTOMERİZASYON
Molekülün farklı bölgeleri arasında proton
alış-verişi

oksopurin, keto → enol dengeli

oksopirimidinlerde
C=0

C -OH

8
 Keto-enol izomerizasyonu
Fizyolojik şartlarda keto formu
9
 Nükleozid= baz + şeker
 Nükleotid= baz + şeker+ fosforik asit
 Nükleik asit= poli nükletid

10
 b-N GLİKOZİD BAĞI
 A) PURİNLERDE

11
 B)PİRİMİDİNLERDE

12
NÜKLEOTİDLERİN FONKSİYONLARI

 1.ATP: Evrensel kimyasal enerji

taşıyıcısı

ATP  ADP + Pi → 7.3 kcal/mol

enerji
ATP  AMP + PPi
PPi → 2Pi
pirofosfataz

13
 2.Biosentez reaksiyonlarında
TAŞIYICI ve AKTİVATÖR
a)S-adenozil methionin: Transmetilasyon reak.da

14
 b)AMP
3 fosfoadenozin 5’fosfo sülfat =PAPS
yapısında bulunur
Kondroitin sülfatın sülfatlanması

15
c)ADP : Koenzim A’nın bir parçası

16
 d)UTP: Uridin trifosfat
 UDP-glukoz
 UDP-galaktoz
 UDP-glukuronik asit
1- Glikojen sentezi
2- Galaktoz metab
3- Amino-şeker metab
4- Uronik asit yolu
5- Bilirubin metab
17
e)CTP:Sitidin trifosfat
CDP-Kolin → fosfolipid sentezi
CDP-digliserit → trigiserid sentezi

CDP-Kolin (=sitidin difosfat kolin) 18

 3-Nükleozid trifosfatlar (nükleotid),
biyosentez reaksiyonunda gerekli fosfat ve
pirofosfatı sağlarlar:
Ör:ATP
a)Fosforilasyon Reaksiyonu

Heksokinaz X +NTP kinaz

X-P + NDP
Glukokinaz
Mg++
Fruktokinaz Glukoz + ATP G.6.P +ADP
glukokinaz
Proteinkinaz

19
 B) Pirofosforilasyon Reaksiyonu
Ör: Nükleotid sentezinde kullanılan ribozun
sentezi

Riboz-1-P + ATP PRPP + AMP

( PRPP = 1 Fosforibozil-5-pirofosfat )

20
 4-Elektron transfer reaksiyonuna
katılan koenzimler
 NAD (nikotinamid adenin dinükleotid)
 NADP (nikotinamid adenin dinükleotid fosfat)
 FMN (Flavin adenin mononükleotid)
 FAD (Flavin adenin dinükleotid)

 FAD 1-D-riboz yerine D-ribitol (şeker alkolü)

 FMN 2-Flavin azotlu baz ama N.A yapısında
bulunmaz

21
 ATP
 CTP RNA polinükleotidlerinin prekürsörü
 GTP URASİL RİBOZ
 UTP

 dATP
 dCTP DNA polinükleotidlerinin prekürsörü
 dGTP TİMİN DEOKSİRİBOZ
 dTTP

22
 5)İkincil haberci
=Secondary messenger= Hücre içi habercisi
Ör: c.AMP (çembersel AMP)

Adenilat
ATP 3’5’ cAMP +PPi
siklaz 23
24
DNA’nın YAPISI ve ÖZELLİKLERİ
 1) 3’ 5’ fosfodiester bağı

Adenin

Urasil (DNA’da timin)

Guanin

Sitozin

25
 2) Polinükleotid zincirinin
3’ ucunda : serbest OH
5’ ucunda : 5’ trifosfatlar bulunur
(öncül molekül)

5’ → 3’

26
 3)RNA ile DNA’nın farkları

 Baz :RNA ‘da Urasil

DNA’ da Timin

 Şeker : RNA’ da riboz 2’de OH grubu

DNA’da deoksiriboz 2’de H
grubu

27
 HÜCRELER

EUKARYOTİK PROKARYOTİK

28
 I-Prokaryotik Hücrelerin Özellikleri
E.koli gibi bakteriler
Riketsiya Küçük ilkel
Spiroket canlılar

1) Hücreler küçük
2) Sitoplazma: -depo granülleri
-nükleer zon (çekirdeğimsi bölge)
-sitoplazma zarı (tek zar)
3)Ribozomlar: Protein sentez yeri
Ultrasantrifüjde 70 s çökme hızı 30 s , 50 s’lik iki alt birim

4)DNA : - Tek bir dev makromolekül

- DNA-protein ilişkisi yok
- Küçük sitoplazmik - DNA
plazmid,epizom denir
29
 II-Eukaryotik Hücrelerin Özellikleri:
 Yüksek bitki, hayvan, insan hücreleri
1)Hücreler 1000-10000 kat büyük
2)Sitoplazma: Zarla çevrili, sınırlı, şekilli organeller
-mitokondri, kloroplast
-Golgi cisimcikleri
-Düz ve kaba EPR
-lizozom
-çekirdek
3)Ribozomlar: daha büyük
80 s de çöker :
40 s ve 60 s lik 2 alt birim

4)DNA:Kromozomlar halinde dağılmış durumda

Drosofilia 8 kromozom
İnsan 46 kromozom
Tavuk 78 kromozom
30
 Kromozom = 1 veya daha fazla sayıda DNA
molekülü içerir

 Kromatin= DNA + bazik protein(histonlar)

= (nükleoprotein)

 NÜKLEOLUS= Çekirdekçik:Ribozom sentez

bölgesi

-% 0.1, 0.2 DNA mitokondri veya kloroplastlar

içinde yer alır

31
 DNA’nın Kimyasal Analiz Sonuçları
 1)Adenin = Timin A=T A/T= 1
Guanin= Sitozin G=C G/C=1

 2)Pürin nükleotid sayısı=Pirimidin nükleotid sayısı

(A+G=T+C)

 3) 4 ve 6. C da (NH2) grubu içeren bazların toplamı =

4 ve 6. C da (=O) grubu içeren bazların toplamı
(A+C=G+T)
(NH2) (=O)

 4)Dissimetri oranı = A+T/G+C

Belirli bir tür için sabit ve karakteristik, türler arası değişim
gösterir.

32
DNA X- Işını Kırınımı Bulguları
 1953’te Watson ve Crick
 DNA çift sarmal yapısı

33
Watson-Crick DNA Modeli
 1)Bazlar sarmal eksenine dik
düzlem yapar

 2)İki baz düzlemi arası arası

=0.34 nm

 3)Sarmalın bir tam dönüşü=

10 nükleotid=3.4 nm

 4) Her 2 zincir birbirine

komplementer
A=T G=C

34
Hidrojen Bağları

35
 5) Fosfodiester iskeleti

 2 nükleotid birbirine fosfat grubu aracılığı ile 3’, 5’

grubları vasıtasıyla bağlanır.
 5’ 3’ ne doğru uzar.
36
3’, 5’ fosfodiester bağı

Fosfoester
iskeleti

37
 6)DNA Sarmalının Stabilitesi
1-Hidrojen bağları
2- Bazlar arası hidrofobik etkileşimler

 7) pH= 7’ de fosfat grubları (-) yüklü.

Bu nedenle asidik özellik
Bu nedenle N.A denir

Hidrofilik

Hidrofobik

38
 Denaturasyon, Renaturasyon:
 İzole edilmiş DNA çözeltisi
Oda sıcaklığında pH 7 de viskoz çözelti

 Aşırı pH viskozite ↓
Isı 80-90 olunca DNA da fiziksel değişim

H bağları
Hidrofob etkileşimler bozulur
↓
karşıt zincirler kısmen veya
tamamen açılır

DNA denaturasyonu= DNA erimesi

Tersinir olaydır

39
 Hibrit DNA’ların Oluşumu
DNA’lar izole edilir

insan sıçan
Ayrı ayrı denatüre edilir

İnsan sıçan Hibrid

65°C birkaç saat DNA
bekletilir
Karıştırılır
40
 İki tür birbirine ne kadar yakınsa
-Hibridleşme 
-DNA da sarmal yapı oluşturma oran olur

Ör: İnsan –sıçan hibritleşmesi 

İnsan – maya hibritleşmesi 

41
 Hibritleşme deneyleri genetik
biyokimyada;
 1)Akrabalık derecesinin tayini,

 2)DNA-RNA hibridleşmesi → DNA-RNA

ilişkisi

 3)Genlerin izolasyonu için kullanılır

42
 Prokaryotik Hücrelerin DNA’ları
 Prokaryotik hücre → E.coli (bakteri)
200 misli DNA
 DNA virusu → Lamda faj.(bakteri virusu)

 E.coli’de DNA
-Tek ve çok büyük molekül
-Çift sarmal yapısında , halkasal
-4 milyon baz çiftinden m.g.
-DNA’ nın uzunluğu, hücrenin uzunluğundan 700 kat
-Süpercoiling ( DNA fonks. için gerekli)
-Nükleer zon (=Çekirdeğimsi bölge)
-Topoizomeraz(DNA giraz): Supercoiling yapan ya da
açan enzimler
-Halkasal DNA :plazmid- sitoplazmada
43
 Nükleer DNA: Bir kaç bin gen

 Küçük halkasal DNA: Bir kaç gen

 GEN: Tek bir protein veya enzim kodlamak

için gerekli DNA parçası (nükleotid dizisi)

44
Eukaryotik Hücre DNA’ları

 -E.coli’ ye göre :

Drosofilia ‘da 25 misli

İnsanda 600 misli  DNA

-E.coli DNA sı=1.4 mm

-İnsan hücre DNA sı = 2m

45
KROMOZOM:

-nükleoprotein kümeleri

-genetik materyal kromozomlara bölünmüş

-kromozom organizmanın türüne özgü

sayıda

-kromozomların DNA içeriği ve hacmi

farklıdır

46
 Her KROMOZOMDA
1) 1 DNA sarmalı
2) Proteinler (histonlar)
3) E.coli DNA’ sının 4-100 katı kadar
nükleotid içerir
(E.coli DNA’sı= 4 milyon baz çifti)

-Eukoryotik hücre DNA’ları doğrusal yapıda

47
 GENOM: Bir hücredeki genlerin hepsi
İnsan KC hücresi
Hücre çapı = 25 μmetre
Çekirdek çapı= 5 μmetre

46 kromozom
DNA’ların toplam uzunluğu = 2 metre
(=2.106 μ m)

48
 KROMATİN

-Kromozom materyali
-Dağınık, koyu boyanan, ağımsı

%60 protein
%35 DNA dan oluşur
%5 RNA

49
 DNA sarmalı

Nükleozom
çekirdeği

H1 histon
10 nm
Ayırıcı DNA

NÜKLEOZOMLAR
50
KROMATİNDE:

 DNA + Histonlar = NÜKLEOZOM

Histonlar:
-Bazik proteinlerdir.
-Lizin,arjinin 
-MA:11000-21000
-Prokaryot hüc.de
bulunmazlar.

51
NÜKLEOZOM:

-10-11 nm çapında

-Her nükleozomda 2’şer tane H2A, H2B, H3 ,H4

proteinleri bulunur (toplam 8 histon prot.)

-DNA sarmalı nükleozomun çevresine 2 kez sarılır

-Bir nükleozomda 200 baz çifti bulunur

-20-120 nükleotidlik AYIRICI DNA SARMALI

-H1 prot. = Ayırıcı bölgede

52
DNA REPLİKASYONU
 Watson-Crick Hipotezi

ll ll ll
Ebeveyn Yavru sarmallar

- Yeni sentezlenen DNA zincirleri

- Ebeveyn DNA’lar kalıp rolü oynar

53
Messelson ve Stahl Deneyi(1957)
 1) E.Coli NH4Cl, (15N)’li
besi yerinde üretiliyor
Cecium Cl içinde
ultrasantrifüj

i)Normal E.coli -14N Hafif DNA(14N)

içeren

ii)15N ‘li besi yerinde

üretilen E.coli Ağır DNA(15N)

54
 2)15N içeren E.coli ler 14N LÜ ortama alınıyor
1 nesil sonra

14N 15N

Orta noktaya çöker

Hibrit DNA

55
 3) 2 nesil sonra

14N 14N
14N
15N

Hafif DNA(14N)

Hibrit DNA
(14N 15N)

DNA replikasyonunda ; yavru DNA’ nın bir zinciri

ebeveynden diğer zinciri yeni sentezleniyor 56
Semikonservatif replikasyon

57
Halkasal DNA’ nın Replikasyonu

58
Halkasal DNA’nın replikasyonu:

- Replikasyon yönünde
DNA’nın açılması

- Çift yönlü

- Origin:Başlangıç noktası
100-200 nükleotidlik bir bölge,
özel bir protein tarafından tanınır
59
E.Coli’de DNA replikasyon çatalı
oluştuktan sonra ;

→ 37 C de 45000 nükleotid/dakikada
ilerler (replike olur)

→ 1 DNA sarmalı = 10 nükleotidde tam dönüş

Bu nedenle ters yönde dönmesi gerekir

4500 devir / dk ters yönde döner ve

DNA sarmalı açılır

(Bu hız = 70 mil/saat)

60
Eukaryotik DNA’ların Replikasyonu
 -Birçok origin mevcut

 -Çift yönlü

 -Hızı prokaryotların 10 da biri kadar

Tek origin olsa → 2 ayda replikasyon
(Binlerce origin → binlerce replikasyon çatalı
Bu nedenle → replikasyon hızlı olur )

61
 Kabarcıklar
Çift yönlü replikasyon sonucu
oluşur

REPLİKASYON
62
DNA POLİMERAZ I ENZİMİ

63
Deoksiribonükleozid 5’trifosfat = NTP

(dNMP)n + dNTP
DNA

(dNMP) n+1 + PPi
Uzamış DNA

64
DNA POLİMERAZ I ENZİMİ
 Substratları : dATP, dTTP, dCTP, dGTP, bir DNA çifti
sarmalı

 Kofaktörleri : Mg++ ve Zn++ iyonları

 DNA çift sarmalı = başlangıç ve kalıp

Mevcut DNA zinciri kalıp kabul edilir

 Buna KOMPLEMENTER= KARŞIT zincir sentezlenir

 Sentez (zincirin uzaması) 5’ → 3’ yönünde olur

65
 Uzayan
DNA zinciri

Zincire yeni
girecek
dNTP
dGTP

66
67
REPLİKASYON OLAYI
 1)Başlama noktasının tanınması(origin)

 2)Ebeveyn sarmalın dönerek açılması

 3)Yavru komplementer zincirlerin oluşumu

 4)Zincirin uzaması

 5)Zincirin sarmal şeklini alması

 6)Replikasyonun sonlanması

 20 veya  enzim = DNA replikaz sisitemi

(REPLİZOM)

68
 E.coli bakterisinde :
 DNA polimeraz I : Hücre içinde en fazla
 DNA poimeraz II : İşlevi ?
 DNA polimeraz III: DNA sarmalının uzamasından esas
sorumlu enzim

DNA polimeraz III holoenzim

(subuniteleri)
-550.000 M.a ‘da
-Zn++ iyonları mevcut,
aktivite için Mg++ gerekli

69
 DNA polimeraz I ve III

 a)Endonükleaz aktivitesi: 5’ → 3’ ucuna doğru

yeni nükleotidler takarak ilerler

 b)Her iki enzimde - DNA kalıp zincirine ve buna

sarmal olarak sarılmış PRIMER zincire gerek duyar
b alt birimi = Ebeveyn DNA ‘daki primer zinciri
tanıyarak ona bağlanır

 c) Ekzonükleaz aktivitesi
Hem 3’ → 5’, hemde
5’ → 3’ yönünde

zincirden nükleotid koparma aktivitesidir

70
OKAZAKİ PARÇALARI:
 -Normalde DNA replikasyonu 5’ → 3’ yönünde

 Replikasyonda karşıt zincir oluşturulur

 A zinciri : 5’ → 3’ yönünde normal replikasyon
 B zinciri : 3’ → 5’ yönünde replike olmaz.Bu nedenle
5’ → 3’ yönünde okazaki parçaları ile replike olur
71
72
 Replikasyondaki enzimler ve işlevleri
 1)PRİMAZ Enzimi
-Okazaki parçalarınn oluşumu için gerekli
-Açılan replikasyon çatalının ucuna birkaç tane
ribonükleotid takarak → primer sarmal m.g
(öncül)
2)DNA polimeraz III : Primer sarmala →
deoksiribonükleotidleri takar, zincir uzar

3)DNA polimeraz I : a) Ekzonükleotidaz aktivitesi ile

ribonükleotidleri çıkarır sonra
b) Aynı yere : kalıba uyan
deoksiribonükleotidleri takar
-Okazaki parçaları meydana gelmiş olur
73
 4)DNA ligaz
Okazaki parçalarını birleştirir

 5)Helikaz enzimi
-DNA sarmalını ters yönde döndürerek, zinciri
DÜZLEŞTİREN ve AÇAN enzim
-Çatalın hemen önünde bulunur

 6)DNA bağlayıcı protein(DBP)

-Düzleşip açılan DNA’nın tekrar kapanmasını önler

 7)Topoizomerazlar
-Sarmal 4500 devir/dak hızla düzelir
-Dengeleyici oynak nokta olmasa → bu hızda replikasyon
çatalının önündeki kromozom ters yönde dönebilirdi

74
 Topoizomerazlar

 a)Dengeleyici oynak nokta: Topoizomeraz

Helikazın önüne oturur.
Helikaz
Helikazla aynı hızda, helikazla
kendi arasındaki DNA segmentini
180ºlik dönmelere tabi tutar.
DNA düzleşmesine yardımcı olur

 b)Superkoling olayı:
Topoizomeraz sarmalın düzleştirilmesine yardımcı olur
Helikaz sarmalı açar
(Prokaryotlarda :Topoizomeraz=DNA giraz)

75
76
 HİSTONLARIN REPLİKASYONU
 Kesikli DNA zincirinin bulunduğu yavru
sarmalda yeni histonlar yeni
nükleozomları oluştururlar.

 Replikasyon çatalında DNA sentez yönü bir

zincirde :5’→3’ ,
diğer zincirde ise 3’→5’ dir.

 3’→5’ yönünde sentez kesikli zincir

şeklindedir.

 5’→3’ yönünde lider zincir sentezlenir.

77
Eski ve yeni histonlar nasıl dağılım
gösterir ?
 In vitro DNA sentezi yapılıyor

 Bir protein sentez inhibitörü olan

sikloheksimid ortama ekleniyor
(Böylece yeni histon sentezi engelleniyor)

 Bu şartlar altında DNA sentezi 15 dk devam

ediyor

 Yeni sentezlenen DNA’ nın yarısı

DNAaz I’le tamamen yıkılıyor

 Diğer yarısı ise 200 baz çifti içeren parçalara

ayrılıyor.
78
 Bu deney ve density-labeling çalışmaları
şunu düşündürmüştür;

 Ebeveynden gelen histonlar yeni DNA

sarmallarından sadece birisinde bulunur

 Diğer yavru sarmalda ise önce histon

yoktur ve çıplaktır

 E/M da da replikasyon çatalında bir tarafta

histonlar bulunurken diğer tarafta
bulunmadığı görülüyor

 Özellikle replikasyon esnasında ebeveynden

gelen histonlar konservatif olarak ayrılı (veya
tek bir yavru DNA sarmalında toplanır)
79
Özetle;

 Replikasyon esnasında
ebeveynden gelen histonlar
konservatif olarak ayrılır

(veya tek bir yavru DNA sarmalında

toplanır)

80
Bu bulgular;
 Histonların replikasyon esnasında DNA’
dan ayrışmadığını gösterir

 Gerçekte, eski histonlar lider zincirin

olduğu yavru sarmalda durur

 Buna karşın yeni sentezlenen histonlar

kesikli DNA zincirinin olduğu yavru DNA
sarmalında toplanır

81
 Bu farkın bir olası nedeni şu olabilir :

 Histonlar, tek sarmallı DNA’ya kıyasla, çift

sarmallı DNA’ya çok daha kuvvetle
bağlanırlar

 Eski histonlar olasılıkla kesikli sarmalı

bırakırlar

 Çünkü bunda okazaki parçalarının

birleşmesinden önce tek sarmallı
bölgeler vardır.

 Bu nedenle öbür zincire geçerler.

82
TRANSKRİPSİYON
 DNA’ daki baz dizilişi= genetik bilgi içerir
 Bazların özel dizilişi= genetik şifre

DNA nın ufak bir kısmının açılması

(=gen= Bir protein kodlayacak baz dizesi)

Transkripsiyon

RNA sentezi

Translasyon

Protein sentezi

83
TRANSKRİPSİYON →

-DNA’ daki baz dizilişine göre genetik

şifrenin RNA’ya aktarılması

-Komplementer olay

84
RNA’lar
 1)Habercil (messenger RNA= mRNA)

DNA Ribozomlara gider

Transkripsiyon

 2)Taşıyıcı RNA(transfer RNA= tRNA)

Her aa’e özgü bir tRNA vardır

 3)Ribozomal RNA (rRNA)

Hepsi nükleusta DNA’dan transkripsiyonla
sentezlenirler

85
 mRNA
 Uzunluğu değişik, tek zincir halinde molekül

 MONOGENİK (MONOSİSTRONİK): Tek genin bilgisini

 POLİGENİK (POLİSİSTRONİK): Çok genin bilgisini
taşıyorsa denir

-Prokaryotlardaki mRNA’lar poligenik

-Eukaryotlardaki mRNA’lar monogenik

mRNA mol. uzunluğu kodladığı polipeptid zincirinin uzunluğu

ile sınırlı.

3 baz → 1 aa kodlar

Bu nedenle 100 aalik bir polipeptid zinciri için en az

300 bazlık RNA gereklidir

86
 Prokaryot mRNA ları gen.la kodladıkları polipeptid zinciri için
gerekenden daha uzun
→5’ ucunda :LİDER bölge (25-150 baz) polipeptid
kodlamaz

 Poligenik mRNA’larda, INTERGENİK BÖLGE polipeptid

kodlamaz

Lider İntergenik Gen II

Gen I bölge
bölge

5’ 3’
Protein kodlamaz Protein kodlar

-Bir metabolik yol enzimleri için poligenik mRNA kullanılır

87
mRNA Sentezi:
 DNA’ya bağımlı RNA polimeraz enzimi
-DNA ‘nın bir zincirini kalıp gibi kullanır
-Buna komplementer RNA zinciri oluşturur
-Aktif merkezinde Zn++
-Mg++ ‘a gerek duyar
-Substratları: ATP, GTP, UTP, CTP
-5’ → 3’ yönünde zincir uzaması
-3’ ucuna ribonükleotid birimlerini takar

88
 RNA polimeraz reaksiyonu:
n(NMP)n + NTP  (NMP) n+1 + PPi
Ribonükleosid uzamış RNA (b ve 
5’ trifosfat fosfat
grubları)
( fosfat grupları)

89
 DNA kalıp görevi görür

DNA’da : A T G C (deoksiribonükleotid)

RNA’da : U A C G (ribonükleotidler)

- Primer zincire gerek yok, ama ÖZGÜL BİR

BAŞLAMA noktası gerekli

-RNA polimeraz bu noktaya oturduktan sonra→

TRANSKRİPSİYON başlar

90
TRANSKRİPSİYON’un Safhaları
 RNA polimerazın→
1- Başlama noktasına oturması
2- Birkaç fosfodiester bağı yapması
3- Sigma birimi (enzimin bir alt birimi, holoenzimden ayrılması
4- Zincirin uzaması
5- Genin transkripsiyonunun bitme sinyali= DNA kalıbı
üzerindeki DURMA DİZİSİ
6- RNA ve RNA polimerazın DNA’dan ayrılması.
(Rho) P proteini

91
 RNA polimeraz :
Prokaryotlarda: -M:A 500.000
-Kompleks, holoenzim
-5 polipeptid subuniti var (2, b, b’, )
-mRNA, tRNA; rRNA sentezler

Eukaryotik hücrelerde:
RNA polimeraz I : Nukleolusta lokalize rRNA sentezler
RNA polimeraz II : Kromatin içinde lokalize mRNA
sentezler
RNA polimeraz III :Kromatin içinde lokalize tRNA ve
5s’lik rRNA sentezler

92
93
Transkripsiyonun İnhibisyonu
 Aktinomisin D:
Prokaryot ve eukaryotlarda ; DNA
sarmalında G-C arasına oturur,
transkripsiyonu kitler ve zincir uzayamaz

 Akridin D:
Aktinomisin D gibi aktivite

 Rifampicin D:
Prokaryotlarda RNA polimerazın bir alt
birimine bağlanarak enzimi bloke eder

94
 Posttranskripsiyonel İşlem
 Enzimatik olarak RNA’ya bazı grubların
takılması ve çıkarılması →
RNA’nın AKTİFLEŞMESİ

 DNA RNA zinciri AKTİF RNA

transkrip. Posttranskripsiyonel
işlem

95
Heterojen nükleer RNA =hnRNA

Eukaryotik hücrelerde önce nükleer RNA’lar sentezlenir

Heterojen nükleer RNA

mRNA + sRNA(small RNA)

96
 Eukaryotik mRNA’ların,
Prokaryotik mRNA’lardan Farkları:

 1) Eukaryotik mRNA’lar :MONOGENİK

 2) Eukaryotik mRNA 3’ ucunda POLİ-A KUYRUĞU
(100-200 tane –A-A-A-)
(Poliadenilat polimeraz, substrat ATP)
 3) Eukaryotik mRNA 5’ ucunda → 7-METİL GUANOSİN
şapkası
Şapka → Translasyonu başlatmak üzere ribozoma
bağlanmada yardımcı

Şapka ve kuyruk → mRNA’ yı enzimatik yıkımdan korur

97
98
Reverse Transkriptaz (Ters transkripsiyon
yapıcı) ve Kanser Oluşumu

Viral RNA Komplementer

Reverse DNA (cDNA)
transkriptaz

Kuşlarda Rous sarkomu etkeni :RNA virusu

Bunda ;
RNA’ ya bağımlı DNA polimeraz
(reverse transkriptaz)

99
100
 Hormon Üretimi
 Reverse transkriptaz sentetik gen sentezi

E.coli’ye verilir Plazmid oluşturma

(cDNA)

Hızla çoğalır Translasyon

Sonuçta istenen protein,Ör:İNSULİN

101
TRANSLASYON
 Replikasyon

DNA

Transkripsiyon Reverse Transkripsiyon

(R.Transkriptaz)

RNA
Translasyon

PROTEİN
102
PROTEİN SENTEZİ (Translasyon)
 a) Protein sentezi çok karmaşık bir olaydır
Eukaryotik hücrelerde :
70 tane ribozomal protein
20 tane protein: aa aktivasyonu için
12 tane protein: translasyonda enzim
100 tane protein: posttranslasyonel işlemlerde
100 tane rRNA, mRNA, tRNA
-Yaklaşık 300 tane makromolekül → 1 polipeptid
zincirinin sentezi için gerekir

 b) Protein sentezi çok hızlı gerçekleşir.

100 aa’lik polipeptid  5 sn’de

 c) Hücre içi protein sentezi çok sıkı kontroldedir.Gerektiği

kadar protein sentezlenir

103
Translasyonu Evreleri

1- AA’lerin aktivasyonu

2- Polipeptid zincirinin başlaması

3- Uzama

4- Sonlanma ve ribozomdan ayrılma

5- Kıvrılma ve işlenme

104
 I.evre :AA’lerin aktivasyonu

Mg 2+
aa + tRNA + ATP aminoasil-tRNA +AMP + PPi
a.asil-tRNA
sentetaz

Tersinmez reak. Gº’ = -7.0 kcal/mol

105
 Ör: isolösil-tRNA sentetaz =E

a) isolösin + ATP + E 
E-İsölösil-AMP + PPi

a) E-[isolosil- AMP] +tRNA ile → İsolosil-tRNA ile

+ E + AMP

Gº’ = -7 kcal/mol

106
107
 T=ribotimidin
=Pseudoüridin
DHU=Dihidrouridin
tRNA
108
Polipeptid zincirinin başlaması

109
II.evre:

 Polipeptid zincirinin başlaması

1) RİBOZOMLAR:

110
 21 tane polipeptid

34 tane polipeptid

Prokaryot Eukaryot

111
2) Başlangıç amino asiti

 Prokaryotlarda:
Peptid zincirinin aminoterminalinde :
N-FORMİL METHİONİN bulunur

ı
H l
COO-

H-C-N-C-H
ll l
O CH2
l
N-formil CH2
l
grubu S
l
CH3

112
 Bu aa 2 reaksiyonla oluşur

ATP AMP + PP

a) Methionin + tRNA fmet  methionil- tRNAfmet

Mg ++
Methionil –tRNA sentetaz

b)Formil grubunun methionil’in amino grubuna transferi

N10- Formil tetrahidrofolat + Met-tRNAfmet tetrahidrofolat +fmet-tRNAfmet

N10- FH4 transformilaz

-Transformilaz serbest methionine formil bağlayamaz.Özgül substratı Met-tRNAfmet

tRNAmet :Peptid zinciri içindeki methionine özgü

tRNAfmet :Başlangıçtaki formillenmiş methionine özgü.Bu tRNA sadece formil

grubu alabilir
113
EUKARYOTLARDA:

-Ekstramitokondrial ribozomlarda, methioninle sentez

başlar. t-RNAmet

-Mitokondri ve kloroplastlardaki ribozomlarda,

N-formil Met-tRNAfmet ile başlar

*Mitokondrilerin bakteriden oluşumu;

simbiotik yaşam teorisini destekler

114
B)Polipeptid sentezinin Başlaması

 Prokaryotlarda gerekli yapılar;

1) 30 S subuniti (16 s rRNA içerir)

2) Sentezlenilecek polipeptidi kodlayacak mRNA

3) Başlangıç aa-tRNA=N-formil methionil-tRNA fmet

4) Başlama faktörleri BF-1 (IF-1)

BF-2 (IF-2)
BF-3 (IF-3)
5) GTP
115
 Başlama kopmleksinin oluşumu

3 safhada gerçekleşir.

116
1.safha

 30 s ribozom üniti + BF-3 → Bağlanır

(30 s ve 50 s‘ın birleşmeleri engellenir)
 mRNA + 30 s subünitine → Bağlanır

6-8 tane
A ve G
A U G

5’ 3’

Başlangıç sinyali Başlangıç kodunu

30 s deki 16 s rRNA N-fmet-tRNAfmet deki UAC ile karşıttır
İle koplementer baz
oluşturur

117
 İşte başlangıç sinyali sayesinde;

a) mRNA 30 s’te doğru yere oturur

b) Başlangıçtaki AUG kodonu= N fmet tRNAfmet

Zincir içindeki AUG kodonu= met-tRNAmet

bağlar

118
2. safha

30 s subüniti GTP-BF-2
BF-3 +
mRNA Nfmet-tRNAfmet

BÜYÜK BAŞLANGIÇ
KOMPLEKSi

119
3.safha

120
1- mRNA ‘da AUG kodonu
fmet-tRNAfmet’de UAC’nin
anti kodonu başlangıç aasil-tRNA
doğru yere oturmasını
sağlar
2- Ribozomal P noktası

121
Ribozomlarda aminoasil-tRNA’ları
bağlamak için 2 bölge vardır

 A Bölgesi : Aminoasil kısmı

 P Bölgesi : Peptidil kısmı

- Bu bölgeler 50 s ve 30 s subunitelerinin
spesifik kısımlarından m.g

-P bölgesine sadece başlangıç fmet-

tRNAfmet bağlanırken A bölgesine ise diğer
yeni gelen aminoasil-tRNA’ lar bağlanır

122
123
İkinci kodon

124
III. Evre:Uzama

Gerekli yapılar
 1-Başlangıç kompleksi : 70 s ribozom
mRNA
fmet-tRNAfmet

 2- Bağlanılacak bir sonraki aminoasil-tRNA

(mRNA’ da AUG’den sonraki kodona uyan
antikodonlu aasil-tRNA)

125
 3- Uzama Faktörleri
Tu
Ts
G

 4- GTP

126
 Uzamanın Safhaları
1. safha
Bir sonraki aasil-tRNA + Tu- GTP → aasil-tRNA –Tu-GTP

aasil-tRNA-Tu-GTP Tu-GDP+Pi
+ Yeni aasil-tRNA
70 s
70s başlangıç kompleksi (kompleks)

127
Rejenerasyon Reaksiyonu

Ts
Tu-GDP Tu-GTP

GTP GDP

128
Bir sonraki kodon

129
2. Safha:
 P ve A bölgelerinde oturan aa’ler arasında
peptid bağı m.g
 50 s subunitindeki; peptidil transferaz enzimi

130
 3. safha: TRANSLOKASYON
Ribozomun mRNA üzerinde 3’ ucuna doğru
bir kodon kaymasıdır

Böylece → A bölgesindeki dipeptidil-tRNA


P bölgesine

P bölgesindeki- boş tRNA → sitoplazmaya

131
Translokasyonda

 1)G= Translokaz (uzama faktörü)

 2) GTP GDP + Pi (enerji) gerekir

132
 Dipeptidil t-RNA2

Translokasyon
kademesi

A kısmı bir sonraki

Aasil t-RNA için hazır

133
IV-Sonlanma ve Ribozomdan Salınma

 mRNA’daki şifreye göre son aa takıldıktan sonra

SONLANMA KODONLARI; UAA, UAG, UGA ‘dır.
Bunlar hiçbir aa kodlamaz

 Bu kodonlara gelinince 3 tane SONLANMA veya

SALINIM FAKTÖRÜ işe karışır
R1, R2, S → Sonlanma proteinleridir

134
 SONLANMA veya SALINIM
FAKTÖR’lerinin işlevleri :

1- Polipeptid zincirini son tRNA’dan ayırma ve

polipeptid zincirini sitoplazmaya salma

2- P kısmında boş kalan tRNA’ yı → sitoplazmaya

3- 70 s ribozomu 30s + 50 s’li subunitelere

ayırma
(Böylece yeni bir polipeptid zinciri sentezlenebilir)

135
mRNA Aa kodlayan kodonlar

Başlama Başlama Sonlanma

sinyali kodonu kodonları

136
V.Kıvrılma ve İşlenme
 Posttranslasyonel Modifikasyonlar

-Polipeptid zincirinin biolojik aktif hale

gelmesi için geçirdiği değişimler;

 Sekonder, tersiyer, kuarterner

yapıların oluşumu
 Bazı grupların takılması

 Bazı grupların çıkarılması

137
 PROTEİN SENTEZİNİN DÜZENLENMESİ

1- Transkripsiyonel Kontrol → Bakterilerde

2-Translasyonel Kontrol → Eukaryotlarda

(karmaşık, ?)

138
TRANSKRİPSİYONEL KONTROL

Bir hücredeki enzimler;

A) YAPISAL enzimler:
Her hücrenin tipine göre sabit miktarda

B) UYARILABİLİR enzimler:
Yapımı şartlara göre  veya 
(uyarılabilen- baskılanabilen enzimler)

139
A) BASKILANABİLEN enzim

E.coli → tek N kaynağı NH4+ tuzları

→ tüm aa’leri sentezler

*Ortama histidin ilavesiyle,

histidin sentezleyen enzimler baskılanır
(son ürün inhibisyonu)

140
B)UYARILABİLEN enzim

 Normalde mikterı az, ama bazı şartlarda yapım

miktarı artan enzimler
Ör: b-Galaktozidaz
Laktoz → D-Glukoz + D-Galaktoz

E.coli’de
- b-Galaktozidaz normalde 5-6 tane.
- Ortamda glukoz varsa bu enzim hiç kullanılmaz
- Tek C kaynağı laktozlu besi yerinde
-1-2 dk’da 1000 tane b - Galaktozidaz sentezi

141
OPERON: Birbiriyle fonksiyonel olarak ilişkili ve şartlara göre
açılıp, kapatılabilen genler grubudur

142
 LAC OPERONU

Yapısal genler : z → b-Galaktozidaz

y → permeaz
a → A proteini

Düzenleyici gen : i → represör protein

Kontrol genleri : p → promoter

0 → operator

İndükleyici : allolaktose (Laktozun

izomeri)

143
DNA’ da Lak operon’unun genetik yapısı

144