Genetic Linkage

&
Mapping

1
 Alleles, Genes, Loci, &
Homologous chromosomes

Trait

Genes &
Characters

2
Mendel’s Traits

3
 Mendel's laws
 Law # 1 - The law of "Segregation of Characteristics“.
 ในคู่ของ characters (2 alleles) มีเพียง 1 character (1 allele)
ที่ปรากฏใน gamete
 Law # 2 – The law of "Independent Assortment".
 ระหว่างการสร้าง gamete, 2 characters ของ gene ถ่ายทอด
อย่างอิสระ

4
Law # 1 - The law of “Segregation of Characteristics”.

Monohybrid
cross

5
Law # 2 – The law of "Independent Assortment".

Dihybrid
cross

6
 7 คู่ของ alleles ที่ Mendel ศึกษา แสดง Independent assortment
แม้ว่าหลาย alleles เป็ น syntenic; พบ
 3 loci อยู่บน chromosome 4 และ
 2 loci อยู่บน chromosome 1

Trait Phenotype Alleles Chromosome

Seed form round-wrinkled R-r 7
Seed color yellow-green I-i 1
Pod color green-yellow Gp-gp 5
Pod texture smooth-wrinkled V-v 4
Flower color purple-white A-a 1
Flower location axial-terminal Fa-fa 4
Plant height tall-dwarf Le-le 4
7
Mendel's laws in Chromosomes

8
Mitosis - Meiosis

9
10
Linkage

11
 Linkage
 Loci ของ 2 genes บน chromosome เดียวกัน อยู่ใกล้กนั มาก
จนไม่สามารถ segregate ได้อย่างอิสระ นัน่ คือ 2 genes นัน้ เป็ น
“Linked genes” ระหว่างการแบ่งเซลล์แบบ Meiosis
 แต่ linked genes อาจขยับห่างออกจากกันเล็กน้ อย จนสามารถทำ
“Crossing over / Recombination” กันได้บา้ ง
 ปรากฏการณ์ genes อยู่ใกล้กนั บน chromosome เดียวกัน เรียกว่า
“Linkage”
 Linkage ของ genes บน chromosomes มีทงั ้
 Autosomal linkage – linkage บน autosomal chromosomes
 X-linkage – linkage บน X chromosomes

12
 I. Autosomal / Genetic Linkage
 การเกิด crossing over / recombination ใน meiosis จะ
 บอกความเป็ นอิสระของ alleles ที่ อยู่ด้วยบน chromosome
 บอกระยะทางของ locus ของ gene หนึ่ งกับอีก gene หนึ่ ง
 ใช้ทำ map ของ genes ทัง้ หมดบน chromosome และ ของ
genome
 Loci ของ genes ที่ถกู locked อยู่ด้วยกันบน chromosome หนึ่ ง จะ
ได้ combination ของ alleles เหมือนเดิม
 Loci อยู่บน chromosome เดียวกัน เรียกว่า ถูก linked กันและกัน
 Loci (genes) เหล่านัน้ เรียกว่า Linkage groups ย่อด้วย l

13
 Autosomal / Genetic Linkage (cont)

 Linkage group, l, จึงหมายถึง จำนวน autosomes ของ haploid

 การเขียน สัญลักษณ์ ของ genome เป็ น

linkage group = haploid set ของ autosomes + sex chromosomes

เช่น
 Drosophila diploid มี 8 chromosomes
 เขียนเป็ น 2n = 8; l = 3 autosomes + X + Y
 Human beings diploid มี 46 chromosomes
 เขียนเป็ น 2n = 46; l = 22 autosomes + X + Y

14
 Autosomal / Genetic Linkage (cont)

 เนื่ องจากแต่ละ chromosome มีเหลาย genes เช่น คนมีประมาณ 30,000

genes บน 23 chromosomes หรือประมาณ 1,300-1,700 genes ต่อ
chromosome
 จึงไม่ยากที่จะพบ 2 genes บน chromosome เดียวกัน ซึ่งเรียกว่า Syntenic
 2 genes เกิด crossover เมื่อสร้าง gametes จะได้ gametes ที่มี 4 allele
combinations หรือ ได้ gametes 4 แบบ
 เมื่อ Syntenic genes ทัง้ 2 นี้ อยู่ใกล้มาก เรียกว่า 2 genes นี้ ว่า Linked genes
 2 genes ไม่เกิด crossover เมื่อสร้าง gametes จะได้ gametes ที่มีเพียง 2
allele combinations หรือ ได้ gametes 2 แบบ

15
 Independent
assortment,
Linked genes,
non-linked
genes, no
recombination, recombination,
Phenotype ratio Phenotype ratio
=9:3:3:1 =?

9 4

3 4

3 4

1 4
16
 Autosomal / Genetic Linkage (cont)
 ปรากฏการณ์ linkage & recombination ค้นพบโดย Willam Bateson &
Reginald Punnett ไม่นานหลังการค้นพบใหม่ของ Mendel’s laws ในต้นศต
วรรตที่ 20
 Bateson & Reginald Punnett ทดลองกับ sweet peas ขัน ้ ตอนเหมือน Mendel
P : Red flowers, Long pollen grains X White flowers, short pollen grains
F1 : Red flowers, Long pollen grains
F1 self cross ได้ลกู F2 803 ต้น มี
F2 : Red flowers, Long pollen grains 583
Red flowers , Short pollen grains 26
White flowers, Long pollen grains 24
 9:3:3:1

White flowers, short pollen grains 170

17
Willam Bateson & Reginald Punnett Experiment

Non-
Independent
Assortment

แสดงว่า genes
ควบคุมลักษณะ
สีดอก และ ความ
ยาว pollens เป็ น
Linked genes

18
Willam Bateson
&
Reginald Punnett
Experiment

19
Testcross for Linkage Genes
 Frequency ต้องหาจาก
การทำ Testcross กับ
recessive homozygote
 Frequency of
recombination = 0.08
 แสดงใน meiosis เกิด
recombination ระหว่าง
flower color & pollen
length ห่างกันเท่าใด

20
Gene Linkage & Recombination in Drosophila

21
Genetic Recombination

22
Crossing over for recombination

23
 ข้อดีของ Genetic
Recombination

พฤติกรรมของ
Chromosomes
ระหว่าง meiosis

24
 Genetic Recombination
 Gene recombination คือกระบวนการที่สายของ
gene/DNA ถูกตัดออกแล้วต่อกับ DNA ของโมเลกุล
อื่น
 ใน eukaryote, genetic recombination เกิด ระหว่าง
meiosis เมื่อมี chromosomal crossover ระหว่าง
homologous chromosomes
 ทำให้ได้ offspring ที่มี combination ของ genes
ต่างๆ กันจาก parent (รูป A) และ
 อาจทำให้ได้ chimeric allele ใหม่ (= mutation)
(รูป B)

25
 Genetic Recombination
 Gene linked ใกล้กนั จนไม่สามารถมี recombination ระหว่างเกิด
meiosis จะได้ gametes เพียง 2 แบบ
 มีแต่ maternal และ parental traits

 ไม่ให้ combination ผสมระหว่าง maternal + parental traints

 Gene linked ห่างพอ สามารถเกิด recombination ระหว่าง meiosis
จะได้ gametes 4 แบบ
 มี maternal, parental, และ combination traits
 Recombination สามารถ เกิดได้ 2 points และ มากกว่า 2 points

26
 Multiple
Recombination
ระหว่าง
Chromosomes

27
Chromosome Mapping

28
 Chromosome Mapping
 Classical mapping ใช้ recombination technique
 การรู้ตำแหน่ งของ genes บน chromosome
 สามารถทำ catalogue ของ genome ของ สิ่งมีชีวิต
 ช่วยในการแยก genes และ ศึกษา structure & function ของ
genes
 และร่วมกับ technology ใหม่อื่นๆ ทำให้ร้ลำ
ู ดับของ
nucleotides ทัง้ หมดของ genome (ทำแล้วของ human &
drosophila)
 ใช้ database ข้อมูลพันธุกรรม เพื่อกระบวนการและการใช้ประโยชน์
ทางพันธุศาสตร์ต่อไป
29
 Chromosome Mapping (cont)
 Recombination เกิดในส่วนน้ อยของ chromosomes ดังนัน้
 Frequency of recombination ของ 2 points บน chromosome แตก
ต่างกันขึน้ กับระยะทางระหว่างของ 2 points นี้
 ถ้า 2 genes ใกล้กนั กว่าที่จะเกิด crossover แต่ถ้า 2 genes อยู่
ไกลออกไปอีกเล็กน้ อยก็จะเกิด crossover ได้
 ถ้า 2 genes มีระยะห่างมาก frequency of crossover สูงมากจน
อาจทำลาย correlation ระหว่าง alleles ได้
 Distance ระหว่าง genes จึงดูจาก recombinant chromosomes และ
frequency of crossover คือ basic concept ของ Gene Mapping (โด
ย linkage mapping)
30
 Chromosome Mapping (cont)
 Chromosome mapping บอกว่า linked genes
recombine ได้ บ่อยเท่าใด
 Genetic distance ระยะระหว่าง 2 points บน
chromosome เท่ากับ ค่าเฉลี่ยของ crossover
ระหว่าง 2 points
 กำหนดให้ 1 หน่ วยของ distance หรือ genetic map
unit (m.u.) หรือ centiMorgan เป็ น ระยะห่างระหว่าง
2 genes เมื่อเกิด meiosis แล้วให้ 1 crossover ใน 1
00 crossovers ( recombination frequency = 1)
1 Map unit = 1% crossing over
Recombination frequency สูง = 2 genes อยู่ห่างกันมาก

31
 Chromosome Mapping (cont)

 Linkage mapping สำคัญสำหรับ identify ตำแหน่ งของ genes ที่เป็ นสาเหตุ

ของโรคทางพันธุกรรม genetic diseases ในคน
 ใช้ใน modern genetic counseling
 ใช้ศึกษา loci ของ Mendelian genetic traits บน chromosomes ให้แม่นยำ
จาก genetic traits & markers ที่อาจจะเกิดได้กบั ทุก combinations
 โดยดูจาก frequency of combinations จาก frequency ของแต่ละ genes
 ค่า Gene map แสดงตำแหน่ งของ known genes และ/หรือ genetic
markers โดยเทียบกับ recombination frequency บนแต่ละ chromosome

32
 การวัด Genetic distance :
ระหว่าง 2 genes

 Distance ระหว่าง 2 points

บน genetic map ของ
chromosome = ค่าเฉลี่ย
ของ crossover ทัง้ หมด (ทุ
กแบบ) จาก gametes รวม
ทัง้ หมด (ทุกรุ่น) ที่เกิด
ระหว่างการสร้าง gametes
ด้วย meiosis (ทุกครัง้ )
 (Diagram ของ simplified
model)
33
 Recombination Mapping โดย
Two-Point Testcross
 ต้องทำ testcross ด้วย homozygote กับ
female

ผลของ testcross กับ female ได้
frequency of combination = 180/1000 = 0.18
freq of nonrecombination = 1 – 0.18 = 0.82
Genetic distance ระหว่าง 2 genes :
vg gene และ b gene
= F1 recombinants + F2 recombinant
= (0) x 0.82 + (1) x 0.18
= 0.18 centiMorgan (cM)
34
 Recombination Mapping โดย Three-Point Testcross
 C. B. Bridges & T.M. Olbrycht Experiment :
 Wild-type males X 3 recessve X-linked mutants
 scute (sc) bristles, Three possible gene orders:
1. sc ----- ec ------ cv
 ecinus (ec) eyes, 2. ec ----- sc ----- cv
 crossveinless (cv) wings 3. ec ----- cv ----- sc
 Intercross F1 ซึ่งมีทงั ้ 3 recessive mutations ที่ X chromosome
 Males มี 1 X chromosome ที่มี 3 recessive mutations, จึง = ทำ testcross กับ
females ด้วย 3 genes นี้
 ได้ F2 ----> แยก F2 เป็ น 8 classes และนับจำนวน offspring แต่ละ class
 2 parental phenotypes
 6 recombinant phenotypes

35
Bridges & Olbrycht’s three-point cross

36
Genetic map
distance ระหว่าง
sc & ec = 9.1 cM

37
Genetic map
distance ระหว่าง
ec & cv = 10.5 cM

38
Genetic map distance ระหว่าง sc & cv
sc ------- 9.1 ------- ec ------- 10.5 ------- cv

= 9.1 cM + 10.5 cM
= 19.6 cM

39
Bridges & Olbrycht’s map of 7 X-linked genes in Drosophila

cM

40
X Linkage

41
 II. X-Linkage
Sex-linked genes = Sex-linked inheritance
 Genes ใดๆ บน sex chromosomes เรียกว่า Sex-linked genes
 Sex-linked genes ใน male
 Y-linked genes ของ alleles บน Y chromosome ไม่มีค่ ู
 X-linked genes ของ alleles บน X chromosomes ไม่มีคู่ เรียกว่า Hemizygote
้ ญิงทุกคน
 X-linked genes จาก male parent จึงถ่ายทอดให้ ลูกผูห

 Sex-linked genes ใน female

 X-linked genes ของ alleles บน X chromosomes มีค่ ู
 X-linked genes ใน female เป็ นได้ทงั ้ homozygous และ heterozygous
 แต่ X-linked genes ของ female จะทำงาน (express) เพียง 1 allele
 X chromosome ทำงานเพียง 1 แท่ง อีกแท่งไม่ทำงาน เรียกว่า Barr body
 X-linked genes เป็ นได้ทงั ้ X-linked dominant และ X-linked recessive inheritance

42
 Sex chromosomes: X & Y
Hemizygous, Heterozygous, Homozygous

43
X-linked Recessive Inheritance

44
X-linked Recessive Inheritance

45
X-linked Dominant Inheritance

Coffin-Lowry syndrome นิ้วมืออ้วนสัน้

46
 X-Linkage
 ใน female : 2 Traits / Genes บน X chromosome เป็ น Gene Linkage และ
เป็ น X-linked inheritance เช่น
 Double heterozygote ของ
 hemphilia B geneกับ
 glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency (G6PD) gene

 H & G genes จึงเป็ น Gene Linkage และ เป็ น X-linked inheritance

 2 loci ใกล้กนั แต่พอจะ crossover ได้ ระหว่าง 2 X chromosomes ระหว่าง
meiosis I (รูป B) แต่กไ็ ม่ทำ crossover ทุกครัง้ (รูป A)
 ใช้ crossover / recombination หา genetic distance ได้เหมือน autosomal
crossover
47
 X-Linkage (cont)
 Gametes จาก meiosis ที่มี recombination (รูป C)
 Gametes 1 และ 4 เป็ น nonrecombinants
 Gametes 2 และ 3 เป็ น recombinants
 Genetic distance ระหว่าง 2 loci ได้จาก
recombinants
 ถ้าได้ gamete มี chromosome แบบ 2 = 5%
10% Recombination
 ได้ gamete มี chromosome แบบ 3 = 5%
 แสดงว่า double heterozygote สามารถปรากฏ ได้เท่ากัน เหมือนกับว่า
2 genes นี้ อยู่ต่าง chromosomes ที่มี independent assortment

48
 X-Linkage (cont)
 Linkage ของ 2 recessive alleles ของ double
heterozygote (รูป A)
 2 loci อยู่ต่าง homologous chromosome เรียก
linkage นี้ ว่า Repulsion หรือ Trans Cis Trans
 2 loci อยู่บน homologous chromosome
เดียวกันเรียก linkage นี้ ว่า Coupling หรือ Cis
 linkage ทัง้ 2 แบบ เหมือนกันใน populationทัวไป ่
ยกเว้นว่า 2 loci นี้ ใกล้กนั มากๆ
 โดยทฤษฎี distance 2 genes ห่างกันที่สดุ = 50 cM
= 50% recombination
 ในทางปฏิบตั ิ ครอบครัวคนขนาดเล็ก distance 2
genes ใกล้กนั น้ อยกว่า 25 cM และวัดได้ยาก

49
X-Linkage (cont)

50
 X-Linkage (cont)

 การใช้ Pedigree หา X-linkage distance จึงง่ายที่สดุ

ตย. 2 Traits hemophilia (h) และ color blind (c) เป็ น linkage & sex-linked
 เมื่อ คุณตา แสดง recessive genes ทัง้ loci เช่น hemophilia (h) และ color
blind (c)
 เพราะ ชาย มีเพียง 1 X chromosome, linkage จึงเป็ น coupling (ci s)
 หลานชาย ของ คุณตา แสดงทัง้ ผิดปกติ 2 traits (double affect – h & c) หรือ
ปกติ
 ถ้า หลานชายคนใดแสดงเพียง 1 trait นัน ่ คือ หลานชายคนนัน้ จะต้องเป็ น
recombinant จาก crossing over / recombination

51
ประเมิน linkage distance สำหรับ X-linked trait จาก Pedigree

1 Single
affected male
เป็ น
recombinant

Normal males,
Carrier femals

52
 I-1 : มี 8 หลานชาย จากลูกสาว – 2 normal , 5 double affect, 1 color blind
 III-4 : หลานชายคนที่ 4 เพียงคนเดียวที่เป็ น color blind อย่างเดียว
 แสดงว่า III-4 ต้องได้ color blind จาก recombination จาก แม่ II-1
 เป็ น recombination ระหว่าง --- XC --------- XG --- --- XC ------ Xg ---
--- Xc --------- Xg --- --- Xc ------ XG -- III-4
 คาดคะเน distance ของ h-c บน X chromosome ได้ประมาณ 12.5 cM

53
54