ENSEMBL

GENOM VERİ BANKASI VE TEMEL UYGULAMALARI

http://www.ensembl.org/index.html
Ensembl, EMBL-EBI (European Molecular Biology Laboratory-European Bioinformatics Institute)
ve Sanger Entitüsü’nün birlikte gerçekleştirmiş oldukları ortak bir proje olup insan ve hayvan
sağlığı alanındaki araştırmaları destekleyen en büyük fonlardan bir tanesi olan ‘Wellcome Trust’
tarafından desteklenmektedir. Bu proje ile seçilen ökaryotik canlılara ait genom bilgilerinin
yaratılması, devam ettirilmesi ve geliştirilmesi amaçlanmıştır

Ensembl, karşılaştırmalı genomik, evrim, dizi
varyasyonu ve transkripsiyonel düzenlemedeki
araştırmaları destekleyen omurgalı genomları
için bir genom tarayıcısıdır. Ensembl, genleri
açıklar, çoklu hizalamaları hesaplar, düzenleyici
işlevi tahmin eder ve hastalık verilerini toplar.
Ensembl araçları, desteklenen tüm türler için
BLAST, BLAT, BioMart ve Variant Effect
Predictor (VEP) içerir.
Ensembl veri bankası ana sayfasından temel
olarak üç farklı yol kullanılarak aranılan
bilgiye ulaşılabilir. Bu yollar ulaşmak
istediğimiz bilginime çeşidine göre farklılık
göstermekte olup istenen bilgiye en uygun
ve kolay bir şekilde erişimi sağlar. Söz konusu
temel üç yol ya da araç kısaca aşağıdaki gibi
tanımlanabilir.
 4
2 3

1
 Sunulan bu opsiyon ile ilgilenilen bir kromozom ya da kromozom bölgesi hakkmdaki
verilere ulaşılabileceği gibi, aslında tek bir gen yâTcFmarker hakkında veri bankasında
1 mevcut olan bilgilere ulaşmak için kullanılması daha uygun olan bir seçenektir. Detaylı
bilgilerine ihtiyaç duyduğunuz bir gen ya da benzer genomik yapıya ait isim, kod,
sembol gibi anahtar kelimler buraya girilerek ilgili bilgi ve kayıtlara ulaşmak
mümkündür
Sınırlarını kendiniz belirlediğiniz bir genomik bölge içerisinde yer alan tanımlanmış
2 tüm gen, SNP, marker gibi temel genomik yapıları bir liste halinde sunabilen ve bunlar
hakkında detaylı bilgilere ulaşmanızı sağlayan bir araçtır.

Bu seçenek BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) analizi yaparak, elimizde var
3 olan bir nükleotid dizisinin her hangi bir organizmadaki genomik pozisyonunu verir ve
o sekansın ne olabileceğine dair muhtemel tanımlayıcı bilgilere ulaşmamızı sağlar.
BöylelikIe elimizdeki dizinin hangi kromozom üzerinde yer aldığını, tam oIarak fiziksel
pozisyonunu, bir gen içinde mi yoksa kodlamayan bir genetik bölgede mi yer aldığını,
bunun dışında genomun başka hangi bölgeleri ile ne oranda etkileştiği öğrenmemizi
sağlar.
Aynı araştırmayı bir aminoasit dizisi için de yapmak mümkündür/Gerekli opsiyonlan
tercih ederek yapılan bir araştırma ile elimizdeki bir aminoasit dizisinin hangi
proteine ait olduğunu tespit edebilir ve o protein hakkındaki detaylı bilgilere
ulaşabiliriz.
1

2
ÖRNEK -2
LCT
 LCT

LCT = 1 Mb
Haplotype Patch
Non-coding

Forward dizi

Forward dizi

Protein coding Reverse dizi Reverse dizi

Reverse dizi
 intron exon
UTRs
Transkript LCT-001

Transkript LCT-002
 Trankript kodlama bölgesi =CDS

Transkript -1
Transkript -2
UTRs Reverse trankript kodlama bölgesi =CDS

Nonsense-mediated decay : mRNA ; Ana işlevi, erken durdurma kodonları içeren mRNA
transkriptlerini ortadan kaldırarak gen ifadesindeki hataları azaltmaktır.
NCBI kullanarak bir gen için cDNA dizisi elde edilmesi

INSULIN
GENE = INS
Exon-1 Exon-2 Exon-3
NCBI Primer Blast Kullanarak PRİMER Tasarlama
1 2 15
 2: oluşsan çerceve «mouse sol tıklama» pencere oluştur.

1 : mouse sol çerceve oluşturulur.

1. Pencere sadece mouse 2. Pencereyi çizmek için ctrl + mouse
NCBI Primer Blast kullanarak Rt-PCR için primer tasarımı -1
NCBI Primer Blast kullanarak Rt-PCR için primer tasarımı -2

Primer3 PLUS
 Primer Tasarımında Dikkat Edilmesi Gereken
Özellikler
• Oligonükleotidin tek bir dizilime özgül olması gerekmektedir.
Özgüllükte esas rolü oligonükleotidin 3’ucu oynar.
• Saç tokası oluşturmaması için oligonükleotid kendi içinde
karşılıklı eşlenik baz dizileri içermemeli.
• Oligonükleotid çiftleri dimer oluşumuna neden olacak
şekilde birbirleri ile eşlenik olmamalı.
• Oligonükleotidlerin uzunluğu 15-25 baz arasında olmalı.
• Oligonükleotid çiftlerinin Tm’leri birbirine denk veya yakın
olmalı.
• Oligonükleotid dizilimleri için 3’ten fazla tekrar eden baz
olmamalı.
Kopyala ve yapıştır
.txt oluştur ve kaydet
fasta
 ÖRNEK

Rattus norvegicus BRCA1 mRNA, complete cds

800 bç