8 nốt nhạc căn bản và bao nhiêu triệu bài hát?

Sáng lên trăng, sáng lên trăng

Sáng cho ngưởi tìm về bên nhau
Sáng lên trăng, sáng lên trăng
Sáng cho tình ngưởi nở đêm sâu.
Bao nhiêu đèn bao nhiêu hoa
Bao nhiêu nến thắp lên trong hồn
Yêu quê Mẹ yêu quê Cha
Yêu luôn những mái tranh làng xa.
Thắp tim lên thắp tim lên
Thắp cho tình người dậy trong ta
Thắp tim lên thắp tim lên
Thắp cho mặt trời dậy trong ta.
Yêu thương người yêu thương ta
Yêu luôn những thú hoang rừng già
Yêu bạn bè như yêu ta
Ôi thương quá trái tim Việt Nam!
Ôi thương quá trái tim Việt Nam!
Ôi thương quá trái tim Việt Nam!
 Bài 4: acid amin-protein

Acid amin
Cấu trúc bất đối của Acid Amin
Phân loại Acid Amin
Giá trị pKa
Bản chất của liên kết Peptide
Cấu trúc protein
Cấu trúc chung của
20 Acid Amin chủ yếu:
- α-carbon liên kết với:
• hydrogen
• α-carboxy group
• α-amino croup
• Nhóm R-
Variable
R-Group

α-Carbon α-Carboxyl
Group

α-Amino
Group

Hydrogen
 Acid Amin
Tính hoạt quang và đồng phân quang học

D and L
Glycine không có tính bất
đối
Tất cả các acid amin khác
còn lại có tính bất đối
(-) levorotatory (+) dextrorotatory
Mô hình hình chiếu Fischer

Ký hiệu đường vạch thẳng: vị trí hướng ra phía

trước.
Ký hiệu đường gián đoạn: vị trí hướng ra phía
sau
 Mô hình hình chiếu Fischer
Ký hiệu L- hay D- được đặt ra dựa trên so
sánh với cấu hình của glyceraldehyde

Ký hiệu đường vạch thẳng: vị trí hướng ra phía trước.

Ký hiệu đường gián đoạn: vị trí hướng ra phía sau
L-Glyceraldehyde D-Glyceraldehyde
 MôFischer Projections
hình hình chiếu Fischer

L-Glyceraldehyde D-Glyceraldehyde
(-) levorotatory (+) dextrorotatory
-
O O
C

H 3N+ C H

CH3
L-Glyceraldehyde L-Alanine
CO R N quay hướng trái CO R N quay hướng phải
Đồng phân dạng L- Đồng phân dạng D-
 Aicd amintựtựdodo
Acid amin
- Có tính lưỡng tính
- Tồn tại ở dạng ion mang điện tích trái
dấu
- Có điểm đẳng điện (pI)

 Phân tử lưỡng tính: hoạt động như một acid hay một
base.
 Phân tử lưỡng cực : mang điện tích âm và dương.
 Điểm đẳng điện pI: Phân tử trung hòa về điện tích ở
pH=pI.

pKa1 +pKa2
pI =
2
Tất cả các acid amin đều có nhóm mang điện tích

Nên mang tính lưỡng cực ở trạng thái trung tính

Đường chuẩn độ của glycine
16
Nếu pKas của glycine là

2.35
9.78
Khoảng pH đệm của glycine là bao nhiêu?
 PHÂN LOẠI ACID AMIN

1. Không phân cực

Mạch carbon thẳng Kỵ nước
( Nhỏ, Lớn, phân nhánh)
2. Nhân vòng thơm

2. Phân cực: không mang điện tích .

3. Mang điện tích dương: AA base
4. Mang điện tích âm: AA acid Ái nước
AA không phân
cực, nhỏ, mạch
Carbon ngắn,
kỵ nước

Không bất đối

AA Không Mạch carbon phân nhánh, kỵ nước
phân cực

Thiol Ether

γ γ
β β β
α α α

20
AA mạch carbon vòng
Không phân cực, Imino Acid

Có ảnh hưởng lớn lên cấu trúc protein.

AA nhân
vòng thơm
Không phân cực
Lớn

Trp vàTyr hấp thụ

tia UV ở bước
sóng 280nm
23
AA nhân
vòng thơm

Kỵ nước pKa 10.9

Nhóm Indole
Nhóm Phenyl Nhóm chức
năng -OH
 AA base - mang điện tích dương

pKa 12.5
pKa 10.8
pKa 6.0

Lysine and Arginine

• Tích điện dương ở pH sinh lý
Histidine
• Có thể mang điện tich hay không tùy vào pH môi trường
• Là AA quan trọng trong tâm hoạt động của một số enzyme
Arginine Histidine

Lysine
NH3+
Amino
AA acid – mang điện tích âm,

pKa 4.1
pKa 4.1

4 5

Aspartate (Aspartic Acid), Glutamate (Glutamic Acid)

Nhóm chức năng: - COOH
Tích điện âm ở pH sinh lý
Asp(4C) ngắn hơn Glu(5C) một nhóm methylene
AA phân cực
Nhóm chức năng Hydroxyl: -OH
Tyrosine
Serine
Threonine

NHóm chức năng Sulfhydryl: -SH

Cystein
Cystine
 AA Phân cực

Nhóm chức
năng -OH
Có vai trò là
các nhóm tấn
công ái nhân
trong phản ứng
hóa học
AA phân cực

- Nhóm chức năng sulfhydryl ( nhóm thiol)

- Hoạt tính mạnh hơn nhóm –OH
- Hai phân tử cystein liên kết nhau qua cầu nối disulfide tạo
phân tử cystine
 Polar

Carboxamide groups in place of

carboxylic acid
Asparagine is similar to Aspartate
Glutamine is similar to Glutamate
Uncharged

4 5
 10 acid amin thiết yếu
- Không được tổng hợp trong cơ thể ĐV
- Không được tổng hợp đầy đủ trong suốt chu trình sống*

1.Phenylalanine
2.Valine
3.Threonine
4.Tryptophan
5.Isoleucine
6.Methionine
7.Histidine
8.Arginine *
9.Leucine
10.Lysine
Kwashiorkor: disease of the displaced child
(in Ga, Ghanian dialect)
34
Bảng viết tắt tên acid amin
37
38
Protein

 Tổng quan về protein

 Cấu trúc protein
 Bậc một
- Liên kết Peptide
 Bậc hai
- Cấu trúc siêu bậc hai
 Bậc ba
 Bậc bốn
 Proteins: tổng quan
• Proteins/Polypeptides: large polymers of amino acids ~
50 and 2000 amino acids.
• Peptides (oligopeptides) contain smaller numbers of
amino acids. Term peptide can be used interchangeably
with protein.
• Mean molecular weight of an amino acid:
– 110 gm/mol
• Mass unit is the Dalton
– 1 dalton=1 gm/mol, 1000 dalton = 1 kD
Liên kết disulfite trong cấu trúc bậc một
Liên kết chéo thông qua cầu nối disulfit
Pentapeptide
Năm acid amin
Liên kết nhau qua lk peptide
 Liên kết peptide

- Liên kết amide

- Mang một phần tính chất lk đôi
- Cấu trúc ổn định
- Không có sự quay tự do quanh lk
Cấu trúc cộng hưởng của liên kết peptide
Cấu trúc dạng trans phổ biến hơn dạng cis: làm giảm sự
va chạm giữa các nhóm R-
Lk peptide nằm trong
một mặt phẳng
 Các lk khác trong mạch sườn
(ngoài lk peptide) đều là lk đơn
Các nhóm lk với carbon alpha quay quanh
gốc Φ (phi) và ψ (psi)
G.N. Ramachandran – Biểu đồ
cấu trúc bậc hai của protein
• Sử dụng mô hình của các peptide nhỏ để hệ thống các
gốc xoay φ và ψ khác nhau nhằm mục đích xác định
các cấu hình bền vững của chuỗi polypeptide
• Trong mỗi mô hình, cấu trúc được khảo sát qua sự
tiếp cận giữa các nguyên tử trong phân tử.
• Các nguyên tử được khảo sát dưới dạng khối cầu có
kích thước tương ứng bán kính Van der Waals.
• Vì vậy các gốc xoay φ và ψ có thể gây nên sự va
chạm giữa các khối cầu tạo cấu hình không gian
không bền của chuỗi polypeptide.
Biểu đồ Ramachandran

Gopalasamudram Narayana
Iyer Ramachandran
Nhiều phối hợp gốc quay Φ/ψ không thực hiện
được do sự trùng nhau về vị trí không gian của
hai nguyên tử khác nhau

Biểu đồ Ramachandran
Proline, và các acid amin đầu mút N- cạnh proline là
trường hợp ngoại lệ. Trong trường hợp này cấu hình cis
thường gặp hơn, cả hai dạng trans và cis đều tương
đương nhau về khả năng va chạm của các nhóm bên.
Liên kết peptide ổn định và tạo mặt phẳng liên
kết
Protein - Cấu trúc bậc hai

Linus
Linus Pauling
Pauling and
and Robert
Robert Corey,
Corey, Herman
Herman Branson
Branson

David Eisenberg PNAS September 30, 2003

vol. 100 no. 20 11207-11210
Xoắn Alpha
 Trục của chuỗi Xoắn Alpha
Các đặc điểm
Mỗi vòng xoắn có 3,6 acid
amin.
Chiều cao bước xoắn 5,4Ao
Liên kết
hydrogen
Liên kết hydro hình thành
giữa nhóm –CO cua acid amin
thứ i với nhóm –NH của acid
amin thứ i+3 hay i+4
Liên kết hydro nằm song
song với trục xoắn
Các nhóm R- hướng ra bên
ngoài chuỗi xoắn
Liên kết hydro trong chuỗi xoắn alpha
Phiến Beta: gồm các chuỗi beta
Có thể ở dạng song song hoặc đối song

C C N

N N C

Không giống xoắn -:

• Phiến beta trãi rộng (không xoắn chặc)
• Các chuỗi beta liên kết nhau qua lk hydro
• Các lk hydro nằm thẳng góc với trục của phiến
Phiến beta
• Nhiểu chuỗi liên kết nhau qua lk hydro thẳng góc với trục của
phiến
• Các nhóm R- phân bố vể hai phía của phiến

Anti-parallel
Parallel
Mixture
 Vòng beta
Vòng beta

• Sự uốn vòng chặc chẽ làm thay đổi hướng của

chuỗi polypeptide
• Cho phép tạo cấu hình không gian dạng khối cầu
của phân tử protein.
• Thường thấy trên bề mặt phân tử protein
 Vòng beta

• Glycine, do có kích thước nhỏ, thường hiện diện

trong cấu trúc vòng beta.
• Vòng được giữ ổn định bởi lk hydro giữa acid
amin thứ i và i+3
Các cấu trúc không có tính lập lại

• các vòng xoắn và cuộn

• Không có cấu trúc trật tự như
xoắn alpha và phiến beta
• Không hình thànhngẫu nhiên
 Thành phần các acid
amin khác nhau trong các
cấu trúc bậc hai khác nhau.

 Các protein
khác nhau cũng
khác nhau về
thành phần cấu
trúc bậc hai
trong phân tử
 CẤU TRÚC SIÊU BẬC HAI
Còn gọi là cấu trúc kiêu Motif: là sự sắp xếp ổn định của các đoạn peptide có cấu trúc
bậc hai và tương tác giữa chúng. Cấu trúc chung đặc trưng cho chức năng cũng như hoạt
tính sinh học của protoein.

Beta-Barrel: Phiến beta đối song.

Đặc trưng cho các protein màng,
 Cấu trúc siêu bậc hai
Helix–turn-helix: đặc trưng cho các protein tương tác với DNA
 Phân tích cấu trúc các protein dạng cầu cho thấy có
nhiều kiểu cấu trúc siêu bậc hai khác nhau
Cấu trúc siêu bậc hai, hay còn gọi là kiểu hình, hay đơn giản là kiểu cuộn là sự sắp xếp một cách ổn
định một số các thành phần của cấu trúc bậc hai.

 -hairpin

-motif
Cấu trúc domain của protein
DOMAIN: cấu trúc cuộn của các
đoạn polypeptide (trong cùng một
chuỗi polypeptide) gồm khoảng
300 AA tạo thành một hay nhiều
hơn các dạng cấu trúc khối cầu ổn
định và thường có chức năng khác
nhau trong phân tử protein
Cấu trúc của các domain vẫn giữ
nguyên khi bị tách rời.
Ex: một tiểu đơn vị của enzyme
Glyceraldehyde 3 phophate
dehydrogenase (GAPDH) có cấu
tạo gồm hai domain, domain liên
kết với NAD+ (màu đỏ), và
domain liên kết với
glyceraldehyde-3-P (màu xanh lá
cây)
Toxin Cry1Ac from Bacillus thuringiensis
ssp. kurstaki HD-73. PDB entry 4arx

Gram stain of Bacillus thuringiensis under

1000 X magnification
 Cấu trúc bậc III: Protein dạng cầu
• Tan tốt trong nước với các nhóm kỵ nước
nằm sâu trong lòng phân tử, các nhóm ái
nước liên kết hydro với lớp áo nước bên
ngoài phân tử.
• Chiếm đa số trong 50% tổng protein trong
cơ thể sống.
• Có cấu trúc gồm các xoắn α và gấp nếp β
sắp xếp theo kiểu cấu hình đặc trưng cho
phân tử protein.
Các tương tác yếu quan trọng
trong cấu trúc bậc III
Các tương tác yếu như:
Liên kết hydrogen
Tưong tác ion
Tương tác kỵ nước
Tương tác van der Waals
tuy yếu về mặt liên kết đơn lẻ,
Nhưng sự kết hợp của chúng xác
định cấu trúc không gian ba chiều
của các đại phân tử sinh học như
proteins. Và lực tương tác tổng hợp
của chúng rất mạnh
Trong PROTEINS, vai trò của các
acid amin ky nước rất quan trọng
trong việc giữ ổn định cấu trúc
nguyên trạng của phân tử.
Lực ổn định cấu trúc bậc III
• Sự nén của chính phân
tử protein để giữ vững
cấu trúc.
• Sự cuộn lại của phân tử
sao cho các nhóm kỵ
nước nằm sâu trong lòng
phân tử giảm thiểu sự
tiếp xúc với môi trường
ngoài.
Tương tác kỵ nước và sự cuộn lại của protein
Tương tác kỵ nước là các tương tác quan trọng trong việc
hình thành cấu trúc bậc ba và bậc bốn của protein

Proteins trong nước

Phân ái nước phân bố bên ngoài
Phần kỵ nước dấu vào bên trong
Hydrophobic
Region
Proteins trong dầu
Phần kỵ nước phân bố bên ngoài
Phần ái nước nằm bên trong
Các cấu trúc bậc hai có thể có hai
mặt kỵ nước và ái nước. Sự lưỡng
tính này giúp hình thành các cấu
trúc bậc cao hơn.

Kỵ nước
Ái nước
Sự phân bố của các xoắn α và phiến β trong cấu trúc bậc
III: Các cấu trúc xoắn và gấp nếp sắp xếp thành lớp với
vùng kỵ nước màu vàng nằm giữa hai lớp .
Cấu trúc bậc bốn

Một đơn vị cấu trúc= Tiểu đơn vị (các đơn phân- Monomers)
Monomers là các chuỗi đơn polypeptide.
Các tiểu đơn vị có thể giống nhau hoặc khác nhau

Cần thiết cho:

Sự ổn định của từng tiểu đơn vị
Chức năng sinh học của protein
Các tiểu đơn vị có thể hoạt hóa, ức chế, hay không ành hưởng gì
cả lên các tiểu đơn vị khác.
Một số các protein dạng cầu
 Sự cuộn lại của protein trong tế bào như thế nào?

Có hai vấn đề: Source Protein concentration

(mg/ml)
Nồng độ của protein trong tế bào rất cao
Human red blood cell 250–320
Protein có thể cuộn lại ngay trong quá trình E. coli 200
tổng hợp Mitochondrion 270–560
Brewer’s yeast 114
Rabbit white muscle 220–275
Rat red muscle 190–240
Rat heart 200–250
Allen Minton !!

Các phân tử trợ giúp

Sự cuộn sai của protein
Proteins không phải lúc nào cũng cuộn lại đúng.
• Trong tế bào luộn có hệ thống kiểm tra để xác định các
protein cuộn sai và giúp cuộn lại đúng hoặc tiêu hủy các
protein cuộn sai.
• Hệ thống kiểm tra này có thể không hoạt động hoặc
hoạt động không hiệu quả khi tế bào bị lão hóa, bị bệnh
hoặc bị đột biến.
• Sự cuộn sai có thể gây nên các điểm tích tụ protein cả
bên trong lẫn bên ngoài tế bào.
• Bệnh tật có thể phát triển khi sự tích tụ protein vượt
quá ngưỡng bình thường.
Sự cuộn lại của protein:
Một số protein bắt đầu cuộn lại
khi vừa được sinh tổng hợp,
vì vậy chỉ một phần nhỏ phân
tử ở dạng chưa cuộn lại .
Một số protein khác thì nhờ có
các protein trợ giúp để không
bị cuộn sai khi được tổng
hợp xong.

illustration by David S. Goodsell of The Scripps Research Institute

Chaperones
Chaperones: hệ protein trợ giúp sự cuộn lại đúng

Chaperones giới hạn sự tương tác nội phân tử của chuỗi polypeptide
bằng cách tương tác với protein và tạo điều kiện cho protein tự cuộn
lại
• Thông qua tương tác kỵ nước
• Các gốc cystein

Chaperones có thể ngăn cản sự cuộn lại của chuỗi polypeptide cho đến
khi phân tử protein được tổng hợp hoàn toàn, nhờ đó sự cuộn lại hoàn
chỉnh có điều kiện thực hiện
Chaperone tăng về mặt số lượng khi tế bào bị sốc nhiệt – còn được
gọi là các protein sốc nhiệt (heat shock proteins).
Virus tạo lớp vỏ phức tạp từ một
số lượng giới hạn protein

Rhinovirus ở người sử dụng

60 bản sao của mỗi 4 tiểu đơn vị
90
 α-keratin: protein dạng sợi
Khác xoắn alpha thông thường,
chỉ có 3.5 gốc aa trên mỗi
vòng xoắn.
Nhiều sợi xoắn alpha vặn xoắn
lại với nhau theo cấu trúc vặn
thừng
Alpha keratin có ở người và
động vật hữu nhủ.
- trong da, lông, tóc, len, móng,
vuốt,sừng, vẩy, mỏ, lông vũ,
actin and myosin trong mô
cơ, trong máu fibrinogen.
Collagen: Protein dạng sợi
25% tổng protein trong cơ thể sv.
Tropocollagen: có cấu trúc gồm ba chuỗi xoắn trái alpha vặn xoắn lại với nhau
theo chiều phải.
Là đơn vị cấu trúc của collagen trong các mô liên kết: Gân, sụn, xương, nuớu
răng, da, thành mạch máu.
Giàu proline, hydroxyproline, ngoài ra còn có hydroxylysine, tham gia trong các
lk chéo ổn định cấu trúc sợi của tropocollagen.
Các đv lập lại: Glycine-Proline-X và Glycine-X-Hydroxyproline. X : không phải
 glycine, proline or hydroxyproline
CHỨC NĂNG SINH HỌC Protein
Protein : thành phần cấu tạo quan trọng trong cơ thể sinh vật
( chiếm 45% trong cơ thể người)
Protein Enzyme
Protein dự trữ
Protein điều hòa: hoc-môn
Protein thụ thể
Protein cấu trúc
Protein vận chuyển
Protein bảo vệ
Protein vận động
Các chức năng khác
 Protein – Dự trữ
• Ovalbumin: lòng
trắng trứng
• Casein: sữa đv hữu
nhũ
• Zein: cây bắp
• Phaseolin: hạt đậu
Pháp
• Ferritin: dự trữ sắt
 Protein điều hòa
 Insulin: (51aa, tuyến tụy)
 Glucagon:(29aa,tuyến tụy)
 Epinephrine: dẫn xuất của tyrosine
(adrenaline) (tuyến thượng thận)
 Somatotropin:
(hormon tăng trưởng, 190aa,
thùy trước tuyến yên)
 Thyrotropin:
(3aa, thùy trước tuyến
yên, kích thích tiết hormon
kích hoạt tuyến giáp)

 Lacrepresor: Protein gắn DNA, ức chế

sự biểu hiện gen sinh tổng hợp protein
tham gia chuyển hóa lactose ở vi khuẩn.
Protein- vận chuyển
Hemoglobin: Oxy
Serum albumin: steroids, acid
béo, hormon thyroid
Glucose transporter
 Protein điều hòa
 Insulin: (51aa, tuyến tụy)
 Glucagon:(29aa,tuyến tụy)
 Epinephrine: dẫn xuất của tyrosine
(adrenaline) (tuyến thượng thận)
 Somatotropin:
(hormon tăng trưởng, 190aa,
thùy trước tuyến yên)
 Thyrotropin:
(3aa, thùy trước tuyến
yên, kích thích tiết hormon
kích hoạt tuyến giáp)

 Lacrepresor: Protein gắn DNA, ức chế

sự biểu hiện gen sinh tổng hợp protein
tham gia chuyển hóa lactose ở vi khuẩn.
 Protein “thụ thể”
(Scaffold proteins)
•  Là các protein dẫn truyền tín hiệu (các
thụ thể trên màng tế bào) đóng vai trò
quan trọng trong tương tác giữa protein
và protein, ở phạm vi rộng hơn giữa tế
bào và tế bào
• Ví dụ:
Các protein trên màng tế bào gan truyền
tín hiệu sinh tổng hợp glycogen từ
hormone insulin
 Protein- cấu trúc
• Collagen Silk fibroin

• Keratin
• Fibroin: tơ nhện,
tằm
• Elastin: mô liên
kết
• Proteoglycan:
mạng lưới ngoại
bào
Protein- vận chuyển
Hemoglobin: Oxy
Serum albumin: steroids, acid
béo, hormon thyroid
Glucose transporter
 Protein bảo vệ
- Kháng thể
-Thrombin:
chống đông
máu
-Fibrinogen:
giúp đông máu
-Antifreeze
protein
-Snake and bee
venom protein
-Ricin: chất độc Cây chịu nhiệt!
trong hạt cây