RESULTS

Yusuf Ananda Fikri

 XMetDB
• XMetDB terdiri dari database,
layer aplikasi yang berinteraksi
dengan database, dan user
interface
• Data inti yang ada di database ->
ada di bagian Observations
Web interface
• XMetDB memiliki dua interface: HTML-based (untuk akses melalui
browser) dan API set up
• Key features:
• Browsing dan mencari hasil-hasil observasi
• Menambahkan (submit) hasil observasi terbaru
• Menambahkan dan mencari data enzim
 Data Querying
• Jumlah hasil observasi yang dapat
ditampilkan: 10, 20, 50, 100, dan
seluruh hasil observasi
• Visitor dapat melakukan browsing
hasil observasi berdasarkan enzim
--> menampilkan data hasil
observasi untuk enzim tertentu
• Selain itu, visitor juga dapat
melakukan browsing berdasarkan:
status, tipe eksperimen, enzim,
XMETID, reference, dan alel
 Data Entry
• Penambahan hasil observasi baru (submission) dapat
dilakukan dengan cara:

1. Masukan struktur substrat dan produk, dan meta-data

yang mendeskripsikan eksperimen

2. Lakukan pemetaan atom untuk reaksi tersebut  harus

ditambahkan catatan “certain” atau “uncertain”
(apakah telah diketahui pada atom mana reaksi
tersebut diinisiasi)

• Untuk membantu pengguna, terdapat koleksi reaksi

metabolisme beserta corresponding sites of metabolism dari
reaksi tersebut  http://www.xmetdb.org/wiki/