Amino kiseline- važna uloga u ćelijama

Izgradnja proteina, metabolizam nukleotida

Kod biljaka metabolizam primarnih i sekundarnih
metabolita (hormoni, alkaloidi)
Asimilacija i transport N
Dvadeset standardnih amino
kiseline
Bakterije (E. coli) i biljke mogu sintetisati svih dvadeset
aminokiselina koje izgrađuju proteine.

Čovjek može sintetisati polovinu AK koje ulaze u sastav proteina,

dok ostale mora unijeti hranom.

Aminokiseline koje se moraju unositi hranom u organizam su

esencijalne AK, dok se AK koje organizam može sintetisati
nazivaju neesencijalnim AK.

Nedostatak samo jedne AK dovodi do negativne ravnoteže N 

više proteina se razgrađuje nego što se sintetiše.
Putevi biosinteze AK su
različiti, ali im je zajedničko
da njihovi C-skeleti potiču iz
međuproizvoda glikolize,
puta pentoza-fosfata i ciklusa
limunske kiseline.
Porijeklo N za sintezu AK
Atom azota aminokiselina potiče iz amonijaka (NH 3).
U prirodi (vazduh, zemljište) N može biti u obliku NH3, NO2-,
NO3- ili N2.
Ciklus transformacije N između geohemijskog (u zemlji i
atmosferi) i biohemijskog stanja (u organizmu) je veoma
komplikovan i uključuje nekoliko različitih oksidativnih
stanja N atom.

+5 +3 +1 0  -1 -3
NO3- NO2- N2O2-2 N2 NH2OH NH3
hydroxylamin
nitrate nitrite hyponitrite nitrogen gas ammonia
e
Biljke imaju nekoliko različitih mehanizama za ugrađivanje N
u organske komponente:
N2
 Iako je N u velikoj koncentraciji prisutan u atmosferi samo neke
2
bakterije mogu da ga fiksiraju i sintetišu amonijum.
 U korjenu leguminoza simbioza sa N fiksirajućim bakterijama je
2
najvažniji izvor N za biljke.
NH3
 Amonijum je u obliku NH + prisutan u nekim kiselim anaerobnim
4
zemljištima i može biti usvojen direktno ali se veoma brzo
oksiduje do nitrata sa nitrifikujućim bakterijama pa se NH3
uglavnom ne akumulira.
NO3-
 Nitrat iz zemljišta je često jedan od glavnih izvora N za biljne
ćelije. NO3- usvojen korjenom može da se ugradi u organske
komponente (NO3-NH4+  glutamin).
Fiksacija N2
Fiksacija N  redukuje se gas N2 do amonijuma uz potrošnju ATP
i redukujućih ekvivalenata.
N2 čini oko 80% atmosferskog gasa ali ga stabilnost trostruke veze
čini prilično inertnim i metabolički nedostupnim za većinu
organizama.
Eukariotski organizmi ne mogu usvajati N2, ali neki prokariotski
organizmi mogu katalizovati enzimsku redukciju N2 do amonijaka.
U procesu fiksacije nastaje NH4+ koji može da se ugradi u
aminokiseline, a zatim u proteine i druge N komponente.
Biološka fiksacija azota se odvija na sobnoj temperaturi i
atmosferskom pritisku.
Bakterije Rhizobium, žive u simbiozi sa korijenom
mahunarki.
Enzimski katalizovana fiksacija N2 je ograničena na
prokariotske organizme.
Ovu osobinu imaju mnoge eubakterije i neke
metanogene bakterije.
Samo nekoliko N2-fiksirajućih bakterija
(cijanobakterije, aktinomicete i -proteobakterije)
gradi simbioze sa biljkama.
Fiksacija N može biti veoma efikasna jer interakcija
sa biljkama omogućava da se fiksacija odvija u
optimalnim fiziološkim uslovima.
Postoje tri glavna tipa simbioze N2 fiksirajućih
bakterija i biljaka.
Prvi uključuje grupu Gram-negativnih bakterija,
rizobija, koje formiraju simbioze sa brojnim
mahunarkama (leguminozama): kikiriki, soja, sočivo,
grašak i krmnim biljem kao što je djetelina.
Drugu grupu čine Gram-pozitivne bakterije i različite
grupe dikotila uglavnom drveće i žbunje.
Treća grupa je simbioza između cijanobakterija i
različitih grupa biljaka: dikotila, paprati, trava.
 Simbioza leguminoza i bakterija
U prisustvu rizobakterija biljke domaćina grade
jedninstvene strukture koje se nazivaju korijenove
kvržice, noduli.
Biljke i bakterije aktivno učestvuju u izgradnji nodula u
kojima se fiksira N2 i obezbjeđuje se mikroaerobna
sredina za sintezu ATP od strane bakterija.

noduli, kvržice
Simbioza između biljke domaćina i bakterija se odlikuje
nekim specifičnostima.
Biljka domaćin gradi nodule u odgovoru na signale koje
dobija od bakterija.
Prepoznavanje bakterije i domoćina odvija se u rizosferi-
tanak sloj zemljišta koji okružuje korijen.
Biljke su obično inficirane preko korijenovih
dlačica koje prepoznaju signale bakterija i dovode
do promjena koje omogućavaju vezivanje
potencijalnog simbiota.
Noduli su relativno jednostavni organi  sadrže do
nekoliko stotina nodul-specifičnih proteina (nodulina)
koje sintetišu biljke.
Mnogi od ovih proteina su uključeni u metabolizam C i
N, transport komponenti kroz simbiotske bakterije ili
za održavanje niske koncentracije O2.
Nodulini su uključeni i u prenos signala.
Korijenove kvržice-noduli
Tačno i obostrano prepoznavanje između biljke
domaćina i simbiotske bakterije je esencijalno u N 2
fiksirajućoj simbiozi.
U simbiozi između leguminoza i rizobakterija izmjena
biohemijskih signala je neophodna pre uspostavljanja
simbioze.
Komponente koje ispušta biljka domaćin indukuju
ekspersiju gena kod bakterija što dovodi do
proizvodnje signalnih molekula bakterija koji
modifikuju biljni metabolizam i razvoj.
Nod geni kod rizobakterija su geni odgovorni za prve
faze formirnja nodula.
Ekspresija ovih bakterijskih gena zavisi od hemijskih
signala iz biljke domaćina i endogenih transkripcionih
aktivatora kao što je NodD.
Enzimologija N2 fiksacije
Biološka redukcija N2 do amonijaka je katalizovana sa
enzimskim kompleksom koji je izgrađen od dva enzima
N2 -nitrogenaza (MoFe protein) i N2 –reduktaza (Fe-
protein).
Nitrogenaza je heterotetramer sa molekulskom masom
240-kDa, veže N2.
N2 nitrogenaza jeheterotetramer koji sadrži
dva para metalnih MoFeS i FeS klastera (kaveza).
N2 reduktaza je homodimer sa 64 kDa, prenosi
elektron na N2.
Fe-protein prima elektron sa ferodoksina i prenosi ga na
MoFe protein što je praćeno hidrolizom ATP-a.
MoFe-protein je heterotetramer prihvata elektron i veže H+ i
N2 i oslobađa H2 i amonijum.

Šematski dijagram koji prikazuje tok elektrona i supstrata u procesu

enzimski katalizovane N2 fiksacije.
Model MoFe kofaktora
FeMoCo se sastoji od jednog 4Fe-3S klastera i jednog 1Mo-3Fe-3S
klastera koji su povezani sa tri neorganska sumpora.
Atom molibdena je povezan sa homocitratom, C7 analogom cisteina i
sa histidinom.
N2 reduktaza prenosi jedan po jedan elektron na nitrogenazu
(na FeMoCo), a zatim na N2 koji se veže kao supstrat za
nitrogenazu.
Simbiotska N2 fiksacija
Usvajanje i redukcija nitrata
Nitrat je glavni izvor N za biljke: većina biljaka značajan
dio C i energije koristi za usvajanje i asimilaciju nitrata.
Nitrat je nutrijent i signalni molekul koji značajno utiče
na metabolizam i rast biljaka.
Asimilacija nitrata počinje sa njegovim usvajanjem od
strane ćelija.
Nitrat se usvaja iz zemljišta ćelijama korijena.
Biljke grade simbiotske zajednice u zavisnosti od
dostupnosti nutrijenata u okolini.
Leguminozne biljke koje rastu u prisustvu dovoljnih
koncentracija NO3- koriste ga kao izvor N i ne grade
simbiotske zajednice sa bakterijama Rhizobium.

noduli, kvržice
Usvajanje nitrata biljnim ćelijama uključuje transport nitrata
kroz plazma membranu i zatim redukciju do amonijuma.
Protonska pumpa uz potrošnju ATP-a omogućava transport
nitrata.
Da bi se koristio za
sintezu amina i amida u
biljnim ćelijama nitrat
se mora redukovati do
nitrita i amonijuma.
Redukcija nitrata u
citosolu i skladištenje u
vakuoli je proces koji se
može odvijati i u
korijenu i u listu.
Amonijum se ugrađuje
u transportne kiseline i
transportuju se do lista.
U biljnim ćelijama nitrat se prvo redukuje do nitrita u
reakciji koju katalizuje nitrat reduktaza (NR), a nitrit se
zatim redukuje do amonijuma sa nitrit reduktazom
(NiR).
Transport 8 elektrona  oksidaciono stanje N se
mijenja sa +5 do -3.
Biljke redukuju nitrat i nitrit u korijenu i u izdanku.

NR NiR
Biljke usvojeni (asimilovani) neorganski azot u obliku
NH4 ugrađuju u N-transportne AK: prvo u glutamat i
glutamin, a zatim u aspartat i asparagin.
N u glutamatu i glutaminu se brzo ugrađuje u biljne
metabolite jer su glutamin i glutamat donori N u
biosintezi AK, nukleinskih kiselina i drugih N-
komponenti.
Aspartat je reaktivna AK i služi kao N donor u mnogim
aminotransferaznim reakcijama.
Asparagin je relativno inertan i služi uglavnom za
transport i skladištenje N.
Vezivanje NH4+ za
glutamat i glutamin.
Glutamat dehidrogenaza (GDH) je enzim prisutan u
skoro svim živim organizmima  uključen u sintezu i
katabolizam glutamata.
Katalizuje aminaciju -ketoglutarata, a u reverzibilnoj
reakciji deaminaciju glutamata do -ketoglutarata.
U početku je smatrano da je GDH primarni enzim za
asimilaciju amonijuma ali je otkrićem glutamin sintaze i
glutamat sinteza ovo dovedeno u sumnju.
Da GDH nije primarni enzim asimilacije ukazuje i
činjenica da ima veliku Km za amonijum (10-80 mM)
dok je koncentracija amonijuma u tkivu 0,2 - 1 mM.
Eksperimenti sa radioaktivno obilježenim 15NH4+ su
pokazali da je primarni korak asimilacije preko
glutamin sintaze i glutamat sinteza.
Primarna uloga GDH je u katabolizmu glutamata
 Biosinteza aminokiselina
u animalnim ćelijama

Biosinteza neesencijalnih aminokiselina

 Putevi biosinteze AK su različiti, ali
im je zajedničko da njihovi C-skeleti
potiču iz međuproizvoda glikolize,
puta pentoza-fosfata i ciklusa
limunske kiseline.
Dosta neesencijalnih aminokiselina nastaje
transaminacijom iz ketokiselina.
Biosinteza se odvija u jetri.
Transaminacija je proces prenosa amino grupe sa
aminokiseline na ketokiselinu. Reakciju katalizuju enzimi
transaminaze ili aminotransferaze.

 Sve proteinske AK, osim lizina, treonina, prolina i hidroksiprolina

učestvuju u procesu transaminacije. Proces transaminacije je reverzibilan.
Najčešće ketokiseline uključene u proces transaminacije
su α-ketoglutarat i oksaloacetat (međuproizvodi ciklusa
limunske kiseline).

Amino grupa se sa većine aminokiselina usmjerava u

glutamat.
Neesencijalne AK se sintetišu u relativno jednostavnim
reakcijama.
Alanin i aspartat se sintetišu u jednom koraku iz
piruvata, odnosno oksaloacetata transaminacijom.

Piruvat + glutamat  alanin + -ketoglutarat

Oksaloacetat + glutamat  aspartat + -ketoglutarat

Asparagin se sintetiše amidiranjem aspartata:

Aspartat + NH4+ + ATP  asparagin + AMP + PPi + H+

Kod sisara je donor N glutamin, a ne NH4+

Biosinteza
neesenijalnih
aminokiselina
Hidroksilacijom fenilalanina nastaje tirozin
(reakcija koja se odvija i kod sisara).

Fenilalanin + O2 + NADPH + H+  tirozin + NADP+ + H2O

Glutamat nastaje reduktivnom aminacijom -ketoglutarata.
Glutamat je prekursor za sintezu glutamina, prolina i
arginina.
NH4+ se u glutamin ugrađuje djelovanjem glutamin sintaze.
Glutamin za sintezu drugih AK daje N iz svog bočnog
ostatka.
Prolin nastaje iz glutamata preko dva intermedijera.
 Prvo uz potrošnju ATP-a i NADPH nastaje -glutamin-
semialdehid.
Ciklizacijom uz gubitak H2O nastaje 1pironil-karboksilat, koji
se pomoću NADPH redukuje u prolin.

 Prekursor u sintezi arginina je

ornitin, međuproizvod u ciklusu
uree.
3-fosfoglicerat povezuje metabolizam ugljenih
hidrata sa biosintezom aminokiselina.
3-fosfoglicerat, međuproizvod glikolize, je prekursor za
sintezu serina.
Prvi korak je oksidacija u 3-fosfohidroksipiruvat.
Transaminacijom nastaje 3-fosfoserin, koji se hidrolizira
dajući serin.
Glicin i cistein se sintetišu iz serina.
Pri sintezi Gly -ugljenikov atom serina se prenosi na
tetrahidrofilat (nosač jedinica od 1-C atoma).
Serin + tetrahidrofolat  glicin + metilentetrahidrofolat + H2O
Reakciju katalizuje serin tetrahidroksimetilaza.

glicin
serin
Tetrahidrofolat –prenosilac C1 jedinica: sastoji se od
tri grupe supstituisanog pteridina, p-aminobenzoata i
glutamata.
Tetrahidrofolat može da prenosi nekoliko različitih C1 grupa:
-CH3 (metil), -CH2 (metilen), -CHO (formil), -CHNH
(formimino), -CH=(metenil).

Grupe od C1 vežu se na atome N-5 ili N-10 (N5, N10)

 Biosinteza aromatičnih AK

1. Fenilalanin
2. Tirozin
3. Triptofan

Biljne ćelije i mikroorganizmi

Horizmat je direktan prekursor sinteze aromatičnih
AK: fenilalanina, triptofana i tirozina.
Svi enzimi biosintetskog puta aromatičnih AK izuzev
horizmat mutaze su smješteni u plastidima.

horizmat
•Sinteza horizmata započinje
kondenzacijom dva
intermedijera metabolizma
ugljenih hidrata
fosfoenolpiruvata (PEP) koji
potiče iz glikolize i eritrozo-4-
fosfata koji potiče iz pentoza
fosfatnog puta.
•Reakciju katalizuje 3-deoksi-
arabino-heptulozo-7 fosfat
sintaza (DAHP).
•Drugi enzim u biosintezi
aromatičnih AK je 3-
dehidrokinat sintetaza. Enzim
katalizuje prvi korak ciklizacije i
nastaje 3-dehidrokinat.
 Treći korak je reakcija u
kojoj nastaje 3-
dehidrošikimat, a enzim koji
katalizuje reakciju je 3-
dehidrokinat dehidrataza.
 Šikimat dehidrogenaza zatim
katalizuje dehidrogenaciju 3-
dehidrošikimata i nastaje
šikimat.
 Peti korak je katalizovan
šikimat kinazom, koja
fosforiliše šikimat i nastaje
šikimat -3-fosfat.
 Adiciju fosfoenolpiruvata u
sljedećem koraku katalizuje
5-enolpiruvilšikimat-3-fosfat
sintaza.
U poslednjem koraku
horizmat sintaza katalizuje
eliminaciju fosfata sa 5-
enolpiruvilšikimat-3-fosfata i
nastaje horizmat.
Biosinteza fenilalanina i tirozina
Arogenat je direktni prekursor sinteze fenilalanina i
tirozina i on nastaje iz prefenata.
Arogenat dehidrogenaza katalizuje konverziju
arogenata do Tyr.
Poslednji korak u biosintezi Phe katalizuje
arogenat dehidrataza. Enzim je inhibiran sa Phe a
aktiviran sa Tyr.
Biosinteza triptofana
Antranilat sintaza (AnS) je odlučujući korak u biosintezi
triptofana.
AsN ima dvije subjedinice i funkcioniše kao  kompleks.
Aktivnost AsN je inhibirana negativnom povratnom spregom
sa mikromolarnim koncentracijama triptofana in vitro.
Biosinteza triptofana
Triptofan sintaza (TS) katalizuje poslednji korak u biosintezi
triptofana.
TS katalizuje konverziju indol-3-glicerol fosfata uz pomoć serina
do triptofana.
 Regulacija biosinteze AK

Brzina sinteze AK zavisi od količine sintetisanih

enzima i o njihovim enzimskim aktivnostima.
Važno mjesto regulacije je obično prva ireverzibila
reakcija nekog biosintetskog puta ili poslednji
proizvod nekog biosintetskog puta.
Jedan od načina kontrole je inhibicija krajnjim
proizvodom prve reakcije u nizu.

Izoleucin alosterički inhibira treonin-deaminazu koja

katalizuje deaminaciju treonina u -ketoglutarat.
Za neki razgranati biosintetski put kontrola enzima
je malo drugačija. Ako bi krajnji proizvodi (Z i Y)
reakcije inhibirali početni korak u njihovoj biosintezi
(AB) tada visoka koncentracija Y spriječava
sintezu Z iako njega nema u dovoljnoj koncentraciji.
Kod razgranatih puteva postoji nekoliko različitih kontrolnih
mehanizama:
1) Povratna kontrola u nizu: krajnji proizvodi inhibiraju
reakcije koje vode od tačke grananja i međuproizvod u tački
grananja inhibira prvi korak u njihovoj biosintezi. (Kontrola
sinteze aromatičnih aminokiselina).

 Triptofan inhibira enzimski kompleks koji katalizuje prva

dva koraka u prevođenju horizmata u triptofa.
2) Višestruki enzimi: Dva različita enzima katalizuju prvi
korak u biosintezi. Y inhibira jedan od tih enzima, a Z inhibira
drugi enzim. (Kondenzacija fosfoenol piruvata i eritroza-4-
fosfata katalizuju dva enzima, jedan je inhibiran fenilalaninom,
a drugi tirozin).

 3) Usklađena povratna kontrola prvi zajednički korak je

inhibiran samo visokim koncentracijama krajnjih proizvoda.
Aminokiseline su prekursori za sintezu
mnogih biomolekula
Purini i pirimidini djelimično nastaju iz
aminokiselina.
Reaktivni kraj sfingozina, međuproizvoda sinteze
sfingolipida, potiče iz serina.
Tirozin je preteča hormona tiroksina, epinefrina i
pigmenta melanina.
Neurotransmiter serotonin i nikotinamidski prsten
u NAD+ potiču iz triptofana.
Amidna grupa nikotinamida potiče iz glutamina.
Jedan od prekursora u biosintezi hema je glicin.