RAZAS CRIOLLAS COLOMBIANAS

Fotos tomadas de: Contexto ganadero, UNAL, agrosavia, elsitioporcino.com, http://www.ganadocriollo-colombiano.com

Juan Carlos Rincón Flórez, Zoot, MSc, PhD

Cualidades: Adaptación, rusticidad, Resistencia a parásitos y otras enfermedades. Transformación de

forrajes de baja calidad, poco selectivos. 1
 Razas criollas de Bovinos
• Blanco Orejinegro (BON)
• Caqueteño (CQT)
• Casanareño (CAS)
• Chino Santandereano (CHINO)
• Costeño Con Cuernos (CCC)
• Hartón del Valle (HARTON)
• Romosinuano (ROMO)
• Sanmartinero (SM)
• Velásquez (VLQ)
• Lucerna (LUC)
 Razas criollas de Suinos
• San Pedreño
• Congo Santandereano
• Cerdo Curi
• Casco de Mula
• Zungo
• Cerdo Care Palo
• Cerdo Chocoano
 Razas criollas de Ovinos
• Criollo de lana
• Moro
• Ovinos criollos de pelo (Camuros, diferentes variedades)
 Razas criollas de caprinos
• Cabra Criolla Colombiana (Diferentes variedades-biotipos)
-Guajira
-Sabanera
-Santandereana)

La Cabra Santandereana es
considerada una raza,
Patrimonio de Colombia (Faltan
estudios)
 Razas de Gallinas criollas
• Mas que razas, hay muchas variedades:
• Criolla Santandereana
• Tufus
• Tapuncha
• Carioca
• Chusca
• de pelo
• Zamarrona
• Copetona
• Fina
• Nicaragua
• Enana
• Cubana
• Rizada
• Copetona
• Calzada
• Barbada
• Tapuncha
• Cuello desnudo, Para profundizar en la gran diversidad
 Equinos criollos: Caballos criollo
Colombiano

En la raza del caballo criollo colombiano se presentan cuatro modalidades: Paso fino colombiano,
trocha pura, trocha y galope y trote y galope
 Caninos criollos: Sabueso fino Colombiano

La raza es conocida como:

Perro Fino, Sabueso
tinajero (en Santander),
Chapolo (en el Caribe
Colombiano), Bramador (en
Antioquia) y Aullador (en
otras regiones del país).
EJEMPLO: HISTORIA DEMOGRÁFICA DE
LOS BOVINOS

Tomado de: Pitt et al., 2019 Domestication of cattle: Two or three events?

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 EJEMPLO: HISTORIA DEMOGRÁFICA DE
LOS BOVINOS
Hace 250.000 años
Divergencia entre el Bos taurus y Bos aproximadamente
indicus
Hace 70.000 años Ne
≈4350
Cuello de botella (Evento
Ne no identificado) Hace 10.000-12.000
años (Domesticación)
Formación de Ne≈2.200
razas Hace 700 años, Ne≈510,
(Gran hambruna)
muerte
Hace 500 años Llegan a
América (efecto fundador),
Razas especializadas Adaptación al trópico y
Hace aprox 150 años selección moderna (Ne=??)

Adaptado de Villa-Angulo et al., 2009. High-resolution haplotype block structure in the cattle genome 10
EJEMPLO: HISTORIA DEMOGRÁFICA DE LOS
BOVINOS
Tomado de: Martínez et al., 2012. Genetic Footprints of Iberian Cattle in America 500 Years after the Arrival of Columbus

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 LA HISTORIA EVOLUTIVA LES CONFIERE
CARACTERÍSTICAS ESPECIALES
• Proceso de adaptación > 500 años.
• Rusticidad – Capacidad de producir en condiciones difíciles donde los
especializados no pueden
• Resistencia - Resistencia Ectoparásitos (ICA), a virus (UdeA – Aftosa y
estomatitis) y bacterias (UdeA y Corpoica – Brucela).
• Adaptado a terrenos escarpados y climas hostiles (Cambio climático)
• Muchas razas o variedades en todo el país (Cada ganado criollo tiene sus
propias bondades y debilidades)
• Patrimonio intangible de Colombia

Pero aún falta investigación y el uso de técnicas que no

permitan comprender mejor su historia evolutiva y su
proceso de adaptación (Ómicas son potencial).

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Imagen tomada de: Ginja et al., 2019. The genetic ancestry of American Creole cattle inferred from uniparental and autosomal genetic markers
 …Y EL VALOR DE LAS TÉCNICAS EN
RAZAS CRIOLLAS?
Entender mejor la historia evolutiva y ancestría

Tomado de: Martínez et al., 2012. Genetic Footprints of Iberian Cattle in America 500 Years after the Arrival of Columbus 13
Ejemplo en ganado BON: METODOLOGÍA
Lugar y población
• 7012 Registros productivos y de
genealogía
• 6430 Registros reproductivos
• 1100 animales vivos a la fecha

14 hatos Antioquia, Extracción de DNA y

Caldas, Cundinamarca, SUERO
Meta, Risaralda y Tolima

Se seleccionaron 419 animales puros genotipados  439

Imputados
14
 HOMOCIGOSIS, ENDOGAMIA Y LD

ZZ ′ OH i − EH Σ j length ( ROH j )
G= F i= F ROH =
n
n − EH 𝐿
2 ∑ pi ( 1 − p i )
j=1

Exceso de homocigosis Corridas de homocigosis

Matriz G
 CORRIDAS DE HOMOCIGOSIDAD (ROH)

• ROHs: cuando los individuos heredan la misma versión de una región genómica de ambos padres

• Segmentos homocigóticos cortos  Inbreeding antiguo

• Segmentos homocigóticos largos  Inbreeding reciente  poco tiempo para recombinación.

 COEFICIENTE DE ENDOGAMIA POR
MÉTODO

Estadística descriptiva de la endogamia genómica

Inbreeding Mean (%) Error standard (%) Coefficient of Min (%) Max (%) n
coefficient variation (%)

FPEDCOM 4.41 0.07 149.83 0.00 37.99 7799

FPED 2.56 0.25 208.52 0.00 31.25 439
FGRM 3.37 0.21 129.40 0.00 27.81 439
FHOM 3.32 0.23 147.00 0.00 25.05 439
FROH 7.74 0.28 76.21 0.00 30.04 439

1-4Mb
1.23 0.02 43.55 0.07 3.80 438

4-8Mb
1.68 0.04 55.47 0.16 5.13 430

>8Mb
5.23 0.25 98.54 0.32 27.40 409
 

20% de animales con problema de pedigrí

17
ENDOGAMIA MOLECULAR EN EL GANADO
BON
Evolución de la endogamia molecular en los últimos 20 años, analizada por diferentes métodos. FDECOM: Endogamia basada en el pedigrí
completo (7999 individuos), FPED: Endogamia basada en los 439 animales genotipados, FGRM: :Endogamia mediante matriz G (BlupF90),
FGRM: Endogamia por homocigosidad, FROH: Endogamia por corridas de homocigocidad (ROH).
ENDOGAMIA POR MUNICIPIO Y SEXO
A: Endogamia por región B: Endogamia por sexo
 TIPO DE SELECCIÓN

Distribución de las corridas de homocigosidad (ROH) por largo

Class Total ROH Percent LROH (Mb) SROH Standard Max (Mb)
deviation

ROH 1-4Mb 4872 43.26 2.76 30.85 0.22 4.00

ROH 4-8Mb 3221 28.60 5.58 42.17 0.49 8.00

ROH >-8Mb 3168 28.13 15.49 131.47 4.28 91.10

ROH 11261 100 6.85 195.02 2.60 91.10
             
Indicios de fuerte selección reciente

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TENDENCIAS DE LA MEDIA DE VALORES
GENÉTICOS DIRECTOS
Peso al nacimiento Peso al destete Ganancia diaria de Peso

T120

Peso al año
 SELECCIÓN ROH
Manhattan plot de la distribución de corridas de islas de homocigosidad (ROH) en el genoma del ganado BON. El eje X representa la
distribución de ROH en todo el genoma, y el eje Y muestra el cromosoma y la posición de cada ROH.
 EJEMPLO DE ALGUNOS SEGMENTOS ROH EN
ALTA FRECUENCIA. SELECCIÓN RECIENTE
Chromosome (Chr), position and genes of ROH segments identified that play important role in dairy cattle REFERENCIA UMD 3.1

Chr Consensus physical position (bp) Union physical position Freq Genes GO class (direct) GO function
(bp)

20 (S1) 39071965 - 39194261 76307 - 71971771 0.53 PRLR Peptide hormone binding Molecular function

        AGXT2 Glyoxylate catabolic process Cellular metabolic process

        RAD18 Ubiquitin protein ligase activity Biological process

   

14 (S2) 24900445-24913654 74984-69620301 0.52 NSMAF Protein binding (human) Molecular function

14 (S3) 24958417-25079291 74984-69620301 0.52 TOX    

14 24423312-24524205 74984-69620301 0.51 FAM110B Cytosol Cytoplasm

(S4)  

20 39282257-39326031 76307-71971771 0.50 TTC23L Microtubule organizing center Intracellular

(S5)
 DIVERSIDAD Y LD

Número efectivo (Ne)

hace 1000 generaciones Distancia Vs LD

Decaimiento y diversidad similar a la de Holstein en Colombia

GWAS Y ARQUITECTURA GENÉTICA
Peso al nacimiento Peso al destete

GDP
 DESCRIPCIÓN POST-GWAS
Descripción de 6 SNPs comunes para las 3 características

Código rs Cromosoma/posición Gen/consecuencia Función

rs132839889 1: 78655 Variante intergénica SNP relacionado con una variante estructural
CNV nsv835074 de ganancia de material
genético.
rs136567993 1:158820 CLIC6/Variante Transporte transmembrana de iones
intrónica especialmente cloruro – receptor de dopamina
rs110470656 1: 278952 RCAN1/Variante Inhibe las respuestas transcripcionales
Intrónica dependientes de la calcineurina al unirse al
dominio catalítico de la calcineurina A. Podría
desempeñar un papel durante el desarrollo del
sistema nervioso central
rs136413446 1: 309487 RCAN1/Variante Inhibe las respuestas transcripcionales
Intrónica dependientes de la calcineurina al unirse al
dominio catalítico de la calcineurina A. Podría
desempeñar un papel durante el desarrollo del
sistema nervioso central
rs137205173 1:452345 Variante intergénica No está asociada a variantes estructurales
largas o cortas
rs135583227 1: 835371 Variante intergénica No está asociada a variantes estructurales
largas o cortas

Varianza genética explicada por los marcadores para cada una de las características

Característica Vara (Varianza SNPs) +/- Varg (Varianza % varianza genética

sd Poligénica) explicada por los SNPs
Peso al nacimiento 0.04055275 0.0 100%
Peso al destete 0.01094958 0.0 100%
Peso al año 0.004919251 0.0 100%
 ESTRUCTURA POBLACIONAL
Gráfico de análisis de componentes principales (PCA) por región en el ganado BON , PC1 y PC2 explican el 15.2% y el 12.4% de la
varianza total

K=3
Aproximadamente 3 grupos diferentes
ANÁLISIS DE PEDIGRÍ (PEDIGROMICS)

Nodo: padre Nodo: madre

GENES Y ESTRUCTURA POBLACIONAL  
Estructuración poblacional: Manhattan plot de los FSTs en el genoma del
ganado BON.
 PERO, FALTA ENTENDER ESAS
CARACTERÍSTICAS PARA LA SELECCIÓN
Trait Code Description
Flight Time FT Electronically recorded time taken (in hundredths of a
(s*100) second) for an animal to cover the reference distance
(1.7 m) after leaving the weighing box at an average of
24 months of age.
Rectal TEMP Rectal temperature at approximately 27 months of age
Temperature (oC) when ambient temperature was > 30°C
Faecal Egg EPG Number of helminth eggs per gram of faeces recorded
Counts (eggs per after weaning at an average of 10 months of age.
gram)
Penile Sheath SHEATH Subjective score for size of the abdominal skin
Score extension of the penile sheath from 1 (large and
pendulous) to 9 (close to the body, minimal skin) at an
average of 18 months of age. For females this score
corresponds to the extension of the navel.
Coat Colour COLOUR Subjective score for colour of white, cream, grey, red,
tan, and black were transposed in that order to a
quantitative scale from 1 (light) to 6 (dark).
Buffalo Fly FLY Subjective score for skin lesions caused by rubbing
Lesion Score when challenged by Haematobia irritans exigua
(buffalo fly) and Stephanofilaria sp. (nematode
transmitted by the fly), recorded when flies were most
prevalent and at an average of 5 years of age. Scores: 1
(no visible lesions), 2 (one lesion less than or equal to
three inches), 3 (4 to 6 multiple lesions), 4 (7 to 10
multiple lesions up to at least three sites such as neck,
belly and withers at 7 to 10 square inches in size), 5
(multiple lesions more extensive than score 4).
Tick Score TICK Scored as 0 (no ticks), 1 (10 or fewer ticks), 2 (11 to 30
ticks), 3 (31 to 80 ticks), 4 (81 to 150 ticks), and 5
(more than 150 ticks). Recorded when ticks were most
prevalent and at an average of 24 months of age.
Coat Score COAT Recorded during post weaning cool months at < 12
months of age. Subjectively scored at 1/3rd score
increments between 1 (extremely short and sleek coat)
and 7 (very woolly coat) using the method of Turner
(1960). Coat scores were converted to a continuous 21
point scale.
Body condition COND Body condition visually assessed at an average of 30
score months of age at the end of a growing (wet) season.
Subjectively scored at 1/3rd score increments from 1 to
5, and subsequently converted to a continuous 15 point
scale.
Yearling weight YWT Average of all live weights recorded between 300 and
420 days of age.

¡Los trabajos actuales involucran técnicas ómicas (Técnicas modernas)!

 LA FERTILIDAD PUEDE MEDIR
ADAPTACIÓN TAMBIÉN

….Pero, tiene baja heredabilidad

¡La genómica puede ser

importante!

“Desde 1936 a la fecha, en intervalos de 430 días de reproducción, tenemos que las razas criollas tienen un tasa de
fertilidad superior al 85 %; esa es su fortaleza”
 RESISTENCIA A ENFERMEDADES

¡Los trabajos actuales involucran técnicas ómicas (Técnicas modernas)!

FRECUENCIA DE ENFERMEDADES
GENÉTICAS EN GANADO BON
Enfermedad Gen Genética Portadores
(n=350)
Beta-Manosidosis MANBA 6:g.2354228G>A, c.2574G>A, p.TRP858X 0

Alpha-Manosidosis MAN2B1 7:g.13956640G>A, c.662G>A, p.Arg221His 0

7:g.13957949, c.961T>C, p.Phe321Leu

Aracnomelia SUOX 5:g.57641332-57641333insC, c.363– 0

364insG, p.Ala124GlyfsX42

BLAD ITGB2 1:145114963, c.383A>C, p.Val128Ala, 1

rs445709131

Citrulinemia ASS1 11:g.100802781C>T, c.256C>T, p.A86X 2

Distonia Muscular ATP2A1 25:g.26191380C>T, c.1675C>T, 1

Algunas enfermedades de razas
Congenita (CMD1) p.Arg559Cys
especializadas, sospecha de
Malformación
Vertebral Compleja
SLC37A2 3:g.43412427, c.559G>T, p.Val180Phe,
rs438228855
0
introgresión
(CVM)

Deficiencia de UMPS 1:g.69756880C>T, c.1213C>T, p.Arg405X 2

Uridina
Monofosfato
Sintasa (DUMPS)

Orina de miel de BCKDHA 18:g.50828853C>T, c.148C>T, p.Gln50X 0

Maple

Osteopetrosis SLC4A2 4:g.114437192_114439942del 0

Protoporfiria FECH 24:g.57298882G>T, c.1250 G>T, 1

p.Ter417CysfsX27

Sindactilia (Pata de LRP4 Varias mutaciones 8

mula)
PROGRAMA DE MEJORAMIENTO GENÉTICO
Programas de mejoramiento en Colombia

Selección hacia una característica, falta de cultura

de registros, falta de inversión, continuidad

Aporte para el
Bajas precisiones en las estimaciones establecimiento de
programas de
selección genómica
Pueden ser mejoradas para fortalecer los en Colombia
programas

Se deben fortalecer y apoyar por nuevas Mejorar el entendimiento

tecnologías de las poblaciones
En un futuro pretende contribuir a mejorar la competitividad del sector desde el punto de vista genético 34
USO DE INFORMACIÓN MOLECULAR EN
SELECCIÓN
Genética
cuantitativa y de
Datos fenotípicos EBV
poblaciones

Identificación de
genes mayores y Método de selección??
QTLs

Biología molecular Datos genotípicos Puntaje molecular

MAS, MARS, GS, etc

 GRACIAS

A los datos genómicos modernos hay que sacarle más que los valores genómicos para selección

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