OLEH

DEWA KETUT MELES

PASCASARJANA
FAKULTAS KEDOKTERAN HEWAN
UNIVERSITAS AIRLANGGA

SLIDE 1
LINGKUP PEMBAHASAN BIOLOGI SEL

1. Organisasi sel Prokaryotic & Eukaryotic

2. Struktur dan Fungsi sel Eukaryotic terdiri atas :
a. Nucleus ( Nucleolus, kromatin & membran nucleus)
b. Cytoplasma (ribosom, reticulum endoplasma,
golgi kompleks, mitochondria, lisosom & proksisom)
c. Membran sel (susunan kimia membran sel)
3. Rangka sel tdr. Filamen dan mikrotubulus
4. BIomolekuler komposisi kimiawi sel
5. Gen dan expresi gen
6. Siklus sel
7. Kematian sel

SLIDE 2
 PERBEDAAN EUKARIOTIK DAN PROKARIOTIK
SUSUNAN EUKARIOTIK PROKARIOTIK

Nucleus •With membrane • No membrane

• Chromosome double helix (pairs) • Chromosome Circuler
• With Nucleolus • No Nucleolus

Cytoplasm • Organel with membrane, • organnel no membrane.

• Ribosom 80S devided 60S & 40S • Ribosom 70S (30S & 50S)
• Cytosceleton (microfilament & • No Cytosceleton
microtubulus)
Cytoplasmic • Phospolipid bilayer with sterol •Phospolipid bilayer no sterol
membrane • Mechanism Endocytosis dan Exicitosis • No ability

Cell wall • No Cell wall, but Plant cell with cell wall • Cell wall content peptidoglycans
content cellulose/ chitin. • Lipopolysacaharida

Multiflications • Mitotic • Direct cleavage

• Sex chromosome by miosis (haploid) • No mitotic
• organism diploid

SLIDE 3
SLIDE 4
SLIDE 5
SLIDE 6
NUCLEUS
1. Membran Nucleus (Nuclear Envelope)
a. Outer membrane  Lipid bilayer, glycoprotein, connected Ribosome
with rER. Function  Package the nucleus & protein synthesis.
b. Inner membrane (Lamina nucleus)  conect with filament2.
Function  to form the membrane in thelophase.
2. Cisterna Perinuclear  contains ion2 & protein for reservoir
3. Complex nuclear porous  td. simetrical octagonal protein with central
tubules.
Function  Tubules molecule transport from nucleus to cytoplasma.

Molecule transport

Jenis Molekul Arah gerakan Mekanisme

Ion, mol <5000 d Inti  Cytop Transp pasif
Prot <60.000d Cytop  inti Transp pasif
mRNA, tRNA, rRNA Inti  Cytop Transp aktif
Prot >60.000d, Polimerase, prot,dan enzim Cytop  inti Trnasp aktif

SLIDE 7
SLIDE 8
SLIDE 9
2. Nucleoplasma td. Chromatin stranded dgn histon & non
histon.
a. Heterochromatin  padat, nonactive transcription
saat mitosis.
b. Euchromatin  terurai, active transcription interfase
c. Nucleosome  DNA melingkari histon (H2A, H2B, H3,
H4) membentuk serat chromatin.

3. NucleolusTempat sintesis nucleic acid  DNA & RNA

Composition :
a. DNA pengorganisasi nucleolus td. 5 double stranded
chromatin, berisi mRNA (gen penyandi) sbg. matrix
b. Pars fibrosa  td. mRNA , t RNA yg baru di transkripsi.
menggunakan squense DNA sbg template di transport ke
cytoplasma pd proses protein synthetic.
c. Pars granulosa  td. rRNA terikat pd. protein
ribosome pada pembentukan ribosom baru.

SLIDE 10
DNA  td. Deoxyribose,basa purin-pirimidin dan
gugus asam fosfat
DNA  Transcripsi 3 RNA yakni :
1. mRNA  membawa kode genetik ke cytoplasma
untuk mengatur sintesis protein.
2. tRNA  pengenal kodon (antikodon), pengenal
ribosom, pengenal enzim asam amino, ujung
perangkai asam amino.
3. r RNA  membentuk ribosom bersama 75 protein
lainnya.

SLIDE 11
SLIDE 12
CYTOPLASMA
Ribosome, rER, sER, Golgi Complex,
Mitochondria, Lysosome dan Peroxisome
1. Ribosome 
a. Subunit 40S & 60S contains rRNA & protein.
Subunit 40S  tempat ikatan mRNA &
tRNA dengan start codon AUG.
Sub unit 60S  to bind with Sub unit 40S
setelah terikat start codon.
b. Translation of mRNA
c. to form poliribosome (polisome)
sepanjang mRNA.

SLIDE 13
2. Rough Endoplasmic Reticulum (rER).
a. Organel bermembran, to contains Ribosome melekat
pada permukaan cytoplasma mll. Ikatan ribofirin I & II
pada sub unit 60S.
b. Functions : The synthetic of protein scretoric,
membrane sel & rER lysosomal.

3. Smooth Endoplasmic Reticulum (sER).

a. Organel bermembran non Ribosome
b. Fuctions :
(1). Hormon steroidn lipid and kholesterol synthetic and
lipid metabolism
(2). Detoxification drugs & chemical in hepar,
(3). Calcium transport for muscel contraction.
(4). Synthetic Glycogen, metabolism mineral, transportasi
lipid, etc.

SLIDE 14
 RIBOSOM

SLIDE 15
ENDOPLASMIC RETICULUM
SLIDE 16
4. Golgi Apparatus
a. Tumpukan Cysterna with membrane, different
surface, Cis, trans and medial.
Cis (cembung) to receive prot. vesicles dr.
rER. Trans (cekung) release solid vacuole
content protein pasca translasi.
b. Function :
1. Protein modification pasca translasi,
mechanism sulphation, phosphorilation
glycosilation.
2. Selection & packaging protein
3. Recycling the membrane

SLIDE 17
SLIDE 18
5. Mitochondria
a. Component & Composition
Outer membrane  glikolipid belayer, glikoprotein.
Inner membrane terlipat menjadi Cristae, contents
flavin mononucletida, coenzym, cytochrome oxidase,
succinat dehydrogenase.
Intermembrane space  contents H+ ion.
Matrix Component  Enzyms for TCA cycle (kec.
Succinat dehydrogenase), Enzym2 beta oksidase
fatty acids, DNA, mRNA, tRNA, rRNA, dan granul2
content Ca&Mg.
b. Morphology of mitochondria is variable tgt. Metabolic
state. In low phosphorylation cristae prominent &
compartement matrix is large. In high phosphorylation 
solid & cristae unprominent, small compartement matrix.
& intermembrane space is large.
c. Function :
(1) Site of energy release (glycolysis) & ATP formation
(2) Power house of the cell
SLIDE 19
 MITOCHONDRIA

SLIDE 20
SLIDE 21
SLIDE 22
SLIDE 23
SLIDE 24
SLIDE 25
MITOCHONDRIA  sistyem genetic berbeda dengan
sistem genetic nucleus (DNA berbentuk circuler),
ribosom, rRNA, tRNA & mRNA seperti prokaryota.

SLIDE 26
6. Lysosomes
Large vesicle formed from Golgi complex
Contains  hydrolytic enzymes (protease,
nuclease, 5-nucleotidase, b-galactosidase, b-
glucorhonidase, glycosidase, aril sulfatase,
lipase, esterase & phosphatase  could distroy
the cell & extracelluler breakdown of material.
Primary lysosomes  non aktive in cell degragation.
Scondary lysosomes  active in cell degragation.
(1) Phagolysosomes cell degragation to
transport in phagocytic vacuole.
(2) Autophagolysosomes cell degragation to
transport in autophagic lysosomes.

SLIDE 27
SLIDE 28
7. Peroxisome
Organel bermembran more than lysosomes, content
a) Amino acid oxidase & hidroxy acid  catalytic
enzyms to produced H2O2.
b) Catalase & peroxidase for reduction H2O2  H2O
+ O2
c) b-oxidase fatty acid

SLIDE 29
CITOSKELETON Td. Filament & Microtubulus.
FILAMENT  td. Microfilament & intermediate filament.

MICROFILAMENT  td.
1. Thin microfilament (O = 6 nm) td. Monomer actin
G  spiral double stranded.
Function  mechanism of exositocis, endositosis,
cell movement & movement of prot. cell membrane.
2. Thick microfilament (O = 10 nm)  td. monomer
miosin  Function muscel contraction which actin
interaction.

INTEMEDIATE FILAMENT (O= 10-12 nm)

Function 
1. Cytoplasmic binding dalam jalinan filamentosa
secara berkesinambungan from matrix extracelluler
 ke cytoplasma and inti.
2. Untuk analisis patologik dari cel
SLIDE 30
B. MICROTUBULUS (Tubule O= 25 nm)

TD.  13 mol prot.  tubulin &  tubulin tersusun

circuler.
1. Microtubulus tdpt dalam keseimbangan dinamik
dgn pool  &  tubulin dalam citoplasma. Pool (+)
utk. polymerisasi dan pool (-) utk. depolarisasi.

2. Microtubulus selalu disertai protein terkait

microtubulus ( microtubule associated proteins/
MAPS) yg. Memiliki ATPase.

3. Fungsi microtubulus  mempertahankan

bentuk sel (polaritas), pergerakan chromosom,
pergerakan granula sekretorik, vesikel dan silia/
flagela. SLIDE 31
SLIDE 32
SLIDE 33
SLIDE 34
EXPRESIE GEN
Dibagi dalam 3 Tahap 
Tahap REPLICATION  DNA synthesis
Tahap TRANSCRIPTION  RNA synthesis
Tahap TRANSLATION  Protein synthesis

REPLICATION
Tujuan : 1. Mepersiapkan pewarisan gen
2. Persiapan Mitosis
Saat : hanya pada fase S
Tempat : utk DNA Kromosom (rDNA di nucleolus,
mDNA & tDNA di Nucleoplasma
Utk DNA Extrakromosom  Mitochondria.

SLIDE 35
Alat Perangkai  DNA polymerase I,II dan III utk
Polimerisasi mononucleotida, DNA ligase  utk
menyambung berkas DNA

MEKANISME REPLIKASI
Tahap perintisan peran Endonuclease (membuka
ujung untaian DNA) dilanjutkan Supercoliling oleh
Enzim superhelix relaxation & DNA binding protein

Tahap Pemanjangan  Polimerisasi mononucleotida

oleh DNA polimerase

Tahap Penyelesaian  Peran DNA ligase utk

menyambung fragmen DNA.
SLIDE 36
TAHAPAN PCR (INVITRO AMPLIFIED DNA)
Denaturation
94°C, pada suhu ini DNA utas ganda memisah
menjadi utas tunggal
Annealing
40 - 60°C, pada suhu ini terjadi penempelan primer
pada DNA template di tempat yang komplemen
dengan sekuen primer. Temperatur pada suhu
annealing dapat dihitung berdasarkan kandungan
G/C dan A/T
Final extension
60 - 72°C for 5, pada tahap ini DNA polymerase
akan memasangkan dNTP yang sesuai pada
pasangannya, maka terjadilah perpanjangan
Denaturation
Annealing
Two different primer sequences are used to bracket the target
region to be amplified. One primer is complementary to one DNA
strand at the beginning of the target region; a second primer is
complementary to a sequence on the opposite DNA strand at the end
of the target region.
Extension
Taq DNA Polymerase catalyses primer extension.
TRANSKRIPTION = Sintesis RNA
Saat  pada fase G1,S dan G2
Alat cetak  DNA doublehelix
Alat perangkai  RNA Polimerase I utk sintesisa rRNA,
RNA polimerase II utk sintesis mRNA,
RNA polimerase III utk sintesis t RNA.

MEKANISME transkripsi 
Tahap perintisan  peran RNA polimerase
Tahap pemanjangan  Polimerisasi mononucleotida
polipeptida.
Tahap Penyelesaian rho protein

SLIDE 41
TRANSLATION  Sintesis Protein
Saat  sepanjang Siklus Sel, kec. Mitosis
Tempat  di Ribosom
Sarana  Alat penghantar asam amino adalah tRNA,
Alat penghantar informasi Gen adalah mRNA dimulai
dari AUG,GUG diakhiri kodon penutup
UAA,UAG,UGA.
Alat pencetak  Ribosom
Pembantu Pencetak Protein  Initiating factor (IF1,IF2
dan IF3), Elongation factor (EF1 dan EF2), Release
Factor (RF), Energi untuk sintesis (GTP).

SLIDE 42
MEKANISME TRANSLASI
Tahap Perintisan 
Asam amino-tRNA perintis adalah AUG, GUG.
Penggabungan R-40S dan 60S  80S Site A
Pada ujung 5mRNA terikat 7-methyl GTP (IF3).

Tahap Pemanjangan  ada 2 (EF1 = transfer factor

dan EF2 = G factor), dengan bantuan RF (translokasi
polipeptida ke Asam amino)

Tahap Penyelesaian  Terbentuknya kodon penutup

yakni AUG/UAA/UGA , dengan pelepasan enzim
Peptidyl transferase yg dibantu GTP.

SLIDE 43
KODE ASAM AMINO
 SIKLUS SEL
APC = Anafase Promoting Compleks

Sintesis RNA

Cyclin D,E & CDK 4,6

Cyclin A,B & CDK 1

Cyclin A,E & CDK2
Sintesis RNA
Sintesis DNA

SLIDE 46
G1,phase S, G2  sintesis
DNA,RNA, protein

SLIDE 47
Profase :
 Nucleus membesar dan membran mulai hancur
 Sentriole membelah dan membentuk pasangan dengan terbentuknya
spindels.
 Benang kromatin memendek dan padat membentuk kromosom yang terikat
pada sentromer disebut kromatid.
 Organel sel terdesak ketepi membran sel.

Metafase
 Sentriole berada pada kutub sel yang berlawanan
 Spindels yang keluar dari sentriole akan mengikat kromosom di bidang
equator
Anafase
 Kromosom akan tertarik oleh spindels dan pecah tepat di bagian sentromer
dan bergerak ke kutub sel berseberangan
 Mulai terbentuk celah pada bidang equator, dan spindels makin pendek

Telofase
 Spindels menghilang krn kromosom terurai
 Terbentuk 2 inti sel dan sel memisah jadi dua.
SLIDE 48
Meiosis = Pembelahan reduksi
 Dibagi dalam 2 tahap Yakni meiosis I (diploid jadi haploid), dan
meiosis II (spt mitosis jumlah koromosom = sel induk yakni haploid).

Miosis I dibagi dalam beberapa fase :

 Profase I dibagi 5 sub fase (Leptoten, Zigoten (kromosom
berpasangan), Pachiten (membentuk 2 ps. kromated dengan crossing
over), Diploten (kromosom melepas lilitan dari lahir s/d masa
dewasa), Diakenesis yakni seperti profase mitosis), selanjutnya masuk
 Metafase I, Anafase I (sentromer tidak membelah) dan Telofase I
(haploid).

Meiosis II
 Sama seperti proses mitosis (Profase II, Metafase II, Anafase II dan
Telofase II.
 Antara Meiosis I dan II disebut fase Interkinesis

SLIDE 49
A A B B

C D

(A) Sel Telur pembesaran 100x

C D (B) Sigot Pembesaran 400x
(C) Embrio 2 sel pembesaran 400x
(D) Embrio 4 sel pembesaran 400 x

(E) Embrio 8 sel pembesaran 400

(F) Morula pembesaran 400x

E F

E F

50 SLIDE
 Kromosom Embrio Tikus pada kelompok kontrol
pada stadium profase, metafase dan anafase
dengan pembesaran 100 dan 400 kali

51 SLIDE
Kromosom dari sigot maupun embrio tikus dalam
bentuk berbeda pada kelompok P1, P2 dan P3
menunjukkan stadium metafase yakni kromosom
terletak dalam satu bidang equator.
Kromosom terlihat dengan mikroskop cahaya dalam
pembesaran 100x dan 400x.

52 SLIDE
SLIDE 53
 PROSES KEMATIAN SEL

MEKANISME (ONKOSIS) (NEKROTIK)

GENETIK MEKANISME ISKEMIA MEKANISME AKTIF LISOSOM

GANGGUAN –ATP AKTIVASI LISOSOM

APOPTOSIS
GANGGUAN KERUSAKAN
SODIM PUMP SISTEM MEMBRAN

FISIOLOGIK PATOLOGIK SODIUM

INTRA SEL
JALUR NER JALUR JALUR LISIS
SITOTOKSIK F-FL
CEL
INAKTIVASI CPK-K2 AKTIVITAS IKATAN BENGKAK
TELOMERASE PKC p53 F-F*L

BAX C

TELOMERASE TRANSKRIPSI E
MEMENDEK p21 AKTIVASI L
FADD
KROMOSOM D
FRAKMENTASI MENEKAN CYT-C E
SEMUA CDK AKTIVASI CASPASE A
*PERFORIN T
SIKLUS SEL * GRANZYM CYCLIN APAF-1 H
BERHENTI INAKTIVASI
BCl2  inhibit Apaf-1
Bax  inhibit Bcl2
p 53  activate bax

Proapoptosis : Protein Bax, bak, Bok, Bad, Bis, Bik, Blk.

Antiapoptosis : protein Bcl2, Bcl-XL, Bcl-W, CED-9.

SLIDE 55
back

next

SLIDE 56
CASPASE ACTIVATION
DAMAGING STIMULI
Oxidants
Bax
Ceramide
Ca++
MITOKONDRIA

OPENING OF PT-PORE
Apaf-1 cytochrome c
d-ATP
INITIATOR CASPASE
(Caspase 9)
axcecutor Caspase

SLIDE 57
 OKSIDAN DAN ANTIOKSIDAN

Radikal bebas adalah atom/ gugus atom yang kulit luarnya

memiliki elektron yang tidak berpasangan (Unpired electron)
Oksidan adalah suatu senyawa yang dapat menerima elektron
(electron acceptor).
ROS (reactive oxygen spesies) selalu dihasilkan oleh tubuh
dalam bentuk radikal bebas (free radicals) atau disebut oxidan
yang berfungsi membunuh mikroorganisme yang masuk ke
dalam tubuh.

Secara Fisiologis kelebihan radical bebas/ oksidan dalam

tubuh akan di inhibisi oleh antioksidan/ antiradikal bebas.
Keadaan Patologis  radikal bebas didalam tubuh lebih banyak
dari antioksidan hal ini menyebabkan stress oxidatif.
SLIDE 58
ROS (radikal bebas) secara vroutin dibentuk dari proses oksidasi
didalam tubuh, mll proses pemindahan elektron.
Fungsi : Antibakterial (non spesifik)  bila berlebih (Stress
oksidatif ) merusak membran sel, DNA.
Beberapa ROS yang ada didalam tubuh 
Radikal bebas superoksid (O2-), Radikal bebas hidroksil
(OH+), Radikal bebas peroksil (COO-), Hidrogen peroksida
(H2O2), Ion hipoklorid (CCl-), Peroksida Lipid (COOH).
Radikal superoksid, terbentuk melalui:
1. Reaksi samping yang melibatkan ion Fe2+ + O2  Fe3+ +O2-
2. Reaksi yang dikatalisis oleh NADH/NADPH oksidase yang
terdapat pada mitochondria (NADH + O2  NAD+ +H+ +
O2- ). Juga (NADPH +O2  NADP+ + H+ + O2-)
3. Reaksi yang dikatalisis oleh xantin oksidase (XH + O2  X-
OH + O2-
SLIDE 59
Radikal hidrogen peroksida (H2O2), dibentuk akibat aktivitas enzym
oksidase pada Peroxisome melalui reaksi (RH2+O2R + H2O2).
Senyawa H2O2 dapat mengoksidasi berbagai senyawa yang terdapat
didalam sel (2GSH + H2O2  2GGSG + 2H2O).

Radikal hidrogen peroksida dapat menghasilkan OH +(radikal

hidroksil). (Fe2+ + H2O2  Fe3++OH++ OH-),
(Cu++H2O2  Cu2++OH++OH-)
Radikal bebas peroksil dibentuk dari radikal superoksid (O2 -) yakni
O2- + H2  HOO+
O2- + H2O2  O2 + OH+

Radikal singlet oksigen terbentuk melalui :

1. Reaksi enzym monooksidase yakni peranan dari Cytochrom P450
( 2ROOH + CP450 2R-OH+ O2.
2. Enzim Prostaglandin sintetase yakni enzym yang berperan pada
pembentukan Prostagalandin dari asam arachidonat
(2PGG2+Enzym  2PGH2+O2.
SLIDE 60
ROS berperan dalam :
Terjadinya kematian sel, Mutasi DNA, Disfungsi sel
dan organ, yakni pada mekanisme apoptosis,
aterosklerosis, timbulnya malignansi

Mekanisme Apoptosis oleh ROS melibatkan sintesis

Protein Kinase C (PKC) dan pembentukan Perforin
dan gramzym, serta jalur fastligan reseptor(FFL)

SLIDE 61
ANTI OXIDAN :
1. Antioxidan Primer = A. Endogen= A. Enzimatis
(Chainbreakind Antioxidant)
Termasuk : Enzim Peroxidase, Superoksiddesmutase,
Catalase, Glutation-s-transferase, glutation peroxidase
glutation reduktase.
2. Antioxidan Skunder =A. exogen= A. nonenzymatis
(Scavanger Antioxidant)
Termasuk : Vit. C, Vit. E, Beta Carotin, Isoplavon, asam
urat, bilirubin dan albumin.
3. Antioxidan Tersier.
Termasuk Enzim DNA Repair dan Methionin sulfoxida.

SLIDE 62
SLIDE 63
SLIDE 64