Biokmia I.

2008-2009

Ksa Ferenc, Babes-Bolyai Tudomnyegyetem

http://sejt.wordpress.com

A biokmia trgya
A kmia segtsgvel tanulmnyozza az lanyag felptst s az lrendszerekben vgbemen vegyi folyamatokat. A kvetekez fontosabb krdskre igyekszik vlaszolni: - Milyen a sejteket felpt biomolekulk kmiai s 3D szerkezete? - Hogyan reaglnak egymssal a biomolekulk? - Hogyan szintetizldnak s bomlanak le a sejtekben a biomolekulk? - Hogyan troldik s hasznldik fel a sejtekben az energia? - Mikppen szervezdnek a sejteken bell a biomolekulk s mikppen koordinldnak trben s idben a sejtekben vgbemen folyamatok? - Hogyan troldik, rdik t s fejezdik ki a genetikai informci?

A biokmia kialakulsa, fejldse 1773 - az urea felfedezse (Roulle) 1780 Lavoisier oxidciknt rja le a lgzst 1828 urea szintzise (Whler) 1869 nukleinsavak felfedezse (Miescher) 1913 az enzimkinetika elmletnek a megalapozsa 1926 az els enzim (urez) kikristlyostsa (Sumner) 1929 az ATP felfedezse (Lohman) 1937 Krebs ciklus felfedezse 1939 oxidatv foszforilci felfedezse 1953 DNS ketts hlix (Watson, Crick, Wilkins) 1960 els fehrje 3D szerkezete (Perutz)

A sejt molekuli

A sejtben lev molekulknak kt tpusa klnthet el: kis molekulk:

- vz (70%) - szervetlen ionok, szerves kis molekulk (6-9%)

makromolekulk (21-24%)

Kis molekulk (mikromolekulk):

A max. kb 30 sznatomot tartalmaz, 100-1000 molekulasly molekulk A sejtekben tallhat szerves kis molekulk mindssze ngy nagyobb csoportba sorolhat: aminosavak, cukrok, nukleotidok (s rszben a lipidek). .

Makromolekulk:
polimrek amelyek tbb kisebb molekula, az .n. monomrek polikondenzcija rvn keletkeznek. - a sejtek makromolekuli a fehrjk, nukleinsavak, poliszacharidok. A lipidek nagy rsze valjban sem a kis molekulkhoz, sem a makromolekulkhoz nem sorolhat.

A monomrek dehidratcis reakcik rvn plnek be a makromolekulkba (ugyanakkor mindhrom tpus polimr hidrolzises reakcik rvn bomlik le monomreikre).

A sejt biopolimrjei sorrendspecifikus polimrek: a monomrek sorrendje minden molekulra jellemz s szigoran meghatrozott. A fehrjk s nukleinsavak lineris polimrek, mg a poliszacharidok lehetnek elgaz polimrek is.

A sejtek biokmiai szervezdsnek egysgessge

Valamennyi sejt ugyanazon kmiai elemekbl, ugyanazon kis s makromolekulatpusokbl pl fel, amelyek hasonl arnyban fordulnak el valamennyi l sejtben. Egyes molekulk valamennyi lsejtben megtallhatk. Ilyenek pldul a D-glkz, a zsrsavak, a hsz aminosav, a purin s pirimidinbzisok stb. A sejtekben a legfontosabb anyagcsereutak mint pldul a glikolzis, citrtciklus, zsrsavoxidci, zsrsavak s foszfolipidek bioszintzise hasonl mdon, hasonl lpsekben s hasonl enzimek segtsgvel megy vgbe. Az energit valamennyi sejtben elssorban az ATP makroerg foszftktseiben raktrozott kmiai energia biztostja. E molekula szintzise, a makroerg foszftkts kialakulsa hasonl mdon megy vgbe a klnbz sejtekben (glikolzis s/vagy oxidatv foszforilci s/vagy fotofoszforilci). A DNS s fehrjk szintzise is hasonlan megy vgbe valamennyi l sejtben.

Aminosavak
Szabad llapotban viszonylag kis mennyisgben fordulnak el, f tmegk a fehrjk felptsben vesz rszt. A fehrjk felptsben rendszerint 20 alapvet aminosav vesz rszt. Ezek egy rsze a fehrjk szintzise utn kovalensen mdosulhat is. Fehrjken belli elfordulsi arnyaik eltrek . gy pl. egy tlag fehrje aminosavainak 32%-t ngy aminosav alkotja: leucin, szerin, lizin, glutaminsav. Ms aminosavak (cisztein, triptofn, metionin) ritkbban s jval kisebb mennyisgben fordulnak el a fehrjkben. A termszetben tbb mint 300 aminosav fordul el, ezek csak kis mennyisgben mutathatk ki az l szervezetekben s a legtbbjk csak egyes szervezetekben tallhat meg. Fizikai tulajdonsgaik - szntelen, kristlyos anyagok. Vzoldkonysguk igen eltr: jl olddik pl. a prolin s csak nagyon gyengn a cisztein. - oldhatk hg savakban s bzisokban.

A Miller-Urey ksrlet

Prebiotikus krlmnyek kztt is szintetizldnak aminosavak: - glicin - alanin - aszparaginsav (aszpartt) stb.

Elsnek az aszparagin kmiai szerkezett ismertk fel (1806), legutolsnak a treonin szerkezett rtk le (1938) - a fehrjkben lev aminosavak kivtel nlkl aminosavak, amelyekben egy karboxilcsoport melletti .n. sznatomhoz aminocsoport kapcsoldik. A harmadik szubsztituens egy H, mg a negyedik az aminosavra jellemz Roldallnc.

Vegyi szerkezetk

Az aminosavak sztereoizomrija Az aminosavakban tallhat tetraderes szimmetrij -sznatom ngy klnbz szubtituenssel rendelkezik, ezrt aszimmetrisnak nevezzk. Az aminosavak a glicin kivtelvel teht optikailag aktvak. Kt lehetsges tkrkpi szerkezettel rendelkeznek. Ezeket enantiomreknek nevezzk.

Az aminosavak enantiomerjeinek konfigurcija a gliceraldehidre vonatkoztatott rendszerben L vagy D.

A fehrjkben elfordul aminosavak L-konfigurcijak.

Kivtel: D-aminosavak a baktriumfal alkotsban rsztvev makromolekulkban (peroxiszmk szerepe D-aminosavak lebontsban citolgia kurzus)

Mirt fordulnak el szinte kizrlag csak L-aminosavak a fehrjkben? - Bonner hipotzis Cronin, J. R., & Pizzarello, S. Enantiomeric excesses in meteoritic amino acids. Science 275, 951-955 (1997). Rubenstein, E. Bonner, W. A., Brown, G. S., & Bailey, J. Polarized stellar light. Science 283, 1415 (1999). Rubenstein, E. Bonner, W. A., Noyes, H. P., & Brown, G. S. Supernovae and Life. Nature 306, 118 (1983). Bonner, W. A., & Bean, B. D. asymmetric photolysis with elliptically polarized light. Orig. Life Evol. Biosphere 30, 513-517 (2000).

A fehrjket felpt aminosavak csoportostsa A peptidlnc, ill. a fehrjk felplse szempontjbl clszer az aminosavakat az R-csoportjuk alapjn csoportostani:

- apolris (hidrofb) aminosavak

- polris aminosavak

- savas (negatv tlts) aminosavak

- bzikus (pozitv tlts) aminosavak

Hidrofb aminosavak

- a legegyszerbb szerkezet aminosav a glicin ; glikokolnak is neveztk (glksz des, kolla enyv) - az alanin, valin, leucin s izoleucin sznhidrogn lncokat tartalmaznak, ezrt vzben nem vagy csak kis mrtkben olddnak - a valin, leucin, izoleucin esszencilis aminosavak mivel az emberi sejtek nem tudnak elgaz lnc aminosavakat szintetizlni

- a prolin aminocsoportot nem tartalmaz, ehelyett iminocsoport van benne - a cisztein nevt onnan kapta, hogy elszr a XIX. szzad elejn a hlyagkbl (hlyag: cysta) lltottk el

A kt cisztein oxidcija rvn kialakult diszulfidktst tartalmaz vegylet a cisztin szintn aminosav

Gyrs szerkezet aminosavak - a fenilalanin s tirozin benzolgyrt tartalmaz, a triptofn egy indolgyrt. - a tirozint elszr sajtbl izolltk, innen ered a neve (tyros sajt)

Az aroms oldallnc aminosavak az UV sugarakat abszorbeljk, jellemz spektrumuk van. A triptofn s tirozin jelents abszorbcival rendelkezik 280 nm-nl. A fehrjk koncentrcija emiatt spektrofotometrisan meghatrozhat a 280 nm-nl mrt abszorbancia alapjn.

A fenilalaninbl szintetizldik a tirozin

A tirozin kpes kt jdot megktni. A tiroxin nev pajzsmirigyhormon tulajdonkppen dijd tirozinbl keletkezik

A triptofn hidroxillsa s dekarboxillsa tjn keletkezik a szerotonin (az idegingerlet tviv anyag)

Pozitv tltssel rendelkez aminosavak

- a lizin kt aminocsoportot tartalmaz, mg az arginin az aminocsoport mellett egy guanidocsoporttal rendelkezik. A hisztidinnek imidazol gyrje van. Az arginin nagy mennyisgben (>80%) fordul el a halak spermjnak fehrjiben.

A savas aminosavak s amidjaik

- az aszparaginsav s glutaminsav kt-kt COOH csoporttal rendelkezik, negatv tltsk van. Arnylag nagy mennyisgben fordulnak el a nvnyekben. Az aszparagint a sprgbl (Aspargus) lltottk elszr el.

A Venn-diagram

Esszencilis aminosavak

Valin Leucin Izoleucin Fenilalanin Triptofn Metionin Treonin Lizin (Hisztidin, arginin)

Termszetben elfordul ritka aminosavak Szmos fehrjbl izolltak olyan aminosavakat, amelyek a 20 aminosav szrmazkainak tekinthetk. Pl. az N-metil-lizin s az N-metil-hisztidin a miozinban fordul el, a 4hidroxi-prolin s 5-hidroxi-lizin a kollagnban mutathat ki. Az elasztinban a dezmozin s izodezmozin, kt lizin szrmazk fordul el.

A fehrjealkot aminosavakon kvl emltsre mlt a nitrogn anyagcserben rsztvev kt intermedier az ornitin s a citrullin.

Nagy mennyisgben tartalmazza a grgdinnye (Citrullus vulgaris)

A -karboxiglutaminsav a vralvadsban szerepet jtsz protorombinban s egyb klciumkt fehrjkben fordul el.

A -alaninban az aminocsoport a -sznatomhoz kapcsoldik. A koenzim-A rszt kpezi.

Szelenocisztein: a szerinbl szintetizld, csak nhny fehrjben elfordul aminosav

Az aminosavak sav-bzis jellege Az aminosavakban mind az amino, mind a karboxil csoport reverzibilis mdon protonldhat, illetve deprotonldhat. Ennek megfelelen az aminosav protondonornak, ill. protonakceptornak is tekinthet. Az aminosavak savas, ill. bzikus jellege, amfoter tulajdonsga alaktja ki az ikerionos szerkezetet, amelyben ionizlt karboxilcsoport s protonlt aminocsoport tallhat.

Vizes oldatban az aminosavak pH-tl fggen savknt vagy bzisknt viselkednek. A pH cskkense a protonlt kation kpzdst segti el, mg nvelse az anion formnak kedvez.

Azt a pH rtket, ahol az aminosav teljes mennyisge ikerion formban van jelen, izoelektromos pontnak nevezzk.

Az aminosavak oldallncainak a tltse pH fgg

Az aminosavak kmiai reakcii

Ninhidrin jelenltben az aminosavak bborszn termket kpeznek, a prolin srga sznnel reagl.

Az aminocsoport specifikus jellse

A dabzil-klorid specifikusan jelli az alfa aminocsoportokat. A szulfonamidszrmazkk alaktott amino-terminlis aminosav fotometrisan is azonosthat a fehrje hidroliztumbl.

A danzil-klorid fluoreszcens szulfonsav-szrmazk, amely tovbb nveli az aminosavkimutats rzkenysgt.

A fluoreszcamin szintn fluoreszkl, aminocsoportot jell reagens

Aldehidekkel az aminosavak Schiff-bziss alakulnak t.

Acetills: a fehrjk leggyakoribb sejten belli kmiai modifikcija (a fehrjknek kb. a 80%-t rinti. A fehrjk lethossza szablyozdik acetillssal: az acetillatlan proteinek hamar degradldnak.

Foszforills

Szulfatls

Dekarboxills