BIOLOKA PROMENLJIVOST

FENOTIPSKA GENOTIPSKA
=99.9%
MUTACIJE REKOMBINACIJE
GENSKE
BOLESTI
EVOLUCIJA
GENSKE MUTACIJE
TRAJNE, NASLEDNE PROMENE U SEKVENCI
DNK
Citogenetsk
i se vidi
viak ili
manjak 4
Mb
Genske mutacije
se ne vide
analizom
kariotipa
mogu da se dese u bilo kom genu genoma, u
bilo koje vreme od embrionalnog razvia do
poznih godina ivota
imaju specifian efekat
su veinom negativne
su u malom broju pozitivne (faktor evolucije)
mutacije
PREDSTAVLJAJU IZVOR NOVIH
OBLIKA GENA - ALELA
su sluajne, nezavisne od efekta koje imaju
na nosioca
su vane za preivljavanje vrste
a

a
+

OBLIK GENA KOJI JE IROKO RASPROSTRANJEN
U PRIRODI PREDSTAVLJA DIVLJI OBLIK GENA
a
+

Direktna mutacija
a
+
a
D
+
D
Povratna (reverzna)
mutacija
D

D
+

Uestalost
povratnih
manja od
direktnih
rekurentne mutacije promene u
isti alelni oblik
SOMATSKE MUTACIJE
GERMINATIVNE MUTACIJE
- MUTACIJE NASTAJU U GERMINATIVNIM
ELIJAMA, SPERMATOZOIDIMA I JAJNIM ELIJAMA
- PRENOSE SE NA POTOMSTVO
- MUTACIJE NASTAJU U TELESNIM (SOMATSKIM)
ELIJAMA
- NE PRENOSE SE NA POTOMSTVO
- ORGANIZAM MOZAIK
retinoblastom
EFEKAT MUTACIJA NA FENOTIP
IZRAAVA SE U RAZLIITIM PERIODIMA IVOTA
na rodjenju (Tay-Sachs; cistina fibroza)
tokom ivota (elavost, Huntington horea)
SE RAZLIKUJE PO JAINI
letalan ; dovodi do steriliteta; nema efekta na
preivljavanje
SE ISPOLJAVA SAMO POD ODREDJENIM USLOVIMA
temperatura (propustljiva ili ograniavajua)
pojaivai i supresori
SE ISPOLJAVA POSREDNO - MODIFIKATORI
DOMINANTAN ILI RECESIVAN
G6PD deficijencija
GENOTIP
GENSKA (ALELSKA) KOMBINACIJA KOJA
PREDSTAVLJA GENETSKU KONSTITUCIJU JEDINKE
- U SVIM GENSKIM LOKUSIMA
- SAMO U POJEDINANIM LOKUSIMA
A1 A1
HOMOZIGOT
A1
A2
HETEROZIGOT
A2 A3
SLOENI
HETEROZIGOT
A1 DIVLJI (NORMALNI ALEL)
A2 A3 MUTIRANI ALELI
ALEL
Jedan, dva ili vie razliitih oblika istog gena koji
zauzimaju jedan genski lokus, medjusobno mogu da se
razlikuju i po razliitom uticaju na fenotip
2 ALELNA OBLIKA GENA A A1 I A2
MOGUI GENOTIPOVI
A1 A1
A2 A2
A1 A2
HOMOZIGOT A1
HOMOZIGOT A2
HETEROZIGOT
FENOTIPSKA SKALA
A1 A1
A2 A2
A1 A2 A1 A2 A1 A2
A1 dominantan
A2 dominantan Nema dominacije
A DOMINANTAN ALEL
a RECESIVAN ALEL
DOMINANTNI HOMOZIGOT HETEROZIGOT
RECESIVNI HOMOZIGOT
FENOTIP
DOMINANTAN
RECESIVAN
hromozom
hromozom
A
A
A
a
a
a
Mutacija dominantna
Vunasta
kosa
polidaktilija brahidaktilija
ahondroplazija
ahondroplazija
Familijarna hiperholesterolemija
holoprozencefalija
hromozom
hromozom
A
A
A
a
a
a
Mutacija recesivna
albinizam
albinizam
Duchenne-ova
miina distrofija
autozomno
dominantno
autozomno
recesivno
X vezano
recesivno
1966 1975 1986 1992
269
(+568)
237
(+294)
68
(+51)
574
(+913)
1487
583
(+635)
466
(+481)
93
(+78)
1172
(+1029)
2470
(+1241)
647
(+984)
190
(+178)
610
(+810)
124
(+162)
1142
(+1194)
1906
(+2001)
3307
(+2403)
2336 3907 5710 ukupno
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Omim/.
http://www.genetests.org
~ 6000
~ 200 bolesti
TIPOVI MUTACIJA
SUPSTITUCIJE zamena jedne baze drugom
tranzicije
A G
T C
transverzije A T A C G T G C
INSERCIJE - umetanje baza
DELECIJE - gubitak baza
A
C A T C A T C A T C A T C A T
G A T G A T G A T G A T G T
A
C A T C A T A T C A T C A T
G A T G A T A T G A T G T
T
A
SUPSTITUCIJA
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
T C T C A A
A
A A A G C T T T
A G A G T T
T
T T T C G A A A
5...
3... 5
3
T C T C A A G A A A G C T T T
A G A G T T C T T T C G A A A
5...
3... 5
3
TRANZICIJA (AT GC)
5...
3... 5
3
5...
3... 5
3
TRANSVERZIJA (CG GC)
T C T C A A A A A A G C T T T
A G A G T T T T T T C G A A A
T C T G A A A A A A G C T T T
A G A C T T T T T T C G A A A
5 3...
MISSENSE MUTACIJA
T C T C A A A A A T T T A C G
T C T C A A G A A T T T A C G
A G A G T T T T T A A A T G C
A G A G T T C T T A A A T G C
3
3
5
5...
5...
3...
Ser Gln Lys Phe Thr


Ser Gln Glu Phe Thr
5 3...
NONSENSE MUTACIJA
T C T C A A A A A T T T A C G
T C T C A A T A A T T T A C G
A G A G T T T T T A A A T G C
A G A G T T A T T A A A T G C
3
3
5
5...
5...
3...
Ser Gln Lys Phe Thr


Ser Gln STOP
5 3...
NEUTRALNA MUTACIJA
T C T C A A A A A T T T A C G
T C T C A A A G A T T T A C G
A G A G T T T T T A A A T G C
A G A G T T T C T A A A T G C
3
3
5
5...
5...
3...
Ser Gln Lys Phe Thr


Ser Gln Arg Phe Thr
5 3...
TIHA MUTACIJA
T C T C A A A A A T T T A C G
T C T C A A A A G T T T A C G
A G A G T T T T T A A A T G C
A G A G T T T T C A A A T G C
3
3
5
5...
5...
3...
Ser Gln Lys Phe Thr


Ser Gln Lys Phe Thr
A
C A T C A T C A T C A T C A T
G A T G A T G A T G A T G T
A
C A T C A T C A T C A T C A T
G A T G A T G A T G A T G T
G
C
INSERCIJA
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16
A
C A T C A T C A T C A T C A T
G A T G A T G A T G A T G T
DELECIJA
C A T C A
T
G A T G
A
T A
C A T C A T C A T
G A T G A T G T
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
5 3...
FRAMESHIFT MUTACIJA
(insercija)
T C T C A A A A A T T T A C G
T C T C A A G A A A T T T A C G
A G A G T T T T T A A A T G C
A G A G T T C T T T A A A T G C
3
3
5
5...
5...
3...
Ser Gln Lys Phe Thr


Ser Gln Glu Ile Tyr
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
G A T C T A T G G T A T
C A T G T A A C C A A T
NORMALNO
G A U C U A U G G U A U
DNK
iRNK
Asp Leu Trp
Tyr
protein
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
G A C C T A G G G T A T
C G T G T A C C C A A T
missense
G A U C U A G G G U A U
DNK
iRNK
Asp Leu Glu
Tyr
protein
TIHA
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
G A T C T A T A G T A T
C A T G T A A C T A A T
NONSENSE
G A U C U A U A G U A U
DNK
iRNK
Asp Leu
protein
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
G A C T A T G G T A T
C T G T A A C C A A T
FRAMESHIFT mutacije pomaka
G A C U A U G G U A U
DNK
iRNK
Asp Tyr Gly
Met
protein
delecija
A
Tyr
Tyr
U U
His
Cys
Stop
Phe
U A
Ser
Asp
G A U
Asn
A A U
C A U
U U U
U U G U C U
Stop
C
U A G
U A
A
Misens - izmenjeni kodon dovodi i do
promene aminokiseline
Nonsens menja kodon za aminokiselinu u
stop kodon
Tihe izmenjeni kodon ne menja
aminokiselinu
Neutralne izmenjeni kodon odredjuje
aminokiselinu slinih osobina
SUPSTITUCIJE point (takaste) mutacije
POSLEDICE MUTACIJA
(Zavise od mesta gde se desila)
1. Izmenjeni protein
2. Neaktivni protein
3. Prekid sinteze proteina
4. Bez efekta
HEMOGLOBIN
a
2
a
1

b
e
Gg

q
z
2

d
Y
z1
Y
a2
Y
a1

Primeri grupisanih familija gena
grupa gena za a-globine na hromozomu 16p
Ag

yb
grupa gena za b-globine na hromozomu 11p
rodjenje
jetra Kotana sr umancetna kesa
adult
embrion
GEN ZA b GLOBIN deo prvog egzona
3 CAC GTG GAC TGA GGA CTC CTC TTC 5
5 GTG CAC CTG ACT CCT GAG GAG AAG 3
5 GUG CAC CUG ACU CCU GAG GAG AAG 3
val - his - leu - thr - pro - glu - glu - lys
1 2 3 4 5 6 7 8
translacija
transkripcija
3 CAC GTG GAC TGA GGA CTC CTC TTC 5
5 GTG CAC CTG ACT CCT GAG GAG AAG 3
5 GUG CAC CUG ACU CCU GUG GAG AAG 3
val - his - leu - thr - pro - val - glu - lys
translacija
1 2 3 4 5 6 7 8
transkripcija
5 GTG CAC CTG ACT CCT GTG GTG AAG 3
3 CAC GTG GAC TGA GGA CAC CAC TTC 5
TRANSVERZIJA
b
S

SRPASTA ANEMIJA
b
S
HEMOGLOBIN
Brzo propadanje
srpastih elija
Taloenje srpastih
elija ometa
cirkulaciju
Nakupljanje
srpastih elija u
slezini
ANEMIJA
NEDOVOLJAN
DOTOK KRVI
POJAANA
AKTIVNOST
KOTANE
SRI
SLABOST,
ZAMOR
SLAB
FIZIKI
RAZVOJ
SRANE
SMETNJE
UVEANJE
I FIBROZA
SLEZINE
OTEENJA
SRCA
PLUA zapaljenje
MIIA reumatizam
MOZGA paraliza
transkripciju
obradu RNK
nestabilni globin
startni kodon
frameshift
cap mesto
male delecije
CISTINA
FIBROZA
NORMALNO
D E L E C I J A
Ile Ile Phe Gly - Val
T ATC ATC TTT GGT GTT
Ile Ile - - - Gly - Val
T ATC AT- - - T GGT GTT
D F508
izgubljena
amino
kiselina
fenilalanin
na poloaju
508
ABO
D E L E C I J A
Leu Val Val Thr - Pro
CTC GTG GTG ACC CCT T
Leu - Val Val Pro - Leu
CTC GTG GT- ACC CCT T
IZMENJENI
OKVIR
ITANJA
OD MESTA
DELECIJE
A
alel
ABO
0
alel
TAY SACHS
ALEL
NORMALNO
I N S E R C I J A
Arg - Ile Ser Tyr Gly Pro - Asp
CGT ATA TCC TAT GCC CCT GAC
Arg - Ile Ser - Ile Leu Cys Pro-Stop
CGT ATA TCT ATC CTA TGC CCC TGA
Insercija 4 nukleotida
dovodi do pomeranja
okvira itanja
FRAMESHIFT
MUTACIJA
DINAMIKE MUTACIJE
MIKROSATELITI
Nizovi - ponovci od 2- 4
nukleotida rasuti u genomu
(na razliitim hromozomima)
oveka. Broj im je promenljiv,
vrlo su polimorfni.
TRINUKLEOTIDNI PONOVCI
CGG
GAA
CAG
CTG
Oboljenja nastaju umnoavanjem
ekspanzijom broja ponovaka
Broj ponovaka moe da se menja
kroz generacije
Pojava anticipacije
Normalna replikacija
GTC GTC GTC GTC GTC
5 3
CAG CAG CAG
3 5
1 2 3 4 5
1 2 3
GTC GTC GTC GTC GTC
CAG
CAG
CAG CAG
INSERCIJA
CAG CAG CAG CAG CAG CAG
1 2 3 4 5
1
2
3
2
1
2 2
3 4 5
3 5
5 3
5
3
DELECIJA
GTC GTC GTC GTC GTC
GTC
CAG CAG CAG CAG CAG
CAG CAG CAG CAG
5 3
1 2 3 5 6
4
3 5
1 2 3 6 5
-
4
5
3
1 2 3 4
5 3
FRAGILNI X
SINDROM
X
FRIEDREICH
ATAXIA
5
HUNTINGTON
HOREA
4
MIOTONINA
DISTROFIJA
19
CGG GAA CAG
CTG
egzon intron
AUG
UAA
gln
CGG
METILACIJA
AG
AKCEPTOR
INTRONA
NEFUNKCIO
NALNI
PROTEIN
IZMENJENA
STABILNOST
iRNK ?
Hipotetini
gen
FRAGILNI X SINDROM
NORMALNE OSOBE 6-52 ponovka (mod 30)
NORMALNE OSOBE -
premutacija
50 230 ponovaka
OBOLELE OSOBE
puna mutacija
Stotine pa i hiljade
ponovaka
- nema direktnog prelaza od normalnog broja ponovaka u
punu mutaciju
- premutacija mora da prodje majinu mejozu
FRAGILNI X SINDROM
FRAGILNI X SINDROM
MIOTONINA DISTROFIJA
MUTACIJE KOJE POGADJAJU POSEBNE CILJEVE
SPOJEVI EGZONA I INTRONA
GT............................AG
Menjaju ili spreavaju
ispravnu obradu
PROMOTOR/ POLIADENILATNI SIGNALI
Menjaju transkripciju,
spreavaju dodavanje
poliadenilatnog repa
Verovatnoa da DNK polimeraza
u toku replikacije ugradi
pogrean nukleotid (1/10000)
10
-5

Svaki stoti pogreni par promakne
DNK polimerazi i u toku provere
10
-2

Svaki hiljaditi pogreni par
promakne sistemima popravke i
nakon replikacije
10
-3

Pogrean par -
mismach
Verovatnoa zamene jednog baznog para drugim
po replikaciji = 10
-5
x 10
-2
x10
-3
= 10
-10

A
C
C
C-NH
2

CH
N
N
N
HC
NH
A
C
C
C-NH
CH
NH
N
N
HC
NH
AMINO oblik IMINO oblik
KETO oblik
ENOLNI oblik
G
C
C
C=OH
C-
NH
2

N
N
N
HC
NH
G
C
C
C=O
C-
NH
2

NH
N
N
HC
NH
NH
N
C=O
C
C-
NH
2

HC
HC
NH
NH
C=O
C
C-NH
HC
HC
AMINO oblik
IMINO oblik
KETO oblik
ENOLNI oblik
NH
NH
C=O
T
C=O
H
3
C-C
HC
NH
N
C=O
T
C=OH
H
3
C-C
HC
NH
N
O=C
C
H
2
N C
CH
CH
IMINO oblik
NH
HN
O=C
T
O=C
H
3
C-C
HC
ENOLNI oblik
NH
N
C=O
T
C=OH
H
3
C-C
HC
ENOLNI oblik
N
C
C
G
C=0
C-
NH
2

NH
N
HC
NH
NH
NH
C=O
C
C-NH
HC
HC
IMINO oblik
A
C
C
C-NH
2

CH
N
N
N
HC
NH
Izraunavanje stope mutiranja
- Utvrdjivanje uestalosti novih sporadinih sluajeva
Autozomno dominantnih
X vezanih
BOLESTI
- koje imaju jasno prepoznatljiv fenotip na rodjenju ili ubrzo nakon
- potpuna penetrabilnost
primer
ahondroplazija
- 10 dece sa ahondroplazijom
- 94075 porodjaja
- 8 od 10 dece sa ahondroplazijom rodjena od zdravih roditelja
dakle
8 mutacija na 2 x 94075 (188 150)
4 X 10
-5
mutacija po lokusu/generaciji
ahondroplazija
spontana stopa mutiranja
Prosek za pojedinane gene oveka
10
-4
-10
-6
lokus/generaciji
1 mutacija na 100 000 1 000 000
gameta po lokusu po generaciji
m =
n
2N
n broj aficiranih sa neaficiranim roditeljima
N ukupan broj rodjenih beba x2 (po 2 alela)
PRIMERI STOPE MUTIRANJA ZA
ODREDJENE GENE OVEKA
AHONDROPLAZIJA
DMD
HEMOFILIJA A
NEUROFIBROMATOZIS NF1
PKD
RETINOBLASTOM
0.6 1.4 X 10
-5
3.5 10.5 X 10
-5

3.2 5.7 X 10
-5

4 10 X 10
-5

6.5 12 X 10
-5

5 12 X 10
-6

MUTAGENI
HEMIJSKI
Alkilirajui agensi, analozi nukleinskih kiselina,
azotna jedinjenja
FIZIKI
UV i jonizujue zraenje
virusi
GENETSKI INIOCI
Sindromi sa naslednom nestabilnou hromozoma : Fankonijeva
anemija, Bloom-ov sindrom, Xeroderma pigmentosum
HEMIJSKI MUTAGENI
Reaguju sa DNK i transformiu baze
Mogu da budu analozi baza pa se tokom
replikacije ukljuuju umesto uobiajenih baza
Ugradjuju se u molekul DNK izmedju
baza (interkaliraju)
1.
2.
3.
1.
AZOTASTA KISELINA (HNO
2
)
HIDROKSILAMIN (NH
2
OH)
ALKILIRAJUA SREDSTVA (iperit,
etilen oksid, etiletan sulfonat EES,
etilmetan sulfonat EMS)
2. 5 BROMOURACIL (analog timina)
2 AMINO PURIN (analog adenina)
3.
PROFLAVIN
AKRIDIN ORAN
N
NH
C
HNO
2

O
A
N H
H
A
ADENIN HIPOKSANTIN CITOZIN
A-T G-C
C=O
NH
G
EMS
G
C-O-CH
2
-CH
3

NH
GUANIN ETILGUANIN
NH
NH
C=O
T
C=O
H
3
C-C
HC
TIMIN
G-C A-T
NH
N
C=O
C
C-
NH
2

HC
HC
G-C A-T
CITOZIN
HIDROKSILAMIN
NH
2
OH
NH
N
C=O
C
C-N-OH
HC
HC
N H
H
A
ADENIN
Izmenjeni
CITOZIN
NH
N
C=O
C-
NH
2

HC
HC
C
NH
N
C=O
C-
NH
2

H
3
C
HC
C
NH
NH
C=O
C=O
HC
HC
U
deaminacija
deaminacija
citozin
5 - metil citozin
NH
C=O
HC
T
H
3
C
C=O
NH
HOT
SPOT
AGCT
TCGA
AGCT
TUGA
AGCT
T GA
AGCT
TCGA
*
deaminacija
DNK URACIL
GLIKOZIDAZA
REPLIKACIJA
AGCT
TCGA
AACT
TUGA
AACT
TTGA
TRANZICIJA
AGCT
TCGA
AGCT
TTGA
AGCT
TCGA
AACT
TTGA
deaminacija
REPLIKACIJA
Metilisani citozin
*
TRANZICIJA
NH
NH
C=O
C=O
BrC
HC
U
NH
N
C=O
C-OH
BrC
HC
U
C
C
C-NH
2

CH
N
N
N
HC
NH
A
5-BROMOURACIL
(keto)
5-BROMOURACIL
(enol)
G
C
C
C=O
C-
NH
2

NH
N
N
HC
NH
A - T
G - C
C - G
A - T
A - T
G - C
C - G
A - T
A - T
G - C
C - G
A-Bu
A - T
G - C
C - G
A - T
A - T
G - C
C - G
G-Bu
A - T
G - C
C - G
G - C
A - T
G - C
C - G
A-Bu
Replikacija I
Replikacija II
Replikacija III
A-T G-C
UGRADJIVANJE AKRIDINA U DNK
A ---- T
G ---- C
T ---- A
C ---- G
A ---- T
G ---- C
T ---- A
C ---- G
AKRIDIN
- greke tokom replikacije
- mogu da dovedu do nepravilnog crossing- overa
BLOOM
SINDROM
Fiziki mutageni
1. JONIZUJUE ZRAENJE
-ELEKTROMAGNETNI TALASI
X i g - zraci
-KORPUSKULARNO ZRAENJE
elektroni, protoni, pozitroni, neutroni
Jonizacija molekula reaktivni joni i radikali oteenja
- greke u replikaciji
- supstitucije
- skeleta DNK
Broj tetnih mutacija zavisi od:
- vrste jonizujueg zraenja
- primenjene doze
- vremena izlaganja zraenju
(akutna i hronina doza)
2. ULTRALJUBIASTO ZRAENJE (UV)
- mala prodorna mo
- oteenja u povrinskim elijama koe
C A A T G A C T--T C T A
G T--T A C T G A A G A T
N
H
HN
O=C
T
C=O
C-CH
3
CH
N
H
HN
O=C
T
C=O
C-CH
3
CH
N
H
HN
O=C
T
C=O CH
3
C
C

N
H
NH

C=O
T
C=O
H
3
C
C
C

H H
UV
XERODERMA
PIGMENTOSUM
NH
N
C=O
C
C-
NH
2

HC
HC
NH
N
C=O
C
C-
NH
2

C
C
hidratacija
H
H
H
HO
DNK
UV
TALASNA DUINA (cm)
TIPOVI ZRAENJA
10
4

10
3

10
2

10
-1
(1mm)
10
1

10
0
(1cm)
10
-2

10
-3

10
-4
(1m )
10
-5

10
-6

10
-7
(1mm)
10
-8

10
-9

10
-10

RADIO TALASI
INFRACRVENI
VIDLJIVA SVETLOST
UV
10
-11

X-ZRACI
GAMA ZRACI
KOSMIKO ZRAENJE
30 cGy 0.3 Gy prosena doza za ivotni vek
4-5 Gy letalna
400-500 cGy
0.001-0.1
Gy
u dijagnostike svrhe
0.1-10 cGy
0.1 Gy
u terapijske svrhe 10 cGy
1 Gy izaziva radijacionu bolest 100 cGy
0.3 Gy 30 cGy Udvostruuje spontanu stopu
mutiranja
1 Gray = 1Gy
Rentgen ili rad = r
1r = 1cGy
Obeleavanje mutacija
c. G1444>A
g. IVS33+2T>A
g. IVS33-2A>T
1524 1527 del
c. 1277 1278 ins TATC
Glu 6 Val ili E 6 V
Gln 39 X ili Q 39 X
broj
period
elija deoba
5 meseci
embrion
rodjenje
6.8x10
6
=22
2.6x10
6

seksualna
zrelost
mejoza 2
Ukupno 24
oplodjenje
mejoza I
mejoza II
zigot
II polocita
Primordijalna geminativna
elija