CHNG II: GEN, GENOMICS V

NHIM SC TH
TS. Th Phc
Ging vin ca B mn Di truyn hc
in thoi: 01885881810
Email: dothiphuc13380@yahoo.com
THNG TIN V GING VIN
Email: dothiphuc13380@yahoo.com
--------------------------------------------------------------------
Thi gia k: bui cui cng ca chng 4
1. H gen (genome)
- H gen: kch thc h gen v phc tp ca s tin ha
- H gen ca t bo nhn s
- H gen ca t bo nhn chun
2. Nhim sc th: t chc phn t ca nhim sc th
NI DUNG CHNG II
2. Nhim sc th: t chc phn t ca nhim sc th
- Cu trc ca nhim sc th vi rut, vi khun
- Cu trc ca nhim sc th sinh vt nhn chun
3. Gen v cu trc gen
- Khi nim gen v phn loi gen
- Gen vi khun
- Gen ca t bo nhn chun
4. Cc yu t di truyn chuyn v
- Yu t di truyn chuyn v trong h gen t bo nhn s
- Yu t di truyn chuyn v trong h gen t bo nhn thc
5. Cc ADN ca c quan t
- ADN ty th
- ADN lc lp - ADN lc lp
6. H gen hc (genomics)
- H gen hc cu trc (Structural genomics)
- H gen hc chc nng (Functional genomics)
- H gen hc so snh (Comperative genomics)
H GEN (GENOME)
H gen (genome) l g?
H gen c phi l tp hp tt c cc gen? H gen c phi l tp hp tt c cc gen?
Tnh phc tp ca h gen c phn nh mc
tin ha?
H gen (genome) l tp hp cha ton b thng tin di
truyn m bo hot ng sng ca t bo, c th c m
ha trong DNA ( mt s virus c th l RNA). H gen bao
gm nhng vng cha gene ln nhng on khng phin
m.
a s, h gen vi khun phn b trn mt NST dng vng
H GEN (GENOME)
a s, h gen vi khun phn b trn mt NST dng vng
khp kn v c kch thc nh.
i vi sinh vt nhn th!c, 99% h gen n"m trong nhn t
bo v ph#n cn li n"m trong mt s bo quan nh ty th,
l$c lp. H gen trong nhn t bo nhn th!c th%ng r&t ln
v phn b trn cc NST dng th'ng.
H gen sinh vt nhn th!c c th chia ra:
- H gen nhn (Nuclear genome)
- H gen ty th (Mitochondrial genome)
- H gen l$c lp (Chloroplast genome)
H GEN (GENOME)
H gen ty th ng%i H gen nhn ng%i
Kch thc h gen ca mt s sinh vt m hnh
(model organisms)
Cc gen phn b khng theo quy lut trong h gen.
Kch thc h gen khng phi lun t l vi tnh phc tp
ca loi.
V d: H gen ca ng!i c kch thc khong 3,3x10
9
bp, trong khi h gen cc loi l"ng c l khong 3,1x10
9
bp
(C IM C)A H GEN
bp, trong khi h gen cc loi l"ng c l khong 3,1x10
9
bp
ho#c thc vt c th t n 10
11
bp.
S lng NST cc loi rt g$n nhau c th l rt khc
nhau.
SO SNH: H GEN SINH V*T NHN S
V H GEN SINH V*T NHN CHU+N V H GEN SINH V*T NHN CHU+N
H gen t bo nhn s H gen t bo nhn thc
Kch thc nh (<5MB) Kch thc ln (12Mb-120000Mb)
Phn b trn mt NST !"n# $%n# (mt
& l' ()N th*n#)
Phn b trn c+c NST !"n# th*n# (h, #-n
nhn). h/0c ()N !"n# $%n# (h, #-n t1 th23
l4c l"5)
67 th2 l' ()N3(8N h/0c c9 ()N:(8N ;' ()N
6+c #-n 5hn b &+t nh<=3 t b> #?+n
@/"n bA? ?ntr/n
6+c #-n 5hn b r9? r+c tr/n# h, #-n3
thBn# b> #?+n @/"n bA? ?ntr/n
C-n hD= hEt chF c7 1 b9n &</G C-n @Hn b9n3 #-n th=c hI #-n3 #-n l05 l"?
l?n t4c3 #-n #?9 l?n t4c3 #-n #?9
6hJ 1E= l' c+c @/"n ()N KhLn# l05 l"? B</ #Mmc9 ()N KhLn# l05 l"? $' l05 l"?
(trNnh tO ()N @Hn #?9n 3 1E= t !? tr=1Pn
ch=12n $>)3 @/"n nQm#?R< c+c #-nG
PhDn ln l' ()N chS< #-nG Th'nh 5hDn ()N chS< #-n chF ch?Emmt
lTn# rUt nh &/ $? Kch thc h, #-n
V, #-n $? Kh=WnX YZ[3Z\ l' #-n $' ]8^&3
Y03Z\ #-n m_ h7< ch/ r(8N3 Y03[\
()N l05 l"? KhLn# chS< #-n
V, #-n n#B?X Y`03`\ (c7 ?ntr/n):13a\
(KhLn# c7 ?ntr/n) l' #-n3 Y03`\ #-n m_ h7<
ch/ r(8N3 YbZ\ ()N l05 l"?3 Y25\ ()N A
#?R< c+c #-n cd5\ l' n/n-c/!?n# )N(G
H GEN SINH V*T NHN CHU+N
V d: vng nhmgen beta-globin ng!i "#$ l vng ch%a nhi&' gen ng!i
(gene-)ich )egion*+ "a+ v vng ,-.-/b 012 s3 4 c5a n6mmen "b+
, sinh vt nhn chun, s lng v loi gen m ha cho
protein cc loi khc nhau l khc nhau.
T- CH.C PHN T/ C)A NST
di ca phn t ADN ln gp hng trm n
hng nghn l$n chiu di ca t bo. Vy, lm
th no t bo c th cha phn t ADN? th no t bo c th cha phn t ADN?
ADN lin kt vi protein to nn cu trc
khng gian #c th, nhim sc th.
C0U TRC NST C)A VIRUS
Virus: Phage T (T2, T4), phage MS2, virus khmthuc l,
virus SV40
NST ca phage T l ADN tr#n, mch kp, khng cha
protein. protein.
Virus MS2: vt ch&t di truyn l phn t1 ARN mch n.
Virus SV40: NST l ADN mch vng kp vi 5224 c2p bp.
Phage T4
C0U TRC NST C)A VI KHU+N
NST vi khun c c&u trc hch nhn (nucleoid), n"m trong
t bo ch&t, cha khong 80% ADN h gen.
Protein thamgia ng gi ADN trong c&u trc hch nhn
c tn l HU (c&u trc khc histone nhng chc n3ng tng
t!).
Hch nhn c th phn chia thnh khong 50-100 domain
khc nhau, trng ging hnh bng hoa.
EnzymADN gyrase v ADN topoisomerrase c vai tr
trong vic to c&u trc hch nhn.
C0U TRC NST C)A E.COLI
NST C)A SINH V*T NHN TH4C
Kiu nhn (karyote) l ton b s lng, hnh dng, kch
thc NST trong nhn t bo ca mt loi sinh vt c
quan st ti k gia nguyn phn.
78 012 c5a ng!i9
NST C)A SINH V*T NHN TH4C
Protein thamgia chnh vo ng gi ADN l histone bao
gm: H1, H2A, H2B, H3 v H4; ngoi ra cn c cc non-histon
protein.
C&u trc bc 1: polynuleosome
(1nucleosome gm 8 phn t1 Histon v
on ADN 146 bp), %ng knh 11 nm
C&u trc bc 2: si nhi5ms6c
(solenoid), m7i bc xo6n gm 6-8
nucleosome nh% vai tr ca H1, %ng nucleosome nh% vai tr ca H1, %ng
knh 30-34 nm
C&u trc bc 3: nhi5ms6c t1
(cromatid), c s! tham gia ca non-
histone protein (scaffold protein), %ng
knh 300nm 700 nm 1400 nm
:6' t);c c5a n'cleosome9 <h=n #'>i c5a c?c
@)otein histone #Ac thB hin #!ng nCt #%t9
1 meth$l ha v acet$l ha #'>i @hn tD
@)otein c liEn F'an #n s #ngGm HoIn c5a
sAi nhiJmsIc
CENTROMERE V TELOMERE
Tm ng (centromer):
L vng 2c trng cho NST ca sinh vt nhn th!c
L iu kin tin quyt NST phn ly trong phn bo, l im nh NST
ln si thoi v s6c. Khi NST b8 t gy thnh 2 ph#n, trong mt ph#n cha
tm ng th ch9 c ph#n cha tm ng tn ti t bo con. Khi chuyn :i
v8 tr ca tm ng t; NST ny sang NST khc th qu trnh phn bo ca
NST vi tm ng l khng b8 nh hng. Nh vy, trnh t! nucleotide ti
tm ng ch9 lin quan n nhimv$ mbo s! phn ly chnh xc ca NST. tm ng ch9 lin quan n nhimv$ mbo s! phn ly chnh xc ca NST.
Tm ng n gin nh&t l ca n&m men (S.cerevisiae), gm 125 bp, chia
lm3 vng tng ng I, II, III. Vng II l vng giu AT, vng I v III l v8 tr
bm ca phc hp protein (khong 30 protein), protein ny lin kt vi si
thoi v s6c.
Tm ng (centromer):
Tm ng h#u ht cc sinh vt nhn chun
cha cc on ADN l2p li lin tip. , n&m men
S.pombe, tm ng c di khong 40 kb vi cc
trnh t! l2p li. , th!c vt v ng vt, tm ng
c th di ti vi Mb vi cc on l2p li lin tip.
, ng%i, on trnh t! l2p n gin di 171 bp
c g<i l alphoid v tm ng c chiu di 2-4 c g<i l alphoid v tm ng c chiu di 2-4
Mb.
, sinh vt bc cao, phc hp protein g6n vi
tm ng c vai tr lin kt vi thoi v s6c c
g<i l kinetochore.
#u mt (Telomere):
L c&u trc n"m #u NST sinh vt nhn th!c, bao gm cc trnh t!
ADN khng c chc n3ng m ha, nhng lin quan n s! bn vng
ca NST.
Trnh t! ADN ti #u mt c th gmhai vng:
Vng g#n #u mt gm 100-10000 on ADN ng6n l2p li lin tip;
c th biu di5n di dng Cn(A ho2c T)m, trong n>1 v m=1-4. S
l#n l2p li ca Cn(A/T)mc th t3ng ho2c gimsau m7i l#n phn bo. l#n l2p li ca Cn(A/T)mc th t3ng ho2c gimsau m7i l#n phn bo.
Trnh t! tip theo l chu7i giu G-T dng si n di khong 14-16
nu, c kh n3ng hnh thnh c&u trc c2p tc bo v #u tn cng ca
NST
Trong qu trnh ti bn, #u mt c duy tr nh% enzym tolemerase.
Nu t bo tin hnh phn chia m khng c enzym tolemerase th #u
mt NST s= b8 ng6n d#n qua cc l#n phn bo, dn n s! khng bn
vng ca NST, NST d5 b8 t on ho2c chuyn on. V vy, trong t
bo ung th cc NST d5 thay :i hnh dng, c kch thc nh.
VNG D> NHIM SC (HETEROCHROMATIN) V
VNG NGUYN NHIMSC (EUCHROMATIN)
NX nhn c/n3 nX h"ch nhn3 $en# @fml' $en# !> nh?gm&hc
VNG D> NHIM SC (HETEROCHROMATIN) V
VNG NGUYN NHIMSC (EUCHROMATIN)
Quan st di knh hin vi in t1 cho th&y si nhi5m s6c
gm cc vng co m 2c ho2c khng co 2c xen k= ln
nhau. Vng m 2c c g<i l vng d8 nhi5m s6c, vng
khng co 2c c g<i l nguyn nhi5m s6c.
Ph#n ln cc vng d8 nhi5m s6c h#u nh khng thay :i
ngay c khi t bo bc vo phn chia, c g<i l vng d8
nhi5m s6c bo th (constitutive heterochromatin). Mt s
vng d8 nhi5m c th xu&t hin mi ho2c bin m&t khi t
bo tri qua cc giai on sinh trng bit ha, c g<i l
vng d8 nhi5mb&t :n (facultative heterochromatin).
VNG D> NHIM SC (HETEROCHROMATIN) V
VNG NGUYN NHIMSC (EUCHROMATIN)
H#u ht cc gen phn b trong vng nguyn nhi5m s6c.
Cc ADN l2p li v mt s r&t t gen ( trng thi khng
hot ng) phn b trong vng d8 nhi5m s6c bo th.
S! hnh thnh v duy tr vng d8 nhi5m s6c ph$ thuc vo
mc methyl ha ca cytosine v histone, mc kh1 mc methyl ha ca cytosine v histone, mc kh1
acetyl ca histone. Khi loi b cc nhm methyl trn phn
t1 ADN v histone th vng d8 nhi5m s6c gin ra v mt s
gen phn b trong vng c th c phin m.
KHI NIM GEN
Gen l g?
Gen l mt on acid nucleic c$n thit cho s
tng hp ra mt sn phm c chc nng nht
nh (c th l chui polypeptit ho#c l phn t
ARN) ARN)
Nh vy, vng m ha cho protein (coding
region) chc chn l thuc v gen. Cc vng
iu ha nh enhancer, vng gn ui polyA,
intron c thuc gen khng? Ti sao?
KHI NIM GEN
Gen bao g%m on acid nucleic cha m di
truyn (coding region) v on ADN (vng iu
khin, regulatory elements) c$n thit cho s
phin m.
Gen gi l nhng on ADN c cu trc hay
trnh t tng t gen nhng chng khng c
phin m, ho#c khng biu hin chc nng g.
KHI NIM GEN
Lm th no bit l gen hot ng?
Da vo sn phm ca gen, v d nghin cu s
c m#t, hm lng ca mARN b&ng Northern
blot, RT-PCR, microarray; nghin cu cc
protein c m#t trong t bo b&ng SDS-PAGE, protein c m#t trong t bo b&ng SDS-PAGE,
2D gel electrophorensis
Transcriptome and proteome.
SO SNH GEN SINH V*T NHN S V NHN TH4C
1inh vKt nhn s 1inh vKt nhn thc
6+c #-n 5hn b #Dn nh<=3 Kh/9n# c+ch
#?R< c+c #-n n#hn
6+c #-n 5hn b i< nh<=3 r9? r+c trn c+c
NST
6+c #-n tMn t"? A !"n# @Hn b9n C-n @Hn b9n3 #-n th=c hI #-n
C-n KhLn# b> #?+n @/"n bA? ?ntr/n C-n b> #?+n @/"n bA? ?ntr/n
Mt & #-n 5hn b c"nh nh<= $' ch>= Mj? #-n c7 mt $en# 5r/m/t-r r?n# Mt & #-n 5hn b c"nh nh<= $' ch>=
&O @?P= Kh?2n ch=n# bA? mt 5r/m/t-r3
@Tc 5h?n m_ &<n# cen# mt 5hn tk
m(8NG 6U= trlc n'1 #I? l' /5-r/nG
Mj? #-n c7 mt $en# 5r/m/t-r r?n#
b?,tG
S9n 5hWmm(8N thBn# l'
5/l1c?&tr/n?cG
S9n 5hWmm(8N l' m/n/c?&tr/n?c
SP X?P GEN , SINH V*T NHN S V NHN TH4C
0Lmgen mM ha cho @)otein enN$mes c=n thit cho con #!ng tOng hA@ t)$@to@han
C0U TRC GEN , SINH V*T NHN TH4C
PHN LO@I GEN , SINH V*T NHN TH4C
C th phn loi gen ty theo s lng bn sao
ca gen c trong h gen, ho#c theo chc nng
ca sn phm do gen m ha. ca sn phm do gen m ha.
PHN LO@I GEN , SINH V*T NHN TH4C
Gen n bn(single-copy gene)
Cc gen trong cng mt h gen (family gene):
cc gen c trnh t nu v chc nng tng %ng.
Gen l#p li lin tc (tandem repeat genes):
mt gen g%m nhiu bn sao ging ht nhau l#p
li lin tc trn mt vng NST
Gen gi (pseudogene)
CC GEN TRONG CNG MT HA GEN
Cc gen hnh thnh t' mt gen t tin chung.
Cc bn sao khng bt buc phi ging nhau
hon ton.
C ch hnh thnh nhiu bn sao ging ho#c
tng t ca mt gen c th do sai lch trong tng t ca mt gen c th do sai lch trong
trao i cho gia hai NST tng %ng trong
gim phn.
Cc gen trong h gen c th phn b tp trung
(h gen m ha cho globin tp trung NST 11,,
16) ho#c ri rc trn cc NST (h gen m ha
cho aldolase, 5 gen trn 5 NST khc nhau)
CC GEN TRONG CNG MT HA GEN
Cc gen trong h gen th!ng hot ng
nhng th!i im nht nh v trong cc loi t
bo bit ha khc nhau. Khi mt thnh vin
trong h gen b bt hot, thnh vin khc c th
c hot ha thay th, m#c d bnh th!ng c hot ha thay th, m#c d bnh th!ng
thnh vin th 2 khng hot ng cng vi gen
ban $u.
CC GEN L(P L@I LIN TBC
S lng bn sao l#p li c th ln ti hng
trm bn, nh&m p ng nhanh, vi s lng
ln sn phm ca gen trong iu kin nht nh.
V d: cc gen m ha cho rARN c th l#p li
ti hng trm bn p ng kp th!i cc phn ti hng trm bn p ng kp th!i cc phn
t ARN ribosome cho giai on sinh trng
nhanh, cc gen m ha cho protein histone
nh&m cung cp histone cho qu trnh ti bn
ADN.
CC GEN L(P L@I LIN TBC
H gen ng!i c khong 280 bn sao gen m
ha cho 3 loi rARN, tp trung thnh 5 vng
(mi vng khong 50-70 bn copy), phn b
trn 5 NST 13, 14, 15, 21, 22. trn 5 NST 13, 14, 15, 21, 22.
CC GEN GI
Gen gi khng to sn phm cui cng l
protein, m#c d c th c phin m tng hp
mARN.
Cu trc c th ch( g%m ton exon, ho#c c c
exon-intron nhng thiu promoter. exon-intron nhng thiu promoter.
H$u ht cc h gen u c gen gi, tuy nhin
s lng t.
4. Cc yu t di truyn chuyn v
- Yu t di truyn chuyn v trong h gen t bo nhn s
- Yu t di truyn chuyn v trong h gen t bo nhn thc
5. Cc ADN ca c quan t
- ADN ty th
NI DUNG BI HAC TUCN SAU
- ADN ty th
- ADN lc lp
6. H gen hc (genomics)
- H gen hc cu trc (Structural genomics)
- H gen hc chc nng (Functional genomics)
- H gen hc so snh (Comperative genomics)