Professional Documents
Culture Documents
MP2009 (1) 01 PDF
MP2009 (1) 01 PDF
Summary
Ringkasan
Pendahuluan
Lipase merupakan biokatalis yang
secara umum diperlukan untuk hidrolisis
lemak, mono- dan di-gliserida yang akan
menghasilkan asam lemak bebas dan
gliserol (Suzuki et al., 1988; Kosugi et al.,
1990) dan sebaliknya pada kondisi tertentu
lipase juga mengkatalisis reaksi sintesis
gliserida dari gliserol dan asam lemak
(Suzuki et al., 1988; Hoq et al., 1985).
Aplikasinya dapat dijumpai antara lain
pada industri makanan dan minuman,
deterjen,
farmasi,
agrokimia,
dan
oleokimia (Saxena et al., 1999; Yang &
Xu, 2001). Biokatalis ini memiliki arti
yang semakin penting dalam kaitannya
dengan diversifikasi produk sawit,
mengingat Indonesia merupakan negara
penghasil dan pengekspor CPO (crude
palm oil) terbesar di dunia, dengan
produksi CPO sebesar 17 juta ton pada
tahun 2007 dan pada tahun mendatang
diperkirakan produksi CPO akan terus
meningkat (Pradana, 2007).
Penggunaan lipase dalam industri
makanan memiliki keunggulan karena
hidrolisis yang dikatalisis bersifat spesifik.
Modifikasi oleh enzim lipase yang
memiliki spesifisitas reaksi 1,3-gliserida
menghasilkan gliserida dengan produk
utama diasilgliserol (DAG) dan produk
samping monoasilgliserol (MAG) serta
asam lemak bebas dan gliserol. Yasunaga
et al. (2001) melaporkan bahwa minyak
kaya DAG dapat berfungsi sebagai
minyak sehat karena antara lain dapat
mengurangi trigliserida (TG) dalam serum
darah, mencegah akumulasi lemak dalam
tubuh dan memperbaiki rasio kolesterol
serum darah.
Minyak sehat nabati dipasarkan
pertama kali di pertokoan pusat kota
Atlanta dan Chicago pada awal tahun
1 kb
1 kb
500 bp
M
462 pb
M
Tabel 1. Kualitas dan kuantitas RNA total yang diisolasi dari tiga galur kapang.
Table 1. Quality and quatity of total RNA isolated from three strains of fungi.
Galur kapang
Strains
Rasio serapan
Absorbance ratio (nm)
A260/280
A260/230
1,8
2,0
1,9
1,9
1,9
1,8
R. oligosporus
A. corymbifera
R. oryzae
Kuantitas
Quantity
(ng/L)
350
1030
1250
Kuantitas (Quantity)
ng
47
348
304
fragmen
DNA
462 pb
M 8
10
11 12
Gambar 3. Profil PCR koloni dari E. coli rekombinan yang membawa fragmen Ac_LIP4, (M) 100 bp
DNA ladder; lajur (1-12) koloni terpilih untuk PCR.
Figure 3. Profile of colony PCR from recombinant E. coli carrying Ac_LIP4 fragment, (M) 100 bp
DNA ladder; lane (1-12) selected colonies for PCR.
500 bp
462 pb
M
Gambar 4. Profil elektroforesis plasmid hasil isolasi dari E. coli rekombinan yang membawa fragmen
Ac_LIP4. (M) 1 kb DNA ladder; (1) pGEMT-Ac_LIP4; (2) Plasmid yang didigesti
menggunakan EcoRI.
Figure 4. Electrophoretic profile of plasmid isolated from recombinant E. coli carrying Ac_LIP4
fragment. (M1) 1 kb DNA ladder; lane (1) pGEMT-Ac_LIP4; lane (2) Digested plasmid
using EcoRI.
GCCAAAGTTCATGCTGGTTTCCTTTCCTCTTATGAGCNNTTGTCAATGACTATTTCCCTGT C GTCC
AAGAACAATTGACCGCCCACCCTACTTATAAGGTCATCGTTACCGGTCACTCACTCGGTGGTGCAC
AAGCTTTGCTTGCCGGTATGGATCTCTACCAACGTGAACCAAGATTGTCTCCCAAGAATTTGAGCG
TCTTCACTGTCGGTGGTCCTCGTGTTGGTAACCCCACCTTTGCTTACTATGTTGAATCC AC C GGTA
TCCCTTTCCAACGTACCGTTCACAAGAGAGATATCGTTCCTCACGTTCCTCCTCAATCC TT CGGAT
TCCNTTCATCCCGGTGTTGAATCTTGNATCAAGTCTGGTACTTCCAACGTTCAANTCTGTA C TTCT
GAATTTGAAACCAAGGANTGCATNAACTCTATCGTTCCTTTCNCCTCTATCCTTGACCA CT TTGAG
Gambar 5. Sekuen DNA fragmen Ac-LIP4 produk RT-PCR terklon. Anak panah penunjukkan posisi
primer LIP4F (
) dan LIP4R (
)
Figure 5.
DNA sequence of the cloned RT-PCR product of Ac_LIP4 fragment. Arrows showed
position of primer LIP4F (
) and primer LIP4R (
)
Tabel 3. Gen LIPASE dari berbagai spesies yang mempunyai homologi tinggi dengan fragmen Ac_LIP4
produk RT-PCR.
Table 3. LIPASE genes from several species which are highly homologous with RT-PCR product of
Ac_LIP4 fragment.
No. Aksesi
AB433531.1
D13206.1
AY513724.1
AB013496.1
M38352.1
S39525.1
D12680.1
DQ489719.1
DQ080073.1
AF229435.1
EF405962.2
DQ139862.1
Deskripsi (Description)
R. oryzae ROL gene for lipase preproprotein, complete cds
R. niveus gene for lipase, complete cds
R. oryzae Lipadyou-2 gene, partial cds
R. niveus gene for lipase, complete cds
R. delemar carboxyl ester hydrolase mRNA, complete cds
RNL=lipase [Rhizopus niveus, mRNA Partial, 958 nt]
R. niveus mRNA for lipase, partial cds
R. oryzae lipase precursor, gene, partial cds
R. oryzae lipase precursor (Liprbs-1) gene, partial cds
R. oryzae lipase precursor gene, complete cds
R. microsporus var. chinensis lipase gene, complete cds
R. stolonifer lipase lipRs mRNA, complete cds
Skor
(bit)
E- value
773
773
773
773
773
769
769
755
724
715
435
402
0.0
0.0
0.0
0.0
0.0
0.0
0.0
0.0
0.0
0.0
6e-119
4e-109
Ac_LIP4 ---------------------------------------GCCAAAGTTCATGCTGGTTTCCTTTCCTCTTATGAGCNN- T 40
Rn_LIP
CTACAAGCCTGTCAAGGGCGCCAAAGTTCATGCTGGTTTCCTTTCCTCTTATGAGCAAGT 960
Ro_LIP
CTACAAGCCTGTCAAGGGCGCCAAAGTTCATGCTGGTTTCCTTTCCTCTTATGAGCAAGT 440
Ac_LIP4
Rn_LIP
Ro_LIP
TGTCAATGACTATTTCCCTGTCGTCCAAGAACAATTGACCGCCCACCCTACTTATAAGGT 100
TGTCAATGACTATTTCCCTGTCGTCCAAGAACAATTGACCGCCCACCCTACTTATAAGGT 1020
TGTCAATGACTATTTCCCTGTCGTCCAAGAACAATTGACCGCCCACCCTACTTATAAGGT 500
CCAACGTGAACCAAGATTGTCTCCCAAGAATTTGAGCGTCTTCACTGTCGGTGGTCCTCG 220
CCAACGTGAACCAAGATTGTCTCCCAAGAATTTGAGCATCTTCACTGTCGGTGGTCCTCG 1140
CCAACGTGAACCAAGATTGTCTCCCAAGAATTTGAGCATCTTCACTGTCGGTGGTCCTCG 620
Ac_LIP4
Rn_LIP
Ro_LIP
Ac_LIP4
Rn_LIP
Ro_LIP
Ac_LIP4
Rn_LIP
Ro_LIP
Ac_LIP4
Rn_LIP
Ro_LIP
Ac_LIP4
Rn_LIP
Ro_LIP
AG--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 462
AGTTACTTTGATATCAACGAAGGAAGCTGTTTGTAAAACACTTGACGTGTTACTCTAATT 1438
AGTTACTTTGATATCAACGAAGGAAGCTGTTTGTAA------------------------------------------------ 894
Gambar 6. Penjajaran sekuen DNA fragmen Ac_LIP4 dengan sekuen DNA dari Rn_LIP (gen LIPASE
dari R. niveus) dan Ro_LIP (fragmen DNA gen LIPASE hasil PCR genomik dari R. oryzae).
Figure 6. Alignment of DNA sequence of Ac_LIP4 fragment with Rn_LIP gene (LIPASE gene from
R. niveus) and Ro_LIP (DNA fragment of LIPASE gene produced by genomic PCR from
R. oryzae).
10
Liu, J.J., C.J Goh, C.S Loh, Liu P. & E.C. Pua
(1998). A method for isolation of total
RNA from fruit tissues of banana. Plant
Mol. Biol. Rep., 16, 1-6.
Murooka, Y. & T. Imanaka (1993).
Recombinant Microbes for Industrial and
Agricultural Applications. New York,
Marcel Deker Pub. 896 pp.
Nining, A. (2005). Isolasi dan penapisan
mikroba penghasil lipase spesifik gliserida serta penentuan kondisi optimum
produksi diasilgliserol menggunakan
minyak sawit mentah.
Jakarta,
Universitas Indonesia. Tesis. 60 p.
Onions, A.H.S., D. Allsopp & H.O.W. Eggins
(1981). Smiths Introduction to Industrial
Mycology. 7th eds. London, Edwards
Arnold British. P.140-142.
Pradana, R. (2007). Nyiur Melambai,
Nusantara. Mediacare. Diunduh dari
http://www.mailarchive.com/mediacare@
yahoogroups.com/msg25408.html.
Putranto, R.A., D. Santoso, Tri-Panji,
Suharyanto & A. Budiani (2006).
Karakterisasi gen penyandi Lipase dari
kapang R. oryzae dan A. corymbifera.
Menara Perkebunan, 74(1), 1-5.
Sambrook, J.E, F. Fritsch & T. Maniatis (1989).
Molecular Cloning: A Laboratory Manual.
2nd ed. New York, Cold Spring Harbor
Lab. Press.
Saxena, R.K., P.K. Ghosh, R. Gupta,
W. S. Davidson, S. Bradoo & R. Gulati
(2000). Microbial lipases: Potential
biocatalysts for the future industry. Curr.
Sci., 77, 101115.
Suzuki, T., Y. Mushiga, T. Yamane &
S. Shimizu (1988). Mass production of
lipase
by
fed-batch
culture
of
Pseudomonas
fluorescens,
Appl.
Microbiol. Biotechnol., 27, 417-422.
Tri-Panji (1997). Growth and the content of
polyunsaturated fatty acids of Absidia
11
corymbifera
biomass
on
media
containing crude palm oil.
Menara
Perkebunan , 65 (3) 104-110.
Tri-Panji, Suharyanto, A.W. Paulus &
K. Syamsu (2007). Optimasi pertumbuhan
dan aktivitas desaturase A. corymbifera
dan R. oryzae dalam medium basal
dengan beberapa variasi sumber karbon.
Jurnal Teknologi Pertanian, 11(3), 101107.
Van Dijck, P.W.M. (1999). Chymosin and
Phytase. Made by genetic engineering (No.
10 in a series of articles to promote a
better understanding of the use of genetic
engineering). J. Biotechnol., 67,77-80.
12