Magisterij Luka Curovic

Univerza v Ljubljani
Fakulteta za matematiko in fiziko

Oddelek za fiziko
Luka Curovi
c
Konformacije DNA skozi ray tracing
Magistrsko delo
MENTOR: prof. dr. Rudolf Podgornik
Ljubljana, 2015
Izjava o avtorstvu in objavi elektronske oblike zaklju

cnega dela
Podpisani Luka Curovi

c, rojen 13. 6. 1980 v Ljubljani, izjavljam:
da sem magistrsko delo z naslovom Konformacije DNA skozi ray tracing izdelal
samostojno pod mentorstvom prof. dr. Rudolfa Podgornika ter
da Fakulteti za matematiko in fiziko Univerze v Ljubljani dovoljujem objavo
elektronske oblike svojega dela na spletnih straneh.
Ljubljana, 03. 01. 2015
Luka Curovi
c
Zahvaljujem se mentorju, prof. dr. Rudolfu Podgorniku, da me

je uvedel v svet ray tracinga, za nasvete in potrpezljivost.
Povzetek
Magistrsko delo obravnava nekatere biofizikalne probleme, ki se ticejo konformacij
DNA. DNA je opisana kot dvojna vijacnica, ki se v nekaterih poskusih z magnetno
pinceto obnasa kot elasticna palica. Tridimenzionalna struktura elasticne palice je
dolocena s trojico Cosseratovih baznih vektorjev oziroma direktorjev, ki jih lahko
parametriziramo z Eulerjevimi koti.
Elasticne deformacije hladne DNA obravnavamo v sklopu Euler Kirchhoffove teorije elasticnih filamentov in jih primerjamo z gibanjem simetricne vrtavke. Izpeljemo
funkcional proste energije elasticnega filamenta, enacbo stanja pa nato dobimo z
resitvijo Euler Largrangeovih enacb.
Obravnavamo Eulerjevo nestabilnost in Eulerjev kot zaradi sil, ki delujejo na
koncih filamenta. Pokazemo, kdaj elasticni filament pobegne v tretjo dimenzijo in
opisemo Coyneovo resitev ter elasticnost plektoneme. Konformacije enojne in dvojne
vijacnice, Eulerjevo nestabilnost in Eulerjev kot, Coyneove krivulje in plektonemo
prikazemo z metodo racunalniske grafike, ki temelji na sledenju opticnih zarkov.
Velik del naloge predstavljajo matematicne in fizkalne osnove Whittedovega
algoritma za vzvratno sledenje zarkov in njegova implementacija v odprtokodnem
programu POV-Ray.
Klju
cne besede: konformacije DNA, elasticnost DNA, ray tracing.
Abstract
We study some biophysical problems concerning conformation of DNA. DNA
is described as a double helix that can be, in some magnetic tweezer experiments,
treated as an elastic rod. Three dimensional structure of an elastic filament is
described by three Cosserat orthogonal unit vectors that can be parametrised by
Euler angles.
Euler-Kirchoff equations are used to describe the equilibrium deformation of a
cold DNA Elastic deformation of DNA is compared to Euler equations of a spinning
symmetrical top.
We consider elastic equilibrium with external stretching forces of a filament with
symmetric cross section. Torsional and buckling instability of an elastic filament is
investigated. We describe Euler buckling and Euler angle of the teardrop configuration.
We show how a straight filament which is under external traction develops a loop
as described by the Coyne solution. We also consider elasticity of a plectoneme
configuration. Computer graphics is used to show three dimensional conformation of
a DNA.
Mathematics and physics of Whitted backward ray tracing algorithm and its
implementation in open source POV-Ray software tool is presented.
Keywords: conformations of DNA, DNA elasticity, ray tracing.
PACS: 87.10.-e, 87.14.G-, 87.14.gk , 87.15.B-, 42.15.-i
Smer
studija: medicinska fizika
Kazalo
1 Uvod
2 Sledenje svetlobnim
zarkom
2.1 Uvod . . . . . . . . . . . . . . .
2.2 Sledenje svetlobnim zarkom . .
2.3 Vzvratno sledenje zarkom . . .
2.3.1 Zarek
. . . . . . . . . .
2.3.2 Presek zarka in objekta .
2.3.3 Barve in sencenje . . . .
2.3.4 Odboj in lom svetlobe .
2.3.5 Fresnelove enacbe . . . .
2.4 Algoritem . . . . . . . . . . . .
2.5 Zakljucek . . . . . . . . . . . .
11
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
15
15
16
17
18
20
21
26
28
31
33
3 POV-Ray
3.1 Uvod . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2 Koordinatni sistem POV-Ray-a . . .
3.3 Transformacije . . . . . . . . . . . .
3.4 Kamera . . . . . . . . . . . . . . . .
3.5 Objekti . . . . . . . . . . . . . . . .
3.6 Izvor svetlobe . . . . . . . . . . . . .
3.7 Osnovni objekti v POV-Ray-u . . . .
3.7.1 CSG . . . . . . . . . . . . . .
3.8 Obdelava povrsine objekta . . . . . .
3.8.1 Ambient . . . . . . . . . . . .
3.8.2 Difuzni odboj svetlobe . . . .
3.8.3 Podrocja poudarjene svetlosti
3.8.4 Zrcalni odboj . . . . . . . . .
3.8.5 Lom svetlobe . . . . . . . . .
3.9 Zakljucek . . . . . . . . . . . . . . .
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
35
35
35
35
37
37
38
40
40
40
41
41
42
44
44
46
4 Matemati
cni opis DNA
4.1 Uvod . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2 Matematicni opis DNA . . . . . . . . . .
4.2.1 Prostorska krivulja . . . . . . . .
4.2.2 Darboux-ov vektor . . . . . . . .
4.2.3 Parametrizacija z Eulerjevimi koti
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
49
49
49
49
53
53
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
10
KAZALO
4.3
4.2.4 Enojna vijacnica (heliks) . . . . .

4.2.5 Dvojna vijacnica . . . . . . . . .
4.2.6 Calugareanu-White-Fuller (CWF)
Zakljucek . . . . . . . . . . . . . . . . .
. . . . .
. . . . .
teorem .
. . . . .
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
5 Numeri
cna metoda
6 Elasti
cne deformacije filamenta
6.1 Uvod . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
6.2 Prosta energija deformacijskega filamenta
6.3 Enacba stanja deformiranega filamenta .
6.3.1 Elasticno ravnotezje za filament na
6.3.2 Eulerjeva nestabilnost . . . . . .
6.3.3 Eulerjev kot . . . . . . . . . . . .
6.4 Torzijska nestabilnost filamenta . . . . .
6.4.1 Coyneova resitev . . . . . . . . .
6.4.2 Elasticnost plektoneme . . . . . .
6.5 Zakljucek . . . . . . . . . . . . . . . . .
55
55
56
62
65
. . . . .
. . . . .
. . . . .
katerega
. . . . .
. . . . .
. . . . .
. . . . .
. . . . .
. . . . .
. . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . .
delujejo zunanje sile
. . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . .
69
69
69
70
75
76
79
81
83
87
92
7 Zaklju
cek
93
8 Literatura
95
1
Uvod
Deoksiribonukleinska kislina (DNA) je nosilka dednega zapisa in igra osrednjo vlogo

v uravnavanju bioloskih procesov v zivih organizmih. Molekula DNA je v osnovi
dvojna vijacnica, vendar je v naravi funkcionalna predvsem njena terciarna struktura
(tridimenzionalna oblika kot jo dolocajo koordinate atomov), katera sodeluje v
procesih replikacije in prepisovanja genov. Delo, ki je potrebno za deformacijo DNA
je odvisno od energije zaradi baz, ki so nalozene ena na drugo, od interakcij med
vodnimi molekulami in atomi na povrsini DNA ter od elektrostatskih interakcij med
fosfatnimi skupinami vzdolz DNA. Kljub zapletenim interakcijam med posameznimi
gradniki molekule in njihovo okolico, ki dolocajo konformacijo molekule, se izkaze, da
lahko molekulo DNA in njene mehanske lastnosti dobro opisemo, ce jo obravnavamo
kot elasticno palico [1]. S problemom zvijanja in ukrivljanja tanke elasticne palice
se je sprva ukvarjal Kirchhoff v sklopu klasicne (Kirchhoffove) teorije elasticnih
filamentov [2]. Razvoj nanotehnologije, opticne in magnetne pincete je omogocil
raziskave mehanskih lastnosti posameznih verig DNA. Hkrati z eksperimenti je
znova postala zanimiva tudi Kirchhoffova teorija, saj je pretvarjanje med razlicnimi
konformacijami molekule DNA povezano s pretvarjanjem med razlicnimi oblikami
deformacijske energije ter s pretvorbami zvijanja v ukrivljanje in obratno [1].
Izkaze se, da je Euler Kirchhoffov opis filamenta DNA kot elasticne palice je
presenetljivo analogen Kirchhoffovem opisu gibanju simetricne vrtavke [3]. Analogija
z vrtavko je zanimiva zaradi razumevanja enacbe stanja hladne DNA, kjer mislimo
predvsem na kratke verige DNA (verige DNA, ki so krajse od njihove persistencne
dolzine), pri katerih je vpliv konfiguracijske entropije zanemarljiv v primerjavi z
elasticno energijo. Osnove hipoteze teorije ovijanja in ukrivljanja tankih elasticnih
filamentov lahko uporabimo na primeru DNA. DNA je v osnovi ravno elasticno
vlakno, ki se zaradi zunanjih sil in navorov ukrivi. Pri tem sprva nastane zanka, nato
pa vijacnici podobna struktura, ki ji pravimo plektonema.
Molekule DNA si bolje predstavljamo, ce enacbe stanja tudi resimo in njihove
resitve realisticno predstavimo. DNA je prostorska molekula, tridimenzionalna
struktura, ki jo lahko prikazemo z metodami in algoritmi racunalniske grafike.
Razvoj tridimenzionalne racunalniske grafike je tesno povezan z njeno uporabo
v filmih in animacijah. Obcutek globine ob interakciji svetlobe s snovjo lahko
dosezemo s sencenjem, ki temelji na fizikalnih zakonitostih svetlobne optike. Fizikalno
matematicne metode in algoritmi, ki jih uporabljamo za upodabljanje realisticnih
11
12
Uvod
slik vecinoma opisujejo svetlobo kot elektromagnetno valovanje in je zato njihova

implementacija precej zahtevna.
Opis svetlobe pa lahko poenostavimo. Pri geometrijski (zarkovni) optiki svetlobo
opisujemo kot zarke, ki so nosilci energije in se gibljejo premocrtno. Tak opis privzame
tudi metoda, ki temelji na sledenju svetlobnih (opticnih) zarkov (ang. ray tracing
[4]). Pri njeni implementaciji uporabljamo znanje geometrijske optike, vektorske
analize in nekaterih fizikalnih zakonitosti. Slabost poenostavljenega zarkovnega opisa
je v tem, da pri tem zanemarimo uklon, interferenco in polarizacijo svetlobe.
Valovna dolzina valovanja vidne svetlobe je navadno precej manjsa v primerjavi z
objekti, ki jih upodabljamo, zato uklona najveckrat ne obravnavamo. Interferenca je
povezana s spremembo faze valovanja svetlobe, ki nastopi zaradi uklona, veckratnega
loma ali odboja svetlobe. V naravi tako opazimo pri milnih mehurckih vecbarvne
Newtonove kolobarje, ki so posledica interference.
Polarizacijo v geometrijskih modelih navadno zanemarimo. V naravi je polarizacija
pomembna pri nekaterih pojavih v atmosferi npr. pri sipanju svetlobe na delcih v
zraku, kjer dobimo delno polarizirano svetlobo (obenem je to tudi razlog, da je nebo
modre barve) in lahko opazimo blescanje. Tovrstno blescanje in podobne pojave
lahko bolje opisemo, ce upostevamo polarizacijo.
Barva objekta je odvisna od spektra svetlobe, ki se od objekta odbija ali pa
od spektra svetlobe, ki jo objekt prepusti, obe pa sta odvisni od opticne disperzije
oziroma frekvencne odvisnosti dielektricne funkcije v opticnem podrocju. Tako
absorpcija, kot transmisija svetlobe sta odvisni do spektra vpadne svetlobe. Pri
geometrijskih modelih barvo objektov enostavneje obravnavamo kot femenolosko
lastnost povrsine predmeta.
V osemdesetih letih prejsnjega stoletja je David Kirk Buck (DKB) napisal lasten
raytracing program in ga poimenoval DKB Trace. Program je kmalu postal popularen
in pridobil veliko stevilo uporabnikov. Ker DKB ni mogel slediti stalnim zahtevam
uporabnikov, je vzdrzevanje programa prepustil skupini programerjev, ki so delovali
v sklopu GraphDev foruma. Obenem se je program preimenoval v POV Ray.
POV Ray (Persistence Of Vision Ray-tracer) [5] je program, ki ga uporabljamo v
racunalniski grafiki za upodabljanje fotorealisticnih tridimenzionalnih slik in animacij.
POV Ray je obenem prvi program za sledenje zarkov, s katerim je Mark Shuttleworth,
juznoafriski poslovnez in vesoljski turist, leta 2002 na Mednarodni vesoljski postaji,
izrisal racunalnisko generirano sliko v vesolju. Avtorja slike, Gilles Tran in Jaime Vives
Piqueres, sta sliko oblikovala po zgledu ilustracije Malega princa in jo poimenovala
Reach for the stars.
Osnovni algoritem, ki ga program uporablja je metoda sledenja zarkov v smeri
nazaj (ang. backward raytracing). POV Ray je prosto dostopen odprto kodni program
s sintakso, ki je podobna programskem jeziku C ali C++. Kljub temu je uporabniku
prijazen in zato primeren za vstop v svet tridimenzionalne racunalniske grafike tudi
zaradi obsezne dokumentacije in stevilnih knjiznic [6].
Magistrska naloga je skupaj z uvodom razdeljena v sest poglavij.
V drugem poglavju so predstavljene osnove tridimenzionalne racunalniske grafike
s poudarkom na fizikalno matematicnih osnovah racunalniskega algoritma za upodabljanje tridimenzionalnih slik, ki temelji na sledenju geometrijskih zarkov (ang.
raytracing). Obravnavani so barva objekta, odboj in lom svetlobe, blescanje, model
Uvod
13
sencenja, fresneleove enacbe in rekurzivni algoritem za sledenje zarkov.

V tretjem poglavju je prikazano kako je ray tracing implementiran v odprto
kodnem programu POV - Ray. Podan je tudi kratek uvod in osnovna sintaksa
programa.
V cetrem poglavju so predstavljene matematicne osnove in fizikalni pojmi s
katerimi opisujemo geometrijo in obliko elasticnega filamenta, kakor lahko v nekaterih
primerih opisemo tudi molekulo DNA. Fizikalno relevantne kolicine in pojmi, kot so
zvoj, torzija ter bazni vektorji in direktorji, ki jih definiramo v tem poglavju potem
uporabimo pri obravnavi mehanskih lastnosti DNA.
V petem poglavju predstavljamo numericno oziroma matematicno metodo s katero
lahko okoli prostorske krivulje, ki jo parametriziramo z Eulerjivimi koti ovijemo
vijacnico. Pravilnost metode demonstriramo na primeru enojne in dvojne vijacnice.
V sestem poglavju obravnavamo kompleksnejse oblike elasticnih filamentov, okoli
katerih ovijemo DNA heliks. Pri tem uporabimo Euler Kirchhoffovo teorijo elasticnih
filamentov za opis enacbe stanja deformiranega elasticnega filamenta pod vplivom
zunanjih navorov in sil. Izpeljemo Euler-Kirchhoffov sistem enacb za elasticno ravnotezje in jih primerjamo z gibanjem simetricne vrtavke. Obravnavamo Eulerjevo
nestabilnost in Eulerjev kot. Obravnavamo torzijsko nestabilnost elasticnega filamenta in prikazemo, kdaj se raven filament zavije v Coyneovo zanko in plektonemo.
Prikazano je tudi kako lahko teorijo uporabimo pri razlagi eksperimentalnih podatkov.
Tridimenzionalne strukturo DNA prikazemo tudi v POV Rayu.
14
Uvod
2
Sledenje svetlobnim
zarkom
2.1
Uvod
Sliki 2.1 in 2.2 prikazujeta kako impresivno in relisticno lahko delujejo filmski junaki,
ki jih ustvarimo z racunalniskim algoritmom, ki temelji na metodi za sledenje
svetlobnih zarkov.
Slika 2.1 Pomembne zasluge za nastanek fantazijskega lika iz filmske trilogije

o Hobbitu ima tudi skupina prof. Eitana Grinspuna z univerze Columbia
(Columbia Computer Graphics Group (C2 G2 )), s katero sodeluje tudi prof.
Jernej Barbic z Univerze Juzna Kalifornija [7, 8, 9].
Pred tem so taksne pravljicne junake ustvarjali s fizicnimi modeli (lutkami), kar
danes lahko deluje nerealisticno in smesno. S prihodom racunalniske grafike je bilo
potrebno razviti tudi fizikalno matematicne metode in algoritme za upodabljanje
realisticnih slik. Ti vecinoma opisujejo svetlobo kot elektromagnetno valovanje in je
zato njihova implementacija precej zahtevna. Opis svetlobe pa lahko poenostavimo,
ce svetlobo skladno s postulati geometrijske optike opisemo kot zarke, ki so nosilci
energije in se gibljejo premocrtno. Tak opis privzame tudi metoda, ki temelji na
sledenju svetlobnih (opticnih) zarkov (ang. ray tracing [4]) in temelji na ugotovitvah
geometrijske optike, vektorske analize in nekaterih fizikalnih zakonitosti. Ob tem
15
16
Sledenje svetlobnim zarkom
Slika 2.2 Skupina dr. Grinspuna je sodelovala tudi pri Disneyevi animaciji z
naslovom Tangled, kjer poleg samih risanih junakov pomembno vlogo igrajo
tudi lasje, ki so jih v C2 G2 modelirali v sklopu fizikalne teorije elasticnih
filamentov [8].
zanemarimo nekatere pojave, ki jih opisujemo v sklopu valovne optike, predvsem

uklon, interferenco in polarizacijo svetlobe.
Tudi barva, absorpcija in transmisija vpadne svetlobe so odvisne od frekvencnega
spektra svetlobe in njenih valovnih lastnostih. Pri geometrijskih modelih barvo
objektov enostavneje obravnavamo kot femenolosko lastnost povrsine predmeta.
Poleg pravilnega opisa fizikalnih lastnosti pa skusamo prikazati tudi realisticen vtis
dogajanja. Tudi pri tem se posluzujemo fizikalnih modelov, ki izvirajo iz optike,
fizike ali hidrodinamike.
2.2
Sledenje svetlobnim
zarkom
Sledenje svetlobnim zarkom je tehnika, ki jo v racunalniski grafiki uporabljamo

za upodabljanje tridimenzionalnih fotorealisticnih slik. Pri tem z racunalniskim
algoritmom spremljamo premocrtne opticne zarke, ki potujejo skozi prostor in
spremljamo njihove interakcije (npr. lom in odboj) z objekti , ki se nahajajo v
virtualnem prostoru.
Upodabljanje slik v racunalniski grafiki poteka v vec korakih [4, 10]. V prvem
koraku definiramo seznam objektov (tridimenzionalnih teles), ki jih zelimo prikazati.
Objekte nato vmestimo v virtualni prostor, ki mu pravimo scena oziroma svet, in
jih opazujemo iz neke tocke v prostoru, ki ji pravimo kamera oziroma oko. Kamera
sliko virtualnega sveta projicira na ravnino, ki se nahaja pred kamero oziroma njeno
goriscno tocko in ji pravimo okno. Okno razdelimo na polja kvadratne oblike (ang.
pixel), katerih stevilo dolocimo z locljivostjo (resolucijo). Slika 2.3 prikazuje kamero
in okno skozi katerega opazujemo objekte (razlicno obarvane sfere) v virtualnem
prostoru.
Barvo posameznega polja izracunamo tako, da posljemo svetlobni zarek, v smeri
od mesta nastanka (izvora svetlobe) v svet in proti kameri. Ker poznamo zgodovino
interakcij zarka s posameznimi objekti, lahko dolocimo njegovo barvo preden doseze
17
Slika 2.3 Slika prikazuje osnovno geometrijo in igralce v svetu sledenja zarkov,
kjer objekte opazujemo skozi okno. Na svet gledamo iz tocke v prostoru, ki ji
pravimo kamera [11].
okno in kamero. Glavna naloga algoritma je, da doloci barvo posameznega polja.
Graficni tehniki, kjer zarkom sledimo v smeri od izvora proti kameri pravimo sledenje
zarkom v smeri naprej (ang. forward raytracing). Pomanjkljivost algoritma za
sledenje zarkom v smeri naprej je prikazana na sliki 2.4. Metoda uposteva vse
svetlobne zarke, tudi tiste, ki kamere ne dosezejo (na sliki 2.4 so ti obarvani rdece)
in tako ne vplivajo na nastanek slike, kar je racunsko precej potratno.
Slika 2.4 Sledenje zarkom od izvora svetlobe (luci) proti kameri. Sledenje
zarkom, ki ne dosezejo ocesa in ne prispevajo k nastanku slike je racunsko
potratno. [11].
2.3
Vzvratno sledenje
zarkom
Svetlobnim zarkom dejansko ne sledimo od mesta nastanka (izvora svetlobe), ampak v obratni smeri, cemur pravimo vzvratno sledenje zarkom (ang. backward
18
raytracing). Na ta nacin se omejimo le na zarke, za katere vemo, da bodo nazadnje

zadeli zaslon in kamero ter se izognemo zarkom, ki k nastanku slike nic ne prispevajo.
Zanimivo, da je to skladno z Evklidovo teorijo vida [12]. Evklid (cca. 325 pr.n.st
- 265 pr.n.st) je predpostavil, da vidni zarki izvirajo iz ocesa podobno kot pri ray
tracingu.
Sliko virtualnega prostora lahko izracunamo tako, da za vsako polje okna dolocimo
zarek, ki vodi od kamere do sredisca polja. Zarek

torej posljemo skozi okno v svet,
kot je to prikazano na sliki 2.5(a), kjer interagira (se odbije, lomi) z objekti ali pa
pobegne. Koncna barva polja je odvisna od barve objektov, ki jih zarek zadane na
svoji poti skozi sceno. Podobno kot pri sledenju zarkom v smeri naprej, se nam
lahko zgodi, da se zarek veckrat odbije preden zadane izvor svetlobe. Da zarku
ne sledimo v nedogled, sledenje prekinemo po dolocenem, v naprej dogovorjenem,
stevilu odbojev. Pri vsakem odboju zarka od objekta preverimo tudi, ali se presecna
tocka nahaja v senci oziroma ali jo vir svetlobe dejansko osvetljuje. To storimo tako,
kot je prikazano na sliki 2.5(b), da posljemo nov zarek, ki potuje od tocke preseka
zarka z objektom proti izvoru svetlobe. Takemu zarku pravimo sencni zarek. Ce
sencni zarek na svoji poti do izvora svetlobe zadane drug objekt ali oviro pomeni, da
se tocka nahaja v senci.
(a)
(b)
Slika 2.5 Pri vzvratnem sledenju zarkom sledimo v smeri od kamere skozi
zaslon v svet (a). Ob vsaki interakciji zarek-objekt posljemo nov zarek proti
izvoru svetlobe in preverimo ali se njun presek nahaja v senci (b). Kot je iz
slike razvidno se zarek b nahaja v senci [11].
2.3.1
Zarek
Zarek,
ki potuje od kamere skozi polje v oknu podamo parametricno p(t) s parametrom t:
p(t) = e + t(s e)
(2.1)
19
kjer je e krajevni vektor kamere glede na izhodisce, in je s radij vektor do sredisca

polja (pixla), kot je to prikazano na sliki 2.6. Parameter t je skalar, ki tece od 0
do , ter dolocen tako, da pri t = 1, zarek ravno seka zaslon (p(1) = s). Smerni
vektor zapisemo v koordinatnem sistemu kamere, ki ga dolocajo z bazni vektorji
u, v in w kot je to prikazano na sliki 2.6. Vektor w kaze v smeri zveznice med
kamero in srediscem okna (zaslona). Pri dolocitvi preostalih smernih vektorjev, si
pomagamo z dodatnim vektorjem t, ki je ortogonalen na w in se nahaja v ravnini,
ki je pravokotna na w. u in v dolocimo potem s pomocjo enacb:
u = w t
v = w u
(2.2)
Slika 2.6 Koordinatni sistem kamere [10].
Vsi zarki, ki jih posljemo skozi zaslon izhajajo iz kamere, katere polozaj je dolocen
z vektorjem e. Zarki
se med seboj razlikujejo po smeri. V koordinatnem sistemu
kamere je smer zarka od kamere proti izbranemu delu zaslona enaka:
uu + vv dw,
(2.3)
kjer je d razdalja med kamero in zaslonom. u in v sta skalarja, ki pomenita oddaljenost

izbrane tocke na zaslonu od sredisca zaslona v smereh, ki ju dolocata bazna vektorja
zaslon razdelimo na polja kvadratne oblike, tako da imamo nx polj
u in v. Ce
v vodoravni smeri in ny polj v navpicni smeri, potem polje (i, j) lahko podamo s
skalarjema u in v kot:
u=
l + (r l)(i + 0.5)
nx
v=
b + (t b)(j + 0.5)
ny
(2.4)
20
kjer b in t dolocata koordinate robov zaslona v navpicni smeri in l in r v horizontalni

smeri, kot je to prikazano na sliki 2.7. Pri tem smo vsakemu indeksu i, j dodali 0.5,
ker nas zanima sredisce polja skozi katerega gre zarek.
Slika 2.7 Transformacija v koordinatni sistem kamere u, v, w [10].
V koordinatnem sistemu kamere zarke parametriziramo s parametrom :

p() = e + (uu + vv dw) = e + d
(2.5)
Parameter smo tu uporabili le zato, da ne mesamo parametra (t) z baznim

vektorjem t.
2.3.2
Presek
zarka in objekta
V splosnem presek zarka (2.5) in implicitno podane ploskve f (p) = 0 izracunamo z

resitvijo enacbe:
f (p(t)) = 0
(2.6)
Na sliki 2.8 zarek seka sfero. Presek zarka ter sfere z radijem r in srediscem v tocki
rc = (xc , yc , zc ) je podana z enacbo:
0 = (p rc )2 r2
ali
2
2
0 = (x xc ) + (y yc ) + (z zc )2 r2
(2.7)
kjer je p = (x, y, z) tocka na sferi. V enacbo (2.7) vstavimo enacbo zarka (2.5), da
dobimo kvadratno enacbo za parameter t:
d2 t2 + 2d (e rc ) t + (e rc )2 r2 = 0;
d=se
(2.8)
katere resitev je:

t1,2 =
B 2 4AC
2A
(2.9)
21
kjer so koeficienti enaki: A = d d, B = d (e rc ) in C = (e rc ) (e rc ) r2 .

Smerni vektor d ter krajevna vektorja e in s so prikazani na sliki 2.6. Dve resitvi t1
in t2 dobimo, ko gre zarek skozi objekt oziroma ga seka kot je to prikazano na sliki
2.8, eno resitev t1 = t2 dobimo, ce se zarek objekta le dotakne. V primeru, ko velja
B 2 < 4AC, ne dobimo resitve, kar pomeni, da gre zarek mimo objekta.
Slika 2.8 Presek zarka in sfere lahko izracunamo, skladno z enacbo 2.8, ce
poznamo krajevne vektorje, ki oznacujejo polozaj kamere e, piksla s in sredisce
sfere rc ter polmer sfere r.
Poleg tocke, ki lezi v preseku zarka in objekta, moramo izracunati tudi normalo
na povrsino objekta v presecni tocki ter razdaljo od te tocke do kamere. Razdaljo
potrebujemo, da dolocimo objekt, ki je kameri najblizji. S pomocjo normale dolocimo
se barvo (sencenje) ter odbiti zarek in lomni zarek.
2.3.3
Barve in sen
cenje
Sencenje je posotpek, kjer percepcijo globine v tridimenzionalnih objektih ustvarimo

tako, da variiramo raven temnosti ali svetlosti. Kako zaznamo objekt je odvisno od
lastnosti njegove povrsine, lastnosti vpadne svetlobe, od polozaja kamere, oddaljenosti
vira svetlobe od objekta in smeri pod katero vpada svetloba [4]. Glede na lastnosti
povrsine lahko obravnavamo zrcalni in razprseni (difuzni) odboj svetlobe ter zrcalni
in razprseni prehod svetlobe.
Odboj svetlobe na gladkih homogenih materialih lahko opisemo v sklopu geometrijske optike. Koliksen del svetlobe se od objekta odbije oziroma prehaja skozi
snov opisujemo v sklopu valovne optike in Fresnelovih ena
cb [13], ki opisujejo
obnasanje svetlobe pri prehodu med snovema z razlicnima lomnima kolicnikoma.
Fresnelove enacbe pri tem predpostavljajo, da je meja med dvema snovema ravna in
homogena ter da svetlobo lahko opisemo kot raven val.
V racunalniski grafiki, se sencenje nanasa na proces, kjer barvo objekta v tridimenzionalnem prostoru oziroma sceni, dolocimo na osnovi kota pod katerim svetloba
vpada na objekt in oddaljenosti objekta od vira svetlobe. Barve objektov navadno
podajamo z vektorjem rgb (hr, g, bi). V najbolj enostavnem primeru recemo, da ima
vsaka tocka objekta enako barvo. Nekoliko kompeksnejsi, a vseeno dovolj enostavno
22
je Lambertovo oziroma kosinusno sencenje, kjer jakost svetlobe (I) dolocimo glede
na normalo (n) in enotski vektor, ki kaze v smeri izvora svetlobe (l). Na ta nacin
upostevamo kot pod katerim svetloba vpada na objekt podan z enotskima vektorjema n in l, ne pa oddaljenosti objekta od vira svetlobe. Razlika med enostavnim
sencenjem in kosinusnim sencenjem je prikazana na sliki 2.9.
(a)
(b)
Slika 2.9 Na sliki (a) so vse tocke kvadra prikazane z enako barvo, ne glede
na oddaljenost od svetlobnega izvora ali kota pod katerim svetloba vpada na
posamezno povrsino kvadra. Zaradi tega ni razvidno, kje se nahajajo robovi
kocke. V drugem primeru (b) je uporabljen Lambertov model sencenja, kjer je
barva posamezne ploskve kvadra odvisna od kota pod katerim svetloba vpada
na ploskev. Na ta nacin dobimo bolj realisticno sliko.
Difuzni odboj
Difuzni odboj svetlobe temelji na Lambertovem kosinusnem zakonu [14], kjer smer
vpadne svetlobe (l) vpliva na intenziteto (I) odbite svetlobe. Skica preprostega
modela difuznega odboja je prikazana na sliki 2.10. Jakost odbite svetlobe je povezana
s kotom l med smerjo vpadne svetlobe l in normalo n:
I cos l = n l
(2.10)
Barva tocke (c), zaradi difuznega odboja svetlobe, sledi iz Lambertovega zakona:
c = kd I max(0, n l),
(2.11)
kjer smo s kd oznacili koeficient difuznosti, ki je najveckrat kar barva povrsine objekta.
Z max(0, n l) povemo, da kjer velja 0 < n l 1 je tocka obrnjena proc od izvora
svetlobe. V teh primerih, kljub temu, da tocka ni direktno osvetljena, upostevamo,
da se svetloba sipa in do neke mere osvetljuje tudi tocke v senci. Zato ozadju dodamo
ambientno svetlobo, ki predstavlja izvor svetlobe, ki ima enako barvo in jakost za
vse objekte v sceni. Z ambientno svetlobo skusamo modelirati tudi sipanje veckrat
odbite svetlobe s cimer dobimo enakomerno osvetljenost v prostoru.
23
Slika 2.10 Skica preprostega modela difuznega odboja svetlobe. Sencenje je

odvisno od enotskih vektorjev e, ki kaze v smeri kamere, l, ki kaze v smeri vira
svetlobe in normale na povrsino objekta n. V preprostem modelu zanemarimo
vpliv oddaljenosti izvira svetlobe in kamere od objekta [10].
Ble
s
canje
Odboj svetlobe na gladkih povrsinah, ne moremo modelirati kot kombinacijo difuznega in zrcalnega odboja. To bi pomenilo, da bi bili tockasti izvori svetlobe na
takih povrsinah vidni le v eni tocki. Iz izkusenj vemo, da blescanje na povrsini
gladkega objekta zvezno pojema. Za pravilno porazdelitev lahko uporabimo ustrezno
empiricno porazdelitev. Bui-Toung Phong [15, 4] je prvi predlagal porazdelitev, ki je
sorazmerna cosn . Razlog izbora take porazdelitvene funkcije je tudi v enostavnosti
izracuna, saj lahko uporabimo skalarni produkt med smerjo kamere e in smerjo
izvora svetlobe l. Blescanje je najvecje, ko sta kot med normalo n in smerjo kamere
e (r ) in kot med normalo ter smerjo svetlobe l (r ) enaka (r = l ). Vektorji e, l, h
in normala n, ki vplivajo na blescanje so prikazani na sliki 2.11.
Phongov model blescanja predpostavlja:
c = ks I max(0, n h)p ,
(2.12)
kjer je h vektor, ki lezi na simetrali med e in l.

h = (e + l)/|e + l|
ks je koeficient blescanja (barva objekta) in p je Phongov eksponent blescanja.
Vpliv ambientne svetlobe
Sencenje in barva objekta sta odvisna tudi od vrste svetlobnih virov. Kateri vir
svetlobe bomo uporabili je odvisno od tega kaksen efekt skusamo doseci.
Tocke na objektih, katerih normale so usmerjene v nasprotni smeri od vira
svetlobe, bodo na sliki crne. Ker pa se svetloba v prostoru tudi siplje potrebujemo
neko globalno svetlobo, ki nastane zaradi sipanja svetlobe v prostoru. Globalno
(ambientno) svetlobo vpeljemo s konstantnim clenom oziroma barvo, ki jo dodamo
vsaki tocki objekta. Temu pravimo ambientno sencenje (ka ).
24
Slika 2.11 Model blescanja [10]. Odboj svetlobe na gladki povrsini je odvisen
od enotskih vektorjev e (rdece), ki kaze v smeri kamere, l (modra), ki kaze
v smeri vira svetlobe in normale na povrsino objekta n (siva). Pri tem si
pomagamo z enotskim vektorjem h, ki lezi na simetrali med e in l. Blescanje
je najvecje, ko velja n = h.
c = ka Ia ,
(2.13)
kjer sta ka ambientna barva povrsine in je Ia intenziteta ambientne svetlobe. Objekt,

ki je osvetljen le z ambientno svetlobo je prikazan na sliki 2.9.
Poleg ambientne barve uporabljamo se nekatere druge vire svetlobe. Pri to
ckastemu
viru svetlobe se svetloba dolocene barve siri izotropno v vse smeri prostora. Spotlight pomeni svetlobo, ki izvira iz tocke, vendar podobno kot reflektor, tvori svetlobni
stozec, ki je svetel v srednjem delu, proti plascu stozca pa se jakost svetlobe zmanjsuje.
Povr
sinski izvor svetlobe, bolje posnema dejanski vir svetlobe kot tockast vir.
Njegova prednost je v tem da, s takim virom svetlobe lahko prikazemo t.i. mehke
sence, saj objekt lahko le delno blokira svetlobo, ki prihaja iz povrsinskega vira
svetlobe (pri tockastem viru, objekt bodisi zakriva vir ali pa ne, zato so sence ostre).
S cilindri
cnim virom svetlobe lahko modeliramo laserske zarke. Na nek nacin je
cilindricni vir svetlobe podoben spotlight viru, le da ima snop svetlobe obliko valja in
ne stozca. Na sliki 2.12 je prikazan vpliv posameznih virov svetlobe na osvetljenost
prostora.
Model sen
cenja
Z upostevanjem ambientne svetlobe, difuznega odboja svetlobe in blescanja zapisemo
barvo objekta z naslednjo enacbo:
c = ka Ia +
N
X
[kd Ii max(0, n li ) + ks Ii max(0, n hi )p ] ,
(2.14)
i=1
kjer upostevamo prispevek N -tih izvorov svetlobe. V enacbi nastopajo: c oziroma

barva tocke, kd je koeficient difuznosti (vektor rgb, ki uposteva barvo objekta in
25
(a)
(b)
(c)
(d)
Slika 2.12 Tockast vir (slika (a)) je vir z neskoncno jakostjo, sveti izotropno
v vse smeri in mece trde sence. Spolight (slika (b)) oblikuje snop svetlobe
v obliki stozca. Na sliki (b) rob stozca pada na rumeno sfero, zato dobimo
nenaravno senco na vrhu krogle. Povrsinski izvor svetlobe (slika (c)) tvorimo
tako, da tockaste vire zdruzimo v matriko. Zaradi tega dobimo celo vrsto senc.
Vpliv ambientne svetlobe je prikazan na sliki (d). Vir svetlobe je enako kot
na sliki (a) tockast, vendar smo izkljucili ambientno svetlobo. Brez ambientne
svetlobe, so stranice objektov, ki jih vir svetlobe direktno ne osvetljuje nevidni
oziroma popolnoma temni. Povzeto po [16].
delez svetlobe, ki se od objekta odbije) in Ii , ki je barva i-tega vira svetlobe in ks , ki

je barva objekta.
Sen
cni
zarki
S sencnimi zarki (ang. shadow feelers) dolocimo prispevek direktne osvetlitve k barvi
presecne tocke. Sencni zarek ustrelimo od tocke, kjer zarek zadane objekt (podane z
26
zarek
vektorjem p) v smeri vira svetlobe (l). Povedano zapisemo z enacbo p + tl. Ce
zadane na svoji poti proti viru svetlobe drug objekt pomeni, da lezi je senci.
2.3.4
Odboj in lom svetlobe
Zarek,
ki mu sledimo, se lahko na meji dveh snovi z razlicnima lomnima kolicnikoma
odbije ali pa lomi. Smer odbitega zarka dolocimo iz odbojnega (Snellovega) zakona,
z lomom svetlobe pa upostevamo spremebo smeri zarkov pri prehodu skozi delno
se svetloba od objekta odbije ali lomi,
ali popolnoma transparentni objekt. Ce
potem sledimo tako odbitemu kot lomljenemu zarku . Smer vpadnega zarka glede na
normalo podamo z enotskim vektorjem v, smer odbitega zarka oznacimo z r, smer
lomljenega zarka pa z vektorjem t. Odbojni in lomni zakon sta graficno predstavljena
na sliki 2.13. Pri tem pazimo, da so vsi vektorji normirani.
(a)
(b)
Slika 2.13 Odboj (a) in lom (b) svetlobe [11]. Lom svetlobe se opise z lomnim
zakonom 2.16, ki povezuje vpadni in lomni kot. Odbojni zakon (enacba 2.15)
pravi, da je odbojni kot enak vpadnemu.
Zrcalni odboj svetlobe

Idealni odboj svetlobe na zrcalu opisuje odbojni zakon, kar pomeni, da je odbojni kot
poznamo smer vpadne svetlobe l
enak vpadnemu glede na vpadno pravokotnico. Ce
in normalo na povrsino objekta n, potem je smer odbitega zarka enaka:
r = 2(n l)n l
(2.15)
Lom svetlobe
Smer lomljenega zarka t izpeljemo iz Snellovega (lomnega) zakona [17], ki pravi, da
sta smeri vpadnega (v ) in prepuscenega oziroma lomljenega zarka (t ) povezani z
enacbo:
nv sin v = nt sin t
27
(2.16)
kjer sta nv in nt lomna kolicnika snovi, skozi katere potujeta vpadni oziroma lomljen
zarek.
Povezavo med smerjo lomljenega zarka (t) na eni strani in smerjo vpadnega (v)
zarka, normalo (n) in lomnimi kolicniki na obeh straneh objekta (nv in nt ) izpeljemo
s pomocjo skice na sliki 2.14:
Slika 2.14 Lom svetlobe [10].
Kosinus kota lahko zapisemo s kosinusnim produktom dveh vektorjev. V Snellovem zakonu (2.16) nastopata sinus vpadnega in lomljenega kota. Zveza med sinusom
in kosinusom kota x sledi iz trignometricne identitete:
cos2 x + sin2 x = 1
(2.17)
S kvadriranjem in preureditvijo enakosti (2.16) dobimo:

sin v =
nt
nv
2
sin2 t
(2.18)
Z upostevanjem trigonometricne zveze (2.17) dobimo:
cos t = 1
nv
nt
2
1 cos2 v
2
(2.19)
Na meji obeh sredstev lahko tvorimo bazo (x, n), kjer x kaze vzdolz meje obeh
sredstev n pa je usmerjen v nasprotno smer od normale n na mejo. Smeri vpadnega
d in lomljenega zarka t, se v koordinatnem sistemu (x, n) zapiseta kot:
t = cos t (n) + sin t (x)
d = cos v (n) + sin v (x),
(2.20)
28
od koder lahko izpeljemo:

t = cos t (n) +
sin t
(d + n cos v ).
sin v
(2.21)
Iz enakosti sin t / sin v = nv /nt sledi [4]:

s
nv
n2
t = (d n(d n)) n 1 v2 (1 (d n)2 )
nt
nt
2.3.5
(2.22)
Fresnelove ena
cbe
Fresnelove enacbe [13] obravnavajo odboj in prepustnost elektromagnetnih valov

(svetlobe) na meji dveh sredstev z razlicnima lomnima kolicnikoma. Podajajo nam
koeficienta odbojnosti (r) in prepustnosti (t) za elektromagnetno (EM) valovanje, ki
so vzporedno oziroma pravokotno polarizirani glede na vpadno ravnino. Izpeljemo
jih iz Maxwellovih enacb za homogene snovi 2.23 in ustreznih robnih pogojev 2.32.
Maxwellove nacbe opisujejo sirjenje svetlobe po snovi [18]:
D=
B
E=
t
B=0
H=J+
D
,
t
(2.23)
kjer sta E in D jakost in gostota elektricnega polja, H in B pa jakost in gostota

magnetnega polja. Med njimi veljata zvezi D = 0 E in B = 0 H. V enacbah
nastopata izvora elektromagnetnih polj, in sicer gostota prostih nabojev in gostota
prostega toka J. je dielektricna konstanta in permeabilnost snovi in sta v splosnem
anizotropna tenzorja. 0 je dielektricna konstanta v vakuumu enaka 8.85 1012 F/m,
0 pa je indukcijska konstanta enaka 4 107 Vs/Am.
Maxellove enacbe za homogeno snov v kateri ni elektricnih tokov (gostota prostega
elektricnega toka J je enaka 0) ali nabojev (gostota elektricnih nabojev je enaka 0)
se zapisejo potem:
E=0
B=0
E=
B
t
B =
E
,
t
(2.24)
Iz Maxwellovih enacb lahko izpeljemo se valovni enacbi za elektricno in magnetno

polje. Najprej tretji Maxwellovi enacbi 2.24 dodamo na levi in desni strani rotor:
B
t
2
(E) 2 E = 0 0 2 E,
t
( E) =
ali
(2.25)
ker je E = 0, sledi valovna enacba za elektricno polje

2 E 0 0
2
E = 0.
t2
(2.26)
29
Analogno za magnetno polje zapisemo:

2 B 0 0
2
B = 0.
t2
(2.27)
Najpreprostejse resitve enacb 2.26 in 2.27 so ravni valovi:

E = E0 exp (ik r it) ,
B = B0 exp (ik r it) ,
(2.28)
(2.29)
kjer je k valovni vektor, pa krozna frekvenca. Obe kolicini sta povezani z disperzijsko
relacijo k = |k| = /c, kjer je c fazna hitrost svetlobe v snovi c = (0 0 )1/2 .
Ena izmed lastnosti ravnih valov v homogeni sbovi je, da opisujejo transverzalno
elektromagnetno valovanje (elektricno in magnetno polje nihata v ravninah, ki sta
pravokotni na smer razsirjanja valovanja podano z valovnim vektorjem k). To lahko
dokazemo tako da ravni val 2.28 vstavimo v drugi maxwellovo relacjo:
E = (E0 exp (ik r it)) = ik E = 0,
(2.30)
kar obenem pomeni k E = 0 oziroma E k. Podobno za magnetno polje velja, da

je pravokotno na smer razsirjanja valovanja (B k). Zveza med B in E tudi sledi
iz Maxwellovih enacb:
B
,
t
= iB0
= B0 .
E =
ik E0
k E0
in
(2.31)
Izraz polarizacija se nanasa na smer vektorja elektricnega polja E. V splosnem

locimo dve skrajni moznosti. Pri pravokotni polarizaciji, ki je prikazana na sliki 2.15,
elektricno polje E kaze pravokotno na ravnino, ki vsebuje vpadni in odbiti valovni
(k) vektor, pri vzporedni polarizaciji pa je E vzporeden z vpadno ravnino.
Maxwellove enacbe opisujejo tudi potovanje elektromagnetnega valovanja (svetlobe) skozi snov, ki veljajo tudi na prehodu svetlobe med snovmi z razlicnimi
opticnimi lastnostmi (snovi se razlikujejo v permeabilnosti in/ali dielektricnosti ).
Pri tem moramo upostevati robne pogoje, ki prav tako sledijo iz Maxwellovih enacb
2.23. Tako iz Gaussovega, Faradayevega in Amperovega zakona sledijo robni pogoji:
1 E1
E||1
B1
B||1 /1
=
=
=
=
2 E2
E||2
B2
B||2 /2
(2.32)
Za pravokotno polarizacijo () velja, da je celotno elektricno polje E v ravnini

oziroma na meji med obema sredstvoma zvezno. To pomeni, da tako vpadno Ei ,
odbito Er in prepusceno polje Et kazejo v z-smeri, ki se nahaja v ravnini, ki predstavlja
30
Slika 2.15 Skica pravokotno polariziranega EM vala [19, 13]. Skica predstavlja
robni pogoj za elektricno polje (E) na meji dveh sredstev. Tangentna komponenta vektorja elektricnega polja je zvezna, kar pomeni, da je celotno elektricno
polje, ki je vzporedno z mejno ravnino zvezno. Na sliki so vsa elektricna polja
usmerjena v smeri z. V smeri z lezi tudi mejna ravnina. Na meji dveh sredstev
velja enacba (2.33).
mejo med sredstvoma (povedano drugace tangentna komponenta elektricnega polja

je na meji sredstev zvezna):
Ei (x, y = 0, z, t) + Er (x, y = 0, z, t) = Et (x, y = 0, z, t)
(2.33)
Tudi tangentna komponenta magnetnega polja je zvezna. Ker magnetno polje B lezi
v xy ravnini vzamemo njegovo x komponento.
Bi (x, y = 0, z, t) cos i + Br (x, y = 0, z, t) cos r = Bt (x, y = 0, z, t) cos t(2.34)
upostevamo le kompleksne amplitude vala in casovni del pokrajsamo, upostevamo
Ce
i = r in B = nE/c0 za pravokotno polariziran val dobimo koeficienta odbojnosti
r in prepustnosti t :
E0r
ni cos i nt cos t
1 m
=
=
E0i
ni cos i + nt cos t
1 + m
E0t
2ni cos i
2
=
=
=
E0i
ni cos i + nt cos t
1 + m
r =
t
(2.35)
kjer smo upostevali m = cos t / cos i in = nt /ni . Za vzporedno polarizacijo velja

podobno:
ni cos t nt cos i
m
E0r
=
=
E0i
ni cos t + nt cos i
m+
E0t
2ni cos i
2
=
=
=
E0i
ni cos t + nt cos i
m+
r|| =
t||
(2.36)
31
Dodatno lahko izpeljemo izraze za razmerje med mocjo prepuscene in vpadne svetlobe,
ki ga imenujemo prepustnost T in razmerje med mocjo odbite in vpadne svetlobe, ki
ga imanujemo odbojnost R:
|E0t |2
= mt2
2
|E0i |
|E0t |2
R =
= r2
|E0r |2
T =
(2.37)
Pri tem velja R + T = 1, kjer so , m, t in r podani z enacbami 2.35 in 2.36.
2.4
Algoritem
V prvem koraku definiramo sceno (svet) katerega tridimenzionalno sliko zelimo

izracunati. V sceno postavimo objekte, ki jim dolocimo polozaj in njihove lastnosti
(npr. polmer, barvo, prepustnost, odbojnost). V prostor postavimo kamero, okno
(zaslon), velikost okna (ang. field of view) in locljivost (stevilo polj).
Na sliki 2.16 vidimo kako pri interakciji svetlobnega zarka z objekti na sceni,
prihaja do loma in odboja svetlobe. Tudi odbiti in lomljeni zarek lahko ob interakciji
z drugimi objekti povzrocita nastanek novih odbitih in lomljenih zarkov. Na ta nacin
dobimo drevo zarkov pri katerem vsak stars generira dva nova potomca oziroma
zarka, kot je to prikazano na sliki 2.17. Listi v drevesu se pojavijo, ko zarek zadane
objekt od katerega se ne odbije in ne lomi ali pa ko je v naprej privzeta globina
drevesa presezena.
Drevesa v racunalnistvu navadno implementiramo z rekurzivnimi klici in funkcijami. Pri sledenju zarkov za vsako polje v oknu klicemo funkcijo, kateri kot argument
podamo zarek, ki potuje od kamere skozi sredisce polje v sceno. Nato izracunamo
zarek ne zadane nobenega izmed objektov
presek zarka z vsemi objekti na sceni. Ce
vrnemo barvo ozadja, v nasprotnem primeru izberemo objekt, ki je najblizje zaslonu.
se na povrsini najblizjega objekta zarek ne odbije ali ne lomi, potem nam funkcija
Ce
vrne le barvo objekta. V nasprotnem primeru rekurzivno klicemo funkcijo, ki ji kot
argument podamo odbiti (2.15) oziroma lomljen zarek (2.22). Vsak klic funkcije nam
vrne barvo polja na zaslonu, ki je posledica odbojev zarkov, loma zarkov in sencenja.
Postopek ponovimo za vsako polje zaslona. Barvo polja podamo z RGB vektojem
hr, g, bi, kjer so r, g in b rdeca, zelena in modra komponenta barve z vrednostmi med
0 in 1.
Osnovni (Whittedov [20]) algoritem za sledenje
zarkom:
Za vsak pixel ustreli zarek iz kamere skozi pixel (enacba (2.5)).
Za vsak zarek in objekte na sceni doloci najblizji objekt, ki ga zadane zarek (enacba
(2.6))
Za najblizjo tocko v preseku zarka in objekta:
izracunaj normalo n
32
Slika 2.16 Skozi zaslon (siva) posljemo zarek (E), ki se na prvem objektu (O3 )
odbije (rdeca - R1 ) in lomi (rumena - T1 ). Hkrati do izvorov svetlobe (rumena
kroglica) posiljamo dva sencna zarka (modra - S1 , S2 ). Eden od sencnih zarkov
(S2 ) preden doseze luc, zadane na svoji poti nov objekt, zato vemo, da bo ta
tocka lezala v senci. Tako lomljen kot odbiti zarek tvorita nove lomljene (T ),
odbite (R) in sencne zarke (S). Z La in Lb smo oznacili izvora svetlobe.
Slika 2.17 Proces na sliki 2.16 lahko shematsko predstavimo z drevesom

zarkov.
ustreli sencni zarek proti vsakemu izmed virov svetlobe

za vsak neblokiran sencni zarek oceni prispevek difuznega odboja in blescanja
(phongov model)
ce upostevamo se odboj in lom svetlobe:
izracunaj odbiti (odbojni zakon) in lomljen zarek (Snellov zakon) in barvo
zarka doloci z rekurzijo
zarkom sledimo do vnaprej dolocene globine
2.5
33
Zaklju
cek
Ray tracing oziroma sledenje opticnim zarkom je ena izmed preprostejsih graficnih
metod za upodabljanje fotorealisticnih tridimenzionalnih objektov, ki temelji na
geometrijski optiki. Zaradi racunske in casovne zahtevnosti, zarkom v vecini primerov
sledimo v smeri nazaj. Zarkom

sledimo od kamere, skozi pravokoten zaslon v svet
proti izvoru svetlobe. Pri interakciji zarkov z objekti v sceni dobimo drevo zarkov
(vsak zarek v splosnem generira odbiti in lomljen zarek), ki jim rekurzivno sledimo.
Osnovne enacbe geometrijske geometrije nam pomagajo dolociti presek zarka
s povrsino objekta. Smer odbitega in lomljenega zarka dolocimo iz lomnega in
odbojnega zakona. Delez prepuscene in odbite svetlobe nam podajajo Fresnelove
enacbe, ki jih lahko izpeljemo iz Maxwellovih enacb. Barvo objekta dolocimo
z matematicno fizikalnim modelom sencenja, ki uposteva difuzni odboj svetlobe,
blescanje, vpliv sencnih zarkov in ambientno svetlobo.
34
3
POV-Ray
3.1
Uvod
V osemdesetih letih prejsnjega stoletja je David Kirk Buck (DKB) napisal lasten
ray tracing program in ga poimenoval DKB Trace, ki pa se je kasneje preimenoval
v POV Ray. POV Ray (Persistence Of Vision Ray-tracer) [5] je program, ki ga
uporabljamo v racunalniski grafiki za upodabljanje fotorealisticnih tridimenzionalnih
slik in animacij in je obenem prvi program za sledenje zarkov s katerim so izrisali
sliko, ki je bila poslana v vesolje. Osnovni algoritem, ki ga program uporablja je
metoda sledenja zarkov v smeri nazaj (ang. backward raytracing). POV Ray je
prosto dostopen, uporabniku prijazen in zaradi stevilnih uporabnikov odlicno orodje
za vstop v svet ray tracinga. Dostopen je preko spletne strani www.povray.org in
deluje v okolju Windows, MacOX in Linux.
3.2
Koordinatni sistem POV-Ray-a
POV-Ray uporablja levorocni koordinatni sistem, kot je to prikazano na sliki 3.1.

palec leve roke kaze v
S pravilom leve roke lahko podamo tudi smer rotacije. Ce
pozitivni smeri osi, potem preostali prsti leve roke kazejo v pozitivni smeri rotacije
kot je to prikazano na sliki 3.2.
S tako definiranim koordinatnim sistemom, polozaj tocke podamo s trojico stevil
(vektorjem) <x,y,z>.
3.3
Transformacije
Geometrijske transformacije, ki jih uporablja POV-Ray so prikazane na sliki 3.3:

Rotacija. Vrtenje okoli x, y in z osi pozenemo z ukazom (rotate <x,y,z>) Na
sliki 3.3 (a) je prikazan vektor <1.5,0,1.5>, ki smo ga rotirali okoli osi y z
ukazom rotate <0,20,0>.
35
36
POV-Ray
Slika 3.1 Koordinatni sistem POV-Ray-a. Pozitivni del x osi kaze v smeri
desno, pozitivni del y osi v smeri navzgor in pozitivni del z osi kaze v ekran.
[5].
Slika 3.2 Smer rotacije [5].
Skaliranje. Z ukazom (scale<x,y,z>) spremenimo velikost objekta oziroma

ga raztegnemo (skrcimo) v x,y in z osi. Na ta nacin lahko npr. kroglo
deformiramo v elipsoid, kot je to prikazano na sliki 3.3 (b).
Translacija. Z ukazom (translate<x,y,z> ) premaknemo objekt za vektor
<x,y,z>, kot smo to storili na sliki 3.3 (c).
Transformacijsko matriko definiramo z ukazom:
matrix
<Val00, Val01, Val02,
Val10, Val11, Val12,
Val20, Val21, Val22,
Val30, Val31, Val32>
POV-Ray
37
Pri tem so Val00 do Val32 realna stevila. Z matriko lahko tocko P s koordinatami
(px , py , pz ) transformiramo v tocko Q(qx , qy , qz ) kot:
= Val00 px + Val10 py + Val20 pz + Val30

qy = Val01 px + Val11 py + Val21 pz + Val31
qz = Val02 px + Val12 py + Val22 pz + Val32
qx
(3.1)
Matrika tako vkljucuje rotacijo in translacijo. Tako npr. rotacijo okoli osi y za 300 ,
kot smo to storili na sliki 3.3 dosezmo z matriko:
<
cos 300 , 0, sin 300 ,
0 , 1 , 0 ,
-sin 300 , 0, cos 300 ,
0 , 0 , 0
>
Posebnost POV-Ray-a je tudi v tem, da poleg tega, da transformiramo objekte,

lahko enako storimo tudi za teksture.
3.4
Kamera
Zarkom
sledimo od kamere skozi okno v svet. Kamero postavimo z ukazom camera.
Poleg polozaja kamere (location<x,y,z>), povemo tudi kam je kamera usmerjena
(look at<x,y,z>):
camera {
location <x1,y1,z1>
look at <x2,y2,z2>
}
3.5
Objekti
V sceno (svet) moramo postaviti tudi objekte, ki jih lahko matematicno opisemo.
Poleg geometrije objekta, definiramo tudi parametre povrsine objekta oziroma
teksturo (texture), ki opisuje barvo, nepravilnosti in obdelavo povrsine objekta. Pri
tem je dolocitev barve (pigment) nujna in pomeni barvo povrsine objekta, ki bi ga
ta imel, ce bi bil direktno osvetljen. Barvo podamo z vektorjem <r,g,b> ali pa z
uporabo ustrezne knjiznice. Za primer si lahko ogledamo, kako bi v sceno postavili
sfero rumene barve s srediscem v <xs,ys,zs> in radijem R:
sphere {
<xs,ys,zs>,R
texture { pigment {color Yellow } }
}
38
POV-Ray
(a)
(b)
y
x
z
x
20
(c)
(d)
y
y
x
x
Slika 3.3 Slika (a) prikazuje rotacijo vektorja za kot 200 . Na sliki (b) smo
rdeco kroglo raztegnili vzdolz osi y, da dobimo elipsoid. Slika (c) prikazuje
translacijo krogle vzdolz osi y. Na sliki (d) smo rotacijo redcega vektorja za
600 okoli osi y dosegli s transformacijsko matriko.
3.6
Izvor svetlobe
POV Ray pozna vec vrst izvorov svetlobe. Vsem izvorom svetlobe je potrebno
dolociti lokacijo z vektorjem <x,y,z> in barvo svetlobe z RGB vektorjem <r,g,b>.
To
ckast izvor svetlobe
Najpreprostejsi tockast vir svetlobe, ki ga npr.definiramo z ukazom:
light source {
<1000,1000,-100>, rgb<1,0.75,0>
}
s cimer smo dolocili tockast vir svetlobe, ki se nahaja na lokaciji (x = 1000, y =

1000, z = 100) in oddaja svetlobo oranzne barve.
POV-Ray
39
Spotlight
Usmerjeni izvor (spotlight) je svetlobni vir, s katerim ustvarimo snop svetlobe v
obliki stozca. Snop svetlobe je v osi stozca svetel, jakost svetlobe pa upada proti
plascu stozca, kot je ptikazano na sliki 3.4.
light source {
<1000,1000,-100>, color White
color White
spolight
radius 15
falloff 20
tightness 1
point at <0,0,0>
}
point at pove kam naj bo vir svetlobe usmerjen oziroma skupaj z vektorjem location
oznacujeta os stozca. falloff je kot (v stopinjah), med osjo stozca in plascem.
radius je kot (v stopinjah), med osjo sto
zca in osrednjih delom stozca, kje je jakost
svetlobe vecja. Svetloba med delom stozca, ki ga doloca radius in fallof zvezno
pada proti 0. Kako strm ali mehak bo ta prehod podamo s parametrom tightness,
kjer manjsa vrednost parametra pomeni bolj strm prehod. Pomen posameznih
kljucno besedo spotlight nadomestimo z
parametrov je prikazan na sliki 3.4. Ce
besedo cylinder dobimo cilindricni vir, kjer je snop svetlobe valjaste oblike.
c
Z
AC
CAZZ
CA Z
Z
C A
Z
C A
Z
Z
C A
Z
C A
Z
C
A
Z
Z
A
C
ZZ
AU
CW
~
O
Slika 3.4 Geometrija reflektorja. Vir svetlobe je v tocki I, ki jo definiramo z

vektorjem location in je usmerjen proti tocki O, ki je dolocena z vektorjem
point at. Falloff angle je kot med osjo sto
zca in njegovim plascem in je
na sliki oznacen z grsko crko . radius angle je oznacen z grsko crko in
definira podrocje najvecje osvetljenosti. Svetloba, ki se nahaja med kotoma
(radius angle) in kotom zvezno prehaja proti vrednosti 0.
Povr
sinski izvor
Povrsinski vir dolocimo z dvema vektorjema, ki dolocata polozaj in orientacijo
svetlobnega vira. Dodatno podamo se stevilo svetlobnih virov (zarnic) znotraj
40
POV-Ray
povrsinskega vira.
light source {
<4,4,4>
color White
area light <3,0,0>,<0,3,0>,2,2
}
Ambinetna svetloba
Ambientna luc je definirana nekoliko drugace:
global settings {
ambient light rgb <0,0,0>
}
Ucinki tockastega vira, usmerjenega vira, povrsinskega vira in ambientne svetlobe na

sencenje in barvo objektov so prikazani na sliki 2.12.
3.7
Osnovni objekti v POV-Ray-u
Poleg sfere poznamo se nekatera druga osnovna geometrijska telesa, ki jih lahko
oblikujemo v POV-Ray-u, npr. kvader (box), stozec (cone), valj (cylinder), ravnina
(plane), torus (torus).
3.7.1
CSG
Program nam omogoca tvorbo bolj kompleksnih likov in teles iz enostavnih teles
kot so kvader, valj, krogla, itd. Pri tem se v racunalniski grafiki uporablja izraz
Constructive Solid Geometry (CSG). CSG je tehnika, ki nam omogoca, da na objektih
izvajamo operacije, ki so znacilne za Boolovo algebro. Z unijo (union) lahko zdruzimo
dva ali vec objektov. Presek (intersection) tvorimo iz dveh ali vecih objektov novo
telo, katerega povrsina je skupna vsem objektom. Razlika (intersection) nam da
telo, ki nastane potem, ko od prvo definiranega objekta odrezemo vsakega izmed
nadaljne definiranih objektov. S kljucno besedo merge dobimo objekt, ki je podoben
uniji objektov, le da pri tem odstranimo povrsine, ki se nahajajo znotraj unije.
Operacijo izvedemo, ko tvorimo objekte, ki so prozorni. Objektom, ki nastanejo z
unijo, razliko, presekom ali zdruzevanjem pravimo CSG objekt in so lahko precej
kompleksni.
3.8
Obdelava povr
sine objekta
Lastnosti povrsin in barvo objektov podamo znotraj ukaza texture. Tekstura je

kombinacija barve objekta (pigment), hrapavosti in zrnatosti povrsine (normal) in
od tega kako povrsina objekta interegira s svetlobo finish. Sencenje povrsine je
odvisno od kota pod katerim svetloba vpada na povrsino objekta, ki ga dolocimo
glede na smer normale na povrsini objekta ter smeri od koder prihaja svetloba in
polozaja opazovalca (kamere). Znotraj ukaza normal lahko povrsino objekta nekoliko
POV-Ray
41
zgrbancimo, tako da povrsina objekta dobi zrnat izgled. Pri tem lokalno modificiramo
normale na povrsino objekta. Objekt tako dobi vdolbine in izbolkline. Na sliki 3.5
so prikazani objekti s hrapavimi povrsinami, kot jih lahko upodobi POV Ray.
Dents
Wrinkles
Bumps
Slika 3.5 Slika prikazuje sfere, katerim smo znotraj ukaza texture dodali
ukaz normal, s katerim povemo da povrsina objekta vsebuje izbokline bumps,
gube wrinkles in vdolbine dents.
Lastnosti povrsine objekta, ki vplivajo na odboj, lom in prepustnost svetlobe,

podamo znotraj ukaza finish. Povrsina objekta je tako lahko odbojna ali pa ima mat
ucinek. Koncno obdelavo povrsine objektov najpogosteje podamo z ukazi ambient,
diffuse, phong, specular, metallic in reflection.
3.8.1
Ambient
Osvetljenost povrsine objekta, ki se nahaja v v podrocju sence je odvisna od difuznega odboja svetlobe z objektov, ki se nahajajo v okolici objekta, katerega barvo
zelimo izracunati. Ker z algoritmom za sledenje zarkov take svetlobe ne moremo
direktno dolociti, uporabljamo predhodno definirano ambientalno svetlobo. Ambientno svetlobo definiramo z barvnim RGB vektorjem in je enaka za vse tocke v
prostoru. Objekti, ki so osvetljeni le z ambientno svetlobo izgledajo dvodimenzionalni
in ravninski. Primer takega objekta je prikazan na sliki 3.6.
3.8.2
Difuzni odboj svetlobe
Odboj svetlobe na gladki povrsini ali zrcalu opisuje odbojni zakon (2.15), ki pravi,
da je odbojni kot enak vpadnemu. Tovrstnemu odboju pravimo zrcalni (spekularni)
odboj. Realne povrsine objektov so nepravilne in hrapave. Odboj svetlobe na takih
objektih opisuje Lambertov kosinusni zakon. S kljucno besedo diffuse povemo
koliksen del svetlobe, ki prihaja direktno od vira svetlobe se od objekta difuzno
odbije. Na sliki 3.7 je prikazana sfera, kjer se vsa svetloba odbija difuzno.
42
POV-Ray
Slika 3.6 Slika prikazuje sfero, katerim smo znotraj ukaza texture dodali
ukaz finish in ambient 0.3. Objekt osvetljuje le ambientna svetloba in zato
deluje dvodimenzionalno.
(a)
(b)
Slika 3.7 Slika na levi (a) prikazuje sfero, katerim smo znotraj ukaza texture
dodali ukaz finish in diffuse 1.0. Tak objekt se ne sveti, saj se svetloba
difuzno odbija na vse strani. Na desni (b) smo uporabili finish in diffuse
0.1. Stevilo
nam pove koliksen delez svetlobe, ki pada na objekt se od njega
difuzno dobije. Sliki (a) in (b) sta si podobni, saj se od obeh sfer svetloba
odbija difuzno. Razlikujeta se v intenziteti barve, ker se od sfere na sliki desno
odbija manjsi delez svetlobe.
3.8.3
Podro
cja poudarjene svetlosti
Blescanje pomeni svetle pike, ki jih dobimo, ko se svetloba odbija od gladkega

objekta in je mesanica zrcalnega in difuznega odboja. Modeliramo ga z zrcalnimi
(specular) in Phong modeli.
Phongov model: V phongovem modelu nastopa eksponent, s katerim povemo
koliksen del barve svetlobe prevzame osvetljeni del objekta. Blescanje dolocimo
POV-Ray
43
s kljucno besedo phong. Primer objekta, ki smo mu znotraj ukaza finish dodali
kljucno besedo phong vidimo na sliki 3.8.
(a)
(b)
Slika 3.8 S Phongovim modelom obravnavamo podrocja poudarjene svetlosti.

S kljusno besedo phong povemo koliksen del svetobe se odbije v smeri, ki jo
doloca vpadni kot svetlobe. Na sliki levo smo uporabili vrednost phong 0.75
na desni sliki pa phong 0.15. Stevilo

med 0 in 1 poleg kljucne besede nam
pove koliksen del vpadle svetlobe se odbijo skladno s phongovim modelom.
Metallic: Z ukazom metallic program simulira odboj svetlobe na kovinskih

povrsinah. Model odboja svetlobe nima fizikalne osnove in je dolocen z empiricno
enacbo. Svetloba za razliko od difuznega ali phongovega odboja, ne prihaja direktno
od vira svetlobe, ampak gre za svetlobo, ki se odbija od sosednjih objektov. Primer
objekta, ki smo mu znotraj ukaza finish dodali kljucno besedo metallic vidimo na
sliki 3.9.
Slika 3.9 S kljusno besedo metallic dobijo objekti kovinski izgled. V takem
objektu lahko vidimo okoliske objekte od katerih se odbija svetloba.
44
POV-Ray
3.8.4
Zrcalni odboj
Gre za odboj svetlobe, kot ga doloca odbojni zakon oziroma kot je to znacilno za
odboj svetlobe na zrcalu. POV-Ray uporablja kljucno besedo specular. Poleg
spekularnega odboja poznamo se variabilni odboj, ki ga opazimo pri npr. odboju
svetlobe na vodi ali keramiki. Za te materiale je znacilno, da odbijajo vec svetlobe ko
jih gledamo pod majhnimi zornimi koti. Z dodatkom besede fresnel on dosezemo,
da program uposteva Fresnelovo funkcijo odboja in prepustnosti svetlobe, ki je
odvisna od kota vpadne svetlobe glede na vpadno pravokotnico in lomnega kolicnika
snovi (enacba 2.37). S takim orodjem lahko upodobimo ze dokaj relisticno sliko vode
v kozarcu, kot je to prikazano na sliki 3.10.
Slika 3.10 Vodo lahko modeliramo kot transparentni material, katerega lomni
kolicnik ( ior) znasa 1.33. Povrsino vode smo perturbirali z ukazom normal.
Kozarec ima nekoliko visji lomni kolicnik ior=1.5. Z ukazom specular in
fresnel on modeliramo zrcalni odboj. Slika je povzeta po [21]
3.8.5
Lom svetlobe
Lastnosti notranjosti objekta podamo z naredbo interior, znotraj katere podamo

tudi lomni kolicnik snovi (ior). POV-Ray pozna tudi disperzijo (pojav ko je fazna
hitrost EM valovanja odvisna od njegove valovne dolzine oziroma, da je lomni kolicnik
funkcija valovne dolzine (n = n()). Disperzijo najlazje vidimo pri razklopu bele
svetlobe na prizmi na posamezne barvne komponente.
Disperzijo lahko dolocimo z naredbo dispersion. V ukazu interior lahko
dolocimo tudi zmanjsevanje jakosti svetlobe pri prehodu skozi snov. Atenuacijski
faktor ()pove kako se jakost svetlobe zmanjsuje z oddaljenostjo (d). Dolocmo ga
lahko z ukazoma fade power (F P ) in fade distance (F D):

=
1+
d
FD
F P !1
(3.2)
POV-Ray
45
kjer je F P navadno enak 2, kar pomeni, da jakost pada s kvadratom razdalje.

Ko F D postavimo na 1000 ali vec potem program atenuacijski faktor izracuna z
enacbo:

d
= exp
FD

(3.3)
Preprost primer disperzije svetlobe na dveh sferah je prikazan na sliki 3.11.
Slika 3.11 Sferi katerih notranjost ima dodan ukaz dispersion.
46
3.9
POV-Ray
Zaklju
cek
Algoritem za sledenje zarkom v smeri nazaj je implementiran v odprto kodnem

racunalniskem programu POV - Ray. POV - Ray uporablja levosucni koordinatni
sistem in pozna osnovne geometrijske transformacije. Za nasanek slike je potrebno
dolociti polozaj kamere, definirati objekte in izvor svetlobe. Objekti v POV - Rayu
so osnovna geometrijska telesa, kot so npr. sfera, kocka, kvader, torus ipd. Bolj
zapletene tridimenzionalne (CSG) objekte lahko tvorimo z unijo, presekom, razliko
in zdruzevanjem dveh ali vecih osnovnih teles.
Barva objekta in interakcija svetlobe s povrsino objekta je odvisna od lastnosti
povrsine objekta, ki jih dolocimo ob definiciji objektov. Za konec podajamo preprost
program, ki nam izrise sfero, kot je ta prikazana na sliki 3.12.
Slika 3.12 Slika kot jo izrise zgornja koda.
//vklju
cimo knji
znico barv
#include colors.inc
//nastavimo barvo ozadja
background { color Black }
//postavimo kamero
camera {
location <0, 3, -9>
look at <0, 0, 0>
}
//dodamo svetlobo
light source {
<20, 20, -20>
color White
}
POV-Ray
//v sceno vpeljemo sfero s sredi
s
cem v to
cki < 0, 0, 0 > in radijem 0.8
//v bloku pigment dolo
cimo barvo objekta
//v bloku finish dolo
cimo kako objekt interegira s svetlobo
sphere {
<0,0,0>,.8
texture {
pigment { color Yellow }
}
finish {
ambient 0.2
diffuse 0.6
phong 0.5
}
}
47
48
POV-Ray
4
Matemati
cni opis DNA
4.1
Uvod
Deoksiribonukleinska kislina (DNA) je nosilka dednega zapisa in igra osrednjo vlogo

v uravnavanju bioloskih procesov v zivih organizmih. Sekundarna struktura molekule
DNA je dvojna vijacnica, vendar je v naravi funkcionalna predvsem njena tridimenzionalna konformacija. Ta nastane, ko se dvojna vijacnica ukrivlja in zvija v prostoru
in pridobi koncno obliko, ki lahko sodeluje v procesih replikacije in prepisovanja
genov. Kljub zapletenim interakcijam med posameznimi gradniki molekule in njihovo
okolico, ki dolocajo konformacijo molekule, se izkaze, da lahko molekulo DNA in
njene mehanske lastnosti dobro opisemo, ce jo obravnavamo kot elasticni filament.
S problemom zvijanja in ukrivljanja tanke elasticne palice se je sprva ukvarjal
Kirchhoff v sklopu klasicne (Kirchhoffove) teorije elasticnih filamentov [2]. Razvoj
nanotehnologije, opticne in magnetne pincete je omogocil raziskave mehanskih in
elasticnih lastnosti posameznih verig DNA. Hkrati z eksperimenti je znova postala
zanimiva tudi Kirchhoffova teorija, saj je pretvarjanje med razlicnimi konformacijami
molekule DNA povezano s pretvarjanjem med razlicnimi oblikami deformacijske
energije ter s pretvorbami ovijanja v ukrivljanje in obratno.
4.2
Matemati
cni opis DNA
V poglavju predstavimo matematicne osnove in fizikalne pojme s katerimi opisujemo

strukturo in obliko elasticnega filamenta. Fizikalno relevantne spremenljivke, ki jih
definiramo v tem poglavju potem uporabimo pri obravnavi elasticnih lastnosti DNA.
4.2.1
Prostorska krivulja
Molekulo DNA obravnavamo kot prostorsko krivuljo dolzine L, ki je podano parametricno kot:
r = r(s),
49
(4.1)
50
Matematicni opis DNA
kjer je s obicajno naravni (locni) parameter, ki tece od 0 do L, radij vektor r pa pri

tem opise celotno krivuljo. V vsaki tocki krivulje lahko definiramo enotski tangentni
vektor (t) ter njegov odvod, ki ga imenujemo normala (n):
dr
= r (s)
ds
t = n.
t =
tt=1
(4.2)
n oscilira okoli t se spreminja tudi

Skalarju (s) = |dt/ds| pravimo ukrivljenost. Ce
ravnina v kateri lezi krivulja, kar opisemo z dodatnim enotskim vektorjem, ki mu
pravimo binormala. Binormala je dolocena z vektorskim produktom kot:
b = t n,
(4.3)
Trojica enotskih vektorjev t, n in b v eni izmed tock prostorske krivulje so prikazane

na sliki 4.1.
n
b
t
Slika 4.1 Enotski vektorji t (modra), n (rdeca) in b (zelena) vzdolz prostorske

krivulje.
Tako definirana trojica zadosca Serret-Frenet-ovim enacbam:

t = (s)n
n = (s)t + (s)b
b = (s)n,
(4.4)
ki jih lahko zapisemo tudi v bolj kompaktni matricni obliki:

= K (t, n, b) ,
n,
b)
(t,
kjer je matrika K enaka:
(4.5)
K=
(s)
0
(s)
0
(s)
51
(s)
.
0
Skalarju pravimo matematicna torzija. Iz matricne enacbe sledi, da ce poznamo

lokalno ukrivljenost (l) in torzijo potem lahko s pomocjo Seret-Frenet-ovih enacb
rekonstruiramo krivuljo. Iz Serret Frenetovih enacb (4.5) lahko izpeljemo [1]:

(l) = t t = t

(l) = n b
(4.6)
Iz enacb 4.6 vidimo, da, ko je ukrivljenost (l) enaka nic oziroma, ko je krivulja ravna
( 0), potem torzija ni dobro dolocena. Za kratek segment krivulje, kjer lahko
predpostavimo, da sta ukrivljenost in torzija konstantni, lahko v blizini izhodisca
krivulje razvijemo radij vektor kot:
...
r(s) = r(0) + r (0)s + 1/2r(0)s2 + 1/6 r (0)s3 + . . .
Z uporabo Serret Frenetovih enacb razvoj 4.7 zapisemo se kot:

1 2 3
1
1
r(s) r(0) = s s t(0) + s2 n(0) + s3 b(0) + . . .
6
2
6
(4.7)
(4.8)
Raven filament s = 0 lahko obravnavamo s poljubno vrednostjo torzije, saj velja

lim0 = 0. Matematicna torzija pravzaprav doloca hitrost odmika krivulje od
ravnine, ki jo dolocata vektorja n(0) in t(0).
Kljub temu ima lahko raven filemant torzijo v fizikalnem pomenu. Irrelevantnost
matematicne torzije velja le za ravne matematicne krivulje, pri katerih ne moremo
definirati zvoj okoli centralne osi filamenta.
Namesto Frenetovih vektorjev lahko uporabimo bolj splosno Cosseratovo teorijo
[1, 22], ki opisuje tudi ukrivljanje in torzijo. Cosseratovo palico opisemo s krajevnim
vektorjem r in parom ortonormalnih vektorjev d1 (s) in d2 (s), ki sledita materialu iz
katerega je narejena palica. Vektor r podaja krivuljo, ki povezuje tocke na osi palice
in, ki je lahko tudi deformirana. Enotska vektorja d1 (s) in d2 (s) nam podajata
informacijo o orientaciji preseka krivulje v deformirani konfiguraciji. Navadno privzamemo, da sta omenjena vektorja usmerjena vzdolz glavnih osi precnega preseka
palice.
dodatno definiramo se vektor d3 = d1 d2 , smo dobili ortonormalno bazo.
Ce
Enotske vektorje di=1,2,3 imenujemo tudi direktorji. Navadno privzamemo, da ima
d3 smer tangente t, medtem, ko d1 in d2 lezita v isti ravnini kot b in n, le da sta
zasukana za kot [1, 23]:
d1 = n cos + b sin
d2 = n sin + b cos
d3 = t
(4.9)
52
Direktorji d1 , d2 , d3 v eni izmed tock vzdolz zavitega traku so graficno predstavljeni

na sliki 4.2, spreminjanje direktorja d1 vzdolz ravnega filamenta zaradi notranjega
navora prikazuje slika 5.1.
Analogno z matricno enacbo (4.4) za d1,2,3 zapisemo:
d 3 = 2 (s)d3 1 (s)d2
d 2 = 0 (s)d3 + 1 (s)d1
d 1 = 0 (s)d2 2 (s)d3 ,
(4.10)
(d 3 , d 2 , d 1 ) = K0 (d3 , d2 , d1 ) ,
(4.11)
oziroma
kjer je K0 matrika 3 3:
2 (s)
0
K0 =
(s)
0
1 (s)
0
0 (s)
1 (s)
.
2 (s)
V enacbah 4.10 in 4.11 ter matriki K0 smo definirali:
1 = sin ,
2 = cos 0 =
d
+
ds
0 je torzija palice in je vsota matematicne torzije in ukrivljanja (twista) d/ds.
Slika 4.2 Slika prikazuje trojico baznih Cosseratovih vektorjev d1 , d2 , d3 vzdolz

filamenta.
4.2.2
53
Darboux-ov vektor
Zanima nas kako se trojica Cosseratovih baznih vektorjev zasuka vzdolz filamenta
oziroma kaksna je trojica kotov med posameznimi komponentami vektorjev na
zacetku in vzdolz filamenta:
(s) = (3 (s), 2 (s), 1 (s))
Spremembo kotov oznacimo z Darbouxovim vektorjem deformiranega filamenta kot:
(s) =
d
.
ds
Ker so bazni vektorji d1,2,3 enotski, se jim vzdolz filamenta lahko spremeni le smer,
kar pomeni, da velja:
d i = (s) di
i = 1, 2, 3
(4.12)
Za posamezno komponento tako velja:

d1 = (s) d1 = (s) (d2 d3 ) = (d3 (s))d2 (d2 (s))d3
d2 = (s) d2 = (s) (d1 d3 ) = (d3 (s))d1 + (d1 (s))d3
d3 = (s) d3 = (s) (d1 d2 ) = (d2 (s))d1 (d1 (s))d2 (4.13)
in
d1 = 3 (s)d2 2 (s)d3 = 0 d2 2 d3
d2 = 3 (s)d1 + 1 (s)d3 = 0 d1 + 1 d3
d3 = 2 (s)d1 1 (s)d2 = 2 d1 1 d2
(4.14)
Dodatno lahko pokazemo tudi zvezo [1]:

(s) = 0 d3 (s) + 2 d2 (s) + 1 d1 (s)
(s) = (1 , 2 , 3 ) = (1 , 2 , 0 )
4.2.3
ali
(4.15)
Parametrizacija z Eulerjevimi koti
Ker se baznim vektojem spreminja le smer in ne dolzina, lahko rotacijo predstavimo

kot vrtenje okoli treh eulerjevih kotov , in . Pri tem so koti definirani kot to
prikazuje spodnja slika 4.3. je kot precesije in podaja vrtenje okoli navpicne osi z,
kot nutacije opisuje vrtenje okoli osi y in kot rotacijo okoli navpicne osi z 0 , ki jo
dobimo po rotaciji okoli osi y.
Rotacije v prostoru lahko matematicno zapisemo v obliki rotacijskih matrik. Splosno
rotacijo oziroma splosno rotacijsko matriko (R(s)) dobimo kot produkt posameznih
rotacijskih matrik (R , R , R ). Posamezne matrike se zapisejo kot:
54
(a)
(b)
(c)
Slika 4.3 Eulerjev teorem pravi, da lahko rotacijo v prostoru izrazimo s kotom
precesije (a), kotom nutacije (b) in kotom, ki podaja samo-rotacijo (c).
podaja rotacijo okoli vertikalne osi z, pomeni rotacijo okoli y in rotacijo
okoli nove vertikalne osi z 0 , ki jo dobimo po rotaciji okoli osi y. Povzeto po [1].
sin 0
sin
cos
0
R =
cos
R =
0
0
cos
sin
,
0 sin cos
sin 0
sin
cos
0
R =
cos
Rotacijsko matriko (R(s)), ki je produkt posameznih rotacijskih matrik (R(s) =

R R R ), zapisemo takole:
cos cos cos sin sin cos cos sin sin cos cos sin
.
sin
cos
cos
+
cos
sin
sin
cos
sin
cos
cos
sin
sin
R(s) =
sin cos
sin sin
cos
S pomocjo zgornje matrike lahko podamo povezavo med zacetno smerjo direktorjev
d1,2,3 (0) in koncno smerjo d1,2,3 (s) kot:
(d1 (s), d2 (s), d3 (s)) = R(s)(d1 (0), d2 (0), d3 (0)).
(4.16)
To pomeni, da ce poznamo zacetne smeri direktorjev in vemo kako se koti , ,

spreminjajo v odvisnosti od s, lahko izracunamo smeri baznih vektorjev v vsaki tocki
vzdolz filamenta.
4.2.4
55
Enojna vija
cnica (heliks)
Na sliki 4.5 (leva vijacnica) je prikazana enojna vijacnica, za katero velja naslednje:
1. kot med lokalno tangento vijacnice in vertikalno osjo z je konstanten
= 0
2. ukrivljenost () in torzija ( ) vijacnice sta konstantni
= konst.
21 + 22 = sin = konst.
3. skalarni produkt med lokalno tangento vijacnice in vertikalnim baznim vektorjem koordinatnega sistema xyz (z) je konstanten
t z = sin(/2 ) = sin = konst,

Vijacnico lahko enolicno dolocimo z dvema parametroma. Navadno izberemo in
ali se pogosteje vertikalno dolzino zavoja (pitch) h in radij valja R okoli katerega se
ovija vijacnica. Radij vektor se potem zapise kot:
r = r() = (R cos , R sin ,
h
),
2
(4.17)
kjer je h = 2R tan in je ze omenjeni Eulerjev kot .
4.2.5
Dvojna vija
cnica
Z dvojno vijacnico, kot je prikazana na sliki 4.5 (desna vijacnica) lahko v zvezni
sliki predstavimo fosfatni verigi, ki tvorita ogrodje molekule DNA. Vijacnici z radij
vektorjema (r1 ) in (r2 ), ki se ovijata okoli cilindra z radijem R podamo parametricno,
kjer kot parameter nastopa polarni kot :
h
)
2
h
= (R cos , R sin , ( + )),
2
r1 = (R cos , R sin ,
r2
(4.18)
kjer je kiralnost molekule, in je h perioda vijacnice v navpicni z smeri. S faznim

kotom povemo, da sta vijacnici med seboj lahko zamaknjeni. Strukturo DNA
sta prva opisala Watson in Crick v clanku objavljenim leta 1953 [24] na podlagi
eksperimentov, ki sta jih opravila R. Franklin in R. Gosling [25]. Na podlagi sipanja
X-zarkov na raztopini B-DNA sta lahko ugotovila, da je DNA periodicna molekula s
56
cilindricno geometrijo. DNA je v vecini primerov sestavljena iz dveh polinukleotidnih

verig. Posamezen nukleotid je sestavljen iz dusikove baze (adenin, timin, gvanin
in citozin), deoksiriboze in fosfatne skupine. Nukleotidi vzdolz vsake izmed verig
so med seboj povezani s kovalentnimi vezmi med fosfatom enega in deoksiribozo
drugega nukleotida, ki tvorijo osnovno ogrodje in obliko molekule. Verigi DNA sta
med seboj povezani preko dusikovih baz. Baze so povezane z vodikovimi vezmi, pri
cemer velja pravilo, da je adenin povezan s timinom in citozin z gvaninom. Na ta
nacin dobimo dvojno vijacnico DNA, kjer pa sta verigi zamaknjeni za 3/8 celotnega
obrata. Od tu izvira asimetricnost molekule in nastanek velikega in malega jarka,
kamor se lahko vezejo proteini, ki sodelujejo pri podvajanju in transkripciji molekule.
Molekularna zgradba DNA je predstavljena na sliki 4.4.
50
30
bazi
sladkorno
fosfatna
veriga
30
50
Slika 4.4 Ogrodje DNA tvorita polinukleotidni verigi. Vsak nukleotid je

sestavljen iz dusikove baze, deoksiriboze in fosfatne skupine. Verigi sta med
seboj povezani preko dusikovih baz. Osnovno ogrodje DNA tvorita fosfatno
sladkorni verigi, ki opisujeta dvojno vijacnico. Vijacnici gleda prosti atom
fosforja potekata antiparalelno (ena veriga poteka v smeri od 50 30 , druga
pa v obratni smeri).
DNA je kiralna molekula, kar pomeni da locimo desno in levo sucni heliks. Zato
smo uvedli kiralnost , katere vrednost je +1 ali 1. Pri tem velja, da z rotacijo
in/ali vrtenjem, heliksov ne moremo transformirati iz ene oblike v drugo, razen ce ju
opazujemo v ogledalu. Kiralnost zavzame pri desno sucnem heliksu vrednost +1 in
1 pri levosucnem heliksu. Razlika med desno in levosucnim heliksom je shematsko
prikazana tudi na sliki 4.6.
4.2.6
Calugareanu-White-Fuller (CWF) teorem
Vijacnica DNA lahko oblikuje poljubno krivuljo v prostoru, ki je zakljucena ali pa

so njeni konci prosti. Za opis krivulje potrebujemo poleg enacbe osi krivulje tudi
podatek o tem kolikokrat se vijacnica ovije okoli osi filamenta. Za krozno molekulo
DNA je stevilo ovojev vijacnice konstantno (je topoloska invarianta) ter sestavljeno
iz dveh komponent:
57
Slika 4.5 Enojna in dvojna vijacnica DNA, kot sta jo prva opisala leta 1953
Watson in Crick na podlagi difraktograma R. Franklin in R. Gosling [24, 25].
DNA je dvojna vijacnica, kjer verigi zamaknjeni za 3/8 obrata. Od tu izvira
tudi asimetricnost molekule.
(a) = +1
(b) = 1
Slika 4.6 Sliki prikazujeta desno in levosucna heliksa. Heliksa imata enako
ukrivljenost in torzijo enake velikost, vendar nasprotnega predznaka, kar
je posledica razlicnih kiralnosti ().
1. ovijanju baznih parov okoli vzdolzne osi filamenta pravimo twist oziroma
torzija(Tw )
2. ukrivljanju molekule v prostoru pravimo writhe oziroma zvoj (Wr )
Torzijo oziroma twist vijacnice lahko zapisemo kot [1]:
1
Tw =
2
Z
C
ds t(s) (n(s) n(s))

=
2
Z
ds (s),
C
(4.19)
58
kjer je n(s) enotski vektor, ki je pravokoten na tangeno na krivuljo C. (s) je gostota

torzije in pomeni spremembo lokalnega kota krivulje C v smeri tangente.
Torzija je lokalna kolicina, ki predstavlja notranje (samo)ovijanje molekule, medtem ko je zvoj globalna lastnost molekule. V nekaterih primerih, ko je oblika DNA
molekule podvrzena dodatnim omejitvam [26], lahko zvoj (Wr ) molekule izracunamo
tako, da izracunamo zvoj molekule okoli pomozne krivulje. Pomozno krivuljo izberemo tako, da poteka vzdolz z osi. Smerni vektor take krivulje je potem ez = (0, 0, 1).
(Lokalni) zvoj krivulje lahko potem zapisemo kot [1]:
1
Wr =
2
ZL
ez t(s)
t(s)
ds
1 + ez t(s)
(4.20)
Pri tem mora veljati, da smerni vektor krivulje t katere zvoj racunamo nikoli ni
usmerjen v smeri, ki je nasprotna ez , torej pogoj t(s) ez =
6 1. Enacbo 4.20 za
lokalno vrednost zvoja, raje parametriziramo z Eulerjivimi koti. Enotski tangentni
vektor t(s) se z Eulerjivimi koti zapise kot:
t(s) = (sin (s) sin (s), sin (s) cos (s), cos (s)).
(4.21)
V Eulerjevi parametrizaciji dodatno velja:
(ez t(s)) t(s) = sin2 (s)(s)

ez t(s) = 1 + cos (s).
(4.22)
Zvoj se potem zapise kot:
1
Wr =
2
ZL
(1 cos (s))(s)
ds.
(4.23)
V Eulerjevi parametrizaciji je normala (n(s)) enaka:
n(s) = (cos (s) cos (s) cos (s) sin (s) sin (s),
cos (s) sin (s) cos (s) cos (s) sin (s),
sin (s) sin (s))
(4.24)
in tako tudi torzijo podano z enacbo 4.19 lahko parametriziramo z Eulerjivimi koti
kot:
1
Tw =
2
Z
C
ds t(s) (n(s) n(s))

=
2
Z
ds
C
cos (s)(s)
.
(4.25)
59
S sestevanjem enacb 4.23 in 4.25 je povezovalno stevilo Lk enako:

1
Lk = Tw + Wr =
2
Z
ds
(s)
+ (s)
.
(4.26)
Torzija je lokalna kolicina, ki predstavlja notranje (samo)ovijanje molekule, ki ga

podamo s spremembami kota vzdolz filamenta. Za ravno DNA velja:
1
Tw =
2
ds
(4.27)
Zvoj je globalna lastnost DNA in pomeni razliko pozitivnih in negativnih krizanj,

kot jih dobimo, ce krivuljo projeciramo na ravnino. Razliko med pozitivnim in
negativnim krizanjem prikazuje slika 4.7.
Slika 4.7 Slika prikazuje razliko med pozitivnim (levo) in negativnim krizanjem
(desno). Na kriziscu dveh krivulj si izberemo smer v kateri sledimo poteku
gre spodnja krivulja v smeri od desne proti levi, je krizanje
krivulje. Ce
gre spodnji del krivulje od leve proti desni, potem je krizanje
pozitivno. Ce
negativno.
Razliko med ukrivljanjem ter zvijanjem in ohranjanje povezovalnega stevila na

primeru krozne DNA je prikazano na sliki 4.8, kjer sta prikazani dve sklenjeni vijacnici
z enakim povezovalnim stevilom. Krozna DNA ima 14 krizanj in povezovalno stevilo
7. Povezovalno stevilo je vsota torzije (Tw ), ki je enaka 7 in zvoja (Wr ), ki ima
vrednost 0. Ko krozno molekulo zvijemo v osmico, se torzija poveca na 8, zvoj pa
se zmanjsa na 1. Podobno je prikazano na primeru raztegovanja traku na sliki
4.10. Zopet lahko opazimo, da se povezovalno stevilo (Lk ). Ukrivljanje in zvijanje
nesklenjene DNA je prikazano na sliki tudi na 4.9.
CWF teorem pravi, da je vsota ovijanja in ukrivljanja, ki ji pravimo povezovalno
stevilo (Lk ), topoloska invarianta krozne molekule, pri cemer velja, da lahko teorem
prenesemo tudi na nesklenjene krivulje [1]:
60
Slika 4.8 Na levi imamo krozno DNA s Tw = 7 in Wr = 0. Na desni vidimo

vijacnico v obliki osmice z dodatnim twistom (Tw = 8), vendar se pojavi se
negativni Wr = 1. Povzeto po [27]
Slika 4.9 Dve vijacnici, ki se razlikujeta po stevilu torzije in zvoja. Zgornja

vijacnica ima manjso torzijo in vecji zvoj, medtem ko ima spodnja vecjo torzijo.
61
Slika 4.10 Na levi sliki imamo trak z zanko z Wr = 1, Tw = 9. Ko ga

raztegnemo se pretvori v vijacnico (Wr = 0, Tw = 10). Pri tem se skladno s
CWF teoremom ohrani stevilo, ki je vsota stevila zank in stevila obratov traku.
Lk = Wr + Tw
(4.28)
Za enojni heliks (r = (R cos , R sin , c)) z radijem R lahko torzijo Tw zapisemo

kot [1]:
Tw =
1
cL
2
2 R + c2
(4.29)
kjer je parameter c enak h/2 in je h perioda vijacnice, L pa je dolzina vijacnice.

Brez izpeljave zapisemo se splosno obliko zvoja supervijacne strukture, ki ji
pravimo plektonema ( slika 6.7):
Wr =
L sin 2
,
4
(4.30)
pri tem je = 1 kiralnost vijacnic v plektonemi, a oznacuje radij plektoneme in

je superhelicni kot, kot je prikazano na sliki 6.7.
62
4.3
Zaklju
cek
Molekule DNA je za nase namene prostorska krivulja, ki jo lahko opisemo s trojico med
seboj ortogonalnih vektorjev (tangento t, normalo n in binormalo b). Za obravnavo
ukrivljanja, torzije, raztega in striga molekule je bolj primerna parametrizacija
molekule s trojico Cosseratovih vektorjev (d1 , d2 , d3 ). Bazne Cosseratove vektorje
lahko parametriziramo z Eulerjevimi koti, njihovo spreminjanje vzdolz molekule pa z
rotacijsko matriko.
Ovijanju baznih parov molekule DNA okoli vzdolzne osi filamenta pravimo
torzija oziroma ovijanje (ang. twist), ukrivljanju molekule v prostoru pravimo
zvoj ali zvijanje (ang. writhe). Vsoti ovijanja in ukrivljanja pravimo povezovalno
stevilo. V skladu s Calugareanu-White-Fuller (CWF) teoremom je povezovalno stevilo
topoloska invarianta tako krozne, kakor tudi nesklenjene molekule in predstavlja
osnovo topologije DNA, ki jo upostevajo razlicni encimi in ima zato tudi bioloski
pomen.
DNA in POV Ray
Dvojno vijacnico, kot jo upodobi POV Ray s kodo, ki je podana spodaj, lahko vidimo
na sliki 4.11.
Slika 4.11 DNA kot jo izrise POV Ray.
Primer kode za izris DNA v programu POV Ray-u:

#include colors.inc
camera {
location<-3,7.0,-12.0>
look at<0,7.0,0>
angle 100}
light source{<-6,7,-20> color rgb White}
background{color Black}
#declare no turn = 4;

#declare
#declare
#declare
#declare
#declare
#declare
#declare
r sfera = 0.2;
r stick = 0.1;
no bp = 1000;
no stick = 10;
faza = 3*pi/8;
R=1.0;
P=3.4;
#declare textex = texture{pigment {color Yellow transmit 0.0} };

#declare index = 0;
#while(index/no bp*2*pi < 2*pi*no turn)
sphere{
<R * cos(index/no bp*2*pi),
P/2/pi * index/no bp*2*pi,
R * sin(index/no bp*2*pi)>,
r sfera
translate<0,-P/2/pi * 12*pi*1000/1000,0>
texture{textex}
}
#declare index = index + 1;
#end
#declare textex = texture{pigment {color SlateBlue transmit 0.0} };
#declare index = 0;
#while(index/no bp*2*pi < 2*pi*no turn)
sphere{
<R * cos(index/no bp*2*pi + faza ),
P/2/pi * index/no bp*2*pi,
R * sin(index/no bp*2*pi+faza)>,
r sfera
translate<0,-P/2/pi * 12*pi*1000/1000,0>
texture{textex}
}
#end
#declare textex = texture{pigment {color White transmit 0.0} };
#declare index = 0;
#while(index/no stick*2*pi < 2*pi*no turn)
cylinder{
<R * cos(index/no stick*2*pi),
P/2/pi * index/no stick*2*pi,
R * sin(index/no stick*2*pi)>,
<R * cos(index/no stick*2*pi +faza ),
63
64

P/2/pi * index/no stick*2*pi,
R * sin(index/no stick*2*pi+faza)>,
r stick
translate<0,-P/2/pi * 12*pi*1000/1000,0>
texture{textex}
}
#end
5
Numeri
cna metoda
Molekulo DNA smo matematicno opisali v prejsnjem poglavju. Pri tem nas zanima
predvsem prostorska konfiguracija obeh fosfatnih verig, ki tvorita dvojno vijacnico, ki
se ovija okoli osrednje osi molekule. Polozaj posameznih fosfatnih atomov poznamo,
ce poznamo smer Cosseratovih vektorjev v vsaki tocki vzdolz osi filamenta. V
ta namen smo implementirali metodo, kjer obliko filamenta oziroma propagacijo
direktorjev (d1 (s), d2 (s), d3 (s)) doloca matricna enacba 4.16. Direktorji so med
seboj ortogonalni in normirani, zato je najpreprosteje, da kot robni pogoj postavimo:
d1 (0) = h1, 0, 0i
d2 (0) = h0, 1, 0i
d3 (0) = h0, 0, 1i
(5.1)
Z upostevanjem enacbe 4.16 in definicije R(s) se posamezen direktor zapise kot:

d1 (s) = R(s)d1 (0)
d2 (s) = R(s)d2 (0)
d3 (s) = R(s)d3 (0)
(5.2)
oziroma:
d1 (s) = hcos cos cos sin sin , sin cos cos + cos sin , cos sin i
d2 (s) = hcos cos sin sin cos , sin cos sin cos cos , sin sin i
d3 (s) = hcos sin , sin sin , cos i
(5.3)
pri tem so eulerjivi koti , , funkcija locnega parametra s.
Vektor d3 = dr/ds kaze v smeri tangente t, zato radij vektor osi molekule
izracunamo z integracijo tangentnega vektorja vzdolz krivulje:
Zs
r(s) =
Zs
hcos (s) sin (s), sin (s) sin (s), cos (s)i ds
d3 ds =
0
65
(5.4)
66
Numericna metoda
Celotno konformacijo DNA v nasem primeru pomeni os molekule in prostorske

koordinate obeh fosfatnih verig, ki tvorita dvojno vijacnico. Fosfatni verigi (polozaj
atomov fosforja oznacimo z vektorjem r0 (s)) dobimo tako, da tocko na osi krivulje
r(s) premaknemo vzdolz enega izmed preostalih dveh direktorjev (d1 ali d2 ) za
razdaljo D, ki nam pove radij vijacnice, ki je navita okoli centralne osi:
r0 (s) = r(s) + d1
Zs
=
hcos (s) sin (s), sin (s) sin (s), cos (s)i ds
0
+ Dhcos cos cos sin sin ,

sin cos cos + cos sin ,
sin cos i
(5.5)
V primeru enojne vijacnice velja:
(s) = 0
(s) = 0
(s) = Cs
(5.6)
in
0
Zs
h0, 0, 1i ds + Dhcos , sin , 0i
r (s) =
0
= Dhcos (s), sin (s), s/Di

= Dhcos(Cs), sin(Cs), s/Di
(5.7)
Pravilnost metode lahko potrdimo s primerjavo enacb 5.7 in 4.17, ki opisujeta

enojno vijacnico. Pri dvojni vijacnici moramo upostevati se fazni zamik . Le tega
upostevamo pri odvisnosti Eulerjevega kota od s in zapisemo:
(s) = C(s )
(5.8)
Na primeru enojne in dvojne vijacnice je razviden pomen kotov , in , ki so

funkcije locnega parametra s. (s) in (s) dolocata konformacijo osi molekule DNA,
medtem ko (s) pomeni ovijanje vijacnice okoli srednje osi. Na sliki 5.1 prikazujemo
os vijacnice in kako se smer Cosseratovega direktorja d1 spreminja vzdolz filamenta.
Kot je iz slike razvidno, opisujejo konci vektorja d1 , ravno enojno vijacnico oziroma
heliks.
Pri oblikovanju DNA moramo biti pozorni se na stevilo baz oziroma, stevilo
vodikovih vezi med bazami. V magistrski nalogi smo, zaradi preglednosti, vecinoma
upodabljali le silhueto, ki jo oblikuje fosfatna veriga. Ko smo zeleli upodobiti tudi
vezi dvojne vijacnice, smo ustrezno zmanjsali locljivost in izrisali le toliko tock, kot
je vezi v enem obratu vijacnice.
Numericna metoda
67
Slika 5.1 Na sliki vidimo kako se spreminja bazni vektor d1 , kot posledica
bi povezali konce vseh direktorjev d1 , bi
notranjega navora v ravni palici. Ce
dobili heliks.
Enako metodo smo uporabili tudi pri upodabljanju preostalih konformacij DNA,
ki jih predstavljamo v nadaljevanju. Medtem, ko je v primeru enojne ali dvojne
vijacnice odvisnost eulerjevih kotov od locnega paramtera s precej enostavna, pa bolj
zapletene oblike DNA zahtevajo manj trivialno obravnavo v sklopu teorije deformacij
elasticnih filamentov.
Teorija predpostavlja, da konformacijo filamenta, lahko izpeljemo z resitvijo
enacbe stanja, ki sledi iz minimizacije proste energije elasticne palice na katero
delujejo sile in navori. V vseh primerih pa podobno kot v primeru enojne vijacnice
skusamo dolociti odvisnost Eulerjivih kotov (, , ) od locnega parametra s. Obliko
molekule potem dolocimo z aplikacijo enacb 5.1, 5.2, 5.3, 5.4 in 5.5. Prav tako v
vecini primerov radij vektor, ki ga dobimo z integracijo tangentnega vektorja (enacba
5.4), nima vec analiticne oblike. V teh primerih raje uporabimo numericne metode
in numericne knjiznice.
68
Numericna metoda
6
Elasti
cne deformacije filamenta
6.1
Uvod
V tem poglavju obnovimo Euler Kirchhoffov opis filamenta DNA kot elasticnega
filamenta, ki je presenetljivo analogen Eulerjevem opisu gibanju simetricne vrtavke.
Analogija z vrtavko je zanimiva zaradi razumevanja enacbe stanja hladne DNA,
kjer mislimo predvsem na kratke verige DNA (verige DNA, ki so krajse od njihove
persistencne dolzine), pri katerih je vpliv konfiguracijske entropije zanemarljiv v
primerjavi z elasticno energijo.
Elasticna energija se lahko nahaja v razlicnih oblikah, kar je povezano s konfiguracijo DNA. Energija lahko prehaja iz ene oblike v drugo, pri tem pa pride do
pretvorbe ovijanja v ukrivljanje in obratno. Kljub temu, da se spremembe DNA
dogajajo na atomskem nivoju, se izkaze, da elasticne deformacije DNA lahko dobro
obravnavamo z zveznim opisom molekule kot elasticne verige.
Delo, ki je potrebno za deformacijo DNA je odvisno od energije zaradi baz, ki so
nalozene ena na drugo, od interakcij med vodnimi molekulami in atomi na povrsini
DNA ter od elektrostatskih interakcij med fosfatnimi skupinami vzdolz DNA. Z
zveznim opisom elasticnih filamentov predpostavljamo, da lahko vsako deformacijo
DNA razdelimo na deformacije zaradi ukrivljanja in zaradi zvijanja.
V drugem delu predstavimo osnove teorije ovijanja in ukrivljanja tankih elasticnih
filamentov in njeno uporabo na primeru DNA. V zadnjem delu si ogledamo kdaj
se ravno elasticno vlakno zaradi zunanjih sil in navorov ukrivi in pobegne v tretjo
dimenzijo. Pri tem sprva nastane zanka in nato se vijacnici podobna struktura, ki ji
pravimo plektonema.
6.2
Prosta energija deformacijskega filamenta
DNA opisujemo kot elasticno verigo, kjer je linearna gostota energije dane konformacije, kvadraticna funkcija odmika verige od ravne palice. Prosta energija elasticne
palice na dolzinsko enoto (f ) ima v splosnem obliko [1]:
69
70
Elasticne deformacije filamenta
2
1
1 X
2
f = f0 + C3 + E
Iij i j
2
2 i,j=1
(6.1)
kjer je C elasticni modul (konstanta) torzije, Iij je tenzor vztrajnostnega momenta

in je E youngov modul elasticnosti. V koordinatnem sistemu, ki sovpada z lastnimi
smermi tenzorja vztrajnostnega momenta Iij (I1 in I2 ), se izraz (6.1) zapise kot [1]:
1
1
1
f = f0 + C23 + EI2 22 + EI1 21
2
2
2
(6.2)
Pri tem upostevamo, da je dolzinska gostota proste energije f odvisna le od Darbouxovega vektorja , saj je lahko le funkcija lokalne konformacije in ne globalnega
imamo palico s simetricnim presekom potem je I = I1 = I2
polozaja v prostoru. Ce
in je linearna gostota proste energije enaka
1
1
f = f0 + C23 + EI(22 + 21 )
2
2
(6.3)
Ko uporabimo zveze med i=1,2 in ukrivljenostjo i=1,2 enacba 4.15, gostota energije
(6.3) postane:
1
1
f = f0 + C 2 + Kc (22 + 21 )
2
2
(6.4)
kjer smo vpeljali upogibni modul Kc = EI.
6.3
Ena
cba stanja deformiranega filamenta
Prvo vprasanje, ki si ga postavimo, je kako se palica obnasa, ko nanjo delujejo

vzdolzno porazdeljene sile in navori, zaradi katerih se palici spremeni elasticna
energija. Povedano drugace, zanima nas enacba stanja elasticne palice.
Na palico najprej delujemo z dolzinsko porazdeljenim navorom . Delo dW
navorov M , ki je potrebno da se palica doseze stanje, ki ga opisemo z lokalnim
vektorjem lahko zapisemo kot:
dW = dM (l)
(6.5)
Enacbi (6.4) za prosto energijo palice s simetricnim presekom dodamo se clen, ki

opisuje delo navorov:
ZL
F =
0

ZL
ZL

1
1
2
2
2
C3 + EI 2 + 1 dl dl = f (, )dl,
2
2
0
(6.6)
71
kjer je linerana gostota navora (navor na dolzinsko enoto) = dM/dl. Funkcional

energije v enacbi 6.6 nas spominja na Lagangeov formalizem, ki ga poznamo iz
analiticne mehanike, kjer ekstrem akcije podan z resitvijo Euler Lagrangeovih enacb.
Ravnovesno stanje elasticne palice dobimo tako, da poiscemo minimum funkcionala
V Euler - Lagrangeovih enacbah klasicne
proste energije pod integralom f = f (, ).
mehanike kot parameter navadno nastopa cas t, v enacbi 6.6 to nalogo prevzame
locna dolzina l.
d
dl
f
d
dl
f
=0
(6.7)
Odvod funkcionala f po komponentah Darbouxovega vektorja je enak:

f
= (C3 , KC 2 , KC 1 ) = C t + KC 2 d2 + KC 1 d1 .
(6.8)
Po drugi strani iz Euler-Lagrangeovih enacb (6.7) direktno sledi:

d
dl

==
f
,
(6.9)
kar pomeni, da je f / enak notranjemu ravnovesnemu navoru znotraj elasticne

palice. Elasticno ravnovesje, ki sledi iz pogoja, da mora biti vsota gostot zunanjih
in notranjih navorov enaka nic nam da enacbo za navor (ravnovesno enacbo stanja
elasticne palice [1]):
M(l) =
f
= C d3 + Kc 2 d2 + Kc 1 d1
(6.10)
ki pravi, da navor okoli izbrane smeri Cosseratovega vektorja povzroci nenicelno

ukrivljenost v tej smeri.
Euler-Kirchhoffova ena
cba
V Euler Lagrangeovi enacbi 6.7 nastopa
d
dl
d f
:
dl
= C d3 + C d 3 + EI 2 d2 + EI2 d 2 + EI 1 d1 + EI1 d 1
(6.11)
Tu smo upostevali, da so tudi torzija in lokalne ukrivljenosti v smeri glavnih osi

vztrajnostnega momenta lahko se funkcija polozaja na palici. To pomeni, da zgornja
enacba jemlje v obzir tudi nehomogeno porazdelitev deformacij po palici.
Sedaj moramo upostevati se Serret-Frenetov sistem enacb 4.4, ki ga vstavimo v
enacbo 6.11, da dobimo:
72
d
dl

= (C )d3 +
+(EI 1 + (C EI) 2 )d1
+(EI 2 + (EI C) 1 )d2 =
dM
dl
(6.12)
6.12 enacbo mnozimo z enotskimi vektorji (d1 , d2 , d3 ) dobimo Euler-Kirchhoffov

Ce
sistem treh enacb deformirane palice s simetricnim presekom:
dM
d3
dl
dM
=
d2
dl
dM
=
d1 ,
dl
C =
EI 2 + (EI C) 1
EI 1 + (EI C) 2
(6.13)
ki so analogne Eulerjevim enacbam vrtenja togega, osno simetricnega telesa. Vec o

tem spodaj.
Euler-Kirchhoffove ena
cbe v primeru zunanjih sil
Namesto navora lahko podamo konstantno silo, ki deluje na prostem koncu palice.
Za celoten navor na palico velja:
M = (r(L) r(0)) F = F (r(L) r(0)),
(6.14)
kjer je r(L) r(0) rocica sile, ce predpostavljamo, da je en konec palice vpet. Rocico
lahko zapisemo tudi kot:
ZL
(r(L) r(0)) =
r (l) dl
(6.15)
Enacbo 6.14 za navor lahko sedaj zapisemo drugace:

ZL
M = F
ZL
r (l) dl =
(F r ) dl
(6.16)
Gostota navora (dM/dl), ki sledi iz enacbe 6.16 je potem:

dM
= F r
dl
Euler - Kirchhoffove enacbe 6.13 se potem glasijo:
(6.17)
C = 0

EI 1 + (C EI) 2 = (F r ) d1 = d3 d1 F = F d2

EI 2 + (C EI) 1 = (F r ) d2 = d3 d 2 F = F d1
73
(6.18)
Z upostevanjem Seret - Frenetovih enacb 4.4 in ortogonalnost vektorjev d1 , d2 , d3 =

t = r [1] dobimo enacbo stanja, za palico na katero delujejo le zunanji navori na
koncu palice:
...
Cr + EI(r r ) = F r ,
(6.19)
ki opisuje deformacijo torzijsko neobremenjenega elasticnega filamenta. Resitev

enacb (6.19) za razlicne robne pogoje so elipticne funkcije.
Kirchhoffova kineti
cna analogija
Lepota enacbe (6.13) je v tem, ker jo lahko primerjamo z gibanjem vrtavke, ki si ga
lahko plasticno predstavljamo. Tako je speca vrtavka analogna torzijsko deformirani
ravni palici, precesijsko gibanje simetricne vrtavke je analogno vijacno deforniranemu
elasticnemu filamentu, nihanje simetricnega fizicnega nihala (degeneriran primer
vrtenja) je analogna sinusoidni deformaciji palice.
Primerjava med gibanjem vrtavke in obliko elasticnega filamenta je graficno
predstavljena na sliki 6.1. Pri tem je sila F analogna gravitacijski sili pri vrtavki,
konstanti Kc in C pa sta analogni lastnim vrednostim vztrajnostnega momenta
simetricne vrtavke. Lastne vrednosti tenzorja vztrajnostnega momenta simetricne
vrtavke v smereh pravokotno na simetrijsko os so enake I = I1 = I2 , v smeri
simetrijske osi pa I3 . Za komponente vektorja krozne hitrosti potem velja:
3 = 0
I3 I
1 +
3 2 = M d1
I
I3 I
2 +
3 1 = M d2
I
(6.20)
kjer sta Md1 in Md2 komponenti navora vzdolz osi, ki so pravokotne na simetrijsko
os.
74
(a)
(b)
(c)
(d)
(e)
(f)
Slika 6.1 Euler Kirchhoffovov sistem enacb (6.13) je analogen Eulerjevemu

sistemu enacb 6.20, ki opisuje vrtenje simetricne vrtavke. Speca vrtavka (a) je
analogna torzijsko deformirani ravni palici (b), precesija (c) je analogna vijacno
deformiranemu elsticnemu filamentu (d), nihanje (nutacija, (e)) je analogna
sinusoidni deformaciji filamenta (f).
6.3.1
75
Elasti
cno ravnote
zje za filament na katerega delujejo
zunanje sile
Prosta elasticna energija filamenta F, ki ga sila F razteguje v smeri lokalne tangente

(t) je skladno z enacbo 6.4 [1]:
1
F= C
2
ZL
0
1
ds + Kc
2
2
ZL
(21
22 )
ZL
ds
F t ds.
(6.21)
Brez izgube splosnosti privzamemo, da sila, ki razteguje filament deluje v smeri

vzdolzne osi filamenta, ki jo postavimo v smeri osi z (F = (0, 0, F )). Za potrebe
variacijskega racuna vektor r(s) parametriziramo z Eulerjivimi koti (, , ).
Darbouxov vektor (l) = (1 (l), 2 (l), (l)) lahko zapisemo s produktom matrik
T
R (l) R(l),
kjer je R rotacijska matrika podana v poglavju 4.2.3:
(l) = RT (l) R(l)

= (1 (l), 2 (l), (l)).
(6.22)
Posamezne komponetnte vektorja (l) so enake:

1 = 1 = sin sin cos
2 = 2 = cos sin sin
3 = 0 = cos +
(6.23)
Funkcional proste energije (F) iz enacbe 6.21 je potem:
,
]
=
F[, ,
ZL

1
1
2
2
2
2
C( cos + ) + Kc ( + sin ) F cos ds

2
2
(6.24)
Lokalni izraz za zvoj

Dodatno predpostavimo, da deformacije ne morejo spremeniti topologije molekule,
kar izrazimo s CWF teoremom. Povezovalno stevilo zapisemo z Eulerjivimi koti kot
smo izpeljali v cetrtem poglavju (enacba 4.26):
]
= Tw + Wr = 1
Lk [,
2
ZL
( + )ds
(6.25)
Povezovalno stevilo v funkcional proste energije vkljucimo v obliki vezi, kjer vkljucimo
se Lagrangeov multiplikator (p), ki podaja navor, ki je potreben za ohranitev povezovalnega stevila, torej:
76
1
2 + 1 Kc (2 + 2 sin2 ) F cos p( + )
f = C( cos + )
2
2
(6.26)
Enacbo stanja dobimo z minimizacijo funkcionala proste energije in resitvijo EulerLagrangeovih diferencialnih enacb. Poglejmo si nekaj teh resitev v primeru Eulerjeve
nestabilnosti in Eulerjevega kota.
6.3.2
Eulerjeva nestabilnost
Na elasticno palico, ki lezi v smeri osi z delujemo s kompresijako silo v smeri osi
palice (F = (0, 0, Fz )). Pod vplivom sile se sprva ravna palica pricne ukrivljati, kot
je to razvidno sliki 6.2. Zanimata nas oblika elasticne palice in kriticna sila Fc pri
kateri se palica zacne ukrivljati. S tovrstnim problemom se je ukvarjal ze Euler.
z
x
Slika 6.2 Ukrivljanje elasticne palice zaradi sile na koncu filamenta. Leva
slika prikazuje obliko elasticne palice v ravnotezju, ko je ta izpostavljena
razlicnim zunanjim silam. Posamezne krivulje ustrezajo vrednosti parametra
= 0.1, 0.2, ..., 0.8, 0.9, kot ta nastopa v enacbi 6.32. Vrednost parametra A,
je v vseh primerih enaka 0. Na desni sliki smo okoli prostorskih krivulj ovili
vijacnico. Prikazane so resitve za = 0.2, 0.5, 0.8.
Prosta energija ravnega filamneta (6.26), ki ni ukrivljen ali zvit ( = 0, = 0) se

poenostavi:
=
F[, ]
ZL
1
dl [ Kc 2 Fz cos ]
2
(6.27)
kjer s kotom podajamo odmik filamenta od osi z. Raven filament je torzijsko

relaksiran in ohranitev povezovalnega (linking) stevila ni vec potrebna. Enacbo
stanja dobimo iz Euler-Lagrangeovih enacb [1]:
F sin (l) = 0
Kc (l)
77
(6.28)
Ko uvedemo brezdimenzijske kolicine s = l/L in q 2 = F L2 /Kc , lahko obravnavmo

kot funkcijo s:
00 q 2 sin = 0
(6.29)
Enacbo pomnozimo s 0 in integriramo:

d 1 02
( q 2 cos ) = 0
ds 2
1 02
q 2 cos = konst.
2
(6.30)
Ker nimamo navora 0 (s = 1) = 0, pomeni d/ds = 0 oziroma ds/d . Od tu

sledi konst = cos 0 . Resitev lahko zapisemo v obliki Jacobijevih elipticnih funkcij,
ki so definirane v spodaj:
1
s() = p
2q 2
Z0
d
cos cos 0
(6.31)
oziroma:
(s) = 2 arcsin( sn(, qs + A)),
(6.32)
kjer sta in A integracijski konstanti. Ko upostevamo, da je filament na enem koncu
pritrjen ((0) = 0) in na drugem koncu prost ((L)

= 0) dobimo enacbi za konstanti:
0 = sn(, A),
0 = cn(, qL + A)
(6.33)
Konstanta A mora biti nicla funkcije sinus amplitudinis (sn) in qA + L nicla funkcije
cosinus amplitudinis (cn). Iz povezav med elipticnimi funkcijami zakljucimo [1]:
q = K[x]
(6.34)
Enacbe so resljive le za K[x] /2. Iz definicije za q sledi:
2 Kc
= Fc
4L2
(6.35)
ki je sila pri kateri eulerjev filament postane nestabilen in pri kateri se prej ravni
filament pricne zvijati. Tako vrsto nestabilnosti redkeje opazimo pri DNA. Bolj
78
pogosto opazimo nestabilnost, ki je posledica privlacnih interakcij znotraj verige

DNA in ji pravimo Manningova nestabilnost.
Jacobijeva elipticna funkcija sinus amplitudinis [28] (sn(x, k)) je parametricna
funkcija s parametrom k, ki zavzame vrednosti med 0 in 1. Ko k zavzame vrednost
0 postane sn(x, k = 0) kar sin x, pri k = 1 pa je enaka tanh x.
Definicijo elipticnih funkcij lahko razlozimo na primeru bolj znane trigonometricne
funkcije sin x. Funkcijo sin x lahko definiramo tudi implicitno kot inverzno funkcijo
funkcije, ki je podana z integralom. Najprej zapisemo funkcijo u kot:
Z
u = F () =
dt
= arcsin
1 t2
(6.36)
lahko potem zapisemo kot inverzno funkcijo funkcije F :

= F 1 (u)
(6.37)
Od koder sledi:
F (sin ) =
ali
1
sin = sin(F (u))
(6.38)
Na ta nacin smo funkcijo sin definirali kot sinus inverza funkcije, ki je definirana z
integralom.
Podobno velja za Jacobijeve elipticne funkcije sinus amplitudinis in sinus amplitudinis, ki jih oznacujemo kot sn(u, k) in cn(u, k). Definiramo funkcijo u = F (, k):
Z
u = F (, k) =
0
dt
p
;
1 k 2 sin2 t
0 < k2 < 1
(6.39)
je inverzna funkcija funkcije F :

= F 1 (u, k)
(6.40)
Funkcijo sinus amplitudinis potem definiramo implicitno kot:

F (sn (, k), k) =
ali
1
sin = sin(F (u, k)) = sn (u, k)
(6.41)
Podobno je s funkcijo cosinus amplitudinis

F (cn (, k), k) =
ali
1
cos = cos(F (u, k)) = cn (u, k)
(6.42)
Dodatno definiramo se funkcijo K(k) kot:

K(k) = F (/2, k)
(6.43)
79
Dvojna vija
cnica okoli ukrivljenega Eulerjevega filamenta
Sledimo postopku iz petega poglavja in izrisemo fosfatni verigi, ki se ovijeta okoli osi
flamenta.
Direktorji so med seboj ortogonalni in normirani in doloceni z enacbo 5.1. Propagacijo direktorjev vzdolz krivulje podajajo enacbe 5.2.
Pri tem izberemo kote (s), (s) in (s) kot:
(s) = 0,
(s) = 2 arcsin( sn(, qs + A)),
(s) = 2(s F )/D,
(6.44)
kjer smo enacbo za kot (s) ter integracijski konstanti A in q ze zapisali v enacbi
6.32. Uvedli smo se kot (s), ki opisuje rotacijo direktorja d1 okoli osi vijacnice. F
je faza vijacnice. V primeru DNA se fazi vijacnic razlikujeta za 3/8. Enacba 5.3 se
nekoliko poenostavi:
d1 (s) = hcos cos , sin , sin cos i
d2 (s) = hcos sin , cos , sin sin i
d3 (s) = hsin , 0, cos i.
(6.45)
Vektor d3 = dr/ds kaze v smeri tangente t, zato radij vektor osi molekule izracunamo
z integracijo tangentnega vektorja vzdolz krivulje:
Zs
r(s) =
Zs
hcos (s) sin (s), 0, cos (s)i ds
d3 ds =
0
(6.46)
Fosfatni verigi (polozaj atomov fosforja oznacimo z vektorjem r0 (s)) dobimo tako, da
tocko na osi krivulje r(s) premaknemo vzdolz enega izmed preostalih dveh direktorjev
(d1 ali d2 ) za razdaljo m, ki nam pove radij vijacnice, ki je navita okoli centralne osi:
r0 (s) = r(s) + d1
Zs
=
hcos (s) sin (s), 0, cos (s)i ds
0
+ mhcos cos , sin , sin cos i
(6.47)
Eulerjev filament okoli katerega so ovite vijacnice s parametri = 0.2, 0.5, 0.8 so
prikazane na sliki 6.2.
6.3.3
Eulerjev kot
Zanima nas kako se upogne elasticni filament dolzine L, da zacetek in konec sovpadata?
Geometrija problema je prikazana na sliki 6.3.
80
3

0

Slika 6.3 Konfiguracija elasticne palice, ko staknemo njena konca. Okoli

srednje osi smo ovili dvojno vijacnico.
Najprej si ogledamo kaksna je elasticna energija zanke, ce bi jo ukrivili v kroznico.
1
E = Kc
2
ZL
dl
(6.48)
V enacbo (6.48) vstavimo = 2/L in dobimo:
E 20
Kc
L
(6.49)
Dejansko nas zanima najnizja energija, ki je potrebna da staknemo dva konca elasticne
palice. V optimalnem primeru dobimo palico v obliki kapljice, kjer so konci bolj
ravni. x koordinata sredine filamenta sovpada z zacetno x koordinato:
L/2
x |0
ZL/2
=
cos (l) dl = 0
(6.50)
Elasticna prosta energija je enaka delu, ki je potrebno, da filament ukrivimo za x:

ZL/2
ZL/2
ZL/2
1 2
F=
dl Kc = F
dl cos (l) =
f (, )
2
0
(6.51)
Iz Euler - Lagrangeovih enacb sledi:

1 2
Kc + F cos = konst.
2
(6.52)
81
V robnih pogojih upostevamo, da imamo na koncu silo, navora pa ne (0) = 0,
(0)
= 0, zaradi cesar je konst. = cos 0 . Na koncu dobimo implicitno enacbo:
Z p
Z
cos 0 cos d = cos 0
0
d
cos 0 cos
(6.53)
Enacbo (6.53) lahko resimo numericno. 0 ni odvisen od dolzine palice ali snovnih
parametrov. Imenujemo ga Eulerjev kot,ki znasa 0 250 ter je naravna konstanta.
Silo izracunamo iz enacbe:
Z
1
Kc
2
2F p
FL
cos 0 cos d =
cos 0
Kc
2
(6.54)
Od koder dobimo:
2
Z p
Kc
2Kc
1
F = 2
cos 0 cos d = 15.508 2
L
cos 0
L
(6.55)
Elasticna energija (F = E) je enaka:

ZL/2
E=2
Kc
1 2
Kc dl = F L cos 0 = 14.055
2
L
(6.56)
kar je 70% energije krozne zanke.

Dvojna vija
cnica okoli ukrivljenega filamenta, kjer konca filamenta sovpadata
Podobno kot na primeru Eulerjeve nestabilnosti opisane v prejsnjem podpoglavju
smo uporabili enacbe 6.90, 6.45, 6.46 in 6.47 in vrednost parametra = 0.99. Dvojna
vijacnica okoli sklenjenega filamenta in Eulerjev kot sta prikazana na sliki 6.3.
6.4
Torzijska nestabilnost filamenta
Sedaj resujemo problem relevanten za torzijsko obremenjene konformacije DNA.

Obravnavamo filament, ki je na enem koncu vpet, na drugem koncu pa naj nanj
deluje zunanja sila velikosti F . Predpostavimo, da je filament sprva raven, vendar je
zaradi zunanje sile prisotna torzija. Za raven filament velja = = 0 in Wr = 0.
Funkcional proste energije in povezovalno stevilo ravnega filamenta sta potem:
82
ZL
F=
0
=
f ()
ZL
1 2
C F p
2

ds
1
Lk =
2
ZL
ds
(6.57)
Z uporabo Euler-Lagrangeove enacbe za , :

f
d f
=0
ds
(6.58)
dobimo [1, 29]:

p
= ,
C
Lk =
1 p
L
2 C
(6.59)
Tako, da je:

Lk
F = 2LC
L
2
FL
(6.60)
Vidimo, da je elasticna prosta energija filamenta odvisna od zunanje sile in je

manjsa pri vecjih silah. Stabilnost ravnega filamenta s torzijo lahko preiscemo,
ce pogledamo, kdaj filament pobegne v tretjo dimenzijo. Obliko filamenta lahko
dobimo z minimazacijo funkcionala proste energije podanega z enacbo (6.57). Euler
Lagrangeove enacbe za Eulerjeve kote in lahko zapisemo v naslednji obliki [1]:
=
p
p(1 cos ) cos
C
Kc sin2
p(1 cos )
=
Kc sin2
E0 =
p2
1 2
Kc + F cos +
,
2
Kc (1 + cos )
(6.61)
obravnavamo najpreprostejso perturbacijo

kjer je E0 celotna elasticna energija. Ce
ravnega filamenta, ko se filament odkloni za majhen kot . V tem primeru upostevamo
(s) 1. Z razvojem funkcij sin in cos za majhne kote (sin in cos 1 2 /2)
dobimo sistem diferencialnih enacb:
p
C
p
=
2Kc
+ =

2
p
Kc F
= 0
4Kc
(6.62)
83
Zadnjo enacbo sistema 6.62 za dobimo tako, da enacbo odvajamo po :

Kc F sin
p2
sin
= 0,
Kc (1 + cos )2
(6.63)
ko upostevamo (s) 1 in izpostavimo dobimo zadnjo enacbo sistema 6.62, kjer

locimo dve resitvi, ki se razvejita pri:
p2
=1
4Kc F
(6.64)
To pomeni, da locimo 2 rezima:

1. za p2 /4Kc F < 1 je horizontalni filament stabilna resitev, saj je exp(is)
harmonicna funkcija locne dolzine s
2. za p2 /4Kc F > 1 je eksponentna funkcija s ( exp(||s)) in filament
pobegne v tretjo dimenzijo,
Ceprav
smo v zgornjem primeru enacbe, ki opisujejo konfiguracije elasticnega filamenta linearizirali, dobimo enako resitev tudi z nelinearno analizo. Pod vplivom
torzije , se bo filamnet ovijal (poveca se twist), vendar bo vztrajal v horizonatlni
smeri. Ko dosezemo kriticno vrednost podano z (6.64), se nakaj torzije spremeni v
writhe s cimer filament pobegne v tretjo dimenzijo, nastane zanka ter energetsko
bolj ucinkovita vijacnica oziroma struktura, ki ji pravimo plektonema in je prikazana
sliki 6.4.
V splosnem tako v naravi opazimo dve skupini ravnoteznih konformacij:
1. raven, ovit filament z Wr = 0
2. plektonema z Wr 6= 0
Pri tem je raven filament torzijsko stabilen, ce parametri zadoscajo enacbi:
c2
F <
Kc
6.4.1

2
Lk
p2
=
L
4Kc
(6.65)
Coyneova re
sitev
Opazujemo deformacijo dolgega ravnega filamenta v blizini tocke nestabilnosti. Euler

Lagrangeove enacbe funkcionala proste energije smo ze zapisali z enacbo (6.59)
Ker je filament na koncih raven ( = 0) je E0 = F + p2 /2Kc . Enacbo za E0
ki sta odvisni le od . Z
vstavimo v sistem (6.62) in dobimo enacbi za in ,
integracijo dobimo Coyneovo resitev [30]:
84
Slika 6.4 Torzijska nestabilnost elasticnega filamenta. Sprva je filament

raven, z aplikacijo torzije lahko opazimo zvezno vijacnico, nato lokalizirano
vijacnico ter zanko, ki ju opisuje Coyneova resitev. Nazadnje se filament zvije
v plektonemom katere analiticno resitev ne poznamo, jo pa lahko sestavimo iz
coyneove zanke in dvojne vijacnice.
(u) = 2 arcsin
cosh u
tanh u
1 2 u + arctan
1 2
(u) = 0,
s

2
=
1
= 1 C2
2 Kc F
(u) =
(6.66)
kjer smo vpeljali

s
=
2 Kc F
2
=
1 C2
(6.67)
p
Pri tem smo vpeljali tudi brezdimenzijsko locno dolzino u = s F/Kc in izbrali
parameter s tako, da tece od L/2 do L/2, tako da srednji del filamenta sovpada z
s = 0.
85
Dvojna vija
cnica okoli Coyneove zanke
Ker parameter s tece od L/2 do L/2, nekoliko spremenimo enacbe oziroma numericno metodo opisano v petem poglavju. Robni pogoji za direktorje d1,2,3 so
sedaj:
d1 (L/2) = h1, 0, 0i
d2 (L/2) = h0, 1, 0i
d3 (L/2) = h0, 0, 1i
(6.68)
Z upostevanjem enacbe 4.16 in definicije R(s) se posamezen direktor zapise kot:

d1 (s) = R(s)d1 (L/2)
d2 (s) = R(s)d2 (L/2)
d3 (s) = R(s)d3 (L/2)
(6.69)
Vektor d3 = dr/ds kaze v smeri tangente t, zato radij vektor osi molekule izracunamo
z integracijo tangentnega vektorja vzdolz krivulje:
Zs
r(s) =
d3 ds
(6.70)
L/2
Okoli Coyneove resitve lahko ovijemo tudi vijacnico. Pri tem vpeljemo se tretji
Eulerjev kot (s), ki opisuje rotacijo direktorja d1 okoli osi vijacnice kot:
2
(s F ),
(6.71)
D
kjer je F faza vijacnice, s parametrom D pa povemo, kako gosto je vijacnica ovita
okoli osi, ki jo opisuje Coyneova resitev.
Konformacijo DNA, dobimo tako, da tocko na osi krivulje r(s) premaknemo
vzdolz direktorja (d1 ) za razdaljo m:
(s) =
r0 (s) = r(s) + md1
(6.72)
enacbo 6.72 razpisemo dobimo:

Ce
Zs
cos sin ds + m(cos cos cos sin sin )
x(s) =
L/2
Zs
sin sin ds + m(sin cos cos cos sin )
y(s) =
L/2
Zs
z(s) =
cos ds + m(sin cos )

L/2
(6.73)
86
pri tem sta in podana z enacbo 6.66, pa z enacbo 6.71. Ker okoli srednje osi
ovijamo dvojno vijacnico izkoristimo fazo F , kjer pri eni izmed vijacnic uporabimo
F = 0, pri drugi pa F = 3/8. Coyneove resitve, enacba (6.66), za razlicne vrednosti
parametra C so prikazane na sliki 6.5.
(a) C = 0.09
(b) C = 0.69
(c) C = 0.99
(d) C = 1.00
Slika 6.5 Okoli resitve Coynove enacbe za razlicne vrednosti parametra C je

ovita dvojna vijacnica DNA.
Pri Coyneovi resitvi ne upostevamo robnih pogojev, kar pa nas ne moti saj
obravnavamo dolg filament. Ker se veriga zvija in ukrivlja se projekcija filamenta na
os z skrajsa. Skrcek filamenta (b(L/2)/2) vzdolz osi z lahko izrazimo analiticno:
r
b(L/2)
Kc
L
b(L/2)
=
=2
tanh
2
2
F
2
(6.74)
V limiti neskoncnega filamenta dobimo:

r
b(L/2 )
Kc
=2
2
F
(6.75)
Celotno elasticno energijo v limiti neskoncnega filamenta potem lahko zapisemo kot:
E=
p2 L
F L + 2 F b(L/2)
C
87
(6.76)
Dodatno lahko izpeljemo kako je sila F , ki je potrebna za vzdrzevanje ravnega

filamenta odvisna od skrcka b. Tudi tokrat ugotovimo, da moramo zadostiti relaciji:
F =
p20
,
4Kc
p0 =
2C
Lk ,
L
(6.77)
kar smo ze pokazali z linearno analizo nestabilnosti. Pri premajhna sili se filament
ovije v zanko.
6.4.2
Elasti
cnost plektoneme
Mehanski odziv elasticnega filamenta lahko studiramo ekspirimentalno. V eksperimentu lahko spremljamo molekulo DNA, ki je na enem koncu vezana na trdno
podlagi, na drugem koncu pa ima pritrjeno magnetno kroglico. Z magnetnim poljem
(magnetna pinceta) lahko kroglico vrtimo in s tem obracamo tudi verigo DNA kjer
opazimo, da se razdalja med kroglico in podlago krajsa, kar je povezano z nastankom
ene ali vecih plektonem vzdolz molekule. Navadno pri poskusih vzdrzujemo konstantno silo ter gledamo dolzino molekule v odvisnosti od stevila obratov molekule, ki je
povezano s povezovalnim stevilom.
Dobljena odzivna krivulja ima znacilno obliko (hat curve) in je sestavljena
iz dveh podrocij. Pri nicelnem stevilu obratov se nahaja maksimum (molekula je
raztegnjena). Pri majhnem stevilu obratov prevladujejo termicne fluktuacije in je
odvisnost vertikalne dolzine (b) od stevila obratov (n) kvadraticna. Ko dosezemo
kriticno stevilo obratov pa razteg molekule upada linearno s stevilom obratov, kar
pomeni da se je filament zavil v plektonemo, ki jo opisemo s kotom vijacnice in
radijem R.
V tem obmocju so pomembne predvsem mehanske lastnosti molekule in filament
lahko obravnavamo v sklopu znane teorije elasticnosti hladne DNA. Z variacijskim
pristopom, kjer iscemo minimum energije filamenta katerega del je zavit v plektonemo
lahko pokazemo kako so geometrijski parametri plektoneme (supehelicni kot in radij)
povezani z dovedeno silo in navorom.
Del odzivne krivulje, ki ga lahko obravnavamo v sklopu teorije elasticnih filamentov, lahko obravnavamo celo analiticno, ce pri tem upostevamo nekatere omejitve
modela:
repi molekule so ravni
plektonemo opisemo z vijacnico
povezovalno obmocje med plektonemo in repi molekule zanemarimo
zanko plektoneme zanemarimo
88
Slika 6.6 Magnetna pinceta. Molekula je na enem koncu pritrjena na stekleno

povrsino, na drugem koncu je vezana na magnetno kroglico na katero preko
magneta delujemo s silo F in navorom M .
Molekulo DNA s parametroma ukrivljenosti in torzije obravnavamo kot

elasticen filament. Slika 6.6 prikazuje filament, ki je pod vplivom vzdolzne sile F in
zunanjega navora M .
Molekula se nahaja v dveh fazah. Za repe molekule predpostavimo, da so ravni
vendar imajo torzijo (so oviti). Plektonemsko fazo opisemo z dvema identicnima
vijacnicama. V modelu zanemarimo zanko in povezovalno obmocje med plektonemo
in repi. Z Lp oznacimo del filamenta v plektonemski fazi.
Obravnavamo filament dolzine l, ki je neraztegljiv in ima krozni presek. Os
vijacnice je dolocena z radij vektorjem r(s). Tangentni vektor na os vijacnice je
potem enak t dr/ds. Vijacnica naj poteka vzdolz osi x, tako da ima smer ex ,
medtem ko ravni repi plektoneme potekajo vzdolz osi z v smeri ez . Tangentni vektor
lahko opisemo s sfericnimi koti (s) in (s) s pomocjo skice na sliki 6.7. je kot
med tangento vijacnice in smerjo ex , pa je kot med projekcijo tangente na ravnino
yz in osjo y oziroma smernim vektorjem ey .
V ravnih repih plektoneme je filament raven in poteka v smeri ez . Tangentni
vektor v repih je enak smernemu vektorju vzdolz osi z t = ez . Ukrivljenost filamenta
v repih ( |dt/ds| je enaka 0 ((s) = 0).
V cetrtem poglavju smo ze zapisali, da je kot med lokalno tangento vijacnice
() in vektorjem, ki kaze vzdolz centralne osi vijacnice (v nasem primeru je to ex )
konstanten in ni funkcija locnega parametra s.
Posamezne komponente radij vektorja vektorja r(s) = (rx , ry , rz ) so potem:
rx (s) = s cos
ry (s) = R sin (s)
rz (s) = R cos (s),
(6.78)
kjer je kiralnost molekule, ki zavzame vrednosti bodisi 1 ali 1. Komponente

vektorja t(s) = (tx , ty , tz ) lahko zapisemo s pomocjo skice 6.7:
89
z
x
Slika 6.7 Elasticnost plektoneme. Plektonemo opisemo z dvojno vijacnico,

tako, da zanemarimo zanko. Prav tako ne upostevamo dela filamenta med
vijacnicama in ravnimi repi. 2R je razdalja med vijacnicama, t(s) je tangenta
na os krivulje. Na desni sliki sta prikazana kota , ki je kot med tangento in
osjo x in kot , ki je kot med projekcijo tangente na ravnino y z in osjo y.
tx (s) = cos
ty (s) = sin cos (s)
tz (s) = sin sin (s)
(6.79)
Lokalna tangenta na os krivulje pa je enaka tudi odvodu radij vektorja po locnem

parametru t dr/ds:
tx (s) = cos ,
ty (s) = R cos (s) 0 (s),
tz (s) = R sin (s) 0 (s),
(6.80)
kjer je 0 (s) = d(s)/ds. Iz primerjav med enacbama 6.79 in 6.80 sledi:
R cos (s)d/ds = sin cos (s)
(6.81)
in
d/ds = sin /R.
(6.82)
Ukrivljenost plektoneme je enaka:
(s) = |dt/ds| =
q
t2x + t2y + t2z = sin2 /R
(6.83)
90
Integral kvadrata ukrivljenosti vzdolz krivulje je potem [31]:

Zl
2 (s)ds =
sin4
Lp
R2
(6.84)
Torzijo povezemo s stevilom obratov molekule n, ki je povezan s povezovalnim

stevilom Lk = n. Iz CWF teorema sledi [31, 32]:
1
Lk = Tw + Wr =
2
ZL
sin 2
1
ds
Lp =
4R
2

sin 2
L
Lp ,
2R
(6.85)
kjer smo izraz za ovoj (Wr ) zapisali z enacbo 4.30.

Celotna energija take molekule je vsota elasticne energije (Eel ), potencialne
energije zaradi zunanjih sil in navorov (Eext ) in interakcijske energije obeh vijacnic v
plektonemi (Eint ):
1 sin4
1
Kc
Lp + C 2 L
2
2
R
2

sin 2Lp
= F (L Lp ) M L
2R
Eel =
Eext
Ker pravega interacijskega potenciala med verigama ne poznamo vpeljemo efektivni

radij plektoneme a, ki ga potem variiramo in dolocimo iz eksperimentalnih podatkov.
Zato interakcijska energija (Eint ) nastopa v obliki vezi Eint = (R a), kjer igra
vlogo Lagrangeovega multiplikatorja. Celotna energija E je:
E = Eel + Eext + Eint = E(, , Lp , R)
(6.86)
Mehansko ravnovesje dolocimo z variacijo spremenljivk , , Lp in R. Ob tem

izpeljemo linearno odvisnost med vertikalnim raztegom b in stevilom obratov filamenta
n, kar pri velikem stevilu obratov filamenta dejansko opazimo v eksperimentu z
magnetno pinceto.

4R
2Kc sin2
L + wlc
b = wlc 1 +
n,
cos 2
sin 2
(6.87)
kjer smo z wlc [0, 1] upostevali tudi termicne fluktuacije v ravnih repih molekule,
s cimer razlozimo zakaj je dejanski razteg nekoliko vecji kot bi pricakovali glede na
dolzino repov L Lp . Naklon premice (q), ki opisuje odvisnost b(n) v linearnem
delu eksperimentalne krivulje dolocimo kot

db
4R
q = = wlc
dn
sin 2
(6.88)
91
Poleg vertikalnega raztega b lahko izpeljemo tudi povezavo med silo F in kotom
vijacnice :

Kc
F = 2 sin4
R
1
1
+
2 cos 2

(6.89)
Pri eksperimentu ponavadi vzdrzujemo konstantno zunanjo silo F in spreminjamo

stevilo obratov. Iz linearnega dela eksperimentalnih krivulj, dolocimo naklon q in
z uporabo enacbe za F dolocimo geometrijska parametra in R. Dodatno pri
eksperimentu lahko opazimo, da razteg molekule ni simetricen glede na smer vrtenja
(levo ali desno).
Dvojna vija
cnica okoli plektoneme
Plektonemo lahko sestavimo iz dvojne vijacnice v srednjem delu in Coyneove zanke.
Obliko molekule v repih tudi opisemo z ravnim delom Coyneovih resitev. Kako dvojno
vijacnico ovijemo okoli Coyneove zanke smo opisali v prejsnjem poglavju. Preostane
nam se, da dvojno vijacnico ovijemo okoli heliksa v srednjem delu plektoneme. Kot
smo ze navajeni sledimo metodi iz petega poglavja.
Sledimo postopku iz petega poglavja in izrisemo fosfatni verigi, ki se ovijeta okoli
osi flamenta. Direktorji so med seboj ortogonalni in normirani in doloceni z enacbo
5.1. Propagacijo direktorjev vzdolz krivulje podajajo enacbe 5.2.
Pri tem izberemo kote (s), (s) in (s) kot:
(s) = s,
(s) = 0 ,
(s) = 2(s F )/D,
(6.90)
pri tem kot 0 lahko zavzame poljubno vrednost. Kot (s) tudi tokrat opisuje rotacijo
direktorja d1 okoli osi vijacnice. F je faza vijacnice. S konstanto D opisujemo kako
gosto se vijacnica ovija.
Vektor d3 = dr/ds kaze v smeri tangente t, zato radij vektor osi molekule
izracunamo z integracijo tangentnega vektorja vzdolz krivulje:
Zs
r(s) =
d3 ds
(6.91)
Fosfatni verigi (polozaj atomov fosforja oznacimo z vektorjem r0 (s)) dobimo tako, da
tocko na osi krivulje r(s) premaknemo vzdolz enega izmed preostalih dveh direktorjev
(d1 ali d2 ) za razdaljo m, ki podaja radij vijacnice, ki je navita okoli centralne osi:
r0 (s) = r(s) + md1 ,
kjer je r(s) dolocen z enacbo 6.91, d1 (s) pa z enacbo 5.3.
Plektonema okoli katere se ovijajo vijacnice so prikazane na sliki 6.8.
(6.92)
92
Slika 6.8 Plektonema z vijacnicama, ki je sestavljena iz coyneove zanke in

repov ter vijacnice v osrednjem delu molekule.
6.5
Zaklju
cek
Parametrizacija prostorske krivulje z Eulerjevimi koti ter vpeljava Cosseratovih

direktorjev, ki upostevajo tudi elasticne lastnosti snovi so temeljna matematicna
orodja s katerimi opisujemo elasticne filamente. Z aplikacijo Euler Kirchhoffove
teorije elasticnih filamentov lahko obravnavamo enacbo stanja za kratko vijacnico
DNA pri nizki temperaturi, ki je pod vplivom zunanje sile in navora. V poglavju smo
obravnavali resitve Euler-Kirchhoffovih enacb, ki opisujejo konformacije elasticnega
vlakna DNA v vodni raztopini ter jih primerjali z gibanjem simetricne vrtavke.
Elasticno in torzijsko nestabilnost filamenta obravnavamo s formalizmom variacijskega
racuna, kjer iscemo funkcijo, ki minimizira prosto energijo elasticnega filamenta, pri
tem pa povezovalno stevilo iz CWF teorema igra vlogo vezi. Elasticen filament se
pod vplivom zunanje sile zacne ukrivljati pri kriticni vrednosti sile Fc = 2 Kc /4L2 .
elasti cen filament zavijemo v zanko, se njegova konca stikata pod kotom, ki mu
Ce
pravimo Eulerjev kot, pri katerem se izkaze, da ni odvisen od dolzine verige in njenih
lastnosti, ampak je za vse filamente enak.
Tako z linearizacijo enacb gibanja, kakor tudi s celotno nelinearno analizo lahko
analiticno pokazemo, da se sprva raven in ovit filament ukrivi in tvori zanko ter
nazadnje plektonemo pri kriticni vrednosti navora podani z enacbo p2 = 4Kc F .
Obliko in nastanek zanke za primer dolgega (neskoncnega) filamenta analiticno
obravnava Coyneova resitev. Prav tako pa smo analiticno (z nekaj omejitvami)
obravnavali tudi mehanske in elasticne lastnosti plektoneme. Ena pomembnejsih
ugotovitev tovrstne analize je linerana povezava med raztegom molekule, ki je
definiran z dolzino ravnega dela filamenta (b = L Lp ) in stevilom obratov filamneta
v eksperimentu z magnetno pinceto, ki velja v podrocju velikega stevila obratov.
7
Zaklju
cek
V nalogi smo tridimenzionalne konformacije molekule DNA in njene mehanske lastnosti obravnavali v sklopu Kirchoffove teorije elasticnih filamentov. DNA smo
opisali kot elasticen filament in njeno obliko primerjali z gibanjem simetricne vrtavke. Pokazali smo kako je pretvarjanje med prostorskimi konformacijami molekule
DNA povezano s pretvarjanjem med razlicnimi oblikami deformacijske energije ter
s pretvorbami torzije v zvoj in obratno. Enacbe stanja, ki opisujejo obliko dvojne
vijacnice pod vplivom zunanjih sil in navorov smo resili s prijemi analiticne mehanike.
Tridimenzionalno obliko DNA smo potem prikazali z racunalnisko grafiko, ki temelji
na vzvratnem sledenju zarkov.
Racunalniski algoritmi za izris fotorealisticni slik vecinom temeljijo na zarkovni
optiki in geometrijskem opisu razsirjanja svetlobe skozi prostor. Opisali smo matematicno fizikalne osnove algoritma za vzvratno sledenje zarkov, ki je implementiran v
odprtokodnem programu POV Ray. Obravnavali smo sencenje, blescanje, odboj, lom
in prepustnost svetlobe. Algoritem, ki temelji na sledenju zarkov deluje rekurzivno,
kar smo, kot je to v navadi v racunalnistvu predstavili z drevesi. Bralca smo seznanili
z osnovnimi ukazi s katerimi v POV Rayu definiramo izvor svetlobe, objekte in
prikazali geometrijske transformacije, ki jih POC Ray pozna.
Predstavili smo matematicne osnove in fizikalne pojme, kot so ovoj in torzija,
s katerimi opisujemo geometrijo in obliko elasticnega filamenta. DNA smo opisali z vektorskim trirobom oziroma trojico med seboj ortogonalnih Cosseratovih
vektorjev in jih parametrizirali z z Eulerjevimi koti, njihovo spreminjanje vzdolz
molekule pa z rotacijsko matriko. Vpeljali smo povezovalno stevilo, ki je v skladu s
Calugareanu-White-Fuller (CWF) teoremom topoloska invarianta tako krozne, kakor
tudi nesklenjene molekule in predstavlja osnovo topologije DNA, ki jo upostevajo
tudi razlicni encimi in ima zato bioloski pomen.
Z aplikacijo Euler Kirchhoffove teorije elasticnih filamentov smo obravnavali
enacbo stanja za kratko vijacnico DNA pri nizki temperaturi, ki je pod vplivom
zunanje sile in navora. Elasticno in torzijsko nestabilnost filamenta smo obravnavali
s formalizmom variacijskega racuna, kjer smo poiskali funkcijo, ki minimizira prosto
energijo elasticnega filamenta, pri tem pa je povezovalno stevilo igralo vlogo vezi.
Pokazali smo, da se elasticen filament pod vplivom zunanje sile zacne ukrivljati
pri kriticni vrednosti sile Fc = 2 Kc /4L2 . Ugotovili smo, da, ce elasti cen filament
zavijemo v zanko, se njegova konca stikata pod kotom, ki mu pravimo Eulerjev kot
93
94
Zakljucek
in je topoloska invarianta.
Pokazali smo, da se sprva raven in ovit filament ukrivi in tvori zanko ter nazadnje
plektonemo pri kriticni vrednosti navora podani z enacbo p2 = 4Kc F . Obliko in
nastanek zanke za primer dolgega (neskoncnega) filamenta analiticno obravnava
Coyneova resitev. Prav tako pa smo analiticno (z nekaj omejitvami) obravnavali
tudi mehanske in elasticne lastnosti plektoneme. Ena pomembnejsih ugotovitev
tovrstne analize je linerana povezava med raztegom oziroma skrckom molekule, ki je
definiran z dolzino ravnega dela filamenta (b = L Lp ) in stevilom obratov filamneta
v eksperimentu z magnetno pinceto, ki velja v podrocju velikega stevila obratov.
Predstavili smo numericno oziroma matematicno metodo s katero lahko okoli
prostorske krivulje, ki jo parametriziramo z Eulerjivimi koti ovijemo vijacnico in
prikazali njeno uporabo na primeru enojne in dvojne vijacnice DNA, na primeru
Eulerjeve nestabilnosti, Eulerjevega kota, Coyneovih zank in plektoneme. Obliko
dvojne vijacnice, ki smo jih matematicno zapisali smo upodobili tudi v POV Rayu,
in jih predstavili tridimenzionalno.
8
Literatura
[1] R. Podgornik, Physics of DNA. FMF (2014).

[2] G. Kirchhoff, J. reine angew. Math. (Crelle) 56, 285313 (1859).
[3] H. Goldstein, Classical Mechanics. Wiley (1981).
[4] Steve Marschner Peter Shirley, Michael Ashikhmin, Fundamentals of computer
graphics. Taylor & Francis (2009).
[5] http://www.povray.org (Na spletu; dostopano 30. 11. 2014).
[6] B. Paun, Istrazivanje kaustike metodom pracenja svjetlostnih zraka i usporedba s
eksperimentom, diplomsko delo (2011).
[7] http://www-bcf.usc.edu/jbarbic/ (Na spletu; dostopano 30. 11.
2014).
[8] http://www.cs.columbia.edu/eitan/ (Na spletu; dostopano 30. 11.
2014).
[9] http://www.imdb.com/title/tt1170358/ (Na spletu; dostopano 30.
11. 2014).
[10] http://www.cs.uu.nl/docs/vakken/gr/2012-13/gr_lectures.
html (Na spletu; dostopano 30. 11. 2014).
[11] https://www.cs.unc.edu/rademach/xroads-RT/RTarticle.
[12] http://en.wikipedia.org/wiki/Emission_theory_(vision)
(Na spletu; dostopano 30. 11. 2014).
[13] http://www.teknik.uu.se/ftf/education/ftf2/Optics_
FresnelsEqns.pdf (Na spletu; dostopano 30. 11. 2014).
[14] http://en.wikipedia.org/wiki/Lambertian_reflectance
spletu; dostopano 30. 11. 2014).
95
(Na
96
Literatura
[15] B.T. Phong, Communications of ACM 18, 311317 (1975).

[16] http://xahlee.info/3d/povray-lighting.html (Na spletu; dostopano 30. 11. 2014).
[17] http://en.wikipedia.org/wiki/Snells_law (Na spletu; dostopano
30. 11. 2014).
[18] R. Podgornik in A. Vilfan, Elektromagnetno polje. DMFA-zaloznistvo (2012).
[19] Leon Kos, Distribuirani sistem za upodabljanje tridimenzionalnih objektov, diplomsko delo (1995).
[20] T. Whitted, Proceedings of the 6th annual conference on Computer graphics
and interactive techniques (1979).
[21] www.f-lohmueller.de/pov_tut/pov__eng.htm (Na spletu; dostopano
30. 11. 2014).
[22] S.S. Antman, Quart. Appl. Math. 32, 221240 (1974).
[23] A.E.H. Love, A Treatise on the Mathematical Theory of Elasticity,. Dover
Publications (1944).
[24] J.D. Watson in F.H. Crick, Nature 171, 737738 (1953).
[25] R. E. Franklin in R. G. Gosling, Nature 171, 740741 (1953).
[26] S. Neukirch in E.L. Starostin, Phys Rev E 78 (2008).
[27] http://zakopane2011.ifj.edu.pl/lectures/Dietler.pdf
spletu; dostopano 30. 11. 2014).
[28] http://mathworld.wolfram.com/JacobiEllipticFunctions.
[29] B. Fain, J. Rudnick in S. Ostlund, PRE 55 (1997).
[30] J. Coyne, EEE J. of Oceanic Engineering 15, 7283 (1990).
[31] N. Clauvelin, F. Audoly in S. Neukirch, Macromolecules 41 (2008).
[32] S. Neukirch, Physical Review Letters 93 (2004).
(Na

Magisterij Luka Curovic

Uploaded by

Document Information

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

Magisterij Luka Curovic

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

Univerza v Ljubljani

Fakulteta za matematiko in fiziko

Konformacije DNA skozi ray tracing

MENTOR: prof. dr. Rudolf Podgornik

Izjava o avtorstvu in objavi elektronske oblike zaklju

Podpisani Luka Curovi

Ljubljana, 03. 01. 2015

Zahvaljujem se mentorju, prof. dr. Rudolfu Podgorniku, da me

4.2.4 Enojna vijacnica (heliks) . . . . .

Deoksiribonukleinska kislina (DNA) je nosilka dednega zapisa in igra osrednjo vlogo

slik vecinoma opisujejo svetlobo kot elektromagnetno valovanje in je zato njihova

sencenja, fresneleove enacbe in rekurzivni algoritem za sledenje zarkov.

Slika 2.1 Pomembne zasluge za nastanek fantazijskega lika iz filmske trilogije

Sledenje svetlobnim zarkom

zanemarimo nekatere pojave, ki jih opisujemo v sklopu valovne optike, predvsem

Sledenje svetlobnim zarkom je tehnika, ki jo v racunalniski grafiki uporabljamo

Sledenje svetlobnim zarkom

Sledenje svetlobnim zarkom

raytracing). Na ta nacin se omejimo le na zarke, za katere vemo, da bodo nazadnje

zarek, ki vodi od kamere do sredisca polja. Zarek

Sledenje svetlobnim zarkom

kjer je e krajevni vektor kamere glede na izhodisce, in je s radij vektor do sredisca

Slika 2.6 Koordinatni sistem kamere [10].

kjer je d razdalja med kamero in zaslonom. u in v sta skalarja, ki pomenita oddaljenost

Sledenje svetlobnim zarkom

kjer b in t dolocata koordinate robov zaslona v navpicni smeri in l in r v horizontalni

Slika 2.7 Transformacija v koordinatni sistem kamere u, v, w [10].

V koordinatnem sistemu kamere zarke parametriziramo s parametrom :

Parameter smo tu uporabili le zato, da ne mesamo parametra (t) z baznim

V splosnem presek zarka (2.5) in implicitno podane ploskve f (p) = 0 izracunamo z

katere resitev je:

Sledenje svetlobnim zarkom

kjer so koeficienti enaki: A = d d, B = d (e rc ) in C = (e rc ) (e rc ) r2 .

Sencenje je posotpek, kjer percepcijo globine v tridimenzionalnih objektih ustvarimo

Sledenje svetlobnim zarkom

Sledenje svetlobnim zarkom

Slika 2.10 Skica preprostega modela difuznega odboja svetlobe. Sencenje je

kjer je h vektor, ki lezi na simetrali med e in l.

Sledenje svetlobnim zarkom

kjer sta ka ambientna barva povrsine in je Ia intenziteta ambientne svetlobe. Objekt,

[kd Ii max(0, n li ) + ks Ii max(0, n hi )p ] ,

kjer upostevamo prispevek N -tih izvorov svetlobe. V enacbi nastopajo: c oziroma

Sledenje svetlobnim zarkom

delez svetlobe, ki se od objekta odbije) in Ii , ki je barva i-tega vira svetlobe in ks , ki

Sledenje svetlobnim zarkom

Odboj in lom svetlobe

Zrcalni odboj svetlobe

Sledenje svetlobnim zarkom

Slika 2.14 Lom svetlobe [10].

S kvadriranjem in preureditvijo enakosti (2.16) dobimo:

Z upostevanjem trigonometricne zveze (2.17) dobimo:

Sledenje svetlobnim zarkom

od koder lahko izpeljemo:

Iz enakosti sin t / sin v = nv /nt sledi [4]:

Fresnelove enacbe [13] obravnavajo odboj in prepustnost elektromagnetnih valov

kjer sta E in D jakost in gostota elektricnega polja, H in B pa jakost in gostota

Iz Maxwellovih enacb lahko izpeljemo se valovni enacbi za elektricno in magnetno

ker je E = 0, sledi valovna enacba za elektricno polje

Sledenje svetlobnim zarkom

Analogno za magnetno polje zapisemo:

Najpreprostejse resitve enacb 2.26 in 2.27 so ravni valovi:

kar obenem pomeni k E = 0 oziroma E k. Podobno za magnetno polje velja, da

Izraz polarizacija se nanasa na smer vektorja elektricnega polja E. V splosnem

Za pravokotno polarizacijo () velja, da je celotno elektricno polje E v ravnini