Deoksiribonukleinska

kiselina (DNA)

Nukleinske kiseline

nukleinske kiseline su lanaste

makromolekule koje sudjeluju
u pohrani, prijenosu i
ekspresiji genetske upute

deoksiribonukleinska kiselina
(DNA):
spremite genetske upute

ribonukleinska kiselina (RNA):

sudjeluje kao posrednik
izmeu DNA i proteina,
konanog proizvoda njihove
ekspresije

Graevna jedinica
nukleinskih kiselina je nukleotid

duina
d
i
b
baza +
eer
= nukleozid
kl
id
nukleozid + fosfat = nukleotid

baza

baza

fosfat

eer

eer

nukleozid

nukleotid

eer u strukturi DNA je 2'-deoksiriboza

2'-deoksiriboza
H
HO

Baza

2-deoksiribonukleozid

-2O PO
3

Baza

2-deoksiribonukleotid

Purinske i pirimidinske baze u strukturi DNA

planarne, aromatske, heterociklike duine baze

adenin (A)

gvanin (G)

purinske baze

citozin (C)

timin (T)

pirimidinske baze

Duine baze u DNA preteno se nalaze u keto tautomernom obliku

Polinukleotid sadri vie od 50 nukleotidnih

podjedinica povezanih fosfodiesterskom vezom

baza1

baza2

baza3

3
5'

eer

f f
fosfat

eer

3,5-fosfodiesterska veza
Okosnica: eer fosfat

Svaki polinukleotidni lanac ima svoju polarnost

5' krajj

Pi

G
Pi

Pi

T
Pi

pAGCT

C
T

Polinukleotidni lanac p
protee se
od 53 kraju

3' kraj

Struktura molekule DNA otkrivena je 1953. godine

Francis Crick
1916-2004.

James Watson
1928-

Nobelova nagrada 1962.

Struktura molekule DNA

DNA je dvostruka uzvojnica (dupleks) sainjena od

dvije polideoksiribonukleotidne niti suprotnog smjera (antiparalelne)

Promjer 20

Veliki
utor
(~ 22 A)
Mali
utor
( 12 A))
(~

Parovi baza
hidrofobne jezgre baza
nalaze se
u unutranjosti uzvojnice

Duljina jednog
zavoja
(34 ~ 10,4 pb)

Okosnica eer-fosfat
(fosfodiester)
hidrofilna sadri negativno
nabijene fosfatne skupine
nalazi se s vanjske strane
uzvojnice

Vodikove veze izmeu polarnih skupina nukleobaza

stabiliziraju uzvojnicu

A=T
Vodikove veze povezuju
komplementarne parove
baza:
A se uvijek nalazi nasuprot T
G se uvijek nalazi nasuprot C

Purinske i pirimidinske baze

nositelji su genske upute,
koja je zapisana u
redoslijedu baza
5 ATCCGTTATAGCTAGGAT 3
eer i fosfati imaju
strukturnu ulogu

Konformacija DNA
B-DNA
hidratizirana
asimetrina (nema os
simetrije)

fleksibilna
Watson--Crickova DNA
Watson

Prijenos genske upute od DNA do proteina

Sredinja dogma ivog svijeta
DNA

Transkripcija

Replikacija

Protein

RNA
Translacija

Replikacija (umnaanje) DNA

Replikacija je sposobnost DNA da kopira

samu sebe

roditeljska
DNA

novosintetizirani
lanci DNA

Helikaza razdvaja lance u smjeru replikacije

SSB

tromi lanac

helikaza

Tromi lanac
Smjer replikacije
Vodei lanac

vodei lanac

SSB proteini:
stabiliziraju dijelove jednolanane DNA
tite od nukleaza

Vodei lanac
smjer
replikacije

Vodei lanac
roditeljski lanci

replikacijske ralje
Sintetizira se kontinuirano, jer je smjer sinteze
istovjetan smjeru odmatanja uzvojnice

Tromi lanac
smjer
replikacije

Tromi lanac
roditeljski lanci

Sintetizira se diskontinuirano, jer je smjer sinteze

suprotan smjeru odmatanja uzvojnice

DNA polimeraze
Enzimi koji kataliziraju sintezu komplementarnog lanca
DNA
(dNMP)n + dNTP (dNMP)n+1 + PPi
Potrebni su:
supstrati DNA polimeraze:
sva etiri deoksinukleozidtrifosfata (dNTP):
dATP, dTTP, dGTP, dCTP
Mg2+
poetnica (kratki lanac RNA) sa slobodnom 3-OH
skupinom
DNA kalup

Smjer sinteze 5 3

DNA polimeraza je nespecifina - prima upute s kalupa

Ugrauje nukleotide temeljem komplementarnosti baza

RNA-poetnica

RNA-poetnica
baza baza 3

baza baza 3

2Pi

DNA

Pi

Pi

Pi

K
A
L
U
P
baza baza 5

DNA

K
A
L
U
P

PPi
Pi
baza baza

10

Replikacija vodeeg lanca

Sintetizira se kontinuirano (5 3)

Jedna poetnica (primer) po

replikacijskoj ralji

primaza

DNA kalup

Sinteza poetnice (~ 10 nukleotida):

primosom: multienzimski
kompleks sastavljen od
primaze i drugih proteina

DNA
polimeraza III

DNA polimeraza III

RNA poetnica

DNA polimeraza III zapoinje

sintezu DNA na 3-kraju poetnice

RNA-lanac se hidrolizira pomou

DNA polimeraze I

primaza

novosintetizirana DNA

RNA poetnica

DNA polimeraza I

tromi
RNA
RNA
RNA
lanac poetnica primaza poetnica

Replikacija tromog lanca

Sintetizira se diskontinuirano
Okazakijevi fragmenti

vie poetnica po replikacijskoj

ralji (poetnice sintetizira
primaza)

DNA polimeraza III zapoinje

sintezu DNA na 3-kraju
poetnice

DNA-polimeraza I izrezuje
poetnicu i popunjava jazove

DNA ligaza povezuje lance

DNA polimeraza III

DNA polimeraza I

Okazakijev fragment

DNA ligaza

11

Ligaze povezuju lance DNA

Lanci DNA koje spaja DNA-ligaza

moraju biti dio dvolanane molekule
DNA
Ligaza

Izvor energije:
bakterije: NAD+
animalne stanice: ATP

Znaajno pri:
sintezi DNA - replikaciji
p
popravku
p
oteene DNA
genskoj rekombinaciji

Mutageni su tvari koje induciraju

nastanak mutacija
fiziki mutageni:
ionizirajue zraenje: X-zraenje
neionizirajue zraenje: UV zraenje
kemijski mutageni:
alkilirajua sredstva, duiasta kiselina,
hidroksilamin
interkalirajua sredstva (akridinske boje)
analozi baza (5-bromouracil, 2-aminopurin)
retrovirusi

12

UV zraenje uzrokuje kovalentno povezivanje

susjednih timinskih baza u pirimidinski dimer

UV svjetlo

Timinski dimer

timinske baze povezuju

se ciklobutanskim
prstenom

pirimidinski dimeri
naruavaju uzvojitu
strukturu DNA i vezu s
komplementarnim
bazama

Susjedne timinske baze u DNA

Izravni popravak fotoreaktivacijom

stvaranje
timinskog dimera

fotoliaza

vidljiva
svjetlost

izravni obrat kemijske reakcije

odgovorne za oteenje DNA

karakteristino za bakterije,
kvasce, mnoge biljke i ivotinje,
ali ne i za ovjeka

fotoreaktivacijski enzimi cijepaju

dimer na prvobitne baze nakon
apsorpcije plave svjetlosti

vezanje enzima
u tami

13

Transkripcija
(prepisivanje)

Ekspresija gena je nastanak funkcionalnog

produkta

Funkcionalni produkt: RNA ili protein

transkripcija

translacija
(sinteza proteina)

(sinteza RNA)
DNA

sazrijevanje

mRNA
aktivni protein
polipeptidni lanac

14

Prvi korak u ekspresiji gena - transkripcija

kalup

DNA
Transkripcija je
prepisivanje DNA
u komplementarnu
RNA

RNA

eer i duine baze u RNA

uracil (U)

adenin (A)

pirimidinske baze
citozin (C)

gvanin (G)

riboza
purinske baze
RNA sadri uracil,
za razliku od DNA koja sadri timin

15

G/A

RNA je jednolanana molekula

Pi

Pi

O P O CH2
O
O

OH

O P O CH2
O
O

okosnica
eer-fosfat

OH

O P O CH2
O
O

A
O
O P
O

baze

OH
O CH2
O

OH

za razliku od DNA,
RNA ima OH-skupinu na 2-C atomu

Transkripciju omoguava RNA polimeraza

RNA polimeraza je enzim koji katalizira
sintezu RNA
(NMP)n + NTP (NMP)n+1 + PPi
Potrebni su:
supstrati RNA polimeraze: sva etiri nukleozidtrifosfata
(NTP):
(ATP, UTP, GTP, CTP)
2
Mg2+
kalup DNA
Nije potrebna poetnica sintetizira lanac de novo

Smjer sinteze 5 3

16

Elongacija ili produljenje lanca RNA

RNA polimeraza
k l
kalup

smatanje

RNA

k di j i lanac
kodirajui
l

odmatanje

RNA-DNA hibrid

Smjer polimerizacije 53
RNA polimeraza kree se du kalup-lanca i vee
odgovarajue nukleotide po principu komplementarnosti baza (60 n/min)

Transkripcija je nesimetrina

Prepisuje se samo nekodirajui (antisens) lanac (-)

Kodirajui lanac (sense smisleni) (+)

Nekodirajui
k di j i antisens

i
llanac (
(-)
) ili kalup
k l
Novosintetizirana RNA
jednaka je kodirajuem (smislenom) lancu,
a komplementarna je kalupu

17

Genetski kod

Genetska ifra ili kod redoslijed

nukleotida u DNA (ili mRNA) koji nosi
uputu za redoslijed aminokiselina u
proteinu
otkrivena 1966.

Har Gobind Khorana

(1922.-)

p
od tri baze koja
j
Kodon skupina
odreuje jednu aminokiselinu u
proteinu

Marshall W. Nirenberg
(1922.-)

18

Translacija je prevoenje mRNA u polipeptid

5

3
mRNA
kodon

Translacija se odvija u smjeru 5 3

redoslijed AK u
polipeptidu odreen je
redoslijedom kodona u
mRNA

polipeptid
karboksilni-kraj
Sinteza proteina tee od
amino-kraja prema karboksilnom kraju

amino-kraj

Genetski kod je degeneriran, jer 64 kodona

odreuje 20 aminokiselina
Druga baza

START kodon = AUG

STOP kodoni = UAA, UAG, UGA

Met i Trp imaju po jedan kodon

XYC i XYU uvijek

znae istu aminokiselinu
XYA i XYG obino
znae istu aminokiselinu

Trea baza

Prva baza

Veina

aminokiselina ima vie

od
jednog kodona

genetski kod je gotovo

univerzalan

Degeneracija smanjuje pogubno djelovanje mutacija

19

Transportna RNA (tRNA) donosi aminokiselinu

3-OH

5 P
5

mjesto vezanja
aminokiseline
i ki li

trodimenzionalna struktura

Svaka tRNA je
specifina za
odreenu
aminokiselinu

Na 3
3-OH
OH kraj vee
aminokiselinu

antikodon
Kodone prepoznaju antikodoni pripadnih tRNA

Kodone itaju molekule transportne RNA (tRNA),

koje slue kao posrednici u sintezi proteina

polipeptid

Aminokiselina
1

Aminokiselina
2

Aminokiselina
3

tRNA
nukleinska
kiselina (mRNA)

Kodon 1

Kodon 2

Kodon 3

20

Molekule mRNA imaju signale koji oznaavaju poetak i kraj

polipeptidnog lanca za kojeg nose genetski kod

Start kodon

Stop kodon

Genska uputa u mRNA prevodi se u smjeru 5 3

21