PLANT GENOME

Genom/geno
mik
Genomik mempelajari seluruh gen dalam sebuah
organisme
Genom:
-keseluruhan DNA yang dikode dalam suatu organisme
-nukleus, mitokondria dan kloroplas
-gen-gen dan bagian2 lain diantaranya
-Karena tersedianya teknik2 molekuler: DNA sequencing,
Ekspresi gen (RNA microarray), pemetaan gen
-Karena kemajuan bioinformatika

Ukuran Genome

Amoeba 670 Gb (billion base pairs)

Humans 3 Gb
Corn 2.5 Gb
Honey Bee 1.8 Gb
Soybean 1.4 Mb (million base pairs)
Arabidopsis 135 Mb
Fruit fly 130 MB
Yeast 20 Mb
E. coli bacterium 4 Mb
Viruses 103 105 bps

Proteomics adalah studi tentang seluruh protein.

Metabolomics adalah studi tentang seluruh lintasan
metabolik

Semua area ini mencoba menelusuri/mempelajari apa yang

terjadi dalam sebuah organisme

The omes ?

AAAAAAAA
AAAAAAAA
AAAAAAAA

DNA

GENOME

RNA

TRANSCRIPTOME

AAAAAAAA
AAAAAAAA

AAAAAAAA

AAAAAAAA
AAAAAAAA

AAAAAAAA
AAAAAAAA

Interaksi yang
kompleks
pada seluruh
level

AAAAAAAA

Proteins

Metabolites ,
compounds .

PROTEOME

METABOLOME

Organisme tanaman model

Arabidiopsis thaliana
--model tanaman berbunga dan dikotil
Oryza sativa (padi)
--model monocot

Medicago truncatula
--model legum
Lycopersicon esculentum (tomat)
--model tanaman yang berbuah
Juga sebagai model: jagung, tembakau, dll.

The Arabidopsis thaliana transcriptome

Arabidopsis thaliana : plant genom pertama yang disekuens

The Arabidopsis Genome Initiative (2000). Analysis of the genome sequence of the flowering plant
Arabidopsis thaliana. Nature, 408, 796-815.

The Arabidopsis thaliana transcriptome

Genom Arabidopsis kecil dibandingkan genom tanaman lain:
Organism

# chromosomes
(ploidy)

genome size
(bp)

C-value
(pg DNA)

Arabidopsis

5 (2)

1.3 x 108

0.14

Oryza sativa

12 (2)

4.3 x 108

0.50

Triticum monococcum 7 (2)

Trillium spp. (a monocot) 5 (2)

5.7 x 109
?

protein-coding genes

~ 25,000
~ 50,000

6.23
~ 40

?
?

Goff et al., (2002). A draft sequence of the rice genome (Oryza sativa L. ssp. Japonica). Science, 296, 92-100
Yu et al., (2002). A draft sequence of the rice genome (Oryza sativa L. ssp. Indica). Science, 296, 79-92
Bennett et al., (2003). Angiosperm DNA C-values database (release 4.0, Jan. 2003) http://www.rbgkew.org.uk/cval/homepage.html
Wicker et al., (2001). Analysis of a contiguous 211 kb sequence in diploid wheat (Triticum monococcum L.) reveals multiple
mechanisms of genome evolution. The Plant Journal, 26, 307-316

C-value merupakan jumlah DNA yang dikandung dalam haploid

nucleus (di dalam gamet atau setengah dari jumlah sel somatik diploid)
dari organisme eukariot.

Penggunaan tanamanmodel
Satu keuntungan dari perbandingan genomik adalah kemampuan
untuk menggunakan informasi yang dihasilkan pada satu spesies
untuk memfasilitasi penemuan pada spesies tanaman lainnya.
Terdapat beberapa keuntungan menggunakan tanaman model:
Lebih efisien dalam menggunakan sumberdaya (financial,
material, manusia)
Kemampuan mengambil keuntungan dari aspek tertentu pada
spesies tertentu (ukuran genom yang kecil, siklus hidup yang
pendek)
Lebih komprehensif (kadang-kadang lebih baik mengerti
proses perkembangan dengan mempelajarinya secara intensif
pada satu tanaman dibandingkan hanya pada permukaan saja
pada banyak tanaman).

Model plants: Example,

Arabidopsis
thaliana, merupakan tanaman model pertama. Penelitian Arabidopsis
Arabidopsis

telah dimulai dari 1800, tetapi tahun 1980-90 menunjukkan peningkatan Arabidopsis
sebagai tanaman model dan menjadi genom tanaman pertama yang disekuens,
walaupun arabidopsis tidak memiliki nilai komersial

Keuntungan penggunaan Arabidopsis sebagai model :

Memiliki genom yang kecil: 125 Mb*
Memiliki waktu generasi yang singkat: sekitar 6
minggu
Gampang ditumbuhkan , kecil, dan menghasilkan
biji dalam jumlah banyak
Igampang dipindahkan

Image and information from The Arabidopsis Information Resource (TAIR)

http://www.arabidopsis.org/

Tanaman model :Arabidopsis

Penggunaan Arabidopsis juga memiliki kerugian,karena tidak memproduksi buah;
juga karena Arabidopsis adalah dikotil, padahal banyak makanan pokok adalah
monokotil

Arabidopsis
Arabidopsis adalah tanaman yang genomnya disekuens
pertama kali pada tahun 2000 (The Arabidopsis Genome
Initiative). Banyak penemuan informatif dihasilkan beberapa
adalah:
Terdapat lebih dari 25,000 gen lebih sedikit dari yang
diharapkan
Jumlah gene families yang absolut adalah dalam rentang
yang sama dengan organisme multiseluler lainnya
mengindikasikan bahwa tipe proteome 11,00015,000
Walaupun Arabidopsis merupakan genom sederhana,
ancestral plants, sejumlah besar duplikasi ditemukan

Tanaman Model : Padi

Karena Arabidopsis hanya berhubungan jauh dengan
tanaman yang lebih penting sebagai pensupply makanan,
maka tanaman lain yang disekuen adalah padi
Walaupun diduga 80.6% gen Arabidopsis thaliana
homolog dengan padi, hanya 49.4% dari gen padi
homolog dengan A. thaliana
Walaupun urutan gen tidak sama antara
Arabidopsis dengan padi, banyak fungsi gen yang
sama (reseptor cahaya, lintasan berbunga, respon
stress, lintasan perkembangan)
Terdapat hampir 50,000 gen pada genom padi
lebih dari manusia

(Goff et al. 2002, Rensink & Buell 2004, Yu et al.

2002)

Perbandingan genom:
Contoh dari rumput-rumputan
Gambar map 7 rumput
menunjukkan genom dapat
dibandingkan (Gale and
Devos 1998). Tiap garis radial
dimulai dari padai dan
lingkarannya akan melintasi
daerah dengan kandungan
gen yang sama
Sehingga sebuah gen pada
kromosom dari satu spesies
rumput dapat diantisipasi ada
pada lokasi yang dapat diduga

Level/tingkat konservasi urutan gen

diantara rumput-rumputan ini adalah
cukup tinggi , sehingga dapat digunakan
untuk menduga lokasi gen dari satu
spesies tanaman ke yang lainnya
Terlihat bahwa padi adalah genom
ancestral dan pengaturan komosom
terjadi selama evolusi rumput-rumputan
lainnya
Millet (R. Nelson, photo)

Alternative splicing
Alternative splicing adalah satu cara sebuah organisme dengan genom set yang
kecil menjadi sejumlah besar protein.
Selama trnaskripsi, intron dihilangkan (spliced out) yang tinggal hanya ekson (genic
sequences) untuk ditranslasikan. Dengan mengubah posisi splicing dapat
mengakibatkan set gen fungsional yang berbeda. Mekanisme ini membuat
organisme menghasilkan banyak protein.

Splice sites

DNA sequence

exon

intron

exon

intron

mRNA sequence

Same DNA sequence

with different splicing
locations
Alternative mRNA sequence

exon

intron

exon

exon

Mechanisms of genome
expansion
Terdapat mekanisme yang mengakibatkan genom organisme
membesar:
Duplikasi melalui poliploidi
Unequal recombination atau nonreciprocal translocations
Retrotransposable elements

Types of genes in the genome

Walaupun tanaman berevolusi lebih dari jutaan tahun dan sangat beragam, studi
pada padi, Arabidopsis, tomat, dan tanaman lain menunjukkan tanaman berbunga
mengandung gen dengan set yang sama (Somerville & Somerville, 1999; van der
Hoeven et al. 2002).
Gambar distribusi
gen pada tomat.
Sangat mirip
dengan persentase
gen yang
ditemukan pada
tanaman lain.

Genome organel

Mitokondria dan kloroplas

Gen extra chromosomal pola pewarisan
yang tidak biasa
Genom mitokondrial dan kloroplas adalah
sirkular

Genetic content of organelle

genomes

Mitochondria
Jumlah gen : 12-92
Gen untuk mitochondrial rRNAs, protein

komponen untuk rantai respirasi

Chloroplasts
Jumlah gen ~ 200
Mengkode untuk rRNAs, tRNAs dan ribosomal

protein dan protein terlibat untuk fotosintesis