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药 学 学 报 Ａｃｔ
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２００６，
４１（１）：
４７—５３
　

代 谢 组 学 研 究 中 数 据 处 理 新 方 法 的 应 用　

李　 晶　，吴 晓健　，刘 昌孝　 ，元英进　

（１．天 津 大 学 化 工 学 院 制药 工程 系 ，天 津 ３
０００７
２；　
２．天津药物研究 院 药物动力学与药效动力学省部共建国家重点实验室 ，天津 ３０
０１９
３）　

摘要 ：目的 探 索代谢组学研究 中数据 处理 的新方法 。方 法 本 文提 出了在代谢 组学 数据预 处理 中 ，

用 稳健　
ＰＣＡ的方 法进 行离群样 品点 的诊 断，
用变量的类内差异和类 问差 异的比较来判断非保 守性代谢组分 ，
用尺 度同一化　
的方法进行数据预处理来消除数据的尺度差异。并 以 Ａｒ
ａｂｉ
ｄｏｐｓ
ｉｓ
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ａｌｉ
ａｎａ属的 四个基因型的植株代谢组学的数据为　
例，
用 以 上 的 方 法 进 行 数据 预处 理后 再用 ＰＣＡ 的方 法 分 析 。结 果 与 结 论 研 究 表 明 这 三 种 数 据 预 处 理 方 法 的 应 用　
会 明显的改善代谢组学生物信息学分析 中聚类分析的结果和生物标志物识别的准确性及 全面性 。
　
关键词 ：代谢组学 ；离群样本点诊断 ；非保守性代谢组分 ；数据 尺度 同一 化；主成分分析法　
中 图 分 类 号 ：Ｒ９
６９．１
　 文 献标 识 码 ：Ａ　 文 章 编 号 ：０
５１３—４
８７０（
２００
６）０１—０
０４７—０７
　

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代 谢物 组学是 以代谢 物分 析 的整体 方法来 研究　 药物 的药效 和毒 性 筛选 和 评 价 研 究 、作 用 机制 研 究　

功能蛋 白如何 产生 能量 和 处理 体 内物 质 ，其 代谢 物　 和合理 治疗 用药 密切相 关 。代谢 物组 是反 应机体 状　
则 以生 化活性 直接 体 现 作 用 的结 果 ，
也 就 是 说代 谢　 况 的分 子集 合 ，
所有 对 机 体健 康 影 响 的 因 素均 可 反　
物组学 是评 价细胞 和体 液 的 内源性 和外 源代 谢物浓　 映在代 谢 物组 中 ，基 因 、环 境 、营 养 、药 物 （外 源物 ）
　
度与 功能关 系 的学科 ¨叫　。代 谢 物组 学 的 出现 ，
特　 和时 间 （年 龄 ）最 终通 过代 谢 物 组对 表 达 施加 影 响 。
　
别在药 物安 全性 研 究 中 的应 用 ，认 为该 新 兴 的学科　 代谢 物组 是评价 健康 和治 疗 的合 适 的分子 集合 。因　
分支会 对 药物安全 性研 究产 生革命 性 的影 响。它 与　 此研 究代 谢物组 学对 药物 治疗 有直 接意义 ｌ４　］。
　
代谢 组学是 定量 分析 生物 系统对 机体 反应 或基　
因改 变 所产生 的动 态 的 、
多 参 数 应答 的一项 新 发 展　
收 稿 日期 ：２００５－
０３－
２０．
　
基 金项 目：科 技部 国 家重 点 基 础 研 究 发 展 计 划 （
９７３计 划 ）资 助　 的技 术 ¨…。它可有 效 地 应 用 于 生 物 系统 的机 制 研　
项 目（２００４ＣＢ５１８
９０２）；国 家 高 技 术 研 究 发 展 计 划　 究及 生物 系统 的生 产 优 化研 究 中 ，
代 谢组 学与 代 谢　
（８６３计 划 ）资 助项 目（２
００３ＡＡ２Ｚ３４７Ｄ）．
　
‘通讯 作 者 Ｔｅｌ
：８６—２２—２３
００６８６３，Ｆａｘ：８６—２２—２３
００６８６０，
　 工程 方法 的联 合在生 物工 程 中的应用 已显 示 出巨大　
Ｅ－ｍａｉｌ：ｌ
ｉｕｃｈａｎｇｘｉａｏ＠ １６３．ｃｏｒ
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的 潜 力 ¨　 。 代 谢 组 学 通 常 以 核 磁 共 振 光 谱　
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００６，
４１（１）：
４７—５
３　

（ＮＭＲ）或 液质 联 用 （ＨＰＬＣ／ＭＺ或 ＧＣ／ＭＺ）为 测 量　 贡献 较 大的组 分 即为 非保 守性 代 谢 组 分 ，

即 使这 些　
手 段 ，获 得 的 数 据 （核 磁 共 振 图谱 、色 谱 图 或 质 谱　 组 分在 对所有 的样 本 进 行 ＰＣＡ分 析 时 在 投 影 图上　
图 ）具有 多元性 和 复 杂性 ，
很 难 直接 分 析 ，需要 采 用　 对主成 分 的贡献也 较 大 ，
则 也 不 能将 他 们 算 作 是生　
模 式识 别 （ＰＲ）的方 法 进 行 聚类 分 析 和 生 物标 志 物　 物标志 物 ＿
】
　。（３）在解 决不 同代谢 组 分之 间存 在 尺　
（ｂｉ
ｏｍａｒ
ｋｅｒ）的识 别　 。
　 度 差异 方面 ，可 以 用 尺 度 同一 化 的 方 法 包 括 ｍｅ
ａｎ－
　
在 代谢组 学数 据处 理 中 ，
主 成 分分 析 法 （ＰＣＡ）
　 ｓ
ｃａｌ
ｅ，ａｕｔ
ｏ．ｓ
ｃｌｅ，
ａ ｌｏｇ等 消 除不 同代 谢 物 尺度 差 异 的　
是一种 最常用 的无 导 师模 式 识 别 方法 ，
但 在 用 ＰＣＡ　 影响 ，
使 数 据 的尺 度 相 同¨
　”　，然 后 再 对 处理 后 的　
进行数 据分 析时通 常存 在 以下 问题 。（１）代 谢组 学　 数 据进 行分 析 。
　
数据分 析普 遍 采用 的经 典 ＰＣＡ方 法 对 离 群样 本 点　 本 文 探讨 了一 些新 的方 法 以求 解 决 上述 问题 。
　
比较敏 感 ，
离群样 本 点 的存 在 会 严重 影 响 聚 类结 果　 本文数 据处 理所 采用 的原 始 数 据是 向发表 在 Ｂｉ
ｏｉｎ．
　
和生物标 志物 的寻找 结 果　 ，然 而 在代 谢 组 学 获得　 ｆ
ｏｒｍａ
ｔｉｃ
ｓ　Ｖｏ
１．１
　
８　Ｓｕｐｐｌ
　２　２００２杂 志 上 的 Ａｐｐｌ
ｉｃａ
ｔｉｏｎ
　
的数据 中 ，由于实 验 的操 作 因素或样 本本 身 的原 因 ，
　 ｏｆ
　ｍｅｔ
ａｂｏｌ
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ｃｓ　ｔ
ｏ　ｐｌ
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ｙｐｅ　ｄｉ
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经常会 有离 群样本 点存 在 的现 象 。 （２）一 些 代 谢组　 ｓ

ｔａｔ
ｉｓ
ｔｉｃ
ｓ　ａｎｄ　
ｍａｃｈｉ
ｎｅ　ｌ
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ｒ ｎｇ的 作 者索 取 。文 中的　
分在 正常 的生理 条件 下或不 同 的个 体之 间有较 大 的　 实验 背 景 是研 究 Ａｒ
ａｂｉ
ｄｏｐｓ
ｉｓ
　ｔｈａｌ
ｉａｎａ属 植 株 的基 因　
差异 ，
这些 非保守 性 的 代谢 组 分 会 造成 同一 类 样本　 型 为 Ｃｏｌ
Ｏ的 ８个 母本 植株 、
基 因型 为 Ｃ２４的 ８个母　
在 ＰＣＡ的得分 图上距 离较 远 ， 并且 使不 同类 之 间有　 本植 株及 它们 的 杂交 子 代 Ｃｏｌ
０　 Ｃ２４的 ８个植 株 、
　
相互 的交 叉 ，
难 以达 到 正 确 的 分类 ¨　’
　 ，而 且这 些　 Ｃ２４
　 Ｃｏｌ０的 ８个植 株 的代 谢 组 学 ，
拟 通 过 代 谢 组　
组分 很 有 可 能 作 为 假 阳 性 的 生 物 标 志 物 出 现 在　 学 的研 究 找到这 些基 因型 不 同的植 株在代 谢物 方面　
ＰＣＡ分 析投 影 图中 ，使 真 正 的生 物 标 志物 在 投 影 图　 的 主要差 异 ，
并 找 到 可 以区 分 不 同基 因型 植株 的代　
中不易被 找 出　１ ５
］。 （
３）代谢 组学 的 目的是研 究 机体　 谢物 水平 上 的生物标 志物 。文 中的数 据处 理 中直接　
所有 的代 谢物 ，
而不 同代 谢物 可 能有 较 明显 的尺 度　 用 ＰＣＡ方 法 对原 始 数 据 进 行 聚 类 分 析 和 生 物标 志　
差异，
若获 得 的数 据 不消除 尺度 差 异直 接 用 ＰＣＡ的　 物 的寻找 分析 ，
结 果得 分 图显 示 的 聚类 情 况 不是 很　
方 法进 行 分析 ，
主成 分 的选 择 会 受 到 浓度 较 大 组 分　 理想 ，
类 别之 间有 明显 的交叉 ，
投影 图 中有 许 多组分　
的影响 ，
因此 聚类 分 析 结 果 和生 物 标 志物 的寻 找 结　 都有 较大 的贡 献 ，
并 且 找 到 的 生 物标 志 物 都 为浓 度　
果 主要是 浓度较 大 的组 分 决 定 的 ，
一 些浓 度 小 的 代　 相 对较 大的代 谢 组 分 。基 于这 种 情 况 ，
作 者 为 了验　
谢 组分 的影 响通 常 体 现不 出来 ，
而 这 些小 浓 度 组 分　 证 离群样 本点 的诊 断 、
非 保 守 性 代谢 组 分 的排 除 以　
往 往有很 重要 的生 物学意 义¨　 。
　 及数 据 的 比例 化处 理 对 结 果 的改 进 作 用 ，
采 用 上述　
以上所述 问题 目前在代 谢组 学相 关 的文献 中 已　 文献 中所 使用 的原 始 数 据 ，
进 行 了 如下 的尝试 性 分　
经 提 出了一些解 决 办法 。（１）在 离 群样 本 点诊 断 方　 析 。在 离 群 样 本 点 诊 断 方 面 将 稳 健 ＰＣＡ 算 法　
面，
Ｈｏｌ
ｍｅｓ等¨　提 出 离群 样本 点 诊 断 图 的方 法 ；
在　 （ＲＯＢＰＣＡ）中离群样 本点 的诊 断方 法用 于 代谢组 学　
用 经典 ＰＣＡ分 析 中 ，
可 以在得 分 图上 画 出一定 置 信　 数 据离 群样本 点 的诊 断 ，
预 示 了一些 潜 在 的离 群样　
度 的置信 椭球 ，
处在 置 信 椭球 外 的样 品 点被 认 为是　 本 点 的存 在 ，
证 明 了这种 方法 的 可行性 ；
在非 保守性　
不适合利用 Ｐ ＣＡ分析 ， 提示它们可能 为离群 样本　 代 谢组 分方 面将类 内差 异大 于类 间差 异作 为衡量非　
点　１
６
　Ｊ；
对 ＨＣＡ的 聚类 分 析方法 得 到 的树形 图观 察 ，
　 保 守性 代谢组 分 的标 准 ，
并 将 判 断 为非 保 守 性 代谢　
也 是一种 提示 哪些样 品点 为可 能的离 群样本 点 的较　 组 分 的代谢物 排 除后 再 进 行 数据 分 析 ，
结 果 聚类 分　
直 观且 简便 的方法　１
４］。 （２）在非保 守性代 谢组 分 的　 析 的结 果 和 生 物标 志 物 的 寻 找 结 果 得 到 明显 的 改　
存 在会 对分 析结果 产 生 影 响方 面 ，
在 分 类情 况 已知　 善；
在解 决不 同代 谢 物 尺度 差 异 方 面 ，用 ｍｅａ
ｎ．ｓ
ｃａ
ｌｅ　
的情况 下 ，
可 以用有 导师 的方 法进行 研究 ，
利用 已知　 的方法 对数 据进 行数 据 尺 度 同一 化 处 理 后 用 ＰＣＡ　
的分类情 况进 行特 征 代谢 物 的提 取 ，以用 特征 代 谢　 的方法 进行 分析 ，
聚类 的结 果较 为理想 ，
并且 找到 了　
物 为指标 能达 到预 期 的分 类 效 果 为 标 准 ，确 定 哪些　 一

些浓 度较 小 的组 分 在 ４类 样 品 间 有 较 明 显 的差　
是 特征代 谢 物 ，从 而排 除 了非 保 守 性 代 谢 组 分 －
　；
】 　 异，
可 能是有 生物 学意 义的 生物标 志物 ，
这与 直接对　
另 有文献 提 出 ，
对 已知分 类情 况 的每 一类 作 ＰＣＡ分　 原 始数 据进 行分 析找到 的浓度 较大 的 生物标志 物有　
析，
若 在得 分 图上 同一类 样 品分布较 为分 散 ，
则 证 明　 一

定 的互补性 ，
预 示 了对 原 数 据 和 尺度 同一化 后 的　
有 非保守 性 的代 谢组 分存在 ，
在投 影 图上 ，
对 主成分　 数 据 同时进行 分析 的重要 性 。
　
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李 晶等 ：
代 谢 组 学 研 究 中数 据 处 理 新 方 法 的应 用　 ・４９・
　

１ 离群 样本 点的诊 断　 的算法 有 寻 踪 投 影 法 （ｐｒ

ｏｊｅ
ｃｔｉ
ｏｎ　ｐｕｒ
ｓｕｉ
ｔ）和 最 小 协　
１．
１ 经 典 ＰＣＡ 方法 和 稳健 ＰＣＡ 方 法 介 绍 主成　 方差 决 定 法 （ｍｉ
ｎｉｍｕｍ　ｃｏ
ｖａｒ
ｉａｎｃｅ
　ｄｅｔｅｒ
ｍｉｎａｎｔ）。 目　
分分析 法 （ＰＣＡ）是 对多 元数据进 行 降维 的一种 主要　 前 ＲＯＢＰＣＡ是 一 种 新 发展 起 来Ｌ　的结ｎ　合 以上
Ｏ　
两
Ｏ　
种算　
Ｏ　
Ｏ　 ８　 ６ 　 ４ 　 ２ 　 Ｏ　

方法 ，
它处理 的 目的 是有 效 消 除 多信 息 共 存 中 的重　 法 的稳 健 ＰＣＡ算 法 ，
在 进 行 主成 分 分 析 的 同 时 ，还　
叠部 分 ，提 取 出 主 要 成 分 。 经 典 的 主 成 分 分 析 法　 可 以 作 出 离 群 样 本 点 诊 断 图 （ｏ
ｕｔｌ
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　ｄｉ
ａｇｎｏｓ
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ｆ
　ｃ
ｌａｓ
ｓｉｃａ
ｌ　ｐｒ
ｉｎｃ
ｉｐｌ
ｅ　ｃｏ
ｍｐｏｎｅｎｔ
　ａｎａ
ｌｙｓ
ｉｓ）经 常 被 用 于　 ｐｌ
ｏｔ）。 图中 的横 坐标 代 表样 本 距 样本 中 心 的 马 氏　
代谢组 学数 据分 析 中。算 法是根 据原 数据协 方差 矩　 距离 ，
纵 坐 标 代 表样 本 未 能 被 ＰＣＡ解 释 的残 差 ，
处　
阵 的结 构 ，
寻找 新 的原 变量 线 性 组 合 后得 到 的主 成　 于 右上角 区域 的样 本 为 强离 群 样 本 点 ，
处 于 左上 角　
分，
使沿 着主成 分 的方 向 ，
原数据 的方 差最 大 。代 谢　 和右下 角 区域 的样 本点 为弱离 群样 本点 。
　
组学 数据 的 聚类 分 析 通 常 在 ＰＣＡ分 析 得 到 的得 分　 这 种诊 断 图若应 用 于 代谢 组 学 的数 据 分析 中 ，
　
图（ｓ
ｃｏｒ
ｅ　ｐｌ
ｏｔ）中进 行 ，
生 物 标 志物 的寻 找 通 常根 据　 可 以从 生物信 息学 的角 度提示 哪些 样本 为潜 在 的离　
ＰＣＡ分析 得到 的投影 图 （１
ｏａｄｉ
ｎｇ　ｐｌ
ｏｔ）中各变 量 对 主　 群 样本 点 ，
以便进 行更 深入地 分析 和判 断 ；
若 诊断 的　
成分 贡献 的大小来 判断　 。
　 结 果经 分析得 到验证 ，
排 除离 群 样 本 点后 对 数 据 进　
然 而经典 ＰＣＡ对 数据 中的离群 样本 点 （ｏｕｔ
ｌｉ
ｅｒ）
　 行 分析 会更 好地 反映数 据 中蕴含 的生物 学 意义 。
　
较为敏 感 ，
若 数据 中有离 群样 本点 存在 ，
则前 几个 主　 １．
２ 稳健 ＰＣＡ 用 于 离 群样 本 点 的诊 断 尝 试 用　
Ｌ 　Ｌ 　１ 　１ 　 １ 　Ｏ 　 Ｏ 　 Ｏ 　Ｏ 　
Ｏ 　 ８ 　 ６ 　４ 　２ 　 Ｏ 　 ８ 　 ６ 　 ４ 　２ 　Ｏ 　
成分会 被 明显地 拉 向离 群 样 本点 ，
从 而不 能 反应 正　 ＲＯＢＰＣＡ的算 法进 行 离 群 样本 点 的诊 断 ，
所 得 的结　
常 的数 据点 间 的差异 。因此 当数据 中有 离群 样本点　 果如 图 １所 示 ，由图中可 以看 出 Ｃｏｌ
０基 因型 的 ８个　
存在 时 ，
用 经典 ＰＣＡ进 行数 据 降维 分析 得 到 的结 果　 植株 中有 １个 强 离 群 样 本点 ，为 ２号样 品 ；Ｃ２４基　
是不 可信 的 。稳 健 ＰＣＡ算 法 的 目的是 找 到 不 受 离　 因型的 ８个植 株 中不 存 在 较强 的离 群 样本 点 ，
但 存　
群样 本点 影响 的主 成 分 ，
从 而对 离 群样 本 点 存 在 的　 在 ２个 弱离 群 样 本 点 ，
为 该 基 因 型样 品的 １号 和 ２　
数据 进行 分析 时 ，
也 能 得 到 准确 的结 果 。稳 健 ＰＣＡ　 号 ，对 应 原 数 据 矩 阵 的 ９号 和 １０号 样 本 ；
Ｃｏｌ
０　

ＲＯＢＩ
Ｎ２Ａ ｏｕｔ
ｌｉｅ
ｒ　ｄｉ
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ｔ ｏｔｆ
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ｈｅ ｆ
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ｔｄａｓｓＣｏｌ
Ｏ　 ＲＯＢＩ
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ｈｅ　
ｓｅｃｏｎｄ　
ｃｌａｓ
ｓＣ ２４
　

ｏ ２　 ｏ ２　

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０　 。　

ｏ　 ７
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５Ｏ・
　 药学 学 报 Ａｃｔ
ａ　Ｐｈａ
ｒｍａｃｅｕｔ
ｉｃａ　
Ｓｉｎｉ
ｃａ　
２００６，
４１（１）：
４７—５３　

Ｃ２４的杂交 子 代 的 ８个 植 株 中 １号 为 强 离 群 样 本　 义 的生物 学现 象 出现 ，
使 代 谢组 的情 况 发 生 明显 的　
点 ，对应 于原 数据矩 阵 的 １
７号样 本 ；Ｃ２４　 Ｃｏｌ
０的　 变化 ，
这 时要在 所取 得 的实验 点作重 复试验 ，
并 在该　
杂交 子代 的 ８个 植株 中没有 强离 群样本 点 ，
１号 和 ２　 实 验点 附近 的实验 条 件 下 补数 据 ，
再 进 一 步深 入 地　
号 为弱离 群样 本 点 ，对应 于 原 数 据 矩 阵 的 ２５和 ２６
　 研究。
　
号 样本 。
　 ２ 非保 守性代 谢组 分 的排除　
经 过上述 的方 法 判 断 ，将一 些 样 本 点判 断 为 可　 本 文将类 内差异 大 于类 间差异 的组 分定义 为非　
能 的离群 样本 点 。但 以上 的方 法 为统 计 学 的方 法 ，
　 保 守性代 谢 组 分 。组 分 的 类 内差 异 用 标 准 差 来 衡　
判 断的 准确程 度有 一 定 的概 率 问题 ，尤 其是 在 小 样　 量，
组分 的类 间差异 用 每 组 数 据 的均 值 的标 准差 衡　
本量 数据 的情 况下 误 判 的概 率 会 更大 ；而且 某 种 情　 量 。寻找非 保 守性 代 谢 组 分 是 用 ｍａｔ
ｌａｂ软 件 编 程　
况 下离 群样本 点 中可能会 蕴含着 更重 要 的生物学 意　 进 行 的。从原 始 的数据矩 阵 中排 除找到 的非保 守性　
义 。因此需要 对这些 可能 的离群 样本 点作进 一步 深　 代谢 组分 再用 ＰＣＡ进行 分析 ，
与原 始 数据 直接 ＰＣＡ　
入 的考察 。首 先对 数据 来 源 的 图谱 （质 谱 图或 核 磁　 分 析作 比较 ，
所 得 到 的结 果 如 下 。 由 图 ２的 聚类 结　
图 ）进行 观察 ，
与其 他 的 图谱 进行 对 照 ，观察 是 否 有　 果 可 以看 出排 除非 保 守 性 代谢 组 分 后 ，
聚 类结 果 可　
异 常的谱 峰存 在 ，
若证 实 在测量 中存 在 问题 ，
根据 实　 以达到 明显 的改善 ，
前两 个 主成 分 ＰＣ１和 ＰＣ２上可　
际情 况 补实验 点或直 接将 已确定 为离 群样 本点 的实　 将 两个母 本 Ｃｏｌ
０与 Ｃ２４分 开 ，
并且 可将 两个 母 本与　
验 点排 除再进 行分 析 ；
若 排 除 是测 量 仪 器造 成 的误　 子代Ｃｏｌ
０　 Ｃ２
４和Ｃ２４
　 Ｃｏｌ
０分开 ；
第 三 主成分 ＰＣ３上　
差，
则 可能是生 物体 本 身 存 在 的原 因或 有新 的有 意　 可 将两个 子代 基本 分离 ，
虽然 没有达 到完 全 的分离 ，
　
Ｓｃａｒ
ｅ　ｐｌ
ｏｔ　
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　 ＰＣ２；ｂ：ＰＣ１
　 ＰＣ３． ・：Ｒｅｐｒ
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ｙｐｅ； ＋ ：Ｒｅｐｒ
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Ｃ２４　ｇｅｎｏｔ
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　Ｃｏｌ０　 Ｃ２４　ｇｅｎｏｔ
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Ｒｅｐｒｅｓｅｎｔ
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：Ｃｏｌ０　ｇｅｎｏｔ
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ＰＣｌ
　

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＋ ：Ｒｅｐｒ
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ｙｐｅ； △ ：Ｒｅｐｒ
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０　ｇｅｎｏｔ
ｙｐｅ　
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李　 品等 ：
代 谢 组 学研 究 中数 据 处 理 新 方 法 的应 用　

但 已经 比原有 的不经 排除 非保 守性代 谢组 分直接 用　 样 品之 间 的差 异 ；

而在 未 排 除 非保 守 性 代谢 组 分 之　
ＰＣＡ分析得 到了明显的改善 （图 ３），
并且 分离 的正确　 前 。由图 ５可 以看 出 ，
许 多 组 分 在 ＰＣ１，
ＰＣ２，
ＰＣ３都　
率 与原 文献用 前馈 型神经 网络所 得 的结果 一致 ¨　。
　 有 较大 的贡献 ，因此很 难 找 出几个 作 为有 效 的 生物　
在 ＰＣＡ分析 得 到 的得 分 图上 能 达 到 正 确 的分　 标 志物来 解释 ４类 的差异 。
　
类 的基 础上 ，
生物标 志物 的识别 变得 更容 易 ，
并 且避　 ３ 不 同代谢 物 的浓度存 在 尺度差 异的解 决 办法　
免 了假 阳性生 物标 志物 的 出现 。在 排除非 保守性 代　 作 者 对 排 除 非 保 守 性 代 谢 组 分 的 数 据 经 过　
谢 组分 后 ，由 图 ４可 以看 出 ，２３，
３８，
６１，
６５，
６６，１
９９　 ｍｅ
ａｎ．
ｓｃａ
ｌｅ方法 预处 理后 。
再用 ＰＣＡ方法 进行 分析 ，
　
号组 分 对 ＰＣ１，
ＰＣ２，
ＰＣ３构 成 了大 部分 的 贡献 ，
选 出　 所 得 的结 果如 图 ６。图 ７。由 ｓ
ｃｏｒ
ｅ图 （图 ６）可 以看　
它们做 生物标 志物 进一 步分 析可 以有效地 解释 ４类　 出在第 一 主成分 ＰＣ１上 可将 １，
２类与 ３，
４类分开 ；
　
Ｌｏ
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６　
　
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６　 ６　

ＰＣｌ　

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ｅｄ　ａｎｄ　ｕｎｓｔ
ｂｌ
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　 ＰＣ２：ｂ：ＰＣ１
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Ｃ２４　 Ｃｏｌ０　ｇｅｎｏｔ
ｙｐｅ　
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药学学报 Ａｃ
ｔａ　
Ｐｈａ
ｒｍａ
ｃｅｕ
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ａ　Ｓ
ｉｎｉ
ｃａ　
２００６，
４１（１
）：４
７—５３
　

Ｌｏａｄｉ
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　 ●　

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０．２５．０．
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　０．１５　０．
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ＰＣ１　

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ｇｕｒｅ　７　 Ｌｏａｄｉ
ｎｇ　ｐｌ
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ｅ　ｖａｒ
ｉａｂｌ
ｅｓ　ｅｘｃｌ
ｕｄｅｄ　ｄａｔ
ａ．ａ：ＰＣ　
１　 ＰＣ２：ｂ：ＰＣ　
１　 ＰＣ３　

在第二 主成 分 ＰＣ２上 可将 １和 ２类 分开 ；
在 第 三主　 ｌ　 ｆｅｒｅｎｃｅｓ　

成 分 ＰＣ３上可在 一定 程度上 将 ３和 ４类 分开 ，而且　 ［１］ Ｎｉ

ｃｈｏ
ｌｓｏ
ｎ　Ｊ
Ｋ，Ｌｎ
ｄｏｎ
　ＪＣ，Ｈｏ
ｌｍｅ
ｓ　Ｅ．“Ｍｅ
ｔａｂｏ
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ｃｓ”：
　
ｕｎｄｅｒ
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ｅｓｐｏｎｓ
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ｏｆ　
ｌｉｖ
ｉｎｇ　
ｓｙｓｔ
ｅｍｓ
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分 离 的效果 比不经 过预处 理 的结 果 （图 ２）要 明显 。
　
ｐａｔ
ｈｏｐｈｙｓ
ｉｏｌ
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ｃａｌ
　 ｓ
ｔｉｍｕｌ
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ｓｔｉ
ｃａｌ
　
由ｌ
ｏａｄｉ
ｎｇ图 （图 ７）看 出 ，虽然 不 能像 在 原 始数　
ａ
ｎａｌ
ｙｓｉ
ｓ　ｏ
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ｉｏｌ
ｏｇｉ
ｃａｌ
　ＮＭＲ　ｓ
ｐｅｃ
ｔｒｏ
ｓｃｏｐ
ｉｃ　ｄａ
ｔａ ［Ｊ］．
　
据 排 除非保 守 性 代 谢 组 分 不 经 过 任 何 预 处 理 进 行　 Ｘｅｎｏｂｉ
ｏｔｉ
ｃａ．１９９９ 。
２９：
ｌ１８１ 一 ｌ１８９．
　

ＰＣＡ分析 得到 的 ｌ
ｏａｄｉ
ｎｇ图那样 ，
可 以由几个 组 分对　 ［
２］Ｌｉ
ｎｄｏ
ｎ　Ｊ
Ｃ，　 Ｎｉ
ｃｈｏ
ｌｓｏ
ｎ　Ｊ
Ｋ， Ｈｏ
ｌｍｅｓ
　 Ｅ。
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．
　
Ｃｏｎｔ
ｅｍｐｏｒ
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　 ｉ
ｎ　 ｔ
ｏｘｉ
ｃｏｌ
ｏｇｙ
　 ｔ
ｈｅ　 ｒ
ｏｌｅ　 ｏ
ｆ　
ＰＣ１，
ＰＣ２，
ＰＣ３构 成大 部分 贡献 ，
但是 １
２９，
２１４，
３８９，
　
ｍｅ
ｔａｂｏｎｏｍ ｉ
ｃｓ　ｉ
ｎ　ｔ
ｏｘｉ
ｃｏｌ
ｏｇｙ　ａｎｄ　 ｉ
ｔｓ　 ｅｖａ
ｌｕａｔ
ｉｏｎ　ｂｙ　ｔ
ｈｅ　
４２０号组分 都在 ＰＣ１，ＰＣ３上 有 相对 比较 大 的 贡献 ，
　 ＣＯＭＥ
Ｔ　ｐ
ｒｏｊ
ｅｃｔ［Ｊ］．Ｔｏ
ｘｉｃ
ｏｌ　Ａｐ
ｐｌ　Ｐｈ
ａｒｍａ
ｃｏｌ
，２０
０３，
　
１
３９号组分 在 ＰＣ２上 有 相 对 比较 大 的 贡献 ，而且 这　 １
８７：
１３７ —１４６．
　

些组分 都是 浓度 较小 的组 分 ，
说 明经过 ｓ
ｃａｌ
ｅ方 法找　 ［
３］Ｌｉ
ｕ　ＣＸ， Ｌｉ
　 Ｃ， Ｌｉｎ　 ＤＨ， ｅｔ
　ａ１． Ｓｉ
ｇｎｉ
ｆｉ
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ｅ　ｏｆ
　
ｍｅｔ
ａｂｏ
ｎｏｍｉ
ｃｓ　ｉ
ｎ　ｄ
ｒｕｇ
　ｄｉｓｃｏ
ｖｅｙ　ａ
ｒ ｎｄ　ｄｅ
ｖｅｌ
ｏｐｍｅｎｔ［Ｊ］．
　
到 的 ｂｉ
ｏｍａ
ｒｋｅ
ｒ多是浓 度较小 的组 分 ，
这些组 分 也不　
Ａｓｉ
ａｎ　
Ｊ　Ｄｒ
ｕ ｇ　Ｍｅｔ
ａｂ　Ｐｈａｒ
ｍａｃｏｋｉ
ｎｅｔ
，２００４，
４：８７—９６．
　
能忽 略 ，
应 仔细分 析 其 浓度 在 组 与组 之 间变 化 的特　 ［
４］ Ｌｉｕ　
ＣＸ．Ａｐｐ ｌｉ
ｃａｔ
ｉｏｎ
　ｏｆ
　ｍｅｔａｂｏｎｏ
ｍｉｃ
ｓ　ｉ
ｎ　ｄｕｇ
ｒ 　ｄｉｓ
ｃｏｖｅｒ
ｙ　
点，判 断这 些小浓 度组 分是 否为 噪音 ，以确定 它们是　 ａｎｄ　
ｄｅｖｅｌ
ｏｐｍｅｎｔ［Ｍ］／ ／Ｈｅ 　ＦＣ．Ｐｏｓｔ
－ｇｅ
ｎｅ －
ｔｉｍｅ：Ｄｒｕｇ　
否 为有 意 义 的生 物标 志物 。
　 Ｄｉａｓ
ｃｏｖｅｒ
ｙ． Ｂｅｉ
ｊｉ
ｎｇ： Ｍｉｌ
ｉｔ
ａｒｙ　Ｍｅｄｉ
ｃａｌ
　Ｓｃｉｅｎｃｅ　Ｐｒｅｓ
ｓ，　
２００４：１
７ — ２０．
　
４ 结论　
［
５］Ｎｉ
ｃｈｏ
ｌｓｏ
ｎ　Ｊ
Ｋ，　 Ｃｏ
ｎｎｅ
ｌｌｙ
　Ｊ， Ｌ
ｉｎｄｏ
ｎ　Ｊ
Ｃ。　 ｅｔ
　ａ１．
　
稳健 ＰＣＡ算 法 （ＲＯＢＰＣＡ）适 合 于 代 谢 组 学 数　 Ｍｅ
ｔａｂｏｎｏｍｉ
ｃｓ：ａ　ｐｌ
ａｔｆ
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ｏｒ　ｓ
ｔｕｄｙｉ
ｎｇ　ｄｒ
ｕ ｇ　ｔ
ｏｘｉ
ｃｉｔ
ｙ　ａ
ｎｄ　

据分 析 中离群样 本点 的诊 断 。诊 断结 果从生 物信 息　 ｇ
ｅｎｅ
　ｆｕｎ
ｃｔｉ
ｏｎ［Ｊ
］．Ｎａ
ｔ　Ｒｅ
ｖ　Ｄｒ
ｕｇ　
Ｄｉｓ
ｃｏｖ，２
００２，
ｌ：１
５３一　
ｌ６１．
　
学 的角度 预示 的潜在 的离群 样本 点有 待于进 一步 深　
［
６］Ｐｕ
ｍｂ　ＲＳ， Ｓｔ
ｕｍｐ
ｆ　ＣＬ， Ｇｏ
ｒｅｎ
ｓｔｅ
ｉｎ　ＭＶ。 ｅ
ｔ　ａ
１．
　
入地 分析 和判 断 。
　 Ｍｅ
ｔａｂｏｎｏｍｉ
ｃｓ：ｔ
ｈｅ　ｕｓｅ
　ｏｆ
　ｅｌ
ｅｃｔ
ｏ ｓｐｒ
ｒ ｙ　ｍ ａ
ｓｓ　ｓｐｅｃｔ
ｒｏｍｅｔ
ｙ　
ｒ
非保 守性代 谢组 分在许 多代 谢组学 的研 究 中存　 ｃ
ｏｕｐｌ
ｅｄ　ｔ
ｏ　ｒ
ｅｖｅｓｅ
ｄ－ｐｈａｓ
ｅ　ｌ
ｉｑｕｉ
ｄ　ｃｈｒ
ｏｍ ａｔ
ｏｇｒａ
ｐｈｙ　ｓ
ｈｏｗ　ａ　

在，
在样本 的分类 情 况基本 清楚 的情 况下 ，
以类 内差　 ｐｏｔ
ｅｎｔ
ｉａｌ
　ｆｏｒ
　ｔｈｅ
　 ｓｃ
ｒｅｅｎｉ
ｎｇ　 ｏ
ｆ　ｒ
ａｔ　 ｕｒ
ｉｎｅ
　 ｉ
ｎ　 ｄｒ
ｕ ｇ　

异 大于类 间差异 为标 准进 行非保 守性 代谢组 分 的判　 ｄ

ｅｖｅ
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ｔ［Ｊ］．Ｒａ
ｐｉｄ
　Ｃｏ
ｍｍｕ
ｎ　Ｍａ
ｓｓ　
Ｓｐｅ
ｃｔｒ
ｏｍ，２
００２，
　
１６：
１９９１ — １
９９６．
　
断是 一种 可行 的办 法 ，
将 判 断 为非 保 守性 代 谢 组 分　
［
７］Ｐｌ
ｕｍｂ
　ＲＳ，Ｓ
ｔｕｍｐ
ｆ　ＣＬ，Ｇｒ
ａｎｇ
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ＪＨ，ｅ
ｔ　ａ
１．Ｕｓ
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ｆ　ｌ
ｉｑｕｉ
ｄ　
的变 量从 整体数 据 中排 除 后再进 行后续 的模 式识 别　 ｃｈｒ
ｏｍａｔ
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ｒ ａｐｈｙ
／ｔｉ
ｍｅ・
・
ｏｆ・
・
ｌｉ
ｆ ｇｈｔ
　 ｍａｓ
ｓ　 ｓ
ｐｅｃｔ
ｏ ｍｅｔ
ｒ ｙ　 ａ
ｒ ｎ ｄ　

分析、
聚 类分析结 果 和生物 标志物 的识 别 ，
结 果会得　 ｍｕｌ
ｔｉｖ
ａｒｉ
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ａｔｉ
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ｃａｌ
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ｓ　ｓｈｏｗｓ
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ｏｍｉ
ｓｅ　ｆ
ｏｒ　ｔ
ｈｅ　

到 改进 。
　 ｄ
ｅｔｅ
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ｏｆ　ｄ
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ｒ 　ｍｅ
ｔａｂｏ
ｌｉｔ
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ｎ　ｂ
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ｃｌ　ｆ
ａ ｌｕｉ
ｄｓ［Ｊ］．
　
Ｒａｐｉ
ｄ　Ｃｏｍｍ ｕｎ　
Ｍ ａｓｓ
　Ｓｐｅｃｔ
ｒｏｍ ，２００３，１
７：２６３２ —２６３８．
　
代谢 组学数 据按 照一 定 的 比例化 方法进 行 尺度　
［
８］ Ｌｉ
ｎｄｏｎ　
ＪＣ，Ｈｏｌｍｅｓ　
Ｅ，Ｎｉ ｃ
ｈｏｌ
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ＪＫ．Ｓｏ
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李 品等 ：
代谢组学研究 中数据处理新方法的应用　 ・５
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中国药 学会 百年庆 典史 料征 集 函　

２００７年是 中国药学会成立 １ ００周年 ，为庆祝 学会百年， 经学会常务理事会研 究决定， 届 时我会　

将编 纂 出版 《中国 药学会 百年 史》及 出版 ＶＣＤ及 纪 念 画册 等 ，目的在 于 回顾 学 会 历 史 ，
展 望未来， 　
以促 进我 国的 药学事 业取得 更 大的成就 。在 此 ，特 向全 国药 学相 关人 士 公 开征 集 有 关本 会及 各 专　
业委 员会 、各地 分会 的开展 学术 活动及 组 织活动 的 历 史资料 ，包括 建 国前 几十 年 的 相 关资料 ，文 字　
报道 、摄影 图片及 实物 等 。 同时也收 集近 百年 来与 药 学相 关的 教 育 、
科 研 、生产 、企 业 、临床 药 学及　
质量 管理 和检 验 等 专业和 单位 纪念性 的综合 历 史资料 ，恳望得 到 各位 与 本 会有 过 直接 或 间接 往 来　
的各 位 同行 前 辈 、专家或其 家属 、亲属 ，
给 予 大力地 协 助与 支持 ，亦烦请 知情 者代转 告之 。
　
联 系地 址 ：北 京 市北礼 士路 甲 ３８号 中国药学会 组织 工作部　 邮编 ：１
００８１０
　
联 系 人 ：张 茳、黄石 麟　 电子信 箱 ：ｃ
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