ACD/ChemSketch

Microsoft Windows iin Srm 5.0

Kullanm Klavuzu

Kimyasal Yaplarn ve Resimlerin Oluturulmas

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

Advanced Chemistry Development Inc.

Telif Hakk 1994-2001 Advanced Chemistry Development Inc. Her hakk sakldr.

ACD/Labs Advanced Chemistry Development Inc.in tescilli markasdr. Microsoft tescil edilmi bir ad olup Windows Microsoft Corporationa ait tescilli bir markadr. PDF, Acrobat ve Portable Document Formats ve ilgili veri yaplar ile operatrler Adobe Corporationun olup her hakk sakldr. IBM International Business Machines Corporationun tescil edilmi markasdr. Bu Elkitabnda bahsedilen btn dier tescilli adlarn sahiplii ilgili kiilere aittir. Btn tescilli markalar onaylanmtr.
Bu belgedeki bilgi nceden haber verilmeksizin deitirilebilir ve hibir garanti sz konusu olmadan, olduu gibi sunulmutur. Advanced Chemistry Development Inc. bu malzeme ile ilgili, zel bir ama iin uygunluk ve ima edilen garantiler ile snrl olmayp bunlar ierecek ekilde hibir surette garanti vermemektedir. Advanced Chemistry Development Inc. bu malzemenin kullanlmasyla balantl olarak ortaya kabilecek olan her trl dorudan, dolayl, zel, tesadfi veya sonuta kabilecek olan zararlar iin veya bu malzemede bulunabilecek hatalardan tr sorumlu tutulamaz.

Blm numaras: G10_0308 Bu eviri stanbul Teknik niversitesi Kimya Blm Doktora rencisi Barbaros Akkurt tarafndan hazrlanmtr.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

ii

indekiler
Giri............................................................................................................................. 7 1.1 ACD/ChemSketch Nedir?................................................................................... 7 1.2 lave Birimler ...................................................................................................... 7 1.3 5.0 Srmndeki Yenilikler................................................................................ 8 1.3.1 Genel ACD/Labs levleri........................................................................... 8 1.3.2 ChemSketche zel levler ....................................................................... 9 1.4 4.5 Srmndeki Yenilikler................................................................................ 9 1.5 Bu Klavuz Hakknda........................................................................................ 11 1.6 Faydal Tanmlamalar ....................................................................................... 11 1.7 Gsteri Srmleri.............................................................................................. 12 1.8 Bedava Srm................................................................................................... 12 1.9 Daha Fazla Bilgi in .................................................................................... 13 1.9.1 Web Sitesi ................................................................................................. 13 1.9.2 Bize Ulamak in..................................................................................... 13 1.9.3 evrimii Gncellemeler5.0 in Yeni!................................................ 13 2. ACD/ChemSketchin Temelleri................................................................................ 14 2.1 Amalar............................................................................................................. 14 2.2 ACD/ChemSketchnin Balatlmas ................................................................. 14 2.3 Dosya likilendirme Ayarlar5.0 in Yeni! ................................................ 15 2.3.1 Dosya likilendirmenin Deitirilmesi .................................................... 15 2.4 Varsaylan Dizinlerin Deitirilmesi ................................................................ 15 2.5 Yap (Structure) ve izim (Draw) Kipleri ........................................................ 16 2.5.1 Yap Kipi Ekran Dzeni............................................................................ 17 2.5.2 izim Kipi Ekran Dzeni.......................................................................... 18 2.6 ChemSketchten k ...................................................................................... 18 3. Basit Yaplarn izilmesi.......................................................................................... 20 3.1 Amalar............................................................................................................. 20 3.2 Atomlarn, Balarn ve Etiketlerin Eklenmesi.................................................. 20 3.2.1 Normal izim Aracnn Kullanlmas....................................................... 20 3.2.2 ift ve l Balar ................................................................................... 21 3.2.3 Atomlar Teker Teker Silme ..................................................................... 21 3.2.4 Geri Al Komutu ........................................................................................ 21 3.2.5 Atom Deitirme....................................................................................... 21 3.2.6 Srekli izim Aracnn Kullanlmas........................................................ 22 3.2.7 Fareyle Srkleme .................................................................................... 23 3.2.8 Yapnn Dzeltilmesi............................................................................. 23 3.2.9 Stereo, Koordine and Belirsiz Ba Aralarnn Kullanm ....................... 23 3.2.10 Atom Etiketlerinin Dzenlenmesi............................................................. 24 3.2.11 Zincir izme Arac ................................................................................... 24 3.3 Yaplarn evrilmesi......................................................................................... 25 3.4 Seme, Dndrme ve 3D Dndrme ................................................................ 27 3.5 k .................................................................................................................. 27 3.5.1 ChemSketch (SK2) Dosyasnn Kaydedilmesi ......................................... 27 3.5.2 Bir Yapy MDL Molfile Biiminde Kaydetme........................................ 28 1.

3.5.3 Yazdrma................................................................................................... 28 3.5.4 Yapnn Bir Belgeye Aktarlmas.............................................................. 29 3.6 Ekrann Temizlenmesi ...................................................................................... 29 4. ACD/I-Laba Balarken ............................................................................................ 30 4.1 Amalar............................................................................................................. 30 4.2 Genel Bak....................................................................................................... 30 4.3 Balant Seenekleri ......................................................................................... 31 4.4 Misafir Eriimi .................................................................................................. 32 4.5 Hesaplamalarn Yaplmas ................................................................................ 32 4.6 Gsteri zinleri .................................................................................................. 34 4.6.1 Gsteri znini Elde Etme........................................................................... 35 4.7 Kayt.................................................................................................................. 35 4.8 I-Lab Hesabnz Aktifletirme ......................................................................... 37 4.9 Oturum Ama.................................................................................................... 37 5. Daha Karmak Yaplarn izilmesi ......................................................................... 38 5.1 Amalar............................................................................................................. 38 5.2 Radikal Tablosunun Kullanm........................................................................ 38 5.3 Halkal Yaplarn Kullanlmas ......................................................................... 39 5.4 Atomlarn ve Ksmlarn Silinmesi ................................................................... 40 5.4.1 Birok Atomu Ayn Anda Silme............................................................... 40 5.5 Atomlarn Bakas ile Deitirilmesi ................................................................ 40 5.6 ift ve l Balar Oluturma ........................................................................ 41 5.7 Ykleri Ayarlama ve Anyon-Katyonlar Tanmlama ....................................... 41 5.8 Atom zelliklerinin Deitirilmesi................................................................... 43 6. leri Yaplar, SMILES Gsterimi ve Reaksiyon emalar........................................ 44 6.1 Amalar............................................................................................................. 44 6.2 2D En iyiletirme .............................................................................................. 44 6.2.1 Halkal Alkan Yapsnn Oluturulmas.................................................... 44 6.2.2 Halkal bir Peptid Yapsnn Oluturulmas.............................................. 45 6.3 SMILES Gsterimi- 5.0 iin yeni!.................................................................... 46 6.3.1 SMILES Gsterimi ................................................................................... 46 6.3.2 SMILES Gsteriminden Yaplarn Oluturulmas.................................... 47 6.4 3D En yiletirme.............................................................................................. 48 6.4.1 Bisiklo[2.2.2]oktan Yapsnn Oluturulmas ........................................... 49 6.4.2 Triptisen Yapsnn Oluturulmas............................................................ 50 6.4.3 Kuban Yapsnn Oluturulmas................................................................ 51 6.4.4 Dodekahedran Yapsnn Oluturulmas ([5]Fulleren-C20)....................... 52 6.5 Bir Reaksiyon emasnn izilmesi.................................................................. 54 7. leri izim: ablonlar................................................................................................ 56 7.1 Amalar............................................................................................................. 56 7.2 Genel Bak....................................................................................................... 56 7.3 Radikal Tablosu ................................................................................................ 56 7.3.1 Fluoresamin Yapsnn Oluturulmas ...................................................... 57 7.4 Annda ablon Arac......................................................................................... 58 7.4.1 Halkal bir Oligomer Yapsnn Oluturulmas......................................... 59 7.5 ablon Penceresi ............................................................................................... 60

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

7.5.1 Bir DNA Molekl Parasnn Oluturulmas.......................................... 60 7.6 Karmak Biyomolekllerin izilmesi ............................................................. 62 7.6.1 -Maltoz Yapsnn Oluturulmas ........................................................... 62 7.7 Bir Kullanc ablonunun Tanmlanmas.......................................................... 65 7.7.1 ablon Penceresi Dzenleyici................................................................... 65 7.7.2 Template.cfg Dosyas ............................................................................... 66 7.7.3 Mevcut ablonlar ...................................................................................... 66 8. Grafik Nesnelerinin Oluturulmas ........................................................................... 71 8.1 Amalar............................................................................................................. 71 8.2 Reaksiyon Enerjisi Diyagramnn izilmesi..................................................... 71 8.2.1 Bir Erinin izilmesi ................................................................................ 72 8.2.2 Bir Erinin Dzenlenmesi......................................................................... 73 8.2.3 X ve Y eksenlerinin izilmesi .................................................................. 74 8.3 Farkl Trlerden Orbitallerin izilmesi ............................................................ 75 8.3.1 p-Orbitalinin izilmesi ............................................................................. 75 8.3.2 d-Orbitalinin izilmesi ............................................................................. 76 8.3.3 Pi-tipi bir orbitalin izilmesi ..................................................................... 77 8.4 Vakum Destilasyon Cihaznn izilmesi .......................................................... 77 8.4.1 Bir Diyagrama Aklama Eklenmesi ........................................................ 80 8.5 ki Zincirli DNA Sarmalnn izilmesi............................................................. 82 8.6 Lipidlerin ve Misellerin izilmesi .................................................................... 86 8.6.1 Lipidin izilmesi ...................................................................................... 86 8.7 Bir Posterin Oluturulmas................................................................................ 88 8.8 Adobe PDFye Dntrme - 5.0 iin Yeni! .................................................... 89 9. Yap Kipinde Biemlerle alma ............................................................................ 90 9.1 Amalar............................................................................................................. 90 9.2 Yaplarn Bieminin Deitirilmesi .................................................................. 90 9.2.1 Bir Dergi Bieminin Uygulanmas ........................................................... 91 9.2.2 Yayna Hazrlama ..................................................................................... 92 9.3 Kendi Bieminizi Oluturun ............................................................................. 92 9.3.1 Kullanc Tanml Biem: eker ............................................................... 93 9.3.2 Kullanc Tanml Biem: Fosfat .............................................................. 94 9.3.3 Kullanc Tanml Biem: Baz .................................................................. 94 9.3.4 Kullanc Tanml Biem: Vurgu .............................................................. 95 9.4 Varolan Biemleri Uygulama ........................................................................... 96 9.5 Bir Biemi Varsaylan Olarak Seme ............................................................... 97 10. izim Kipinde Biemlerle alma ...................................................................... 98 10.1 Amalar............................................................................................................. 98 10.2 Bir Nesnenin Biemini Deitirme................................................................... 98 10.3 Bir Biemi Kaydetme ....................................................................................... 98 10.4 Varolan Bir Biemi Uygulama ......................................................................... 99 10.5 Bir Biemi Varsaylan Olarak Atama ............................................................... 99 10.6 Biemleri Ynetme ........................................................................................... 99 11. Makroskopik zelliklerin Hesaplanmas............................................................ 101 11.1 Giri................................................................................................................. 101 11.2 Makroskopik zelliklerin Hesaplanmas........................................................ 101

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

11.2.1 Men Komutlar...................................................................................... 101 11.2.2 Durum ubuunda Otomatik Grntleme............................................ 102 11.3 Makroskopik zellikleri Hesaplama Algoritmalar........................................ 102 11.3.1 Molar Hacim, MV................................................................................... 103 11.3.2 Molar Refractivity, MR .......................................................................... 104 11.3.3 Parakor, Pr ............................................................................................... 104 11.3.4 Younluk, d............................................................................................. 104 11.3.5 Krlma ndisi, n ...................................................................................... 104 11.3.6 Yzey Gerilim, ..................................................................................... 104 11.3.7 Dielektrik Sabiti, (Geirgenlik)............................................................ 105 11.3.8 Kutuplanabilirlik ..................................................................................... 105 11.3.9 Tek izotoplu, En dk ve Ortalama Ktle............................................. 105 11.4 Deneysel Verilerin Ballam (Korelasyon) statistii.................................. 105 11.4.1 Molar Krclk Tahmin Hata Dalm ................................................... 105 11.4.2 Molar Hacim Tahmin Hata Dalm...................................................... 106 11.4.3 Parakor Tahmin Hatas Dalm ............................................................ 106 11.4.4 Krlma ndisi Tahmin Hata Dalm..................................................... 107 11.4.5 Younluk Tahmin Hata Dalm ........................................................... 107 11.4.6 Yzey Gerilim Tahmin Hata Dalm ................................................... 108 11.4.7 Dielektrik Sabiti (Geirgenlik) Tahmin Hata Dalm .......................... 108 12. zel lev Tular................................................................................................ 109 12.1 Amalar........................................................................................................... 109 12.2 Tautomerler..................................................................................................... 109 12.2.1 rnekler .................................................................................................. 110 12.2.2 Kimya Literatrndeki Hatalar ............................................................... 111 12.3 Szlk ............................................................................................................. 113 12.4 Bedava ACD/sim Eklentisi5.0 iin Yeni!.................................................. 114 12.4.1 Bedava ACD/simin Snrlamalar......................................................... 115 13. Hediyeler............................................................................................................. 116 13.1 Hediyeler Nedir? ......................................................................................... 116 13.2 Bunlar Nereden Bulabilirim?......................................................................... 116 13.3 Hediyeler......................................................................................................... 116 14. Sonu................................................................................................................... 120

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

1. Giri
1.1 ACD/ChemSketch Nedir?
ACD/ChemSketch Advanced Chemistry Development, Inc. tarafndan hizmete sunulan ve tek bana veya dier uygulamalar ile birleik biimde kullanlmas amacyla tasarlanm olan bir kimyasal yap izim programdr. Chemsketch kimyasal yaplar, tepkimeler ve grsel diyagramlarn izilmesi iin kullanlr. Bunun yannda kimya ile ilgili raporlar ve sunumlarn tasarlanmasnda da kullanlabilir. ACD/ChemSketchin aada bahsedilen stn yetenekleri bulunmaktadr: Kimyasal yaplarn izilmesi ve zelliklerinin hesaplanmas iin Yap (Structure) Kipi. Dz metin ve grafiklerin ilenmesi iin izim (Draw) Kipi. Molekl zellikleri (Molecular Properties) hesaplamalar, aadakilerin otomatik olarak hesaplanmas iin kullanlr: forml arl; yzde bileim; molar krclk; molar hacim; parakor; krlma indisi; yzey gerilimi; younluk; dielektrik sabiti; kutuplanabilirlik; tek izotoplu, en kk ve ortalama ktle.

ACD/ChemSketch tek bana bir izim paketi olarak kullanlabilecei gibi NMR Tahmin motorlar gibi dier ACD yazlmlarnn n Ucu olarak kullanlabilir.

1.2 lave Birimler

ChemSketch arabiriminden tek tklama ile ulalabilecek ilave ACD yazlm birimleri mevcuttur. Bu birimlerin her ykseltme srmnde saylar artmakta olup ilave seenekler olarak mevcutturlar ve ayr birimler olarak dnlmeleri gerekir. Fiyatlandrma ve mevcutlar hakknda daha fazla ayrnt iin ltfen Web sitemize veya adresimize mracaat ediniz. ChemBasic Kullancya ACD yazlmn zelletirebilmesi olanan tanyan zel programlama dilidir (http://www.acdlabs.com adresinden indirilebilir). ChemBasic Web sitemizde mevcuttur. Ltfen Blm 13, Hediyeleri grerek ChemBasicin ChemSketch ile nasl kullanlabileceine ilikin baz rnekleri inceleyiniz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

 ACD/I-LabKimyasal veritabanlarna ve zellik tahmin programlarna annda erimenizi salayan nternet tabanl bir hizmettir. Etkileimli Laboratuar hizmeti iin bir hesap http://www.acdlabs.com/ilab adresinden alnabilir. 2000 yl ilkbaharndan beri 2 haftalk gsteri dnemi I-Lab ile sunulmaktadr. ChemSketch 4.0 ve sonraki srmleri nternet eriimli bir kiisel bilgisayarda kullanld takdirde I-Laba otomatik olarak eriebilmektedir. Daha fazla bilgi iin Blm 4e bavurunuz. ACD/TautomerlerOrganik yaplarn en uygun tautomer biimlerini kontrol edip oluturur (ChemSketchin cretsiz ve ticari srmlerinin ikisinde de bulunur). Daha fazla bilgi iin Blm 12.2ye baknz. ACD/SzlkYaygn ila isimlerinin molekl yaplarn bulur. ACD/Szlk en yaygn olarak kullanlan kimyasal ve biyolojik aralara ait 85.000den fazla sistematik ve geleneksel ismini barndrmaktadr. Girdiler 200den fazla iyiletirme alann kapsamakta olup 500den fazla enzim iin drc (inhibitr) de mevcuttur (yalnzca ticari srmde). Daha fazla bilgi iin Blm 12.3 inceleyiniz. Yeni! Bedava ACD/sim IUPACn Organik, Biyokimyasal ve Anorganik simlendirme kurallar zerinde yapt tavsiyeler dorultusunda bir isim oluturur. Bu ara ChemSketch iin bedava eklenti olarak datlmaktadr. Daha fazla bilgi iin 12.4e bavurunuz. Aadaki dmeler ACD/Chemsketche ilaveten, kullanlabilmesi iin satn alnmas gereken zellikleri temsil etmektedir: ACD/Kaynama Noktas ve Uuculuk0,001 mm Hgden 10 atmye kadar herhangi bir basnta, pek ok durumda 10 derece ve daha dk hata pay ile, ChemSketch penceresinde izilmi bir yap iin doru kaynama noktasn hesaplamaktadr. Bu zellik ACD/Kaynama Noktas & Buhar Basnc Hesaplayc Kullanm Klavuzu ad altnda ayr bir klavuzda tarif edilmitir. ACD/SigmaChemSketch penceresinde izilmi farkl sbstitent gruplar iin Hammett tr veya ilgili parametreleri gsterir. Bu zellik ACD/Sigma Kullanm Klavuzu ad altnda ayr bir klavuzda anlatlmtr. ACD/sim-Yap Dntrcs girilen hemen her tr kimyasal ad iin bir molekl yaps oluturur. ACD/sim-Yap Dntrcs pek ok genel organik bileiin ismini ve ok sayda doal rn trevlerini IUPACn Organik, Biyokimyasal ve Anorganik simlendirme kurallarna gore ilgili yaplara dntrr. Bu zellik, ACD/sim-Yap Dntrcs Kullanm Klavuzu ad altnda ayrca incelenmitir.

1.3 5.0 Srmndeki Yenilikler

Bu yazlmla yeni tanyorsanz, ileride tarif edilen rnekler zerinde almanz tavsiye ederiz. Eer, bu yazlm srm ykseltme amacyla satn aldysanz (veya satn almay dnyorsanz), ChemSketchin temel zellikleriyle nceden tank olmalsnz demektir. Bu blmde yalnzca en yeni zelliklere deineceiz.

1.3.1 Genel ACD/Labs levleri

Btn ACD yazlm programlar Windows 95/98/NT/Me/2000 iletim sistemleri ykl kiisel bilgisayarlarda 32 bit uygulamalar olarak alr, ancak ntranetler iin ACD/I-Lab, SGI iin Yn (Batch) ve Sun Solaris rnleri iin Yn bunlardan farkldr. PClerde alan btn ACD yazlm programlar kullancya ykleme, zaman am ve otomatik yeniden ykleme parametrelerini ayarlamanz salayan ACD/Yardmc (Host) tarafndan kontrol edilmektedir. ACD yazlmlarnn btn PC srmleri (PhysChem Yn, LC Simulator ve GC Simulator dndakiler) ACD yazlm iin zel olan baz dosya uzantlar iin (rnein, .sk2, .esp, .lud)

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

varsaylan ilikilendirme durumunu otomatik olarak kontrol eden yeni bir zellik iermektedir. 5.0 srm iin, pek ok ACD pencerelerinde artk Dosya likilendirme (File Associations) komutu bulunmaktadr (File-Dosya mensnde). ACD yazlmnn btn PC srmleri Yardm (Help) mensnn altnda yeni bir komut bulundurmaktadr: Bug Report / Feature Request (Hata Bildirimi / zellik Talebi). nternet eriimli bir PCniz varsa, bu komutu semekle otomatik olarak ACD web sayfasna gelecek ve hatalar bildirme veya yeni zellikleri istemeniz mmkn olacaktr. 5.0 srmnn btn pencerelerinin hepsinin giri/k iletiim kutularnda kullanl yeni bir zellik bulunmaktadr. Bu zellik, Dosya Se (Select File) iletiim kutularnn boyutunun ayarlanabilmesidir (kutunun sa alt kesinden). Bunun yannda, yeni klasr oluturma, masastn temizleme ve dosya ayrntlarn grme gibi dosya ve klasr deitirme ilemleri, iletiim kutusunu terketmeden yaplabilmektedir. ACD PC tabanl yazlmlarn hepsi Hemen Gncelletir (Online Update) birimi vastasyla nternetden gncelletirilebilir. Ltfen Blm 1.9.3e baknz.

1.3.2 ChemSketche zel levler

Artk ChemSketch dosyalarnz PDF biiminde, Adobe Acrobat Reader ve ilgili yazlmlarla kullanmak zere yazabilirsiniz. Yaplar Kimyasal Biimleme Dili (CML) biiminde kaydedebilirsiniz. SMILES komutlarn yaplara, yaplar da SMILES kodlarna dntrebilirsiniz (Stereokimyasal ayarlamalar devre ddr). Atom ktlesi hesaplanabilir, yalnzca ortalama ktle deil, bunun yannda en yaygn bulunan izotopunun da ktlesi bulunabilir. En sevdiiniz dergilerden gelen son bilgiler nda, hazrda hizmet veren Yazarlar iin Aklamalar (Instructions for Authors) blm geniletilip gncellenmitir. Baz yeni ablonlar konmu, ve var olan ablonlara baz yenilikler ilave edilmitir. Bedava ACD/sim (ACD/Name Freeware) Birimi ara ubuu zerinde bir dme olarak mevcuttur. Blm 12.4 inceleyiniz. 3D dnmsel kurallar ACD/3D Grntleyicide (Viewer) kullanlan ile ayn hale getirilmitir.

1.4 4.5 Srmndeki Yenilikler

Tepkime Art ve Tepkime Oklar dmeleri Yap (Structure) Blmnde dorudan bulunmaktadr. Artk bu ekilleri izmek iin izim (Draw) ekranna gemek zorunda deilsiniz.. Tercihler (Preferences) iletiim kutusunda (Seenekler-Options mensnde) yeni konmu Tepkime (Reaction) sekmesi ile eitli Tepkime Arts ve Tepkime Oku biimlerini semeniz mmkndr. Grafik nesneleri (izim blmnde yaplanlar) artk Yap blmnde de seilip hareket ettirilebilmektedir. Bu karmak bildirilerin izilmesini kolaylatrmaktadr. Bu zellii kullanmak iin, Tercihler iletiim kutusunda (Seenekler mensnde) bulunan Yap (Structure) sekmesinde Grafikleri Se (Select Graphics) zeliinin seili olduundan emin olunuz. Stereo dizilimi Temizle (Clean) ve evir (Flip) zellikleri uyguland zaman kontrol edilebilmektedir. Seenekler mensnden TercihlerI setikten sonra Yap sekmesinin alt ksmna baknz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

 Yeni yap dosya biimleri kabul edilebilir: ChemDraw CDX (*.cdx) dosyalar ile REACCS RXN (*.rxn) dosyalar artk geerlidir. RXN biimi ayn zamanda yeni bir Aktar (Export) biimidir. Yeni bir birim, ChemSketch penceresi ile btnletirmek zere alnabilirACD/sim-Yap Dntrcs (daha fazla bilgi iin Blm 1.2ye baknz). ACD/I-Lab eklentisi zellik tahmin birimlerimize ve eitli kimyasal veritabanlarna nternet zerinden eriebilmenize olanak tanr. Yalnzca http://www.acdlabs.com/ilab adresinden Etkileimli Laboratuar iin bir hesap alabilir. 2001 baharndan itibaren, iki haftalk gsteri dnemi I-Lab iin ayarlanabilir. I-Laba eriim, eer bilgisayarnzda nternet eriimi mevcutsa, otomatik olarak salanacaktr. ChemSketch arabirimi zerinden I-Labn kullanmna ilikin bir rnei Blm 4te grebilirsiniz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

10

1.5 Bu Klavuz Hakknda

ACD/ChemSketchi btn zellikleriyle kullanmak iin bu klavuzu okumak zorunda deilsiniz, program son derece sezgisel ve kullanm basit bir yapya sahiptir. Bu yzden elinizdeki bu klavuz programdaki btn seeneklerin detayl tariflerini vermekten ziyade sizi kullanma hazrlayacaktr. Bu almalar yaptktan sonra, ACD/ChemSketchi baka hibir yardm olmakszn en hzl ve etkili ekilde kendiniz kullanabileceksiniz, Bu klavuzun canlandrmal biiminde okuduunuz blmlerin hemen hepsi LotusCam tabanl ve Web sitemizden indirilebilen filmler olarak bulunmaktadr (Bu filmler kurulum CDsi ve gsteri CDsinde de mevcuttur). Bu Kullanm Klavuzu elektronik biimde elinize gemi olup yaygn olarak bulunan kelime ilemci programlarnda okunabilecek biimdedir. htiyacnz olan bir iindekiler konusunu bulamadysanz, ltfen kelime ilemci programda uygun kelime veya ifadeyi aratnz. Bu klavuzda gsterilecek olan ekran grntleri nispeten dk pencere boyutunda alnmtr. Varsaylan grnt ekli ekran kaplayan pencere biimidir. Daha kk bir alma alan yaratmak iin Aa Geri Getir dmesini bir kere tklaynz (pencerenin sa st kesinde bulunur). Tam ekran grntye geri dnmek iin Ekran Kapla dmesini tklaynz. Klavuzdaki ekran grntleri yazlmn en son srmlerinden biri kullanlarak alnmtr. Klavuzda gzken grntler ile ACD/ChemSketchte greceklerinizin birbirine uymas iin her trl aba gsterilmi olmakla beraber, baz kk orantszlklar yaanabilir. Bu Klavuz, Microsoft Windowsta fare ve dosya deitirme zerine temel bilgiye sahip olduunuzu kabul etmektedir. Bu Klavuzu kullandnz iin, sizin grlerinizi bekliyoruz. Bu rn iin belgelemeyi nasl ilerletebiliriz? Tamamlamanz istediimiz kk bir anketimiz var. Btn seilebilir katlmclar ACD/ChemFolder dll (veya herhangi bir ACD yazlmnn satn alnmasnda edeeri bir indirim) bir ekilie katlacaktr Ltfen MS Word 6.0 veya daha st bir srmn kullanarak survey.doc dosyasn anz veya bu yazlmla gelen CDnin belgeleri arasndaki survey.pdfyi Adobe Acrobat Reader kullanarak anz, ya da Web sitemizdeki Feedback sayfasn, http://www.acdlabs.com/feedback/guides.html, ziyaret ediniz..

Kazann!!! Fikriniz bizim iin nemlidir.

1.6 Faydal Tanmlamalar

Bu eitici dkmanda eitli olaylar tarif etmek iin aadaki terimler kullanlacaktr: Ynelt fare imlecini bir e zerine hareket ettirmek anlamna gelmektedir. Tkla fare imlecini bir e zerine hareket ettirip farenin sol tuuna basmak demektir. Sa tkla fare imlecini bir e zerine hareket ettirip farenin sa tuuna basmak anlamna gelir. ift tkla fare imlecini bir e zerine hareket ettirip abuk bir ekilde sol tua iki kere basmaktr. Srkle teriminin anlam fareyi hareket ettirirken farenin sol tuunu basl tutmak anlamndadr.
Not

Windowsta varsaylan fare dmesi soldakidir. Varsaylan dmeyi sadaki olarak ayarlamak iin, Windowsta Denetim Masas (Kontrol Panel) zerinden Fare (Mouse)

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

11

seeneini seip istediiniz deiiklikleri yapnz (Bu ayn zamanda farenin hzn ve hareket deikenlerini de deitirmenizi salayacaktr).

1.7 Gsteri Srmleri

Gsteri srm ilk kez altrlmak zere yklendiinde, bu rnn ACD Gsteri yazlm olduunu bildiren bir mesaj greceksiniz. Gsteri srmnn normal sresi iinde zaman zaman bu mesaj karnza kabilir. ACD/Labs programlarnn gsteri srmleri Kaydet, Kopyala, Kes, Yaptr ve Yazdr zellikleri gibi baz komut snrlamalar vardr. Gsteri srmnn snrlanm bir komutunu altrmak istediiniz zaman, buna izin verilmediini gsteren bir iletiim kutusu karnza kacaktr Programn tam srmnde bulunan zel bir snrlama hakknda daha fazla bilgi isterseniz, ltfen bize ulanz. Yine de, bu klavuzda bulunan altrmalar ve rneklerin ou ACD/Labs programlarnn gsteri srmlerinde de alacak ekilde tasarlanmtr.

1.8 Bedava Srm

Nisan 1999dan beri, Advanced Chemistry Development ChemSketch programn Web sitemizde Free Stuff (Bedava Dosyalar) bedava olarak datmaktadr
nemli

ACD/ChemSketch bedava srm yalnzca kendi dosyalarnn bulunduu bir klasre kurulmaldr. Bu klasr ACD/Specviewer, ACD/CNMR Viever, ACD/HNMR Viewer gibi mevcut olan dier bedava ACD yazlmlar ierebilirse de, satn alnan hi bir ACD yazlmn iermemelidir.

ACD/ChemSketch Bedava 5.0 srm nceki srme gore pek ok ilerleme geirmitir. Program ticari 5.0 srmnn hepsi olmasa da ou zelliklerini barndrmaktadr. Aadaki tablo ChemSketch 5.0n bedava ve ticari srmleri arasndaki farklar zetlemektedir:

Seenek
ACD/Tautomerler Bedava ACD/sim ACD/3D Grntleyici ACD/I-Lab eklentisi Yazarlar in Aklama Adobe PDFye Aktarma ACD/Szlk Teknik Destek

Bedava

Ticari

(ayrca kurulmaldr1) (ayrca kurulmaldr)

Baz kullanclar iin hepsi bir arada indirme paketi salamak daha uygun olabilirse de, pek ok dier kullancnn ok byk boyutlu tek bir dosyay indirmekte zorlanacaklar da bir gerektir. Bu yzden dosyalar para para braklmtr.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

12

Not

ACD/ChemSketchin bedava srm size teknik destek olana vermiyor olsa da, teki blmde bahsedilen adresteki ChemSketch haber grubunu sorularnz sormak veya ipularn paylamak iin ziyaret etmenizi tavsiye ederiz.

1.9 Daha Fazla Bilgi in

1.9.1 Web Sitesi
En son ACD yazlmlar ve hizmetlerinin grmek iin, ltfen http://www.acdlabs.com adresinden Web sitemize ulanz. Web sitemiz gnde on binlerce kez ziyaret edilme zelliine sahiptir. Bunun sebebi bellidir: Web sitemizde ie yarayacak ok ey var. 2001 baharndan beri, bedava ChemSketch 4.5, bedava ISIS 3D eklentisi, bedava ChemDraw uzantlar ve Java programcklar kullanlarak yazlm satn almakszn test hesaplamalarn yapabileceiniz Etkileimli Laboratuar iin bedava iki haftalk gsteri izni tarafmzdan sunulmaktadr. Pek ok yazlm paketinin (zellikle ChemSketch) tantld Lotus Cam tabanl filmler indirilebilir. Web sitemizdeki bilgiler srekli olarak gncellenmektedir. Web sitemizde, hangi bilimsel konferanslarda ACDnin standnn olduunu bulabilirsiniz. Web sayfamz kullanarak, Sk Sorulan Sorular (Frequently Asked Questions) sayfasn aabilir, veya haber grubumuza katlp canl sohbet edebilirsiniz. ACDdeki kimyasal yazlmlarda en son gelimelerin tarafnza ulamasn isterseniz, ltfen Web sayfamzdaki e-posta datm ksmna kaydnz yaptrn: http://www.acdlabs.com/feedback/mailing.html ChemSketch haber grubuna katlmak isterseniz, ltfen aadaki sayfaya tklaynz: news://news.acdlabs.com/acd.public.chemsketch

1.9.2 Bize Ulamak in

Bize Web sitemizden, telefonla, faks ve normal posta ile ulaabilirsiniz, ancak en hzl temas kurma yolu elektronik postadr. cretlendirme, satlar, mevcutlar ve genel konular hakkndaki sorularnz info@acdlabs.com adresine ynlendiriniz. Teknik ve bilimsel destek konularnda support@acdlabs.com adresini kullannz. Bizimle temasa getiinizde, yazlm aldnz yerin adn, srm numarasn ve rnn piyasaya srlme tarihini belirtiniz (Bu son bilgiye Yardm/Hakknda Help/About seeneinden ulaabilirsiniz). Eer mmknse, yazlm datan kiinin ismini de verirseniz ilemleriniz daha hzl takip edilecektir.

1.9.3 evrimii Gncellemeler5.0 in Yeni!

Btn PC tabanl ACD yazlmlarnn 5.0 srmleri evrimii olarak sunulan gncellemeleri alglama yeteneine sahiptir. Bunun iin yazlmn kayt numarasna ve programn kurulduu bilgisayarda mevcut bir nternet balantsna ihtiyacnz olacaktr. Gncellemeler kk yamalar eklinde olup rnein son srmn 5.00dan 5.01 haline getirilmesini salar. Bunun hakknda daha fazla bilgi iin, Belgeler dizininde rnle ilgili dier belgelerin yannda bulunan evrimii Gncelleme belgesini inceleyiniz, ya da teknik destek birimine e-posta yollaynz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

13

2. ACD/ChemSketchin Temelleri
2.1 Amalar
Bu blm sizin aadaki konularda bilgilenmenizi salayacaktr: programn nasl balatld; dosya ilikilendirmenin nasl yaplaca ve deitirilecei; varsaylan dizinlerin nasl ayarlanaca; ChemSketch arabiriminin temelleri: Yap (Structure) ve izim (Draw) blmleri; ve ChemSketchten k.

2.2 ACD/ChemSketchnin Balatlmas

ACD/ChemSketch bilgisayarnza kurulduktan sonar, balatmak iin aadaki temel admlar izleyiniz: 1. Microsoft Windowsu balatnz. 2. ChemSketch simgesine ift tklaynz. VEYA Windows 95/98/2000 veya NT grev ubuu zerinden Balat (Start/Run) mensnden ChemSketch simgesini seiniz. VEYA Btn ACD yazlmlarn kurmu olduunuz dizinde chemsk.exe program dosyasna ift tklaynz. Varsaylan dizin ACD50dir. VEYA alan dier ACD/Labs program var ise, ACD/Labs mensnden ChemSketchi seiniz. 3. Alta bir gsteri sayfasyla karlacaksnz. Bedava srm kullanyorsanz, ACD/Labs rnleri (Products) ekrann greceksiniz. Bunu kapatmak iin Tamam (OK) dmesine tklayn. Bundan sonraki balanglarda bu iletiim kutusunu grmek istemiyorsanz, Yardm > ACD/Labs rnleri (Help > ACD/Labs Products) ksmn seerek Balangta bu Ekran Gster (Show this Screen at Startup) onay kutusunu temizleyiniz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

14

2.3 Dosya likilendirme Ayarlar5.0 in Yeni!

1. Program ilk kez balatyorsanz, Dosya likilendirme (File Association) iletiim kutusu karnza kabilir.

2. Burada dosya uzantlar ve dosya trlerinin seilebilir bir listesi bulunur CS ChemDraw (*.CHM), REACCS RxnFiles (*.RXN), ISIS/Sketch (*.SKC) ve muhtemelen dierleri bundan sonra ACD yazlmlar ile otomatik olarak almasn istedikleriniz gzkecektir. Byle bir durumda, eklemek istediiniz dosya biimlerine ait onay kutularn iaretleyerek Evet (Yes) dmesini tklayn. 3. ChemSketchin listelenen dosya uzantlarn otomatik olarak altrmasn istemiyorsanz, veya emin deilseniz, onay kutularn bo brakp Hayr (No) dmesini tklaynz. 4. Bundan sonra, okuduktan sonra kapatabileceiniz Gnn pucu (Tip of the Day) kutusunu greceksiniz.

2.3.1 Dosya likilendirmenin Deitirilmesi

Btn biimleri semediyseniz, varsaylan dosya ilikilendirmesi her an Dosya (File) mensnden Dosya likilendirme (File Association) seilerek grlebilir ve gerekiyorsa deitirilebilir. Btn biimleri setiyseniz, btn desteklenen dosya trleri zaten bu uygulamayla ilikilendirilmitir (all supported file types are already associated with the current application) mesajn alacaksnz. Bu durumda, dosya ilikilendirmeyi deitirmek iin Windows Gezgini (Explorer) kullanabilirsiniz. 1. Windows Gezginini an, ve ilikilendirmesini deitirmek istediiniz bir dosya uzants seiniz. 2. SHIFT tuunu basl tutarak dosyay sa tklaynz. Alan mende Birlikte A (Open With...) seeneini seiniz. 3. Dosyay amak iin kullanlacak uygulamay seerek Her zaman bu program kullan (Always use this program) onay kutusunu iaretleyiniz. 4. Tamam (OK) dmesine tklayarak Windows Gezginini kapatnz.

2.4 Varsaylan Dizinlerin Deitirilmesi

ChemSketchin tek kullancl (stand-alone) kopyasn kullanyorsanz, varsaylan dizin ayarlar olduka kullanldr. A kopyasna sahipseniz, varsaylan dizin ayarlarn ACD/Labs yazlmlarndan, alma durumunun kaydedilmesi iin varsaylan src kullancnn yerel sabit disk srcs olacak

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

15

ekilde (uzak sunucu olarak deil) deitirmeniz nerilir. Snrl veya snrsz sayda konum iin yerel eriim oluturduktan sonra, her yerel kurulumda aadaki ilemleri uygulaynz: 1. ChemSketch penceresinde, Seenekler (Options) mensnde, Tercihler (Preferences) komutunu seiniz. 2. Genel sekmesini tklaynz. Sekmenin altnda bulunan varsaylan kutusunda, ChemSketch penceresinde bulunan Al (Import), A (Open), Kaydet (Save), Aktar (Export) iletiim kutular aldnda gidilecek olan dizini belirleyiniz:

zel (Private) kutusunda ChemSketch programnn ayarlarn kaydetmek iin kullanlacak dizini belirleyebilirsiniz (rnein, template.cfg ve grsyles.stl dosyalar gibi). Tamam (OK) dmesini tklaynz.
Not

2.5 Yap (Structure) ve izim (Draw) Kipleri

ACD/ChemSketch baladnda, pek ok men komutlarnn ve ara ubuu dmelerinin soluk grnml (seilemez) olduunu greceksiniz. Bir yap izer izmez, bunlar kullanlabilir hale gelecektir. ChemSketch penceresinde, Yap (Structure) ve izim (Draw) kipi bulunmaktadr. Bunlar arasnda deimek iin ekrann sa stndeki dmeleri kullanabilirsiniz:

Yap kipinde kimyasal yaplar ve reaksiyon emalar izilebilirken, izim kipinde metin girme ve eitli grafik nesneleri izme olana sunulur.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

16

2.5.1 Yap Kipi Ekran Dzeni

Aada Yap Kipindeki ekran grebilirsiniz. Ara ubuklarnn isimleri ve konumlar, btn Klavuz boyunca kullanlacak ve aada tantlacaktr.
Title bar Menu bar General toolbar ChemBasic toolbar Structure toolbar

Atoms toolbar

Reference toolbar

Workspace

Color Palette Status bar

Balk ubuu (Title Bar) programn ve o anda ak olan dosyann adn gsterir. Varsaylan dosya ad NONAMExx.SK2 olup xx saya numarasdr. Men ubuu (Menu Bar) bir sra szck ierir. Her szck Yap kipindeki ChemSketch penceresinde almak zere belirli komutlarn bulunduu bir listeye (men) baldr. Genel ubuk (General toolbar) men ubuunun altnda ve hem Yap, hem de izim kiplerinde bulunmakta olup eitli ablonlarn eklenmesi olduu kadar dosyalar kaydetme ve ykleme, ilemleri geriye alma/yineleme, kopyalama ve yaptrma ile grnty bytme ve kltme gibi her iki kipte de ihtiyacnz olacak grevlerde size yardmc olacak dmeler ierir. ChemBasic ara ubuu Genel ara ubuunun altnda istee bal olarak konabilir ve Hediyeler (Goodies) veya dier ChemBasic uygulamalarn ierir. Daha fazla bilgi iin Blm 13e baknz. Yap ara ubuu yalnzca Yap kipinde, alma alannn hemen stnde bulunur. Burada kimyasal yaplarn izilmesi ve deitirilmesi iin aralar mevcuttur. Atom ara ubuu ekrann solunda yatay olarak yerletirilmi olup atomlar temsil eden dmeleri olduu kadar, atom zelliklerini (yk, deerlik, numaralama gibi) deitiren aralar da ierir. Bavuru ara ubuu pencerenin sanda yerlemitir ve burada Radikal Tablosu ve buradan alm olduunuz hazr radikalleri temsil eden eitli dmeler bulunur. ACD/Szlke de bu ara ubuundan eriebilirsiniz. alma alan yaplarn izildii ortadaki ak alandr (rnek gsterilmitir). Renk Paleti seilen atomlar ve balar abucak renklendirmenize yardmc olur (renklerin zerine sol veya sa tklayarak). Durum ubuu u anda almakta olduunuz SK2 dosyasnn o anlk ismini, SK2 dosyasndaki sayfa numarasn, alma alanndaki ksmlarn (fragment) says, seilmi yapnn molekl forml ve bilinen kimyasal zelikleri yannda otomatik I-Lab eriimi iin bir dme de ieren faydal olabilecek bilgiler ierir.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

17

2.5.2 izim Kipi Ekran Dzeni

Aada izim Kipi seilmi durumdaki ekran grebilirsiniz. Btn klavuz boyunca kullanlacak olan ara ubuklarnn adlar ve konumlar aada tantlmtr.
Title bar Menu bar General toolbar ChemBasic toolbar Editing toolbar

Drawing toolbar

Workspace

Color Palette Status bar

Balk ubuu programn ve o anda ak dosyann adn gsterir. Varsaylan dosya ad NONAMExx.SK2 olup xx saya numarasdr. Men ubuu bir seri kelime ierir. Her kelime izim kipindeki ChemSketch penceresinde almak iin ilgili komutlarn bulunduu bir listeye (men) baldr. Genel ara ubuu menu ubuunun hemen altnda yer almakta olup hem Yap, hem de izim kiplerinde mevcut aralar ierir. Buradan eitli ablonlarn eklenmesi olduu kadar dosyalar kaydetme ve ykleme, ilemleri geriye alma/yineleme, kopyalama ve yaptrma ile grnty bytme ve kltme gibi her iki kipte de ihtiyacnz olacak grevlerde size yardmc olacak dmeler bulunur. ChemBasic ara ubuu Genel ara ubuunun altnda yer alr ve istee baldr. Hediye ve dier ChemBasic uygulamalar buradan altrlr. Daha fazla bilgi iin Blm 13e gz atnz. Dzenleme ara ubuu Genel ara ubuunun altnda ve yalnzca izim kipinde mevcut olup, izilmi grafik nesnelerinin dzenlenmesi ve deitirilmesi amacyla kullanlan aralar bulundurur. izim ara ubuu ekrann solunda dikey olarak yerletirilmi olup eitli grafik nesneleri oluturmanz ve metin girmenizi salayan dmeler ierir. alma alan grafik nesnelerinin izildii ve yaznn yazld, ortadaki bo alandr. Renk Paleti alma alannn altnda bulunur ve seilen nesnelerin hzlca renklendirilmesi iin kullanlr (seim iin renklerin zerine sol veya sa tula tklanr). Durum ubuu o anda faydal olabilecek bilgiler ierir: allan dosyann ismi, belgenin durumu ve sayfa numaras.

2.6 ChemSketchten k
Programdan aadaki yollardan herhangi biriyle kabilirsiniz: herhangi bir pencerede balk ubuunun sa st kesinde bulunan simgesine

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

18

tklayarak; - VEYA ACD/Labs mensnden Tmn Kapat (Close All) seenei ile. Bu o anda ak btn ACD programlarn birbiri ardndan kapatmaya alacaktr. - VEYA Dosya mensnden k seiniz. Bu yalnzca o anda ak ACD programn kapatacaktr. kmak istediiniz pencereye bal olarak, almanz uygun dosya trlerinde kaydetmenizi bildiren bir mesaj alacaksnz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

19

3. Basit Yaplarn izilmesi

3.1 Amalar
Bu blm yalnzca Yap Kipinde mevcut olan yap iziminin temellerini gz nne almaktadr. Bu blmn amac ChemSketchin kimyasal izim zelliklerine ksaca gz atmanz salamaktr. Bu blmde aada anlatlan konularn nasl yapldn reneceksiniz: atomlarn, balarn (tek, ift, l; yakn-uzak2; koordinasyon, belirsiz) ve etiketlerin izilmesi; izilmi bir molekl yapsnn evrilmesi; izilmi yaplarn seilmesi, dndrlmesi ve boyutlandrlmas; yapy bir dosyaya, belgeye veya yazcya gnderme; ve ekran temizleme. ChemSketch alma alannn temel ilevi balarn ve atomlarn izilmesidir. Aada belirtilen ilemlerin yaplabilmesi iin Yap Kipinde olduunuzu denetleyin:

3.2 Atomlarn, Balarn ve Etiketlerin Eklenmesi

3.2.1 Normal izim Aracnn Kullanlmas
Program baladnda Normal izim arac varsaylan aratr. Bu kipte normal veya dallanm zincirler izebilir ve Elementlerin Periyodik Tablosundan seeceiniz dier atomlarla seili atomlar deitirebilirsiniz. 1. Yap ara ubuunda Normal izim 2. Bolua tklayarak CH4 yaznz. 3. CH4n zerine tklayarak bir CH3 grubu ekleyiniz, bylece standart ba uzunluunda CH3CH3 molekl meydana gelecektir. Ayn atom zerine iki kere daha tklayarak u molekl elde ediniz:
H3C H3C CH3

aracnn ve Atom ara ubuunda da Karbon

atomunun seili olduundan emin olunuz.

4. Yap ara ubuundan Ba Dey Yap dmesine

basnz ve yapdaki herhangi bir ba

H3C CH3 CH3

zerine tklayarak yapnn u ekilde dnmesini salaynz: 5. Yap ara ubuundan Normal iz

dmesine basnz..
H3C CH 3 CH3

6. En sadaki Karbon atomuna tklayarak u ekli oluturunuz:

Stereokimyada kullanlan, gr eksenine yakn ve uzak ba terimleri ngilizce kimya literatrnde wedge olarak adlandrlmaktadr (.N.).

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

20

7. Yukardaki adm tekrarlayarak aadaki yaplar elde ediniz:

H3C CH3 CH3

H3C

CH3 CH3

H3C

CH3 C H3

H3C

CH3 CH3

and

3.2.2 ift ve l Balar

1. izilen son yapda ba zerine bir kere tklayarak buraya bir ifte ba oluturunuz:
H3C CH3 CH2

2. Buraya bir kere daha tklayarak ba l ba haline getiriniz:

H3C CH3 CH

3. l ban zerine bir kere daha tklayarak l ba tek ba haline dntrnz.

3.2.3 Atomlar Teker Teker Silme

ok fazla atom ilave ettiyseniz, her seferinde bir kere olmak zere bunlar silebilirsiniz. 1. Sil dmesine tklayn.

2. Molekllerinizin atomlarndan bir ka tanesine tklayarak bunlar zerinde silme altrmas yapn.

3.2.4 Geri Al Komutu

nemli bir baka ilem de, yapmam olmay istediiniz bir deiiklikten kendinizi kurtarmaktr. 1. Geri Al dmesini tklayn. Bu en son deiikliinizden nce ChemSketch ekrannda olanlar aynen geriye getirir. Geri Al tuu baslr baslmaz, Yenile tuu (yanndaki) da aktif hale gelir. 2. Geri Al tuuna birka kere daha basarak aada gsterilen yapya tekrar ulanz:
Not
H3C CH3 CH3

Geri Al komutu 50 kereye kadar uygulanabilir. Daha karmak molekller veya grafik nesneler izmeye baladnzda, ok sayda deiiklik yapmadan nce almanz bir dosyaya kaydetme alkanln kazanmanz neririz.

3.2.5 Atom Deitirme

1. Elementlerin Periyodik Tablosunu amak iin Atom ara ubuunda bulunan Periyodik Tablo dmesine tklaynz:

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

21

2. Elementlerin Periyodik Tablosunda Fluor atomuna tklaynz. Fluor atomunun Atom ara ubuunda ortaya ktna dikkat ediniz.
F CH3 CH3

3. En soldaki Karbon zerine tklayarak Fluor atomu ile deitiriniz:

Not

Elementlerin Periyodik Tablosundan yeni elementler setiinizde, karlk gelen elementler otomatik olarak Atom ara ubuuna yerleir. Bu dmeleri Atom ara ubuundan silmek iin, silmek istediiniz dme zerine ift tklayarak EvetI seiniz. Bu ekilde varsaylan atom dmeleri dndakiler istendii zaman silinebilir.

3.2.6 Srekli izim Aracnn Kullanlmas

Srekli izim arac aktifken, balar yalnzca seilmi olan atomdan izilebilir. Bir atomu semek iin zerine tklaynz. Bu kip, seilmi bir atomdan yeni atomlar kartmak iin ok uygundur. 1. Yap ara ubuundan Srekli izim 3. Atom ara ubuunda Fluor atomunun dmesine tklaynz seili olduundan emin olunuz. 2. Ya da, bu izim kipine gemek iin farenin sa tuuna basabilirsiniz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

22

4. En sadaki karbon zerine tklayarak onu seiniz. kinci kez tkladnzda setiiniz karbondan bir fluor atomu kacaktr. nc bir kez tklayarak, ikinci bir fluor atomunu yerletiriniz:
F F F CH3

3.2.7 Fareyle Srkleme

ster Normal izim , ister Srekli izim aracn kullann, fareyi bir atomdan dierine

srklediinizde ikisi arasnda tekli bir ba oluacaktr.Bo bir yere veya bo bir yerden tkladnz zaman ise, yeni bir atom izilmi ban bana veya sonuna eklenmi olur. Normal izim veya Srekli izim aralarndan biri aktifken, fare imlecini terminal (utaki) karbon atomlarnn birine gtrdkten sonra dier u karbona srkleyerek aadaki yapy iziniz:
F F F

3.2.8 Yapnn Dzeltilmesi

Yap ara ubuundaki Dzelt dmesine basarak izilmi yapdaki btn ba uzunluklarn
F F F

ve alarn standartlatrp aadaki yapy elde ediniz:

Not

Dzelt komutu btn ba uzunluklarn ve alarn yalnzca yapnn gzel grnmesi iin standart hale getirmez izilmi yaplarn kimyasal olarak doru olmasn da salar. rnein asiklik (halkasz) ksmlarda, sp2 karbonunun yaknndaki balar 120 ayla, sp karbonunun yaknndaki balar da 180 ayla (izgisel) yerletirir. Geometrik veya stereo izomerler izerseniz, Dzelt komutu yapsal anlamlln korumak kaydyla ba uzunluk ve alarn standartlatracaktr.

3.2.9 Stereo, Koordine and Belirsiz Ba Aralarnn Kullanm

Sradan balarn yannda, geni bir ba eidini de kullanabilirsiniz: sizden uzakta yerleen stereo balar size doru yerleen stereo balar koordinasyon balar ve belirsiz balar . ; ; ;

Bu aralardan herhangi birini seerek, izilmi yapnn herhangi bir ba zerine tklaynz. Stereo veya koordine balarn zerine tklayarak ynlerini deitirebilirsiniz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

23

3.2.10 Atom Etiketlerinin Dzenlenmesi

Atom Etiketi Dzenle arac u atomlar ksaltmalara dntrmenize olanak tanr. 1. Atom ara ubuu zerindeki Atom Etiketi Dzenle ara ubuuna tkladktan sonra izilen yapda en sada bulunan fluor atomuna tklaynz. 2. Etiketi Dzenle iletiim kutusunda, (CH2)3Ph yazarak Gir (Insert) tuuna basnz. .Etiketin istenilen konuma girildiini ve rakamlarn otomatik olarak alt indis haline geldiine dikkat ediniz:
F F (CH2)3Ph

3. Konum Deitir

aracna tklayn ve etikete tklayarak onu evirin:

F F Ph(H 2C)3

pucu Konum Deitir arac aktifken bir etiket zerine SHIFT tuuna basl tutarken tklarsanz, etiketin balant noktas deitirilecektir

4. Atom Etiketi Dzenle arac aktifken elde edilen ksaltma etiketinin zerine tkladktan sonra alan Etiketi Dzenle diyalog kutusunu bir kere daha anz. Genilet (Expand) dmesine basarak, aadaki yapy elde ediniz:

F F

3.2.11 Zincir izme Arac

Zincir iz aracyla, kolaylkla ksa veya uzun zincirleri tek bir tklama ve fare srkleme ile izebilirsiniz. 1. Yap ara ubuunda bulunan Zincir iz gsterilen atoma gtrnz: dmesine tklayp fare imlecini aada okla

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

24

F F

2. Farenin tuuna basarak sol tarafa srkleyiniz. Yapdan uzaklatnzda, karbonlu bir zincir oluacaktr. Fare imlecinin yanndaki karbon sayacnn (C #) ilave olunan ya da kan her karbon zinciriyle artt veya azaldna dikkat ediniz. Saya C 8e ulaana dek devam ediniz, ardndan farenin tuunu brakarak zinciri bitiriniz:

F F

H3C

dmesine basnz ve en 3. Zincir iz arac aktifken Atom ara ubuu zerinden Fluor soldaki CH3 grubu zerine kere tklayarak adet fluor atomu kartnz. Ardndan Yap dmesine basarak aadaki yapy elde ediniz : ara ubuundaki Dzelt
F F

F F F

3.3 Yaplarn evrilmesi

Btn yapy, tek bir dme tklamasyla dndrebilir veya evirebilirsiniz. Kafein moleklnde ember iine alnm ba zerinde, ilk ilemi deneyiniz:
H 3C N O N H 3C N N O CH3

Son iki ilemi, molekl setikten sonra deneyiniz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

25

Dme

levi
Bu dmeyi seiniz ve ba zerine tklayarak, ban yatay yerlemesini, dolaysyla geri kalan ksmlarn uygun olarak dnmesini salaynz.

Sonu
O N H 3C N O CH 3

N
O

CH3
CH3 N

Bu dme seildiinde ve ba zerine tklandnda, ba ve yapnn geri kalan ksm yatay olacak ekilde dner.

H3C

N CH3

Yapy tklanan ba etrafnda evirir.

CH3 N O

N N H 3C

CH3

O
N N

ncelikle btn molekl (veya ksm) seiniz. Bu dme seilmi yap veya ksm (hibirey seilmemise, btn izilmi yaplar) stten alta doru evirir. nce btn yapy (veya ksm) seiniz. Bu dme seilmi yap veya ksm (hibirey seilmemise, btn izilmi yaplar) soldan saa doru evirir.
nemli

H 3C

O N H3C
O H 3C N N N N

N CH3 O
CH3

CH3

evir arac stereo yaplandrmasn deitirebilir. Bunu kontrol etmek iin, Seenekler mensnden Tercihler ksmn seerek Yap sekmesine geiniz. Panonun altnda Stereo Yaplandrmasna Devam Et alan bulunmaktadr: Bu, programn molekln gerek 3D yerleimini hatrlayp hatrlamayacan kontrol eder. evirmelerin seili olmasn neririz. Byle bir durumda, nceki molekl ile evrilmeden sonraki molekl, gsterimi farkl olmakla beraber, birbirinin tamamen aynsdr:
CH3 Br H Cl

Yes
H Cl

CH3 Br

Hayr setiyseniz, evrilmeden nceki ve sonraki molekller birbirinin enantiyomeri olurlar:

CH3 Br H Cl

No
H Cl

CH3 Br

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

26

3.4 Seme, Dndrme ve 3D Dndrme

Atomlar, balar ve ksmlar, ikinci sra tularn kullanarak, iki farkl yolla seebilirsiniz, Biraz vakit ayrp u ana kadar izdiiniz molekller zerinde aadaki kipleri deneyiniz: Kement Seici Dikdrtgen Seici veya .

Ksm(lar) seildikten sonra, bunlar ekilde hareket ettirebilirsiniz: Ta , ,

Dndr/Boyutlandr , 3D Dndr Sil 2D En yiletirme (ya da Dzelt) ,

ya da zerinde bir veya daha fazla ilem yrtebilirsiniz: 3D En yiletirme . , veya

3.5 k
Bir veya daha fazla yap izer izmez, bunlar bir dosyaya kaydedebilir, yazdrabilir, ya da MS Word, Excel gibi dier uygulamalar iine ekleyebilirsiniz. izilmi yap(lar)nz I-Lab hizmetlerini denemek iin de kullanabilirsiniz (Blm 4e baknz).

3.5.1 ChemSketch (SK2) Dosyasnn Kaydedilmesi

nceki blmlerde oluturulan yaplar bulunan belgeyi bolum3.sk2 olarak adlandracamz varsaylan zel ACD biimi 3 eklinde kaydedelim. 1. Dosya mensnden KaydetI sein. 2. Gelen iletiim kutusunda, dosyann adn ve hangi dizine konacan belirleyin. Tamam tklayn.

SK2 dosya biimine dair ayrntlar http://www.acdlabs.com/download/#misc adresinden bulunabilecek olan SK2 format belgesinde anlatlmtr.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

27

3.5.2 Bir Yapy MDL Molfile Biiminde Kaydetme

Pek ok program tarafndan paylalan standart biimlerden biri de MDL, Inc. tarafndan gelitirilen molfile biimidir. Bu biimin yalnzca molekl yapsn kaydedeceini, grafikleri ve metinleri kaydetmeyeceini unutmaynz. 1. Molfile olarak kaydedilmesini istediiniz yapy seiniz. 2. Dosya mensnden Aktar komutunu seiniz. Alan iletiim kutusunun altnda MDL Molfiles (*.mol) biiminin seili olduundan emin olunuz:

3. Dosya ad ve dizini belirleyip Tamam tuuna basnz.

Not

ACD/ChemSketchin 5.0 srm aadaki dosya biimlerine aktarma yapabilir: ISIS/ Sketch (*.skc), REACCS Rxnfiles (*.rxn), CS ChemDraw CHM-file (*.chm), CML file (*.cml) - Yeni!, Adobe Acrobat (*.pdf) - Yeni!, Windows Metafiles (*.wmf), Windows Bitmap (*.bmp, *dib), Paintbrush (*.pcx), TIFF Bitmaps (*.tif), GIF Bitmaps (*.gif), MDL MOL-File (*.mol).

3.5.3 Yazdrma
1. Balamadan nce sayfa dzeni ayarlarn kontrol etmek isteyebilirsiniz. Dosya mensnden Sayfa Yaps seeneiyle sayfa iin kat boyutu, hizalama ve kenar boluklarn ayarlayabileceiniz ve isterseniz poster gsterimi iin seenekler bulunan bir iletiim kutusu alr.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

28

2. Tamama basarak ayarlar kaydediniz. 3. Tam Sayfa dmesine basarak sayfann yazdrlnca nasl gzkeceini grnz.

4. Gerekiyorsa sayfadaki nesneleri tayarak dzgn bir ekilde ayarlaynz. 5. Dosya mensnden Yazdr seerek veya simgesine tklayarak, ka kopyann yazdrlacan ayarlayabileceiniz Yazdr iletiim kutusunu grntleyiniz, Tamam a basarak yazdrma ilemini balatnz.

3.5.4 Yapnn Bir Belgeye Aktarlmas

Bazen ChemSketch dndaki uygulamalarda yazlm raporlarnza yaplar ilave etmek isteyebilirsiniz (rnein, Word belgesi, Excel izelgesi gibi). 1. stenen yapy veya yaplar seiniz. 2. Seimi Panoya kopyalamak iin, Kopyala tuunu -VEYADzen mensnden Kopyala komutunu seiniz. -VEYAKlavyenizde CTRL+Cye basnz. 3. Yapnn veya yaplarn eklenecei uygulamaya geerek bu uygulamann Yaptr ilevini kullannz. ChemSketchten kopyalanan yaplar Microsoft Excel gibi uygulamalara yaptrrken, yap rakamlar ve ekiller dizisi eklinde (MDL molfile gibi) grnebilir. Yapnn bir resmini koymak iin, yaptrma yapacanz uygulamann zel Yaptr (Paste Special) zelliini kullannz. Yaptrma seenekleri arasnda ACD ChemSketch 2.0 Nesnesi veya Resimi seiniz. Birincisi yapy, deitirmek istediinizde zerine ift tklayarak ChemSketchi aabileceiniz bir OLE nesnesi olarak ekler. tklaynz.

3.6 Ekrann Temizlenmesi

Ekran temizlemek iin, aadakilerden birini yapabilirsiniz: Yeni bir belge amak iin, Dosya mensnden Yeni komutunu seiniz. st sol tarafta bulunan dmelerden Yeni Sayfa dmesini ilave ediniz . tklayarak yeni bir sayfa

Dzen mensnden Tmn Sei tklayarak Sil komutunu seiniz. Genel ara ubuundaki Sil dmesini tklayn. izilmi yaplardan uzakta bo bir yere tklayarak btn yaplar setikten sonra herhangi bir yap zerine tklayarak btn ekran silin.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

29

4. ACD/I-Laba Balarken
4.1 Amalar
ChemSketchte nasl molekl izeceinizi rendiinize gre, onlarla baka neler yapabileceinizi gstermek isteriz! Bu blm ChemSketch arabirimi zerinden I-Lab (Etkileimli Laboratuarn ksaltmasdr) ile almann temel zellikleri hakknda bilgi verecektir. Burada btn seenekler ve ilevler detayl olarak anlatlmayacak, yalnzca hazr olmanz salayacaktr. reneceiniz konular: ACD/I-Labn tanm ve bu hizmeti kullanmak iin yapmanz gerekenler; Gvenlik duvar veya proxy ile nternete balandnzda seenekleri nasl ayarlamanz gerektii; I-Laba misafir olarak nasl eriebileceiniz; Gsteri izninin ne olduu ve nasl elde edilecei; I-Laba nasl kayt yaplaca; Hesabnzn nasl aktifletirilecei; Nasl giri yaplaca, ve Bir zelliin nasl hesaplanacadr. rnek hesaplama olarak Bedava IUPAC simlendirme hizmetini kullanacaz.

4.2 Genel Bak

ACD/I-Lab ACDnin kimyasal veritabanlarna ve zellik tahmin programlarna ulamanz salayan nternet tabanl bir hizmettir. I-Lab cretli ve cretsiz hizmetler ierir. I-Laba kayt ve yelik cretsizdir. ACD/I-Lab kaynaklarn ChemSketch ile kullanmak iin, elinizde olmas gerekenler: ChemSketch kurmu olduunuz bilgisayarda dorudan nternet balants (en azndan http://www.acdlabs.com ve http://www2.acdlabs.com adreslerine), Bir e-posta adresi, I-Lab eklentisi yklenmi durumdaki ChemSketch srm 4.0 veya daha yksei. I-Lab eklentisi zaten mevcutsa, ChemSketch baladnda, standart ChemSketch arabiriminde men ubuunda ilave olarak I-Lab mens bulunur:

bundan baka, durum ubuunun sol parasnda bulunan I-Lab Giri dmesi de mevcut olur (giri yapar yapmaz, bu dmenin yerini I-Lab dmesi alr):

ACD/ChemSketch 5.0 satn aldysanz, I-Lab eklentisi byk ihtimalle mevcuttur (yazlmn normal kurulumunda, I-Lab da kurulacak ekilde ayarlanmtr). I-Lab mensn gremiyorsanz, rnein ChemSketchin bedava srmn kullanyorsanz, ya da satn aldnz kopyada I-Labn kurulmamasn istediyseniz, eklentiyi http://www.acdlabs.com/download/ilab_addon.html adresinden bedava indirebilirsiniz. ndirdiiniz eklentiyi, ChemSketchin kurulmu olduu dizine kurmanz gereklidir.

4.3 Balant Seenekleri

Bilgisayarnzn nternete snrsz eriimi varsa, ltfen bu blm atlayarak bir sonrakine geiniz. Bilgisayarnz gvenlik duvar veya proxy sunucusu ile korunan bir a zerinden balanyorsa, ILaba erimek iin ChemSketchi kullanmadan nce baz ilave ayarlar yapmanz gerekecektir. 1. Aada gsterildii gibi, I-Lab mensnden Seenekler ksmna giriniz

2. Anz iin Host Name of HTTP Proxy: ve Port: kutularn doldurunuz. Bu bilgiler a yneticinizden elde edilebilir. Request failed (403) veya Request failed (407) (stek reddedildi) biiminde hata mesaj aldysanz, I-Laba korunan proxy sunucusu ile balanamazsnz anlamna gelir. Proxy sunucusu kullanc kimlik dorulamas gerektirir (kullanc ad ve ifre girilmelidir). Ne yazk ki, u anda kullanmda olan ChemSketch iin I-Lab eklentisinde bu sorun iin bir zm bulunmamaktadr. Bu durumda I-Laba yalnzca bir Web taraycs kullanarak balanmanz gerekmektedir. Tarayclarn ou gerekli zellikleri iermektedir. Uygun proxy kimlik dorulama zelliinin daha sonra tasarlanacak Chemsketch srmnde bulunmasna allmaktadr.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

31

4.4 Misafir Eriimi

I-Labn nasl altn grmek iin en hzl yol Misafir Eriimini kullanmaktr. Bu durumda kayt olmanz gerekmez. Misafir Kullanc olarak, mevcut hizmetlerin adlarn grebilmekle beraber, yalnzca Bedava IUPAC simlendirme hizmetini kullanabilirsiniz. 1. I-Lab mensnden Oturum A komutunu seiniz. VEYA durum ubuunda I-Lab Oturumu A dmesine tklaynz (aaya baknz). 2. Alan iletiim kutusunda, Misafir Oturumu A dmesini tklaynz.. 3. Hogeldiniz mesaj grlene dek bir sre bekleyiniz (nternet balantnzn hzna gre deiir). 4. letiim kutusunu kapatmak iin Tamam tuunu tklaynz (ya da, I-Labdan en son haberleri grmek iin Haberler dmesini tklayabilirsiniz). Bylece mevcut hizmetleri grebilirsiniz (durum ubuundaki I-Lab dmesini tklayn veya I-Lab mensn sein). Bedava IUPAC simlendirme hizmetini kullannz.

4.5 Hesaplamalarn Yaplmas

Oturum aar amaz (kaytl veya misafir olarak), hesaplamalara balayabilirsiniz. Bu blmde sunduumuz Bedava IUPAC simlendirme hizmetinin nasl kullanlacan anlatacaz. ncelikle, isminin oluturulaca bir yap iziniz. 1. Yap kipinde olduunuzu kontrol ederek, Blm 3te tantlan ChemSketch aralarn kullanmak suretiyle ilgilenen yapy iziniz. rnein,
O F N CH3 OH O

2. Bir sayfada birden fazla izilmi yap mevcutsa, isimlendirmek istediinizi seiniz. 3. Oturum atnzdan emin olunuz. Durum ubuunun sol tarafn kontrol ediniz: I-Lab dmesi bulunmal ve trafik klar soluk gzkmelidir: Oturum amadan nce: Oturum atktan sonra: Hesabnzda mevcut olan para miktarn gsteren kutu (siyah olarak gsteriliyorsa) veya borcunuz olan miktar (saryla iaretlenmise), Site Lisans veya Misafir Kullanc olarak balysanz gsterilmez. 4. I-Lab dmesini tklayn ve alan men listesinde Naming > IUPAC Name Free seeneini iaretleyin:
Not

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

32

5. Baka parametreye ihtiya olmadn bildiren bir iletiim kutusu grnecektir (Dier zellikler iin, bu iletiim kutusu dier bilgileri veya seenekleri ierebilir) 6. Tamam tkladktan sonra size talebinizi onaylamak ve creti gstermek iin yeni bir iletiim kutusu alr (u andaki rnekte bedava yazacaktr).

7. Eveti tklayn. Talebiniz ilem grr grmez, sonular ieren iletiim kutusu grnr:

ACD/I-Lab Seenekleri iletiim kutusunda (I-Lab mens > Seenekler) Geldiinde sonular gster onay kutusu iaretli deilse sonularn olduu iletiim kutusu grntlenmez, ancak sonular Grev Yneticisi zerinden (I-Lab mens) grebilirsiniz.. 8. Oluturulan isim zerine bir rapor oluturmak iin, Ekle dmesini tklayn. izilen yap, oluturulan isim, ve I-Lab hesaplama bilgileri ChemSketch penceresinde ayr bir sayfa halinde gsterilir:
Not

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

33

I-Lab hesaplamasna bir makalede atfta bulunmak iin, kt sayfasnda bir cmle nerisi bulunmaktadr. 9. nceki yap sayfasna dnmek iin, durum ubuunda (altta) bulunan ok tularn kullannz.
Not

4.6 Gsteri zinleri

Misafir eriimi ve IUPAC Bedava sim hesaplamas boyunca grdkleriniz hounuza gittiyse, bir adm daha atnz: gsteri izni. Gsteri izinleri I-Lab hizmetlerini snrl bir sre iin denemenize msaade eder. Bu gsteri dneminde, btn I-Lab hizmetlerinden cretsiz olarak yararlanabilirsiniz. Gsteri sresi sona erdiinde, yaplacak gezintiler ilem bana cretlendirilecektir Gsteri izinleri iki haftalk (14 gn) bir sre iin geerlidir. Datc veya sat temsilcisi, gsteri iznini mterisi adna daha uzun bir sre iin talep edebilir. Bu gibi durumlarda dorudan I-Lab yneticisine dannz. Gsteri izinlerinin I-Lab Yneticisi tarafndan oluturulma zorunluluu vardr. Bir gsteri izni istei geldiinde, devreye bir yetkilimizin girmesi gerekmektedir. Bu ilem, hesap aktifletirme izni oluturma gibi otomatik bir ilem deildir. Her hesap iin hesabn ald yl ve yalnzca bir kere gsteri izni hakk vardr. Doal olarak, gsteri izinleri yalnzca yeni alm hesaplara verilmektedir. Gsteri izinleri iin istekte bulunmak gerekmekte olup otomatik olarak uygulanmazlar. Gsteri izinlerinin yalnzca bir kere uygulanmas gereklidir! Gsteri eriiminin kazanlmas iin her defasnda girilmesi gerekmez. Hesaba baaryla uygulandktan sonra, kullancnn yalnzca normal olarak oturum amas gerekir. Bir I-Lab hesabna gsteri izni uygulamak konusunda sorunlar yaanyorsa, I-Lab yneticisi bizzat hesap iin gsteri dnemini balatabilir.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

34

4.6.1 Gsteri znini Elde Etme

1. I-Labta oturum amadnzdan emin olun. Amsanz, I-Lab mensnden Oturumu Kapat seeneini iaretleyiniz. 2. I-Lab mensnden Gsteri zni ste komutunu seiniz. Varsaylan posta ilemciniz standart istek mesajn oluturmak zere devreye girecektir. Mesaj okuyunuz, gerekli bilgileri giriniz, ve gnderiniz. Posta ilemcisi otomatik olarak balamazsa, kendiniz ilab@acdlabs.com adresine, konusu rnein Send me a Demo Key (Bana Gsteri zni Gnderin) olan bir ileti hazrlayarak, isminizi ve telefon numaranz yaznz. Ltfen, gsteri iznini isterken, I-Labn ticari bir hizmet olduunu ve gsteri sresi bitiminde yaplacak ilemlerin cretlendirileceini onayladnz unutmaynz.. 3. Bir sre sonra, muhtemelen ertesi alma gnnde, iinde Gsteri zni Eriim Anahtar (Demo Access Key) bulunan bir ileti alacaksnz. Bu mesajda, anahtar nasl altracanza dair ynergeleri de bulacaksnz.
Not

4.7 Kayt
I-Labn ticari hizmetleriyle alabilmek ve Gsteri znini kullanabilmek iin, ncelikle I-Laba kayt yaptrmal ve sonra da kendinize ait bir hesap amanz gerekmektedir. 1. I-Laba Misafir olarak oturum atysanz, I-Lab mensnden Oturumu Kapat seiniz. 2. I-Lab mensnden I-Lab Kayt komutunu altrnz. Aadaki iletiim kutusu grnecektir:

3. Elinizde Gsteri izni mevcut deilse (daha fazla bilgi iin Blm 4.6ya baknz), Gsteri iznimi kullanmak istiyorum (I want to use my Demo Key) onay kutusunu temizleyerek Tamam tuunu tklaynz. Gsteri zninizi kullanmak istiyorsanz, ilgili onay kutusunu iaretleyiniz. Bu durumda aada tarif edilen kayt ilemi biraz deiecektir: Gsteri zninizi belirtmenizi belirten baz ilave iletiim kutular alacaktr. 4. Alan lisans anlamasn okuyunuz ve koullar kabul ediyorsanz Kabul seeneini tklaynz
Not

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

35

5. Sonraki iletiim kutusu ACD Web sitesinde kaydnzn olup olmadn soracaktr. Ticari hizmetleri kullanacaksanz, Web sitesine salam olduunuz kiisel bilgiler yeterli olamayabilecei iin, kaytl dahi olsanz Hayr seeneini semeniz tavsiye edilir. Ardndan Tamam seeneini tklaynz

6. Kiisel bilgilerinizi gireceiniz ACD/I-Lab Hesap Kayt Formu ekrana gelir. Krmz nokta ile iaretlenmi olan eler gerekli olan bilgilerdir:

7. Kiisel bilgilerinizi girdikten sonra Tamam tkladnzda, ifrenizi yeniden girmeniz istenecek ve az nce girdiiniz bilgiler gsterilecektir. Yazlan bilgileri kontrol ederek, herey doru ise Tamam tuuna basnz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

36

8. Yazm olduunuz e-posta adresine, otomatik olarak bir e-posta mesaj gnderilecektir. Gelecek olan mesajn konusu Your ACD/I-Lab activation key (ACD/I-Lab aktifletirme izniniz) olacak ve iinde kullanc adnz ve ifreniz hatrlatlmak kaydyla aktifletirme izniniz bulunacaktr.

4.8 I-Lab Hesabnz Aktifletirme

Kayt olduktan ve aktifletirme izninizi aldktan sonra, hesabnz aktifletirmeniz gereklidir. 1. I-Lab mensnden Hesab Aktifletir seenei ile aadaki iletiim kutusu gsterillir:

2. Kullanc adnz ve e-posta mesajnda bildirilen aktifletirme iznini giriniz. Aktifletirme iin Tamama basnz.
pucu Aktifletirme iznini e-posta mesajndan bu iletiim kutusuna dorudan doruya CTRL+C ve CTRL+V kullanarak kopyalayp yaptrabilirsiniz.

3. Aktifletirme izninizin baaryla uygulandn belirten bir mesaj almanz gerekir. I-Lab hesabnz artk kullanlmaya hazrdr. Yalnzca burada, aktifletirme iznini kullanmanz gereklidir.

4.9 Oturum Ama

Hesabnz kayt edip aktifletirdikten sonra oturum aabilirsiniz. 1. I-Lab mensnden Oturum A komutunu seerek veya durum ubuu zerindeki I-Lab Oturum A dmesini tklaynz. 2. Alan iletiim kutusunda kullanc adnz ve ifrenizi giriniz. Misafir olarak oturum amak istiyorsanz, kullanc ad ve ifre girmenize gerek kalmakszn, yalnzca ilgili dmeyi iaretleyiniz. 3. Tamam tklaynz. I-Laba baaryla oturum atnzda, onay iin bir iletiim kutusu grnecektir.
Not

Balant kurulamamsa, iletiim kutusunda bir hata mesaj grnecektir. Tekrar denemeniz gerekebilir. 4. Blm 4.5e giderek, isterseniz, baka bir Bedava IUPAC simlendirme hesaplamas deneyiniz.
Not

5. Mevcut olan herhangi bir hesaplamay semeye hazrsnz. I-Lab mensnden, istediiniz hizmeti seiniz. Burada, devam etmek istemediinizde Hayr tuunu seebileceiniz steinizi Onaylaynz (Confirm your Request) yazl bir iletiim kutusunun kacan hatrlaynz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

37

5. Daha Karmak Yaplarn izilmesi

5.1 Amalar
Blm 3te bahsedilen yap iziminin temellerini altnza ve Blm 4te bir yapnn nasl web tabanl hesaplamalar iin girdi olarak kullanlabileceini grdnze gre, ChemSketchin ileri ilemlerini kullanarak daha karmak yaplar izmek isteyebilirsiniz. Bu blmde aadakilerin yapln reneceksiniz: Yaygn kimyasal paralarn izilmesi iin Radikal Tablosunu kullanma; Hzlca halka yaplar izme; Atomlar silme ve bakasyla deitirme; ift ve l balar oluturma; Bir atomun ykn belirleme, katyon ve anyonlar izme; ve eitli atomik zelliklerini deitirme.

5.2 Radikal Tablosunun Kullanm

Radikal Tablosu nceden izilmi amino asit ve onlarn koruyucu gruplar olduu kadar nkleotidler ve dier sklkla kullanlan radikalleri de ierir. 1. nceki blmde verilen bilgileri kullanarak ekran temizleyiniz 2. Bavuru ara ubuu zerindeki Radikal Tablosu gsteriniz: dmesine tklayarak radikalleri

3. Radikal Tablosunda Sikloheksan

dmesine tklaynz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

38

4. Ekrann sa tarafnda bulunan bavuru ara ubuunda, Sikloheksan dmesinin olutuunu ve seili durumda olduunu greceksiniz. 5. Bu admlar, Siklopentan
Not

dmesi iin tekrarlaynz.

Radikal Tablosundan yeni radikaller setiinizde, karlk gelen dmeler otomatik olarak Bavuru ara ubuuna eklenecektir. Bavuru ara ubuundan bu dmeleri yoketmek iin, bunlarn herhangi birine veya Bavuru ara ubuuna ift tklayarak Eveti seiniz.

5.3 Halkal Yaplarn Kullanlmas

1. Sa taraftaki Bavuru ara ubuunda bulunan siklopentan bu dmeyi Radikal Tablosundan seiniz. 2. Ekrana tklayarak be yeli bir halka oluturunuz. 3. Ayn ara ubuunda, sikloheksan dmesini gsterilen ba zerine seiniz. imdi, farenin imlecini ok ile dmesini seiniz VEYA

gtrerek, tklamak suretiyle u yapy oluturunuz:

4. Bu admlar tekrarlayarak yandaki yapy iziniz;

5. Dey Ba Ayarla

dmesine tkladktan sonra okla gsterilen baa tklayp

yapnn u ekilde dnmesini salaynz: 6. Bavuru ara ubuunda bulunan Radikal Tablosunu 7. Radikal Tablosunda, karboksil radikal dmesine seiniz. 8. Oklarla iaretlenen atomlara tklayarak, kartnz:
O OH HO O

tklaynz. tklayarak karboksil grubunu O

OH

bunlardan karboksil grubu

O HO HO HO O

OH O O

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

39

5.4 Atomlarn ve Ksmlarn Silinmesi

O HO O HO O
CH3 CH3 O H3C CH3 CH3

OH O OH O

Oklarla iaretli atomlar silerek

HO HO O

u yapy oluturunuz:

Bunu iki ekilde yapabilirsiniz: her atomu teker teker silebilir (Blm 3.2.3te anlatlmt) ya da pek ok atomu bir defada silebilirsiniz.

5.4.1 Birok Atomu Ayn Anda Silme

1. Yap ara ubuunda bulunan Kement Ak/Kapal dmesine kipini aktifletiriniz. Se/Ta aracnn aktifletiine dikkat ediniz. basarak Kement seme

2. Srkleyerek, kapal Kement izgisinin iinde kalacak ekilde btn ilgili atomlar seiniz:
O HO O HO O HO HO O OH O OH O

Not

Bu resimdeki noktal blge istenen gruplarn dahil olduu tavsiye edilen yolu gstermekte olup alma alannzda byle gzkmeyecektir. Yalnzca kement iine alnm atomlar seilecektir. tklaynz.

3. Genel ara ubuu zerindeki Sil dmesini

4. Ayn anda seilmi atomlardan herhangi birine tklayarak bunlarn hepsini bir kerede siliniz.
Not

Atomlar, balar ve paralar iki farkl ekilde, Kement seicisini seicisini iin, bo bir yere tklaynz.

veya Dikdrtgen

kullanarak seebilirsiniz. Seilmi parann / paralarn seimini iptal etmek

5.5 Atomlarn Bakas ile Deitirilmesi

CH3 CH3

NH N

NH2 HN N NH2 OH

Oklarla gsterilmi atomlar, O

H3C CH3

CH3

bu ekilde deitiriniz O
HO N OH

NH

1. Sol taraftaki Atom ara ubuundaki Azot dmesine btn karbonlara ( tane ak renkli ok) tklaynz. 2. Atom ara ubuundan Oksijen ubuuna yerlere tklaynz.
Not

tklayarak deimesi gereken

tklayarak koyu renkli oklarn bulunduu

Srekli iz aracyla atom deiimi yapamazsnz (Blm 3.2.6ya baknz).

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

40

5.6 ift ve l Balar Oluturma

1. Normal iz , Srekli iz
NH N HN N HO N OH NH OH

veya Zincir iz
NH2 NH2

aralarndan birisi aktifken, oklarla

N NH2 HN N HO N
+

gsterilen balara O

tklayarak ifte ba yapnz: O

N N

NH2 OH

OH

2. ifte Ba Deitir veya Hidrojen Konumu

dmesini kullanarak yapnn

grnmnde ince ayar yaplabilir. Bu dmeyi seerek iaretlenmi hidrojenlere ve ifte balara tklaynz. Hidrojenin azot ve oksijen etrafndaki, ifte ban da tek ban etrafndaki hareketine dikkat ediniz:
N N O HO N
+

NH2 HN NH2 OH

OH

5.7 Ykleri Ayarlama ve Anyon-Katyonlar Tanmlama

Bu blmde aadaki yaplar izeceiz:

H3C
+ NH2

H3C CH3
H3C NH
+

H3C N
-

CH3

CH3
H3C N N
triplet ift radikal

katyon

anyon

serbest radikal

H3C CH3

H3C

NH

CH3

pozitif radikal iyon

negatif radikal iyon

Singlet ift radikal

seiniz ve Normal iz aracnn 1. Atom ara ubuundaki Karbon dmesini olduundan emin olunuz. Ayn yere kere tklayarak aadaki yapy iziniz:
H3C CH3

geerli

2. Azot dmesini

seerek paradaki orta karbonun zerine tklayp onu azotla deitiriniz:

3. Soldaki Atom ara ubuunda bulunan (+) Yk Arttr dmesinin tklayarak aadaki gruplara geniletiniz:

sa altndaki gene

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

41

(+) yk arttrma; (-) yk azaltma; Radikal; Pozitif Radikal Iyon; Negatif Radikal Iyon. 4. (-) Yk Azalt dmesini tklayp NH grubunu anyon haline getiriniz: H3C

CH3
dmesini

5. Sa tklayarak (+) Yk Arttr aracna geiniz (ya da dme grubundan seiniz) ve iki kere tklayarak katyon haline getiriniz: H3C

NH2 CH3
Not

Bir ametalin ykn deitirmek zere Yk dmelerini, veya kullandnzda, karlk gelen sayda hidrojen atomu uygun kimyasal deerlii salamak iin otomatik olarak ilave edilir ya da karlr. Bir metalin ykn deitirirseniz, yk karlk gelen iyonun bir sonraki kimyasal olarak geerli yk ile uyumlu olarak artma veya azalma eklinde deitirilir (Elementlerin Periyodik Tablosunda kullanlan yaygn deerlikleri grebilirsiniz). seerek

6. Yukarda, nc admda gsterilen dme gruplarndan Radikal dmesini NH2 grubu zerine tklamak suretiyle bir serbest radikal oluturunuz: H3C

CH3
basarak, abucak

7. alma alannn bo bir ksmna sa tklayarak, ya da ilgili dmeye Pozitif Radikal yon aracna geip pozitif radikal iyonu iziniz:

H3C NH
+

CH3
seiniz ve

8. alma alannn bo bir ksmna sa tklayarak Negatif Radikal yonu aracn tklayarak negatif radikal iyonu oluturunuz: H3C

NH
9. stteki Genel ara ubuundan Sil dmesini siliniz.

CH3
seerek sadaki CH3 grubuna tklayp onu seerek NH grubu

10.nc admda kullanlan dme gruplarndan Radikal aracn zerine singlet ift radikal elde edilene dek birka kere tklaynz: H3C

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

42

11.Radikal aracyla tklamaya devam ederek, triplet ift radikal elde ediniz: H3C

5.8 Atom zelliklerinin Deitirilmesi

Bir ChemSketch yapsnda atomun deerliini veya izotopun ktlesini grntlemek ya da atomun yaztipini veya boyutunu bile deitirmek isterseniz zellikler panelini kullanmalsnz. 1. Se/Ta dmesini tklayn.

2. Gsterilen zelliklerini deitirmek istediiniz atomun zerine ift tklayn. Bylece zellikler iletiim kutusu grnecektir. Atom zellikleri sekmesine geiniz:

3. Dmelere grntlenir:

tklamakla aadaki zelliklerin deimesi iin seenekler

C atom sembol, H ilikili hidrojenler, n ilikili hidrojenlerin indisi (says), q yk, V deerlik, I izotop ktlesi, N tm molekldeki atom numaralamas. Deerleri deitirdiiniz iin, seilmi atomda deiikliklerin derhal gzlenmesi iin Uygula dmesine tklamanz gereklidir.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

43

6. leri Yaplar, SMILES Gsterimi ve Reaksiyon emalar

6.1 Amalar
Bu blm, biraz daha karmak yaplar izmek iin atacamz sonraki admdr. ki tr en iyiletirmeden bahsedilecektir: (2D) ve basit bir g alan modeline gre en iyiletirme (3D). ChemSketchi ilk kez kullanyorsanz, burada tarif edilen altrmalar yalnzca nceki blmleri tamamladktan sonra yapmanz nerilir. Bu blmde aadakilerin nasl yaplacan reneceksiniz: 2D en iyiletirmesini (Yap Dzeltme) kullanarak halkal Alkanlarn ve Peptidlerin izimi; yaplar SMILES biimine dntrme ve tersini uygulama; Bisiklo[2.2.2]oktan, triptisen, kuban ve dodekahedran molekllerinin zel 3D yaplarnn izilmesinde 3D En iyiletirme aracnn kullanlmas; Reaksiyon emalarnn izilmesi.

6.2 2D En iyiletirme
Dzelt seenei izilen eklin 2D-en iyiletirmesi olarak dnlebilir, yani, btn ba uzunluklarnn ve alarnn standartlatrlmas iin yeniden izilmesi ve boyutlandrlmasdr. Bu seenei kullanarak herhangi bir yapy mkemmel bir ekilde izebilirsiniz. Baz rnekler:

6.2.1 Halkal Alkan Yapsnn Oluturulmas

Bu blm, Web sitemizden indirilebilecek olan veya Movies dizininde bulunan cycloalk.exe dosyasndan uyarlanmtr. Aadaki teknii kullanarak halkal alkanlar mkemmel bir ekilde hzlca izebilirsiniz. Aada Siklononan molekln nasl izeceiniz anlatlmtr.

1. Yap kipine basarak siliniz. 2. Zincir iz aracn

geiniz ve btn yaplar CTRL+A ve sonra da DELETE tularna seerek alma alannda 9 yeli bir zincir iziniz. Zincirdeki atomlarn

saysnn srkleme esnasnda imle yannda gsterildiine dikkat ediniz.

3. Sa tklayarak abucak Normal iz aracn

seiniz ve bir utan dier uca bir ba iziniz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

44

4. Yapy Temizle dmesine

basarak aadaki yapy elde ediniz:

Yukardaki teknii kullanarak C10- ve C8-halkalarn iziniz.

6.2.2 Halkal bir Peptid Yapsnn Oluturulmas

Bu blm Web sitemizden veya Movies dizininde bulunabilecek olan pept.exe isimli filmden uyarlanmtr. Halkal Tyr-Ala-Trp yapsn izelim. Burada da Yapy Dzelt dmesinin faydal olduunu greceiz.

1. Yap kipine

geerek btn yaplar CTRL+A ve sonra da DELETE ile siliniz. amino asitler sekmesini seiniz.

2. ablon Penceresinden

3. Amino asit grubu iinde, Tirozini (Tyrosine) ve sonra da alma alannda bo bir yere gelerek tklayp yapy kopyalayn. 4. Radikal Tablosundan , srasyla Alanin ve Triptofan basarak karlk gelen radikalleri u srada ekleyiniz: dmelerine

Not

ablon glgesini alma alanna yaptrmadan nce, TAB tuuna basarak evirmeniz gerekecektir. seiniz ve NH2 grubunu OH grubuna ekilde

5. Sa tklayarak abucak Se/Ta aracn gsterildii gibi srkleyiniz:

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

45

6. Aadaki yapy elde etmek zere, Yapy Dzelt dmesini

tklaynz:

Baka bir halkal peptidi, rnein Gramisidin Syi izmeyi deneyiniz:

6.3 SMILES Gsterimi- 5.0 iin yeni!

ACD/ChemSketch srm 5.0, artk SMILES (Basitletirilmi Molekl Girdi Dizini Giri Tanmlamas- Simplified Molecular Input Line Entry Specification) dizgilerini kimyasal yaplara, yaplar da SMILESe dntrebilmektedir. Bu biim hakknda daha fazla bilgi Daylight Chemical Information Systems, Inc.in Web sitesinden aadaki www adresi kullanlarak alnabilir:
http://www.daylight.com/dayhtml/smiles/smiles-intro.html

6.3.1 SMILES Gsterimi

Blm 6.2.2de izilmi halkal peptid iin SMILES dizgisini oluturmaya alacaz. 1. Bir sayfada izilmi ok sayda yapnz var ise, SMILES dizgisini oluturmak istediinizi seiniz, u anda halkal peptidi seerek rneimizi anlatacaz. 2. Aralar mensnden SMILES Gsterimi Olutur komutunu seiniz. Oluturulan dizgi yapnn hemen altnda gsterilecektir:

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

46

3. Metin biimindeki dizgiyi seerek ve CTRL+Cye basarak Windows panosuna kopyalayabilirsiniz. Daha sonra istediiniz bir programa kendi men komutuyla veya CTRL+V ile yaptrabilirsiniz.
Not

Bir sayfada birden ok yapnz varsa ve hepsinin SMILES dizgilerini elde etmek istiyorsanz, hepsini semeniz gerekmez hepsini seilmemi durumda brakmken SMILES Gsterimi Olutur komutunu ilettiinizde btn yaplarn SMILES gsterimi, arada nokta ile birbirinden ayrlan tek bir dizgi eklinde ekranda gzkr.

6.3.2 SMILES Gsteriminden Yaplarn Oluturulmas

imdi dier ilemi deneyeceiz SMILES dizgisinden yapnn oluturulmas. ncelikle nceki blmde oluturulan gsterimden yapy oluturacaz. 1. nceki blmde oluturulan metin dizgisini seiniz:

2. Aralar mensnden SMILESten Yapy Olutur komutunu seiniz. Metin dizgisinin altna oluturulmu yap yerletirilir. Grdnz gibi, bu yap geen blmde SMILES gsterimi oluturulan yapdr:

C4(=O)C(Cc1ccc(cc1)O)NC(=O)C(NC(=O)C(Cc2cnc3c2cccc3)N4)C
O NH NH O NH N H

H3C

HO

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

47

3. alma alanna girecek metin dizginiz yoksa veya dizgi seilmemi durumdaysa, SMILESten Yapy Olutur komutunun seilmesiyle dizgiyi el ile girebileceiniz u iletiim kutusu grntlenir:

4. OK tuuna tkladnzda oluturulmu yap imlete ablon glgesi olarak asl durur:

5. alma alanna tklayarak yapy yerletiriniz.

6.4 3D En yiletirme
Bu blm gereki alar ve ba uzunluklar olan yaplarn nasl oluturulacan aklamaktadr. Byle moleklleri orantl olarak izmenin ne kadar zor olduunu belirtmeye gerek duymuyoruz. 3D-En iyiletirme ve 3D Dndrme seenekleri bu zorlukla hzla baetmenizi ve kolaylkla ACD/ChemSketchte karmak yaplar izmenizi salayacaktr. 3D en iyiletirme algoritmas bata CHARMM parametreletirmesine dayanan g alan ile molekl mekaniinin zel bir halidir4. Dzeltmeler iinde baz basitletirmeler bulunmakta olup hesaplamann kararlln ve hzn artrmak amacyla tasarlanmtr. 3D en iyiletirmenin btn molekllere uygulanacak bir molekl mekanii motoru OLMADIINI hatrlaynz. Tasarm, 3D yaplarnn hassas bir ekilde en iyiletirilmesinden ok, (muhtemelen ok mantksz olan) 2D izimlerden mantkl yerleimlerin gvenilir ekilde oluturulmasna olanak tanmaktadr. 3D en iyiletirici yapy beklediinizden farkl bir ekilde oluturmu ise, aknla dmeyiniz. Yerleimsel analizde molekllerin doal olarak ok sayda yerleimi olmas ok normaldir. En iyiletirici bunlardan yalnzca birini bulmakta olup, bu da beklediiniz olmayabilir. rnein, sikloheksan halkasnn yapsn muhtemelen bir koltuk olarak beklemekte iken, en iyiletirici size sandalye yerleimi sunabilir, bu da uygun yerleimlerden birisidir (aslnda, pek ok yapda bu ksm bklm bir ekilde mevcuttur). Byle bir durumda yerleimi dzeltmeyi deneyebilsiniz (mesela, atomlar el ile istediiniz konumlara yerletirip 3D -en iyiletirmeyi tekrarlayabilirsiniz). Moleklnzn gerek yerleimsel analizini zel molekl mekanii veya kuantum kimyas geometri en iyiletirme program kullanarak yapmak isteyebilirsiniz. ChemSketch 3D-yaps girdi verisi olarak iinize yarayabilir. Not Yaplar, standart deerlik ve ba durumlarnda olmak kaydyla, C (IV), H(I), F(I), CI(I), Br (I), I (I), N (III, IV), O (II), S (II, IV, VI) atomlar bulunduu takdirde bu ekilde modellenebilir. Ykl atomlar ieren yaplar (azid ve nitro gruplar hari) en iyiletirilememektedir.

B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States, S. Swaminathan, and M. Karplus. CHARMM: A program for macromolecular energy, minimization, and dynamics calculations. J. Comput. Chem. 4 187-217 (1983).

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

48

6.4.1 Bisiklo[2.2.2]oktan Yapsnn Oluturulmas

Bu blm Web sitemizden indirilebilecek veya Movies dizininde bulunabilecek bicyc.exe film dosyasndan uyarlanmtr.

kipine geerek nceki btn yaplar siliniz veya yeni bir sayfa oluturunuz. 1. Seenekler mensnden, Tercihler ksmn seerek Yap sekmesine geiniz. 2. Hidrojen Ekle onay kutusunu temizleyip Tamam tuuna basnz. 3. Radikal Tablosundan 4. Normal iz aracn kprs iziniz. Sikloheksan seiniz. alma alanna tklayarak bir sikloheksan halkas yerletiriniz. tklayp aada gsterildii gibi srklemek suretiyle hidrokarbon

5. 3D En yiletirme dmesini
Not

tklayarak izilmi yapnn 3D modelini elde ediniz. , Se/Ta/Boyutlandr veya 3D

alma alannda bir taneden fazla yap varsa 3D en iyiletirmesi yapmak istediiniz yapy herhangi bir seme aracyla (Se/Ta Dndr ) semeniz gereklidir.

6. Tercihler iletiim kutusunun Yap sekmesindeki 3D Dndrme kipine evir onay kutusu (Seenekler mens) seilmise, 3D En yiletirmesinden sonra otomatik olarak 3D seiniz. Fare imlecini Dndrme kipine geilecektir. Sememiseniz, 3D-Dndr aracn yapdaki herhangi bir atom veya ba zerine gtrerek srklemek suretiyle yapy aada gsterildii hale getiriniz:

Not

Not

Seenekler mensnden, Tercihler ksmn seerek iletiim kutusundaki Yap sekmesini tklaynz. Arkaplandaki ban krlp krlmayacan, Ba Kesiimleri blmndeki Etkinletir onay kutusunu seerek veya temizleyerek belirleyebilirsiniz. Kesien balarn konumunu seilen ba zerinde Ba ne Getir (CTRL+F) veya Ba Arkaya Gnder (CTRL+K) komutlarn kullanarak (Aralar mens) deitirebilirsiniz. Arkaplanda bulunan bir ba ne Konum Deitir aracn tklayarak aktifletirebilirsiniz. SHIFT tuu basl iken

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

49

Yukardaki teknii kullanarak aadaki ekilleri izmeye aln: Bisiklo[2.2.1]heptan

Bisiklo[4.2.1]nonan

6.4.2 Triptisen Yapsnn Oluturulmas

Bu blm, Web sitemizden indirebileceiniz veya Movies dizininde bulabileceiniz triptyc.exe film dosyasndan uyarlanmtr.

Yap kipine oluturunuz.

geip btn nceden izilmi yaplar siliniz ya da yeni bir sayfa

1. Bisiklo[2.2.2]oktan yapsn yukarda tarif edildii gibi oluturunuz. VEYA Yap ara ubuundaki ablon Penceresi dmesini Bisiklik sekmesini 2. Radikal Tablosundan Benzeni tklayarak alan pencerede

ve oradan da uygun yapy seiniz.. seiniz.

3. mleci a bana gtrp bu baa bir benzen halkas ekleyiniz:

4. kinci ve nc admlar b ve c balar iin tekrarlayarak aadaki yapy elde ediniz:

5. alma alannda birden ok yap mevcutsa, 3D-en iyiletirme tekniini kullanmak istediiniz yapy seme aralarndan (Se/Ta biriyle seiniz. , Se/Ta/Boyutlandr veya 3D Dndr )

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

50

6. izilmi eklin 3D modelini elde etmek iin 3D En yiletirme dmesine

tklaynz:

7. Tercihler iletiim kutusunun Yap sekmesindeki 3D Dndrme kipine evir onay kutusu (Seenekler mens) seilmise, 3D En yiletirmesinden sonra otomatik olarak 3D Dndrme kipine geilecektir. Sememiseniz, 3D-Dndr aracn seiniz. Fare imlecini yapdaki herhangi bir atom veya ba zerine gtrerek srklemek suretiyle yapy aada gsterildii hale getiriniz: 8. Aralar mensnden Aromatiklii Gster seeneiyle aromatik halkalar gsteriniz:

6.4.3 Kuban Yapsnn Oluturulmas

Bu blm Web sitemizden indirebileceiniz ya da Movies dizinidne bulabileceiniz Pr_cub.exe film dosyasndan uyarlanmtr.

Yap kipine sayfa oluturunuz.

geerek nceden oluturulmu btn yaplar temizleyiniz veya yeni bir

dmesini tklaynz. alma alanna iki kere Siklobutan 1. Radikal Tablosundan tklayarak birbirinin altnda iki adet drt yeli halka oluturunuz. seerek siklobutan molekllerinin kelerini aada gsterildii gibi 2. Normal iz aracn bir atomdan dierine srklemek suretiyle birletiriniz:

3. izilmi yapnn 3D modelini elde etmek iin 3D En yiletir 4. Seilmemise 3D Dndrme aracn seiniz.

dmesini tklaynz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

51

5. Fare imlecini yapnn herhangi bir atomu veya ba zerine gtrp fareyi alma alannda srkleyerek istediiniz grnty elde ediniz:

Not

Not

Seenekler mensnden, Tercihler ksmn seiniz ve iletiim kutusundan Yap sekmesine tklaynz. Arkaplan bann krlp krlmayacan Ba Kesiimleri blmndeki onay kutusunu seerek veya temizleyerek belirleyebilirsiniz. Kesien balarn konumunu seilen ba zerinde Ba ne Getir (CTRL+F) veya Ba Arkaya Gnder (CTRL+K) komutlarn kullanarak (Aralar mens) deitirebilirsiniz. Arkaplanda bulunan bir ba ne Konum Deitir aracn tklayarak aktifletirebilirsiniz. SHIFT tuu basl iken

Yukardaki teknii kullanarak aadaki yaplar izmeye aln Prizman Heksasiklo[4.2.0.02,5.03,9.04,8.07,10]dekan

6.4.4 Dodekahedran Yapsnn Oluturulmas ([5]Fulleren-C20)

Bu blm Web sitemizden indirebileceiniz veya Movies dizininde bulabileceiniz fuller.exe film dosyasndan uyarlanmtr.

Yap kipine sayfa anz.

geerek ekrandaki nceden yaplm btn yaplar siliniz veya yeni bir

Siklopentan 1. Radikal Tablosundan siklopentan halkas oluturunuz.

seiniz.alma alanna tklayarak bir

2. Fare imlecini srayla ilk koyduunuz halkann btn balar zerine tklayarak be ayr halka oluturunuz:

3. Sa tklayarak abucak Se/Ta aracna

geiniz.

4. a, c, e, g, i atomlarn b, d, f, h j atomlarna, aadaki emada gsterildii gibi srkleyerek birletiriniz:

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

52

5. Atom ara ubuunun solundaki Karbon dmesini dorudan tklayp dier atomlar ve balar ilave ediniz:

seerek oklarla iaretli yerlere

6. Komu metil gruplarn bir atomdan dierine srklemek suretiyle tek balarla birletirerek aadaki yapy elde ediniz.

7. 3D En yiletirme dmesine

tklayarak izilen yapnn 3D modelini elde ediniz.

pucu En iyiletirme sonrasnda fulleren tipi bir yap yerine Moebius yaps olumu ise

en iyiletirme normal olmayan bir deerde kalm demektir. Geri Al dmesini kullanarak en iyiletirme ncesi molekle geri dnnz. Sonra, Yapy Dzelt aracn veya, Se/Ta aracn kullanarak, baz atomlar hafife kaydrarak tekrar en iyiletirme ilemini uygulaynz.

8. 3D Dndrme aracn seiniz. Fare imlecini yapdaki herhangi bir atomun veya ban zerine getirip alma alanna srkleyerek istediiniz gsterimi elde ediniz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

53

Not

Not

Seenekler mensnden, Tercihler ksmn seiniz ve iletiim kutusundan Yap sekmesine tklaynz. Arkaplan bann krlp krlmayacan Ba Kesiimleri blmndeki onay kutusunu seerek veya temizleyerek belirleyebilirsiniz. Kesien balarn konumunu seilen ba zerinde Ba ne Getir (CTRL+F) veya Ba Arkaya Gnder (CTRL+K) komutlarn kullanarak (Aralar mens) deitirebilirsiniz. Arkaplanda bulunan bir ba ne Konum Deitir aracn tklayarak aktifletirebilirsiniz. SHIFT tuu basl iken

Yukardaki teknii kullanarak aadaki yaplar izmeye aln [4,6]Fulleren-C24 [5,6]Fulleren-C24

6.5 Bir Reaksiyon emasnn izilmesi

Bu blm Web sitemizden indirebileceiniz veya Movies dizininde bulabileceiniz reaction.exe film dosyasndan uyarlanmtr. Bu blmde aadaki reaksiyon emasn izeceiz:

+
1. Radikal Tablosundan Benzeni seiniz. (Bu ablonu yaknlarda kullandysanz, sadaki Bavuru ara ubuunda bulabilirsiniz). 2. TAB tuuna basarak ablon glgesini evirdikten sonra, aadaki yapy alma alannda birka kere tklayarak elde ediniz:

Kaynam halkal yaplar izmek iin, imleci dorudan halka ba zerine getirip tklaynz. 3. TABa basarak yine glgeyi evirdikten sonra izilmi eklin yanna bir kere daha tklayarak ayr bir halka oluturunuz. Sa tklayarak ablon glgesini saklaynz.
Not

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

54

4. stteki Yap ara ubuunda bulunan Normal iz aracn kullanarak ban zerine tklayp onu l baa evirin:

5. Triptisenin yapsn Blm 6.3.2de belirtildii gibi iziniz ve dier izilmi yaplarn yanna yerletiriniz:

6. Yap ara ubuundan Reaksiyon Art aracn tklayarak bir art iareti ilave ediniz:

seip ilk ve ikinci yaplar arasna

+
7. Reaksiyon Oku aracn setikten sonra tklayp srkleyerek yle yerletiriniz:

+
Not

Reaksiyon Oku dmesinin sa altndaki gene basmakla birok ok biimi arasndan seim yaplabilir. Baz oklar grafik nesneler olarak tannacak olsa da, doru ekilde aktarlamayabilirler. setikten sonra nesneye yneltip

8. Art simgesini veya oku tamak iin Se/Ta aracn srkleyiniz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

55

7. leri izim: ablonlar

7.1 Amalar
Bu blm programn gl ablon zelliini kavradnzda ileri izim deneyimine bir adm daha yaklatracaktr. renecekleriniz: Baz durumlarda, ablon kullanmnn getirecei faydalar; Tekrarlanan ksmlar ieren yaplarn izilmesinde Annda ablon aracnn nasl uygulanaca; Radikal Tablosunun kullanmna ilikin daha fazla yntem; DNA moleklleri ile karmak biyomolekllerin izilmesinde ablon Penceresinin nasl kullanlaca; Kendi ablonlarnz nasl oluturacanz; Ve Web sitemizde hangi ablonlarn mevcut olduu.

7.2 Genel Bak

ACD/ChemSketch aada belirtilen adet ablon aracna sahiptir: Radikal Tablosu Annda ablon ablon Penceresi ; ; ve ;

Radikal Tablosundaki herhangi bir ablonun balanma noktas sabitken (deimez karakterli), ablon Penceresi ve Annda ablon aralar, hangi atom veya ban balanma noktas olacan basite tklayarak belirtmenize olanak salar. Ancak, ablonun kayna ne olursa olsun, balanma prensipleri ayndr. izilmi bir yapya ablon eklemenin pek ok yolu vardr: Yapnn ve ablonun balarn birletirmek: farenin imlecini ba zerine, yapnn ve ablon glgesinin karlk gelen balar birleene dek getirdikten sonra tklayarak. ablonu yapya eklemek: yapda bulunan ilgili atom zerine fare imlecini getirdikten sonra ortaya kan birletirme bana tklayarak. ablon ve yap arasnda spiro balants oluturarak: balanma noktas olmasn istediiniz atom zerine fare imlecini getirdikten sonra SHIFT tuunu basl tutarken farenin dmesini tklayarak. Not Yaptrmadan nce, ablon glgesini TAB tuuna basarak evirebilirsiniz.

7.3 Radikal Tablosu

Radikal Tablosu yap izimi iin bir grup kimyasal barndran bir tablodur. simleri ve baz durumlarda da ksaltmalar, kimyasal ksaltmay anlaml bir molekle abucak dntrmenize yardmc olmas amacyla listelenmitir.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

56

7.3.1 Fluoresamin Yapsnn Oluturulmas

Bu blm, Web sitemizden indirebileceiniz ya da Movies dizininde bulabileceiniz fluor.exe isimli film dosyasndan uyarlanmtr.
O

O O O

1. Yap Kipine

geerek btn yaplar siliniz. dmesini tklayn.

2. ChemSketchin sa st.kesinde bulunan Radikal Tablosu Oradan Siklopentan dmesini tklayn.

3. ChemSketch alma alanna tklayarak halkay kopyalaynz. 4. SHIFT tuuna basl tutarken aada gsterilen atom zerine tklayarak ikinci bir siklopentan halkasn spiro konumunda yerletiriniz:

5. Radikal Tablosu zerinden Benzen dmesini seiniz. nce, iaretli ba zerine tklayarak benzen halkasn ekleyiniz, sonra da ikinci iaretli yere tklayarak fenil radikalini yerletiriniz:

6. Atom ara ubuundaki Oksijen dmesini seiniz (Normal iz aracnn otomatik olarak seili durumda olduuna dikkat ediniz). aretli atomlara tklayarak bunlar oksijen atomlar ile deitiriniz.

aracna, sa tula tklayarak abucak getikten sonra, iaretli atomlar zerine 7. Srekli iz ift tklayarak bunlara OH gruplar ilave ediniz:

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

57

8. aretli tek balarn zerine tklayarak bunlar ifte ba haline getiriniz:

7.4 Annda ablon Arac

Radikal Tablosunda olmayan bir molekl parasn kopyalamak isteyebilirsiniz. Bu amala Yaptr benzeri bir komut olarak Annda ablon aracn dnebilirsiniz. Eklenme noktasn belirleyebilmeniz nedeniyle, basit yaptr aracndan daha iyidir.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

58

7.4.1 Halkal bir Oligomer Yapsnn Oluturulmas

Bu blm Web sitemizden indirebileceiniz ya da Movies dizininde bulabileceiniz oligomer.exe isimli film dosyasndan uyarlanmtr.

1. Yap kipine siliniz.

geerek btn yaplar CTRL+A ve sonra DELETE tularna basarak

zerinden Benzen dmesini seiniz. mleci alma alannn 2. Radikal Tablosu st orta ksmna gtrerek tklayp bir benzen halkas elde ediniz. 3. Radikal Tablosundan Etinil dmesini seerek, okla iaretli atoma tklayp halkaya ilave ediniz:

4. Annda ablon

aracn seerek iaretli atom zerine tklayp bir ablon oluturunuz.

5. Okla iaretli atoma tklayarak ablonu ilave ediniz:

6.

tuuna bir daha tklayp btn parann ablonunu oluturmak iin atom zerine tklaynz:

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

59

7. Aada gsterildii gibi, ablonu atomlara ilave ediniz. ablon glgesini saklamak iin bitirdikten sonra alma alanna sa tklaynz:

8. Normal iz aracn

seiniz ve iaretli atom zerine tklayarak halkay tamamlaynz.:

7.5 ablon Penceresi

ablon Penceresi zellii, ChemSketchteki ablon zelliinin en gelimi olandr. Bunun sebebi, daha sonra kopyalamak isteyebileceiniz yaplar veya izimleri oluturabileceiniz ve saklayabileceiniz bir ortam sunar. Web sitemizden indirebileceiniz veya Movies dizininde bulabileceiniz templ_st.exe film dosyasnda, mevcut ChemSketch ablonlarna ksa bir tantm turu bulunmaktadr.

7.5.1 Bir DNA Molekl Parasnn Oluturulmas

Bu blm Web sitemizden indirebileceiniz veya Movies dizininde bulabileceiniz dna_st.exe film dosyasndan uyarlanmtr.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

60

Yap kipine

geerek btn nceden izilmi yaplar siliniz.

7.5.1.1 Deoksiribozo-5-fosfat Paralarnn izilmesi

1. ablon Penceresini aarak buradan
O HO P O OH O OH

sekmesine geiniz.

2. 2-Deoksiribozo-5-fosfat (zincir biimi) bileiini iaretli atom zerine tklayarak seiniz:

Click

OH

2-Deoxyriboso-5-phosphate 3. alma alanna tklayarak seili ablonu yaptrnz.

4. aretli atom zerine fare imlecini getirdikten sonra, SHIFT tuu basl durumdayken tklamak suretiyle ikinci 2-deoksiribozo-5-fosfat parasn ilave ediniz:
Click + Shift
O HO P O OH O OH HO O O O P OH OH O O P O OH O OH

OH

OH

5. Se/Dndr/Boyutlandr aracn

seiniz.

6. Seim dikdrtgenini yapnn etrafnda gsterildii gibi srkleyerek ilgili ksm seiniz. Hareket ok ile iaretli oksijen atomuna srkleyiniz. Sonra, SHIFT tuu basl iken merkezini yapnn seilmi ksmn saat istikametinde srkleyerek 90 eviriniz:
O HO P O OH HO O O O P OH OH O O P O OH O OH HO O O OH O P OH OH O O P O OH O OH O HO P O O O OH O OH

OH

OH

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

61

7.5.1.2 Bazlarn Eklenmesi

1. ablon Penceresini anz. sekmesinden, balant noktas olacak atomun zerine tklamak suretiyle, gerekli olan baz seiniz. rnein, urasili seelim, N atomunu balant noktas olarak kullanlmak zere aadaki gibi seiniz.

2. Aada iaretlenen atom zerine fare imlecini getirip SHIFT tuuna basl iken tklaynz:

pucu ablon glgesini yaptrmadan nce TAB tuuna basarak dndrebilirsiniz.

3. Birinci ve ikinci admlar tekrarlayarak adenin gibi dier nkleotidleri de ilave ediniz:

imdi deiik uzunluklarda baka bir DNA veya RNA paras izmeye alnz.

7.6 Karmak Biyomolekllerin izilmesi

Burada, farkl ACD/ChemSketch aralarn kullanarak karmak biyomolekllerin nasl oluturulacana dair rnekler bulunmaktadr.

7.6.1 -Maltoz Yapsnn Oluturulmas

Bu blm Web sitemizden indirebileceiniz ya da Movies dizinidne bulabileceiniz maltose.exe film dosyasndan uyarlanmtr.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

62

1. Yap kipine 2. ablon Penceresi

geerek nceden izilmi btn yaplar siliniz. zerinden sekmesini seiniz ve

Haworth formlleri sayfasnn gsterildiinden emin olunuz: Eer deilseniz, metin kutusunun sanda bulunan oka tklayarak Haworth formlleri sayfasn seiniz. 3. -D-Glukopiranoz zerine tklayarak seiniz ve alma alanna tklayarak kopyalaynz. 4. Yukardaki adm, beta-D-piranoz sekmesini tekrarlaynz ve -D-Glukopiranoz bileiini seiniz. semek kaydyla

5. ChemSketch penceresinde ilk yapnn sana gelecek ekilde tklayarak yerletiriniz:

6. Karbon dmesini seiniz. -D-Glukopiranoz yapsnda gsterilen atoma tklayarak CH3 grubuyla deitiriniz ve SHIFT tuunu basl tutarken CH3 grubundan saa doru srkleyerek, ba dzgn ekilde iziniz:

7. nc adm -D-Glukopiranoz yaps iin tekrarlayarak aadaki yapy elde ediniz:

8. Oksijen dmesini

seerek -Glukopiranoz yapsnda gsterilen atom zerine tklaynz:

seiniz. alma alannda -D-Glukopiranoz yapsna dokunmakszn 9. Se/Ta aracn yaknnda bir yere tklayarak yapy seiniz. Fare imlecini seilmi yapnn herhangi bir atomu

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

63

veya ba zerine gtrdkten sonra karlk gelen OH ve CH3 gruplar birbiriyle bitiecek ekilde sol tarafa doru srkleyiniz:

10.stenirse, seilmi yapdaki tek duran hidrojenler Aralar mensnden Belirgin Hidrojenleri Kaldr komutunu seerek tekli hidrojenleri gizleyebilirsiniz:

Not

Merkezi oksijene bal karbon atomlar gizlenmi olsalar bile hl orada durmaktadrlar. Yapacanz ite kimyasal anlam nemliyse (rnein, forml arln hesaplamak gibi), bu atomlar aadaki ekilde silebilirsiniz. Se/Ta aracyla, gizli atom zerine ift tklaynz. zellikler paneli karnza geldiinde, sekmesinden Atom Sembol dmesine basnz. Buradan Deer aa alan listesinde Bo seeneini seerek Uygula dmesine basnz. Yukarda tarif edilen teknii kullanarak aadaki yapy izmeyi deneyiniz:

-Sellobiyoz

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

64

7.7 Bir Kullanc ablonunun Tanmlanmas

Bir ChemSketch dosyasn ablon olarak ilikilendirmek ok kolaydr. 1998 yazndan beri, ChemSketch kurulum paketinde bulunanlardan baka, Web sitemizden 5 indirilebilecek olan bedava ablonlar vermekteyiz Buras ablon deiimi sayfas olduundan, ChemSketch kullanclar iin faydal olabileceini dndnz yaplarnz veya izimleriniz mevcut ise, paylamay neririz! Bir ChemSketch dosyasn ablon olarak ayarlamak iin, aadaki admlar uygulamanz tavsiye ederiz: 1. izmi olduunuz yaplar ablonlar (Templates) dizinine SK2 dosyas olarak kaydediniz. VEYA ilgilendiiniz SK2 dosyasn ChemSketch ile anz 2. ablonlar mensnden Kullanc ablonu Kaydet komutunu seiniz. 3. Kullanc ablonu Kaydet iletiim kutusunda ablonunuza Alkaloidler gibi bir isim veriniz, ve dosyanzn yolunu, C:\ACD45\Templates\alkaloids.sk2 biiminde gzatarak bildiriniz. Tamam tuuna basnz.
Not

Belgenize herhangi bir ismi verebilirsiniz (rnein, b_d_fur.sk2 belgesi iin ekerler: beta-D-Furanoz daha uygun debilir).

Belgeniz kullanc ablonu olarak kaydedildii zaman, ablon Penceresi (ablonlar mensnden eriebilirsiniz) iindeki ablon listesine eklediiniz ismin otomatik olarak eklendiini greceksiniz. Not Dosya ak olmasa bile, ondan bir kullanc ablonu oluturabilirsiniz. ablonlar mensnden, ablon Dzenleyici komutunu seiniz. Yeni dmesini tklaynz, ilgili belgeyi seiniz ve ona bir isim ataynz.

7.7.1 ablon Penceresi Dzenleyici

ablon Penceresi Dzenleyici ablon dosyalarn ynetmek iin ok uygun bir yoldur: hem yazlm paketiyle verilenleri, hem de oluturmaya karar verdiklerinizi. ChemSketch belgenizi ablon olarak kaydetmeniz yalnzca bir dakika alacaktr. Bir ablon dosyas ile normal bir *.SK2 dosyas arasndaki tek farkn, ablon dosyasnn ablon Penceresi Yneticisi iinde bir ablon olarak ayarlanm olmasdr. Bu yolla dosyalarn kaydedilmesinin pek ok avantaj vardr: Pek ok dizine ve srcye yaylm olan *.sk2 dosyalarnz tek bir yere (ablon Penceresi Dzenleyici) toplanm olur. ablona gerek dosya adndan daha anlaml bir isim atayabilirsiniz. Bu belgenin ieriini daha iyi yanstacak ve ihtiyacnz olan belgeyi hzlca bulmanz salayacaktr. ablon Penceresinin nizleme Alan blgesinde belgenin ieriini nizleyerek hzlca bulabilirsiniz. Yalnzca ablon Penceresi Dzenleyici iindeki Belge A dmesine tklayarak seilmi bir belgeyi listeden aabilirsiniz. ablon Penceresi ile 15e kadar ablona eriebilirsiniz. Kullanc ablonu ile aadaki grevleri yerine getirebilirsiniz: ablonun deitirilmesi. ablon Listesinden (ablon Dzenleyici) ilgilendiiniz ablonu seip Belge A dmesine tklaynz. Gerekli deiiklikleri yaparak kaydediniz. ncelikle istediiniz ablonun olup olmadn ACD/ChemSketch bedava srmndeki ablon dizininden kontrol ediniz. Eer orada bulamadysanz, http://www.acdlabs.com/download/download_templates.html adresini ziyaret ediniz.
5

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

65

 ablonunuzun herhangi bir ksmn alma alanna (Yap veya izim kipine) btn dosyay amaya gerek kalmakszn kopyalaynz. Bunu yapmak iin, ablon Listesinde (ablon Penceresi) ablonunuzu bularak ilgili e zerine tklayarak alma alanna yerletiriniz.

7.7.2 Template.cfg Dosyas

ACD/ChemSketchde ablonlarn ynetilmesinin anahtar template.cfg dosyasdr. Bu dosya ChemSketchin hangi .SK2 dosyasnn kullanc deil de ablon dosyas olduunu bilmesini salar. Hi ihtiya duymamanz olas ise de, istendiinde herhangi bir metin dzenleyicide alp okunabilir. ablon Penceresi template.cfg dosyasna hangi dosyalarn ablon olarak gsterileceini bilmek iin eriir. Bir .SK2 dosyas ablon Penceresinde gsterilmiyorsa, bu dosyay normal bir ChemSketch dosyas olarak ap bir kullanc ablonu olarak kaydettiiniz zaman template.cfg dosyasna eklenecektir. Template.cfg dosyas tanr veya kaybolursa, ablon Penceresi hibir ablon gsteremeyecektir. Bu dosya bulunduunda (rnein Windows Gezgini veya sistemin Dosya Bul ileviyle), varsaylan dizine veya kullancnn zel dizinine tanabilir. Bulunamazsa, ChemSketchin tekrar kurulmasyla veya yukarda bahsedilen yolla, btn ablonlarn teker teker eklenmesiyle oluturulabilir.

7.7.3 Mevcut ablonlar

2000 sonbalarndan beri, hem bedava, hem de ticari ChemSketchte beraberce bulunan ablon listesi aadaki gibidir. Bunlar kurulumdan sonra ablon dizininden bulabilirsiniz. ablonu grmyorsanz ablon Penceresinde listelemeniz iin onu ablon olarak atamanz gerekecektir (Yalnzca on be ablon boluu mevcut olup bunun ok daha fazlasn SK2 dosyalar olarak salamaktayz).

erik
Alkaloidler

Dosya Ad
alkaloid.sk2

Bilgi
11 sayfa, alfabetik olarak yaygn adna gre listelenmi.

rnek
N CH3

H N H

Amino Asitler

aminacid.sk2

2 sayfa, molekller ve Cradikaller olarak isimleriyle ve harfli ksaltmalaryla listelenmi. 2 sayfa, isimleri ve molekl formlleri ile birlikte anorganik ve organik anyonlar. 1 sayfa, balca 5 ve 6 yeli kaynam halkalar ve isimleri. 2 sayfa geni, eri, renkli ve karmak oklar. 1 sayfa, ou isimli iki veya daha fazla halkal yaplar.

O H3C NH2

OH

Anyonlar Yeni!

anions.sk2

O O S O
-

O O S O

and O OC

COO

Aromatikler

aromatic.sk2

Oklar

arrows.sk2

and

ift halkalar

bicycles.sk2

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

66

erik
Karbohidratlar

Dosya Ad
sugars.sk2

Bilgi
3 sayfa, Haworth, stereoFischer, ve stereo gsterimleri ve isimleriyle (aadaki ekerler ksmna da baknz). 1 sayfa, C=O grubu ieren yapsal paralar, isim yok.

rnek
O
O

H H

OH OH

HO OH

OH

and
CH3

OH

Karboniller

carbonyl.sk2

CH3

CH3

Karotenler

carotene.sk2

5 sayfa, isimleriyle birlikte konjge alkenler. 1 sayfa, formll yapsal paralar.

H3C

CH3

CH3

CH3

H3C

CH3

CH3

CH3

H3C

CH3

C-Gruplar

c_groups.sk2

O CH3 CH3
CH3 CH3 CH3 CH3 H3C CH3 CH3 CH3 CH3 CH3

H3C

Zincirler

chains.sk2

2 sayfa, doymu (isimli) ve doymam (isimsiz) zincirler.

Kimya Snav

chemquiz.sk2

Ta Eterler

crowns.sk2

2 sayfa, metin ve ekilli, dier ablonlardan tretilmi pek ok rnek soru. 1 sayfa, yalnzca 2D, isimli.
O O O O

DNA/RNA Kiti

nucleo.sk2

2 sayfa, isimlendirilmi DNA yapsal bileenleri. Hediyeler ksmnda DNA Yapc ksmn da grnz (Blm 13.3). 1 sayfa, DNA eritleri, miseller ve kvrmlar.

O HO P OH O

O P OH O OH O

OH

OH

ekiller

set.sk2

and
Fullereneler fuller.sk2 1 sayfa, doymu ve doymam fullerenler.

Lab. Kiti Geniletilmi!

kit.sk2

7 sayfa, isimleriyle yaygn kullanlan lab. aralar.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

67

erik
Etiketler

Dosya Ad
labels.sk2

Bilgi
1 sayfa, uyar etiketleri.

rnek

Kafesler

lattice.sk2

1 sayfa, isimlendirilmi standart kristal trleri.

Lewis Yaplar

lewistr.sk2

Tek Halkal Alkanlar Monomer ablonlar N-eren Gruplar

cycloalk.sk2

1 sayfa-Lewis yaplarnn nasl izileceini anlatan, 1 sayfa-eitli Lewis diyagramlar. 1 sayfa, 3-20 yeli karbon halkalar. 3 sayfa, yaygn polimerlerin koruyucu gruplar, isim yok. 1 sayfa, azotlu yapsal paralar, isimli.

Cl- Mg2+ Cl-

monomers.sk2

CH3 O CH3 O

n_groups.sk2

H3C N H3C

CH3

Newman Gsterimleri

newmans.sk2

2 sayfa, anti, gauche, kesimi ve derecelendirilmi yerleimler. 3 sayfa, isimlendirilmi tek, iki ve halkal azotlu bileikler. 1 sayfa, isimlendirilmi tek, iki ve halkal oksijen ve kkrt ieren halkalar. 2 sayfa, s, p, d, sigma ve pi byk ve kk orbitaller. 1 sayfa, isimli fosfor ieren yaplar.

HH H H HH

N-Halkalar

n_rings.sk2

N H

NH

O- and SHalkalar Orbitaller Fosforlu Bileikler

os_rings.sk2

O S

orbitals.sk2 phosphor.sk2

O O
-

P O
-

Polisiklikler

polycycl.sk2

1 sayfa, kprl, doymu ve/veya birlemi yaplar, isimli. 1 sayfa, geometrik kat ekilleri.

okgenler

polygons.sk2

and

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

68

erik
okgenlerdevam Tepkime Sembolleri Halkalar Kat Faz Sentetik Reineler Stereo ablonlar

Dosya Ad
polyline.sk2

Bilgi
1 sayfa daha geometrik kat ekli. 1 sayfa, yaygn semboller. 1 sayfa, 5 ve 6 yeli halkalar. 1 sayfa, isimli, hepsi kat faza bal halde reine paralar. 1 sayfa, stereo yerleimi gsteren izim (yap yok).

rnek

reacsym.sk2 rings.sk2 linkers.sk2

G
and
O R N H O Cl

conform.sk2

Steroidler

steroid.sk2

3 sayfa, bilinen isimleriyle steroidler.

H H

CH3 H H
OH OH OH H H OH CH2OH
OH H HO O OH H OH H

ekerler: alfaD-Fur

a_d_fur.sk2

3 sayfa, 5 yeli ekerler, Haworth, stereo ve Fisher gsterimleri, isimli.

HO H H

O HO H
OH

OH OH

H H H

OH

and
HO H H

ekerler: alfaD-Pyr

a_d_pyr.sk2

4 sayfa, 6 yeli ekerler, Haworth, stereo, sandalye ve Fisher gsterimleri, isimli. 3 sayfa, 5 yeli ekerler, Haworth, stereo ve Fisher gsterimleri, isimli. 4 sayfa, 6 yeli ekerler, Haworth, stereo, sandalye ve Fisher gsterimleri, isimli.

H H HO OH H O H H OH

OH

and
HO

ekerler: betaD-Fur

b_d_fur.sk2

HO H

HO
OH O OH HO H H OH

OH OH

and
O

HO

ekerler: betaD-Pyr

b_d_pyr.sk2

H H HO OH OH HH H O OH OH

HO H H H H

and
CH3

CH2OH OH OH OH H

Terpenoidler

terpen.sk2

5 sayfa yaygn terpenler, isimli.

H3C H H3C H CH3 H

CH3

Ulu Halkalar

tipped.sk2

1 sayfa, perspektif gsterilmi halkalar.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

69

erik
Vitaminler Yeni!

Dosya Ad
vitamins.sk2

Bilgi
3 sayfa, isimleriyle birlikte Adan Uya kadar vitaminler.

rnek
O

NH2 N

Vitamin B3

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

70

8. Grafik Nesnelerinin Oluturulmas

8.1 Amalar
Bu blm grafik nesnelerinin oluturulmasn reteceinden bu blmde herhangi bir altrmay takip etmeden nce izim kipine geiniz. Aadaki nesnelerin oluturulmas iin izim kipi aralarn nasl kullanacanz reneceksiniz: Reaksiyon enerjisi diyagramnn izilmesi; eitli orbital trleri; Vakum destilasyonu cihaz; Iki zincirli DNA sarmal; Lipidler ve miseller ile ok sayfal dzene sahip posterler. Bunlarn dnda grafik veya kimyasal nesneler iin yaplabilecek olan PDF dosyalar eklinde kaydetme zelliini de bu blmde reneceksiniz.

8.2 Reaksiyon Enerjisi Diyagramnn izilmesi

Bu blm Web sitemizden indirebileceiniz veya Movies dizininde bulabileceiniz diagram.exe isimli film dosyasndan uyarlanmtr.

izim kipine getikten sonra oklu Doru (Polyline) aracn

seiniz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

71

8.2.1 Bir Erinin izilmesi

1. Balang noktasndan saa doru yatay olarak srkleyerek, kontrol dorusunu oluturunuz. 2. Farenin tuunu braknz. 3. Fareyi yukarya hareket ettirerek erinin ilk kesimini iziniz. 4. Saa doru yatay olarak srkleyerek kontrol izgilerini geniletiniz. Kontrol izgilerinin uzunluunu deitirerek eri kesimini dzenleyebilirsiniz. 5. Farenin tuunu braknz.. 6. Sonraki kesimi izmek iin fareyi aaya doru hareket ettiriniz.

horizontally

horizontally
7. Sonraki iki kesimi izmek iin yukardaki admlar tekrarlaynz. 8. Sa tklayarak erinin izilmesini tamamlaynz.
pucu oklu doru aracyla izim yaplrken, tklama yaplrsa biti noktas, ke noktas veya sivri ular, srkleme yapld zaman ise eriler oluacaktr:

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

72

8.2.2 Bir Erinin Dzenlenmesi

oklu Doru aracyla ilk kez izim yapmaya baladnzda, erinin istediiniz yne dnmesinde sorunlar yaayabilirsiniz. rnein, ilk giriiminiz aadaki gibi bir sonu oluturmu olabilir:

1. Eri henz seilmemise, Se/Ta aracn

tklayarak eriyi iaretleyip seiniz.

2. Ular Dzenle aracn tklaynz. Bu oklu dorunun dzenlenebilecek olan btn ularn gsterecektir;

3. nc ucu seiniz, bylece seilmi olan ucu ve kontrol izgilerini greceksiniz:

4. Kontrol izgilerini tayarak, dier ular seip deitirmek suretiyle erinin istediiniz ekilde grnmesini salaynz.
pucu Ular Dzenle aracn kullandnz zaman, karnza gelecek olan U ara ubuundaki dmeleri kullanarak ta ular dzenleyebilirsiniz. rnein, SHIFT ile tklayarak pek ok ucu ayn anda seebilir ve ara ubuundaki ilgili dmeyi seerek hizalayabilirsiniz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

73

8.2.3 X ve Y eksenlerinin izilmesi

oklu Doru aracnn Ok iz seilmi olduundan emin olunuz..

aracn seiniz. Ok panelinde bulunan Ok Tr isimli aa alr listeden iki ynl oku seiniz.

1. Y ekseninin biti noktasna tklaynz. 2. Fareyi aaya doru dikey olarak hareket ettirerek ekseni iziniz. 3. Eksenlerin kesim noktasna tklayarak sabitleyiniz. 4. Fareyi yatay olarak hareket ettirerek X eksenini iziniz. 5. X ekseninin biti noktasna tklayarak sabitleyiniz.

6. Eksenlerin izimini, sa tula tklayarak bitiriniz.

pucu Izgarada Tut ve/veya Izgaray Gster komutlarn nceden seerek, eksenleri doru alarda izebilirsiniz (Seenekler mensnden).

7. Metin

ve 90 Dndr

aralarn kullanarak aklamalar ekleyiniz.

te size bir frsat: Metin aracn kullanarak alma alanna bir kelime yaznz. Setikten sonra metin tipi bykln, diyelim, 36 punto eklinde ve rengini sar yaptk. imdi, oklu Doru aracn kullanarak bu kelimenin zerine aynsn yazmaya aln (pucu: yapabildiinizin en iyisini yapmaya alarak kelimeyi yazn ve sonra Ular Dzenle aracn dilediinizce kullann).

Chemistry
ACD/ChemSketch Kullanm Klavuzu

74

8.3 Farkl Trlerden Orbitallerin izilmesi

Bu blm Web sitemizden indirebileceiniz veya Movies dizininde bulabileceiniz orbital.exe isimli film dosyasndan uyarlanmtr. kipine geiniz.

8.3.1 p-Orbitalinin izilmesi

orbitalini izmek iin aadakileri yapnz:

okgen aracn

seiniz.

1. Orbitalin balang noktasndan saa doru yatay bir ekilde srkleyerek kontrol izgisini geniletiniz. 2. Farenin tuunu serbest braknz. 3. Fareyi aaya hareket ettirerek orbitalin gvdesini iziniz. 4. Tklayarak orbitali sabitleyiniz.

Not

Erinin biimi istediiniz gibi deilse, Ular Dzenle aracn

kullanabilirsiniz..

5. Sa tula ift tklatarak, orbitalin izimini tamamlayp hzlca Se/Ta/Boyutlandr aracna geiniz. mleci seilmi orbitale doru ynlendirerek, CTRL tuu basl halde iken srklediinizde izilmi orbitalin bir kopyasn aaya kartnz. 6. stten Alta evir dmesini kesimleri hizalaynz. seerek orbitalin alt kesimini evirdikten sonra, tayarak bu

7. Renk Paletinden gri renk dmesine (alma alannn altnda) sol tula tklayarak orbital kesiminin dolgu rengini deitiriniz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

75

pucu Orbital kesimlerini hzlca ortalamak iin, bunlar setikten sonra Yatay Ortala tuuna basnz.

8. ki kesimi de seip Gruplandr

tuuna basnz. Bylece kesimleri tek bir nesne olarak bu yap zerinde tek para

dzenleyebilirsiniz, rnein, Se/Ta/Boyutlandr aracyla olarak alabilirsiniz.

8.3.2 d-Orbitalinin izilmesi

orbitalinin izilmesi iin aadakileri yapnz:

seiniz. okgen aracn 1. Kontrol izgisini geniletmek iin orbitalin balang noktasn saa doru yatay olarak srkleyiniz. 2. Farenin tuunu braknz. 3. Orbitalin gvdesini izmek iin fareyi aaya doru hareket ettiriniz. 4. Kontrol izgisini geniletmek iin bir kez daha saa doru yatay olarak srkleyiniz. Orbitalin iki kesimini edeer yapmak iin, kontrol izgilerinin birbirine eit uzunlukta olmalarna dikkat ediniz. 5. Farenin tuunu braknz. 6. Sa tklayarak orbitalin izimini tamamlayp Se/Ta/Boyutlandr aracn seiniz.

pucu Simetrik orbitali daha kolay izebilmek iin nceden Izgarada Tut komutunu (Seenekler mens) semeniz nerilir..

7. Orbitali seip CTRL tuuna basili tutarak srkleyip ondan bir kopya karnz. 8. 90 Dndr tuuna .basarak orbitalin kopyasn dndrnz.

9. Srkleyerek, bu kopyay ilgili yere taynz. 10.Renk Paletinde bulunan gri renk dmesini sol tula tklayarak orbitalin rengini deitiriniz.
pucu Orbitalleri hzlca ortalamak iin, bunlar seip Yatay Oarak Ortala dmesine basnz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

76

11.ki orbitali de seip Gruplandr dmesine basnz

. Bylece orbitalleri tek bir nesne kullanarak

olarak dzenleyebilirisiniz, rnein, Se/Ta/Dndr aracn dzenleyebilirsiniz.

8.3.3 Pi-tipi bir orbitalin izilmesi

orbitalini izmek iin aadaki admlar uygulaynz:

1. Elips aracn

seerek alma alanna srkleyip bir elips iziniz.

2. Nesneler mensnden oklu Doruya Dntr komutunu seiniz. 3. Ular Dzenle aracn seiniz.

4. En alttaki ucu yukar srkleyiniz:

getikten sonra orbitalin izgisi 5. Sa tklayarak Se/Ta/Boyutlandr aracna zerindeyken seip CTRL tuuna basl tutarak srklemek suretiyle bir kopyasn oluturunuz. 6. stten Alta evir tuuyla alttaki orbitali ters eviriniz.

7. Renk Paletinde bulunan gri renk tuuna tklayp orbitalin rengini deitiriniz.

pucu Orbitalleri hzlca ortalamak iin, bunlar seip Yatay Oarak Ortala tuuna basnz.

8. ki orbitali seip Gruplandr tuuna dzenleyebilirsiniz.

basnz. Bylece bunlar tek bir nesne olarak

8.4 Vakum Destilasyon Cihaznn izilmesi

Bu blm Web sayfamzdan indirebileceiniz ya da Movies dizininde bulabileceiniz apparat.exe isimli film dosyasndan uyarlanmtr.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

77

izim kipine geerek ekran %50ye kltnz. ablon Penceresi iinden ablon Listesi altndaki Lab. Kiti seeneini seiniz. 1. Dibi yuvarlak balonu, zerine tklayarak seiniz. alma alanna tklayarak seilen ablonu kopyalayp sa tklayarak ablon glgesini gizleyiniz. 2. ablon Penceresini anz. Buradan kl adaptr (balant adaptr taklm Vigreux kolonu) seip tklayarak balonla birletiriniz. Sa tklayp glgeyi gizleyiniz. 3. ablon Penceresinden termometreyi seip gsterildii gibi tklayarak birletiriniz. ablon glgesini gizleyiniz. 4. ablon Penceresinden Liebig soutucusunu seip, cihazn yanndaki bo bir blgeye tklayarak yerletiriniz. Sa tklayarak ablon glgesini gizleyip Se/Ta/Boyutlandr aracna geiniz. 5. Herhangi bir seim tutamacna (destilasyon kolonunu evreleyen siyah kareler) tklayp Se/Ta/Dndr aracna geiniz. Nesneyi saat ynnde 73 dndrp kolon kna yerletiriniz. Nesneyi dndrrken, Seenekler mensnden Tercihler iletiim kutusunda bulunan Genel sekmesinde ilgili seenei setiyseniz, dnme as imlecin yannda gsterilecektir. 6. Kolonu srkleyerek cihazla birletiriniz. 7. ablon Penceresinden vakum destilasyonu adaptrn seerek cihazla birletiriniz. 8. izimi, toplama kabn (alt yuvarlak balon) seip birletirerek tamamlaynz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

78

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

79

8.4.1 Bir Diyagrama Aklama Eklenmesi

ACD/ChemSketch cam tehizatnzn kullanlmasyla ilgili pek ok ayrntl ve gzel ekiller izmenize olanak tanr. Lab. Kiti ablonu bretler, stma tablalar, bunsen bekleri gibi bir ok yeni eleman iermekte olup, bylece bir denemeyi bandan sonuna kadar canlandrmanz mmkn olacaktr. Bir lisans laboratuarnda retici kitapk iinde bir diyagram hazrlamakta olduunuzu varsayalm. rencilerin dikkatini kurulumun eitli ynlerine ekmek, hatt hangi parann nasl isimlendirildiini veya laboratuarda nerede bulunabileceini anlatmak isteyebilirsiniz:
Thermometer. Sign out from instructor.

Water Out Vigreux column West condenser Vacuum adapter Water In 200 ml round-bottom flask. Immerse in heat bath. Receiving flask. Immerse in ice bath.

8.4.1.1 Resim Yazlarnn Eklenmesi

1. ncelikle, kullanlacak yaztipini ayarlayalm. Aralar mensnden Yaztipi Paneli ve Paragraf Paneli seeneklerini seiniz. Aadaki ayarlamalar yaparak panelleri kapatnz (Apply-Uygula tuuna basmanz gerekecektir):

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

80

2. Soldaki izim ara ubuunda bulunan Metin aracn seip termometrenin soluna tklaynz. Alan metin kutusuna Termometre. Grevliden isteyiniz. Yazdktan sonra, metin kutusunu daraltmak iin sa snr izgisini srkleyiniz:

pucu Metin kutusunun dna, dzenlemeyi henz bitirmemiken yanllkla tkladysanz, yukarda bulunan Dzenleme Ara ubuundaki Yazy Dzenle aracn seiniz. allan yaznn etrafnda yine bir metin kutusu oluacaktr. Metin henz seilmemise, bu tua bastktan sonra dzenlemek istediiniz yazy seebilirsiniz.

3. lemler bitince metin kutusunun dna tklayp Metin kipini terkederek resim yazsn bulunduu yere sabitleyiniz. 4. Dier resim yazlarn eklemek iin ikinci ve nc admlar tekrarlaynz. 5. Gerekiyorsa, resim yazlarn cihazn etrafnda daha uygun konumlara taynz:
Thermometer. Sign out from instructor.

Water Out Vigreux column West condenser Vacuum adapter Water In 200 ml round-bottom flask. Immerse in heat bath. Receiving flask. Immerse in ice bath.

8.4.1.2 Konuma Balonlarnn Eklenmesi

imdi, resim yazlarna konuma balonlar ekleyeceiz. sa altndaki keye 1. Soldaki izim ara ubuundan, Konuma Balonu dmesinin (yani kk beyaz gene) tklayarak daha fazla dme grnmesini salaynz. Mevcut Biemlerden kare konuma balonunu seiniz:

2. mleci hareket ettirdiinizde, konuma balonu glgesinin zerine geldiiniz her trl nesnenin etrafn sardn greceksiniz. Tklayarak, resim yazsnn etrafnn konuma balonuyla evrilmesini salaynz:

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

81

3. Benzer ekilde dier konuma balonlarn da ilave ediniz. Konuma balonu kipinden kmak iin, alma alannda sa tula tklaynz.

8.4.1.3 Konuma Balonlarnn Dzenlenmesi

imdi, konuma balonlarnn ularn ilgili nesnelere ynelteceiz. 1. Herhangi bir konuma balonunun zerine tklayp setikten sonra Ular Dzenle aracn seiniz (stteki Dzen ara ubuunda). Konuma balonunda ular belirecektir:

2. En alttaki ucu srkleyerek, ilgili nesnenin yaknnda istediiniz bir noktaya getiriniz:

pucu Konuma balonunun ke ularnn srklenmesiyle boyutu deitirilebilir.

3. Ular Dzenle kipinden kmadan evvel, dier konuma balonlarn dzenlemek iin ikinci adm tekrarlaynz. 4. Btn konuma balonlar dzenlendikten sonra alma alannda sa tklayarak Ular Dzenle kipinden knz. 5. Ok iz aracyla , su giri ve klarn gstermek iin oklar ilave ediniz.

6. ki oku da setikten sonra ift tklayarak Nesne Panelini ekrana getiriniz. Mrekkep rengini krmzya ayarladktan sonra Uygula dmesine basnz.

8.4.1.4 Bileenlerin Gruplandrlmas/Gruplarn zlmesi

Bu resmi tek bir nesne olarak dzenleyebilmek iin, btn bileenlerini CTRL+A ile seerek Dzenleme ara ubuundaki Gruplandr dmesine basnz. Bylece hi bir parasn kaybetmeden veya atlamadan resmi bir btn olarak tayabilir ve/veya boyutlandrabilirsiniz. Resmin herhangi bir parasn sonradan dzenlemek isterseniz, resmi seip Gruplandr tuuna basarak grubu znz.

8.5 ki Zincirli DNA Sarmalnn izilmesi

Bu blm, Web sitemizden indirebileceiniz veya Movies dizininde bulabileceiniz dna_ch.exe isimli film dosyasndan uyarlanmtr.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

82

kipine geerek oklu Doru aracn

seiniz.

1. Erinin balang noktasndan aaya doru dikey olarak srkleyip kontrol izgisini geniletiniz. 2. Farenin tuunu braknz. 3. Fareyi saa doru gtrerek eriyi iziniz. 4. Aa doru yatay olarak srkleyerek kontrol izgisini geniletebilir ve uzunluklarn deitirerek erinin biimiyle oynayabilirsiniz. 5. Farenin tuunu brakp iki kere sa tua tklayarak erinin izimini tamamlaynz ve Se/Ta/Boyutlandr aracna geiniz.

6. Fare imlecini seilmi eriye getirerek CTRL+SHIFT tular baslyken aaya doru srkleyiniz (CTRL tuu ile srklemek nesnenin bir kopyasnn kartlmasn, SHIFT tuu ile aaya doru srklemek ise o nesnenin kayma olmakszn tam aaya tanmasn salar). 7. ki eriyi seim dikdrtgeni ile evreleyerek veya SHIFT tuu baslyken her birine tklayarak setikten sonra, Dorular Birletir (Seenekler mensnde) seeneini kullanarak ular birletiriniz.

(alma alannn zerinde) 8. Dzenleme ara ubuundaki Ular Dzenle aracn seiniz. Aadaki admlar uygulayarak ikinci bir kesimi iziniz: a) Ular Birletir dmesine basarak bir doruyla ular birletiriniz.

b) Seim dikdrtgeniyle sadaki iki adet ucu seiniz ve izgiye Dntr dmesini tklaynz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

83

c) Sa tklayarak Ular Dzenle kipinden kp Se/Ta/Boyutlandr aracna

geiniz.

9. Elde ettiiniz kesimden altnc admda gsterildii gibi bir kopya oluturunuz (CTRL+SHIFT ile srkleme). Soldan Saa evir dmesini Gnder tuunu tklayp kesimi evirdikten sonra Artalana kullanarak bu kesimi artalana gnderiniz.

pucu Kesimlerin elle doru biimde hzalanmas uzun srebileceinden her iki kesimi setikten sonra Yatay Olarak Ortala aracn tavsiye edilir. kullanarak kesimleri ortalamanz

10.ki kesimi de seip (seim dikdrtgenini kullanarak veya SHIFT basl iken her iki kesime tklayarak) CTRL+srkleme ilemiyle bir kopya oluturunuz. nceki admda bahsedilen ynergeleri kullanarak konumunu ayarlaynz:

11.SHIFT tuu baslyken aadaki resimde iki byk nokta ile gsterilen yerlere tklayarak seiniz. Bunlardan herhangi birine ift tklayarak Nesneler paneline geiniz. sekmesinde aadaki ayarlar uygulaynz:

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

84

Biem - Glgelendirme Renk - beyaz; Desen ;

Glge ve Uygula tuuna basnz:

12.ekilde arp ile iaretli kesimleri de teker teker seip Nesneler panelinden aadaki ayarlar uygulaynz: Biem Glgelendirme Renk- beyaz; Desen ; ;

Glge ve Uygula tuuna basarak aadaki spirali elde ediniz::

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

85

13. Btn spiral kesimlerini ierecek ekilde seim dikdrtgenini kullann ve CTRL+srkleme ile bir kopya oluturunuz. Soldan Saa evir dmelerini tklaynz: ve sonra da stten Alta evir

14.Aadaki resimde nokta ile iaretli kesimleri SHIFT basl iken tklayp Artalana Gnder dmesine tklaynz.

8.6 Lipidlerin ve Misellerin izilmesi

Bu blm Web sayfamzdan indirebileceiniz veya Movies dizininde bulabileceiniz lipid.exe isimli film dosyasndan uyarlanmtr.

8.6.1 Lipidin izilmesi

kipine getiinizden emin olunuz. 1. Elips aracn seiniz. SHIFT basl iken alma alannda srkleyerek bir ember iziniz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

86

2. Renk Paleti zerinden siyah renk dmesine tklayarak emberin iini doldurunuz.

3. oklu Doru aracn seiniz. alma alannda emberin yannda, aadaki gibi ok sayda tklama ile karbon zincirini iziniz. Bitirince sa tua tklaynz.

pucu Zigzag izgiyi kolaylkla ve simetrik olarak izmek iin, Izgarada Tut ve/veya Izgaray Gster komutlarn nceden seebilirsiniz (Seenekler mens).

4. Ular Dzenle aracn seerek

zigzag izgiyi aadaki ekilde yumuatabilirsiniz:

a) izilmi oklu dorudaki btn ular seiniz. Seildiinde, ularn siyah hle geldiine dikkat ediniz. b) Eriye Dntr tuunu tklayp Yumuat tuuna . basnz.

c) Sa tklayarak Se/Ta/Boyutlandr aracna geiniz

5. Fare imlecini erinin zerine gtrp CTRL baslyken srkleyerek bir kopyasn oluturunuz. 6. Aada gsterildii ekilde, kuyruklar srkleyerek yerletiriniz:

pucu Fosfolipidin btn kesimlerini seer ve Gruplandr tuuna kullanarak dndrebilirsiniz.

basarsanz,

bunlar tek bir nesne olarak dzenleyebilir, rnein, Se/Ta/Dndr aracn

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

87

Kopyalama zelliini (CTRL+srkleme), Gruplandr, 90 Dndr, Se/Ta/Boyutlandr aralarn ve hizalama ile evirme aralarn serbeste kullanarak aadaki misel resmini izmeye alnz:

8.7 Bir Posterin Oluturulmas

ChemSketch kullanarak hzla bir poster hazrlayabilir ve her trl kda basabilirsiniz. ACD/ChemSketch posterinizi otomatik olarak sayfalara blecek ve tek yapmanz gereken (tasarmn dnda) bunlar eklemektir. Bu blm, Web sitemizden indirebileceiniz veya Movies dizininde bulabileceiniz poster.exe isimli film dosyasndan uyarlanmtr. 1. Dosya mensnden Sayfa Dzeni komutunu seiniz. 2. Boyut & Hiza sekmesinden kt trn seerek Yatay sayfa biimini kullannz. 3. Poster sekmesine geiniz. Burada posterinizin ka standart sayfadan oluacan ilgili giri dmeleriyle seiniz. Sanal sayfa boyutu alanndan, posterin otomatik olarak hesaplanmakta olan boyutunu grebilirsiniz:

4. S. Boluklar sekmesinden sayfa boluklarn ayarlayarak Tamam tuuna basnz. 5. Posterinizi Yap ve izim kiplerindeki aralar kullanarak oluturunuz. Hazrlarken, Tam Sayfa dmesiyle genel grnm kontrol edebilirsiniz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

88

Dier Windows uygulamalarnda oluturduunuz nesneleri (metin, resimler, vb.) Dzen mensndeki Yaptr ve zel Yaptr komutlaryla yaptrabilir ve OLE kullanarak bunlar dzenleyebilirsiniz. 6. Genel sekmesinde bulunan Tercihler iletiim kutusundan (Seenekler mens) Baslabilen Alan onay kutusunu seerseniz, posterinizin nasl tekli sayfalara blneceini grmeniz mmkn olacaktr.
Not

7. Dosya mensnden Yazc Ayarlar komutunu seiniz. 8. Yazcy Se iletiim kutusundan Ayarla dmesini ve Yaztipi sekmesinden Grafik olarak TrueType Yazdr seeneini seiniz. Bu admn her yazcda farkl olabileceine dikkat ediniz. Tamam tuuna basnz. 9. Dosya mensnden Yazdr komutunu seiniz veya Genel Ara ubuundaki Yazdr dmesine basarak posterinizi yazdrnz.

8.8 Adobe PDFye Dntrme - 5.0 iin Yeni!

ACD/ChemSketch sk2 dosyalarn Adobe PDF biimide dntrme arac iermektedir. Bu blmde tarif edilen baz grafik nesnelerini izer izmez, belgenizi Adobe PDF dosyasna dntrmeyi deneyebilirsiniz. Not ChemSketchten PDFye aktarmak iin bilgisayarnzda Adobe Acrobat Reader veya Adobe Acrobat programlarndan birinin kurulu olmasna gerek yoktur. Ancak, bu dosyalar grntlemek iin bahsedilen programlardan birine ihtiyacnz olacaktr. Adobe Acrobat Readerin bedava srmn ACD/Labs kurulum dizininde bulabilirsiniz. 1. Nesneleri ve yaplar, PDF dosyasnda nasl grmek istiyorsanz o ekilde ayarlaynz
pucu Btn sayfay grntlemek iin Tam Sayfa dmesini kullanabilirsiniz.

2. PDFye Aktar tuuna isteyecektir

basnz. Program *.pdf dosyasnn konumunu ve adn girmenizi

3. Bir isim giriniz, rnein, Bolum8.pdf, ve Tamam tuuna basnz. 4. Dnm tamamlanr tamamlanmaz, yeni oluturulan dosyay Adobe Acrobat Reader ile kontrol edebilirsiniz.
Not

OLE sunucusu ile eklenen baz nesneler (Dzen mens > Nesne Ekle komutu ile) PDF biiminde yer almayabilir. Byle bir durumda, bir mesaj kutusu sizi uyaracaktr.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

89

9. Yap Kipinde Biemlerle alma

9.1 Amalar
Yapnz ounlukla zel ayarlarla, rnein yaztipi boyutu, yaztipi biimi, ba izgisinin kalnl gibi, grntlyorsanz ChemSketche bu ayarlamalar bir Biem olarak kaydederek hatrlatabilirsiniz. Bu, bilhassa molekllerle alrken btn hepsini bir ekilde grntlemek, ancak yayn iin bir makale gnderirken zel bir dergi Biemine uyacak ekilde ayarlamak istediinizde ok faydal olmaktadr. Bu blmde aadaki ilemlerin nasl yapldn reneceksiniz: Yaplarn Biemini deitirmek; Bieminizi kaydetmek; Var olan bir Biemi uygulamak; ve Bir Biemi varsaylan olarak ayarlamak.

9.2 Yaplarn Bieminin Deitirilmesi

Biem, bir isim atayp kaydedebileceiniz biimde dzenlenmi, grntleme amal zelliklerin (yaplarda atom ve balarn biimi, mrekkep rengi, ok biimi, dolgu ve yaztipi biimleri, nesneler ve yazlar iin paragraf biimi) topland bir dosyadr. Blm 7de tarif edilen teknii kullanarak DNA moleklnn bir ksmn temsil eden yandaki yapy iziniz. Bunu dnafrag.sk2 olarak kaydediniz.
pucu Bu yap, ablon Penceresi > DNA/RNA Kiti sekmesinden faydalanlarak izilebilir. 2deoksiribozo-5-fosfat, urasil ve guanin bileenlerini kullannz. ablon ilave ederken, SHIFT+tklamay kullanarak programn ek ba oluturmasn salaynz. ablon Penceresinin nasl kullanldna dair daha fazla ayrnt iin Blm 7.5e mracaat ediniz.
HO O OH P O O N O O O HO P O O N O N NH2 N O

NH

NH

OH

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

90

9.2.1 Bir Dergi Bieminin Uygulanmas

Diyelim ki, bilimsel bir makale yazdnz ve yaynlatmak iin Journal of Organic Chemistry dergisine yollayacaksnz. 1. Molekl Se/Ta aracyla seiniz.

2. mlecinizi seim tutamalarna srklediinizde bunlarn kk ii bo kareciklerden ii dolu siyah karelere dndn greceksiniz. Bu haldeyken ift tklayarak zellikler iletiim kutusunu grntleyiniz. 3. Biem kutusunun yanndaki kk oka bastnzda aa alan men gzekecektir. Buradan JOC Biemi (1996) seeneini seiniz.

4. Uygula dmesine tklaynca molekln dergi standartlarna gre grntlendiini greceksiniz. Molekln yanndaki bo alana tklayarak seimi iptal edip deiiklikleri daha net grebilirsiniz. O
OH HO P O O NH O N O O O HO P O O N O N N NH NH2

OH

5. Dosya mensnden, Farkl Kaydet seeneiyle yapnz dnafrag2.sk2 dosya ismiyle kaydediniz. 6. Btn molekl tekrar seiniz, zellikler iletiim kutusundaki Biem mensnden NormalI seiniz. 7. Uygula tuuna basnca molekln eski halini aldn greceksiniz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

91

9.2.2 Yayna Hazrlama

Yapsal izimlerinizi zel bir derginin biemine uydurmann yannda, makale hazrlama esnasnda yapmanz gereken pek ok uygulama vardr. Bu nedenle, Advanced Chemistry Development sizlere 80den fazla derginin kprlenmi listesini ieren Yazar Ynergesini kullanmnza sunmutur. 1. rnein, Yardm mensnden, Yazar Ynergesini seiniz. 2. Listeden Journal of Organic Chemistry seeneini iaretleyiniz. 3. Adobe PDF dosyasna ait balanty tklayarak ilgili dosyay grntleyiniz. 4. indekiler dmesiyle dier dergilerin bulunduu listeye geip onlarn da ynergelerini okuyabilirsiniz.
Not

Btn dergilerde yapsal izimlerle ilgili ak ynergeler olmad iin Yap zellikleri iletiim kutusunda listelenenler iinde kendi adlarna ait biemler bulunmamaktadr.

9.3 Kendi Bieminizi Oluturun

Bir sunum hazrladnz ve aklamasn yaptnz DNA ksmlarndan eker, fosfat ve amino asit gruplarn birbirinden renkler kullanarak ayrt etmek istediinizi dnelim. 1. Yap kipinde olduunuzdan emin olunuz ve dnafrag.sk2 dosyasn anz (ya da Blm 9.2de gsterilen DNA parasn iziniz). 2. Kement A aracna geerek Se/Ta aracn seiniz.

3. eker bileenlerini, etrafndan srkleme yaparak seiniz (ayr bileenleri seerken SHIFT tuuna basl tutunuz).

+Shift

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

92

4. mleci seilmi ksmn zerinde herhangi bir yere getirip seim tutamalarnn siyah olmasn salaynz..ift tklayarak zellikler paneline geliniz.

9.3.1 Kullanc Tanml Biem: eker

1. Atom Biemi ve Ba Biemi blmlerinde renkli alana tklayp seili ksmlar iin baka bir renk, rnein krmz, seiniz. Ba geniliini baka bir deere, rnein 1,9 noktaya ayarlaynz.

ChemSketch iindeki panellerin ounda kullanlan lm birimi Tercihler iletiim kutusunda (Ayarlar mens) belirlenenler olacaktr. Genilik, uzunluk gibi deerleri nokta/in/militmetre/santimetre biiminde ayarlayabilirsiniz. Deerleri girip istediiniz birimi ekleyiniz, rnein, 5 pt gibi. Deerler karlk gelen lm biriminde yeniden hesaplanacaktr. 2. Uygula tuuna basnz. Grdnz gibi, setiiniz kesimlerin renkleri artk krmz olarak grnmektedir.
Not
O OH HO P O O N
O

NH

O O HO P O O N
O

NH

NH2

OH

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

93

3. Bu biemi ileride kullanmak iin, zellikler diyalog kutusundaki Biem liste kutusuna eker yazarak KaydetI tklaynz.

4. Size bu kullanc tanml biemi saklamak isteyip istemediiniz sorulacaktr. EvetI tklaynz.

9.3.2 Kullanc Tanml Biem: Fosfat

1. Benzer ekilde, molekln fosfat ksmn seiniz, kaln ba genilii ve balar ile atom yaztipleri iin mavi renk ayarlamas yapnz. 2. Bu biemi Fosfat olarak Kaydet tuuyla sakladktan sonra molekle uyarlamak iin Uygula tuuna basnz
O OH HO P O O N O O O HO P O O O N N NH2 N O

NH

NH

OH

9.3.3 Kullanc Tanml Biem: Baz

1. Bazlar iin, atom sembollerini koyu yeil ve balar iin neon yeili renklerini seiniz 2. Bu biemi Baz adyla Kaydet tuuyla sakladktan sonra molekle uyarlamak iin Uygula tuuna basnz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

94

9.3.4 Kullanc Tanml Biem: Vurgu

Belki de, sunumunuz srasnda dinleyicilerin dikkatini oksijen atomlarna ekmek isteyebilirsiniz. Bunun iin drdnc bir biem olarak Vurgu biemini oluturacaz. 1. SHIFT+tklama ile, aada oklarla belirtilen oksijen atomlarn seiniz:

2. Setiiniz atomlardan herhangi birine ift tklayarak zellikler paneli zerinden Atom sekmesine geiniz. 3. Hem atom semboln hem de hidrojeni deitirmek iin, SHIFTe basarak nizleme ekrannn altndaki srada bulunan ilgili tular tklaynz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

95

Atom zelliklerini (hidrojen indisi, yk, deerlik, izotop, numaralama) de deitirmek isteyebilirsiniz, byle bir durumda ilgili dmeleri de tklaynz. 4. Renk, atom boyutu ve dier zellikleri, rnein, aada gsterildii ekilde ayarlaynz:
Not

Benzer ekilde ba zelliklerini de deitirebilirsiniz. 5. Uygula tuuna basarak aadaki yapy elde ediniz:
Not
O

OH
HO P O
N

NH

O
O

O
HO P O

NH

NH2

OH

6. Bu biemi de Vurgu olarak kaydediniz.

9.4 Varolan Biemleri Uygulama

Henz oluturduunuz biemleri bir deneme zerinde uygulamak iin dnafrag2.sk2 dosyasn anz. 1. Kement aracn seerek Blm 9.3te gsterildii gibi be yeli ekerleri seiniz 2. Bu alt birimlerin zerine ift tklaynz VEYA Aralar mensnden Yap zellikleri komutunu seiniz. 3. Alan zellikler panelinde, biemlere ait aa alr listeden (panelin zerindeki alan) ekerI seiniz:

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

96

4. Uygula tuuna basnz. Seilmi biem semi olduunuz yap veya ksm zerine uygulanacaktr. 5. Fosfat gruplarn seiniz. Biem listesinden FosfatI seiniz. Uygula tuuna basnz. 6. Benzer ekilde, DNA parasndaki iki baz molekln de seerek Baz biemini kullanarak Uygula tuuna basnz.
pucu Kullanc-tanml bir biem yerel sabit diskinizin Windows veya WinNT dizininde bulunan USERSTL.SK isimli dosyada saklanr. Biem dosyanz arkadalarnz ve meslektalarnz ile paylamak istiyorsanz, USERSTL.SK dosyanz onlara gnderdikten sonra Windows (veya WinNT) dizinlerine kopyalamalarn isteyiniz.

9.5 Bir Biemi Varsaylan Olarak Seme

1. zellikler panelindeki Biem listesinden gerekli biemi seiniz. 2. Varsaylan Yap tuunu tklayarak ilgili biemi varsaylan olarak ayarlayabilir ve o noktadan sonra izilecek her yapnn bu biemde olmasn salayabilirsiniz Varsaylan olarak ayarlamak iin, bieminizi kaydetmenize gerek yoktur. Sadece gerekli zellikelri panel sekmelerinde bulup ayarladktan sonra Varsaylan Yap tuuna basmanz yeterlidir. zellikleriniz o andan itibaren varsaylan olarak kullanlacaktr.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

97

10. izim Kipinde Biemlerle alma

10.1 Amalar
izim Kipinde, bir biem bir veya daha fazla nesnenin eitli zelliklerini ierebilir: rnein, mrekkep rengi, dolgu biimi, ok tipi, yaztipi ve paragraf ayarlar gibi. Bylece yazlar, dolguya msait nesneler, oklar ve izgiler iin farkl biemler oluturmanz mmkn olur. Bu blmde aadakilerin nasl yapldn reneceksiniz: Bir nesnenin biemini deitirme; Bir biemi saklama; ve Bir biemi varsaylan olarak ayarlama.

10.2 Bir Nesnenin Biemini Deitirme

DNA zinciri ve orbitallerin nasl izileceini aklayan Blm 8de, bir nesnenin stilini deitirmek zerine basit bir giri bulunmaktadr. Bu blmde size genel bir prosedr sunacaz. 1. Biemini deitirmek istediiniz nesneyi (veya nesneleri) seiniz. 2. Nesneler panelini grntlemek iin seim zerine ift tklayn. Seilen nesnenin trne gre (biim, dorusal nesne, ok, metin, spektrum, tablo veya yap) Nesne paneli farkl dmeler ierebilir.

3. Sekmeleri ve aa alan listeleri kullanarak bieminizi oluturup deiiklikleri uygulamak iin Uygula tuuna basnz.
Not

Yaygn blmndeki ayarlar btn nesnelere uygulanacaktr. rnein, mrekkep rengini krmz yaptnzda ekiller, izgiler ve yaplar deiecektir. Yalnzca ekiller blmnde bir deiiklik yaptnzda, deienler sadece ekiller olacaktr.

10.3 Bir Biemi Kaydetme

1. Belirlenen ayarlamalar kaydetmek iin, Nesneler panelindeki Yeni Biem Olarak Kaydet

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

98

tuuna basnz. 2. Alan Kullanc Biemi Kaydet iletiim kutusunda, bieminizde kullanacanz zellikleri belirleyiniz. rnein, yazlar iin zel bir biem oluturmak istiyorsanz, Yaztipi Boyutu ve Paragraf Biemi onay kutularn setiinizden emin olunuz. 3. Bieminiz iin bir isim belirleyip Tamam tuuna basnz. Biem listesine yeni oluturduunuz biem kaydedilecek ve bylece Nesneler panelinden yklenmesi ve seilen nesnelere uygulanmas veya varsaylan olarak ayarlanmas mmkn olacaktr.

10.4 Varolan Bir Biemi Uygulama

Kaydedilmi bir biemi (ister hazr, ister kullanc tanml olsun) her trl seilmi nesneye uygulayabilirsiniz. 1. Biemini deitirmek istediiniz nesneyi (nesneleri) seiniz. 2. ift tklayarak Nesneler panelini anz. 3. Buradan Ykle tuuna basarak listeden istediiniz bir biemi seiniz. Biemin zellikleri panele yklenecektir. 4. Uygula tuuna basnz

10.5 Bir Biemi Varsaylan Olarak Atama

Aralar mensndeki panellerden zel bir biem iin varsaylan olarak atama yaplabilir. Mrekkep Biemi Paneli Dolgu Biemi Paneli Ok Biemi Paneli Yaztipi Paneli Paragraf Paneli Bu panellerin herhangi birinde yaptnz ayarlamalar derhal varsaylan haline gelir. Ykle tuunu tklayarak varolan herhangi bir biemi bu panellere ykleyebiirsiniz. Biem btn biem panellerine otomatik olarak yklenecek ve varsaylan haline gelecektir. izilmi nesnedeki biem zelliklerini Biem Panellerinden herhangi birine de ykleyebilirsiniz. Gncelle tuuna ve ardndan nesneye tklaynz. Nesnede kullanlan biem zellikleri btn biem panellerine yklenir ve otomatik olarak varsaylan haline gelir. Not Varsaylan zelliklerini deitirmeden belirli bir nesnenin biemini deitirmek isterseniz, Nesneler panelini kullannz (Blm 12.2ye baknz)

10.6 Biemleri Ynetme

Biemlerinizi ynetmek iin (kaydetme, uygulama, yeniden adlandrma, silme veya varsaylan yapma), Aralar mensnden Biem Dzenleme Paneli komutuyla alabilecek olan Biem Panelini kullanabilirsiniz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

99

Bu panelde aada belirtilen ilemleri yapabilirsiniz.

stenen Olay
Belirli bir zellik tayan (mrekkep rengi, oklar, dolgu, yaztipi, paragraf) biemleri grntleme Btn biem listelerini grntleme Seilmi bir nesneye (nesnelere) bir biemi uygulama. Biemi varsaylan olarak atama. O andaki varsaylan ayarlara dayanarak yeni bir biem oluturma. Biemi yeniden adlandrma

Baslacak Tu
Panelin zerindeki ilgili tua basnz. (Hangi dmeyi semeniz gerektiini, imleciniz her birinin zerinde duraklad zaman kan sar bilgi notlarndan renebilirsiniz) Panelin zerindeki dmelerin hepsine basarak seiniz . Listeden ilgili biemi seip Uygula tuuna basnz. Ilgili biemi listeden setikten sonra Varsaylan Yap dmesine tklaynz. Yeni dmesini tklaynz.

lgili biemi seip Yen. Adlandr tuunu tklaynz. Kullanc tanml olmayanlar (hazr gelenler) listede gri olarak grnmekte olup yeniden adlandrlamazlar. Listeden biemi setikten sonra Sil dmesini tklaynz. Gri olarak iaretli, kullanc tanml olmayan stillerin silinemeyeceini unutmaynz.

Biemi silme.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

100

11. Makroskopik zelliklerin Hesaplanmas

11.1 Giri
ACD/ChemSketchin izim kabiliyetleri, iinde bulunan zel makroskopik zellik tahmin programn kullanarak molekle genel bir bak atma olana verecek lde gelimitir. Bu zellikler arasnda unlar bulunmaktadr: Forml arl, Yzde bileim; Molar krclk; Molar hacim, parakor; krlma indisi; yzey gerilim; younluk, dielektrik sabiti; kutuplanabilirlik, ve tek izotuplu, en dk ve ortalama ktle hesab. Bu blmde, bu zelliklerin hesaplanmas iin basit yollar gsterilmi, bu zelliklerin hesapland algoritmalara ksaca deinilmitir. Hesaplanan ve deneysel deerler arasndaki uyumlulua dair zet yzlerce bileik iin gsterilmitir. Bu blmde kullanlacak olan zellikler kelimesinin, ChemSketch belgelerinin dier yerlerinde grafik gsterim zellikleri kast edilmesine ramen, burada fizikokimyasal deerleri anlatmak amacyla kullanlacana dikkat ediniz. rnein, Aralar mensnde, Yap zellikleri komutu yaztipi boyutunu, ba kalnln, mrekkep rengini ve dier zellikleri deitirmenize yararken ayn Aralar mensnde bulunan Hesapla > Btn zellikler biiminde baka bir komutla da karlacaksnz.

11.2 Makroskopik zelliklerin Hesaplanmas

11.2.1 Men Komutlar
Aada bahsedilen molekler zelliklerden birini veya hepsini belirlemek iin kullanlr. 1. Yap kipindeyken, bir yap iziniz. 2. Aralar mensnden Hesapla ve alan alt menden Btn zellikler veya yukarda bahsedilen zelliklerden istediiniz bir tanesini seiniz.

3. Setiiniz zellik Hesaplama Sonular iletiim kutusunda grntlenir. rnein, benzoik asit iin Aralar>Hesapla>Btn zellikler seenekleri seildiinde aadaki iletiimi kutusu grntlenir: 4.

5. Buradaki metin ierii istenirse Dz. Kopyala tuuyla derhal ChemSketche yaptrlabilir.

11.2.2 Durum ubuunda Otomatik Grntleme

Durum ubuunda makroskopik zellii dorudan aada gsterildii gibi grntlemek de mmkndr:

Durum ubuunun en sandaki kutuya tklayp istenen zellii seiniz. Varsaylan ayar olarak, bu forml arlna ayarlanmtr. Gsterilen rnekte, dielektrik sabiti, 20, seilmi durumdadr.

11.3 Makroskopik zellikleri Hesaplama Algoritmalar

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

102

ChemSketchte fizikokimyasal zelliklerin hesapland toplanabilir-ierie bal hesaplama algoritmalarnn temelinde bu zelliklerin atomlar veya gruplarn bireysel zelliklerini toplayarak elde edilebilecei kabul yatmaktadr. Hesaplanmas olduka kolay olan molekl arl dnda, algoritmalar ana gruba ayrlabilir: Temel makroskopik zellikler: Molar Hacim (MV), Molar Krclk (MR) ve Parakor (Pr); Tretilmi makroskopik zellikler: younluk (d), krlma indisi (n) ve yzey gerilimi (); ve the dielektrik sabiti (geirgenlik). Molar Hacim (MV), Molar Krclk (MR) ve Parakor (Pr) gibi temel makroskopik zellikler girdi yaps iin ilk kez hesaplanmaktadr. Byle bir algoritmada atomik artm miktarlar bu atoma ve komu atomlara ait balara (tek, ift, aromatik gibi) dayanmaktadr. ChemSketch girdi yapsndaki atomlarn bal olduu snflar abucak analiz eder, yani atomun halka, aromatik, veya alifatik snflardan hangisine girdiini bulur. Younluk (d), krlma indisi (n) ve yzey gerilimi () ile ilgili tahmin algoritmalar pek ok fiziksel kimya ders kitabndan bulunabilecek olan yaygn formllerden tretilmitir. Bunlar d, n ve deerlerini MV, MR veya Pr olarak ifade eder. Toplamal yntemle MV, MR veya Pr tahmin edildikten sonra, bu formlleri kullanarak d, n ve deerlerini bulmak son derece kolaydr. MV, MR ve Pr iin toplamal-ierie bal atomik artlar, programn iinde ACD tarafndan oluturulmu younluk, krlma indisi ve yzey gerilim verilerinin bulunduu byk veritabanlarndan elde edilmektedir. MV, MR ve Pr deerleri d, n ve dan tekrar hesaplanmaktadr. Bu parametreler Advanced Chemistry Developmentin tescilli bilgileridir. Dielektrik sabiti (geirgenlik) deerinin tahmini ChemSketchin ayr bir ACD rn olarak verdii Kaynama Noktas programndaki hesaplama sistemine ok yakndr. ACDdeki kdemli bilim adamlar tarafndan, MV gibi toplamal olarak bulunabilen dier makroskopik zellikler ile dielektrik sabiti arasnda toplamal bir fonksiyon kefedilmitir. Bu iliki kefedilince, bu fonksiyon iin eklemeli-ierie bal atomik artlar molekl yaplar ve gzlenen dielektrik sabitlerini ieren byk veritabanlar kullanlarak elde edilmitir. Girdi yaps iin fonksiyonu ve hesaplanan MVyi kullanarak, dielektrik sabiti hzlca tahmin edilebilmektedir.

11.3.1 Molar Hacim, MV

Tanm,

MV =

MW . d

eklinde verilebilecek olan molar hacim parametresi, ChemSketch tarafndan toplamal artlardan klarak hesaplanmaktadr. Toplamal atomik artlar younluk veritaban ve hesaplanan molekl arl (MW) deerleri kullanlarak hesaplanmaktadr.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

103

11.3.2 Molar Refractivity, MR

Molar krclk, Lorentz-Lorenz denklemi kullanlarak krlma indisi, younluk ve molekl arl verilerinden hesaplanr:

MR =

n 2 1 MW n2 + 2 d

ChemSketch molar krcl toplamal artlardan hesaplar. Bunlar younluk ve krlma indisi veritabanlarndan ve hesaplanan molekl arlndan (MW) bulunur.

11.3.3 Parakor, Pr
Tanm olarak,

MW Pr = d

ChemSketch parakoru toplamal artlar kullanarak hesaplar. Bunlar younluk ve yzey gerilim veritabanlarndan ve molekl arlndan (MW) bulunur.

11.3.4 Younluk, d
Tanm,

d=

MW MV

ChemSketch molekl ar ve hesaplanan molar hacimden younluu hesaplar (yukarya baknz).

11.3.5 Krlma ndisi, n

Lorentz-Lorenz denkleminden,

n=

2 MR + MV MV MR

ChemSketch krlma indisini her ikisi de yukarda hesaplanm olan molar hacim ve molar krclk verilerini kullanarak hesaplar.

11.3.6 Yzey Gerilim,

Tanm olarak,

Pr MV

ChemSketch yzey gerilimi hesaplanm olan MV ve Prden (yukarya baknz) bulur.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

104

11.3.7 Dielektrik Sabiti, (Geirgenlik)

f ( ) = f ( MV , AdditiveFunction)
ChemSketch dielektrik sabitini hesaplanm MVden (yukarya baknz) ve tescilli deneysel toplanabilir fonksiyon kullanarak bulur.

11.3.8 Kutuplanabilirlik
Bu zellik Molar Krclk (MR)den u ekilde bulunur (Blm 11.3.2ye baknz):

Polarizability = 0.3964308 MR
11.3.9 Tek izotoplu, En dk ve Ortalama Ktle
Tek izotoplu ktle (Mmi) doal olarak oluabilen en yaygn kararl izotopun kesin ktlesidir. En dk ktle (Mn) molekl oluturan elementlerin yuvarlatlm tek izotoplu ktlelerinin toplamndan hesaplanr. Ortalama Ktle (Mav) molekln olutuu elementlerin atom arlna dayanarak hesaplanan ktledir.

11.4 Deneysel Verilerin Ballam (Korelasyon) statistii 11.4.1 Molar Krclk Tahmin Hata Dalm
120 100 80 60 40 20 0 -1.3 -0.9 -0.5 -0.1 0.3 0.7

Dikey eksen: Yatay eksen: Denenmi Yaplarn Says:

Denenmi Yaplarn Says ACD Molar Krclk Tahmin Hatas 592

MRden = 0.99901(0.00067) MRhesp + 0.026(0.025) R=0.999867, StSp=0.23

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

105

11.4.2 Molar Hacim Tahmin Hata Dalm

140 120 100 80 60 40 20 0 -12 -8 -4 0 4 8 12

Dikey eksen: Yatay eksen: Denenmi Yaplarn Says

Denenmi Yaplarn Says ACD/Molar Hacim Tahmin Hatas 671 R=0.998626, StSp=2.74

MVden = 0.9989(0.0020) MVhesp + 0.18(0.29)

11.4.3 Parakor Tahmin Hatas Dalm

90 80 70 60 50 40 30 20 10 0 -12 -8 -4 0 4 8 12

Dikey eksen: Yatay eksen: Denenmi Yaplarn Says:

Denenmi Yaplarn Says ACD/Parakor Tahmin Hatas 377 R=0.99958, StSp=3.11

Prden = 0.9978(0.0015) Prhesp + 0.68(0.46)

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

106

11.4.4 Krlma ndisi Tahmin Hata Dalm

180 160 140 120 100 80 60 40 20 0 -0.07 -0.05 -0.03 -0.01 0.01 0.03 0.05

Dikey eksen: Yatay eksen: Denenen Yaplarn Says:

Denenen Yaplarn Says ACD/Krlma indisi tahmin hatas 665

n20den = 0.98035(0.0073) n20hesp + 0.028(0.011) R=0.982, StSp=0.012

11.4.5 Younluk Tahmin Hata Dalm

180 160 140 120 100 80 60 40 20 0 -0.16 -0.08 0.00 0.08 0.16

Dikey eksen: Yatay eksen: Denenen Yaplarn Says

Denenen Yaplarn Says ACD/Younluk Tahmin Hatas 671

d20den = 0.9947(0.0036) d20hesp + 0.0052(0.0036) R=0.995683, StSp=0.028

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

107

11.4.6 Yzey Gerilim Tahmin Hata Dalm

100 90 80 70 60 50 40 30 20 10 0 -12 -8 -4 0 4 8 12

Dikey eksen: Dikey eksen: Denenen Yaplarn Says:

Denenen Yaplarn Says ACD/Yzey Gerilim Tahmin Hatas 432

st20den = 0.998(0.018) st20hesp + 0.08(0.53) R=0.934720, StSp=2.84

11.4.7 Dielektrik Sabiti (Geirgenlik) Tahmin Hata Dalm

30 25 20 15 10 5 0 -0.25 -0.125 0 0.125 0.25

Denenen Yaplarn Says Dielektrik Sabiti (Geirgenlik) Tahmin Hatas 85 Not: Yalnzca hidrokarbonlar iin tretilmitir den = 1.005(0.033)hesp 0.013(0.072) R=0.9588, StSp=0.079

Dikey eksen: Yatay eksen: Denenen Yaplarn Says:

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

108

12. zel lev Tular

12.1 Amalar
ChemSketch penceresi son derece becerikli bir molekl yap giri dzenleyicisidir. Bu nedenle, ChemSketch arabiriminden pek ok ACD yazlm elerine artk tek tula ulamanz salanmtr. Bu blm ChemSketch arabirimiyle eriilebilecek iki zel eklenti birimi tantacaktr. ACD/Tautomerler artk hem bedava, hem de ticari srmlerde bulunmakta olup ACD/Szlk ise yalnzca ACD/ChemSketch ticari yazlmla verilmektedir.

12.2 Tautomerler
Belirli bileikler iin, hzl bir denge halinde bulunan iki veya daha fazla yapsal olarak ayr biimin bir karm zeltide bulunmaktadr. Pek ok durumda, tautomerler proton aktarmnn sonucu olarak ortaya kmaktadr. ACD/Tautomerler izilmi organik yaplarn en makul tautomer biimlerini oluturmak iin tasarlanmtr. Aralar mensnden Tautomer Biimleri Ara komutu dmesi ile ulalabilir. ile veya izilmi organik yapda oksijen, azot, kkrt veya dier heteroatomlara bal veya onlarla konjuge halde iki veya daha fazla ift veya l ba var ise alternatif tautomer biimlerinin olma ihtimali daima dikkatle gz nne alnmaldr. Mevcut ACD/Tautomerler algoritmas yalnzca tavsiye edilen tautomer biimlerini sunmakta olup bu daima doru olan anlamna gelmemektedir. Son karar vermeden nce dier bilgi kaynaklarna da bavurmanz tavsiye edilir. ACD/Tautomerler algoritmas aada belirtilen kimyasal yap snflar iin kullanlamaz: Metal atomu ieren yaplar; Ykl atomlar ieren yaplar; buna (-) oksijene bal drt deerlikli (+) azot dahil deildir. Normal olmayan deerliklerinde bulunan elementler ieren bileikler, Koordine ba ieren yaplar; ve 255ten fazla atom ieren yaplar. imdi, bir rnek zerinde bu seenei deneyeceiz. 1. Yukarda anlatlan teknikleri kullanarak u yapy iziniz:
N O HN N

2. Yapy seiniz (Se/Ta aracn

kullann), st ara ubuundaki Tautomer Biimleri

tklaynz. Program izilmi yap iin tautomer biimlerini oluturmaya ve Ara dmesini aramaya balar ve ilem bittiinde aadaki iletiim kutusu grntlenir:

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

109

3. Oluturulan yaplarn hepsine gzatmak iin, leri >> ve <<Geri tularn tklaynz. 4. izilmi yapy o an gsterilen yapyla deitirmek iin, Deitir dmesine tklaynz.

12.2.1 rnekler
Aada ChemSketch Penceresindeki Tautomers dmesiyle deneyebileceiniz birka klasik trden tautomerlik anlatlmtr.

Keto-Enol Tautomerlii
CH3 CH3 CH3 CH3

H3C H O

H3C OH

Fenol-Keto Tautomerlii

OH

O H H

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

110

Heterohalka Tautomerlii
O OH

N H

Nitro-aci Tautomerlii
O

H3C N
+ -

H HO

H3C N
+ -

H3C

H3C

Nitrozo-oksim Tautomerlii

H N N O H3C CH3 OH

H3C

CH3

min-Enamin Tautomerlii
CH3 CH3 H CH3 CH3 CH3 CH3 N CH3 NH CH3

12.2.2 Kimya Literatrndeki Hatalar

Kimyasal yaplar ounlukla yanl olarak izilmekte ve tautomer biimleri ihmal edilmektedir. Aadaki yaplarn hepsi ilgili yaynlardan alnmtr. Pek ou hata iermekte ya da tarif edilen deneysel koullar altnda tautomer biimleri belirsiz ekilde atanmaktadr. ACD/Tautomerler ile, gzlenen veriyi tahmin etmeye altnz bileiin yaygn tautomer biimini gzden karma tehlikesi olmakszn ACD tahmin programlarn (mesela pKa gibi) altrabilecek veya gvenle yaynlayabileceksiniz.

eitli Yaynlardan Derlenen Sorgulanabilir Yaplar

S H N

SH H N

OH

HO

NH2 N

HN

N N N H

HO

N OH

H2N

Tiyoguanin (antineoplastik) 4 olas biim

6-Merkaptopurin (antineoplastik) 5 olas biim

Allopurinol (antiurolitik) 5 olas biim

Lykopterin 3 olas biim

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

111

eitli Yaynlardan Derlenen Sorgulanabilir Yaplar

O OH Cl N

S SH N
N O O NH2

CH3 N N

SH

Klorzoksazon (iskelet kas gevetici) 2 olas biim

H N N N NH2

2-Merkaptobenzotiyazol 2 olas biim

H2N H2N N HS N N NH

Pemolin (CNS uyarc) 2 olas biim

O

Metimazol (tiroid drc) 2 olas biim

O HO N
-

O
CH3

Amitrol (yabani ot ldrc) 3 olas biim

O N
-

Purpald 2 olas biim

HO N SH
H2N

Tiyotetronik asit 3 olas biim

N NH2

Ciclopirox (mantar ldrc) 2 olas biim

HO N OH

SH
I

N HO OH

N N O OH

Piritiyon (antibakteriyel) 2 olas biim

N SH
Cl

yodotiyourasil (tiroid yavalatc) 2 olas biim

HO
NH NH N NH Cl HO

Divisin 3 olas biim

N OH

Viyolrik asit (kelatlama arac) 2 olas biim

H3C N OH

N S H2N

OH

HO

2-Tiyourasil (tiroid inhibitor) 2 olas biim

H N O

Guanotzabenz (tansiyon drc) 3 olas biim

O S N O CH3
H2N HN

Sitrazinik asit 2 olas biim

Metisazon (virs ldrc) 2 olas biim

OH O OH

NH

N F

S OH O

NH

CH3

N NH NH NH2

NH2

Flusitozin (mantar ldrc) 2 olas biim

Tenoxicam (ar kesici-ate drc) 2 olas biim

Mitoguazon (antineoplastik) 4 olas biim

Antralin (antipsoriatik) 2 olas biim

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

112

12.3 Szlk
ACD/Szlk eklenti birimi olup ACD/ChemSketchin btn ticari kopyalarnda bulunmaktadr. Bu ara kimyasallar yaygn adlaryla bulmakta olaast fayda salamaktadr. ACD/Szlk kimyasal yaplar kimyasal adlarna gre bulur. 48.000den fazla sistematik ve sistematik olmayan isim ve karlk gelen molekl yaps iermektedir. Szlk tam kimyasal ad ve isim paralar kullanarak arama yapabilmektedir. ACD/Szlkn pek ok zellii ACD/Szlk Kullanc Klavuzunda incelendiyse de, burada bunlara ksaca deineceiz. Sadaki Kaynaklar ara ubuunda, Szlk dmesine kutusunu anz: tklayarak ACD/Szlk iletiim

Not

ACD/ChemSketchi satn alm ve Yap kipindeyken Szlk dmesini

gremiyorsanz, kurulum aamasnda K kayt numarasn doru girip girmediinizi kontrol edinizbirisi ACD/ChemSketch, dieri de ACD/Szlk eklentisi iin kullanlmaktadr. Daha fazla bilgi iin lften ACD/Szlk Kullanm Klavuzuna bavurunuz!

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

113

12.4 Bedava ACD/sim Eklentisi5.0 iin Yeni!

5.0 srmnde ChemSketch arabiriminin sa tarafnda bulunan Bedava ACD/sim zelliini kullanabilirsiniz. Bu ilev st genel ara ubuunda bir dme olarak mevcuttur:

Bu aracn kullanm kolaydr: isimlendirilecek yapy ekrana getiriniz (ister izerek, ister ykleyerek), bu dmeye tklaynz ve programn tek yap veya karm iin rettii ismi alma alanna eklemesini izleyiniz Baz rneklerin isimlendirilmesini deneyelim. 1. ChemSketch aralarn kullanarak, aadaki yapy iziniz:

N O HO

2. alma alannda birden fazla yap var ise, yalnzca yukardaki yapy seiniz. 3. Yapdan sim Olutur dmesine veya Aralar mensnden Yapdan sim Olutur komutunu seiniz. sim izilmi yapnn hemen altnda grnecektir:

4. sim dizgisini srkleyerek biraz aaya taynz 5. Klor atom dmesini seip yapnn yaknna bir kere tklayarak HCl molekln ekleyiniz. 6. ki yapy da seip yine Yapdan sim Olutur dmesine basnz. Bu sefer karmn ismi metin kutusunda grnecektir:

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

114

12.4.1 Bedava ACD/simin Snrlamalar

Bedava ACD/sim iin aadaki snrlamalar bulunmaktadr: simlendirilecek yaplar hidrojen dahil olmak zere en fazla 50 atom ierebilir. Normal deerliklerinde olmak kaydyla, yalnzca H,C,N,P,O,S,F,Cl,Br,I,Li,Na,K elementlerini ieren bileikler adlandrlabilir. Yaplar en fazla 3 halka ierebilir. Bedava srm isimlendirme tercihlerini deitirmenize izin vermez. Program en ok tercih edilen IUPAC isimlerine karlk gelen tercihleri kullanr. Bu snrlamalara sahip olmayan ACD/sim yazlmnn ticari srm ile ilgili daha fazla bilgi iin ltfen http://www.acdlabs.com/products/name_lab/iupac/ adresindeki Web sitemizi ziyaret ediniz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

115

13. Hediyeler
13.1 Hediyeler Nedir?
Hediyeler nedir? Bunlar ChemSketchin ilevselliini artran ilave dmelerdir. Bunlar, aslnda, 22 adet yeni ChemSketch dmesiyle ilikilendirilmi ACD/ChemBasic programn altrmaktadr. ACD/ChemBasic ACD yazlmnz zelletirmenize olanak tanyan zel bir programlama dili olup ne kadar kullanl olduunu gstermenin en iyi yolu olduuna inanmaktayz ayn zamanda ChemSketchinizi ok daha kullanl yapmanzn da! ACD/ChemBasic ile ilgili hi bir ey bilmeniz gerekmediine dikkat ediniz (tabii, eer isterseniz, rnek olarak Hediyeler ksmnda belirtilen kodlar kullanarak renmeniz de mmkndr).

13.2 Bunlar Nereden Bulabilirim?

Bu kullanl dmeler bir ok ChemSketch 4.5 kurulumunda zaten mevcuttur. Bunlarn zaten sizde olup olmadn kontrol etmek iin, ChemSketch dizininizin iinde *.BAS dosyalarna bakn. Hi yoksa, Web sitemizden bedava olarak aadaki balant zerinden indirebilirsiniz. http://www.acdlabs.com/products/chem_dsn_lab/goodies.html Bunlarn kurulumu ve kullanm olduka kolaydr. Sadece Web sitesinde belirtilen kurulum ynergelerini takip etmeniz yeterlidir. Ondan sonra bu yeni ChemSketch zelliklerini zevkle kullanmaya balayabilirsiniz. Bu yeni dmeleri ChemSketch ara ubuundan her an silebileceinizi belirtmek isteriz. Not ChemBasic Hediyeleri dmeleri, yalnzca Yap Kipindeyken geerlidir.

13.3 Hediyeler
Aadaki listede, Web sitemizde u anda bulunan Hediye dmelerini grebilirsiniz:

Dme
Sayfa Ekle

levi
ChemSketch belgenizin herhangi bir yerine bo sayfalar ekler. Normal yollaSayfa/Yeni menssayfa eklediinizde bu sayfann belgenin en sonuna yerleeceini unutmaynz. O anki sayfay (ieriiyle birlikte) istenilen sayda kopyalarbelgeyi sayfa ablonlaryla, tablolarla, balklarla vb.donatmak iin ok kullanl bir yoldur. Yeni sayfalar belgenin sonuna eklenecektir. Sayfay tar ve kopyalaryani, belgenizdeki sayfa srasn deitirir.

Kullanlmas
Bo bir sayfa ilave etmek istediiniz sayfaya gelip Sayfa Ekle dmesine tklaynz.

Sayfay Kopyala

1. Kopyalayacanz sayfaya geliniz. 2. Sayfa Kopyala tuuna basnz. 3. Alan iletiim kutusunda kopya saysn belirterek Tamam tuuna basnz.

Sayfay Ta/Kopyala

1. Tayacanz veya kopyalayacanz sayfaya geliniz. 2. Sayfay Ta/Kopyala tuuna basnz. 3. Alan iletiim kutusunda o anki sayfann kanc sayfann arkasna yerleeceini yazarak Tamam tuuna basnz. 4. Gelen mesaj kutusunda, sayfay kopyalamak istiyorsanz Evet tuuna, sadece tamak istiyorsanz Hayr tuuna

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

116

Dme

levi

Kullanlmas
basnz. Programn almasn ptal tuuyla durdurabilirsiniz. 1. Sayfa Sil tuuna basnz. 2. Alan iletiim kutusunda silmek istediiniz sayfa srasn belirtiniz. 3. Program altktan sonra Geri Al ilevinin almayaca bildirilecektir. Sayfalar silmek iin Tamam tuuna basnz. Programn ilemesini ptal tuuyla durdurabilirsiniz. 1. Bir belge an veya oluturun. 2. Belgeye Not Ekle dmesini tklayn. 3. Programn ilemesi bittikten sonra alttaki durum ubuunda bulunan sayfa dmesine basarak sayfalarn isimlerini grebilirsiniz. 1. Bir sayfada aktarma yapmak istediiniz yaplar seiniz. 2. SketchVRML Dntrc dmesini tklaynz. 3. Alan Aktarmaya Hazr mesaj kutusundan Tamam tuunu tklaynz (veya program iptal etmek iin ptale basnz). 4. Dosyann yolunu yazarak Tamam tuuna basnz. Yalnzca dosya ismi yazdysanz, program sk2vrml.bas dosyasnn bulunduu dizine WRL dosyasn kaydedecektir. 5. stenen yapy gelecek olan iletiim kutusunda ilgili harfe basarak seip Tamama tklaynz. 1. SDFSketch Dntrc dmesine basnz. 2. letiim kutusunda almak istediiniz SDF dosyasna ait tam yolu ve ismi giriniz (ya da maskeleyiniz* ve ? dosya maskeleme iin kabul edilen iaretlerdir) ve TamamI tklaynz. Yolu belirtmezseniz, program SDF dosyanz ChemBasic program dizininde arayacaktr. Dolaysyla, ilgili SDF dosyasn sdf2sk.bas dosyasyla ayn yere kaydettiyseniz, yol belirtmeden dorudan ismi girmeniz yeterlidir. SDF dosyasn, ChemBasic program dizini iinde alt dizine kaydettiyseniz, tek yapmanz gereken alt dizin ismini de girmektir. 3. Arama sonular birden fazla dosya verdiyse, program sizden bir tanesini semenizi isteyecektir, ve ardndan grntlemek istediiniz yazy ieren veri alanna bir isim yazmanz gerekcektir. Alan ismini belirledikten sonra Tamam tuuna basnz. Bu dmeye tklayp gelen mesajlardaki ynergeleri takip ediniz. Bu, ChemSketch belgelerini aramak ve nizlemek iin son derece faydal bir aratr. Bir tablo oluturup izilmi nesneleri yerletirmek iin: 1. Tablo Sihirbaz dmesini tklayn. 2. Sayfadaki nesne says ve bunlar nasl hizalayacanza dair tavsiyeleri ieren bir mesaj alacaksnz. Evet seeneini sein. 3. Tabloda yer alacak satr ve stun saylarn belirleyiniz. 4. Tabloda snr izgisi isteyip istemediinizi belirtiniz. Bo bir tablo oluturmak iin. Bo bir sayfada Tablo Sihirbazn altrnz. Veya,

Sayfa Sil

Bir kerede istenen sayda sayfay siler.

Belgeye Not Ekle

Her sayfadaki en solda stteki metin kutusunun ierii ile belgenize not ekler.

SketchVRML Dntrc

O sayfadaki molekllerin hepsini VRML 2.0 dosyasna aktarr, bunu da Cosmo, GLView, veya dier VRML gzatcs kullanarak grntleyebilirsiniz.

SDFSketch Dntrc

MDLnin SDF biiminde kaydedilmi bir dosyadan veri (molekller, yazlar vb) alr. SDF dosyasndaki her kayt ayr bir sayfa olarak alnacaktr. SINIRLAMA: 100 kayttan daha fazlas alnamamaktadr (ChemSketch belgeleri en fazla 100 sayfa olabilmektedir). SDF dosyas 100den daha fazla kayt ieriyorsa ksmi SDF dnm hakknda uyarlacaksnz (ve baaryla alnan kayt says bildirilecektir)

Belge Gzatcs

Belirli ChemSketch belgelerini bulmak olduu kadar belgeleri amakszn ilerinde bir metin aratmak iin kullanlr. Tablolar oluturur ve/veya nesneleri belirlenmi sayda satr ve stuna hizalar.

Tablo Sihirbaz

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

117

Dme

levi

Kullanlmas
Nesneleri sralamanz gerektiini belirten mesaja Hayr eklinde yant veriniz.

Elementi Deitir

Bir atomu baka biriyle deitirir. Bu, rnein, perfluoro bileiklerini izmek iin ok faydaldr.

zelti Hesaplayc

Kullancnn tanmlad hacimde ve molar deriimdeki bir zeltiyi hazrlamak iin gerekli maddenin arln hesaplar.

Etiket Yazc

Kimyasallar iin hzl etiket hazrlama ve bunlar Avery Standardna (verilen 45 ablon sayfasna) veya kendi sayfalarnza basmak iin kullanlr. Amino asit diziliminden 3 boyutlu peptit yaps oluturur. Karbohidrat ksaltmalarndan yaplar oluturur.

Bu ilemin sayfadaki tek bir yap zerinde yaplabileceini unutmaynz. 1. Sayfada tek bir yap izin veya brakn. 2. Alan iletiim kutusunda deitirmek istediiniz elementi girerek Tamam tuunu tklaynz. 3. Sonraki iletiim kutusunda, belirlediiniz elementi hangisiyle deitirmek istediinizi belirterek Tamam tklaynz. Bu programn yalnzca tek bir yap bulunan sayfalarda alabileceini hatrda tutunuz. 1. Sayfada tek bir yap izin veya brakn, ardndan bu tua basn. 2. Gerekli molar deriimi ve zelti hacmini alan iletiim kutusunda belirtin. 3. Sonu bir sonraki mesaj kutusunda grnecektir. 1. Etiketini oluturmak istediiniz yaplar izerek Etiket Yazc dmesini tklaynz. 2. Bo bir sayfada bu program balatrsanz, SDF uzantl dosyalardan da etiket oluturmanz mmkndr. 3. Daha fazla bilgi iin Hediyeler dizinindeki lprinter.txt dosyasn grnz. Bu dmenin kullanmna dair bilgileri Hediyeler dizininde bulunan pepbuild.sk2 dosyasnda bulabilirsiniz. Bu dme ile ilgili ayrntl bilgi iin Hediyeler dizininde bulabileceiniz sugarsk.txt dosyasna mracaat ediniz.

Peptit Yapc

Karbohidrat Yapc

Sayfalar Yeniden Dzenle

Ayn belge iinde, bir seri sayfay kesmenize ve yaptrmanza veya kopyalayp yaptrmanza olanak tanr. Sayfalarn ismini deitirir.

1. Sayfalarn dzenlemek istediiniz belgeyi anz. 2. Bu dmeye tklayarak gelen mesajlardaki ynergeleri takip ediniz.

Sayfalar Yeniden Adlandr

1. Belgeyi anz. 2. Bu dmeye tklaynz. 3. simlendirmek istediiniz sayfann numarasn girerek Tamam tuuna basnz. 4. smi girerek Tamam tuuna basnz. 5. Sayfalarn isimleri ChemSketch penceresinin altndaki Sayfa 1/1 dmesi tklatlarak grlebilir. 1. Bir belge oluturunuz veya anz. 2. Sayfalara Not Ekle dmesini tklaynz. 3. Alan iletiim kutusunda bir sayfa not ablonu girerek Tamam tuuna basnz. Not ablon tular: $Psayfa numaras ekler $Nsayfa ad ekler (Sayfalar Yeniden Adlandr hediye program veya Sayfalar/Yeniden Adlandr komutu kullanlarak girilebilir) Not ablonunuza herhangi sabit bir metni de koyabilirsiniz. For example: Template $P will insert page numbers

Sayfa Numaralar/Not Ekle

Belgenize sayfa numaralar veya karmak notlar ekler. Notun sayfann sol altnda yerleeceine dikkat ediniz.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

118

Dme

levi

Kullanlmas
$N ablonu her sayfann sol alt kesine sayfa numaras ekler Page $P ablonu ile Sayfa 1, Sayfa 2, gibi notlar koyabilirsiniz. Page $P: $N ablonu Sayfa 1: Sayfa Ad, gibi notlar ekler. Yukardaki ablon tularn kullanmadnz takdirde her sayfaya sabit bir metin yerleirburaya rnein, adnz yazarak imzalayabilirsiniz.

HTML Olutur

SketchSDF Dntrc

Bir belgedeki btn seilmi sayfalar, sonradan kullandnz Web taraycs ile grntlebileceiniz ekilde HTML biimine dntrr. Bunun iin ChemSketch 4.01 veya st gereklidir. Mevcut sayfadan veya btn belgeden, izilmi yaplar SDF dosyasna dntrr.

Btn ayrntlar Hediyeler dizinindeki FillTmpHelp.doc isimli dosyada bulunabilir.

1. Dntrmek istediiniz yaplar ieren sayfay anz. 2. Bu dmeye basarak neyi aktarmak istediinizi seiniz mevcut sayfay veya btn dosyay aktarabilirsiniz. Tamam tuuna basnz. 3. SDF dosyasnn adn ve yolunu belirtiniz. Yalnzca dosya ad yazarsanz, program SDF dosyasn expsdf.bas dosyasnn bulunduu dizine kaydeder. Sayfada yap(lar) izdikten sonra bu dmeye tklaynz. Not: Bu hediye programn ilevini standart ChemSketch komutlarndan biri olan Aralar/Belirgin Hidrojenleri Kaldr komutuyla geri alabilirsiniz. 1.SDF dosyas iin bir isim ve yol belirtiniz. Yalnzca dosya ad belirtirseniz, program ilgili dosyay Hediyeler dizini iinde arayacaktr. 2. En kk para iin kriteri belirleyin: ktle veya atom seilebilir. 3. Oluacak SDF dosyas yenidosya.sdf adyla ayn dizine kaydedilecektir. rnek olarak, salts.sdf dosyasnn iinde 5 adet tuz bulunmakta olup Hediyeler dizinine kontrol amal olarak konulmutur. pucu: Yenidosya.sdf dosyasnn salamasn yapmak iin SDF Al hediye programn kullann. Bu dmeye tklayp gelen mesajlardaki ynergeleri izleyiniz.

Hidrojenleri Belirt

izilmi yapda (yaplarda) hidrojenleri aka gsterir.

Seyirci yonlar Kaldr (Tuzu z)

Bir veya daha fazla tuz biimli yaplar ieren SDF dosyalar bir girdi-bir molekl biimide dntrlebilir. Bu dme Forml Arl veya atom saysn kullanarak en kk iyonu kaldrr. rnein, sodyum asetat iin sodyum atomunu kaldrarak asetik asit oluturur (Not: geride kalan molekl ntral formda olacaktr).

Nkleik Asit Yapc

Girdi sranzdan 3 boyutlu nkleik asit (DNA, RNA) yaps (bir veya iki zincirli) oluturur.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

119

14. Sonu
ACD/ChemSketchi setiiniz iin teekkr ederiz. u anda mevcut kimyasal izim programlar arasnda kullanm en kolay ve en gl olann rtmek iin ok altk. Mays 2001den beri, ACD/ChemSketchin 100.000den fazla kopyas dolamda olup, gittike artan poplerliinin bir sebebi olmaldr diye dnyoruz! Bu klavuzun Blm 3n tamamlamak programla almaya hazr olmanz salayacak aralar tantm olmaldr. Blm 4 bitirerek ACD/ChemSketchin yeni bir boyutu olan I-Lab hakknda yeterli bilgilere erimi olmalsnz. Dier blmleri de bitirmek, sizi olduka becerikli bir ChemSketch kullancs yapm olduundan ChemSketch gurularnn klbne ho geldiniz diyoruz. Bu tantm, annda Yardm ile birlikte, bu kuvvetli ve akll programda pek ok ey baarmanz iin yeterlidir diye dnyoruz. Daha ileri yardm gerektiren nadir durumlarda, veya bu klavuza ya da programa bir katk salamak istiyorsanz, mesajlarnz memnuniyetle bekliyoruz. Blm 1.8de tarif edilen adreslerden bizlere ulaabilirsiniz. Ve dahas Bu Klavuzu kullandnz iin, sizin grlerinizi bekliyoruz. Bu rn iin belgelemeyi nasl ilerletebiliriz? Tamamlamanz istediimiz kk bir anketimiz var. Btn seilebilir katlmclar ACD/ChemFolder dll (veya herhangi bir ACD yazlmnn satn alnmasnda edeeri bir indirim) bir ekilie katlacaktr Ltfen MS Word 6.0 veya daha st bir srmn kullanarak survey.doc dosyasn veya bu yazlmla gelen CDnin belgeleri arasndaki survey.pdfyi Adobe Acrobat Reader kullanarak anz, ya da Web sitemizdeki Feedback sayfasn, http://www.acdlabs.com/feedback/guides.html, ziyaret ediniz..ekiliin talihlileri her takvim ylnn sonunda ilan edilecektir.

Kazann!!! Bu klavuzu nasl gelitirebileceimizi syleyin.

ACD/ChemSketch

Kullanm Klavuzu

120