Modul: Kemija

Kemija s osnovama biokemije

OSNOVE BIOKEMIJE
Literatura:

P. Karlson, Biokemija, kolska knjiga, Zagreb, 1993

L. Stryer, Biokemija, kolska knjiga, Zagreb, 1991
 AMINOKISELINE
Sadre karboksilnu skupinu, amino skupinu i poboni lanac
(R skupinu), vezane na -ugljikov atom.

Izuzeci: glicin (ne sadri poboni lanac)

prolin (ciklika aminokiselina)

Sve proteinske aminokiseline, osim glicina, imaju L

konfiguraciju i najmanje jedan kiralni centar.
 Aminokiseline s nepolarnom pobonom skupinom:

Gly, Ala, Val, Ile, Leu, Met, Pro, Phe,Trp

Aminokiseline s polarnom pobonom skupinom bez naboja:

Ser, Thr, Asn, Gln, Tyr, Cys

Aminokiseline s polarnom pobonom skupinom s nabojem:

Lys, Arg, His, Asp, Glu

Struktureaminokiselina
 Kiselobazinasvojstvaaminokiselina
Aminokiseline su amfoternog karaktera. Njihova struktura odreena je pH
vrijednou sredine u kojoj su aminokiseline otopljene:
U jako kiseloj sredini (pH < 1) aminokiselina se pojavljuje u obliku
protoniranog kationa (A).
U jako lunatoj sredini (pH >12) aminokiselina se nalazi u obliku
aminokarboksilatnog aniona (C).
U sredini iji je pH izmeu gore navedenih pH vrijednosti aminokiselina se
pojavljuje u obliku dipolarnog (zwitter) iona (B), uz odreene koliine A i C.
 PEPTIDIIPROTEINI
Aminokiseline su osnovne graevne jedinice peptida i proteina,
meusobno povezane peptidnom vezom.

Peptidna veza nastaje reakcijom karboksilne skupine jedne

aminokiseline i amino skupine druge aminokiseline.
 Peptidna veza ima parcijalni karakter dvostruke veze.

rezonancijske strukture peptidne veze

Nomenklatura: Oligopeptidi sadre 2 do 10 aminokiselina.

Polipeptidi sadre vie od 10 aminokiselina.
Proteini su poliaminokiseline ija je molekulska masa >10000.
 STRUKTURNERAZINEUARHITEKTURI
PROTEINA
Primarna struktura - redosljed aminokiselina u polipeptidnom lancu (a)

Sekundarna struktura - raspored polipeptidnih lanaca u prostoru, ne

uzimajui u obzir pobone aminokiselinske ostatke (b)

Tercijarna struktura - poloaj svih atoma u prostoru, ukljuujui i

atome pobonih aminokiselinskih ostataka (c)

Kvaterna struktura - prostorni raspored podjedinica u proteinu koji

sadri vie od jednog polipeptidnog lanca (d)
Razlike u sekvenciji aminokiselina citokroma c ovjeka nekih biljnih i
ivotinjskih vrsta. Peptidni lanac citokroma c izgraen je od 104
aminokiseline.

Brojrazliitihaminokiselina

impanza 0

pas 11

konj 12

penica 35
Veze koje stabiliziraju tercijarnu strukturu proteina:

(a) ionska privlaenja

(b) vodikove veze

(c) disulfidne veze

(d) hidrofobne veze

 DENATURACIJAPROTEINA

Djelomino ili potpuno gubljenje trodimenzijske

strukture proteina pri emu ne dolazi do cijepanja
peptidnih veza.

Denaturaciji podlijeu sekundarna, tercijarna i kvaterna

struktura proteina.

Denaturacija dovodi do promjene fiziko-kemijskih i biolokih

svojstava proteina (npr. smanjenje topljivosti, gubitak
enzimskog djelovanja).
Neki agensi koji uzrokuju denaturaciju:

toplina: uzrokuje cijepanje vodikovih veza u proteinu

primjer: prenje ili kuhanje jaja
organske tvari: tvore intramolekularne veze s proteinom
primjer: djelovanje 70% alkohola kao dezinficijensa
jake kiseline ili luine: mijenjaju ionizacijsko stanje karboksilnih i amino
skupina proteina
soli tekih metala: tvore veze s ioniziranom karboksilnom skupinom kiselih
aminokiselina ili tiolnom skupinom aminokiselina sa sumporom
primjer: soli Hg2+, Ag+, Pb2+
 PODJELAPROTEINA
Prema obliku:

fibrilarni proteini - izduenog oblika, netopivi u vodi

primjeri: keratin, kolagen

globularni proteini - kuglastog oblika, topivi u vodi ili razrijeenim

otopinama soli
primjeri: proteini bjelanca jajeta, enzimi

Prema grai:

jednostavni proteini - izgraeni iskljuivo od aminokiselina

sloeni proteini - sadre osim aminokiselina i prostetske skupine

 JEDNOSTAVNIPROTEINI
Protamini topivi u vodi
primjer: salmin

Histoni topivi u vodi

primjer: globin

Albumini topivi u vodi i razrijeenim otopinama soli

primjer: ovalbumin, laktalbumin, albumin
krvne plazme

Globulini topivi u razrijeenim otopinama soli

primjer: laktglobulin, legumin, fazeolin,
glicinin

Prolamini topivi u razrijeenim otopinama alkohola

primjer: glijadin, zein, hordein

Glutelini topivi u razrijeenim kiselinama i luinama

primjer: glutenin, zeanin
 SLOENIPROTEINI
Prostetskaskupina Primjer

Fosfoproteini fosfatnakiselina kazein,vitelin

Glikoproteini ugljikohidrat mucin

Lipoproteini lipid lipoproteini

krvneplazme
Kromoproteini pigment hemoglobin

Metaloproteini ionmetala alkohol

dehidrogenaza
Nukleoproteini nukleinskakiselina ribosom
 BIOLOKAFUNKCIJAPROTEINA
Enzimi: pepsin,tripsin

Strukturniproteini: kolagen,keratin

Kontraktilniproteini: miozin,aktin

Transportniproteini: hemoglobin,albuminkrvne
plazme

Rezervniproteini:kazein,gliadin,zein

Zatitniproteini: antitijela
 NUKLEINSKEKISELINE

Struktura nukleinskih kiselina

Heterociklike baze s duikom

pirimidinske baze: citozin, uracil, timin
purinske baze: adenin, gvanin
 eeri pentoze
riboza
deoksiriboza

Nukleozid - N-glikozid pirimidinskih ili purinskih baza i eera

pentoze
Nukleotid - fosfatni ester nukleozida
Tipovinukleinskihkiselina
Deoksiribonukleinska kiselina (DNA) - nositelj genetske informacije u stanici.

Graa DNA

- izgraena od dva spiralna polinukleotidna lanca usukana oko zajednike osi

- spiralni lanci proteu se u suprotnim smjerovima
- purinske i pirimidinske baze lee unutar uzvojnice (heliksa), priblino
okomito na os uzvojnice
- deoksiriboze i fosfatne skupine ine okosnicu heliksa
- lanci su povezani vodikovim vezama izmeu purinskih i pirimidinskih baza
- adenin se uvijek sparuje s timinom preko dvije vodikove veze
- gvanin se uvijek sparuje s citozinom preko tri vodikove veze
Ribonukleinskekiseline

Strukturne razlike izmeu molekula RNA i DNA:

- u strukturi RNA dolazi eer riboza, umjesto deoksiriboze koju
nalazimo DNA
- molekule RNA sadre uracil, umjesto timina koji nalazimo u DNA
- RNA je jednolanana molekula
- molekule RNA su mnogo manje molekule nego DNA

Tipovi ribonukleinskih kiselina

m-RNA (informacijska RNA) - slui kao kalup za sintezu proteina
t-RNA (transfer RNA) - donosi aktivirane aminokiseline na mjesto
sinteze proteina
r-RNA (ribosomska RNA) - strukturna komponenta ribosoma
 LIPIDI

Heterogena skupina organskih spojeva, koji su

topivi u nepolarnim organskim otapalima, a
netopivi u vodi.
 PODJELALIPIDA
OSAPUNJIVILIPIDI Produktihidrolize
Triacilgliceroli masnekiseline
glicerol
Voskovi masnekiseline
dugolananialkoholi
Fosfogliceridi masnekiseline
glicerol
fosfatnakiselina
polarnialkohol
Sfingolipidi masnekiseline
sfingozin
fosfatnakiselina
polarnialkohol
Glikolipidi masnekiseline
sfingoziniliglicerol
jedaniliviepolisaharida
NEOSAPUNJIVI LIPIDI
Steroidi
Terpeni
Prostaglandini
Vitaminitopivi u mastima
 ZASIENEMASNEKISELINE
CH3CH2CH2COOH maslanakiselina
CH3(CH2)4COOH kapronskakiselina
CH3(CH2)6COOH kaprilnakiselina
CH3(CH2)8COOH kaprinskakiselina
CH3(CH2)10COOH laurinskakiselina
CH3(CH2)12COOH miristinskakiselina
CH3(CH2)14COOH palmitinskakiselina
CH3(CH2)16COOH stearinskakiselina

Masne kiseline kraeg lanca (C4 do C10) - u mlijenim mastima

Palmitinska kiselina - u biljnim uljima i ivotinjskim mastima
Stearinska kiselina - u mastima preivaa
 NEZASIENEMASNEKISELINE

Skraeninainpisanja
CH3(CH2)7CH=CH(CH2)7COOH 18:1
oleinskakiselina
CH3(CH2)4CH=CHCH2CH=CH(CH2)7COOH 18:2
linolnakiselina
CH3CH2CH=CHCH2CH=CHCH2CH=CH(CH2)7COOH 18:3
linolenskakiselina

Oleinska kiselina - u maslinovom i bademovom ulju

Linolna kiselina - u ulju soje, kukuruza i suncokreta
Linolenska kiselina - u ulju lana
 Triacilgliceroli
Esteri alkohola glicerola i viih masnih kiselina.
Mast - smjesa triacilglicerola koja se kod sobne temperature nalazi u
krutom ili polukrutom stanju
Ulje - smjesa triacilglicerola koja se kod sobne temperature nalazi u
tekuem stanju
u mastima su zastupljenije zasiene masne kiseline, dok u uljima
prevladavaju nezasiene masne kiseline
vane su energijske rezerve u organizmu
jedan gram masti skladiti est puta vie energije od jednog grama
hidratiziranog glikogena, budui da su triacilgliceroli jae reducirani od
ugljikohidrata i skladite se u bezvodnom obliku.
Strukturezasienihinezasienihmasnihkiselina

a zasienamasnakieslina
b cis nezasienamasnakiselina
c trans nezasienamsnakiselina
 KVARENJEULJAIMASTI
Hidrolitiko kvarenje
Dolazi do hidrolize esterskih veza i oslobaanja niih masnih
kiselina neugodnog mirisa. Proces katalizira enzim lipaza.
Primjer: kvarenje maslaca
Oksidacijsko kvarenje
Zbiva se u triacilglicerolima koji sadre polinezasiene masne
kiseline.
U poetnoj fazi dolazi do stvaranja hidroksiperoksida. Slijede
reakcije oksidacije u kojima dolazi do cijepanja kemijskih veza i
nastajanja kratkolananih aldehida i ketona neugodnog mirisa.
 KEMIJSKEKONSTANTEMASTI
Broj kiselosti
Broj miligrama KOH ili NaOH utroenih za neutralizaciju slobodnih masnih
kiselina u 1g masti ili ulja.
Visok broj kiselosti ukazuje na pojavu hidrolitikog kvarenja masti.

Broj saponifikacije
Broj miligrama KOH ili NaOH utroenih za saponifikaciju 1 g masti ili ulja.
Pokazuje prosjenu molekularnu masu masnih kiselina u mastima i uljima.

Jodni broj
Broj grama joda koji se veu na 100 grama masti ili ulja.
Pokazuje zastupljenost nezasienih masnih kiselina u mastima i uljima.
 VOSKOVI
Esteri dugolananih alkohola i viih masnih kiselina.

Biljni voskovi - tvore zatitni sloj na liu i plodovima viih biljaka

- tite biljke od dehidracije i tetnih mikroorganizama
Animalni voskovi - tvore zatitni sloj na koi, krznu i perju
- djeluju vodoodbojno
Primjeri: miricil-palmitat (u pelinjem vosku)
lanolin (sastojak ovje vune)
Fosfogliceridi
- glavni sastojci mnogih biljnih i animalnih membrana
- odvode se od fosfatidne kiseline (diacilglicerol-fosfata)
- najzastupljeniji fosfogliceridi u viim biljkama i ivotinjama su:
fosfatidilkolini (lecitini) - u bjelancu jaja i soji
kefalini (fosfatidiletanolamini i fosfatidilserini) - u mozgu
Sfingolipidi

- nalazimo ih u membranama biljnih i ivotinjskih stanica

- okosnicu sfingolipida u sisavaca ini dugolanani nezasieni
aminoalkohol sfingozin
- najzastupljeniji sfingolipidi u ivotinja - sfingomijelini
(nalazimo ih u mijelinskim ovojima ivaca)
Glikolipidi
- sadre i lipidnu i ugljikohidratnu strukturnu komponentu
- u glikolipidima biljaka okosnicu ini alkohol glicerol, a u
animalnim stanicama alkohol sfingozin
- najednostavniji glikolipidi su cerebrozidi (nalazimo ih u mozgu)

Steroidi

Steroidi sadre sustav od etiri kondenzirana prstena koji se naziva

ciklopentano-perhidro-fenantren (ciklopentan + hidrirani fenantren)
ili gonan

Steroli

Policikliki steroli.
Dijele se na: zoosterole (kolesterol)
fitosterole (stigmasterol)
Kolesterol
- sudjeluje u izgradnji staninih membrana
- najzastupljeniji je steroid u ljudskom tijelu
- pretea je u biosintezi unih soli, seksualnih hormona, hormona
nadbubrene lijezde i vitamina D
Prostaglandini

- hormonima sline tvari

- izgraeni od 20 ugljikovih atoma
- svi sadre osnovnu strukturu prostanske kiseline
- reguliraju krvni tlak
- prisutni su kod upalnih procesa
Terpeni
- organski spojevi izgraeni od dvije ili vie izoprenskih jednica
- primjer: geraniol (u ulju rue)
 ENZIMI
Enzim je organska molekula koja katalizira biokemijske reakcije.

Jednostavni enzimi - izgraeni samo od proteina

Konjugirani enzimi - osim proteinske sadre i neproteinsku komponentu

Holoenzim - biokemijski aktivni konjugirani enzim

Holoenzim = kofaktor + apoenzin

Apoenzim - proteinski dio konjugiranog enzima

Kofaktor - neproteinski dio konjugiranog enzima
- anorganski (obino metalni) ion ili organska molekula (koenzim)

Supstrat - molekula na koji enzim djeluje

Aktivno mjesto enzima - dio enzima na koji se vee supstrat
 Nain djelovanja enzima
sniava energiju aktivacije neke reakcije
prvi korak u enzimskoj reakciji je nastajanje enzim-supstrat
kompleksa, vezanjem supstrata na aktivno mjesto enzima
slijedi pretvorba supstrata u produkte, koji disociraju s enzima
Teorija kljua i brave - aktivno mjesto je oblikom komplementarno supstratu
Teorija induciranog prilagoavanja - aktivno mjesto je fleksibilno,
prilagouje se supstratu
 Specifinost enzima
apsolutna specifinost - enzim je specifian samo za jedan supstrat
primjer: ureaza
stereokemijska specifinost - enzim je specifian samo za jedan od
stereoizomera
primjer: fumaraza
grupna specifinost - specifinost za strukturno sline molekule koje
imaju istu funkcionalnu skupinu
primjer: karboksipeptidaza - cijepa peptidne
veze poev od karboksilnog kraja peptida

specifinost za vezu - specifinost za odreenu kemijsku vezu

primjer: lipaza
 Faktori koji utjeu na enzimsku aktivnost
Koncentracija enzima - brzina enzimske reakcije je direktno proporcionalna
koncentraciji enzima

Koncentracija supstrata - ovisnost brzine enzimske reakcije o koncentraciji

supstrata prikazana je na slici:

- kod niske koncentracije supstrata brzina enzimske reakcije je

proporcionalna koncentraciji supstrata
- kod visoke koncentracije supstrata brzina enzimske reakcije je neovisna o
koncentraciji supstrata
Temperatura - ovisnost brzine enzimske reakcije o temperaturi prikazana je na
slici:
Optimalna temperatura - temperatura pri kojoj je aktivnost nekog enzima
najvia. Optimalna temperatura enzima toplokrvnihivotinja iznosi 37 0C.

Koncentracija vodikovih iona - ovisnost brzine enzimske reakcije o pH

prikazana je na slici:

Optimalni pH je onaj pH pri kojoj je aktivnost nekog enzima najvia.

Optimalni pH za brojne enzime nalazi se u pH podruju 7 - 7,5.
Optimalni pH tripsina - 8,0
Optimalni pH pepsina - 2,0
 Reverzibilna inhibicija enzimske aktivnosti
Kompetitivna inhibicija
inhibitor je strukturno slian supstratu
inhibitor se natjee sa supstratom za aktivno mjesto enzima
inhibicija se moe ponititi dodatkom suvika supstrata
primjer: djelovanje malonske kiseline na aktivnost enzima sukcinat-dehidrogenaze
Nekompetitivna inhibicija
- inhibitor nije strukturno slian supstratu
- inhibitor se ne vee na aktivno mjesto enzima, ve na neko drugo mjesto na
enzimu
- vezanje inhibitora mijenja trodimenzijsku grau enzima
- inhibicija se ne moe ponititi dodatkom suvika supstrata
primjer: vezanje iona tekih metala (Ag+, Pb2+, Hg2+) na karboksilne i tiolne
skupine enzima

Primjena enzimskih inhibitora u praksi:

- insekticidi (karbamati)
- herbicidi (glifosat)
- lijekovi (sulfonamidi)
 Nomenklatura iklasifikacijaenzima
Starinazivizaenzimesu:
trivijalnaimena(npr.pepsin)
- imenaizvedenaiznazivasupstaratanakojienzimdjeluju,tako dasena
korijen nazivasupstratadodajenastavakaza,npr.ureaza (odurea)
- imenaizvedenaprematipureakcijekojuenzimkatalizira(npr.
dehidrogenaza)

Internacionalnabiokemijskaunijaje1961.godinepredloilasistematsku
klasifikacijuenzimapremaopemtipureakcijekojuonikataliziraju.

Primjer:

CH3CH2OH+NAD+ CH3CHO+NADH+ +H+

predloeninazivzaenzim:alkohol:NADoksidoreduktaza
(starinazivzaenzim: alkoholdehidrogenaza)
 Glavne skupine
enzima
Oksidoreduktaze kataliziraju oksido-redukcijske reakcije

Transferaze kataliziraju prijenos funkcionalne skupine

s jednog spoja na drugi
Hidrolaze kataliziraju hidrolitika cijepanja kemijske
veze

Izomeraze kataliziraju unutarmolekulske pregradnje

Liaze kataliziraju reakcije nastajanja dvostruke

veze, odnosno reakcije adicije na
dvostruku vezu
Ligaze kataliziraju reakcije nastajanja kemijske
veze na raun energije hidrolize ATP-a
 VITAMINI I KOENZIMI
Vitamini su esencijalne organske tvari koje su potrebne u vrlo malim
koliinama u prehrani ovjeka i ivotinja.

Mnogi vitamini su pretee koenzima.

Podjela:
Vitamini topivi u vodi: vitamini B-kompleksa, vitamin C
Vitamini topivi u mastima: vitamini A, D, E, K
 Tiamin (vitamin B1)
Izvori: meso, jaja, itarice
Avitaminoza: bolest beriberi
Koenzim: tiamin-difosfat
Uloga: sudjeluje u oksidacijskoj dekarboksilaciji -ketokiselina
 Riboflavin (vitamin B2)
Izvori: mlijeko, jetra, zeleno povre, meso, jaja, ribe
Avitaminoza: dermatitis, upala usne upljine
Koenzim: FAD (flavin-adenin-dinukleotid)
FMN (flavin-mononukleotid)
Uloga: sudjeluje u oksidoredukcijskim reakcijama
flavin adenin - dinukleotid
 Vitamin B6 (piridoksin, piridoksal,
piridoksamin)
Izvori: jetra, meso, jaja, mlijeko
Avitaminoza: u ovjeka se rijetko pojavljuje
Koenzim: piridoksal-fosfat
Uloga: sudjeluje u metabolizmu aminokiselina
 Nikotinska kiselina i amid nikotinske kiseline
Izvori: jetra, meso, kvasci, ribe
Avitaminoza: pelagra
Koenzim: NAD+ (nikotinamid-adenin-dinukleotid)
NADP+ (nikotinamid-adenin-dinukleotidfosfat)
Uloga: sudjeluje u oksidoredukcijskim reakcijama
 Biotin (vitamin H)
Izvori: jetra, bubrezi, mlijeko, kvasci
Avitaminoza: u ovjeka se rijetko pojavljuje
Koenzim: biocitin
Uloga: sudjeluje u reakcijama karboksilacije
 Pantotenska kiselina (vitamin B5)
Izvori: kvasac, jetra, bubreg, mlijeko, rajica, zelje
Avitaminoza: u ovjeka nepoznata
Koenzim: koenzim A
Uloga: sudjeluje u prijenosu acilne skupine
 Folna kiselina
Izvori: jetra, kvasac, zeleno povre
Avitaminoza: anemija
Koenzim: tetrahidrofolna kiselina
Uloga: prijenos C1-fragmenata
 Cijanokobalamin (vitamin B12)
Izvori: jetra, meso, jaja, mlijeko
Avitaminoza: anemija
Koenzim: adenozil-kobalamin
Uloga: sudjeluje u reakcijama pregradnje i metiliranja
 Vitamin C (askorbinska kiselina)
Izvori: svjee voe i povre
Avitaminoza: skorbut (smetnje u metabolizmu vezivnog tkiva)
Uloga: biokemijski redoks sustav
 Vitamin A

Izvori: riblje ulje, jetra, jaja, mlijeni proizvodi,

u hrani biljnog porijekla: -karoten, provitamin vitamina A
(npr. mrkva)
Avitaminoza: nona sljepoa, keratinizacija epitela
Uloga: u biokemiji vida, reprodukciji, rastu i razvoju epitela
 Vitamin D
Izvori: riblje ulje, jaja, jetra
Avitaminoza: rahitis
Uloga: odrava normalnu razinu kalcijevih i fosfatnih iona u krvi
te tako omoguuje kostima apsorpciju ovih iona
Provitamin vitamina D2 (ergokalciferol): biljni sterol ergosterol
Provitamin vitamina D3 (kolekalciferol): 7-dehidrokolesterol (nalazi se u
koi ovjeka i ivotinja)
Aktivni oblici vitamina D2 i D3: 1,25-dihidroksiergokalciferol
1,25-dihidroksikolekalciferol

Nastaju hidroksilacijom ugljikova atoma 25 (u jetri) i ugljikova atoma 1 (u

bubrezima).
 Vitamin E
Izvori: biljna ulja (sojino ulje)
Avitaminoza: u ovjeka vrlo rijetka
Uloga: prirodni antioksidans, titi nezasiene membranske lipide
od oksidacije
 Vitamin K
Izvori: lisnato povre, jetra, mlijeko, jaja
Avitaminoza: sklonost krvarenju, smetnje pri gruanju krvi
Uloga: vaan u sintezi faktora gruanja krvi

Vitamin K1 (menakinon) - sintetiziraju crijevne bakterije

Vitamin K2 (filokinon) - nalazimo u biljkama
 METABOLIZAM

Suma svih biokemijskih reakcija koje se dogaaju u organizmu.

Katabolizam - sve metabolike reakcije u kojima dolazi do

razgradnje sloenih molekula na jednostavnije uz oslobaanje
energije

Anabolizam - sve metabolike reakcije u kojima dolazi do sinteze

sloenih molekula iz jednostavnijih uz utroak energije
 ATP (adenozin-trifosfat)

- univerzalna energijska valuta u biolokim sustavima

- ATP je spoj s visokim potencijalom za prijenos fosforilne
skupine ("visokoenergijski fosfatni spoj")
- troi se u procesima poput kontrakcije miia ili reakcijama
biosinteze, a regenira oksidacijom hrane
- slobodna energija koja se oslobaa hidrolizom ATP pokree
reakcije kojima je potreban dotok slobodne energije
- hidrolizom ATP nastaje:
ADP (adenozin-difosfat) i Pa (anorganski fosfat)
ili AMP (adenozin-monofosfat) i PPa (pirofosfat)
Stupnjevi crpljenja energije iz hrane

1. Velike molekule hrane razgrauju se do manjih molekula, pri

emu ne nastaje korisna energija.

2. Manje molekule se dalje razgrauju do jednostavnih jedinica,

npr. acetil-CoA. U ovom koraku nastaje neto ATP.

3. Zajednikim djelovanjem ciklusa limunske kiseline i procesa

oksidacijske fosforilacije acetil-CoA se oksidira do CO2, pri
emu nastaje najvei dio ATP kao rezultat razgradnje hranjivih
tvari.
 GLIKOLIZA

Metaboliki put u kojem se glukoza prevodi u dvije molekule

piruvata, uz istovremeno nastajanje dvije molekule ATP i dvije
molekule NADH+ + H+.

- zbiva se u citosolu
- omoguuje dobivanje ATP u anaerobnim uvjetima
 Nastajanje glukoze-6-fosfata
(utroak prve molekule ATP-a)
Nastajanje fruktoze-6-fosfata
 Nstajanje fruktoze-1,6-difosfata
(utroak druge molekule ATP-a)
Nastajanje trioza-fosfata
Izomeracija trioza fosfata
 Nastajanje 1,3-difosfoglicerata
(nastajanje prvoga "visokoenergijskog" intermedijera)
Nastajanje 3-fosfoglicerata (nastajanje prvog ATP-a)
Nastajanje 2-fosfoglicerata
 Nastajanje fosfoenolpiruvata
(nastajanje drugog "visokoenergijskog" intermedijera)
Nastajanje piruvata (nastajanje drugog ATP-a)
Energijskiprinospripretvorbiglukozeupiruvat

enzim promjenaATPpomolekuliglukoze
Heksokinaza 1
Fosfofruktokinaza 1
Fosfogliceratkinaza 2
Piruvatkinaza 2
2

gliceraldehid-3-fosfat- 2 NADH po molekuli glukoze

dehidrogenaza
 Metabolika sudbina piruvata
U anaerobnim uvjetima piruvat se moe pretvoriti u laktat
(mlijeno-kiselo vrenje) ili u etanol (alkoholno vrenje).
U aerobnim uvjetima piruvat se oksidira do acetil-CoA.

Vrenje je biokemijski proces u kojem se NADH oksidira do NAD+

bez prisustva kisika.

Mlijeno kiselo vrenje:

- pri kiseljenju mlijeka, pripravi silae, konzerviranju povra
(provode ga bakterije mlijeno-kiselog vrenja)
- u miiima pri intenzivnoj kontrakciji

Alkoholno vrenje:
- provode ga kvasci
 MITOHONDRIJ
glavno mjesto sinteze ATP

graa mitohondrija

- unutarnja membrana mitohondrija (a):

sadri proteinske komplekse koji sudjeluju u procesu oksidacijske fosforilacije
- matriks mitohondrija (b):
sadri enzime ciklusa limunske kiseline i -oksidacije masnih kiselina

- vanjska membrana mitohondrija (c):

propusna za male molekule
- unutarnja membrana mitohondrija :
nepropusna za veinu tvari
Ciklus limunske kiseline (Krebsov ciklus)
Niz biokemijskih reakcija u kojima se acetil-CoA oksidira do CO2 uz
nastajanje reduciranih koenzima NADH i FADH2.

- Enzimi ciklusa limunske kiseline nalaze se u matriksu mitohondrija,

osim enzima sukcinat-dehidrogenaze, koji je integralni dio unutarnje
membrane mitohondrija.

- Acetil-CoA, koji ulazi u ciklus limunske kiseline, produkt je

razgradnje ugljikohidrata, masnih kiselina ili nekih aminokiselina.

- 3 molekule NADH i 1 molekula FADH2, koje nastaju u ciklusu

limunske kiseline, oksidiraju se u procesu oksidacijske fosforilacije,
pri emu dolazi do sinteze ATP-a.
 OKSIDACIJSKA FOSFORILACIJA
Proces nastajanja ATP-a na raun energije koja se oslobaa
pri prijenosu elektrona s NADH ili FADH2 na molekulski kisik,
putem serije nosaa elektrona.

U prijenosu elektrona s reduciranih koenzima na kisik sudjeluju

sljedei nosai elektrona:

flavin mononukleotid (FMN)

kompleksi eljezo-sumpor (Fe-S)
koenzim Q (CoQ)
citokromi (b, c1, c, a, a3)

Svi nosai elektrona, osim CoQ i citokroma c vezani su na

proteinske komplekse (kompleksi I, II, III i IV)
 Oksidoredukcijske reakcije pri prijenosu elektrona s
reduciranih koenzima na kisik

NADH + H+ NAD+ + 2 H+ + 2 e-
FMN + 2 H+ + 2 e- FMNH2

FADH2 FAD + 2H+ + 2 e-

CoQ + 2 H+ + 2 e- CoQH2

Citokrom (Fe 3+) + e- Citokrom (Fe 2+)

O2 + 2 H+ + 2 e- H2O
 Proteinski kompleksi i nosai elektrona koji sudjeluju u
prijenosu elektrona s reduciranih koenzima na kisik

kompleks II
(sukcinat-dehidrogenaza)

FADH2

NADH FMN CoQ cit. b cit. c1 cit. c cit. a cit. a3 O2
kompleks I kompleks III kompleks IV
(NADH-dehidrogenaza) (bc1 kompleks) (citokrom c oksidaza)
Energija koja se oslobaa pri prijenosu elektrona kroz komplekse I, III i IV
koristi se za crpljenje protona iz matriksa mitohondrija u meumembranski
prostor i stvaranje elektrokemijskog potencijala (proton-motorne sile), kao
rezultat razlike u koncentraciji vodikovih iona u meumembranskom
prostoru i matriksu mitohondrija.

Komplekse I, III i IV nazivamo protonske crpke.

Pri povratku protona u matriks mitohondrija, kroz enzimski kompleks ATP

sintazu, dolazi do sinteze ATP-a.

Oksidacijom1molekuleNADH nastaju3molekuleATPa (elektroniprolazekroz

triprotonskecrpke).
Oksidacijom1molekuleFADH2 nastaju2molekuleATPa (elektroniprolazekroz
dvijeprotonske crpke).
GRAA ATP SINTAZE
BILANCA POTPUNE OKSIDACIJE GLUKOZE

glikoliza
2ATP 2ATP
2(NADH+H+) 4ATP(6 ATP)

oksidativnadekarboksilacija
piruvata

2(NADH+H+) 6ATP

Krebsovciklus
2GTP 2ATP
6(NADH+H+) 18ATP
2FADH2 4ATP
36ATP(38ATP)
 PROBAVA I APSORPCIJA
TRIACILGLICEROLA
Hidroliza triacilglicerola u duodenumu djelovanjem enzima lipaze pankreasa:

triacilgliceroli monoacilgliceroli + masne kiseline

Stanice mukoze tankog crijeva apsorbiraju monoacilglicerole i masne kiseline.

Resinteza triacilglicerola.
Novosintetizirani triacilgliceroli zajedno s membranskim lipidima i specifinim
proteinima tvore hilomikrone.
Hilomikroni putem limfnog sustava dospjevaju u krvotok.

Djelovanje enzima lipoprotein lipaze (u kapilarama miinog i adipoznog tkiva) :

triacilglicerolna komponenta hilomikrona glicerol + masne kiseline

Masne kiseline se koriste kao izvor energije (miino tkivo) ili pohranjuju u obliku
triacilglicerola (adipozno tkivo).
 oksidacija masnih kiselina

oksidacija dugolananih masnih kiselina uz nastajanje energije

u obliku ATP-a.

- zbiva se u matriksu mitohondrija

- acil-CoA je aktivirani oblik masnih kiselina
- masne kiseline se razgrauju postupnim odcjepljivanjem jedinica
od dva ugljikova atoma (acetil-CoA)
- NADH i FADH2, nastali u procesu -oksidacije masnih kiselina,
oksidiraju se u procesu oksidacijske fosforilacije
- nastale molekule acetil-CoA dalje se razgrauju u ciklusu
limunske kiseline, gdje nastaju dodatne molekule NADH i FADH2.
Aktivacijamasnihkiselina

acilCoA
sintetaza
Reakcijeoksidacija masnih kiselina
 BILANCA OKSIDACIJE
PALMITINSKE KISELINE
Palmitoil-CoA + 7 CoA + 7 FAD + 7 NAD+ 8 acetil-CoA + 7 FADH2 + 7 NADH + 7 H+

7FADH2 14ATP
7NADH 21ATP
8acetilCoA 96ATP
131ATP
2ATP (aktivacijapalmitinskekiseline)
129ATP
 Sinteza ketonskih tijela

Zbiva se u mitohondrijima jetre, kada je koncentracija masnih kiselina u krvi

visoka (npr. kod gladovanja).
Iz jetre ketonska tijela krvlju dospijevaju u periferna tkiva (miii) gdje se
oksidiraju.
Za vrijeme gladovanja koncentracija ketonskih tijela u krvi poraste do razine
koja dozvoljava njihov ulazak u mozak, koji ih koristi kao izvor energije.

ketonska tijela: acetoacetat, -hidroksibutirat, aceton

Sinteza ketonskih tijela
 PROBAVA PROTEINA
Zapoinje u elucu gdje se dogaa denaturacija i hidroliza proteina:

- proteini se denaturiraju djelovanjem klorovodine kiseline prisutne

u eluanom soku
- pepsin djeluje prije svega na peptidne veze koje ukljuuju Trp, Tyr, Phe, Met,
Leu

Probava proteina zavrava u tankom crijevu:

- kimotripsin djeluje na peptidne veze u koje je ukljuena karboksilna skupina

Phe, Trp, Tyr
- tripsin djeluje na peptidne veze u koje je ukljuena karboksilna skupina Lys i
Arg
- karboksipeptidaza cijepa peptidne veze s karboksilnog kraja peptidnog lanca
- aminopeptidaza cijepa peptidne veze s amino kraja peptidnog lanca
- dipeptidaze i tripeptidaze cijepaju dipeptide i tripeptide
Aminokiseline se transportiraju aktivnim transportom preko stanine stijenke
tankog crijeva u portalnu cirkulaciju i prenose do jetre. Jetra je glavni organ za
sintezu i razgradnju aminokiselina.

RAZGRADNJA AMINOKISELINA

Viak aminokiselina, iznad koliine potrebne za sintezu proteina i drugih

organskih spojeva s duikom, koristi se kao metaboliko gorivo.

Razgradnja aminokiselina odvija se u dva koraka:

- uklanjanje -amino skupine

- razgradnja ugljikova skeleta
Uklanjanje -aminoskupine

Transaminacija: zamjena aminoskupine -aminoseline s keto skupinom

-keto kiseline.

Oksidacijska deaminacija: biokemijska reakcija u kojoj se -aminokiselina

prevodi u -ketokiselinu uz nastajanje amonijeva iona.
Ciklus uree
Niz biokemijskih reakcija pomou kojih se toksini amonijak prevodi u netoksinu i u vodi
dobro topivu ureu.
Najvei dio uree sintetizira se u jetri.
 Razgradnja ugljikova skeleta
Metabolika sudbina ugljikova skeleta (a) ketogenih i (b) glukogenih aminokiselina:

(a) ketogene aminokiseline

Ile Leu
Leu Lys
Trp Phe
Tyr
Trp

acetil-CoA acetoacetil-CoA

ketonska tijela

(b) glukogene aminokiseline

Ala Asp Tyr Ile Glu

Gly Asn Phe Met Gln
Cys Asp Val His
Ser Thr Pro
Thr Arg
Trp

piruvat oksaloacetat fumarat sukcinil-CoA -ketoglutarat

glukoza
 Replikacija DNA u prokariota

Replikacija je semikonzervativna. Nova DNA je izgraena od

roditeljskog i novosintetiziranog lanca.
Za replikaciju su potrebni:

- kalup (jednolanana DNA)

- dATP, dGTP, dCTP, dTTP
enzimi replikacije:

helikaza (odmotava dvostruku uzvojnicu)

topoizomeraza (uklanja supernavoje)
primaza (sintetizira klicu)
DNA-polimeraza III (sintetizira najvei dio novosintetizirane DNA)
DNA-polimeraza I (sijee klicu, ispunjava nastale praznine s
deoksiribonukleotidima)
DNA-ligaza (povezuje fragmente DNA)
DNA-polimeraze sintetiziraju DNA u smjeru 5'3'. Budui da su lanci DNA
antiparalelni, samo se jedan lanac sintetizira kontinuirano u smjeru 5'3'
(vodei lanac), dok se drugi lanac (tromi lanac) sintetizira diskontinuirano,
pomou Okazakijevih fragmenata.
Prijenos genetike informacije
Genetika ifra
genetika ifra
skup kodona za proteinske aminokiseline
kodon
slijed triju baza (triplet) u mRNA, koji odreuje neku proteinsku aminokiselinu
 ezdesetjedan triplet predstavlja ifru za odreenu aminokiselinu
tri tripleta predstavljaju ifru za zavretak lanca (UAA, UAG, UGA)

ifra je degenerirana:
samo Met i Trp imaju po jednu ifru
ostale aminokiseline imaju dvije ili vie ifri

sinonimi
kodoni koji predstavljaju ifru za istu aminokiselinu

veina se sinonima razlikuje samo u posljednjoj bazi tripleta:

tripleti XYC i XYU
uvijek predstavljaju ifru za istu aminokiselinu

tripleti XYA i XYG

gotovo uvijek predstavljaju ifru za istu aminokiselinu
Sinteza RNA (transkripcija genetike poruke) u
prokariota
Za sintezu RNA su potrebni:
- kalup (jednolanana DNA)
- ATP, GTP, CTP, UTP
- enzim: RNA-polimeraza ( podjedinica + sr enzima)
promotor
mjesto poetka transkripcije

terminacijska regija
slijed baza koji RNA polimeraza ita kao stop signal (zavretak
transkripcije)
Mutacije
promjene u slijedu baza DNA

tipovi mutacija:

- supstitucija
zamjena jednog para baza ili vie njih drugim parom baza

- insercija
umetanje jednog para baza ili vie parova baza

- delecija
isputanje jednog para baza ili vie parova baza

- mutagen
tvar ili agens koji uzrokuje promjene u strukturi gena
(npr. radijacija ili kemijski agensi)
 Biosinteza proteina
(translacija genetike poruke) u prokariota
Usinteziproteinasudjeluju:
mRNA
molekuletRNA
aminokiseline
ribosomi
velikbrojrazliitihenzima

ribosom
kompleksrRNAiproteina
izgraenoddvijepodjedinice:malepodjedinice(30S)ivelikepodjedinice(50S)
mjestosintezeproteina

tRNA
jednolanana molekula izgraena od oko 80 nukleotida
dvodimenzijska struktura ima oblik lista djeteline
sadri mnoge modificirane nukleotide
D petlja sadri dihidrouridin
antikodonska petlja sadri antikodon koji se sparuje s odgovarajuim kodonom
na m-RNA

TC petlja sadri ribotimidin i pseudouridin

aktivirana aminokiselina se vee na 3'- hidroksilnu skupinu terminalnog
adenozina
Razlikujemo pet koraka u procesu translacije:

aktivacija aminokiselina
inicijacija
elongacija
terminacija
posttranslacijske modifikacije

Aktivacijaaminokiselina:
Inicijacija

mRNA se vee na malu podjedinicu ribosoma

startni kodon (AUG) se nalazi u peptidilnom mjestu (P)
N-formilmetionil-t-RNA s antikodonom komplementarnom AUG vee se na startni kodon po
principu sparivanja baza
vezanjem velike podjedinice zavrava nastajanje inicijacijskog kompleksa
Elongacija

na mjesto A (aminoacilno mjesto) se vee aktivirana tRNA s

odgovarajuim antikodonom

djelovanjem enzima peptidiltransferaze nastaje dipeptid, koji je vezan za

tRNA u mjestu A

deacilirana tRNA (u mjestu P) odlazi s ribosoma

istovremeno se ribosom pomie za jedan kodon (tri baze) du mRNA

(translokacija)

tRNA na koju je vezan dipeptid dolazi u mjesto P

u mjestu A izloen je trei kodon na koji se vee aktivirana tRNA s
komplementarnim antikodonom

proces se ponavlja do pojave stop kodona

Terminacija

pojavljivanjem jednog od triju stop kodona zavava sinteza

proteina

nastali polipeptid se hidrolizom odcjepljuje s tRNA

poliribosom (polisom)

kompleks mRNA i nekoliko ribosoma

Posttranslacijske modifikcije

Proteini nakon translacije obino doivljavaju odreene preinake, npr.

cijepanje N-terminalnog f-metionina
stvaranje disulfidnih veza izmeu ostataka cisteina