Matapos ang masalimuot na pangyayari na bumabalot sa mga tauhan sa Noli Me Tangere,
lalo pa itong pinaigting ng diwa ng paghihiganti, karahasan at karuwagansa akdang El Filibusterismo sa panibagong katauhan ni Crisostomo Ibarra bilang Simuon- isang Amerikanong hilaw na mag-aalahas. Gamit ang kanyang taglay na yaman at pagiging malapit sa Gobernador Heneral ng Espanya, unti-unti niyang isinagawa ang kanyang paghihiganti sa mga prayle kasabay ng kanyang pagbabalakna itakas ang kanyang pinakamamahal na si Maria Clara mula sa kumbento ng Sta. Clara na maituturing na kakambal ng impiyerno.Bilang kanyang paghahanda sa binabalak na pag-aalsa, tahimik siyang kumuha ng mga tauhang kanyang magiging kasangkapan. Ang isa sa mga abang ito ay siKabesang Tales. Ginamit ni Simoun ang pagiging marahas at palaban nito upang himukin na ipaghiganti ang sariling pamilya. Di nagtagal ay sumanib din ang kanyangamang si Tandang Selo sa pagrerebelde bilang tanda ng kanyang galit sa mga Kastila partikular ang mga prayle. Ang sumunod naman ay si Quiroga. Siya ay isangnegosyanteng Intsik na binigyang tulong- pinansyal ni Simoun kapalit ang kanyang pagpahintulot na ilagak ang mga baril na gagamitin sa binabalak na pag-aalsa sakanyang tahanan. 'Di nagtagal ay nahimok din ni Simoun si Placido Penitente- isang mag-aaral na nakipagtalo sa kanyang guro dahilan sa baluktot nitongpamamalakad. 'Di naging mahirap para kay Simoun na manghimok ng kakampi sa dahilang tulad niya rin ang mga ito na napag-alab ang galit sa pakana ng mgakastila. Naiiba sa mga ito si Basilio. Sa kabila ng kapaitan ng kahapon, pinili pa rin niyang mamuhay ng walang bahid ng paghihiganti sa puso. Lubos niyang pinagpapasalamat ang pagpapaaral sa kanya ni kapitan Tiyago at ang magandang buhay na kanyang tinatamasa kasama ang kanyang kasintahan na si Juli kaya'twala na siyang mahihiling pa. Ngunit naging mapaglaro sa kanya ang tadhana. Dahil sa pagkakamali ng kanyang mga kamag-aral at mga kasapi sa AWK sapangungutya at paggawa ng katatawanan sa mga prayle, sila'y napagbintangang mga utak ng pagbabadya ng paghihimagsik sa pamamalakad ng mga kastila. Angmga nagkalat na paskin ay siyang naging matibay na patunay laban sa kanila. Siya'y nakulong at binawian ng lahat ng kasaganahan sa buhay. Kasabay ng kanyang pagkakakulong ay ang misteryosong pagkamatay ni Juli matapos makipagkita kay Padre Camorra upang humingi ng tulong para sa kanyang paglaya. Tuluyan namansiyang nagipit ng pumanaw si kapitan Tiyago at nang hindi siya nito pamanahan ni isang kusing. Ang mga paghihirap ng kahapon na unti-unti siyang binabalikan ayang naging dahilan upang makianib siya sa nanghihinang si Simoun. Lubos ang pagkalumbay ng huli matapos na malaman na pumanaw na ang nag-iisang dalaga nanagbibigay-lakas sa kanya upang ipagpatuloy ang buhay. Ngunit nang magdesisyon si Basilio na makipagtulungan sa kanya, agad na sumibol muli ang kanyang diwang paghihiganti.Dahil sa mapagbigay na pagmamahal ni Isagani kay Paulita Gomez hindi naging matagumpay ang balak ni Simoun na pasabugin ang tahanan ni Kapitan Tiyago nakung saan nagaganap ang magarbong salu-salo ng pag-iisang dibdib ni Juanito Pelaez at Paulita Gomez gamit ang isang mamahaling lampara. Bagkus, ito pa ang nagsilbing patunay para kay Padre Salvi na siya at si Crisostomo Ibarra ay iisa. Siya'y agad na ipinahanap upang dakipin. Upang magtago siya'y pumunta kay Padre Florentino sa pag- aakalang siya'y maiintindihan nito ngunit ang lahat ng kanyang paniniwala ay sinalungat ng pari. Nang makatanggap sila ng liham na nag-uutos naisuko ang taong tinatago ni Padre Florentino agad na nabuo sa kanyang isipan na mas mabuti pang siya'y magpatiwakal kaysa mapasakamay ng mga kastila.Namatay siyang hindi yumuyukod sa relihiyon at pamamalakad ng mga dayuhang nagpahirap sa kanya.Ang kanyang mga kayamanan at labi ay pinaagos ni Padre Florentino sa dagat at ito'y lumubog sa kalaliman. Ito'y mananatili sa pagkakasilid hanggang ito'ymatuklasan ng hinaharap.