Decentralizacija - kao rezultat državne administracije koju je uspostavio Dejtonski mirovni sporazum, obrazovni sistem je, kao i ostali

društveni
sektori, pod nadležnošću 13 ministarstava obrazovanja a svako od njih ima vlastite odvojene zakonodavne i izvršne uloge.
Podjela obrazovanja na etničkim osnovama – Fenomen “dvije škole pod jednim krovom” predstavlja možda najočitiji primjer segregacije u školama u
BIH. U mnogim školama djeca su razdvojena po vjerskom/kulturnom principu a također i njihovi nastavnici koji ih podučavaju, i nemaju nikakvi h
uzajamnih kontakata. Učenici različitih vjerskih/kulturnih pripadnosti često ulaze u istu školsku zgradu kroz razdvojene ulaze i imaju odmor u
različito vrijeme, dok nastavnici koji pripadaju različitim vjerskim/kulturnim grupama ne koriste iste zbornice.
Upis i nepohađanje nastave – Sa nekih 40 procenata populacije za koje se procjenjuje da živi ispod ili tek nešto malo iznad linije siromaštva, i sa sve
većim troškovima obrazovanja (na osnovu zahtjeva nastavnih planova i programa), sve veći broj porodica nije u mogućnosti da ispuni obrazovne
potrebe svoje djece. Ispitivanje sistema praćenja upisa u državne škole ukazuje na to da ne postoji sistem koji povezuje registraciju rođenja,
registraciju boravišta i upis u školu.
Obrazovanje romske djece. – Romska zajednica u BIH trpi posljedice diskriminacije koja je doprinijela sveopćem siromaštvu Roma, nezaposlenosti,
beskušništvu i nedostaku pristupa obrazovnom sistemu. Trenutno, prisustvo Roma u školama je u najbolju ruku sporadično a romska djeca u skoro
100% slučajeva ne pohađaju više razrede osnovne i srednje škole. I premda postoje neki dobri primjeri aktivnosti na lokalnom nivou, usmjerenih ka
većem upisu romske djece u škole, oni ne bi trebalo da sakriju činjenicu da je pristup pitanju Roma sasvim različit u cijeloj zemlji. Nema nikakvih
pokušaja niti da se omogući učenje romskog jezika, niti da se osigura da sadržaji nastavnih planova i programa ispunjavaju potrebe djece koja
pripadaju nacionalnim manjinama, uprkos nekim pozivima u tom smislu koji dolaze iz državnog ministarstva za ljudska prava i izbjeglice.

Djeca sa posebnim potrebama. Imajući u vidu nepostojanje državnih struktura za uspostavljanje standarda kao što je Agencija za nastavni plan i
program ili Agencija za standarde i ocjenjivanje, čak i kada se donose zakoni na nižem nivou, često postoje velike razlike u implementaciji ključnih
odredbi “Plana aktivnosti za inkluziju djece sa posebnim potrebama” u redovno obrazovanje, koji je izrađen 2005. i Okvirnog zakona o obrazovanju.
Trenutno, iako učenici u nekim dijelovima BIH koriste mobilne timove stručnjaka (RS i Tuzlanski kanton), ne postoje programi za pomoć roditeljima i
drugim učenicima kao ni programi za stručno usavršavanje nastavnika. Umjesto toga, obrazovanje djece sa posebnim potrebama se još uvijek izvodi
u specijaliziranim institucijama. Ovakav slučajan pristup podrazumijeva i to da se programi veoma razlikuju po ishodima učenja koje djeca sa
posebnim potrebama treba da ostvare. Pristup djece sa fizičkim onesposobljenjem još nije riješen uklanjanjem fizičkih barijera u školskim objektima.