6/10/2015 Electron Configurations & The Periodic Table

Bonding & Molecular Structure

Structure & Bonding
The study of organic chemistry must at some point extend to the molecular level, for the physical and chemical properties of a substance are ultimately
explained in terms of the structure and bonding of molecules. This module introduces some basic facts and principles that are needed for a discussion of
organic molecules.

Electronic Configurations

Electron Configurations in the Periodic Table
The periodic table shown here is severely
1A 2A 3A 4A 5A 6A 7A 8A
truncated. 
There are, of course, over eighty other
1 2 Mark Winter's
elements. 
H   He Web Elements
A complete periodic table, having very useful
1s1 1s2 interactive links has been created by Mark
Winter. Click on the link to the right.
3 4 5 6 7 8 9 10
Li Be B C N O F Ne
1s2 1s2 1s2 1s2 1s2 1s2 1s2 1s2 Other interactive periodic tables provide Yogi's 
comprehensive data for each element, including Periodic Table
2s1 2s2 2s22p1 2s22p2 2s22p3 2s22p4 2s22p5 2s22p6
nuclide properties, environmental and health
factors, presentation in different languages and The Lenntech
11 12 13 14 15 16 17 18 much more. Table
Na Mg Al Si P S Cl Ar
[Ne] [Ne] [Ne] [Ne] [Ne] [Ne] [Ne] [Ne]
3s1 3s2 3s23p1 3s23p2 3s23p3 3s23p4 3s23p5 3s23p6 For comic relief you may wish to examine a
Elements and
periodic table linked to element references in
Comic Books
comic books.

Four elements, hydrogen, carbon, oxygen and nitrogen, are the major components of most organic compounds. Consequently, our understanding of organic
chemistry must have, as a foundation, an appreciation of the electronic structure and properties of these elements. The truncated periodic table shown above
provides the orbital electronic structure for the first eighteen elements (hydrogen through argon). According to the Aufbau principle, the electrons of an atom
occupy quantum levels or orbitals starting from the lowest energy level, and proceeding to the highest, with each orbital holding a maximum of two paired
electrons (opposite spins).

Electron shell #1 has the lowest energy and its s­orbital is the first to be filled. Shell #2 has four higher energy
orbitals, the 2s­orbital being lower in energy than the three 2p­orbitals. (x, y & z). As we progress from lithium
(atomic number=3) to neon (atomic number=10) across the second row or period of the table, all these atoms start
with a filled 1s­orbital, and the 2s­orbital is occupied with an electron pair before the 2p­orbitals are filled. In the
third period of the table, the atoms all have a neon­like core of 10 electrons, and shell #3 is occupied progressively
with eight electrons, starting with the 3s­orbital. The highest occupied electron shell is called the valence shell,
and the electrons occupying this shell are called valence electrons.

The chemical properties of the elements reflect their electron configurations. For example, helium, neon and argon
are exceptionally stable and unreactive monoatomic gases. Helium is unique since its valence shell consists of a
single s­orbital. The other members of group 8 have a characteristic valence shell electron octet (ns2 + npx2 +
npy2 + npz2). This group of inert (or noble) gases also includes krypton (Kr: 4s2, 4p6), xenon (Xe: 5s2, 5p6) and
radon (Rn: 6s2, 6p6). In the periodic table above these elements are colored beige.

The halogens (F, Cl, Br etc.) are one electron short of a valence shell octet, and are among the most reactive of
the elements (they are colored red in this periodic table). In their chemical reactions halogen atoms achieve a valence shell octet by capturing or borrowing
the eighth electron from another atom or molecule. The alkali metals Li, Na, K etc. (colored violet above) are also exceptionally reactive, but for the opposite
reason. These atoms have only one electron in the valence shell, and on losing this electron arrive at the lower shell valence octet. As a consequence of this
electron loss, these elements are commonly encountered as cations (positively charged atoms).
The elements in groups 2 through 7 all exhibit characteristic reactivities and bonding patterns that can in large part be rationalized by their electron
configurations. It should be noted that hydrogen is unique. Its location in the periodic table should not suggest a kinship to the chemistry of the alkali metals,
and its role in the structure and properties of organic compounds is unlike that of any other element.

Bonding & Valence

Chemical Bonding and Valence
As noted earlier, the inert gas elements of group 8 exist as monoatomic gases, and do not in general react with other elements. In contrast, other gaseous

data:text/html;charset=utf­8,%3Cp%20style%3D%22font­size%3A%2014.6666669845581px%3B%20line­height%3A%2019.0666675567627px%3B%20col… 1/6
6/10/2015 Electron Configurations & The Periodic Table
elements exist as diatomic molecules (H2, N2, O2, F2 & Cl2), and all but nitrogen are quite reactive. Some dramatic examples of this reactivity are shown in
the following equations.

2Na + Cl2 2NaCl

2H2 + O2 2H2O

C + O2 CO2

C + 2F2 CF4

Why do the atoms of many elements interact with each other and with other elements to give stable molecules? In addressing this question it is instructive to
begin with a very simple model for the attraction or bonding of atoms to each other, and then progress to more sophisticated explanations.

Ionic Bonding

When sodium is burned in a chlorine atmosphere, it produces the compound sodium chloride. This has a high
melting point (800 ºC) and dissolves in water to to give a conducting solution. Sodium chloride is an ionic
compound, and the crystalline solid has the structure shown on the right. Transfer of the lone 3s electron of a
sodium atom to the half­filled 3p orbital of a chlorine atom generates a sodium cation (neon valence shell) and a
chloride anion (argon valence shell). Electrostatic attraction results in these oppositely charged ions packing
together in a lattice. The attractive forces holding the ions in place can be referred to as ionic bonds. 
By clicking on the NaCl diagram, a model of this crystal will be displayed and may be manipulated.

Covalent Bonding

The other three reactions shown above give products that are very different from sodium chloride. Water is a
liquid at room temperature; carbon dioxide and carbon tetrafluoride are gases. None of these compounds is
composed of ions. A different attractive interaction between atoms, called covalent bonding, is involved here.
Covalent bonding occurs by a sharing of valence electrons, rather than an outright electron transfer. Similarities in
physical properties (they are all gases) suggest that the diatomic elements H2, N2, O2, F2 & Cl2 also have
covalent bonds. 
Examples of covalent bonding shown below include hydrogen, fluorine, carbon dioxide and carbon tetrafluoride.
These illustrations use a simple Bohr notation, with valence electrons designated by colored dots. Note that in the
first case both hydrogen atoms achieve a helium­like pair of 1s­electrons by sharing. In the other examples
carbon, oxygen and fluorine achieve neon­like valence octets by a similar sharing of electron pairs. Carbon dioxide is notable because it is a case in which
two pairs of electrons (four in all) are shared by the same two atoms. This is an example of a double covalent bond.

These electron sharing diagrams (Lewis formulas) are a useful first step in understanding covalent bonding, but it is quicker and easier to draw Couper­
Kekulé formulas in which each shared electron pair is represented by a line between the atom symbols. Non­bonding valence electrons are shown as dots.
These formulas are derived from the graphic notations suggested by A. Couper and A. Kekulé, and are not identical to their original drawings. Some
examples of such structural formulas are given in the following table.

Common Name Molecular Formula Lewis Formula Kekulé Formula

data:text/html;charset=utf­8,%3Cp%20style%3D%22font­size%3A%2014.6666669845581px%3B%20line­height%3A%2019.0666675567627px%3B%20col… 2/6
6/10/2015 Electron Configurations & The Periodic Table

Methane CH4

Ammonia NH3

Ethane C2H6

Methyl Alcohol CH4O

Ethylene C2H4

Formaldehyde CH2O

Acetylene C2H2

Hydrogen Cyanide CHN

Multiple bonding, the sharing of two or more electron pairs, is illustrated by ethylene and formaldehyde (each has a double bond), and acetylene and
hydrogen cyanide (each with a triple bond). Boron compounds such as BH3and BF3 are exceptional in that conventional covalent bonding does not expand
the valence shell occupancy of boron to an octet. Consequently, these compounds have an affinity for electrons, and they exhibit exceptional reactivity when
compared with the compounds shown above.

Valence

The number of valence shell electrons an atom must gain or lose to achieve a valence octet is called valence. In covalent compounds the number of bonds
which are characteristically formed by a given atom is equal to that atom's valence. From the formulas written above, we arrive at the following general
valence assignments:

Atom H C N O F Cl Br I
Valence 1 4 3 2 1 1 1 1

The valences noted here represent the most common form these elements assume in organic compounds. Many elements, such as chlorine, bromine and
iodine, are known to exist in several valence states in different inorganic compounds.

Charge Distribution

Charge Distribution
If the electron pairs in covalent bonds were donated and shared absolutely evenly there would be no fixed local charges within a molecule. Although this is
true for diatomic elements such as H2, N2 and O2, most covalent compounds show some degree of local charge separation, resulting in bond and / or
molecular dipoles. A dipole exists when the centers of positive and negative charge distribution do not coincide.

Formal Charges

A large local charge separation usually results when a shared electron pair is donated unilaterally. The three Kekulé formulas shown here illustrate this
condition.

In the formula for ozone the central oxygen atom has three bonds and a full positive charge while the right hand oxygen has a single bond and is negatively
charged. The overall charge of the ozone molecule is therefore zero. Similarly, nitromethane has a positive­charged nitrogen and a negative­charged oxygen,
the total molecular charge again being zero. Finally, azide anion has two negative­charged nitrogens and one positive­charged nitrogen, the total charge
being minus one.
In general, for covalently bonded atoms having valence shell electron octets, if the number of covalent bonds to an atom is greater than its normal valence it
will carry a positive charge. If the number of covalent bonds to an atom is less than its normal valence it will carry a negative charge. The formal charge on an

data:text/html;charset=utf­8,%3Cp%20style%3D%22font­size%3A%2014.6666669845581px%3B%20line­height%3A%2019.0666675567627px%3B%20col… 3/6
6/10/2015 Electron Configurations & The Periodic Table
atom may also be calculated by the following formula:

Polar Covalent Bonds

Because of their differing nuclear charges, and as a result of shielding by inner electron shells, the
different atoms of the periodic table have different affinities for nearby electrons. The ability of an H Electronegativity Values
element to attract or hold onto electrons is calledelectronegativity. A rough quantitative scale of 2.20 for Some Elements
electronegativity values was established by Linus Pauling, and some of these are given in the
table to the right. A larger number on this scale signifies a greater affinity for electrons. Fluorine
has the greatest electronegativity of all the elements, and the heavier alkali metals such as Li Be B C N O F
potassium, rubidium and cesium have the lowest electronegativities. It should be noted that carbon 0.98 1.57 2.04 2.55 3.04 3.44 3.98
is about in the middle of the electronegativity range, and is slightly more electronegative than
hydrogen. Na Mg Al Si P S Cl
When two different atoms are bonded covalently, the shared electrons are attracted to the more 0.90 1.31 1.61 1.90 2.19 2.58 3.16
electronegative atom of the bond, resulting in a shift of electron density toward the more
electronegative atom. Such a covalent bond ispolar, and will have a dipole (one end is positive K Ca Ga Ge As Se Br
and the other end negative). The degree of polarity and the magnitude of the bond dipole will be 0.82 1.00 1.81 2.01 2.18 2.55 2.96
proportional to the difference in electronegativity of the bonded atoms. Thus a O–H bond is more
polar than a C–H bond, with the hydrogen atom of the former being more positive than the
hydrogen bonded to carbon. Likewise, C–Cl and C–Li bonds are both polar, but the carbon end is positive in the former and negative in the latter. The dipolar
nature of these bonds is often indicated by a partial charge notation (δ+/–) or by an arrow pointing to the negative end of the bond.

Although there is a small electronegativity difference between carbon and hydrogen, the C–H bond is regarded as weakly polar at best, and hydrocarbons in
general are considered to be non­polar compounds.

The shift of electron density in a covalent bond toward the more electronegative atom or group can be observed in several ways. For bonds to hydrogen,
acidity is one criterion. If the bonding electron pair moves away from the hydrogen nucleus the proton will be more easily transfered to a base (it will be more
acidic). A comparison of the acidities of methane, water and hydrofluoric acid is instructive. Methane is essentially non­acidic, since the C–H bond is nearly
non­polar. As noted above, the O–H bond of water is polar, and it is at least 25 powers of ten more acidic than methane. H–F is over 12 powers of ten more
acidic than water as a consequence of the greater electronegativity difference in its atoms.
Electronegativity differences may be transmitted through connecting covalent bonds by an inductive effect. Replacing one of the hydrogens of water by a
more electronegative atom increases the acidity of the remaining O–H bond. Thus hydrogen peroxide, HO–O–H, is ten thousand times more acidic than
water, and hypochlorous acid, Cl–O–H is one hundred million times more acidic. This inductive transfer of polarity tapers off as the number of transmitting
bonds increases, and the presence of more than one highly electronegative atom has a cumulative effect. For example, trifluoro ethanol, CF3CH2–O–H is
about ten thousand times more acidic than ethanol, CH3CH2–O–H.

Excellent physical evidence for the inductive effect is found in the influence of electronegative atoms on the nmr chemical shifts of nearby hydrogen atoms.

Practice Problems

Choose a Problem 

Return to Table of Contents

Functional Groups

Functional Groups
Functional groups are atoms or small groups of atoms (two to four) that exhibit a characteristic reactivity when treated with certain reagents. A particular
functional group will almost always display its characteristic chemical behavior when it is present in a compound. Because of their importance in
understanding organic chemistry, functional groups have characteristic names that often carry over in the naming of individual compounds incorporating
specific groups. In the following table the atoms of each functional group are colored red and the characteristic IUPAC nomenclature suffix that denotes some
(but not all) functional groups is also colored.

data:text/html;charset=utf­8,%3Cp%20style%3D%22font­size%3A%2014.6666669845581px%3B%20line­height%3A%2019.0666675567627px%3B%20col… 4/6
6/10/2015 Electron Configurations & The Periodic Table

Functional Group Tables
Exclusively Carbon Functional Groups
Group Formula Class Name Specific Example IUPAC Name Common Name

Alkene H2C=CH2 Ethene Ethylene

Alkyne HC≡CH Ethyne Acetylene

Arene C6H6 Benzene Benzene

Functional Groups with Single Bonds to Heteroatoms
Group Formula Class Name Specific Example IUPAC Name Common Name
         

Halide H3C­I Iodomethane Methyl iodide

Alcohol CH3CH2OH Ethanol Ethyl alcohol

Ether CH3CH2OCH2CH3 Diethyl ether Ether

Amine H3C­NH2 Aminomethane Methylamine

Nitro Compound H3C­NO2 Nitromethane

Thiol H3C­SH Methanethiol Methyl mercaptan

Sulfide H3C­S­CH3 Dimethyl sulfide

Functional Groups with Multiple Bonds to Heteroatoms
Group Formula Class Name Specific Example IUPAC Name Common Name
         
Nitrile H3C­CN Ethanenitrile Acetonitrile

Aldehyde H3CCHO Ethanal Acetaldehyde

Ketone H3CCOCH3 Propanone Acetone

Carboxylic Acid H3CCO2H Ethanoic Acid Acetic acid

Ester H3CCO2CH2CH3 Ethyl ethanoate Ethyl acetate

Acid Halide H3CCOCl Ethanoyl chloride Acetyl chloride

Amide H3CCON(CH3)2 N,N­Dimethylethanamide N,N­Dimethylacetamide

Acid Anhydride (H3CCO)2O Ethanoic anhydride Acetic anhydride

data:text/html;charset=utf­8,%3Cp%20style%3D%22font­size%3A%2014.6666669845581px%3B%20line­height%3A%2019.0666675567627px%3B%20col… 5/6
6/10/2015 Electron Configurations & The Periodic Table

Return to Table of Contents

This page is the property of William Reusch.   Comments, questions and errors should be sent to whreusch@msu.edu.
These pages are provided to the IOCD to assist in capacity building in chemical education. 05/05/2013

data:text/html;charset=utf­8,%3Cp%20style%3D%22font­size%3A%2014.6666669845581px%3B%20line­height%3A%2019.0666675567627px%3B%20col… 6/6