Desain Primer

LAPORAN BIOINFORMATIKA
Nama : Naomi berthi Y
Nim : 161810401066

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS JEMBER
2018
 Data yang Deskripsi
diperlukan
Nama gen Hepsin
TCGAGCCCGCTTTCCAGGGACCCTACCTGAGGGCCCACAGGTGAGGCAGCCTG
GCCTAGCAGGCCCCACGCCACCGCCTCTGCCTCCAGGCCGCCCGCTGCTGCGG
GGCCACCATGCTCCTGCCCAGGCCTGGAGACTGACCCGACCCCGGCACTACCT
CGAGGCTCCGCCCCCACCTGCTGGACCCCAGGGTCCCACCCTGGCCCAGGAGG
TCAGCCAGGGAATCATTAACAAGAGGCAGTGACATGGCGCAGAAGGAGGGTGG
CCGGACTGTGCCATGCTGCTCCAGACCCAAGGTGGCAGCTCTCACTGCGGGGA
CCCTGCTACTTCTGACAGCCATCGGGGCGGCATCCTGGGCCATTGTGGCTGTT
CTCCTCAGGAGTGACCAGGAGCCGCTGTACCCAGTGCAGGTCAGCTCTGCGGA
CGCTCGGCTCATGGTCTTTGACAAGACGGAAGGGACGTGGCGGCTGCTGTGCT
CCTCGCGCTCCAACGCCAGGGTAGCCGGACTCAGCTGCGAGGAGATGGGCTTC
CTCAGGGCACTGACCCACTCCGAGCTGGACGTGCGAACGGCGGGCGCCAATGG
CACGTCGGGCTTCTTCTGTGTGGACGAGGGGAGGCTGCCCCACACCCAGAGGC
TGCTGGAGGTCATCTCCGTGTGTGATTGCCCCAGAGGCCGTTTCTTGGCCGCC
ATCTGCCAAGACTGTGGCCGCAGGAAGCTGCCCGTGGACCGCATCGTGGGAGG
CCGGGACACCAGCTTGGGCCGGTGGCCGTGGCAAGTCAGCCTTCGCTATGATG
GAGCACACCTCTGTGGGGGATCCCTGCTCTCCGGGGACTGGGTGCTGACAGCC
GCCCACTGCTTCCCGGAGCGGAACCGGGTCCTGTCCCGATGGCGAGTGTTTGC
Data Fasta CGGTGCCGTGGCCCAGGCCTCTCCCCACGGTCTGCAGCTGGGGGTGCAGGCTG
Nukleotida TGGTCTACCACGGGGGCTATCTTCCCTTTCGGGACCCCAACAGCGAGGAGAAC
AGCAACGATATTGCCCTGGTCCACCTCTCCAGTCCCCTGCCCCTCACAGAATA
CATCCAGCCTGTGTGCCTCCCAGCTGCCGGCCAGGCCCTGGTGGATGGCAAGA
TCTGTACCGTGACGGGCTGGGGCAACACGCAGTACTATGGCCAACAGGCCGGG
GTACTCCAGGAGGCTCGAGTCCCCATAATCAGCAATGATGTCTGCAATGGCGC
TGACTTCTATGGAAACCAGATCAAGCCCAAGATGTTCTGTGCTGGCTACCCCG
AGGGTGGCATTGATGCCTGCCAGGGCGACAGCGGTGGTCCCTTTGTGTGTGAG
GACAGCATCTCTCGGACGCCACGTTGGCGGCTGTGTGGCATTGTGAGTTGGGG
CACTGGCTGTGCCCTGGCCCAGAAGCCAGGCGTCTACACCAAAGTCAGTGACT
TCCGGGAGTGGATCTTCCAGGCCATAAAGACTCACTCCGAAGCCAGCGGCATG
GTGACCCAGCTCTGACCGGTGGCTTCTCGCTGCGCAGCCTCCAGGGCCCGAGG
TGATCCCGGTGGTGGGATCCACGCTGGGCCTAGGATGGGACGTTTTTCTTCTT
GGGCCCGGTCCACAGGTCCAAGGACACCCTCCCTCCAGGGTCCTCTCTTCCAC
AGTGGCGGGCCCACTCAGCCCCGAGACCACCCAACCTCACCCTCCTGACCCCC
ATGTAAATATTGTTCTGCTGTCTGGGACTCCTGTCTAGGTGCCCCTGATGACG
GGATGCTCTTTAAATAATAAAGATGGTTTTGATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAA
Mulailah mendesain primer untuk memperbanyak gen tersebut
(melalui NCBI)

Desain Primer
Detail Primer  Primer pair 1
a) Urutan basa nitrogen penyusun primer forward dan
reverse
Forward primer
TTCCAGGGACCCTACCTGAG 20

Reverse primer
TCGTCCACACAGAAGAAGCC
 b) Tipe template strand
Foward Primer : Plus
Reverse primer : Minus

c) Lenght
Foward Primer : 20
Reverse primer : 20

d) Posisi urutan basa nitrogen start (awal)

Foward Primer : 12
Reverse primer : 610

e) Posisi basa nitrogen stop (akhir)

Foward Primer : 31
Reverse primer : 591

f) Temperature melting primer forward dan reverse

Foward Primer : 59.96
Reverse primer : 59.97

g) GC % primer forward dan reverse

Foward Primer : 60.00
Reverse primer : 55.00

h) Self complementary
Foward Primer : 7.00
Reverse primer: 3.00

i) Self 3’ complementary
Foward Primer : 3.00
Reverse primer : 1.00

j) Product lenght : 599

 Primer pair 2
a) Urutan basa nitrogen penyusun primer forward dan
Reverse
Forward primer
TTTCCAGGGACCCTACCTGA
Reverse primer
GCTCCATCATAGCGAAGGCT

b) Tipe template strand

Foward Primer : Plus
Reverse primer : Minus

c) Lenght
Foward Primer : 20
 Reverse primer : 20

d) Posisi urutan basa nitrogen start (awal)

Foward Primer : 11
Reverse primer : 799

e) Posisi basa nitrogen stop (akhir)

Foward Primer : 30
Reverse primer : 780

f) Temperature melting primer forward dan reverse

Foward Primer : 59.51
Reverse primer : 59.97

g) GC % primer forward dan reverse

Foward Primer : 55.00
Reverse primer : 55.00

h) Self complementary
Foward Primer : 7.00
Reverse primer : 3.00

i) Self 3’ complementary
Foward Primer : 3.00
Reverse primer : 3.00

j) Product lenght : 789

 Primer pair 3
a) Urutan basa nitrogen penyusun primer forward dan
Reverse
Forward primer
GCTTTCCAGGGACCCTACCT
Reverse primer
GGTGTGCTCCATCATAGCGA

b) Tipe template strand

Foward Primer : Plus
Reverse primer : Minus

c) Lenght
Foward Primer : 20
Reverse primer : 20

d) Posisi urutan basa nitrogen start (awal)

Foward Primer : 9
Reverse primer : 804

e) Posisi basa nitrogen stop (akhir)

 Foward Primer : 28
Reverse primer : 785

f) Temperature melting primer forward dan reverse

Foward Primer : 60.91
Reverse primer : 59.90

g) GC % primer forward dan reverse

Foward Primer : 60.00
Reverse primer : 55.00

h) Self complementary
Foward Primer : 7.00
Reverse primer : 3.00

i) Self 3’ complementary
Foward Primer : 3.00
Reverse primer : 2.00

j) Product lenght : 796

 Primer pair 4
a) Urutan basa nitrogen penyusun primer forward dan
Reverse
Forward primer
CGCTTTCCAGGGACCCTAC

Reverse primer
GAAAGGGAAGATAGCCCCCG

b) Tipe template strand

Foward Primer : Plus
Reverse primer : Minus

c) Lenght
Foward Primer : 19
Reverse primer : 20

d) Posisi urutan basa nitrogen start (awal)

Foward Primer : 8
Reverse primer : 984

e) Posisi basa nitrogen stop (akhir)

Foward Primer : 26
Reverse primer : 965

f) Temperature melting primer forward dan reverse

Foward Primer : 59.78
Reverse primer : 59.89
 g) GC % primer forward dan reverse
Foward Primer : 63.16
Reverse primer : 60.00

h) Self complementary
Foward Primer : 7.00
Reverse primer : 3.00

i) Self 3’ complementary
Foward Primer : 3.00
Reverse primer : 2.00

j) Product lenght : 977

 Primer pair 5
a) Urutan basa nitrogen penyusun primer forward
dan Reverse
Forward primer
TTTCCAGGGACCCTACCTGAG

Reverse primer
AGGTGTGCTCCATCATAGCG

b) Tipe template strand

Foward Primer : Plus
Reverse primer : Minus

c) Lenght
Foward Primer : 21
Reverse primer : 20

d) Posisi urutan basa nitrogen start (awal)

Foward Primer : 11
Reverse primer : 805

e) Posisi basa nitrogen stop (akhir)

Foward Primer : 31
Reverse primer : 786

f) Temperature melting primer forward dan reverse

Foward Primer : 60.55
Reverse primer : 59.89

g) GC % primer forward dan reverse

Foward Primer : 57.14
Reverse primer : 55.00

h) Self complementary
 Foward Primer : 7.00
Reverse primer : 3.00

i) Self 3’ complementary
Foward Primer : 3.00
Reverse primer : 3.00

j) Product lenght : 795

 Primer pair 6
a) Urutan basa nitrogen penyusun primer forward
dan Reverse
Forward primer
CTTTCCAGGGACCCTACCTGA

Reverse primer
GGCTGTCAGAAGTAGCAGGG

b) Tipe template strand

Foward Primer : Plus
Reverse primer : Minus

c) Lenght
Foward Primer : 21
Reverse primer : 20

d) Posisi urutan basa nitrogen start (awal)

Foward Primer : 10
Reverse primer : 335

e) Posisi basa nitrogen stop (akhir)

Foward Primer : 30
Reverse primer : 319

f) Temperature melting primer forward dan reverse

Foward Primer : 60.55
Reverse primer : 60.11

g) GC % primer forward dan reverse

Foward Primer : 57.14
Reverse primer : 60.00

h) Self complementary
Foward Primer : 7.00
Reverse primer : 5.00

i) Self 3’ complementary
Foward Primer : 3.00
 Reverse primer : 0.00

j) Product lenght : 329

 Primer pair 7
a) Urutan basa nitrogen penyusun primer forward
dan Reverse
Forward primer
CTTTCCAGGGACCCTACCTGA

Reverse primer
GGCTGTCAGAAGTAGCAGGG

b) Tipe template strand

Foward Primer : Plus
Reverse primer : Minus

c) Lenght
Foward Primer : 19
Reverse primer : 20

d) Posisi urutan basa nitrogen start (awal)

Foward Primer : 9
Reverse primer : 985

e) Posisi basa nitrogen stop (akhir)

Foward Primer : 27
Reverse primer : 966

f) Temperature melting primer forward dan

reverse
Foward Primer : 59.39
Reverse primer : 59.89

g) GC % primer forward dan reverse

Foward Primer : 63.16
Reverse primer : 60.00

h) Self complementary
Foward Primer : 7.00
Reverse primer : 3.00

i) Self 3’ complementary
Foward Primer : 1.00
Reverse primer : 2.00

j) Product lenght : 977

 Primer pair 8
a) Urutan basa nitrogen penyusun primer
forward dan Reverse
Forward primer
TCCAGGGACCCTACCTGAG

Reverse primer
TTGCTGTTCTCCTCGCTGTT

b) Tipe template strand

Foward Primer : Plus
Reverse primer : Minus

c) Lenght
Foward Primer : 13
Reverse primer : 1012

d) Posisi urutan basa nitrogen start (awal)

Foward Primer : 9
Reverse primer : 985

e) Posisi basa nitrogen stop (akhir)

Foward Primer : 31
Reverse primer : 993

f) Temperature melting primer forward dan

reverse
Foward Primer : 59.30
Reverse primer : 59.89

g) GC % primer forward dan reverse

Foward Primer : 63.16
Reverse primer : 50.00

h) Self complementary
Foward Primer : 7.00
Reverse primer : 2.00

i) Self 3’ complementary
Foward Primer : 3.00
Reverse primer : 0.00

j) Product lenght : 100

 Primer 9
a) Urutan basa nitrogen penyusun primer
forward dan Reverse
Forward primer
TTCCAGGGACCCTACCTGA

Reverse primer
CCGAAAGGGAAGATAGCCCC

b) Tipe template strand

Foward Primer : Plus
Reverse primer : Minus

c) Lenght
Foward Primer : 19
Reverse primer : 20

d) Posisi urutan basa nitrogen start (awal)

Foward Primer : 12
Reverse primer : 986

e) Posisi basa nitrogen stop (akhir)

Foward Primer : 30
Reverse primer : 967

f) Temperature melting primer forward dan

reverse
Foward Primer : 58.81
Reverse primer : 59.89

g) GC % primer forward dan reverse

Foward Primer : 57.89
Reverse primer : 60.00

h) Self complementary
Foward Primer : 7.00
Reverse primer : 3.00

i) Self 3’ complementary
Foward Primer : 3.00
Reverse primer : 2.00

j) Product lenght : 975

 Primer 10

a) Urutan basa nitrogen penyusun primer

forward dan Reverse
 Forward primer
CGCTTTCCAGGGACCCTACC
Reverse primer
CCCGAAAGGGAAGATAGCCC

b) Tipe template strand

Foward Primer : Plus
Reverse primer : Minus

c) Lenght
Foward Primer : 20
Reverse primer : 20

d) Posisi urutan basa nitrogen start (awal)

Foward Primer : 8
Reverse primer : 987

e) Posisi basa nitrogen stop (akhir)

Foward Primer : 27
Reverse primer : 968

f) Temperature melting primer forward dan

reverse
Foward Primer : 62.25
Reverse primer : 58.89

g) GC % primer forward dan reverse

Foward Primer : 65.00
Reverse primer : 60.00

h) Self complementary
Foward Primer : 7.00
Reverse primer : 3.00

i) Self 3’ complementary
Foward Primer : 1.00
Reverse primer : 0.00

j) Product lenght : 980

Detail primer  Products on intended target

report 1) Primer pair 1 :599
2) Primer pair 2 :789
3) Primer pair 3 :796
4) Primer pair 4 :977
5) Primer pair 5 :795
 6) Primer pair 6 :329
7) Primer pair 7 :977
8) Primer pair 8 :1000
9) Primer pair 9 :975
10) Primer pair 10:980
Kombinasi primer forward dan reverse trehadap templatenya
 Primer pair 1
Forward primer 1 TTCCAGGGACCCTACCTGAG 20
Template 12 AAGGTCCCTGGGATGGACTC 31

Reverse primer 1 TCGTCCACACAGAAGAAGCC 20

Template 610 AGCAGGTGTGTCTTCTTCGG 591

 Primer pair 2
Forward primer 1 TTTCCAGGGACCCTACCTGA 20
Template 11 AAAGGTCCCTGGGATGGACT 30

Reverse primer 1 GCTCCATCATAGCGAAGGCT 20

Template 799 CGAGGTAGTATCGCTTCCGA 780

 Primer pair 3
Forward primer 1 GCTTTCCAGGGACCCTACCT 20
Template 9 CGAAAGGTCCCTGGGATGGA 28

Reverse primer 1 GGTGTGCTCCATCATAGCGA 20

Template 804 CCACACGAGGTAGTATCGCT 785

 Primer pair 4
Forward primer 1 CGCTTTCCAGGGACCCTAC 19
Template 8 GCGAAAGGTCCCTGGGATG 26

Reverse primer 1 GAAAGGGAAGATAGCCCCCG 20

Template 984 CTTTCCCTTCTATCGGGGGC 965

 Primer pair 5
Forward primer 1 TTTCCAGGGACCCTACCTGAG 21
Template 11 AAAGGTCCCTGGGATGGACTC 31

Reverse primer 1 AGGTGTGCTCCATCATAGCG 20

Template 805 TCCACACGAGGTAGTATCGC 786

 Primer pair 6
Forward primer 1 CTTTCCAGGGACCCTACCTGA 21
Template 10 GAAAGGTCCCTGGGATGGACT 30

Reverse primer 1 GGCTGTCAGAAGTAGCAGGG 20

Template 338 CCGACAGTCTTCATCGTCCC 319

 Primer pair 7
Forward primer 1 GCTTTCCAGGGACCCTACC 19
Template 9 CGAAAGGTCCCTGGGATGG 27

Reverse primer 1 CGAAAGGGAAGATAGCCCCC 20

Template 985 GCTTTCCCTTCTATCGGGGG 966

 Primer pair 8
Forward primer 1 TCCAGGGACCCTACCTGAG 19
Template 13 AGGTCCCTGGGATGGACTC 31
Reverse primer 1 TTGCTGTTCTCCTCGCTGTT 20
Template 1012 AACGACAAGAGGAGCGACAA 993

 Primer pair 9
Forward primer 1 TTCCAGGGACCCTACCTGA 19
Template 12 AAGGTCCCTGGGATGGACT 30

Reverse primer 1 CCGAAAGGGAAGATAGCCCC 20

Template 986 GGCTTTCCCTTCTATCGGGG 967

 Primer pair 10
Forward primer 1 CGCTTTCCAGGGACCCTACC 20
Template 8 GCGAAAGGTCCCTGGGATGG 27

Reverse primer 1 CCCGAAAGGGAAGATAGCCC 20

Template 987 GGGCTTTCCCTTCTATCGGG 968