International Conference on Advanced Technologies, Computer Engineering and Science (ICATCES’18),

May 11-13, 2018 Safranbolu, Turkey

İnsan Vücudu Kemik Yapısındaki Deformiteler

İçin CT ve MR Dosyalarından 3 Boyutlu
Modellerin Oluşturulması
G. ANLİ1, Prof. Dr. S.Serdar ÖZKAN2,Prof. Dr. Durmuş KARAYEL3 ve Öğr. Gör. G. ATALI4
1
Sakarya University, Sakarya/Turkey, gokhananli@hotmail.com
2
Sakarya University, Sakarya/Turkey, sozkan@sakarya.edu.tr

belirlenecektir. Belirlenen alanlar DICOM dosyalarındaki

katman kalınlıklarına göre 3 boyutlu düzlemde z eksenine
yerleştirilerek uygun bir fonksiyonla bu katmanlar
Özet – Bu çalışmada, CT (Bilgisayarlı Tomografi) ve MRI Birleştirilerek 3 boyutlu model elde edilecektir(Segmentation).
(Manyetik Rezonans Görüntüleme) dosyalarından(*.dcm) 3B model rekonstrüksiyonu işlemi aşağıdaki organizasyon
yararlanılarak insan vücudundaki deformite olan bölgenin 3
boyutlu modeli oluşturularak STL(Stereolithography) dosya
şeması ile açıklanmaktadır:
uzantısı olarak çıktı verebilen bir yazılım Matlab® GUI (Grafiksel
Kullanıcı Arayüzü) ortamında oluşturulacaktır. Daha sonra bu
yazılım C dilinde derlenerek bir masaüstü yazılım elde edilmesi
amaçlanmaktadır.

Keywords – CT, MRI, dcm, STL, GUI

I. GİRİŞ
ıp alanında görüntülemede 3 boyutlu yeni sistemlerinin
T gelişmesi Ortopedi ana bilim dalında yeni tedavi/teşhis
yöntemlerinin oluşmasına yol açmıştır. Üç boyutlu dijital
görüntüleme işlemleri ile kazalar sonucu ortaya çıkan kemik
yapısındaki deformitelerin tedavi ve düzeltilmesinde kolaylık
sağlamaktadır. Bu amaçla üç boyutlu görüntüleme ile deformite
Şekil 1: 3B model rekonstrüksiyon şeması
olmuş kemiklerin üç boyutlu modelleri oluşturulabilir ve
yeniden yapılandırması ile tedavi edilebilir.
III. ARAYÜZÜN HAZIRLANMASI
Modern görüntüleme yöntemleriyle elde edilen insan
vücudunun üç boyutlu görüntülenmesi daha alışılmış bir şeydir. Bir arayüz yazılmış bir programı kolayca kontrol edebilmek
Bu, piksel seviyesindeki görüntülerde gösterilen dokunun için oluşturulan bir köprüye benzetebiliriz. Bildiğimiz üzere
katmanlarını ve insan vücudunun 3 Boyutlu yapısı bağlamında bir program kapasitesine bağlı olarak yüzlerce ya da on
binlerce satırdan oluşabilir. Amaçlarına yönelik olarak
gözlemlenmesini sağlar. [1]
kullanıcı programa çeşitli sayıda emir göndermek zorunda
İmplant tasarımı için halihazırda kullanılan yaklaşımlar,
olabilir. Bu noktada arayüz dediğimiz kavrama ihtiyaç
Bilgisayar Destekli Tasarım (CAD) / Bilgisayar Destekli
duyarız. [3]
Üretim (CAM) süreç zinciridir. CAD işlemi olmayan implant Matlab® ortamında arayüzlerin oluşturulduğu kısım GUI
tasarlayan diğer alternatif yöntemler aynalama ve deformasyon (Grapichal User Interface) bölümüdür. Bu kısımda programı
olarak da adlandırılan yüzey interpolasyonudur. [2] yönlendirecek araçları boş figür ekranına yerleştirerek
istenilen arayüz oluşturabiliriz. Yerleştirilen araçlar cetvel
II. DICOM SEGMENTASYON PRESEDÜRÜ yardımıyla ekranda istenen kısımda sabitlenebilir, herhangi bir
Bu çalışmada CT ve MR dijital verileri siyah-beyazlık nesneye göre konumlandırılabilir ve bazı özellikleri de
değerlerine göre, istenen dokunun değer aralığında property inspector kısmından değiştirilebilir. Bu araçlarda
eşikleme(thresholding) işlemi yapılarak DICOM (Digital bulunan bazı fonksiyonlar yardımıyla nerede ne yapmak
İmaging and Communication in Medicine) dosyalarında her istediğimizi Arkaplanda (editör) kodlayabiliriz.
katmandaki belirlenen eşik değerleri arasında kalan alanlar

1
 M-File Editor Hazırlanmış olan GUI uygulaması ile ilgili
komutları görebilmek ve üzerinde değişiklik
yapabilmek için bu araç kullanılır.
Position Fare imlecinin konumunu ve seçili nesnelerin
Readouts konumlarını sürekli olarak görüntüler.

Aşağıdaki şekilde yazılım genel hatları ile sergilenmiştir. Yazılım

arayüzü Matlab® GUI ortamında tasarlanmıştır. Sol üst köşede
DICOM dosyalarının listelendiği bir listbox nesnesi, listbox
nesnesinin altında 3B model dosyalarının listelendiği bir listbox,
listboxların yanında ise DICOM dosyalarının görüntülendiği bir axes
nesnesi bulunmaktadır. Sol alt köşede ise histogramın çizdirileceği bir
axes nesnesi bulunmaktadır. Arayüzün sağ tarafı ise 3B nesnenin
görüntüleneceği bir axes nesnesi bulunmaktadır. Her bölüm panel adı
verilen ve birçok arayüz nesnesini içinde barındıran nesnelere
yerleştirilmiştir. Ayrıca üst köşeye de menüler yerleştirilmiştir.
Şekil 2: Boş Matlab® GUI görünümü [5]

Tablo 1: Matlab® GUI araçları ve kullanım hedefi [5]

Kullanılan Araç Aracın Kullanım Hedefi

Layout Area GUIDE çalışma alanı ve penceresidir. Bu
ekran ile GUI yüzeyine component paletten
seçilen ilgili nesneler eklenebilir ya da diğer
araçlar ile program kodlarının yazılması,
nesnelerin GUI yüzeyi üzerinde hizalanması,
Tab tuşu geçiş sırasının değiştirilmesi gibi pek
çok işlem gerçekleştirilebilir.
Menu Editör GUI uygulamasına istenilirse File, Edit…
v.b. gibi menü içeren programlarda olduğu
gibi bir menü eklenmesi ve eklenen menü ile
ilgili işlemlerin yapılması bu araç vasıtasıyla Şekil 3: Yazılım arayüzünün genel görünümü
sağlanır.
Figure Resize Bu araç GUI çalışma alanının IV. KODLAMA
Tab boyutlandırılmasını sağlar. Fare işaretçisi bu
Her arayüze sahip bir programın kodlamaların yapıldığı bir
alan üzerine getirildiğinde konum
bölüm vardır. Matlab®’da bu kısım bir metin (*.mfile) dosyasıdır. Bu
değiştirecektir. Bu anda farenin sol tuşu
alanda çeşitli fonksiyonlarla her nesnenin neler yapabileceğini
tıklanıp ileri geri hareket ettirilerek GUI
kodlanır.
yüzey alanının boyutları değiştirilebilir.
Align Objects Bu araç sayesinde GUI çalışma alanına
eklenilen nesnelerin yatay ya da dikey olarak
hizalanması işlemleri gerçekleştirilir.
Tab Order Tab Order Editor kullanılarak GUI
Editor yüzeyindeki nesnelerin birinden diğerine tab
tuşu ile geçiş sırası (örneğin bir buton seçili
ve aktif iken bir başka butona ya da bir liste
kutusuna tab tuşu kullanılarak geçilmesi
gibi.) değiştirilebilir.
Toolbar Önceden tanımlanmış ve özel basmalı
Editor düğmeler ve geçiş düğmeleri içeren Araç
Çubukları oluşturulan menü
Property Bu pencere sayesinde de GUI uygulamasına
Inspector eklenen nesnelerin özellikleri değiştirilebilir
ya da var olan özelliklerinin ve değerlerinin Şekil 4: Axes nesnesinin Callback fonksiyonları
neler olduğu gözlenilebilir.
Object Bu araç ile tasarımcı GUI uygulamasına
Browser eklemiş olduğu nesnelerin ve isimlerinin
neler olduğu genel hali ile bakabilir.
Run Bu buton yardımı ile de hazırlanmış olan bir
GUI uygulaması çalıştırılabilir. Bu şekilde
tasarımcı hazırlamış olduğu GUI’yi test etme
imkânına sahiptir.

2
 Küme teorisi açısından 𝐶 = 𝐴 ∩ 𝐵 ifadesi, anlamı:

𝐶 = {(𝑥, 𝑦)|(𝑥, 𝑦) ∈ 𝐴 𝑣𝑒(𝑥, 𝑦) ∈ 𝐵}

(5)
Geleneksel görüntü işleme gösterimini kullanarak eşdeğer
ifade,
1, 𝑒ğ𝑒𝑟 𝐴(𝑥, 𝑦) 𝑣𝑒 𝐵(𝑥, 𝑦) ℎ𝑒𝑟 𝑖𝑘𝑖𝑠𝑖𝑑𝑒 1 𝑖𝑠𝑒
𝐶(𝑥, 𝑦) = { (6)
0, 𝑑𝑖ğ𝑒𝑟 ş𝑒𝑘𝑖𝑙𝑑𝑒

Şekil 5: Editör kısmında add_dcm isimli nesnenin Callback

fonksiyonu ve kodları

V. MATEMATİKSEL MORFOLOJİ
Matematiksel morfoloji, görüntülerde şekilleri belirtmek,
betimlemek ve analiz etmek için başarılı bir şekilde kullanılan
bir görüntü işleme dalıdır. [6] Matematiksel morfolojinin temel
ilkesi, bilinmeyen bir kümeden (bir görüntü) geometrik ve
topolojik bilginin başka bir iyi tanımlanmış, bilinen bir
yapılandırma öğesi kullanılarak dönüştürülerek çıkarılmasıdır.
Morfolojik görüntü işlemede, yapılandırma elemanlarının(SE)
tasarımı, şekilleri ve boyutları, bunları kullanan morfolojik
işlemlerin başarısı için çok önemlidir. [7] Şekil 6: Küme teorisi işlemlerinin mantıksal eşdeğerleri: (a) İkili
A. Denklemler görüntü (A); (b) İkili görüntü (B); (c) Tamamlayıcı (𝐴𝑐 ); (d) Birleşim
(A ∪ B); (e) Kesişim (A ∩ B); (f) Farkı kümesi (A − B).[ 6]
Matematiksel morfolojinin temel kavramları, küme teorisi ve
standart işlemleri yardımıyla ortaya çıkarılabilir: birleşim (∪), B. Yapılandırma elemanları
kesişim (∩) ve tamamlayıcı olarak tanımlanır. [6] MATLAB® görüntü işleme araçları; kare, elmas, çizgi ve disk
gibi yaygın olarak kullanılanların yanı sıra, keyfi şekilleri
𝐴𝑐 = {𝑧|𝑧 ∉ A} destekleyen strel öğelerini oluşturmak için bir işlev sağlar. [6]
(1)

ve A ve B iki kümesinin farkı:

𝐴 − 𝐵 = {𝑧|𝑧 ∈ 𝐴, 𝑧 ∉ B} = 𝐴 ∩ 𝐵𝑐
(2)

A kümesi (ikili bir görüntüdeki piksellerin) olsun ve 𝜔 =

(𝑥, 𝑦) belirli bir koordinat noktası olsun. A kümesinin 𝜔
noktasına göre çevirisi 𝐴𝜔 tarafından gösterilir ve Şekil 7: Yapılandırma elemanlarına örnekler: (a) kare;
𝐴𝜔= {𝑐|𝑐 = 𝑎 + 𝜔, 𝑓𝑜𝑟 𝑎 ∈ 𝐴} (b) çapraz [6]
(3)
A kümesinin  olarak gösterilen bir koordinat sisteminin
orijinine göre yansıması; VI. 3B YAPILANDIRMA İŞLEMLERİ
 = {𝑧|𝑧 = −𝑎, 𝑓𝑜𝑟 𝑎 ∈ 𝐴}
(4) A. Histogramın Çizdirilmesi
Dijital görüntülerde piksel işlemlerinin tasarlanmasında
Şekil 6, yukarıda tanımlanan temel küme işlemlerinin kullanılan temel araç (ve diğer birçok işlem de) görüntü
grafiksel bir sunumunu göstermektedir. Siyah nokta, koordinat histogramıdır. Histogram 2 boyutlu bir grafiktir. Grafiğin x
sisteminin kaynağını temsil eder. İkili matematiksel morfoloji ekseni resimlerin renk değerini, y ekseni ise o değerde bulunan
teorisi, ikili görüntüleri, önplan piksellerinin bir kümesi olarak piksel sayısını gösterir.
(değerleri 1 olarak kabul edilir), 𝑍2 'deki öğeleri olarak görür.
Klasik görüntü işleme, x ve y'nin bir fonksiyonu olarak ikili
bir görüntüyü ifade eder, ki bu sadece olası değerleri 0 ve
1'dir. Bu ikili görüşün neden olabileceği herhangi bir
karışıklıktan kaçınmak için, burada küme teori notasyonunda
ifade edilen ifadenin bir örneği verilmiştir. İkili görüntülere
uygulanan bir dizi mantıksal işlemlere dönüştürülebilir:

3
 Şekil 8: Histogram ve değer aralığının belirlenmesi

B. Eşikleme (Thresholding) ve Bölütleme(Segmentation)

3B yapılandırmanın en belirleyici kısmı eşikleme işlemidir.
Medikal görüntü işlemede dokuların renk değerlerinin Şekil 9: 3D yapılandırma elemanları[7]
belirlendiği aşamadır. Bu kısımda önemli olan istenenen
dokunun aralığının doğru belirlenmesidir. Bu aşamada
Hounsfield ölçeğinden yararlanılır. Bölütleme işlemi ise
belirlenen değer aralığını tüm katmanlara uygular.

Şekil 8: Histogram ve değer aralığının belirlenmesi

Denklem 6’dan faydalanılarak;

Şekil 8: Yazılımın genel görünümü
1, 𝑇1 ≤ 𝑥 ≤ 𝑇2
𝑃(𝑥) = { VII. SONUÇ
0, 𝑎𝑘𝑠𝑖 𝑡𝑎𝑘𝑑𝑖𝑟𝑑𝑒
(7) Yapılan bu yazılım sayesinde MRI ve CT dosyalarından
implant üretimi için 3B STL dataları elde edilebilecektir.
Burada 𝑃(𝑥) pikselleri, 𝑇1 ve 𝑇2 eşikleme değer aralığı, x ise
renk değerinin ifade etmektedir. APPENDİX
Appendixes, if needed, appear before the acknowledgment.
C. 3B Yapılandırma (3D Reconsturiction)
ACKNOWLEDGMENT
Segmentansyon işleminden sonra dicom dosyaları içerisindeki
bilgilere göre (Slice location, slice thickness gibi) z ekseninde if any, should be placed here before the references section
katmanlar yerleştirilir.3D yapılandırma elemanları ile without numbering.
katmanlar birleştirilir.

REFERENCES
[1] D. Kleut, M. Jovanović and Prof. Dr. B. Reljin “3D Visualisation of
MRI images using MATLAB “, JOURNAL OF AUTOMATIC
CONTROL, UNIVERSITY OF BELGRADE, VOL. 16:1-3, 2006 New
York
[2] A. Majeed, A.R.Mt Piah, Z.R.Yahya “Surface Reconstruction from
Parallel Curves with Application to Parietal Bone Fracture
Reconstruction“,PLOS ONE | DOI:10.1371/journal.pone.0149921
March 11, 2016

[3] S. Çiftçi “MATLAB “, İstanbul: KODLAB, pp.105, Aralık 2015

[4]

4
[5] Creating Graphical User InterfacesMatlab 7 , “Narrow-band analyzer
(Thesis or Dissertation style),” Ph.D. dissertation, Dept. Elect. Eng.,
Harvard Univ., Cambridge, MA, 1993.
[6] Motorola Semiconductor Data Manual, Motorola Semiconductor
Products Inc., Phoenix, AZ, 1989.
[7] R. J. Vidmar. (1992, August). On the use of atmospheric plasmas as
electromagnetic reflectors. IEEE Trans. Plasma Sci. [Online]. 21(3). pp.
876—880. Available: http://www.halcyon.com/pub/journals/21ps03-
vidmar