https://t.me/pdf4exams https://www.estore33.com/ https://t.

me/TheHindu_Zone_official
EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE

THE HINDU
SATURDAY, JUNE 2, 2018
NOIDA/DELHI

GROUND ZERO 7
EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE

Anatomy of an outbreak
The way Kerala has handled the Nipah virus outbreak holds crucial lessons for the rest of India. Priyanka Pulla reports on how a deadly virus is being tackled by
an alert administration

A
t around 2 a.m. on May 17 morn­
ing, a grievously sick Mohammed
Salih, a 28­year­old architect from
Kerala’s Perambra town, was rushed by
his family to Kozhikode’s Baby Memo­
rial Hospital. Salih was vomiting, had a
high fever, and was in a mentally agitat­
ed state. The doctor on call, critical care
physician  A.S.  Anoop  Kumar,  knew
these symptoms meant encephalitis, an
inflammation  of  brain  tissue  that  kills
hundreds  in  India  every  year.  Kumar
tried to stabilise Salih, but by around 9
a.m.,  when  the  hospital’s  neurologists
came  to  examine  him,  it  was  obvious
that something was very wrong. 
Even though Salih was receiving top­
end care, his condition was worsening
rapidly.  He  had  some  very  peculiar
symptoms, recalls Chellenton Jayakrish­
nan, one of the neurologists who treat­
ed him. His heart was racing at over 180
beats per minute and his blood pressure
had shot up. His limbs were limp, dis­
playing  no  reflexes.  These  symptoms
were unlike any encephalitis cases that
the  team  had  ever  seen.  Jayakrishnan
and  his  colleagues  ruled  out,  one  by
one, dozens of common causes of ence­
phalitis.  Salih  couldn’t  have  Japanese
encephalitis. The mosquito­borne infec­
tion typically doesn’t affect more than
one  person  in  a  household,  and  his
younger brother, Sabith, had died about
12 days ago after showing similar symp­
toms. His father and aunt, too, had con­
tracted the infection. 
Rabies, another possible cause of en­
cephalitis, was ruled out too. “If the fa­
mily had been exposed through a com­
mon pet, they would have fallen sick at
the same time,” says Jayakrishnan. Salih
had fallen sick days after Sabith did. So,
was this a case of poisoning? The team
ruled this out, too. Toxins could trigger
encephalitis­like  symptoms  but  were
usually not accompanied by fever.  “The Kerala government’s extraordinary response is no solace for Mohammed Salih’s family who have lost four members in three weeks to the Nipah virus.” The relatives of V. Moosa, Salih’s father, offer prayers at his
The neurologists knew by then that burial in Kozhikode. (Below) Virologist Govindakarnavar Arunkumar, head of the Manipal Centre for Virus Research, with his team at the Kozhikode Medical college. SPECIAL ARRANGEMENT/ S. RAMESH KURUP *

they  were  looking  at  an  exotic  virus,

possibly  never  seen  in  Kerala  before.
Anoop Kumar decided to call for help.
He  turned  to  virologist  Govindakarna­
var Arunkumar at Karnataka’s Manipal
Centre  for  Virus  Research  (MCVR),
about 300 km from Kozhikode. Salih’s
samples were dispatched to MCVR.
Forty­seven­year­old Arunkumar has
investigated several mystery outbreaks
of encephalitis in the past. In 2015, his
team found a recurrent epidemic in Ut­
tar Pradesh’s Gorakhpur to be Scrub Ty­
phus,  a  diagnosis  that  was  later  con­
firmed  by  other  researchers.  A  year
later, he joined hands with virologist T.
Jacob John to uncover the etiology of an
encephalitis­like syndrome in Odisha’s
Malkangiri district. For four years now,
Arunkumar has been heading a surveil­
lance project which tests patients with
fever in 10 States for over 40 pathogens.
As part of this project, MCVR upgraded
one of its labs to Biosafety Level 3 two
years ago, so they could work with high­
ly  lethal  pathogens  like  the  Kyasanur
Forest Disease virus. This upgrade gave
Arunkumar  the  chance  to  expand  his
testing repertoire. And the pathogen he
was eyeing was the deadly Nipah virus.  and leading to sickness among several
A serendipitous diagnosis
The  Nipah  virus  made  its  first  docu­
mented appearance in Malaysia in 1998.
There,  the  virus  is  believed  to  have
jumped from fruit bats of the Pteropus
species to domestic pigs paddocked un­
der  the  trees  where  such  bats  roost.
From the pigs, the virus travelled to pig
breeders, infecting and killing about 105
of them in an outbreak. Nipah next ap­
peared in Bangladesh, triggering nearly
15 outbreaks in the 2000s. The patho­
gen had a different modus operandi in
that country. It mainly infected people
who had a taste for raw palm sap, which
is frequently contaminated by bat urine
and saliva. Once the virus spread to hu­
mans, it was transmitted from one per­
son to another through respiratory dro­
plets,  a  feature  that  wasn’t  seen  in
Malaysia.  despread panic, with families in Peram­
Nipah killed nearly 70% of those it in­
fected in Bangladesh, compared to 40%
in Malaysia. During the epidemic years
in  Bangladesh,  the  virus  also  crossed
the border to enter West Bengal — twice.
The  outbreaks  occurred  in  2001  and
2007 in the districts of Siliguri and Na­
dia, killing 70 people.  purchases.
Arunkumar was interested in testing
for Nipah for two reasons. First, among
the  States  covered  by  his  surveillance
project were Tripura and Assam, both
across the border from Bangladesh and
potential  geographies  for  Nipah.  Se­
cond, the virus is thought to be a prob­
able  bioterrorism  agent.  So,  in  August
2017, the MCVR team was trained by the
United States’ Centers for Disease Con­
trol and Prevention to test for the Nipah
virus. This made the Manipal laboratory
only the second facility in India capable
of doing so, apart from Pune’s National
Institute of Virology (NIV). It was a se­
rendipitous move.  gions, such as Uttar Pradesh’s Gorakh­
When  Arunkumar  received  Salih’s
samples  on  May  18,  he  also  ruled  out
common causes of encephalitis such as
the  Japanese  encephalitis  virus,  the
Herpes  Simplex  virus  and  Leptospira
bacteria.  Only  one  pathogen  seemed
capable  of  causing  Salih’s  symptoms
family  members  at  the  same  time.  “It
was Nipah,” says Arunkumar.  together a team of entomologists and vi­
Meanwhile,  doctors  at  Baby  Memo­
rial had also come to the same conclu­
sion. Nipah had crossed Jayakrishnan’s
mind on the first day. By the second day,
the team had browsed through medical
journals  and  found  that  Salih’s  symp­
toms closely matched those of the pa­
tients  affected  in  the  1998  Malaysian
outbreak. Arunkumar ran the samples
through  a  diagnostic  test  called  Real
Time  Polymerase  Chain  Reaction  (RT­
PCR), which detects viral genetic mate­
rial. Salih, his father V.K. Moosa, and his
maternal  aunt  Mariyam  Kandoth  all
tested positive for Nipah.  the State’s doctors in infection­control
As this story went to print, Nipah had
claimed the lives of 17 of the 19 people it
had infected in Kozhikode, a mortality
rate of 89%. The outbreak triggered wi­
bra deserting their homes en masse. As
speculation  grew  about  how  the  virus
was transmitted, N­95 masks appeared
all  over  Kozhikode.  When  officials  an­
nounced  that  the  virus  could  spread
through  fruits  that  were  half­eaten  by
bats,  people  cut  down  on  their  fruit
But without the prompt diagnosis, it
could have been worse. In Bangladesh,
the first few outbreaks killed dozens in
the districts of Meherpur and Naogaon,
but were not recognised as Nipah until
after  they  ended.  In  the  2001  Siliguri
outbreak, investigators figured out that
it was the Nipah virus that was infecting
people only six months later. By then,
60 people had been infected and 45 had
died.  which the likelihood of transmission to
India has a poor record of outbreak
investigations. About 10,000 people de­
velop encephalitis­like symptoms each
year but never get a diagnosis. Some re­
pur and Bihar’s Muzaffarpur, saw thou­
sands  of  deaths  in  repeated  annual
outbreaks before the causes were esta­
blished.  Against  this  background,  the
discovery of an exotic pathogen in the
very second patient hit by an outbreak,
as was the case in Kozhikode, has few
precedents.  contracted the infection from his youn­
A brisk State response
Once MCVR had pinpointed the Nipah
virus, they had to move quickly. Under
the  2005  International  Health  Regula­
tions,  India  is  obligated  to  report  out­
breaks of emerging infectious diseases
to the World Health Organisation. The
MCVR team had to therefore be doubly
sure of its findings. The only way to be
so was to ask NIV, Pune, to run Nipah
diagnostic tests on a second set of the
Perambra  family’s  samples.  As  they
waited for NIV’s confirmation, Arunku­
mar  told  the  Baby  Memorial  doctors
that  they  were  dealing  with  a  deadly
new virus, and that suspected patients
should be isolated immediately. “But we
didn’t release the name,” says Arunku­
mar. Revealing the name publicly would
require  NIV’s  verification,  which  only
came on May 20.  neighbours came to look him up.  officials cannot take it easy for a while.
But the State health­care machinery
did  not  wait  for  confirmation.  Within
hours of Salih’s arrival at Baby Memo­
rial, Kozhikode’s district medical offic­
er, V. Jayashree, had learnt of it. She put
sited  Salih’s  Perambra  home  on  the
morning of May 18. They collected mos­
quito samples and fogged the area, just
in case the mosquitoes were the disease
vectors.
By the time Arunkumar shared the fi­
nal results on May 20, State medical as­
sociations  and  government  doctors
were already on high alert. The State’s
Health Minister, K.K. Shylaja, was in the
city to oversee the outbreak response. It
was  easy  to  move  ahead  at  this  point.
On May 20 morning, an officer trained
in Ebola outbreak protocols instructed
measures — isolating patients, using sur­
gical  masks  and  decontaminating  sur­
faces. It was an extraordinarily swift res­
ponse by any measure. Yet, according to
the State’s Director of Health Services,
R.L.  Saritha,  this  was  routine  proce­
dure.  “There  were  two  cases  of  ence­
phalitis.  We  wanted  to  prevent  the
third. This is the usual response in Kera­
la to all outbreaks,” she says.  sick patients.
Two waves slip through
For all of the Kerala government’s agility
in tackling Nipah, the virus proved to be
a formidable  adversary.  When  Salih
ger brother, so did several others. This
was the first wave of infection, and Sa­
bith was patient zero — the first to fall
sick.  contrast  to  Siliguri,  where  hospital  at­
By  all  accounts,  Sabith  was  a  well
liked 26­year­old. A plumber by profes­
sion,  he  loved  children  and  animals,
says his cousin Jabir. Today, a colony of
rabbits sit in a cage in the family’s aban­
doned Perambra home. They are fed by
the neighbours.  pared to western hospitals. Instead, fa­
Some time on May 3, Sabith grew fe­
verish.  His  family  took  him  to  the  Pe­
rambra Taluk Hospital, where his condi­
tion worsened quickly. On May 5, when
he began to lose consciousness, the fa­
mily shifted him to the Kozhikode Med­
ical  College.  Later  in  the  night,  Sabith
died.  But  during  his  stay  in  Perambra
Taluk Hospital and the medical college,
nurses attended to him, and dozens of
Such close contact with patient zero
led to seven new cases in Perambra Ta­
luk Hospital and 10 in Kozhikode Medi­
cal College. Meanwhile, one of the pa­
tients  infected  in  the  first  wave  at
Perambra went on to get admitted at the
Balussery Taluk Hospital on May 17. He
infected yet another person, raising the
possibility of a second wave of infection
at the Balussery hospital. Nipah spreads
mainly  through  respiratory  droplets,
and sicker patients secrete more virus.
It  was  only  in  Baby  Memorial,  which
had stricter infection­control protocols,
that  transmission  seems  to  have
stopped.
While State authorities prepare for a
second wave of infection, with the Ba­
lussery transmission coming to light on­
ly on May 31, Arunkumar believes that
this  wave  may  not  be  a  large  one.  For
one,  infection­control  measures  were
put in place by the 20th, and over 1,400
people who came in contact with the 19
confirmed  cases  are  being  closely
watched. For another, unlike other vi­
ruses like measles in the Paramyxovirus
family  to  which  Nipah  belongs,  Nipah
does  not  spread  efficiently  and  moves
only  to  people  within  a  metre  of  very
This pattern of transmission is typical
of how Nipah spread in Bangladesh and
West  Bengal.  In  the  2001  Siliguri  out­
break, the first wave occurred in the Sili­
guri District Hospital, where patient ze­
ro  infected  nine  others,  including  five
staff members. Two of the patients then
joined two other nursing homes, where
they spread the illness to 34 others. In
tendants  formed  the  bulk  of  the  pa­
tients,  Bangladeshi  Nipah  cases  were
mostly related to other patients. A 2009
study in Clinical Infectious Diseases not­
ed  that  Bangladeshi  nurses  had  less
physical contact with patients, as com­
mily members provided hands­on care.
Cultural  practices  like  sharing  of  beds
and utensils with patients exacerbated
the risk to families, the researchers not­
ed.  for  longer.  But  it  isn’t  clear  if  NIV  will
In Kerala, the number of confirmed
new  cases  emerging  each  day  has
slowed after the first wave from patient
zero.  But  as  the  Nipah  virus  can  incu­
bate in the body for up to 21 days, health
Only when 42 days, or two incubation
periods,  pass  after  the  last  confirmed
case  will  the  State  be  declared  Nipah­
free.  To make matters more difficult, trap­
The Kerala government’s extraordin­
ary  response  is,  unfortunately,  no  so­
lace for Salih’s family. Within a span of
three weeks, they have lost four mem­
bers. In the verandah of a neat two­sto­
ried house in Perambra, Salih’s uncle,
Haji Moidu, sits staring ahead. His fami­
ly  and  friends  have  gathered  around
him to mourn the loss of his wife Mari­
yam,  brother  Moosa,  and  nephews.
Soon  after  Salih’s  death,  his  aunt  and
father also succumbed to Nipah.
But  even  before  the  family  could
come to terms with the deaths, several
media outlets had published false infor­
mation about the victims. A local daily
wrote that Sabith had travelled to Malay­
sia, acquiring the Nipah virus there. The
family is furious. “They have attempted
to isolate us,” they say, showing Sabith’s
passport. The only foreign nation Sabith
visited was the United Arab Emirates, in
search for a job.  his brother had supervised the cleaning
Trapping the suspects
The question of how Sabith contracted
the virus remains a mystery, given that
the  only  other  Indian  outbreaks  have
happened in West Bengal. But the stron­
gest suspects now are Kozhikode’s large
fruit bat populations. The species were
found to be carriers of the Nipah virus
in both Malaysia and Bangladesh.  doubtful it will be confirmed. But expo­
This  is  also  why  two  teams  of  re­
searchers from NIV are currently camp­
ing  in  Kozhikode  to  collect  samples
from fruit bats. It’s going to be an uphill
task. For one, experiments have shown
that  the  Nipah  virus  circulates  within
bats  for  brief  periods  of  time,  during
humans, or a “spillover” event, increas­
es.  In  a  2011  study  published  in  the
American  Journal of Tropical Hygiene
and Medicine, virologists experimental­
ly infected fruit bats from Malaysia and
Australia with the Nipah virus, and the
closely related Hendra virus. When they
tried  to  isolate  the  pathogen  from  the
bats only a few days later, they were un­
able to do so in most cases.  The Hindu obtained the consent of Mohammed
“It’s very challenging to find the virus
in bats, even when you are looking in a
known reservoir, and that’s because of
the nature of the infection,” says Jonath­
an Epstein, an epidemiologist with the
U.S.­based  EcoHealth  Alliance  and  an
author  of  the  study.  According  to  Ep­
stein,  the  Nipah  infection  doesn’t  last
for very long in bats. “Unless your tim­
ing is good, and you are collecting sam­
ples close to when the first case was ex­
posed,  your  chances  diminish,”  he
explains. 
Sabith fell sick on May 3, and it is pos­
sible that the virus is undetectable in Pe­
rambra’s  fruit  bats  now.  However,  the
mammals may still be carrying antibo­
dies  to  the  Nipah  virus,  which  remain
test for antibodies, in addition to the vi­
ral genes. In an email to The Hindu, NIV
director  D.T.  Mourya  said  the  group’s
front line test would be RT­PCR, which
only detects viral genes. Unless the NIV
researchers are able to find a large num­
ber of bats, they may not have enough
blood and urine samples to look for an­
tibodies. 
ping bats is a tough job. The Indian fly­
ing fox can weigh over a kilogram, with
a wingspan of up to five feet. The team’s
strategy will be to raise large nets on 60­
feet high poles, so that bats unseeingly
fly  into  them.  Meanwhile,  the  district
animal husbandry department will col­
lect bat droppings and urine from the
ground. This, too, is becoming harder
as monsoon hits Kerala. “Collecting bat
droppings is not easy when it is raining.
The quantity of urine is only 0.5 ml per
animal,”  says  A.C.  Mohandas,  the  dis­
trict animal husbandry officer at Kozhi­
kode. Without enough samples, we may
never know how Nipah travelled to Ker­
ala. 
Even if fruit bats are eventually found
to be the source of Nipah, it may not be
easy  to  establish  how  Sabith  came  in
contact  with  them.  Early  interviews
with his family had revealed that he and
of  a  bat­infested  well  near  his  house.
However, when animal husbandry offi­
cials checked the well, they were only
able to collect a single bat from an insec­
tivorous  species.  This  sample  turned
out negative for Nipah. Another expla­
nation could be that Sabith unwittingly
ate a fruit contaminated with bat saliva.
If  this  was  the  route  of  exposure,  it’s
sure through bitten fruits is not unlikely. 
At  Sabith’s  Perambra  home,  three
neighbours,  all  undergraduate  stu­
dents, stop by to chat. They had known
Sabith’s family and were shocked by the
swiftness  with  which  his  family  suc­
cumbed. The conversation drifts to how
Sabith  may  have  contracted  the  virus.
One of them says, “We used to consume
half­eaten guavas and mangoes all the
time. We would just remove the bitten
part and eat the rest. Nothing ever hap­
pened to us.” I ask them if they continue
to  do  so.  “No,”  he  says.  “We  are  too
scared now.” 
With inputs from Jayanth A.S.
Sabith’s immediate family to use their real names

CM M ND-NDE
YK