Alignment: Results Parameters

Alignment
Results
Parameters
Name Value
User e-mail address
Max. num of motifs 100
Output Format GeneBee
Length threshold 7
Power threshold 3.5
Coincidence ratio 0.005
Minimum letter frequence 0.6
Windows width 7
Max. number of shifts 5
Min. homology ratio 0.0
How to process motifs s-s
Motif frequences recalc N
Method g
Gap penalty 3
(in SD units)
Register size 1
Matrices DNARNA
NUCLEOTIDE DISTANCE MATRIX
A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
A 10
C 0 10
D 0 0 10
E 0 0 0 10
F 0 0 0 0 10
G 0 0 0 0 0 10
H 0 0 0 0 0 0 10
I 0 0 0 0 0 0 0 10
K 0 0 0 0 0 0 0 0 10
L 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10
M 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10
N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10
P 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10
Q 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10
R 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10
S 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10
T 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10
V 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10
W 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10
Y 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10
Sequence
s >KX394777.1 Pseudomonas lurida strain UBCR_36 16S ribosomal RNA
gene, partial sequence
AGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGTAGAGA
GA
AGCTTGCTTCTCTTGAGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAATCTGCCTGGTAGTGGGGGATA
AC
GTTCGGAAACGGACGCTAATACCGCATACGTCCTACGGGAGAAAGCAGGGGACCTTCGGGCCTTGCGC
TA
TCAGATGAGCCTAGGTCGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCCGTAACT
GG
TCTGAGAGGATGATCAGTCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGG
GA
ATATTGGACAATGGGCGAAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGTCTTCGGATTGTAA
AG
CACTTTAAGTTGGGAGGAAGGGCAGTTGCCTAATACGTAACTGTTTTGACGTTACCGACAGAATAAGC
AC
CGGCTAACTCTGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACAGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGT
AA
AGCGCGCGTAGGTGGTTTGTTAAGTTGGATGTGAAATCCCCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCATTCAA
AA
CTGACTGACTAGAGTATGGTAGAGGGTGGTGGAATTTCCTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAGG
AA
GGAACACCAGTGGCGAAGGCGACCACCTGGACTGATACTGACACTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCA
AA
CAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCAACTAGCCGTTGGAAGCCTTGAGCTTT
TA
GTGGCGCAGCTAACGCATTAAGTTGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAAT
TG
ACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACACGAAGAACCTTACCAGGCC
TT
GACATCCAATGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACATTGAGACAGGTGCTGCATGGCT
GT
CGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGTAACGAGCGCAACCCTTGTCCTTAGTTACCA
GC
ACGTTATGGTGGGCACTCTAAGGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGT
CA
TCATGGCCCTTACGGCCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTCGGTACAAAGGGTTGCCAAGCCGCGA
GG
TGGAGCTAATCCCATAAAACCGATCGTAGTCCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGTCGGA
AT
CGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAC
AC
CATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGAGGACGGTTACCACGGTGTGATTC
AT
GACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTT
>CP025494.1:4048718-4050246 Pseudomonas palleroniana strain MAB3
chromosome
GA
AC
TA
GG
GA
AG
AC
AA
AGCGCGCGTAGGTGGTTTGTTAAGTTGGATGTGAAATCCCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCATTCAAA
AC
TGACTGACTAGAGTATGGTAGAGGGTGGTGGAATTTCCTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAGGA
AG
GAACACCAGTGGCGAAGGCGACCACCTGGACTGATACTGACACTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAA
AC
AGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCAACTAGCCGTTGGAAGCCTTGAGCTTTT
AG
TGGCGCAGCTAACGCATTAAGTTGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATT
GA
CGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGCCT
TG
ACATCCAATGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACATTGAGACAGGTGCTGCATGGCTG
TC
GTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGTAACGAGCGCAACCCTTGTCCTTAGTTACCAG
CA
CGTTATGGTGGGCACTCTAAGGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC
AT
CATGGCCCTTACGGCCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTCGGTACAAAGGGTTGCCAAGCCGCGAG
GT
GGAGCTAATCCCATAAAACCGATCGTAGTCCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGTCGGAA
TC
GCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACA
CC
ATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGAGGACGGTTACCACGGTGTGATTCA
TG
ACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTT
>CP020369.1:549663-551191 Pseudomonas tolaasii strain 2192T genome
AAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCCCCTACGGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCA
CA
CCGTGGTAACCGTCCTCCCGAAGGTTAGACTAGCTACTTCTGGTGCAACCCACTCCCATGGTGTGACG
GG
CGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTATTCACCGCGACATTCTGATTCGCGATTACTAGCGATTCCGAC
TT
CACGCAGTCGAGTTGCAGACTGCGATCCGGACTACGATCGGTTTTATGGGATTAGCTCCACCTCGCGG
CT
TGGCAACCCTCTGTACCGACCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAGGCCGTAAGGGCCATGATGACTTGA
CG
TCATCCCCACCTTCCTCCGGTTTGTCACCGGCAGTCTCCTTAGAGTGCCCACCATAACGTGCTGGTAA
CT
AAGGACAAGGGTTGCGCTCGTTACGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCAT
GC
AGCACCTGTCTCAATGTTCCCGAAGGCACCAATCCATCTCTGGAAAGTTCATTGGATGTCAAGGCCTG
GT
AAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCAT
TT
GAGTTTTAACCTTGCGGCCGTACTCCCCAGGCGGTCAACTTAATGCGTTAGCTGCGCCACTAAAAGCT
CA
AGGCTTCCAACGGCTAGTTGACATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCC
CC
ACGCTTTCGCACCTCAGTGTCAGTATTAGTCCAGGTGGTCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTTCCTATA
TC
TACGCATTTCACCGCTACACAGGAAATTCCACCACCCTCTACCATACTCTAGTCAGTCAGTTTTGAAT
GC
AGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCCAACTTAACAAACCACCTACGCGCGCTTTACGCCCA
GT
AATTCCGATTAACGCTTGCACCCTCTGTATTACCGCGGCTGCTGGCACAGAGTTAGCCGGTGCTTATT
CT
GTCGGTAACGTCAAAACAGTTACGTATTAGGCAACTGCCCTTCCTCCCAACTTAAAGTGCTTTACAAT
CC
GAAGACCTTCTTCACACACGCGGCATGGCTGGATCAGGCTTTCGCCCATTGTCCAATATTCCCCACTG
CT
GCCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACG
GA
TCGTCGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATCCGACCTAGGCTCATCTGATAGCGCAAG
GC
CCGAAGGTCCCCTGCTTTCTCCCGTAGGACGTATGCGGTATTAGCGTCCGTTTCCGGACGTTATCCCC
CA
CTACCAGGCAGATTCCTAGGCATTACTCACCCGTCCGCCGCTCTCAAGAGAAGCAAGCTTCTCTCTAC
CG
CTCGACTTGCATGTGTTAGGCCTGCCGCCAGCGTTCAATCTGAGCCATGATCAAACTCT
>KT695816.1:5-1533 Pseudomonas poae strain 29G9 16S ribosomal RNA
GA
AC
TA
GG
GA
AG
AC
AA
AC
AG
AC
AG
GA
TG
ACATCCAATGAACTTTCTAGAGATAGATTGGTGCCTTCGGGAACATTGAGACAGGTGCTGCATGGCTG
TC
CA
CGTAATGGTGGGCACTCTAAGGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC
AT
GT
TC
CC
TG
>CP023272.1:119193-120721 Pseudomonas lurida strain MYb11
chromosome, complete genome
GA
AC
TA
TCAGATGAGCCTAGGTCGGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCCGTAACT
GG
GA
AG
AC
AA
AC
AG
GAACACCAGTGGCGAAGGCGACCACCTGGACTAATACTGACACTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAA
AC
AG
GA
TG
TC
CA
AT
CATGGCCCTTACGGCCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTCGGTACAGAGGGTTGCCAAGCCGCGAG
GT
TC
CC
TG
>CP031450.1:768130-769658 Pseudomonas fluorescens strain SIK_W1
GA
AC
TA
GG
GA
AG
AC
AA
AC
AG
AC
AGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCAACTAGCCGTTGGGAGCCTTGAGCTCTT
AG
GA
TG
TC
CA
AT
GT
TC
CC
TG
>CP034537.1:656337-657865 Pseudomonas poae strain CAP-2018
CA
GG
TT
CT
CG
CT
GC
AGCACCTGTCTCAATGTTCCCGAAGGCACCAATCTATCTCTAGAAAGTTCATTGGATGTCAAGGCCTG
GT
TT
CA
CC
TC
GC
GT
CT
GTCGGTAACGTCAAAACAATTACGTATTAGGTAACTGCCCTTCCTCCCAACTTAAAGTGCTTTACAAT
CC
CT
GA
TCGTCGCCTTGGTGAGCCATTACCCCACCAACTAGCTAATCCGACCTAGGCTCATCTGATAGCGCAAG
GC
CCGAAGGTCCCCTGCTTTCTCCCGTAGGACGTATGCGGTATTAGCGTCCGTTTCCGAACGTTATCCCC
CA
CG
>CP015639.1:413523-415051 Pseudomonas fluorescens strain L228
CA
GG
TT
CT
CG
TCATCCCCACCTTCCTCCGGTTTGTCACCGGCAGTCTCCTTAGAGTGCCCACCATTATGTGCTGGTAA
CT
GC
GT
TT
CA
CC
TC
GC
GT
CT
CC
CT
GA
GC
CA
CG
>AJ581999.1 Pseudomonas lurida partial 16S rRNA gene, type strain
DSM 15835T
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGTAGAGA
GA
AC
TA
GG
GA
AG
AC
AA
AC
AG
AC
AG
GA
TG
TC
CA
AT
GT
TC
CC
TG
>KY228957.1 Pseudomonas sp. strain 10 16S ribosomal RNA gene,
partial sequence
TCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGTAGAGAGAAGCTTGC
TT
CTCTTGAGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAATCTGCCTGGTAGTGGGGGATAACGTTCGGA
AA
CGGACGCTAATACCGCATACGTCCTACGGGAGAAAGCAGGGGACCTTCGGGCCTTGCGCTATCAGATG
AG
CCTAGGTCGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCCGTAACTGGTCTGAGA
GG
ATGATCAGTCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGG
AC
AATGGGCGAAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGTCTTCGGATTGTAAAGCACTTTA
AG
TTGGGAGGAAGGGCAGTTGCCTAATACGTAACTGTTTTGACGTTACCGACAGAATAAGCACCGGCTAA
CT
CTGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACAGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCGC
GT
AGGTGGTTTGTTAAGTTGGATGTGAAATCCCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCATTCAAAACTGACTGA
CT
AGAGTATGGTAGAGGGTGGTGGAATTTCCTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAGGAAGGAACACC
AG
TGGCGAAGGCGACCACCTGGACTGATACTGACACTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTA
GA
TACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCAACTAGCCGTTGGAAGCCTTGAGCTTTTAGTGGCGCA
GC
TAACGCATTAAGTTGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGC
CC
GCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGCCTTGACATCCA
AT
GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACATTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCT
CG
TGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGTAACGAGCGCAACCCTTGTCCTTAGTTACCAGCACGTTATG
GT
GGGCACTCTAAGGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCC
CT
TACGGCCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTCGGTACAAAGGGTTGCCAAGCCGCGAGGTGGAGCTA
AT
CCCATAAAACCGATCGTAGTCCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTA
AT
CGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG
TG
GGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGAGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGG
TG
AAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGA
>CP025263.1:810062-811590 Pseudomonas sp. S09G 359 chromosome
GA
AC
TA
GG
GA
AG
CACTTTAAGTTGGGAGGAAGGGCAGTTACCTAATACGTGATTGTTTTGACGTTACCGACAGAATAAGC
AC
AA
AC
AG
AC
AG
GA
TG
TC
CA
AT
GT
TC
CC
TG
REFINED ALIGNMENT
Power 285.61
Homology percent
56.2%
The meaning of signs at the top of the alignment is following:

' ' - the average weight of column pair exchanges is less than
weight matrix mean value
'.' - is less than mean value plus one SD
'+' - is less than mean value plus two SD
'*' - is more than mean value plus two SD
+..+..........++......+...+....+.........+.++...+.++...+...+
KX394777.1 ( 1)
AGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGC
CP025494.1:4 ( 1)
CP020369.1:5 ( 1)
AAGGAGGTGATCCAGCCGCAGGTTCCCCTACGGCTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTC
KT695816.1:5 ( 1)
CP023272.1:1 ( 1)
CP031450.1:7 ( 1)
CP034537.1:6 ( 1)
CP015639.1:4 ( 1)
AJ581999.1 ( 1)
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGC
KY228957.1 ( 1) ---------
TCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGC
CP025263.1:8 ( 1)
...+...+.+...+.+...+..+..........+...+..+...++.+.+....+.+.+.
KX394777.1 ( 61)
GGTAGAGAGAAGCTTGCTTCTCTTGAGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAATCT
CP025494.1:4 ( 61)
CP020369.1:5 ( 61)
ATGAATCACACCGTGGTAACCGTCCTCCCGAAGGTTAGACTAGCTACTTCTGGTGCAACC
KT695816.1:5 ( 61)
CP023272.1:1 ( 61)
CP031450.1:7 ( 61)
CP034537.1:6 ( 61)
CP015639.1:4 ( 61)
AJ581999.1 ( 61)
KY228957.1 ( 52)
CP025263.1:8 ( 61)
..++...+..+.+.++........+...++.....+....+.++.++.+..+........
KX394777.1 ( 121)
GCCTGGTAGTGGGGGATAACGTTCGGAAACGGACGCTAATACCGCATACGTCCTACGGGA
CP025494.1:4 ( 121)
CP020369.1:5 ( 121)
CACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTATTCACCGCGACATT
KT695816.1:5 ( 121)
CP023272.1:1 ( 121)
CP031450.1:7 ( 121)
CP034537.1:6 ( 121)
CP015639.1:4 ( 121)
AJ581999.1 ( 121)
KY228957.1 ( 112)
CP025263.1:8 ( 121)
...+...+.+.....+.+.+..+....++....+..+.......+..+..+..+.+....
KX394777.1 ( 181)
GAAAGCAGGGGACCTTCGGGCCTTGCGCTATCAGATGAGCCTAGGTCGGATTAGCTAGTT
CP025494.1:4 ( 181)
CP020369.1:5 ( 181)
CTGATTCGCGATTACTAGCGATTCCGACTTCACGCAGTCGAGTTGCAGACTGCGATCCGG
KT695816.1:5 ( 181)
CP023272.1:1 ( 181)
CP031450.1:7 ( 181)
CP034537.1:6 ( 181)
CP015639.1:4 ( 181)
AJ581999.1 ( 181)
KY228957.1 ( 172)
CP025263.1:8 ( 181)
..+..+.+......+.....+...+.....++........+...+........+......
KX394777.1 ( 241)
GGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCCGTAACTGGTCTGAGAGGATGATCAGTCA
CP025494.1:4 ( 241)
CP020369.1:5 ( 241)
ACTACGATCGGTTTTATGGGATTAGCTCCACCTCGCGGCTTGGCAACCCTCTGTACCGAC
KT695816.1:5 ( 241)
CP023272.1:1 ( 241)
GGTGGGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCCGTAACTGGTCTGAGAGGATGATCAGTCA
CP031450.1:7 ( 241)
CP034537.1:6 ( 241)
CP015639.1:4 ( 241)
AJ581999.1 ( 241)
KY228957.1 ( 232)
CP025263.1:8 ( 241)
++.++.+.+.........+.++++.+....+.++.....+..+.+.+.....++......
KX394777.1 ( 301)
CACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACA
CP025494.1:4 ( 301)
CP020369.1:5 ( 301)
CATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAGGCCGTAAGGGCCATGATGACTTGACGTCATCCCCAC
KT695816.1:5 ( 301)
CP023272.1:1 ( 301)
CP031450.1:7 ( 301)
CP034537.1:6 ( 301)
CP015639.1:4 ( 301)
AJ581999.1 ( 301)
KY228957.1 ( 292)
CP025263.1:8 ( 301)
.+...............++.++..+..+....+.+++...+...+.....+.+.++++..
KX394777.1 ( 361)
ATGGGCGAAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGTCTTCGGATTGTAAAG
CP025494.1:4 ( 361)
CP020369.1:5 ( 361)
CTTCCTCCGGTTTGTCACCGGCAGTCTCCTTAGAGTGCCCACCATAACGTGCTGGTAACT
KT695816.1:5 ( 361)
CP023272.1:1 ( 361)
CP031450.1:7 ( 361)
CP034537.1:6 ( 361)
CP015639.1:4 ( 361)
CTTCCTCCGGTTTGTCACCGGCAGTCTCCTTAGAGTGCCCACCATTATGTGCTGGTAACT
AJ581999.1 ( 361)
KY228957.1 ( 352)
CP025263.1:8 ( 361)
.+....+++....+.+...+....+...+.+++..+...+..............+.+++.
KX394777.1 ( 421)
CACTTTAAGTTGGGAGGAAGGGCAGTTGCCTAATACGTAACTGTTTTGACGTTACCGACA
CP025494.1:4 ( 421)
CP020369.1:5 ( 421)
AAGGACAAGGGTTGCGCTCGTTACGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACG
KT695816.1:5 ( 421)
CP023272.1:1 ( 421)
CP031450.1:7 ( 421)
CP034537.1:6 ( 421)
CP015639.1:4 ( 421)
AJ581999.1 ( 421)
KY228957.1 ( 412)
CP025263.1:8 ( 421)
CACTTTAAGTTGGGAGGAAGGGCAGTTACCTAATACGTGATTGTTTTGACGTTACCGACA
..+......+.+......+++.......+......+.....+...+.......+......
KX394777.1 ( 481)
GAATAAGCACCGGCTAACTCTGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACAGAGGGTGCAA------
CP025494.1:4 ( 481)
CP020369.1:5 ( 481)
ACAGCCATGCAGCACCTGTCTCAATGTTCCCGAAGGCACCAATCCATCTCTGGAAAGTTC
KT695816.1:5 ( 481)
CP023272.1:1 ( 481)
CP031450.1:7 ( 481)
CP034537.1:6 ( 481)
ACAGCCATGCAGCACCTGTCTCAATGTTCCCGAAGGCACCAATCTATCTCTAGAAAGTTC
CP015639.1:4 ( 481)
AJ581999.1 ( 481)
KY228957.1 ( 472)
CP025263.1:8 ( 481)
..............................+++++..+..++++++.....+.+....+.
KX394777.1 ( 535) ------------------------------
GCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCG
CP025494.1:4 ( 535) ------------------------------
CP020369.1:5 ( 541)
ATTGGATGTCAAGGCCTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCA
KT695816.1:5 ( 535) ------------------------------
CP023272.1:1 ( 535) ------------------------------
CP031450.1:7 ( 535) ------------------------------
CP034537.1:6 ( 541)
CP015639.1:4 ( 541)
AJ581999.1 ( 535) ------------------------------
KY228957.1 ( 526) ------------------------------
CP025263.1:8 ( 535) ------------------------------
+...+.+...+................+...+..........+....+.+....+..++.
KX394777.1 ( 565)
CGCGTAGGTGGTTTGTTAAGTTGGATGTGAAATCCCCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCAT
CP025494.1:4 ( 565) CGCGTAGGTGGTTTGTTAAGTTGGATGTGAAAT-
CCCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCAT
CP020369.1:5 ( 601)
CCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCATTTGAGTTTTAACCTTGCGGCCGTACTCCCCAG
KT695816.1:5 ( 565) CGCGTAGGTGGTTTGTTAAGTTGGATGTGAAAT-
CP034537.1:6 ( 601)
CP015639.1:4 ( 601)
AJ581999.1 ( 565) CGCGTAGGTGGTTTGTTAAGTTGGATGTGAAAT-
KY228957.1 ( 556) CGCGTAGGTGGTTTGTTAAGTTGGATGTGAAAT-
.+....................++....+..........+...+.+.....+....+...
KX394777.1 ( 625)
TCAAAACTGACTGACTAGAGTATGGTAGAGGGTGGTGGAATTTCCTGTGTAGCGGTGAAA
CP025494.1:4 ( 624)
CP020369.1:5 ( 661)
GCGGTCAACTTAATGCGTTAGCTGCGCCACTAAAAGCTCAAGGCTTCCAACGGCTAGTTG
KT695816.1:5 ( 624)
CP023272.1:1 ( 624)
CP031450.1:7 ( 624)
CP034537.1:6 ( 661)
CP015639.1:4 ( 661)
AJ581999.1 ( 624)
KY228957.1 ( 615)
CP025263.1:8 ( 624)
........++..+...+++..+++++.+...................+..+..++..+.+
KX394777.1 ( 685)
TGCGTAGATATAGGAAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACCACCTGGACTGATACTGACAC
CP025494.1:4 ( 684)
CP020369.1:5 ( 721)
ACATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGC
KT695816.1:5 ( 684)
CP023272.1:1 ( 684)
TGCGTAGATATAGGAAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACCACCTGGACTAATACTGACAC
CP031450.1:7 ( 684)
CP034537.1:6 ( 721)
CP015639.1:4 ( 721)
AJ581999.1 ( 684)
KY228957.1 ( 675)
CP025263.1:8 ( 684)
......+.+..++..+..+...................+.+++++..+++...+..++..
KX394777.1 ( 745)
TGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAA
CP025494.1:4 ( 744)
CP020369.1:5 ( 781)
ACCTCAGTGTCAGTATTAGTCCAGGTGGTCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTTCCTATATC
KT695816.1:5 ( 744)
CP023272.1:1 ( 744)
CP031450.1:7 ( 744)
CP034537.1:6 ( 781)
CP015639.1:4 ( 781)
AJ581999.1 ( 744)
KY228957.1 ( 735)
CP025263.1:8 ( 744)
.........+....+.....+.+...+..........+....++................
KX394777.1 ( 805)
CGATGTCAACTAGCCGTTGGAAGCCTTGAGCTTTTAGTGGCGCAGCTAACGCATTAAGTT
CP025494.1:4 ( 804)
CP020369.1:5 ( 841)
TACGCATTTCACCGCTACACAGGAAATTCCACCACCCTCTACCATACTCTAGTCAGTCAG
KT695816.1:5 ( 804)
CP023272.1:1 ( 804)
CP031450.1:7 ( 804)
CGATGTCAACTAGCCGTTGGGAGCCTTGAGCTCTTAGTGGCGCAGCTAACGCATTAAGTT
CP034537.1:6 ( 841)
CP015639.1:4 ( 841)
AJ581999.1 ( 804)
KY228957.1 ( 795)
CP025263.1:8 ( 804)
....+..++..+....+.+....+........+.+..+................++.+..
KX394777.1 ( 865)
GACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCAC
CP025494.1:4 ( 864)
CP020369.1:5 ( 901)
TTTTGAATGCAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCCAACTTAACAAACCACCT
KT695816.1:5 ( 864)
CP023272.1:1 ( 864)
CP031450.1:7 ( 864)
CP034537.1:6 ( 901)
CP015639.1:4 ( 901)
AJ581999.1 ( 864)
KY228957.1 ( 855)
CP025263.1:8 ( 864)
+.+++...............++++++..+..+++++....+.+++....+...+......
KX394777.1 ( 925)
AAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACACGAAGAACCTTACCAGGCCTTGACA
CP025494.1:4 ( 924)
AAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGCCTTGACA
CP020369.1:5 ( 961) ACGCGCGCTTTACGCCCAG-
TAATTCCGATTAACGCTTGCACCCTCTGTATTACCGCGGC
KT695816.1:5 ( 924)
CP023272.1:1 ( 924)
CP031450.1:7 ( 924)
AJ581999.1 ( 924)
KY228957.1 ( 915)
CP025263.1:8 ( 924)
+.+....+.......++.....+.++..+...+..+..+......+.........+....
KX394777.1 ( 985)
TCCAATGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACATTGAGACAGGTGCTGCAT
CP025494.1:4 ( 984)
CP020369.1:5 ( 1020)
TGCTGGCACAGAGTTAGCCGGTGCTTATTCTGTCGGTAACGTCAAAACAGTTACGTATTA
KT695816.1:5 ( 984)
TCCAATGAACTTTCTAGAGATAGATTGGTGCCTTCGGGAACATTGAGACAGGTGCTGCAT
CP023272.1:1 ( 984)
CP031450.1:7 ( 984)
CP034537.1:6 ( 1020)
TGCTGGCACAGAGTTAGCCGGTGCTTATTCTGTCGGTAACGTCAAAACAATTACGTATTA
CP015639.1:4 ( 1020)
AJ581999.1 ( 984)
KY228957.1 ( 975)
CP025263.1:8 ( 984)
+++....+.+....+..........+.++....+..+.+++....++...+...++.+..
KX394777.1 ( 1045)
GGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGTAACGAGCGCAACCCTT
CP025494.1:4 ( 1044)
CP020369.1:5 ( 1080)
GGCAACTGCCCTTCCTCCCAACTTAAAGTGCTTTACAATCCGAAGACCTTCTTCACACAC
KT695816.1:5 ( 1044)
CP023272.1:1 ( 1044)
CP031450.1:7 ( 1044)
CP034537.1:6 ( 1080)
GGTAACTGCCCTTCCTCCCAACTTAAAGTGCTTTACAATCCGAAGACCTTCTTCACACAC
CP015639.1:4 ( 1080)
AJ581999.1 ( 1044)
KY228957.1 ( 1035)
CP025263.1:8 ( 1044)
+......+.....+.++.+...+.+.......++.++.....+...+.+...+...+++.
KX394777.1 ( 1105)
GTCCTTAGTTACCAGCACGTTATGGTGGGCACTCTAAGGAGACTGCCGGTGACAAACCGG
CP025494.1:4 ( 1104)
CP020369.1:5 ( 1140)
GCGGCATGGCTGGATCAGGCTTTCGCCCATTGTCCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGT
KT695816.1:5 ( 1104)
GTCCTTAGTTACCAGCACGTAATGGTGGGCACTCTAAGGAGACTGCCGGTGACAAACCGG
CP023272.1:1 ( 1104)
CP031450.1:7 ( 1104)
CP034537.1:6 ( 1140)
CP015639.1:4 ( 1140)
AJ581999.1 ( 1104)
KY228957.1 ( 1095)
CP025263.1:8 ( 1104)
++++...+++........+++..++......+.+....+..+++.....++.........
KX394777.1 ( 1165)
AGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGGCCTGGGCTACACACGTGCT
CP025494.1:4 ( 1164)
CP020369.1:5 ( 1200)
AGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGG
KT695816.1:5 ( 1164)
CP023272.1:1 ( 1164)
CP031450.1:7 ( 1164)
CP034537.1:6 ( 1200)
CP015639.1:4 ( 1200)
AJ581999.1 ( 1164)
KY228957.1 ( 1155)
CP025263.1:8 ( 1164)
+...+.+.+...........++.++...++.....+...+.+..+.+.......+.+...
KX394777.1 ( 1225)
ACAATGGTCGGTACAAAGGGTTGCCAAGCCGCGAGGTGGAGCTAATCCCATAAAACCGAT
CP025494.1:4 ( 1224)
CP020369.1:5 ( 1260)
ATCGTCGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATCCGACCTAGGCTCATCTGA
KT695816.1:5 ( 1224)
CP023272.1:1 ( 1224)
ACAATGGTCGGTACAGAGGGTTGCCAAGCCGCGAGGTGGAGCTAATCCCATAAAACCGAT
CP031450.1:7 ( 1224)
CP034537.1:6 ( 1260)
ATCGTCGCCTTGGTGAGCCATTACCCCACCAACTAGCTAATCCGACCTAGGCTCATCTGA
CP015639.1:4 ( 1260)
AJ581999.1 ( 1224)
KY228957.1 ( 1215)
CP025263.1:8 ( 1224)
....+...++..++.++....+.......++.+...+.+.++.+..++.++.++....+.
KX394777.1 ( 1285)
CGTAGTCCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCG
CP025494.1:4 ( 1284)
CP020369.1:5 ( 1320)
TAGCGCAAGGCCCGAAGGTCCCCTGCTTTCTCCCGTAGGACGTATGCGGTATTAGCGTCC
KT695816.1:5 ( 1284)
CP023272.1:1 ( 1284)
CP031450.1:7 ( 1284)
CP034537.1:6 ( 1320)
CP015639.1:4 ( 1320)
AJ581999.1 ( 1284)
KY228957.1 ( 1275)
CP025263.1:8 ( 1284)
..+....+.......................+..+..++..++...+.+..+...++...
KX394777.1 ( 1345)
AATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATG
CP025494.1:4 ( 1344)
CP020369.1:5 ( 1380)
GTTTCCGGACGTTATCCCCCACTACCAGGCAGATTCCTAGGCATTACTCACCCGTCCGCC
KT695816.1:5 ( 1344)
CP023272.1:1 ( 1344)
CP031450.1:7 ( 1344)
CP034537.1:6 ( 1380)
GTTTCCGAACGTTATCCCCCACTACCAGGCAGATTCCTAGGCATTACTCACCCGTCCGCC
CP015639.1:4 ( 1380)
AJ581999.1 ( 1344)
KY228957.1 ( 1335)
CP025263.1:8 ( 1344)
+...+.....+.+.++....+..++...+....+..+..+.....+.+...+..+..+..
KX394777.1 ( 1405)
GGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGAGGACGGTTACCACGGTGTG
CP025494.1:4 ( 1404)
CP020369.1:5 ( 1440)
GCTCTCAAGAGAAGCAAGCTTCTCTCTACCGCTCGACTTGCATGTGTTAGGCCTGCCGCC
KT695816.1:5 ( 1404)
CP023272.1:1 ( 1404)
CP031450.1:7 ( 1404)
CP034537.1:6 ( 1440)
CP015639.1:4 ( 1440)
AJ581999.1 ( 1404)
KY228957.1 ( 1395)
CP025263.1:8 ( 1404)
+....+.+.+..+....+.....++...................................
KX394777.1 ( 1465)
ATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCAC
CP025494.1:4 ( 1464)
CP020369.1:5 ( 1500) AGCGTTCAATCTGAGCCATGATCAAACTCT-----------------------
-------
KT695816.1:5 ( 1464)
CP023272.1:1 ( 1464)
CP031450.1:7 ( 1464)
-------
-------
AJ581999.1 ( 1464)
KY228957.1 ( 1455)
ATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGA----
CP025263.1:8 ( 1464)
......
KX394777.1 ( 1525) CTCCTT
CP025494.1:4 ( 1524) CTCCTT
CP020369.1:5 ( 1530) ------
KT695816.1:5 ( 1524) CTCCTT
CP023272.1:1 ( 1524) CTCCTT
CP031450.1:7 ( 1524) CTCCTT
CP034537.1:6 ( 1530) ------
CP015639.1:4 ( 1530) ------
AJ581999.1 ( 1524) CTCCTT
KY228957.1 ( 1511) ------
CP025263.1:8 ( 1524) CTCCTT
Graphical Phylogenetic Tree
Put mouse
over
a tree type
below.
Cluster
Algorith
m:
Slanted
Phylogra
m
Topologic
al
Algorith
m:
Slanted
Phylogra
m
PHYLOGENETIC TREE
CLUSTER ALGORITHM
0.999999
______________________________________________________________ KX394777.1
|_____________________________________________________________ CP025494.1:4
|_____________________________________________________________ CP020369.1:5
|_____________________________________________________________ KT695816.1:5
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|_____________________________________________________________ AJ581999.1
|_____________________________________________________________ KY228957.1
|_____________________________________________________________ CP025263.1:8
TOPOLOGICAL ALGORITHM
_____________________________________________________________ CP025263.1:8
| |________________________________________ KY228957.1
| |________________________________________ AJ581999.1
| |________________________________________ CP015639.1:4
| |________________________________________ CP034537.1:6
| |________________________________________ CP031450.1:7
| |________________________________________ CP023272.1:1
| |________________________________________ KT695816.1:5
| |________________________________________ CP020369.1:5
| |________________________________________ CP025494.1:4
|____________________ KX394777.1
DISTANCE MATRIX
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
11
1 KX394777.1 0.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
1.000
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1.000
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1.000
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1.000
5 CP023272.1:1 1.000 1.000 1.000 1.000 0.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
1.000
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1.000
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1.000
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1.000
9 AJ581999.1 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 0.000 1.000
1.000
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1.000
11 CP025263.1:8 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
0.000
DRAFT SOURCE ALIGNMENT

Power 285.58
Homology percent
56.2%

+..+..........++......+...+....+.........+.++...+.++...+...+
KX394777.1 ( 1)
CP025494.1:4 ( 1)
CP020369.1:5 ( 1)
KT695816.1:5 ( 1)
CP023272.1:1 ( 1)
CP031450.1:7 ( 1)
CP034537.1:6 ( 1)
CP015639.1:4 ( 1)
AJ581999.1 ( 1)
KY228957.1 ( 1) ---------
CP025263.1:8 ( 1)
...+...+.+...+.+...+..+..........+...+..+...++.+.+....+.+.+.
KX394777.1 ( 61)
CP025494.1:4 ( 61)
CP020369.1:5 ( 61)
KT695816.1:5 ( 61)
CP023272.1:1 ( 61)
CP031450.1:7 ( 61)
CP034537.1:6 ( 61)
CP015639.1:4 ( 61)
AJ581999.1 ( 61)
KY228957.1 ( 52)
CP025263.1:8 ( 61)
..++...+..+.+.++........+...++.....+....+.++.++.+..+........
KX394777.1 ( 121)
CP025494.1:4 ( 121)
CP020369.1:5 ( 121)
KT695816.1:5 ( 121)
CP023272.1:1 ( 121)
CP031450.1:7 ( 121)
CP034537.1:6 ( 121)
CP015639.1:4 ( 121)
AJ581999.1 ( 121)
KY228957.1 ( 112)
CP025263.1:8 ( 121)
...+...+.+.....+.+.+..+....++....+..+.......+..+..+..+.+....
KX394777.1 ( 181)
CP025494.1:4 ( 181)
CP020369.1:5 ( 181)
KT695816.1:5 ( 181)
CP023272.1:1 ( 181)
CP031450.1:7 ( 181)
CP034537.1:6 ( 181)
CP015639.1:4 ( 181)
AJ581999.1 ( 181)
KY228957.1 ( 172)
CP025263.1:8 ( 181)
..+..+.+......+.....+...+.....++........+...+........+......
KX394777.1 ( 241)
CP025494.1:4 ( 241)
CP020369.1:5 ( 241)
KT695816.1:5 ( 241)
CP023272.1:1 ( 241)
CP031450.1:7 ( 241)
CP034537.1:6 ( 241)
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AJ581999.1 ( 241)
KY228957.1 ( 232)
CP025263.1:8 ( 241)
++.++.+.+.........+.++++.+....+.++.....+..+.+.+.....++......
KX394777.1 ( 301)
CP025494.1:4 ( 301)
CP020369.1:5 ( 301)
KT695816.1:5 ( 301)
CP023272.1:1 ( 301)
CP031450.1:7 ( 301)
CP034537.1:6 ( 301)
CP015639.1:4 ( 301)
AJ581999.1 ( 301)
KY228957.1 ( 292)
CP025263.1:8 ( 301)
.+...............++.++..+..+....+.+++...+...+.....+.+.++++..
KX394777.1 ( 361)
CP025494.1:4 ( 361)
CP020369.1:5 ( 361)
KT695816.1:5 ( 361)
CP023272.1:1 ( 361)
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CP034537.1:6 ( 361)
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AJ581999.1 ( 361)
KY228957.1 ( 352)
CP025263.1:8 ( 361)
.+....+++....+.+...+....+...+.+++..+...+..............+.+++.
KX394777.1 ( 421)
CP025494.1:4 ( 421)
CP020369.1:5 ( 421)
KT695816.1:5 ( 421)
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CP015639.1:4 ( 421)
AJ581999.1 ( 421)
KY228957.1 ( 412)
CP025263.1:8 ( 421)
..+......+.+......+++.......+......+.....+...+.......+......
KX394777.1 ( 481)
CP025494.1:4 ( 481)
CP020369.1:5 ( 481)
KT695816.1:5 ( 481)
CP023272.1:1 ( 481)
CP031450.1:7 ( 481)
CP034537.1:6 ( 481)
CP015639.1:4 ( 481)
AJ581999.1 ( 481)
KY228957.1 ( 472)
CP025263.1:8 ( 481)
..............................+++++..+..++++++.....+.+....+.
KX394777.1 ( 535) ------------------------------
CP025494.1:4 ( 535) ------------------------------
CP020369.1:5 ( 541)
KT695816.1:5 ( 535) ------------------------------
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CP031450.1:7 ( 535) ------------------------------
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CP015639.1:4 ( 541)
AJ581999.1 ( 535) ------------------------------
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CP025263.1:8 ( 535) ------------------------------
+...+.+...+................+...+..........+....+.+....+..++.
KX394777.1 ( 565)
CP020369.1:5 ( 601)
CP034537.1:6 ( 601)
CP015639.1:4 ( 601)
KY228957.1 ( 556) CGCGTAGGTGGTTTGTTAAGTTGGATGTGAAATCC-
CCGGGCTCAACCTGGGAACTGCAT
.+....................++....+..........+...+.+.....+....+...
KX394777.1 ( 625)
CP025494.1:4 ( 624)
CP020369.1:5 ( 661)
KT695816.1:5 ( 624)
CP023272.1:1 ( 624)
CP031450.1:7 ( 624)
CP034537.1:6 ( 661)
CP015639.1:4 ( 661)
AJ581999.1 ( 624)
KY228957.1 ( 615)
CP025263.1:8 ( 624)
........++..+...+++..+++++.+...................+..+..++..+.+
KX394777.1 ( 685)
CP025494.1:4 ( 684)
CP020369.1:5 ( 721)
KT695816.1:5 ( 684)
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AJ581999.1 ( 684)
KY228957.1 ( 675)
CP025263.1:8 ( 684)
......+.+..++..+..+...................+.+++++..+++...+..++..
KX394777.1 ( 745)
CP025494.1:4 ( 744)
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KY228957.1 ( 735)
CP025263.1:8 ( 744)
.........+....+.....+.+...+..........+....++................
KX394777.1 ( 805)
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....+..++..+....+.+....+........+.+..+................++.+..
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+.+++...............++++++..+..+++++....+.+++....+...+......
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+.+....+.......++.....+.++..+...+..+..+......+.........+....
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KY228957.1 ( 975)
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+++....+.+....+..........+.++....+..+.+++....++...+...++.+..
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CP025263.1:8 ( 1044)
+......+.....+.++.+...+.+.......++.++.....+...+.+...+...+++.
KX394777.1 ( 1105)
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AJ581999.1 ( 1104)
KY228957.1 ( 1095)
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++++...+++........+++..++......+.+....+..+++.....++.........
KX394777.1 ( 1165)
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AJ581999.1 ( 1164)
KY228957.1 ( 1155)
CP025263.1:8 ( 1164)
+...+.+.+...........++.++...++.....+...+.+..+.+.......+.+...
KX394777.1 ( 1225)
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CP025263.1:8 ( 1224)
....+...++..++.++....+.......++.+...+.+.++.+..++.++.++....+.
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..+....+.......................+..+..++..++...+.+..+...++...
KX394777.1 ( 1345)
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AJ581999.1 ( 1344)
KY228957.1 ( 1335)
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+...+.....+.+.++....+..++...+....+..+..+.....+.+...+..+..+..
KX394777.1 ( 1405)
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+....+.+.+..+....+.....++...................................
KX394777.1 ( 1465)
CP025494.1:4 ( 1464)
-------
KT695816.1:5 ( 1464)
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-------
-------
AJ581999.1 ( 1464)
KY228957.1 ( 1455)
CP025263.1:8 ( 1464)
......
KX394777.1 ( 1525) CTCCTT
CP025494.1:4 ( 1524) CTCCTT
CP020369.1:5 ( 1530) ------
KT695816.1:5 ( 1524) CTCCTT
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CP034537.1:6 ( 1530) ------
CP015639.1:4 ( 1530) ------
AJ581999.1 ( 1524) CTCCTT
KY228957.1 ( 1511) ------
CP025263.1:8 ( 1524) CTCCTT
10 BEST LOCAL ALIGNMENTS

(SUPERMOTIFS)

LOCAL SUPERMOTIF number 1,

power 145.16
+++++++++++.++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 1)
KT695816.1:5 ( 1)
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KY228957.1 ( 1) ---------
CP025263.1:8 ( 1)
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 61)
KT695816.1:5 ( 61)
CP023272.1:1 ( 61)
CP031450.1:7 ( 61)
AJ581999.1 ( 61)
KY228957.1 ( 52)
CP025263.1:8 ( 61)
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 121)
KT695816.1:5 ( 121)
CP023272.1:1 ( 121)
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AJ581999.1 ( 121)
KY228957.1 ( 112)
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++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 181)
KT695816.1:5 ( 181)
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AJ581999.1 ( 181)
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++++.+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 241)
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CP025263.1:8 ( 241)
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 301)
KT695816.1:5 ( 301)
CP023272.1:1 ( 301)
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AJ581999.1 ( 301)
KY228957.1 ( 292)
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++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 361)
KT695816.1:5 ( 361)
CP023272.1:1 ( 361)
CP031450.1:7 ( 361)
AJ581999.1 ( 361)
KY228957.1 ( 352)
CP025263.1:8 ( 361)
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 421)
KT695816.1:5 ( 421)
CP023272.1:1 ( 421)
CP031450.1:7 ( 421)
AJ581999.1 ( 421)
KY228957.1 ( 412)
CP025263.1:8 ( 421)
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 481)
GAATAAGCACCGGCTAACTCTGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACAGAGGGTGCAAGCGTTA
KT695816.1:5 ( 481)
CP023272.1:1 ( 481)
CP031450.1:7 ( 481)
AJ581999.1 ( 481)
KY228957.1 ( 472)
CP025263.1:8 ( 481)
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 541)
ATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGTGGTTTGTTAAGTTGGATGTGAAATCCC
KT695816.1:5 ( 541)
CP023272.1:1 ( 541)
CP031450.1:7 ( 541)
AJ581999.1 ( 541)
KY228957.1 ( 532)
CP025263.1:8 ( 541)
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 601)
CGGGCTCAACCTGGGAACTGCATTCAAAACTGACTGACTAGAGTATGGTAGAGGGTGGTG
KT695816.1:5 ( 601)
CP023272.1:1 ( 601)
CP031450.1:7 ( 601)
AJ581999.1 ( 601)
KY228957.1 ( 592)
CP025263.1:8 ( 601)
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 661)
GAATTTCCTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAGGAAGGAACACCAGTGGCGAAGGCG
KT695816.1:5 ( 661)
CP023272.1:1 ( 661)
CP031450.1:7 ( 661)
AJ581999.1 ( 661)
KY228957.1 ( 652)
CP025263.1:8 ( 661)
++++++++++++.+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 721)
ACCACCTGGACTGATACTGACACTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGAT
KT695816.1:5 ( 721)
CP023272.1:1 ( 721)
ACCACCTGGACTAATACTGACACTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGAT
CP031450.1:7 ( 721)
AJ581999.1 ( 721)
KY228957.1 ( 712)
CP025263.1:8 ( 721)
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 781)
ACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCAACTAGCCGTTGGAAGCCTTGAGCTTTTAG
KT695816.1:5 ( 781)
CP023272.1:1 ( 781)
CP031450.1:7 ( 781)
ACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCAACTAGCCGTTGGGAGCCTTGAGCTCTTAG
AJ581999.1 ( 781)
KY228957.1 ( 772)
CP025263.1:8 ( 781)
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 841)
TGGCGCAGCTAACGCATTAAGTTGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCA
KT695816.1:5 ( 841)
CP023272.1:1 ( 841)
CP031450.1:7 ( 841)
AJ581999.1 ( 841)
KY228957.1 ( 832)
CP025263.1:8 ( 841)
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 901)
AATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCG
KT695816.1:5 ( 901)
CP023272.1:1 ( 901)
CP031450.1:7 ( 901)
AJ581999.1 ( 901)
KY228957.1 ( 892)
CP025263.1:8 ( 901)
+++++++++++++++++++++++++++++++++++++.++++++.+++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 961)
AAGAACCTTACCAGGCCTTGACATCCAATGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGG
KT695816.1:5 ( 961)
AAGAACCTTACCAGGCCTTGACATCCAATGAACTTTCTAGAGATAGATTGGTGCCTTCGG
CP023272.1:1 ( 961)
CP031450.1:7 ( 961)
AJ581999.1 ( 961)
KY228957.1 ( 952)
CP025263.1:8 ( 961)
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 1021)
GAACATTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAA
KT695816.1:5 ( 1021)
CP023272.1:1 ( 1021)
CP031450.1:7 ( 1021)
AJ581999.1 ( 1021)
KY228957.1 ( 1012)
CP025263.1:8 ( 1021)
+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++.++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 1081)
GTCCCGTAACGAGCGCAACCCTTGTCCTTAGTTACCAGCACGTTATGGTGGGCACTCTAA
KT695816.1:5 ( 1081)
GTCCCGTAACGAGCGCAACCCTTGTCCTTAGTTACCAGCACGTAATGGTGGGCACTCTAA
CP023272.1:1 ( 1081)
CP031450.1:7 ( 1081)
AJ581999.1 ( 1081)
KY228957.1 ( 1072)
CP025263.1:8 ( 1081)
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 1141)
GGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTT
KT695816.1:5 ( 1141)
CP023272.1:1 ( 1141)
CP031450.1:7 ( 1141)
AJ581999.1 ( 1141)
KY228957.1 ( 1132)
CP025263.1:8 ( 1141)
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++.+++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 1201)
ACGGCCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTCGGTACAAAGGGTTGCCAAGCCGCGAGGT
KT695816.1:5 ( 1201)
CP023272.1:1 ( 1201)
ACGGCCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTCGGTACAGAGGGTTGCCAAGCCGCGAGGT
CP031450.1:7 ( 1201)
AJ581999.1 ( 1201)
KY228957.1 ( 1192)
CP025263.1:8 ( 1201)
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 1261)
GGAGCTAATCCCATAAAACCGATCGTAGTCCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGA
KT695816.1:5 ( 1261)
CP023272.1:1 ( 1261)
CP031450.1:7 ( 1261)
AJ581999.1 ( 1261)
KY228957.1 ( 1252)
CP025263.1:8 ( 1261)
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 1321)
AGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTG
KT695816.1:5 ( 1321)
CP023272.1:1 ( 1321)
CP031450.1:7 ( 1321)
AJ581999.1 ( 1321)
KY228957.1 ( 1312)
CP025263.1:8 ( 1321)
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 1381)
TACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTC
KT695816.1:5 ( 1381)
CP023272.1:1 ( 1381)
CP031450.1:7 ( 1381)
AJ581999.1 ( 1381)
KY228957.1 ( 1372)
CP025263.1:8 ( 1381)
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 1441)
GGGAGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGT
KT695816.1:5 ( 1441)
CP023272.1:1 ( 1441)
CP031450.1:7 ( 1441)
AJ581999.1 ( 1441)
KY228957.1 ( 1432)
CP025263.1:8 ( 1441)
+++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 1501) AGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTT
KT695816.1:5 ( 1501) AGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTT
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AC
AA
AGCGCGCGTAGGTGGTTTGTTAAGTTGGATGTGAAATCCCCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCATTCAA
AA
CTGACTGACTAGAGTATGGTAGAGGGTGGTGGAATTTCCTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAGG
AA
GGAACACCAGTGGCGAAGGCGACCACCTGGACTGATACTGACACTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCA
AA
CAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCAACTAGCCGTTGGAAGCCTTGAGCTTT
TA
GTGGCGCAGCTAACGCATTAAGTTGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAAT
TG
ACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACACGAAGAACCTTACCAGGCC
TT
GACATCCAATGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACATTGAGACAGGTGCTGCATGGCT
GT
CGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGTAACGAGCGCAACCCTTGTCCTTAGTTACCA
GC
ACGTTATGGTGGGCACTCTAAGGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGT
CA
TCATGGCCCTTACGGCCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTCGGTACAAAGGGTTGCCAAGCCGCGA
GG
TGGAGCTAATCCCATAAAACCGATCGTAGTCCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGTCGGA
AT
CGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAC
AC
CATGGGAGTGGGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGAGGACGGTTACCACGGTGTGATTC
AT
GACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTT
>CP025494.1:4048718-4050246 Pseudomonas palleroniana strain MAB3

chromosome
GA
AC
TA
GG
GA
AG
AC
AA
AC
AG
AC
AG
GA
TG
ACATCCAATGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACATTGAGACAGGTGCTGCATGGCTG
TC
CA
CGTTATGGTGGGCACTCTAAGGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC
AT
GT
TC
CC
TG
>CP020369.1:549663-551191 Pseudomonas tolaasii strain 2192T genome

CA
GG
TT
CT
CG
CT
GC
AGCACCTGTCTCAATGTTCCCGAAGGCACCAATCCATCTCTGGAAAGTTCATTGGATGTCAAGGCCTG
GT
TT
CA
CC
TC
GC
GT
CT
CC
CT
GA
TCGTCGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATCCGACCTAGGCTCATCTGATAGCGCAAG
GC
CCGAAGGTCCCCTGCTTTCTCCCGTAGGACGTATGCGGTATTAGCGTCCGTTTCCGGACGTTATCCCC
CA
CG
>KT695816.1:5-1533 Pseudomonas poae strain 29G9 16S ribosomal RNA

GA
AC
TA
GG
GA
AG
AC
AA
AC
AG
AC
AG
GA
TG
TC
CA
AT
GT
TC
CC
TG
>CP023272.1:119193-120721 Pseudomonas lurida strain MYb11

GA
AC
TA
GG
GA
AG
AC
AA
AC
AG
AC
AG
GA
TG
TC
CA
AT
GT
TC
CC
TG
>CP031450.1:768130-769658 Pseudomonas fluorescens strain SIK_W1

GA
AC
TA
GG
GA
AG
AC
AA
AC
AG
AC
AGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCAACTAGCCGTTGGGAGCCTTGAGCTCTT
AG
GA
TG
TC
CA
AT
GT
TC
CC
TG
>CP034537.1:656337-657865 Pseudomonas poae strain CAP-2018

CA
GG
TT
CT
CG
CT
GC
GT
TT
CA
CC
TC
GC
GT
CT
GTCGGTAACGTCAAAACAATTACGTATTAGGTAACTGCCCTTCCTCCCAACTTAAAGTGCTTTACAAT
CC
CT
GA
GC
CA
CG
>CP015639.1:413523-415051 Pseudomonas fluorescens strain L228

CA
GG
TT
CT
CG
TCATCCCCACCTTCCTCCGGTTTGTCACCGGCAGTCTCCTTAGAGTGCCCACCATTATGTGCTGGTAA
CT
GC
GT
TT
CA
CC
TC
GC
GT
CT
CC
CT
GA
GC
CA
CG
>AJ581999.1 Pseudomonas lurida partial 16S rRNA gene, type strain

DSM 15835T
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGTAGAGA
GA
AC
TA
GG
GA
AG
AC
AA
AC
AG
AC
AG
GA
TG
TC
CA
AT
GT
TC
CC
TG
>KY228957.1 Pseudomonas sp. strain 10 16S ribosomal RNA gene,

partial sequence
TCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGTAGAGAGAAGCTTGC
TT
CTCTTGAGAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCCTAGGAATCTGCCTGGTAGTGGGGGATAACGTTCGGA
AA
CGGACGCTAATACCGCATACGTCCTACGGGAGAAAGCAGGGGACCTTCGGGCCTTGCGCTATCAGATG
AG
CCTAGGTCGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCCGTAACTGGTCTGAGA
GG
ATGATCAGTCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGG
AC
AATGGGCGAAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGTCTTCGGATTGTAAAGCACTTTA
AG
TTGGGAGGAAGGGCAGTTGCCTAATACGTAACTGTTTTGACGTTACCGACAGAATAAGCACCGGCTAA
CT
CTGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACAGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCGC
GT
AGGTGGTTTGTTAAGTTGGATGTGAAATCCCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCATTCAAAACTGACTGA
CT
AGAGTATGGTAGAGGGTGGTGGAATTTCCTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAGGAAGGAACACC
AG
TGGCGAAGGCGACCACCTGGACTGATACTGACACTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTA
GA
TACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCAACTAGCCGTTGGAAGCCTTGAGCTTTTAGTGGCGCA
GC
TAACGCATTAAGTTGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGC
CC
GCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGCCTTGACATCCA
AT
GAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACATTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCT
CG
TGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGTAACGAGCGCAACCCTTGTCCTTAGTTACCAGCACGTTATG
GT
GGGCACTCTAAGGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCC
CT
TACGGCCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTCGGTACAAAGGGTTGCCAAGCCGCGAGGTGGAGCTA
AT
CCCATAAAACCGATCGTAGTCCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTA
AT
CGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG
TG
GGTTGCACCAGAAGTAGCTAGTCTAACCTTCGGGAGGACGGTTACCACGGTGTGATTCATGACTGGGG
TG
AAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGA
>CP025263.1:810062-811590 Pseudomonas sp. S09G 359 chromosome

GA
AC
TA
GG
GA
AG
CACTTTAAGTTGGGAGGAAGGGCAGTTACCTAATACGTGATTGTTTTGACGTTACCGACAGAATAAGC
AC
AA
AC
AG
AC
AG
GA
TG
TC
CA
AT
GT
TC
CC
TG
REFINED ALIGNMENT
Power 285.61
Homology percent
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+..+..........++......+...+....+.........+.++...+.++...+...+
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...+...+.+...+.+...+..+..........+...+..+...++.+.+....+.+.+.
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...+...+.+.....+.+.+..+....++....+..+.......+..+..+..+.+....
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..+..+.+......+.....+...+.....++........+...+........+......
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.+...............++.++..+..+....+.+++...+...+.....+.+.++++..
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.+....+++....+.+...+....+...+.+++..+...+..............+.+++.
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..+......+.+......+++.......+......+.....+...+.......+......
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..............................+++++..+..++++++.....+.+....+.
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KY228957.1 ( 556) CGCGTAGGTGGTTTGTTAAGTTGGATGTGAAAT-
.+....................++....+..........+...+.+.....+....+...
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KY228957.1 ( 615)
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.........+....+.....+.+...+..........+....++................
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....+..++..+....+.+....+........+.+..+................++.+..
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+.+++...............++++++..+..+++++....+.+++....+...+......
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....+...++..++.++....+.......++.+...+.+.++.+..++.++.++....+.
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..+....+.......................+..+..++..++...+.+..+...++...
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+....+.+.+..+....+.....++...................................
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-------
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-------
-------
AJ581999.1 ( 1464)
KY228957.1 ( 1455)
CP025263.1:8 ( 1464)
......
KX394777.1 ( 1525) CTCCTT
CP025494.1:4 ( 1524) CTCCTT
CP020369.1:5 ( 1530) ------
KT695816.1:5 ( 1524) CTCCTT
CP023272.1:1 ( 1524) CTCCTT
CP031450.1:7 ( 1524) CTCCTT
CP034537.1:6 ( 1530) ------
CP015639.1:4 ( 1530) ------
AJ581999.1 ( 1524) CTCCTT
KY228957.1 ( 1511) ------
CP025263.1:8 ( 1524) CTCCTT
Graphical Phylogenetic Tree

Put mouse
over
a tree type
below.
Cluster
Algorith
m:
Slanted
Phylogra
m
Topologic
al
Algorith
m:
Slanted
Phylogra
m
PHYLOGENETIC TREE
CLUSTER ALGORITHM
0.999999
______________________________________________________________ KX394777.1
|_____________________________________________________________ CP025494.1:4
|_____________________________________________________________ CP020369.1:5
|_____________________________________________________________ KT695816.1:5
|_____________________________________________________________ CP023272.1:1
|_____________________________________________________________ CP031450.1:7
|_____________________________________________________________ CP034537.1:6
|_____________________________________________________________ CP015639.1:4
|_____________________________________________________________ AJ581999.1
|_____________________________________________________________ KY228957.1
|_____________________________________________________________ CP025263.1:8
TOPOLOGICAL ALGORITHM
_____________________________________________________________ CP025263.1:8
| |________________________________________ KY228957.1
| |________________________________________ AJ581999.1
| |________________________________________ CP015639.1:4
| |________________________________________ CP034537.1:6
| |________________________________________ CP031450.1:7
| |________________________________________ CP023272.1:1
| |________________________________________ KT695816.1:5
| |________________________________________ CP020369.1:5
| |________________________________________ CP025494.1:4
|____________________ KX394777.1
DISTANCE MATRIX
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
11
1 KX394777.1 0.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
1.000
2 CP025494.1:4 1.000 0.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
1.000
3 CP020369.1:5 1.000 1.000 0.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
1.000
4 KT695816.1:5 1.000 1.000 1.000 0.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
1.000
5 CP023272.1:1 1.000 1.000 1.000 1.000 0.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
1.000
6 CP031450.1:7 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 0.000 1.000 1.000 1.000 1.000
1.000
7 CP034537.1:6 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 0.000 1.000 1.000 1.000
1.000
8 CP015639.1:4 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 0.000 1.000 1.000
1.000
9 AJ581999.1 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 0.000 1.000
1.000
10 KY228957.1 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 0.000
1.000
11 CP025263.1:8 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000 1.000
0.000
DRAFT SOURCE ALIGNMENT
Power 285.58
Homology percent
56.2%

+..+..........++......+...+....+.........+.++...+.++...+...+
KX394777.1 ( 1)
CP025494.1:4 ( 1)
CP020369.1:5 ( 1)
KT695816.1:5 ( 1)
CP023272.1:1 ( 1)
CP031450.1:7 ( 1)
CP034537.1:6 ( 1)
CP015639.1:4 ( 1)
AJ581999.1 ( 1)
KY228957.1 ( 1) ---------
CP025263.1:8 ( 1)
...+...+.+...+.+...+..+..........+...+..+...++.+.+....+.+.+.
KX394777.1 ( 61)
CP025494.1:4 ( 61)
CP020369.1:5 ( 61)
KT695816.1:5 ( 61)
CP023272.1:1 ( 61)
CP031450.1:7 ( 61)
CP034537.1:6 ( 61)
CP015639.1:4 ( 61)
AJ581999.1 ( 61)
KY228957.1 ( 52)
CP025263.1:8 ( 61)
..++...+..+.+.++........+...++.....+....+.++.++.+..+........
KX394777.1 ( 121)
CP025494.1:4 ( 121)
CP020369.1:5 ( 121)
KT695816.1:5 ( 121)
CP023272.1:1 ( 121)
CP031450.1:7 ( 121)
CP034537.1:6 ( 121)
CP015639.1:4 ( 121)
AJ581999.1 ( 121)
KY228957.1 ( 112)
CP025263.1:8 ( 121)
...+...+.+.....+.+.+..+....++....+..+.......+..+..+..+.+....
KX394777.1 ( 181)
CP025494.1:4 ( 181)
CP020369.1:5 ( 181)
KT695816.1:5 ( 181)
CP023272.1:1 ( 181)
CP031450.1:7 ( 181)
CP034537.1:6 ( 181)
CP015639.1:4 ( 181)
AJ581999.1 ( 181)
KY228957.1 ( 172)
CP025263.1:8 ( 181)
..+..+.+......+.....+...+.....++........+...+........+......
KX394777.1 ( 241)
CP025494.1:4 ( 241)
CP020369.1:5 ( 241)
KT695816.1:5 ( 241)
CP023272.1:1 ( 241)
CP031450.1:7 ( 241)
CP034537.1:6 ( 241)
CP015639.1:4 ( 241)
AJ581999.1 ( 241)
KY228957.1 ( 232)
CP025263.1:8 ( 241)
++.++.+.+.........+.++++.+....+.++.....+..+.+.+.....++......
KX394777.1 ( 301)
CP025494.1:4 ( 301)
CP020369.1:5 ( 301)
KT695816.1:5 ( 301)
CP023272.1:1 ( 301)
CP031450.1:7 ( 301)
CP034537.1:6 ( 301)
CP015639.1:4 ( 301)
AJ581999.1 ( 301)
KY228957.1 ( 292)
CP025263.1:8 ( 301)
.+...............++.++..+..+....+.+++...+...+.....+.+.++++..
KX394777.1 ( 361)
CP025494.1:4 ( 361)
CP020369.1:5 ( 361)
KT695816.1:5 ( 361)
CP023272.1:1 ( 361)
CP031450.1:7 ( 361)
CP034537.1:6 ( 361)
CP015639.1:4 ( 361)
AJ581999.1 ( 361)
KY228957.1 ( 352)
CP025263.1:8 ( 361)
.+....+++....+.+...+....+...+.+++..+...+..............+.+++.
KX394777.1 ( 421)
CP025494.1:4 ( 421)
CP020369.1:5 ( 421)
KT695816.1:5 ( 421)
CP023272.1:1 ( 421)
CP031450.1:7 ( 421)
CP034537.1:6 ( 421)
CP015639.1:4 ( 421)
AJ581999.1 ( 421)
KY228957.1 ( 412)
CP025263.1:8 ( 421)
..+......+.+......+++.......+......+.....+...+.......+......
KX394777.1 ( 481)
CP025494.1:4 ( 481)
CP020369.1:5 ( 481)
KT695816.1:5 ( 481)
CP023272.1:1 ( 481)
CP031450.1:7 ( 481)
CP034537.1:6 ( 481)
CP015639.1:4 ( 481)
AJ581999.1 ( 481)
KY228957.1 ( 472)
CP025263.1:8 ( 481)
..............................+++++..+..++++++.....+.+....+.
KX394777.1 ( 535) ------------------------------
CP025494.1:4 ( 535) ------------------------------
CP020369.1:5 ( 541)
KT695816.1:5 ( 535) ------------------------------
CP023272.1:1 ( 535) ------------------------------
CP031450.1:7 ( 535) ------------------------------
CP034537.1:6 ( 541)
CP015639.1:4 ( 541)
AJ581999.1 ( 535) ------------------------------
KY228957.1 ( 526) ------------------------------
CP025263.1:8 ( 535) ------------------------------
+...+.+...+................+...+..........+....+.+....+..++.
KX394777.1 ( 565)
CP020369.1:5 ( 601)
CP034537.1:6 ( 601)
CP015639.1:4 ( 601)
KY228957.1 ( 556) CGCGTAGGTGGTTTGTTAAGTTGGATGTGAAATCC-
CCGGGCTCAACCTGGGAACTGCAT
.+....................++....+..........+...+.+.....+....+...
KX394777.1 ( 625)
CP025494.1:4 ( 624)
CP020369.1:5 ( 661)
KT695816.1:5 ( 624)
CP023272.1:1 ( 624)
CP031450.1:7 ( 624)
CP034537.1:6 ( 661)
CP015639.1:4 ( 661)
AJ581999.1 ( 624)
KY228957.1 ( 615)
CP025263.1:8 ( 624)
........++..+...+++..+++++.+...................+..+..++..+.+
KX394777.1 ( 685)
CP025494.1:4 ( 684)
CP020369.1:5 ( 721)
KT695816.1:5 ( 684)
CP023272.1:1 ( 684)
CP031450.1:7 ( 684)
CP034537.1:6 ( 721)
CP015639.1:4 ( 721)
AJ581999.1 ( 684)
KY228957.1 ( 675)
CP025263.1:8 ( 684)
......+.+..++..+..+...................+.+++++..+++...+..++..
KX394777.1 ( 745)
CP025494.1:4 ( 744)
CP020369.1:5 ( 781)
KT695816.1:5 ( 744)
CP023272.1:1 ( 744)
CP031450.1:7 ( 744)
CP034537.1:6 ( 781)
CP015639.1:4 ( 781)
AJ581999.1 ( 744)
KY228957.1 ( 735)
CP025263.1:8 ( 744)
.........+....+.....+.+...+..........+....++................
KX394777.1 ( 805)
CP025494.1:4 ( 804)
CP020369.1:5 ( 841)
KT695816.1:5 ( 804)
CP023272.1:1 ( 804)
CP031450.1:7 ( 804)
CP034537.1:6 ( 841)
CP015639.1:4 ( 841)
AJ581999.1 ( 804)
KY228957.1 ( 795)
CP025263.1:8 ( 804)
....+..++..+....+.+....+........+.+..+................++.+..
KX394777.1 ( 865)
CP025494.1:4 ( 864)
CP020369.1:5 ( 901)
KT695816.1:5 ( 864)
CP023272.1:1 ( 864)
CP031450.1:7 ( 864)
CP034537.1:6 ( 901)
CP015639.1:4 ( 901)
AJ581999.1 ( 864)
KY228957.1 ( 855)
CP025263.1:8 ( 864)
+.+++...............++++++..+..+++++....+.+++....+...+......
KX394777.1 ( 925)
CP025494.1:4 ( 924)
KT695816.1:5 ( 924)
CP023272.1:1 ( 924)
CP031450.1:7 ( 924)
AJ581999.1 ( 924)
KY228957.1 ( 915)
CP025263.1:8 ( 924)
+.+....+.......++.....+.++..+...+..+..+......+.........+....
KX394777.1 ( 985)
CP025494.1:4 ( 984)
CP020369.1:5 ( 1020)
KT695816.1:5 ( 984)
CP023272.1:1 ( 984)
CP031450.1:7 ( 984)
CP034537.1:6 ( 1020)
CP015639.1:4 ( 1020)
AJ581999.1 ( 984)
KY228957.1 ( 975)
CP025263.1:8 ( 984)
+++....+.+....+..........+.++....+..+.+++....++...+...++.+..
KX394777.1 ( 1045)
CP025494.1:4 ( 1044)
CP020369.1:5 ( 1080)
KT695816.1:5 ( 1044)
CP023272.1:1 ( 1044)
CP031450.1:7 ( 1044)
CP034537.1:6 ( 1080)
CP015639.1:4 ( 1080)
AJ581999.1 ( 1044)
KY228957.1 ( 1035)
CP025263.1:8 ( 1044)
+......+.....+.++.+...+.+.......++.++.....+...+.+...+...+++.
KX394777.1 ( 1105)
CP025494.1:4 ( 1104)
CP020369.1:5 ( 1140)
KT695816.1:5 ( 1104)
CP023272.1:1 ( 1104)
CP031450.1:7 ( 1104)
CP034537.1:6 ( 1140)
CP015639.1:4 ( 1140)
AJ581999.1 ( 1104)
KY228957.1 ( 1095)
CP025263.1:8 ( 1104)
++++...+++........+++..++......+.+....+..+++.....++.........
KX394777.1 ( 1165)
CP025494.1:4 ( 1164)
CP020369.1:5 ( 1200)
KT695816.1:5 ( 1164)
CP023272.1:1 ( 1164)
CP031450.1:7 ( 1164)
CP034537.1:6 ( 1200)
CP015639.1:4 ( 1200)
AJ581999.1 ( 1164)
KY228957.1 ( 1155)
CP025263.1:8 ( 1164)
+...+.+.+...........++.++...++.....+...+.+..+.+.......+.+...
KX394777.1 ( 1225)
CP025494.1:4 ( 1224)
CP020369.1:5 ( 1260)
KT695816.1:5 ( 1224)
CP023272.1:1 ( 1224)
CP031450.1:7 ( 1224)
CP034537.1:6 ( 1260)
CP015639.1:4 ( 1260)
AJ581999.1 ( 1224)
KY228957.1 ( 1215)
CP025263.1:8 ( 1224)
....+...++..++.++....+.......++.+...+.+.++.+..++.++.++....+.
KX394777.1 ( 1285)
CP025494.1:4 ( 1284)
CP020369.1:5 ( 1320)
KT695816.1:5 ( 1284)
CP023272.1:1 ( 1284)
CP031450.1:7 ( 1284)
CP034537.1:6 ( 1320)
CP015639.1:4 ( 1320)
AJ581999.1 ( 1284)
KY228957.1 ( 1275)
CP025263.1:8 ( 1284)
..+....+.......................+..+..++..++...+.+..+...++...
KX394777.1 ( 1345)
CP025494.1:4 ( 1344)
CP020369.1:5 ( 1380)
KT695816.1:5 ( 1344)
CP023272.1:1 ( 1344)
CP031450.1:7 ( 1344)
CP034537.1:6 ( 1380)
CP015639.1:4 ( 1380)
AJ581999.1 ( 1344)
KY228957.1 ( 1335)
CP025263.1:8 ( 1344)
+...+.....+.+.++....+..++...+....+..+..+.....+.+...+..+..+..
KX394777.1 ( 1405)
CP025494.1:4 ( 1404)
CP020369.1:5 ( 1440)
KT695816.1:5 ( 1404)
CP023272.1:1 ( 1404)
CP031450.1:7 ( 1404)
CP034537.1:6 ( 1440)
CP015639.1:4 ( 1440)
AJ581999.1 ( 1404)
KY228957.1 ( 1395)
CP025263.1:8 ( 1404)
+....+.+.+..+....+.....++...................................
KX394777.1 ( 1465)
CP025494.1:4 ( 1464)
-------
KT695816.1:5 ( 1464)
CP023272.1:1 ( 1464)
CP031450.1:7 ( 1464)
-------
-------
AJ581999.1 ( 1464)
KY228957.1 ( 1455)
CP025263.1:8 ( 1464)
......
KX394777.1 ( 1525) CTCCTT
CP025494.1:4 ( 1524) CTCCTT
CP020369.1:5 ( 1530) ------
KT695816.1:5 ( 1524) CTCCTT
CP023272.1:1 ( 1524) CTCCTT
CP031450.1:7 ( 1524) CTCCTT
CP034537.1:6 ( 1530) ------
CP015639.1:4 ( 1530) ------
AJ581999.1 ( 1524) CTCCTT
KY228957.1 ( 1511) ------
CP025263.1:8 ( 1524) CTCCTT
10 BEST LOCAL ALIGNMENTS

(SUPERMOTIFS)

power 145.16
+++++++++++.++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 1)
KT695816.1:5 ( 1)
CP023272.1:1 ( 1)
CP031450.1:7 ( 1)
AJ581999.1 ( 1)
KY228957.1 ( 1) ---------
CP025263.1:8 ( 1)
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 61)
KT695816.1:5 ( 61)
CP023272.1:1 ( 61)
CP031450.1:7 ( 61)
AJ581999.1 ( 61)
KY228957.1 ( 52)
CP025263.1:8 ( 61)
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 121)
KT695816.1:5 ( 121)
CP023272.1:1 ( 121)
CP031450.1:7 ( 121)
AJ581999.1 ( 121)
KY228957.1 ( 112)
CP025263.1:8 ( 121)
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP025494.1:4 ( 181)
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++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP020369.1:5 ( 781)
CP034537.1:6 ( 781)
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CP020369.1:5 ( 901)
CP034537.1:6 ( 901)
CP015639.1:4 ( 901)
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP020369.1:5 ( 961)
CP034537.1:6 ( 961)
CP015639.1:4 ( 961)
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CP020369.1:5 ( 1021)
CP034537.1:6 ( 1021)
GCTGGCACAGAGTTAGCCGGTGCTTATTCTGTCGGTAACGTCAAAACAATTACGTATTAG
CP015639.1:4 ( 1021)
+.++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP020369.1:5 ( 1081)
CP034537.1:6 ( 1081)
GTAACTGCCCTTCCTCCCAACTTAAAGTGCTTTACAATCCGAAGACCTTCTTCACACACG
CP015639.1:4 ( 1081)
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP020369.1:5 ( 1141)
CP034537.1:6 ( 1141)
CP015639.1:4 ( 1141)
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP020369.1:5 ( 1201)
CP034537.1:6 ( 1201)
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++++++++++++++++++++++++.+++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP020369.1:5 ( 1261)
TCGTCGCCTTGGTGAGCCATTACCTCACCAACTAGCTAATCCGACCTAGGCTCATCTGAT
CP034537.1:6 ( 1261)
CP015639.1:4 ( 1261)
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP020369.1:5 ( 1321)
CP034537.1:6 ( 1321)
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++++++.+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
CP020369.1:5 ( 1381)
TTTCCGGACGTTATCCCCCACTACCAGGCAGATTCCTAGGCATTACTCACCCGTCCGCCG
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power 8.75
++........++.++++++++.+.+++....+....+

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power 6.90
++........++.++++++++.+.+++....+....+

power 6.71
..+.+.....++++++..+..+++++....+.+++.
KT695816.1:5 ( 934) gcatgtggttTAATTCGAAGCAACGCgaagaacctt

power 6.71
.+++.+....+++++..+..++++++.....+.+..
KT695816.1:5 ( 525) gagggtgcaaGCGTTAATCGGAATTActgggcgtaa

power 6.68
++........++.++++++++.+.+++....+....+

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User e-mail address

Max. num of motifs 100

Output Format GeneBee

Power threshold 3.5

Coincidence ratio 0.005

Minimum letter frequence 0.6

Max. number of shifts 5

Min. homology ratio 0.0

How to process motifs s-s

Motif frequences recalc N

The meaning of signs at the top of the alignment is following:

Graphical Phylogenetic Tree

DRAFT SOURCE ALIGNMENT

The meaning of signs at the top of the alignment is following:

10 BEST LOCAL ALIGNMENTS

The meaning of signs at the top of the alignment is following:

LOCAL SUPERMOTIF number 1,

LOCAL SUPERMOTIF number 2,

LOCAL SUPERMOTIF number 3,

LOCAL SUPERMOTIF number 4,

LOCAL SUPERMOTIF number 5,

LOCAL SUPERMOTIF number 6,

LOCAL SUPERMOTIF number 7,

LOCAL SUPERMOTIF number 8,

LOCAL SUPERMOTIF number 9,

LOCAL SUPERMOTIF number 10,

User e-mail address neamily30akashi@gmail.com

Max. num of motifs 100

Output Format GeneBee

Power threshold 3.5

Coincidence ratio 0.005

Minimum letter frequence 0.6

Max. number of shifts 5

Min. homology ratio 0.0

How to process motifs s-s

Motif frequences recalc N

>CP025494.1:4048718-4050246 Pseudomonas palleroniana strain MAB3

>CP020369.1:549663-551191 Pseudomonas tolaasii strain 2192T genome

>KT695816.1:5-1533 Pseudomonas poae strain 29G9 16S ribosomal RNA

>CP023272.1:119193-120721 Pseudomonas lurida strain MYb11

>CP031450.1:768130-769658 Pseudomonas fluorescens strain SIK_W1

>CP034537.1:656337-657865 Pseudomonas poae strain CAP-2018

>CP015639.1:413523-415051 Pseudomonas fluorescens strain L228

>AJ581999.1 Pseudomonas lurida partial 16S rRNA gene, type strain

>KY228957.1 Pseudomonas sp. strain 10 16S ribosomal RNA gene,

>CP025263.1:810062-811590 Pseudomonas sp. S09G 359 chromosome

The meaning of signs at the top of the alignment is following:

Graphical Phylogenetic Tree

The meaning of signs at the top of the alignment is following:

10 BEST LOCAL ALIGNMENTS

LOCAL SUPERMOTIF number 1,

LOCAL SUPERMOTIF number 2,

LOCAL SUPERMOTIF number 3,

LOCAL SUPERMOTIF number 4,

LOCAL SUPERMOTIF number 5,

LOCAL SUPERMOTIF number 6,

LOCAL SUPERMOTIF number 7,

LOCAL SUPERMOTIF number 8,

LOCAL SUPERMOTIF number 9,

LOCAL SUPERMOTIF number 10,

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