Biobanca dei tessuti biologici: perché, quando, come

Dr Angelo Paradiso
Oncologia Sperimentale
Gestione Biobanca
Laboratorio Farmacologia Sperimentale
Laboratorio Nanotecnologie Applicate
Istituto Tumori G Paolo II, IRCCS, BARI
 Tecniche Molecolari e Ricerca
Secolo scorso 21° secolo
_____________________________ ______________________________

§ Malattia sintomatica § Diagnosi precoce e prevenzione

§ Caratterizzazione molecolare
§ Diagnosi morfologica e dei processi tumorali
classificazione fenotipica
§ Terapie targeting
§ Regimi terapeutici generici
§ Terapie sistemiche basate su
§ Eventi avversi imprevedibili genetica dell’ospite
Cell Molecular Targeting as a basis for a personalised approach
Scott, NRC, 2012
 Minimally invasive approaches to study tumor
genome evolution (mod.from Speicher & Pantel, Nature 2014)

CTC
exosome microRNA ct-DNA

Very low concentration/abundance: …. like a needle in a haystack

Annual number of publications containing the term “biomarker”

in the title which published from 1998 to 2017 .

Lee, 2018
 Occurrence of frequent and specifically selected
biospecimen types (or subtypes) in titles over time

Lee, 2018
 Campioni biologici e Medicina Personalizzata
Il campione biologico è la base per:

Caratterizzazione Molecolare della Malattia

§Caratterizzazione molecolare del tumore

§Caratterizzazione Eterogeneita’ Tumorale

§Target terapeutico (i.e. DRUG COMPANION TEST)

Caratterizzazione Molecolare dell’Ospite

§Suscettibilità per cancro

§Efficacia Terapie (farmacogenetica/farmacogenomica)

from NCI.Gov Updated 12/2016
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from NCI.Gov Updated 12/2015

irreproducible biomedical research

Plos, Biol, 2016,Nature, 2017

 Lifecycle of a Biospecimen
Medical Clinical Biobanking Medical
Treatment Research

Donor Medical/ Transport Receiving Storage Processing Release, Scientific Restocking/

Surgical Annotation Quality Distribution Analysis Destruction
Consent Procedures Transport
Measure in Minutes Measure in Years

Pre-acquisition Acquisition Post Acquisition Pre- Release

Antibiotics Processing Time Storage Media Study Design
Other drugs Temperature Storage Method SOP’s
Type of anesthesia Fixation Agent Storage Temperature Equipment
Anesthesia duration SOP’s Quality Controls Cohort Definition
Arterial clamp time Pathology Review SOP’s
Disease Site Material Transfer
Clinical Data Ethics
Data Standards
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Courtesy Peter Riegman Erasmus University and Marble Arch International Working Group on Human Specimen Biobanking for Biomedical Research
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from NCI.Gov Updated 12/2015

 Strutture per la conservazione di campioni biologici:
Tipologiae
•Biorepository:
Struttura in cui sono conservati campioni (NCI Best Practices)

•Centro Risorse Biologiche:

Conservazione e fornitura cellule vitali, genoma, organismi, dati associati

•Biobanca:
Collezione di materiale biologico con dati associati ed organizzati per
raccolte su larga scala

•Collezione di campioni
Specifiche raccolte per specifici studi

•Biorisorse:
Campioni biologici con dati non associati direttamente

(NCI Best Practices)

 Iso 9001-2015

P01 – Modalità di Presentazione Richieste di Materiale Biologico per la Ricerca;

P02 – Gestione della documentazione;
P03 – Gestione per la Qualità;
P04 – Organizzazione e Gestione delle Risorse;
P06 – Modalità di Raccolta e Traporto in BioBanca;
P07 – Modalità di campionamento ed aliquotazione;
P08 – Gestione e monitoraggio dei sistemi di crioconservazione
infrastrutture e sistemi informatici della BBI;
P09 – Modalità di conservazione, annotazione e registrazione nel database;
P10 - Modalità di distribuzione agli utilizzatori e trasporto dei campioni;
P11 – Approvvigionamento e Gestione del Magazzino;

Accreditata BBMRI.Italia

Centro coordinamento

C.I. sec Linee GDPR n.697/2016 EU

 Istituto Tumori G Paolo II IRCCS Bari

Livello 1:
Ingresso Elaborazione dati
n. 2 livelli, 280 mq Laboratorio manipolazione, aliquotaggio
Laboratorio Produzione Derivati

Livello 2:
Area Stocckaggio per Diagnostica/ricerca
Criocontenitori, -80°C, -143°C,-173°C
Area Stocckaggio Materiale terapeutico
Criocontenitori,-143°C,-173°C, discesa
Campione biologico e caratterizzazione biomolecolare della malattia:
nuove problematiche

• Normativa
• Qualità di processo
• Aspetti Etico-legali
• Organizzazione-gestione
• Visione
Campione biologico e caratterizzazione biomolecolare della malattia:
nuove problematiche

• Normativa
riserva non campionata 15 giorni
materiale campionato
Blocchetti 10 anni
Vetrini 10 anni
Materiale diagnostico 10 anni
DNA
RNA
Proteine

MS-LG An Patologica, 5/2015; CAP, 2013

 Lifecycle of a Biospecimen
Medical Medical
Treatment An Patologica Biobanca Research

Donor Medical/ Transport Receiving Storage Processing Release, Scientific Restocking/

Surgical Annotation Quality Distribution Analysis Destruction
Consent Procedures Transport
Measure in Minutes Measure in Years

Pre-acquisition Acquisition Post Acquisition Pre- Release

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Courtesy Peter Riegman Erasmus University and Marble Arch International Working Group on Human Specimen Biobanking for Biomedical Research
Campione biologico e caratterizzazione biomolecolare della malattia:
LE PROCEDURE OPERATIVE
Material Test Results Author
Condition
DNA 4°C Stable 12 m Wu, 2012
RNA colon cancer 80° C Stable 12 mo Hong, 2011

Gene expression Room Consistent Daidone MG,

colon cancer temperature Histone , EGFR personal data
overexpression

Micro Rna serum Room Stable 6-12 h Wu, 2012

temperature
La BIOBANCA Oncologica:

quale ruolo?

-Intraistituzionale
-territoriale
-Nazionale/Internazionale

INNOVAZIONE/RICERCA
Perché raccogliere e conservare campioni biologici umani
in un Istituto Tumori (COMPREHENSIVE CANCER CENTER)

Biocampione+ informazioni cliniche longitudinali Patogenesi

Fattori Genetici
Storia Naturale

Collezioni Disease-oriented >>>>>>>>>CANCRO

• Facilità di ottenere campioni biologici
• Disponibilità di competenze per il campionamento dei
campioni biologici
• Struttura per la conservazione e identificazione dei
campioni biologici
• Utilizzabilità dei campioni per future ricerche intra-
extramoenia
 Regional initiatives on biobanks
Regione Liguria: network of biobanks
Deliberazione della Giunta Regionale n. 34 del 22/1/2010
Regione Toscana: da Vinci European Biobank (daVEB)
Regione Lombardia
“Regulation for research biobanks”
Decreto 10597 del 20/11/2012
Regione Piemonte
Project for a unified research biobank “Cittadella della salute”
Deliberazione della Giunta Regionale n.15-3095 del 12/12/2012
Regione Puglia
BioPOP (Biobanca oncologica pugliese)
Regione Campania
Regional health plan (2010) for a regional oncologic biobank

BBMRI National Coordinators' meeting-

Amsterdam February 10-11th, 2013
 Biobanca Oncologica Pugliese
Fondi FESR, MS
Uni FG-
Ematologie
CSS SGR

Bio
IRCCS
Tumori
BO Biobanca
Regionale

P
Bari DataBase

UniBa

ITBCNR

Tessuti Umani
Caratterizzzazione Biologica Realtà Produttiva
BBMRI-IT biobanks

oncological
genetic
population
therapeutical
multiple diseases
various diseases
established cell lines
animal models
Campione biologico e caratterizzazione biomolecolare della malattia:
nuove problematiche

• Normativa
• Qualità di processo
• Aspetti Etico-legali
• Organizzazione-gestione
• Visione • Biobanche per soggetti ad alto rischio
• Biobanca CelluleStaminali
• Biobanca per Xenograft ed Avatar
• Biobanche per derivati del sangue
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Biobanca dei tessuti biologici: perché, quando, come

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Gestione Biobanca

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Laboratorio Farmacologia Sperimentale
Laboratorio Nanotecnologie Applicate
Istituto Tumori G Paolo II, IRCCS, BARI