Sinamantala ng Hapon ang kasunduan upang ipilit kay Laurel na magpahayag ng
pakikidigma sa Estados Unidos, ngunit nagmatigas siya sa pagtanggi. Samantala, sinalakay ng mga Amerikano ang Leyte, pagkatapos ay lumunsad sa Mindoro, at noong Enero ay lumunsad sa Linggayen. Tinulungan ang mga puwersang Amerikano ng mga gerilya at sa loob ng wala pang isang buwan ay nakuha nila ang Maynila. Sa paniwalang nagupo na niya ang hukbong Hapon sa Pilipinas, bagaman may labanan pa sa ibang panig ay ipinahayag ni McArthur ang pagpapalaya sa Pilipinas at inilipat kay Osmena ang Malasariling Pamahalaan. Hinarap ni Osmena ang mga suliranin ng bayan at hinfi kumanpanya sa pagkapangulo noong halalan ng 1946. Nagwagi si Roxas at noong ika-4 ng Hulyo, 1946 ay pinasinayaan ang ikatlong Republika. Inilipat si laurel sa Tokyo.- Nang maging tulad na ang layag ng mga Hapon sa Pilipinas dahil sa patuloy na pananalasa ni McArthur at ng kanyang hukbong patungo na sa Maynila ay pinilit ng mga Hapon magpahayag si Laurel ng pakikidigma sa Estados Unidos at Ingglatera, ngunit nagmatigas siyang hindi siya papaya na gamitin ang mga sundalong Pilipino ay iminungkahi ni Recto kay Laurel na sa halip na tahasang makipagdigma sa Estados Unidos ay ipahayag na nasa kalagayang nakikidigma ang Pilipinas sa Estados Unidos. Ito’y iba kaysa tahas na pakikidigma, sapagkat ito’y tiyak ang paglaban, samantalang ang pagpapahayag ng kalagayang nakikidigma ay kumikilala lamang na may digmaang namagitan sa dalawang bansa. Ang kaibahang ito’y hindi nauunawaan ng mga Hapon kaya’t pumayag na sila sa ganitong pagpapahayag. Samantala’y ipinadala ng Hapon sa Pilipinas ang bayani ni Malaya, na si Heneral Yamashita Tomoyuki, ang pinakamagaling na heneral ng bansang Hapon. Matapos makpapagsiyasat si Yamashita sa kalagayan ng hukbong hapon ai ipinasya niyang hindi maaaring ipagtanggol ang Maynila sapagkat ito'y nasa mababang lugar. Kaya’t iniutos niyang niyang ilipat si Laurel at ang kanyang gabinete sa Bagyo. Nang magipit na ang mga Hapon ditto at sa iba pang panig ng Pilipinas ay inilipat siya at ang kanyang pamilya, si Camilo Osias, at si Espiker Benigno S. Aquino sa Tokyo. Nang ilipat ni McArthur ang Malasariling Pamahalaan kay Osmena ay ng dalawang