A 16. században a reformáció - mint minden országban - itt is megjelent.

Először a szász
városokban (Erdélyben és Szepességben) és a Felvidéken terjedt el.
Perényi Péter Sárospatakon, Nádasdy Tamás Sárváron vett pártfogásba lutheránus
prédikátorokat. Az Újszövetség első magyar fordítását Sylvester Jánosnak köszönhetjük, aki
Nádasdy Tamás udvarában volt tanár. Később sorra jelentek meg a hitvallások, végül a
magyarországi evangélikusok az ágostai hitvallást fogadták be. A református hit a magyarok
körében jelentősebben elterjedt, mint a lutheri. A magyar rendi felfogás szimpatizált vele az
uralkodóval szembenállás és a Habsburg ellenség miatt. A török türelmesebb volt a
protestáns vallásokkal szemben, mint a katolikussal, ezért a hódoltságban is ez terjedt el.
Debrecent hívták kálvinista Rómának, hiszen itt terjedt el a legjobban a református vallás, és
ez lett a református központ. Méliusz Juhász Péter volt a református egyház legfőbb
szervezője. Kálmáncsehi Sánta Márton a mezővárosiak és a végváriak körében terjesztette
a hitet, míg Szegedi Kis István 1564ben hitvitát nyert Panthanus ellen. Ő a Dunamellék
lelkésze és az alsó-dunamelléki terület egy részének szuperintendense volt. Az unitáriusok,
azaz a szentháromság-tagadók jelmondata az „Egy az Isten!” volt, és ők Erdélyben tudtak
egyházzá szerveződni. A reformáció virágzásnak indította a magyar nyelvű írásbeliséget. A
teljes Bibliát Károli Gáspár forította le magyarra 1594-ben Vizsolyban, de zsoltároskönyvek
és röpiratok is jelentek meg. Fejlődött a magyar nyelv, s a kibontakozó anyanyelvi kultúra az
egyik fontos összetartó kapocs volt a magyarság számára a részekre szakadt országban.
Sárváron, Sárospatakon és Debrecenbem nyomdák alapultak és a nyomdászati ipar is
jelentőssé vált és rengeteget fejlődött. Gyulafehérváron, Pápán, Sopronban, Eperjesen,
Kolozsváron, Váradon és Debrecenben jelentős református iskolák alapultak. Ezeknek
köszönhetően jelentősen megnőtt az oktatás színvonala is. Ezek a kollégiumok egész
országrészek oktatását látták el. A protestáns diákok nyugati egyetemeken szerezhettek
tágabb kitekintést a tudományokra. Először a német, majd a holland egyetemek voltak a
leghíresebbek.
Magyarországon gyorsan elterjedt a reformáció, amely mind az anyanyelvű irodalmat, mind
az oktatást is fellendítette.