>Corman_RdRp_SARs_F1

GTGAAATGGTCATGTGTGGCGG
>Corman_RdRp_SARs_F2
GTGAGATGGTCATGTGTGGCGG
>Corman_RdRp_SARSr-P2.a
CCAGGTGGAACATCATCAGGTGATGC
>Corman_RdRp_SARSr-P2.a1
CCAGGTGGAACGTCATCAGGTGATGC
>Corman_RdRp_SARSr-P2.b
CCAGGTGGAACATCATCCGGTGATGC
>Corman_RdRp_SARSr-P2.b1
CCAGGTGGAACGTCATCCGGTGATGC
>Corman_RdRp_SARSr-P2.c
CCAGGTGGTACATCATCAGGTGATGC
>Corman_RdRp_SARSr-P2.c1
CCAGGTGGTACGTCATCAGGTGATGC
>Corman_RdRp_SARSr-P2.d
CCAGGTGGTACATCATCCGGTGATGC
>Corman_RdRp_SARSr-P2.d
CCAGGTGGTACGTCATCCGGTGATGC
>Corman_RdRp_SARSr-R
CAAATGTTAAACACACTATTAGCATA
>Corman_RdRp_SARSr-R2
CAAATGTTAAACACACTATTAGCATA
>Corman_RdRp_SARSr-R3
CAGATGTTAAAGACACTATTAGCATA
>Corman_RdRp_SARSr-R4
CAGATGTTAAAGACACTATTAGCATA
>Corman_E_Sarbeco_F
ACAGGTACGTTAATAGTTAATAGCGT
>Corman_E_Sarbeco_P1
ACACTAGCCATCCTTACTGCGCTTCG
>Corman_E_Sarbeco_R
ATATTGCAGCAGTACGCACACA
>Corman_N_Sarbeco_F
CACATTGGCACCCGCAATC
>Corman_N_Sarbeco_P
ACTTCCTCAAGGAACAACATTGCCA
>Corman_N_Sarbeco_R
GAGGAACGAGAAGAGGCTTG
 Note- Best to Cut and paste the Fasta list above into Thermos webtool as MSWord
distorts the formatting of the alignments.
https://www.thermofisher.com/us/en/home/brands/thermo-scientific/molecular-biology/mole
cular-biology-learning-center/molecular-biology-resource-library/thermo-scientific-web-tools/
multiple-primer-analyzer.html

Self-Dimers:

1 dimer for: Corman_RdRp_SARSr-P2.a

5-ccaggtggaacatcatcaggtgatgc->
||||| | | |||||
<-cgtagtggactactacaaggtggacc-5

1 dimer for: Corman_RdRp_SARSr-P2.b

5-ccaggtggaacatcatccggtgatgc->
||||| | | |||||
<-cgtagtggcctactacaaggtggacc-5

1 dimer for: Corman_RdRp_SARSr-P2.c

5-ccaggtggtacatcatcaggtgatgc->
||||| | | |||||
<-cgtagtggactactacatggtggacc-5

1 dimer for: Corman_RdRp_SARSr-P2.d

5-ccaggtggtacatcatccggtgatgc->
||||| | | |||||
<-cgtagtggcctactacatggtggacc-5

Cross Primer Dimers:

Corman_RdRp_SARs_F1 with Corman_E_Sarbeco_R

Corman_RdRp_SARs_F1
5-gtgaaatggtcatgtgtggcgg->
||||||
<-acacacgcatgacgacgttata-5

Corman_RdRp_SARs_F2 with Corman_E_Sarbeco_R

Corman_RdRp_SARs_F2
5-gtgagatggtcatgtgtggcgg->
||||||
<-acacacgcatgacgacgttata-5
Corman_RdRp_SARSr-P2.a with Corman_RdRp_SARSr-P2.a1
Corman_RdRp_SARSr-P2.a
5-ccaggtggaacatcatcaggtgatgc->
||||| | | ||| |
<-cgtagtggactactgcaaggtggacc-5

Corman_RdRp_SARSr-P2.a with Corman_RdRp_SARSr-P2.b

Corman_RdRp_SARSr-P2.a
5-ccaggtggaacatcatcaggtgatgc->
||||| | | |||||
<-cgtagtggcctactacaaggtggacc-5

Corman_RdRp_SARSr-P2.a with Corman_RdRp_SARSr-P2.b1

Corman_RdRp_SARSr-P2.a
5-ccaggtggaacatcatcaggtgatgc->
||||| | | ||| |
<-cgtagtggcctactgcaaggtggacc-5

Corman_RdRp_SARSr-P2.a with Corman_RdRp_SARSr-P2.c

Corman_RdRp_SARSr-P2.a
5-ccaggtggaacatcatcaggtgatgc->
||||| | | |||||
<-cgtagtggactactacatggtggacc-5

Corman_RdRp_SARSr-P2.a with Corman_RdRp_SARSr-P2.c1

Corman_RdRp_SARSr-P2.a
5-ccaggtggaacatcatcaggtgatgc->
||||| | | ||| |
<-cgtagtggactactgcatggtggacc-5

Corman_RdRp_SARSr-P2.a with Corman_RdRp_SARSr-P2.d

Corman_RdRp_SARSr-P2.a
5-ccaggtggaacatcatcaggtgatgc->
||||| | | |||||
<-cgtagtggcctactacatggtggacc-5

Corman_RdRp_SARSr-P2.a with Corman_RdRp_SARSr-P2.d

Corman_RdRp_SARSr-P2.a
5-ccaggtggaacatcatcaggtgatgc->
||||| | | ||| |
<-cgtagtggcctactgcatggtggacc-5

Corman_RdRp_SARSr-P2.a1 with Corman_RdRp_SARSr-P2.b

Corman_RdRp_SARSr-P2.a1
5-ccaggtggaacgtcatcaggtgatgc->
| ||| | | |||||
<-cgtagtggcctactacaaggtggacc-5

Corman_RdRp_SARSr-P2.a1 with Corman_RdRp_SARSr-P2.c

Corman_RdRp_SARSr-P2.a1
5-ccaggtggaacgtcatcaggtgatgc->
| ||| | | |||||
<-cgtagtggactactacatggtggacc-5

Corman_RdRp_SARSr-P2.a1 with Corman_RdRp_SARSr-P2.d

Corman_RdRp_SARSr-P2.a1
5-ccaggtggaacgtcatcaggtgatgc->
| ||| | | |||||
<-cgtagtggcctactacatggtggacc-5

Corman_RdRp_SARSr-P2.b with Corman_RdRp_SARSr-P2.b1

Corman_RdRp_SARSr-P2.b
5-ccaggtggaacatcatccggtgatgc->
||||| | | ||| |
<-cgtagtggcctactgcaaggtggacc-5

Corman_RdRp_SARSr-P2.b with Corman_RdRp_SARSr-P2.c

Corman_RdRp_SARSr-P2.b
5-ccaggtggaacatcatccggtgatgc->
||||| | | |||||
<-cgtagtggactactacatggtggacc-5

Corman_RdRp_SARSr-P2.b with Corman_RdRp_SARSr-P2.c1

Corman_RdRp_SARSr-P2.b
5-ccaggtggaacatcatccggtgatgc->
||||| | | ||| |
<-cgtagtggactactgcatggtggacc-5

Corman_RdRp_SARSr-P2.b with Corman_RdRp_SARSr-P2.d

Corman_RdRp_SARSr-P2.b
5-ccaggtggaacatcatccggtgatgc->
||||| | | |||||
<-cgtagtggcctactacatggtggacc-5

Corman_RdRp_SARSr-P2.b with Corman_RdRp_SARSr-P2.d

Corman_RdRp_SARSr-P2.b
5-ccaggtggaacatcatccggtgatgc->
 ||||| | | ||| |
<-cgtagtggcctactgcatggtggacc-5

Corman_RdRp_SARSr-P2.b1 with Corman_RdRp_SARSr-P2.c

Corman_RdRp_SARSr-P2.b1
5-ccaggtggaacgtcatccggtgatgc->
| ||| | | |||||
<-cgtagtggactactacatggtggacc-5

Corman_RdRp_SARSr-P2.b1 with Corman_RdRp_SARSr-P2.d

Corman_RdRp_SARSr-P2.b1
5-ccaggtggaacgtcatccggtgatgc->
| ||| | | |||||
<-cgtagtggcctactacatggtggacc-5

Corman_RdRp_SARSr-P2.c with Corman_RdRp_SARSr-P2.c1

Corman_RdRp_SARSr-P2.c
5-ccaggtggtacatcatcaggtgatgc->
||||| | | ||| |
<-cgtagtggactactgcatggtggacc-5

Corman_RdRp_SARSr-P2.c with Corman_RdRp_SARSr-P2.d

Corman_RdRp_SARSr-P2.c
5-ccaggtggtacatcatcaggtgatgc->
||||| | | |||||
<-cgtagtggcctactacatggtggacc-5

Corman_RdRp_SARSr-P2.c with Corman_RdRp_SARSr-P2.d

Corman_RdRp_SARSr-P2.c
5-ccaggtggtacatcatcaggtgatgc->
||||| | | ||| |
<-cgtagtggcctactgcatggtggacc-5

Corman_RdRp_SARSr-P2.c1 with Corman_RdRp_SARSr-P2.d

Corman_RdRp_SARSr-P2.c1
5-ccaggtggtacgtcatcaggtgatgc->
| ||| | | |||||
<-cgtagtggcctactacatggtggacc-5

Corman_RdRp_SARSr-P2.d with Corman_RdRp_SARSr-P2.d

Corman_RdRp_SARSr-P2.d
5-ccaggtggtacatcatccggtgatgc->
||||| | | ||| |
<-cgtagtggcctactgcatggtggacc-5
Corman_RdRp_SARSr-R with Corman_E_Sarbeco_F
Corman_RdRp_SARSr-R
5-caaatgttaaacacactattagcata->
|| |||||| |
<-tgcgataattgataattgcatggaca-5

5-caaatgttaaacacactattagcata->
| ||||||| | ||
<-tgcgataattgataattgcatggaca-5

Corman_RdRp_SARSr-R2 with Corman_E_Sarbeco_F

Corman_RdRp_SARSr-R2
5-caaatgttaaacacactattagcata->
|| |||||| |
<-tgcgataattgataattgcatggaca-5

5-caaatgttaaacacactattagcata->
| ||||||| | ||
<-tgcgataattgataattgcatggaca-5

Corman_RdRp_SARSr-R3 with Corman_E_Sarbeco_F

Corman_RdRp_SARSr-R3
5-cagatgttaaagacactattagcata->
|| |||||| |
<-tgcgataattgataattgcatggaca-5

5-cagatgttaaagacactattagcata->
| ||||||| | ||
<-tgcgataattgataattgcatggaca-5

Corman_RdRp_SARSr-R4 with Corman_E_Sarbeco_F

Corman_RdRp_SARSr-R4
5-cagatgttaaagacactattagcata->
|| |||||| |
<-tgcgataattgataattgcatggaca-5

5-cagatgttaaagacactattagcata->
| ||||||| | ||
<-tgcgataattgataattgcatggaca-5

Corman_E_Sarbeco_R with Corman_N_Sarbeco_F

Corman_E_Sarbeco_R
5-atattgcagcagtacgcacaca->
 ||||| | |
<-ctaacgcccacggttacac-5

BLASTN at NCBI with SARs’ Exclusion

>Corman_RdRp_SARs_F1
GT​GAAATGGTCATGTGTGGC​GG

>Corman_RdRp_SARs_F2
GTGAGATGGTCATGTGTG​GCGG

>Corman_RdRp_SARSr-P2.a
C​CAGGTGGAACATCATCAGGTG​ATGC

>Corman_RdRp_SARSr-P2.a1
CCAGGT​GGAACGTCATCAGGTGATGC
 >Corman_RdRp_SARSr-P2.b
C​CAGGTGGAACATCATCCGGT​GATGC

>Corman_RdRp_SARSr-P2.b1
CCAGGTGGAACGTCATCCGG​TGATGC

>Corman_RdRp_SARSr-P2.c
C​CAGGTGGTACATCATCAGGTGAT​GC

>Corman_RdRp_SARSr-P2.c1
CCAGG​TGGTACGTCATCAGGTGATG​C
 >Corman_RdRp_SARSr-P2.d
CCAGGTG​GTACATCATCCGGTGA​TGC

>Corman_RdRp_SARSr-P2.d1
CCAGGTGGTACGTCATCCGG​TGATGC

>Corman_RdRp_SARSr-R
CAAAT​G​TTAAACACACTATTAGCAT​A

>Corman_RdRp_SARSr-R2
CAAAT​G​TTAAACACACTATTAGCAT​A
>Corman_RdRp_SARSr-R3
CA​GATGTTAAAGACACTATTAG​CATA

>Corman_RdRp_SARSr-R4
CA​GATGTTAAAGACACTATTAG​CATA

>Corman_E_Sarbeco_F
ACAGGTAC​GTTAATAGTTAATAGCGT

>Corman_E_Sarbeco_P1
ACACT​AGCCATCCTTACTGCGCTTC​G

>Corman_E_Sarbeco_R
A​TATTGCAGCAGTACGCACAC​A
>Corman_N_Sarbeco_F
CACATTGGCACCCGCAATC

This is not good. Perfect match to a clinical microbe found in immunocompromised patients.

>Corman_N_Sarbeco_P
ACT​TCCTCAAGGAACAACAT​TGCCA

>Corman_N_Sarbeco_R
GAGGAACGAGAAGAGGCTT​G
Reverse hits Pantoea.