Professional Documents
Culture Documents
Poglavlje 4
Poglavlje 4
Celuloza – temeljna gradivna tvar staničnih stijenki, linearni polimer glukoznih ostataka povezanih β
(1→4) glikozidnim vezama
Lipid – hidrofobne molekule koje služe kao zaliha energije, signalne molekule i glavni sastojci
staničnih membrana
Masna kiselina – dugi ugljikovodični lanci obično vezani na karboksilnu skupinu (COO-)
Fosfolipid – temeljni sastojci staničnih membrana, građeni su od dva ugljikovodična lanca (obično
masne kiseline) povezana za polarnu skupinu koja sadržava fosfat
Sfingomijelin
Amfipatičan
Glikolipid
Kolesterol
Steroidni hormon
Ribosomska RNA
Transfer-RNA
Nukleotid
Purin
Pirimidin
Adenin
Gvanin
Citozin
Timin
Uracil
2'-deoksiriboza
Riboza
Nukleozid
Fosfodiesterska veza
Oligonukleotid
Polinukleotid
Protein
Aminokiselina
Peptidna veza
Primarna struktura
Sekundarna struktura
Alfa uzvojnica
Beta-ploča
Tercijarna struktura
Domena
Kvarterna struktura
Fosfolipidni sloj
Fluidni mozaik
Transmembranski protein
Beta-bačva
Tercijarna struktura
Domena
Kvarterna struktura
Kanalni protein
Proteinski nosač
Pasivni transport
Aktivni transport
Genomika
Proteomika
Proteom
Dvodimenzionalna gel-elektroforeza
Masena spektrometrija
Enzim - proteini (ili RNA) koji kataliziraju reakcije drugih tvari dolazeći u doticaj s molekulom
supstrata tako da se aktivni dio enzimske molekule veže sa supstratom poput ključa i brave
Prijelazno stanje – visokoenergijsko stanje kroz koje mora proći supstrat tijekom enzimske reakcije
Energija aktivacije - energija je koju je potrebno dovesti molekulama da prijeđu u prijelazno stanje
potrebno za kemijsku reakciju, tj. energija koju je potrebno dovesti molekulama da međusobno
reagiraju. Da bi molekule kemijski reagirale, moraju se sudariti, ali međusobno mogu reagirati samo
one molekule koje imaju veću energiju od energije aktiviranja. U kemijskoj kinetici energija aktivacije
je visina potencijalne barijere koja odvaja produkte od reaktanata. Što je energija aktivacije veća, to
manji broj molekula može prijeći vrh energetske barijere i reakcija je sporija.
Aktivno središte – mjesto na enzimu na koje se veže supstrat i koje katalizira enzimsku reakciju
Model ključ-brava – model enzimskog djelovanja u kojem supstrat točno odgovara aktivnom mjestu
enzima
Koenzim – male organske molekule koje u kompleksu s enzimima kataliziraju biološke reakcije
Inhibicija povratnom spregom – vrsta altosteroičke regulacije u kojoj krajnji proizvod metaboličkog
puta potiskuje aktivnost enzima uključenih u svoju sintezu
Alosterička regulacija – regulacija enzima s pomoću malih molekula koje se vežu na mjesto različito
od aktivnog mjesta enzima, mijenjajući konfomaciju i katalitičku aktivnost enzima
Gibbsova slobodna energija (G) – termodinamička funkcija koja iz združenih učinaka entalpije i
entropije predviđa energetski povoljan smjer kemijske reakcije
Adenozin-5'-trifosfat (ATP)- nukleozid-trifosfat koji sadržava adenin i služi kao spremište slobodne
energije u stanici
Visokoenergijska veza – kemijske veze čijom se hidrolizom oslobađa velika količina energije
Koenzim A (CoA) – koenzim koji služi kao nosač acilnih skupina u metaboličkim reakcijama
Ciklus limunske kiseline – središnji put oksidativnog metabolizma; niz reakcija kojima se acetil-CoA
oksidira u CO2; Krebsov ciklus
Oksidativna fosforilacija – proces sinteze ATP-a iz ADP-a za koji se kao izvor energije koristi
energetski povoljan prijenos elektrona s reduciranih nukleotidnih koenzima na molekularni kisik;
biokemijski proces stvaranja ATP-a u mitohondrijima korištenjem energije oslobođene oksidacijom
vodika
Transportni lanac elektrona – niz nosača kojima se elektroni prenose iz višeg u niže energijsko stanje
Reakcije svjetla – reakcija fotosinteze u kojoj Sunčeva energija omogućuje sintezu ATP-a i NADPH
Reakcije tame – slijed reakcija koji prevode ugljikov dioksid u vodu i ugljikovodike tijekom fotosinteze
(v. Calvinov ciklus)
Fotosintezni pigmenti – molekule koje hvataju energiju Sunčevih zraka apsorbirajući protone
Calvinov ciklus – niz kemijskih reakcija kojima se šest molekula CO2 pretvara u glukozu
Gen – dio DNA koji kodira polipeptidni lanac ili molekulu RNA
Dominantan alel– alel čije se svojstvo očituje čak i ako postoji samo jedna kopija toga gena u paru
odnosno u heterozigotnome i homozigotnome stanju
Recesivan alel – alel što ga nadvladava dominantan alel
Fenotip - značajke organizma nastale međudjelovanjem genotipa i okoliša; svojstva organizma koja
se mogu zapaziti
Diploid – organizam ili stanica koja ima po dvije kopije svakog gena
Mejoza - dioba stanične jezgre koja se odvija tijekom gametogeneze i omogućuje da reproduktivne
stanice sadržavaju polovični broj kromosoma što je preduvjet za spolno razmnožavanje
Hipoteza „jedan gen – jedan enzim“ – svaki gen određuje strukturu jednog enzima. Dokazano je na
temelju eksperimenta na gljivici Neurospora crassa. Ona može biti uzgajana na minimalnom mediju
(glukoza, sol, biotin) i bogatom mediju (aminokiseline, vitamini, purini, piridimini). Beadle i Tatum
izolirali su mutante gljivice koji normalno rastu na bogatom mediju, no ne mogu rasti na minimalnom
mediju. Otkrili su da je svakoj mutanti za rast potreban određen prehrambeni nadomjestak (npr
određena aminokiselina) te da je potreba za određenim prehrambenim nadomjestkom u korelaciji s
nemogućnošću sinteze te molekule.
Transformacija – prijenos DNA između genetički različitih bakterija. Uloga DNA otkrivena je iz
rezultata eksperimenta na bakteriji koja uzrokuje upalu pluća (Pneumococcus). DNA je izolirana iz
patogenog tipa bakterije Pneumococcus koji je okružen kapsulom i tvori glatke kolonije (S – smooth).
Dodatak DNA, izoliran iz S tipa u kulturu nepatogenih bakterija koje ne tvore kapsulu (R) dovodi do
stvaranja S kolonija. Zaključak je da pročišćena DNA sadržava genetičku informaciju odgovornu za
transformaciju tipa R u tip S bakterija.
Semikonzervativna replikacija – Dva se lanca roditeljske DNA razdvajaju i svaki od njih služi kao kalup
za sintezu novog lanca. Na taj način nastaju dvije nove, potpuno identične molekule DNA. Slijed
nukleotida u novonostalim lancima DNA određen je komplementarnim sparivanjem baza.
Eksperimentalni dokaz semikonzervativne replikacije DNA – Bakterije su uzgajane u mediju koji je
sadržavao normalni izotop dušika (14 N), a zatim su prenesene u medij koji je sadržavao teški izotop
dušika (15 N) te su tamo uzgajane tijekom nekoliko generacije. Zatim su ponovno prenesene u medij
s normalnim dušikom i uzgajane tijekom jedne dodatne generacije. Zatim je DNA izolirana iz tih
bakterija ravnotežnim ultracentrifugiranjem u otopini CsCl. Izložen velikom gravitacijskom polju CsCl
sedimentira i tvori gradijent gustoće, a molekule DNA tvore vrpcu na mjestu gdje je njihova gustoća
jednaka gustoći otopine CsCl. DNA bakterija koja je prenesena iz 15N medija u 14N medij tvori vrpcu
čija je gustoća između gustoća 15 N i 14 N DNA, što upućuje na to da se radi o hibridnoj molekuli koja
se sastoji od jednog teškog i od jednog lakog lanca.
Glasnička RNA molekula (mRNA) - prenosi genetičku informaciju i usmjerava sintezu proteina
Transportna RNA molekula (tRNA) - služi kao adaptor između mRNA i aminokiselina tijekom sinteze
proteina; prenosi aminokiseline do ribosoma
Genski kod - redoslijed nukleotida u jezgri DNA koji se kao m-RNA prepisuju i genetičku informaciju
prenose u citoplazmu na ribosome, gdje se sintetiziraju bjelančevine; genetički kod očitava se u
skupinama po tri nukleotida (u tripletima). Korišteni u obliku tripleta, četiri nukleotida mogu kodirati
64 aminokiseline, što je više nego dovoljno za 20 različitih aminokiselina koje doista izgrađuju
proteine.
Retrovirus – virus koji se umnožava stvarajući DNA kopiju RNA genoma putem obrnutog prepisivanja
Reverzna transkriptaza – enzim DNA-polimeraza koja koristi molekulu RNA kao kalup za sintezu DNA
Restrikcijska endonukleaza – enzim koji kida DNA na specifičnim mjestima ostavljajući ljepljive ili
tupe krajeve na pokidanim fragmentima DNA
Molekularno kloniranje – unos fragmenta DNA u neku drugu molekulu DNA (vektor) koja se može
samostalno umnažati u stanici domaćinu
Vektor – molekula DNA koja omogućuje umnožavanje kloniranog ulomka DNA u domaćinskoj stanici
Rekombinantna molekula – DNA molekula promijenjenog slijeda, npr. vektor s umetnutim stranim
genom; Molekularni klon
Plazmid – mala kružna molekula DNA koja se može samostalno umnažati u domaćinskoj stanici
cDNA komplementarna DNA sintetizirana uz pomoć reverzne transkriptaze na RNA kalupu. Moguće
ju je ugraditi u vektor.
ishodište replikacije – ili ori, specifični slijed DNA koji služi kao vezno mjesto za bjelančevine koje
započinju replikaciju
kozmid – vektor koji sadržava sljedove bakteriofaga labmda, sljedove otpornosti na antibiotike i
ishodište replikacije. U njega se može smjestiti umetak DNA veličine do 45 kb.
umjetni kromosom P1 (PAC) – vektor koji se rabi za kloniranje velikih ulomaka DNA u E. coli
bakterijski umjetni kromosom (BAC) - vektor koji se rabi za kloniranje velikih ulomaka DNA u
bakterijama
kvaščev umjetni kromosom (YAC) vektor koji se rabi za kloniranje velikih ulomaka DNA u kvascima
ekspresijski vektor – vektor koji omogućuje i regulira ekspresiju kloniranog dijela DNA u domaćinskoj
stanici
sustav dvaju hibrida u kvasca – genetski postupak za otkrivanje proteinskih interakcija u kvaščevim
stanicama
lančana reakcija polimeraze (PCR) – in vitro postupak koji omogućava proizvodnju milijuna kopija
fragmenata DNA iz samo jedne početne molekule DNA.
hibridizacija nukleinskih kiselina – stvaranje dvostrukih uzvojnica DNA i/ili RNA sparivanjem
komplementarnih baza
hibridizacija po Southernu (Southern blot) – tehnika za detekciju specifičnih gena u staničnoj DNA,
tj. postupak kojim se radioaktivne sonde rabe za otkrivanje specifičnih ulomaka DNA razdvojenih
elektroforezom u gelu.
Northern blot – tehnika za detekciju specifičnih molekula RNA među mješavinom RNA.
Biblioteka rekombinantnih DNA (rekombinantna knjižnica DNA) – zbirka genomskih ili cDNA
klonova
Mikročipovi DNA (DNA mikročip) – staklena ploča ili membranski filtar na koji su utisnuti nukleotidi
ili odsječci DNA u gustom uzorku, omogućujući tako istodobnu analizu tisuća gena hibridizacijom
odsječaka DNA s fluorescentnim sondama
Hibridizacija in situ – uporaba radioaktivnih ili fluorescentnih sondi za otkrivanje sljedova RNA ili DNA
u ekstraktima stanica, na kromosomima ili u cijelim stanicama
Monoklonsko protutijelo – protutijelo koje proizvodi jedan klon (potomci jedne stanice) limfocita B
Imunoblot – postupak koji rabi protutijela za dokazivanje proteina razdvojenih elektroforezom u SDS-
poliakrilamidnom gelu
Western blot
Temperaturno osjetljivi mutanti – stanica koja eksprimira mutirani protein aktivan samo na jednoj
temperaturi od dviju na kojima je aktivan normalni protein
Liposom – lipidni mjehurić (vezikula) kojom se DNA može uvesti u sisavačke stanice
Prolazna ekspresija – ekspresija neintegrirane plazmidne DNA koja je unesena u stanice u kulturi
Transgenični miš – miš koji sadrži strane gene ugrađene u svoje zametne stanice
Nokaut -
Protusmislene nukleinske kiseline – nukleinska kiselina (RNA ili DNA) komplementarna nekoj mRNA
koja se rabi za blokiranje ekspresije tog gena
Gen - dio DNA koji kodira polipeptidni lanac ili molekulu RNA
Intron- dio gena koji sadržava nekodirajući slijed nukleotida, umetnut je između egzona u genu
Prekrajanje RNA – proces kojim se uklanjaju dijelovi RNA (introni), a preostali dijelovi međusobno se
kovalentno vežu (egzoni)
Ponavljanje jednostavnog slijeda – sastoji se od ponovljenih nizova nekoliko tisuća kopija kratkih
sljedova duljine od 1 do 500 nukleotida
Satelitna DNA – ponavljajuća DNA jednostavnog slijeda, gustoća joj se razlikuje od ostalog dijela
genomske DNA
SINE kratki raspršeni elementi u genomu sisavaca duljine do 500 parova baza
Retrovirusu sličan element razbacani repetitivni elementi koji se pomiču unutar genoma uz pomoć
reverzne transkriptaze nalik na retorviruse
DNA-transpozon – pokretni (transpozabilni) genetički element koji se pomiče kroz genom
kopiranjem i ponovnom ugradnjom u obliku sljedova DNA radije negoli pokretanjem uz pomoć
reverzne transkriptaze
Porodica gena - skup nekoliko sličnih gena, nastalih umnožavanjem jednog izvornog gena, i općenito
sa sličnim biokemijskim funkcijama.
Pseudogeni –nefunkcionalne kopije gena koje predstavljaju evolucijske relitke koji povećavaju
veličinu eukariotskih genoma, a ne daju nikakav funkcionalni doprinos
Dorađeni pseudogeni– pseudogen koji nastaje obrnutim prepisivanjem mRNA (Gen se prepiše i
prekroji da bi se stvorila mRNA iz koje su odstranjeni introni. Tada se mRNA kopira s pomoću
reverzne transkriptaze, pa nastaje cDNA bez introna. Integracija u kromosomsku DNA rezultira
formiranjem dorađenog pseudogena.)
Kromatin - onovni sastojak jezgre koji čine DNA vezane za histone i druge bjelančevine
Histoni - bjelančevine oko kojih je obavijena DNA u kromosomu; sadržavaju veliku količinu bazičnih
aminokiselina (arginin i lizin) koji olakšavaju vezanje na negativno nabijenu molekulu DNA
Nukleosom - građevna jedinica eukariotskoga kromatina koju čini dvolančana DNA omotana oko
oktamera histonskih proteina
Čestica nukleosomske srži – nastaje razgradnjom kromatina, sadrži 147 parova baza DNA omotanih
1,67 puta oko histonske srži koja se sastoji od po dviju molekule H2A, H2B, H3 i H4
Kromatosom - kromatinska podjedinica koja se sastoji od 166 parova baza DNA omotanih oko
histonske srži koje zajedno drži H1 (vezni histon)
Centromere – dio kromosoma koji povezuje sestrinske kromatide i za koji se prihvaćaju niti
diobenoga vretena
Epigenetsko nasljeđivanje – prijenos poruke s roditelja na potomstvo koja nije zasnovana na slijedu
DNA
Telomere – sljedovi na krajevima eukariotskih kromosoma koji igraju značajnu ulogu u replikaciji i
održavanju kromosoma
Telomeraza – enzim koji ima aktivnost reverzne transkriptaze za replikaciju telomernih sljedova DNA
Bioinformatika – uporaba računalnih postupaka za analizu velikih količina bioloških podataka (npr.
genomskog slijeda)
Otvoreni okvir čitanja – dio nukleotidnog slijeda koji ne sadržava zaustavne kodone i koji može
određivati polipeptid
Politeni kromosom – divovski kromosom koji se nalazi u nekim tkivima drozofile, nastaje ponavljanim
umnažanjima lanaca DNA koji se ne odvoje jedan od drugoga
Bioinformatika
Sistemna biologija