WO

1. Describe several types of viral pneumonia

Viral pneumonia is defined as a disease in which there are gas exchange abnormalities at
the alveolar level accompanied by inflammation of the lung parenchyma. The pulmonary
inflammatory phenomenon commonly translates to imaging abnormalities that are
detectable by X-ray or CT. In viral pneumonia, the clinical profiles are quite varied,
depending on the infectious agent as well as on the age and immune state of the host. In
recent years, severe acute respiratory syndrome (SARS) coronaviruses, avian H5N1
influenza A viruses and North American hantaviruses have gained prominence as
causative agents of severe pneumonia, which leads to respiratory failure and high
mortality

Viral pneumonia can result from infections that originate from the respiratory tract itself
and progress, by contiguity or by aerosol contamination, until reaching the terminal
bronchioles (e.g., influenza infections and respiratory syncytial virus-RSV-infections),
 from infections that originate from the respiratory tract and disseminate systemically,
thereby reaching the lower respiratory tract (e.g., measles), or even from infections that
originate from other sites and reach the respiratory tract systemically (i.e.,
cytomegalovirus infections). Studies of the pathogenesis of influenza pneumonia show
that the virus, in cases of different degrees of severity, affects pneumocytes as a primary
target, causing diffuse alveolar damage. The submucosa is hyperemic, with focal
hemorrhages, edema and cell infiltrates, which are associated with the intra-alveolar
process and contain neutrophils, mononuclear cells with fibrin and edematous fluid. In a
more advanced stage of the infection, there is fibrocellular intra-alveolar organization
(bronchiolitis obliterans with organizing pneumonia) with the presence of histiocytes and
multinucleated pneumocytes.(3,4) In the respiratory epithelium, humoral immunity against
the influenza viruses is provided by neutralizing antibodies. Regarding the cellular
immune response, CD4 T lymphocytes attract immune cells in an MHC class II response,
and CD8 T lymphocytes induce an MHC class I response, with production of IFN-γ and
TNF, causing lysis of the infected cells and apoptosis
CDC

Respiratory syncytial virus (RSV) paramyxoviridae virus

 RNA virus
 RSV is the most common cause of viral pneumonia in small children and infants. MIMIC
COMMON COLD
It most commonly causes a cold-like illness but can also cause lower respiratory infections like
bronchiolitis and pneumonia. One to two percent of children younger than 6 months of age with
RSV infection may need to be hospitalized. Severe disease most commonly occurs in very young
infants. Additionally, children with any of the following underlying conditions are considered at
high risk:

 Premature infants
 Very young infants, especially those 6 months and younger
 Children younger than 2 years old with chronic lung disease or congenital heart disease
 Children with suppressed immune systems
 Children who have neuromuscular disorders, including those who have difficulty
swallowing or clearing mucus secretions
 Respiratory syncytial virus enters the body through the eyes, nose or mouth. It spreads
easily through the air on infected respiratory droplets. You or your child can become
infected if someone with RSV coughs or sneezes near you. The virus also passes to others
through direct contact, such as shaking hands.
 The virus can live for hours on hard objects such as countertops, crib rails and toys.
Touch your mouth, nose or eyes after touching a contaminated object and you're likely to
pick up the virus.
  An infected person is most contagious during the first week or so after infection. But in
infants and those with weakened immunity, the virus may continue to spread even after
symptoms go away, for up to four weeks.

RSV usually causes mild cold-like signs and symptoms. These may include:

 Congested or runny nose

 Dry cough

 Low-grade fever

 Sore throat

 Sneezing

 Headache
 most commonly used types of RSV clinical laboratory tests are

 Real-time reverse transcriptase-polymerase chain reaction (rRT-PCR), which is more

sensitive than culture and antigen testing
 Antigen testing, which is highly sensitive in children but not sensitive in adults

Human  metapneumovirus
 Genome RNA
 Human Metapneumovirus is a novel viral pathogen that is increasingly recognized as a
cause of viral pneumonia and is implicated as the cause of the SARS outbreak.
Human metapneumovirus (HMPV) can cause upper and lower respiratory disease in people of
all ages, especially among young children, older adults, and people with weakened immune
systems. Discovered in 2001, HMPV is in the paramyxoviridae virus family along with
respiratory syncytial virus (RSV).

Symptoms commonly associated with HMPV include cough, fever, nasal congestion, and
shortness of breath. Clinical symptoms of HMPV infection may progress to bronchitis or
pneumonia and are similar to other viruses that cause upper and lower respiratory infections. The
estimated incubation period is 3 to 6 days, and the median duration of illness can vary depending
upon severity but is similar to other respiratory infections caused by viruses

Transmission

HMPV is most likely spread from an infected person to others through

  secretions from coughing and sneezing
 close personal contact, such as touching or shaking hands
 touching objects or surfaces that have the viruses on them then touching the mouth, nose,
or eyes

In the U.S., HMPV circulates in distinct annual seasons. HMPV circulation begins in winter and
lasts until or through spring. HMPV, RSV, and influenza can circulate simultaneously during the
respiratory virus season.

DIAGNOSIS Infection with HMPV can be confirmed usually by

 direct detection of viral genome by polymerase chain reaction assays, and

 direct detection of viral antigens in respiratory secretions using immunofluorescence or
enzyme immunoassay.

Parainfluenza viruses type 1, 2, 3, and 4

 genome RNA
 Parainfluenza virus has multiple serotypes and is most commonly associated with
pneumonia-like illness in young children seasonally. Spring and fall predominate.
 HPIV human parainfluenza virus is genetically and antigenically divided into types 1 to
4. Further major subtypes of HPIV-4 (A and B) and subgroups/genotypes of HPIV-1 and
HPIV-3 have been described. HPIV-1 to HPIV-3 are major causes of lower respiratory
infections in infants, young children, the immunocompromised, the chronically ill, and
the elderly.
 These medium-sized viruses are enveloped, and their genomes are organized on a single
negative-sense strand of RNA. The majority of their structural and biological
charactertistics are similar, but they each have adapted to infect humans at different ages
and cause different disease
 Pneumonia can be caused by both HPIV-2 and HPIV-4, but the incidence of disease is
not well described. HPIV-1 infection has been associated with secondary bacterial
pneumonias in the elderly
 HPIV-1 and HPIV-2 both cause croup, with HPIV-1 most often identified as the cause in
children. Both can also cause upper and lower respiratory illness, and cold-like
symptoms.
 HPIV-3 is more often associated with bronchiolitis, bronchitis, and pneumonia.
 HPIV-4 is recognized less often but may cause mild to severe respiratory illnesses.
 HPIVs usually spread by direct contact with infectious droplets or by airborne spread
when an infected person breathes, coughs, or sneezes. HPIVs may remain infectious in
airborne droplets for over an hour and on surfaces for a few hours depending on
environmental conditions

After you get infected, it takes about 2 to 7 days before you develop symptoms.
Symptoms of upper respiratory illness may include

 fever
 runny nose
 cough

Symptoms of lower respiratory illness may include

 croup (infection of the vocal cords (larynx), windpipe (trachea) and bronchial tubes
(bronchi))
 bronchitis (infection of the main air passages that connect the windpipe to the lungs)
 bronchiolitis (infection in the smallest air passages in the lungs)
 pneumonia (an infection of the lungs)

Rhinovirus (parainfluenza)
 genome RNA
 Rhinovirus is the most common cause of upper respiratory tract infection across all age
groups, although it is not as commonly represented as a cause of viral pneumonia.
 Rhinoviruses (RVs) are the most common cause of the common cold. They chiefly cause
upper respiratory tract infections (URTIs) but may also infect the lower respiratory tract.
Potential complications of infection include otitis media, sinusitis, chronic bronchitis, and
exacerbations of reactive airway disease (eg, asthma).
Manifestations of rhinovirus infection typically appear after an incubation period of 12-72 hours
and last 7-11 days, but may persist for longer. Signs and symptoms include the following:
 Nasal dryness or irritation - May be first symptom
 Sore throat or throat irritation – Common and bothersome initial symptom
 Nasal discharge, nasal congestion, and sneezing – Intensify over 2-3 days
 Headache
 Facial and ear pressure
 Loss of sense of smell and taste
 Cough (30% of infected individuals)
 Hoarseness (20%)
 Posttussive vomiting
 Irritability or restlessness
 Fever (unusual; when present, typically low grade)
o Diagnosis PCR lbih cpt soalnya Common laboratory tests (WBC, CBC, ESR)
have little value. Because of the prolonged time to obtain positive culture
findings, rhinovirus culture has rarely been found useful in clinical settings. PCR
testing of respiratory specimens may be useful in evaluating severely
immunocompromised patients
Influenza A, B and C viruses (orthomyxoviridae virus)
 Genome RNA
 Influenza A is the greatest cause of mortality and morbidity among the viral types
of pneumonia.
 There are multiple subtypes of Influenza A.  Two particularly concerning subtypes to be
aware of are the avian flu/flu burung (H5N1) and swine flu/flu babi(H1N1).
 Virus influenza mempunyai selubung/simpai yang terdiri dari kompleks protein dan
karbohidrat. Virus ini mempunyai tonjolan (spikes) yang digunakan untuk menempel
pada reseptor yang spesifik pada sel-sel hospesnya pada saat menginfeksi sel. Terdapat 2
jenis spikes yaitu yang mengandung hemaglutinin (HA) dan yang mengandung
neuraminidase (NA), yang terletak dibagian terluar dari virion. Virus influenza
mempunyai 4 jenis antigen yang terdiri dari (i) protein nukleokapsid (NP) (ii).
Hemaglutinin (HA), (iii). Neuraminidase (NA), dan protein matriks (MP). Berdasarkan
jenis antigen NP dan MP, virus influenza digolongkan dalam virus influenza A, B, dan C.
 Virus influenza A ini dapat menyebabkan pandemi karena mudahnya mereka bermutasi,
baik berupa antigenic drift ataupun antigenic shift sehingga membentuk varian-varian
baru yang lebih pathogen. Terdapat 15 jenis subtipe HA dan 9 jenis subtipe NA. Dari
berbagai penelitan seroprevalensi secara epidemiologis menunjukkan bahwa beberapa
subtipe virus influenza A telah menyebabkan wabah pandemi antara lain H7N7 (1977),
H3N2 (1968), H2N2 (1957), H1N1 (1918), H3N8 (1900), dan H2N2 (1889)
 Virus influenza B adalah jenis virus yang hanya menyerang manusia, sedangkan virus
influenza C, jarang ditemukan walaupun dapat menyebabkan infeksi pada manusia dan
binatang. Jenis virus influenza B dan C jarang sekali atau tidak menyebabkan wabah
pandemic
 Penularan atau transmisi dari virus influenza secara umum dapat terjadi melalui inhalasi,
kontak langsung, ataupun kontak tidak langsung tapi Sebagian besar kasus pada manusia
disebabkan penularan virus dari unggas yang terinfeksi ke manusia
 Pada umumnya pasien yang terkena influenza mengeluh demam, sakit kepala, sakit otot,
batuk, pilek dan kadang-kadang sakit pada waktu menelan dan suara serak. Gejala-gejala
ini dapat didahului oleh perasaan malas dan rasa dingin. Pada pemeriksaan fisik tidak
dapat ditemukan tanda-tanda karakteristik kecuali hiperemia ringan sampai berat pada
selaput lendir tenggorok. Gejala-gejala akut ini dapat berlangsung untuk beberapa hari
dan hilang dengan spontan. Setelah periode sakit ini, dapat dialami rasa capek dan cepat
lelah untuk beberapa waktu.
SARS (Coronaviridae)

Coronavirus (CoV) adalah keluarga besar dari virus yang menyebabkan penyakit, mulai dari flu
biasa hingga penyakit yang lebih parah, seperti Middle East Respiratory Syndrome (MERS-
CoV) dan Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS-CoV). Sebagian besar coronavirus adalah
virus yang tidak berbahaya. Coronavirus adalah virus zoonosis, artinya virus ini disebarkan
melalui hewan dan manusia.

Dikutip dari WHO, investigasi menunjukkan bahwa SARS-CoV ditularkan dari musang ke

manusia, sementara itu MERS-CoV ditularkan dari unta dromedaris ke manusia.

CoV pada manusia (HCoV) pertama kali ditemukan pada tahun 1960 di hidung pasien yang
terkena flu biasa.

Dua coronavirus pada manusia, yaitu OC43 dan 229E, adalah yang bertanggung jawab atas
terjadinya sebagian flu biasa.

Virus ini diberi nama berdasarkan proyeksi mirip mahkota di permukaannya. “Corona” dalam
bahasa Latin berarti “halo” atau “mahkota”.

Penyebaran coronavirus adalah sama seperti virus yang penyebab flu lainnya, seperti dari batuk
dan bersin, atau dari sentuhan orang yang terinfeksi.

Virus Corona merupakan virus RNA dengan ukuran partikel 60-140 nm menurut penelitian di
china di Wuhan dengan memanfaatkan rangkaian genom 2019-nCoV, yang berhasil diisolasi dari
pasien yang terinfeksi di Wuhan. Rangkaian genom 2019-nCoV kemudian dibandingkan dengan
SARSCoV dan MERS-CoV. Hasilnya, beberapa rangkaian genom 2019-nCoV yang diteliti
nyaris identik satu sama lain dan 2019-nCoV berbagi rangkaian genom yang lebih homolog
dengan SARS-CoV dibanding dengan MERSCoV

Hasil mikrograf elektron dari partikel untai negatif 2019-nCoV menunjukkan bahwa morfologi
virus umumnya berbentuk bola dengan beberapa pleomorfisme. Diameter virus bervariasi antara
60-140 nm. Partikel virus memiliki protein spike yang cukup khas, yaitu sekitar 9-12 nm dan
membuat penampakan virus mirip seperti korona matahari. Morfologi yang didapatkan oleh Zhu
dkk. (2020) serupa dengan family Coronaviridae

Mekanisme virulensi virus corona berhubungan dengan protein struktural dan protein non
struktural. Virus Corona menyediakan messenger RNA (mRNA) yang dapat membantu proses
translasi dari proses replikasi/transkripsi. Gen yang berperan dalam proses replikasi/transkripsi
ini mencakup 2/3 dari rangkaian RNA 5’-end dan dua Open Reading Frame (ORF) yang
tumpang tindih, yaitu ORF1a dan ORF1b. Dalam tubuh inang, virus Corona melakukan sintesis
poliprotein 1a/1ab (pp1a/pp1ab). Proses transkripsi pada sintesis pp1a/pp1ab berlangsung
melalui kompleks replikasi-transkripsi di vesikel membran ganda dan juga berlangsung melalui
sintesis rangkaian RNA subgenomik.

Jalan masuk virus ke dalam sel merupakan hal yang esensial untuk transmisi. Seluruh virus
Corona mengode glikoprotein permukaan, yaitu protein spike (protein S), yang akan berikatan
dengan reseptor inang dan menjadi jalan masuk virus ke dalam sel. Untuk genus
betacoronavirus, terdapat domain receptor binding pada protein S yang memediasi interaksi
antara reseptor pada sel inang dan virus. Setelah ikatan itu terjadi, protease pada inang akan
memecah protein S virus yang selanjutnya akan menyebabkan terjadinya fusi peptida spike dan
memfasilitasi masuknya virus ke dalam tubuh inang
Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS)
 Genome RNA
 A subset of Coronavirus causing life-threatening pneumonia
 Severe acute respiratory syndrome (SARS) is a viral respiratory illness that first emerged in
China in November 2002, and later spread through international travel to 29 countries worldwide
causing large outbreaks in Hong Kong; Taiwan; Singapore; Hanoi, Vietnam; and Toronto,
Canada. According to the World Health Organization (WHO),

 SARS is caused by a virus called the SARS-associated coronavirus (SARS-CoV). It was first
identified in April 2003 and is a member of the Coronaviridae family, which also includes many
of the viruses that cause the common cold. Coronaviruses have been found in many different
animal species including birds and mammals. SARS-CoV is thought to have passed from animals
to humans through close contact, butchering or eating undercooked meat in parts of Southern
China.

 For a severe respiratory illness to be SARS, there has to be a history of travel to a SARS affected
area or close personal contact with a person with SARS, within ten days before symptoms start,
this is called the epidemiological link. In general, SARS begins with a high fever (temperature
greater than 100.4°F [>38.0°C]). Other symptoms may include headache, an overall feeling of
discomfort, and body aches. Some people also have mild respiratory symptoms at the outset.
About 10% to 20% of patients have diarrhea. After 2 to 7 days, patients develop a dry cough,
shortness of breath, and pneumonia.

 SARS is spread primarily by close person-to-person contact. In the context of SARS, close
contact means having cared for or lived with someone with SARS or having direct contact with
respiratory secretions or body fluids of a patient with SARS.
 The virus that causes SARS is transmitted by the spread of respiratory droplets produced when an
infected person coughs or sneezes.
 The virus also can spread when a person touches a surface or object contaminated with these
infectious droplets and then touches his or her mouth, nose, or eyes.
 It is possible that the SARS virus might spread more broadly through the air (airborne spread) or
by other ways that are not now known.
Human bocavirus Coronavirus

 Genome RNA
 Coronal viruses are already viruses that cause pneumonia, typically in immune
incompetent people.
 Bocavirus manusia ( HBoV ) adalah nama yang diberikan untuk semua virus dalam
genus Bocaparvovirus dari keluarga virus Parvoviridae [2] yang diketahui menginfeksi
manusia
  HBoV DNA has also been detected in the blood of patients with respiratory tract
infection and in fecal samples of patients with diarrhea with or without concomitant
respiratory symptoms. A characteristic feature of HBoV studies is the high frequency of
coinciding detections, or codetections, with other viruses
 First, HBoV is not related to a known human respiratory pathogen. Second, HBoV may
be shed persistently, since other human parvoviruses (B19V, PARV4, and the AAVs)
have the capacity for asymptomatic persistence. Third, HBoV is commonly detected in
association with other respiratory viruses which have an established pathogenic potential.
These facts raise the possibility that HBoV detection in respiratory tract samples simply
reflects asymptomatic persistence or prolonged viral shedding. Another hypothesis is that
HBoV is reactivated or produces a transient asymptomatic superinfection that is triggered
by the presence of another replicating respiratory agent
 However, one subtype of coronavirus is the virus causing Middle Eastern respiratory
syndrome, and another has been implicated in severe acute respiratory syndrome.
Middle East Respiratory Syndrome MERS (Coronavirus)

 Genome RNA
 A subset of the coronavirus associated with severe pneumonia. This was first observed in
the Middle East and had an initial mortality rate of 30%.

 Apakah virus MERS itu? Mers-CoV (Middle East Respiratory Syndrom Corona Virus)
adalah penyakit sindrom pernapasan yang disebabkan oleh virus Corona yang menyerang
saluran pernapasan mulai dari yg ringan s/d berat. Virus ini merupakan jenis baru dari
kelompok Coronavirus (Novel Corona Virus).

 Bagaimana cara penularan virus MERS? ➢ Penularan dari hewan ke manusia.

Mengingat strain Mers-Cov yang sesuai dengan strain manusia telah dapat diisolasi dari
unta di beberapa negara (Mesir, Oman, Qatar dan Arab Saudi). Hal tersebut diyakini
bahwa manusia dapat terinfeksi melalui kontak langsung atau tidak langsung dengan unta
yang terinfeksi di Timur Tengah. ➢ Penularan dari manusia ke manusia Virus ini dapat
menular antar manusia secara terbatas, dan tidak terdapat transmisi penularan antar
manusia yang berkelanjutan. Kemungkinan penularannya dapat melalui :
a. Langsung : melalui percikan dahak (droplet) pada saat pasien batu atau bersin.
b. Tidak Langsung : melalui kontak dengan benda yang terkontaminasi virus.

 Siapa yang berisiko terinfeksi virus MERS Tenaga Kerja Indonesia, mahasiswa, jemaah
Haji dan Umroh, wisatawan atau pebisnis yang ada di kawasan Timur Tengah.
 Apa saja gejala infeksi virus MERS? Demam, batuk, dan / atau sesak napas. Pada semua
kasus Mers-CoV mengalami gejala dan tanda Pneumonia. Biasanya pasien memiliki
penyakit ko-morbid (penyakit penyerta). Beberapa kasus mengalami gejala gangguan
gastrointestinal seperti diare. Masa inkubasinya 2-14 hari.
 Komplikasi berat yang dapat terjadi pada pasien Mers-CoV seperti kegagalan pernafasan
akut yang menyebabkan pasien tidak sadar, gagal ginjal, Acute Respiratory Distress
 Syndrome (ARDS) dengan kegagalan multi-organ. Virus tampaknya menyebabkan
penyakit yang lebih parah pada orang dengan sistem kekebalan tubuh lemah, orang tua
dan orang-orang dengan penyakit kronis seperti diabetes, hipertensi, penyakit jantung,
kanker dan penyakit paru-paru konis dan defisiensi immunitas (immunocompromised).
 Apa jenis pemeriksaan virus MERS? - Pemeriksaan diagnosis laboratorium kasus infeksi
Mers-CoV dilakukan dengan metoda RTPCR dan dikonfirmasi dengan tehnik
sekuensing. - Penting untuk diingat bahwa serangkaian hasil negatif tidak berarti
mengeliminasi kemungkinan infeksi pada pasien yang menunjukan gejala klinis. Saat
bukti klinis dan epidemiologi menunjukkan adanya infeksi MersCoV meskipun hasil
PCRnya negatif, pengujian serologis dapat dilakukan untuk memastikan terjadinya
infeksi.
Adenovirus (adenoviridae)
 Genome DNA
 Adenovirus most commonly causes pneumonia in people with solid organ transplantation
or hematological transplantation
 adalah keluarga virus yang memiliki inang vertebrata. Bentuk virus
ini ikosahedral dengan diameter virion 70-100 nm dan genom 36-38kb. Adenoviridae
memiliki dua genus yaitu Mastadenovirus dan Aviadenovirus

 Adenoviruses are common viruses that cause a range of illness. They can cause cold-like
symptoms, fever, sore throat, bronchitis, pneumonia, diarrhea, and pink eye
(conjunctivitis). You can get an adenovirus infection at any age. People with weakened
immune systems or existing respiratory or cardiac disease are more likely than others to
get very sick from an adenovirus infection
 Adenoviridae banyak menginfeksi manusia dan menjadi laten pada jaringan limfoid,
namun juga memiliki kemampuan onkogenesis pada hewan coba rodensia Adenoviridae
kebanyakan menyerang anak-anak dan orang militer dengan menginfeksi saluran
pernapasan, infeksi pada mata, radang kantung kemih yang menyebabkan hematuria,
serta encephalitis

Adenoviruses are usually spread from an infected person to others through

 close personal contact, such as touching or shaking hands

 the air by coughing and sneezing
 touching an object or surface with adenoviruses on it, then touching your
mouth, nose, or eyes before washing your hands

Enteroviruses
 RNA
 Enteroviruses, although common causes of polio, gastrointestinal, and upper respiratory
tract syndromes, are less common causes of viral pneumonia.
Varicella-zoster virus
 DNA
 Varicella-zoster virus is associated with both chickenpox and shingles and may cause
severe types of pneumonia, particularly in non-immune pregnant women, non-gravid-
adults with chickenpox. It is a fairly common cause of pneumonia in people with HIV
post-shingles outbreak
Herpes simplex virus
 DNA
 HSV I and II are both associated with viral pneumonia in immune-compromised patients,
including those with HIV, solid organ transplantation, and hematopoietic transplantation.
Minimi virusCytomegalovirus (CMV)
 DNA
 CMV is a significant cause of pneumonia in HIV-infected patients with a CD4 count less
than 100 cells per millimeter squared.
 CMV is also frequently implicated in pneumonia in recipients of solid organ transplant
and hematopoietic transplant.
Hantavirus
 RNA
 Hantavirus is a zoonotic viral pathogen that emerged in the American Southwest and is
associated with rodent feces exposure.
 Hantavirus pneumonia is associated with frequent rapid respiratory failure and
cardiovascular collapse.
ParechovirusesEpstein-Barr virus (EBV)
 DNA
 Epstein-Barr virus, although commonly implicated in mono-like syndromes, can be rarely
associated with viral pneumonia. The majority of which occur in people with
hematological dyscrasias.
Human herpesvirus 6 and 7
 DNA
Measles
 RNA
 A childhood exanthemata’s illness that, although less common in the industrialized world
secondary to vaccination, remains a major contributor to worldwide childhood mortality
secondary to viral pneumonia as a sequela.
2. Describe the characteristic of the SARS-CoV2 virus; transmission; and
pathophysiology of SARS-CoV2 infection
Coronavirus (CoV) merupakan keluarga besar virus RNA (Ribo Nucleic Acid) yaitu virus ber-
strand tunggal yang termasuk ordo Nidoviral, yang terdiri dari famili Coronaviridae, Roniviridae,
Mesoniviridae dan Arteriviridae. Famili Coronaviridae dapat dibagi menjadi dua subfamili yaitu
Coronavirinae dan Torovirinae. Subfamili Coronavirinae terbagi menjadi 4 genus yaitu alfa, beta,
gamma dan delta. Dua genus yang dapat menginfeksi manusia adalah genus alfa dan beta . Virus
ini memiliki struktur sebagai virus enveloped RNA dalam lipid bilayer.  SARS dengan diameter
65-125 nm, memiliki zat nukleat berupa RNA dengan panjang sekitar 26-32 kb. SARS-CoV-2
adalah β-coronavirus baru. Virus SARS-CoV-2, seperti SARS-CoV dan MERS-CoV, adalah anggota
dari subgroup β coronavirus. Pada urutan genome SARS-CoV-2 dan SARS memiliki kesamaan
sekitar 79%, CoV-2 adalah sebuah partikel berbentuk bulat atau oval, sering ditemukan juga
berbentuk polimorfik dengan diameter 60-140 nm. Lipid bilayer pada virus akan berfusi dengan
membran sel host. Kemudian akan terjadi realease RNA virus ke dalam sitoplasma dan
dilanjutkan dengan translasi dari protein virus. Replikasi genome RNA dan sintesis protein virus
akan membentuk virus baru dan keluar dari sel. Virus ini memiliki glikoprotein pada permukaan
virus yaitu spike (S)-glikoprotein. Virus masuk melalui ikatan dengan 2 protein ini, yaitu spike
protein (S-protein) yang mengekspresikan seperti homotrimer pada envelope virus. Pada setiap
S-protein memiliki 2 subunit yaitu S1 dan S2. Subunit S1 terdiri dari receptor-binding domain
yang akan mengikat reseptor target dari sel host, sedangkan subunit S2 akan mengatur proses
fusi pada membran sel. S-protein ini akan berikatan dengan reseptor ACE2. beberapa analisis
mengungkapkan bahwa SARS-CoV-2 menggunakan angiotensinconverting enzyme 2 (ACE2)
sebagai reseptor, seperti halnya SARS-CoV. S-protein SARS-CoV-2 secara langsung berikatan
dengan permukaan ACE2 yang memfasilitasi pemasukan dan replikasi virus. sehingga fungsi S
protein dari SARS-CoV-2 berperan dalam masuknya virus ke dalam sel inang. Interaksi antara
virus SARS dan ACE2 memungkinkan sebagai faktor potensial dalam infektivitasnya. Protein S
pada SARS-CoV-2 dan SARS-CoV memiliki struktur tiga dimensi yang hampir identik pada domain
receptor-binding. Protein S pada SARS-CoV memiliki afinitas ikatan yang kuat dan pengenalan
yang sangat baik dengan ACE2 pada manusia.
Pathogenesis : Virus melewati membran mukosa, terutama mukosa nasal dan laring, kemudian
memasuki paru-paru melalui traktus respiratorius. Selanjutnya, virus akan menyerang organ
target yang mengekspresikan Angiotensin Converting Enzyme 2 (ACE2), seperti paru-paru,
jantung, sistem renal dan traktus gastrointestinal. Protein S pada SARS-CoV-2 memfasilitasi
masuknya virus corona ke dalam sel target. Masuknya virus bergantung pada kemampuan virus
untuk berikatan dengan ACE2, yaitu reseptor membran ekstraselular yang diekspresikan pada
sel epitel, dan priming protein S ke protease selular. Pengikatan dari S-protein SARS-CoV-2 ke
ACE2 menyebabkan penurunan dari regulasi ACE2, yang pada gilirannya menyebabkan produksi
angiotensin yang berlebihan oleh enzim ACE yang terkait karena sedikit jumlah ACE2 yang
mampu mengubahnya menjadi angiotensin. SARS-CoV-2 yang mengikat ACE2 untuk merangsang
penggabungan virus dan peptidase dapat menghilangkan ACE2 dari jalur sistem RAAS .
Glikoprotein dari envelope virus SARS-CoV-2 berikatan dengan reseptor selulernya, ACE2.
Masuknya SARS-CoV-2 ke dalam sel dilakukan dengan fusi membran langsung antara virus dan
membran plasma. Setelah virus memasuki sel, genom RNA virus dilepaskan ke dalam sitoplasma
dan diterjemahkan menjadi dua poliprotein dan protein struktural, setelah itu genom virus
mulai bereplikasi. Glikoprotein amplop yang baru dibentuk dimasukkan ke dalam membran
retikulum endoplasma atau Golgi, dan nukleokapsid dibentuk oleh kombinasi RNA genom dan
protein nukleokapsid. Kemudian, partikel virus tumbuh ke dalam retikulum endoplasma-
kompartemen Golgi (ERGIC). Akhirnya, vesikel yang mengandung partikel virus kemudian
bergabung dengan membran plasma untuk melepaskan virus
Periode inkubasi untuk COVID19 antara 3-14 hari. Ditandai dengan kadar leukosit dan limfosit
yang masih normal atau sedikit menurun, serta pasien belum merasakan gejala. Selanjutnya,
virus mulai menyebar melalui aliran darah, terutama menuju ke organ yang mengekspresikan
ACE2 dan pasien mulai merasakan gejala ringan. Empat sampai tujuh hari dari gejala awal,
kondisi pasien mulai memburuk dengan ditandai oleh timbulnya sesak, menurunnya limfosit,
dan perburukan lesi di paru. Jika fase ini tidak teratasi, dapat terjadi Acute Respiratory Distress
Syndrome(ARSD), sepsis, dan komplikasi lain. Tingkat keparahan klinis berhubungan dengan usia
(di atas 70 tahun), komorbiditas seperti diabetes, penyakit paru obstruktif kronis (PPOK),
hipertensi, dan obesitas

Sistem imun innate dapat mendeteksi RNA virus melalui RIG-Ilike receptors, NOD-like receptors,
dan Toll-like receptors. Hal ini selanjutnya akan menstimulasi produksi interferon (IFN), serta
memicu munculnya efektor anti viral seperti sel CD8+, sel Natural Killer (NK), dan makrofag.
Infeksi dari betacoronavirus lain, yaitu SARS-CoV dan MERS-CoV, dicirikan dengan replikasi virus
yang cepat dan produksi IFN yang terlambat, terutama oleh sel dendritik, makrofag, dan sel
epitel respirasi yang selanjutnya diikuti oleh peningkatan kadar sitokin proinflamasi seiring
dengan progress penyakit. Infeksi dari virus mampu memproduksi reaksi imun yang berlebihan
pada inang. Pada beberapa kasus, terjadi reaksi yang secara keseluruhan disebut “badai sitokin”.
Badai sitokin merupakan peristiwa reaksi inflamasi berlebihan dimana terjadi produksi sitokin
yang cepat dan dalam jumlah yang banyak sebagai respon dari suatu infeksi. Dalam kaitannya
dengan Covid-19, ditemukan adanya penundaan sekresi sitokin dan kemokin oleh sel imun
innate dikarenakan blokade oleh protein non-struktural virus. Selanjutnya, hal ini menyebabkan
 terjadinya lonjakan sitokin proinflamasi dan kemokin (IL-6, TNFα, IL-8, MCP-1, IL-1 β, CCL2, CCL5,
dan interferon) melalui aktivasi makrofag dan limfosit. Pelepasan sitokin ini memicu aktivasi sel
imun adaptif seperti sel T, neutrofil, dan sel NK, bersamaan dengan terus terproduksinya sitokin
proinflamasi. Lonjakan sitokin proinflamasi yang cepat ini memicu terjadinya infiltrasi inflamasi
oleh jaringan paru yang menyebabkan kerusakan paru pada bagian epitel dan endotel.
Kerusakan ini dapat berakibat pada terjadinya ARDS dan kegagalan multi organ yang dapat
menyebabkan kematian dalam waktu singkat
Seperti diketahui bahwa transmisi utama dari SARS-CoV-2 adalah melalui droplet. Menurut
penelitian Xiao dkk. (2020) menunjukkan bahwa dari 73 pasien yang dirawat karena Covid19,
terdapat 53,42% pasien yang diteliti positif RNA SARS- CoV-2 pada fesesnya. meskipun pada
sampel pernafasan sudah menunjukkan hasil negatif. Akan tetapi, ada kemungkinan terjadinya
transmisi melalui fekal-oral. Hal ini menunjukkan bahwa SARS-CoV-2 juga dapat menginfeksi
saluran pencernaan dan berkemungkinan untuk terjadi transmisi melalui fekal-oral

3. Distinguish 5 types of Covid-19 case; sign and symptoms of Covid19 and bacterial
pneumonia

4. Describe the types of clinical specimens; and state the molecular methods to
diagnose SARS-CoV2 infection

LO

1. Bagaimana Hipertensi bisa menyebabkan SOB

Hipertensi mengacu pada peningkatan tekanan darah sistemik yang menaikkan resistensi
terhadap pemompaan darah dari ventrikel kiri ke aorta. Akibatnya, beban kerja 
j a n t u n g  bertambah. Sebagai mekanisme kompensasinya, terjadilah hipertrofi ventrikel kiri untuk
meningkatkan kekuatan kontraksi. Akan tetapi, lama-kelamaan terjadi dilatasi atau
payah jantung atau gagal jantung. Terjadi peningkatan kebutuhan oksigen pada miokard akibat hipertrofi
ventrikel dan peningkatan beban kerja jantung, serta diperparah oleh aterosklerosis coroner artery yang
menyebabkan infark miokard. gagal jantung menyebabkan terjadinya penurunan curah jantung (cardiac
output) suplai darah menurun sehingga terjadi hipoksia di jaringan. Sebagai mekanisme
kompensasinya,denyut jantung dipercepat. Akan tetapi, terjadi elevasi ventrikel kiri dan tekanan atrium
yang menuju ke peningkatan tekanan kapiler pulmonal yang  menyebabkan edema
paru. edema paru dapat berimbas pada terjadinya dispnea.
2. Gambar Saluran pernafasan
3. Membedakan ISPA dengan ISPB dan Patofisiologi ISPA menjadi ISPB
Infeksi Saluran Pernapasan Akut (ISPA) merupakan infeksi yang terdapat pada saluran nafas atas
maupun saluran nafas bagian bawah. Infeksi akut ini menyerang salah satu bagian/lebih dari
saluran napas mulai hidung sampai alveoli termasuk adneksanya (sinus, rongga telinga tengah,
pleura) (Depkes RI, 2012). Menurut WHO, ISPA adalah penyakit saluran pernapasan atas atau
bawah, biasanya menular, yang dapat menimbulkan berbagai spektrum penyakit yang berkisar
 dari penyakit tanpa gejala atau infeksi ringan sampai penyakit yang parah dan mematikan,
tergantung pada patogen penyebabnya, faktor lingkungan, dan faktor pejamu

ISPA dibagi menjadi infeksi saluran pernafasan bagian atas dan infeksi saluran pernafasan bagian
bawah. Infeksi saluran pernapasan atas adalah 9 infeksi yang disebabkan oleh virus dan bakteri
termasuk nasofaringitis atau common cold, faringitis akut, uvulitis akut, rhinitis, nasofaringitis
kronis, sinusitis. Sedangkan, infeksi saluran pernapasan akut bawah merupakan infeksi yang
telah didahului oleh infeksi saluran atas yang disebabkan oleh infeksi bakteri sekunder, yang
termasuk dalam penggolongan ini adalah bronkhitis akut, bronkhitis kronis, bronkiolitis dan
pneumonia). Menurut Daniel YT Goh. et al. ISPA dibagi atas beberapa klasifikasi menurut gejala
klinisnya, yaitu: Rinitis infeksi akut, Faringitis dan tonsilitis, Otitis media, Sinusitis akut,
Laryngotracheo-bronchitis, Epiglotitis, Bronkitis akut, Bronkiolitis akut, Pneumonia.
Menurut Depkes RI tahun 2012, klasifikasi ISPA dapat dibedakan berdasarkan berat ringannya
gejala yang ditimbulkan, yaitu tanda dan gejala ringan (bukan pneumonia), sedang (pneumonia
sedang/pneumonia), dan berat (pneumonia berat). Penyakit batuk-pilek seperti rinitis, faringitis,
tonsilitis dan penyakit jalan napas bagian atas lainnya digolongkan sebagai bukan pneumonia.

 Ringan (bukan pneumonia) Tidak ada tarikan dinding dada bagian bawah ke dalam
(TDDK), batuk tanpa pernafasan cepat atau kurang dari 40 kali/menit, hidung tersumbat
atau berair, tenggorokan merah, dan telinga berair. Tanda emergency untuk golongan
umur 2 bulan-5 tahun yaitu : tidak bisa minum, kejang, kesadaran menurun, stridor, dan
gizi buruk
 Sedang (pneumonia sedang/pneumonia) 10 Tidak ada TDDK, batuk dan nafas cepat
tanpa stridor, gendang telinga merah, dari telinga keluar cairan kurang dari 2 minggu.
Faringitis purulen dengan pembesaran kelenjar limfe yang nyeri tekan (adentis servikal).
 Berat (pneumonia berat) Terdapat TDDK pada waktu anak menarik nafas (pada saat
diperiksa anak harus dalam keadaan tenang, tidak menangis atau meronta), batuk
dengan nafas berat, cepat dan stridor, membran keabuan di taring, kejang, apnea,
dehidrasi berat / tidur terus, sianosis dan adanya penarikan yang kuat pada dinding
dada sebelah bawah ke dalam.
4. Etiologi yang menyebabkan SOB dari mnemonic (Autoimmune, metabolic,
iatrogenic, idiopathic, neoplastic, congenital, degenerative, endocrine)

5. Pasien seperti apa yang memiliki risiko viral pneumonia

Pneumonia can affect anyone at any age, but the two age groups at the highest risk both for contracting
it and for having more severe cases are children under age 2 and adults over age 65.

 Being in the hospital: Because your immune system is already weakened, your risk of
developing pneumonia is higher if you're hospitalized in the ICU. Your risk is even
higher if you're on a ventilator to help you breathe pasien dengan ventilator.
  Having a chronic disease: If you have COPD, asthma, heart disease, bronchiectasis,
cystic fibrosis, diabetes, celiac disease, or sickle cell disease, your risk of contracting
pneumonia is higher than that of the general population.14
 Having a suppressed immune system: If you have HIV or AIDS, have had an organ or
bone marrow transplant, are receiving chemotherapy or long-term steroids, or have an
autoimmune disorder, you're at higher risk for pneumonia.
 Difficulty swallowing: If you have a hard time swallowing due to a condition like
Parkinson's disease or because of a stroke, you're at a higher risk of aspirating food,
drink, saliva, or vomit and, thus, developing aspiration pneumonia

Pneumonia disebabkan oleh beberapa faktor yang saling memengaruhi, yaitu

mikroorganisme/agen, berat bayi pada saat dilahirkan rendah (≤2500 gram), pemberian ASI
tidak secara eksklusif (pemberian ASI selama 6 bulan tanpa diberikan makanan pendamping
lain), tidak lengkapnya imunisasi dasar, pemberian vitamin A yang tidak adekuat, pemberian
makanan tambahan terlalu dini, dan faktor lingkungan. Semua faktor tersebut akan saling
mempengaruhi dan dapat mengakibatkan menurunnya daya tahan tubuh terhadap penyakit.
Apabila ada mikroorganisme penyebab penyakit pneumonia, bayi dan balita tersebut dapat
terkena pneumonia. Pneumonia pada pokoknya dapat dicegah dengan menggunakan vaksin Hib
(Haemophilus influenza tipe b) konyugat karena infeksi yang disebabkan oleh bakteri Hib dapat
mengakibatkan pneumonia yang banyak menyerang anak dibawah lima tahun. Imunisasi
campak yang efektif, sekitar 11% kematian pneumonia balita dapat dicegah karena penyakit
campak yang disebakan oleh virus myxovirus viridae measles mempunyai komplikasi menjadi
pneumonia, dengan imunisasi pertusis 6% kematian pneumonia juga dapat dicegah.

Faktor yang sulit untuk diintervensi karena bersifat bawaan dari orang tua. Penyakit yang dapat
diturunkan dari orang tua dan dapat menjadi faktor risiko infeksi pneumonia adalah penyakit
asma. Hasil penelitian Aminasty (2017) menunjukkan bahwa ada hubungan antara riwayat
penyakit asma dengan kejadian pneumonia

Risk factors that may have to do with your lifestyle choices increase your likelihood of
developing pneumonia and include:

 Smoking: If you smoke, your risk of contracting pneumonia is higher than that of the
general population because smoking compromises your immune system's ability to
defend itself from the organisms that make you sick.16
 Pencemaran udara dalam rumah Asap rokok dan asap hasil pembakaran bahan bakar untuk
memasak dengan konsentrasi tinggi dapat merusak mekanisme pertahanan paru sehingga akan
memudahkan timbulnya pneumonia. Hasil penelitian diperoleh adanya hubungan antara
pneumonia dan polusi udara, diantaranya ada peningkatan risiko bronkitis, pneumonia pada
anak-anak yang tinggal di daerah lebih terpolusi, dimana efek ini terjadi pada kelompok umur 9
bulan dan 6-10 tahun.
 Kurangnya ventilasi dirumah dan kepadatan hunian rumah
 Drug or excessive alcohol use: Drinking too much alcohol or using drugs is another risk
factor for pneumonia because you may aspirate food, drink, or vomit into your lungs
while you're under the influence.
  Malnutrition: Being undernourished contributes to a higher risk of developing
pneumonia and of it being more severe, especially in young children and older adults. It's
estimated that malnutrition is the underlying cause of death in 45 percent of
children under the age of 5 worldwide.17
 Exposure to animals, chemicals, or environmental toxins: Being around animals can
expose you to infected droppings that get in the soil. Certain chemicals and pollutants
may also increase your risk of pneumoni

6. Sign and features of viral pneumonia

There are no pathognomonic history cues for the diagnosis of viral pneumonia as opposed to
bacterial pneumonia. However, cues are suggestive in the differential diagnosis of viral
pneumonia:
 Gradual onset
 Lower body temperature
 Lack of purulent sputum
 History of immunosuppression
 Prodromal viral upper respiratory tract illness (ispa akibat virus predormal)
 History of HIV
 History of solid organ transplantation or hematopoietic transplantation
 History of neoplasm
 Concomitant flu symptoms (gejala flu yang menyertai)
 Concomitant gastrointestinal symptoms (gejala gastrointestinal yang menyertai)
There are no pathognomonic physical examination findings for the diagnosis of viral pneumonia
as opposed to bacterial pneumonia. However, physical findings are suggestive in the differential
diagnosis of viral pneumonia:
 Tachycardia or tachypnea out of proportion to the temperature
 Temperature elevation disproportionately low to the level of debility
 Concomitant upper respiratory tract infection
 Rash
 Bilateral positive lung findings 
The common constitutional symptoms of viral pneumonias are fever, chills,
nonproductive cough, rhinitis, myalgias, headaches, and fatigue.
Symptoms of viral pneumonia are similar to that of bacterial pneumonia,
 although studies have shown a lower probability of having chest pain and
rigors in viral pneumonias

On a macroscopic level, viral pneumonia can occur through one of three mechanisms:
1. Direct inoculation of viral particle into the lung (e.g., RSV or influenza)
2. Spread in a contiguous fashion from viral infections near the upper respiratory tract (e.g.,
measles)
3. Hematogenous spread from a distant viral infection (e.g., CMV) 
On a microscopic level, the general pattern of viral pneumonia pathogenesis is as follows. Note
that individual viral species causing pneumonia will have some variation from this scheme.
 The target cell is the pneumocyte with resultant alveolar damage.
 The submucosa of the alveoli is targeted, causing inflammation and secondary edema,
microhemorrhage, and cellular immune reaction.
 The cellular reaction consists of mononuclear lymphocytes and progresses to PMNs
recruitment.
 Fibrin is released.
 Both CD4 and CD8 cells are involved, beginning a cascade of immune product secretion
that can end in increased vascular permeability and resultant edema.
 This process may lead to intra-alveolar organization and an obliterans clinical picture.
 The far end of the spectrum of the process includes interstitial pneumonia, pulmonary
edema, and cardiogenic shock.
7. Virus apa saja yang dapat menjadi penyebab infeksi saluran nafas, terangkan masing2

8. All about COVID-19, etiologi, epidemiologi, pathogenesis, diagnosis, sign and symptoms,
prevention, komplikasi, staging

coronavirus, jenis betacoronavirus tipe baru, diberi nama 2019 novel Coronavirus (2019-
nCoV). Pada tanggal 11 Februari 2020,
World Health Organization memberi nama virus baru tersebut Severe acute respiratory
syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) dan nama penyakitnya sebagai Coronavirus disease
2019 (COVID-19) (WHO, 2020). Pada mulanya transmisi virus ini belum dapat ditentukan apakah
dapat melalui antara manusia-manusia.

Mulanya Pada Desember 2019, rumah sakit setempat di kota Wuhan, Cina, mulai didatangi pasien
dewasa dengan gejala sindrom pernapasan akut yang parah tanpa diketahui penyebabnya Saat ini
ada sebanyak 65 negara terinfeksi virus corona. Menurut data WHO per tanggal 2 Maret 2020 jumlah
penderita 90.308 terinfeksi Covid-19. Di Indonesia pun sampai saat ini terinfeksi 2 orang. Angka
kematian mencapai 3.087 atau 2.3% dengan angka kesembuhan 45.726 orang.

Coronavirus merupakan virus RNA strain tunggal positif, berkapsul dan tidak bersegmen.
Coronavirus tergolong ordo Nidovirales, keluarga Coronaviridae. Struktur coronavirus
membentuk struktur seperti kubus dengan protein S berlokasi di
permukaan virus. Protein S atau spike protein merupakan salah satu protein antigen utama
virus dan merupakan struktur utama untuk penulisan gen. Protein S ini berperan dalam
penempelan dan masuknya virus kedalam sel host (interaksi protein S dengan reseptornya di
sel inang) (Wang, 2020). Coronavirus bersifat sensitif terhadap panas dan secara efektif dapat
diinaktifkan oleh desinfektan mengandung klorin, pelarut lipid dengan suhu 56℃ selama 30
menit, eter, alkohol, asam perioksiasetat, detergen non-ionik, formalin, oxidizing agent dan
kloroform. Klorheksidin tidak efektif dalam menonaktifkan virus

Patogenesis dan Patofisiologi

Kebanyakan Coronavirus menginfeksi hewan dan bersirkulasi di hewan. Coronavirus
menyebabkan sejumlah besar penyakit pada hewan dan kemampuannya menyebabkan
penyakit berat pada hewan seperti babi, sapi, kuda, kucing dan ayam. Coronavirus disebut
dengan virus zoonotik yaitu virus yang ditransmisikan dari hewan ke manusia. Banyak hewan
liar yang dapat membawa patogen dan bertindak sebagai vektor untuk penyakit menular
tertentu. Kelelawar, tikus bambu, unta dan musang merupakan host yang biasa ditemukan
untuk Coronavirus. Coronavirus pada kelelawar merupakan sumber utama untuk kejadian
severe acute respiratorysyndrome (SARS) dan Middle East respiratory syndrome (MERS)
(PDPI, 2020).
Coronavirus hanya bisa memperbanyak diri melalui sel host-nya. Virus tidak bisa hidup tanpa
sel host. Berikut siklus dari Coronavirus setelah menemukan sel host sesuai tropismenya.
Pertama, penempelan dan masuk virus ke sel host diperantarai oleh Protein S yang ada
dipermukaan virus.5 Protein S penentu utama dalam menginfeksi spesies host-nya serta
 penentu tropisnya (Wang, 2020). Pada studi SARS-CoV protein S berikatan dengan reseptor
di sel host yaitu enzim ACE-2 (angiotensin-converting enzyme 2). ACE-2 dapat ditemukan
pada mukosa oral dan nasal, nasofaring, paru, lambung, usus halus, usus besar, kulit, timus,
sumsum tulang, limpa, hati, ginjal, otak, sel epitel alveolar paru, sel enterosit usus halus, sel
endotel arteri vena, dan sel otot polos.20 Setelah berhasil masuk selanjutnya translasi replikasi
gen dari RNA genom virus. Selanjutnya replikasi dan transkripsi dimana sintesis virus RNA
melalui translasi dan perakitan dari kompleks replikasi virus. Tahap selanjutnya adalah
perakitan dan rilis virus (Fehr, 2015).Berikut gambar siklus hidup virus (gambar 1).
Setelah terjadi transmisi, virus masuk ke saluran napas atas kemudian bereplikasi di sel epitel
saluran napas atas (melakukan siklus hidupnya). Setelah itu menyebar ke saluran napas
bawah. Pada infeksi akut terjadi peluruhan virus dari saluran napas dan virus dapat berlanjut
meluruh beberapa waktu di sel gastrointestinal setelah penyembuhan. Masa inkubasi virus
sampai muncul penyakit sekitar 3-7 hari (PDPI, 2020).
Manifestasi Klinis dan komplikasi
Infeksi COVID-19 dapat menimbulkan gejala ringan, sedang atau berat. Gejala klinis utama
yang muncul yaitu demam (suhu >380C), batuk dan kesulitan bernapas. Selain itu dapat
disertai dengan sesak memberat, fatigue, mialgia, gejala gastrointestinal seperti diare dan
gejala saluran napas lain. Setengah dari pasien timbul sesak dalam satu minggu. Pada kasus
berat perburukan secara cepat dan progresif, seperti ARDS, syok septik, asidosis metabolik
yang sulit dikoreksi dan perdarahan atau disfungsi sistem koagulasi dalam beberapa hari. Pada
beberapa pasien, gejala yang muncul ringan, bahkan tidak disertai dengan demam.
Kebanyakan pasien memiliki prognosis baik, dengan sebagian kecil dalam kondisi kritis
bahkan meninggal. Berdasarkan beratnya kasus, COVID-19 dibedakan atas beberapa
kelompok yaitu:
1) tanpa gejala;
2) ringan atau tidak berkomplikasi;
3) sedang atau moderat;
4) berat atau pneumonia berat; dan
5) kritis.
Kelompok tanpa gejala bila pada penderita tidak ditemukan gejala.
Kelompok ringan atau tidak berkomplikasi adalah penderita dengan infeksi saluran nafas
tanpa komplikasi dan gejala tidak spesifik (demam, lemah, batuk, anoreksia, sesak ringan,
kongesti hidung, sakit kepala, diare, mual, dan muntah).
Kelompok sedang atau moderat adalah penderita remaja atau dewasa dengan pneumonia tapi
tidak berat dan tidak memerlukan suplementasi oksigen, atau penderita anak dengan
pneumonia berat, batuk, sulit bernafas, dan nafas cepat.
Kelompok berat atau pneumonia berat adalah penderita remaja atau dewasa dengan demam
demam atau pengawasan infesksi saluran nafas atau pneumonia ditambah salah satu gejala;
frekuensi nafas napas ≥ 30 x/menit, distress pernapasan berat, atau saturasi oksigen (SpO2) <
300. Atau pasien anak dengan batuk atau kesulitan bernapas, ditambah setidaknya salah satu;
sianosis sentral atau SpO2 5 tahun, ≥30x/menit).
 Kelompok kritis adalah penderita dengan gagal napas, Acute Respiratory Distress Syndrome
(ARDS), syok sepsis, dan atau multiple organ failure.
Komplikasi yang paling sering ditemukan adalah pada jantung dan paru, sehingga dapat
menyebabkan kematian pada penderita COVID-19. Penderita COVID-19 yang mengalami
ARDS mencapai 41.8%. Hal ini disebabkan sel alveolar memiliki banyak reseptor ACE2,
sehingga virus ini akan menyerang alveoli. Selain ARDS dapat terjadi myocardial injury yang
mekanisme terjadinya melalui dua mekanisme. Pertama, sebagai akibat jantung memiliki
reseptor ACE2 seperti yang terdapat di paru-paru, sehingga virus menyerang sel jantung.
Mekanisme kedua yaitu melalui badai sitokin yang terjadi pada infeksi COVID-19 dapat
secara langsung menyebabkan myocardial injury. Pada kasus infeksi COVID-19 yang berat
dapat timbul acute kidney injury. Teori yang sama dengan komplikasi sebelumnya yaitu dapat
diakibatkan karena ginjal memiliki reseptor ACE2 atau dapat karena badai sitokin. Pada
penderita COVID-19 dapat terjadi co-infection yaitu infeksi oleh mikroba patogen lainnya.
Bakteri lebih sering ditemukan sebagai co-infection dibandingkan virus. Berdasarkan literatur,
mikroba yang dapat menyebabkan coinfection adalah adalah respiratory syncytial virus
(RSV), Influenza A, dan Influenza B
Berikut sindrom klinis yang dapat muncul jika terinfeksi. (PDPI, 2020). Berikut sindrom
klinis yang dapat muncul jika terinfeksi. (PDPI, 2020)
a. Tidak berkomplikasi
Kondisi ini merupakan kondisi teringan. Gejala yang muncul berupa gejala yang tidak
spesifik. Gejala utama tetap muncul seperti demam, batuk, dapat disertai dengan nyeri
tenggorok, kongesti hidung, malaise, sakit kepala, dan nyeri otot. Perlu diperhatikan
bahwa pada pasien dengan lanjut usia dan pasien immunocompromises presentasi gejala
menjadi tidak khas atau atipikal. Selain itu, pada beberapa kasus ditemui tidak disertai
dengan demam dan gejala relative ringan Pada kondisi ini pasien tidak memiliki gejala
komplikasi diantaranya dehidrasi, sepsis atau napas pendek.
b. Pneumonia ringan
Gejala utama dapat muncul seperti demam, batuk, dan sesak. Namun tidak ada tanda
pneumonia berat. Pada anak-anak dengan pneumonia tidak berat ditandai dengan batuk
atau susah bernapas
c. Pneumonia berat. Pada pasien dewasa:
 Gejala yang muncul diantaranya demam atau curiga infeksi saluran napas
 Tanda yang muncul yaitu takipnea (frekuensi napas: > 30x/menit), distress
pernapasan berat atau saturasi oksigen pasien <90% udara luar.

Transmisi Penyebaran virus ini terjadi dengan cepat.(5) Sumber infeksi adalah penderita dengan
pneumonia COVID-19. Transmisi atau penularan yang utama terjadi melalui droplet dari saluran nafas.
(6) Selain itu, transmisi terjadi akibat kontak erat dengan penderita.(1,6) Pada beberapa kondisi dapat
melalui transmisi udara (airborne). Pada penderita COVID-19 tidak ditemukan RNA di sampel urin
maupun serum
Masa inkubasi dapat terjadi pada hari ke 0-5, dilaporkan rata-rata sekitar 3-9 hari dengan kisaran
antara 0-24 hari. Pada Gambar 2 menunjukkan periode seseorang dapat menularkan (periode infeksi)
terjadi lebih dulu sebelum muncul gejala, yaitu sekitar 2.5 hari lebih awal dari gejala. Diperkirakan 44%
penularan terjadi pada periode tersebut. Melakukan kontak erat dengan seseorang yang berada dalam
periode infeksi akan berisiko tertular

Penegakkan Diagnosis
Pada anamnesis gejala yang dapat ditemukan yaitu, tiga gejala utama: demam, batuk kering
(sebagian kecil berdahak) dan sulit bernapas atau sesak.
a. Pasien dalam pengawasan atau kasus suspek / possible
1. Seseorang yang mengalami:
a. Demam (≥380C) atau riwayat demam
b. Batuk atau pilek atau nyeri tenggorokan
c. Pneumonia ringan sampai berat berdasarkan klinis dan/atau gambaran radiologis.
(pada pasien immunocompromised presentasi kemungkinan atipikal) DAN disertai
minimal satu kondisi sebagai berikut :
 Memiliki riwayat perjalanan ke Tiongkok atau wilayah/ negara yang terjangkit*
dalam 14 hari sebelum timbul gejala
 Petugas kesehatan yang sakit dengan gejala sama setelah merawat pasien
infeksi saluran pernapasan akut (ISPA) berat yang tidak diketahui penyebab /
etiologi penyakitnya, tanpa memperhatikan riwayat bepergian atau tempat
tinggal.29
2. Pasien infeksi pernapasan akut dengan tingkat keparahan ringan sampai berat dan
salah satu berikut dalam 14 hari sebelum onset gejala:
a. Kontak erat dengan pasien kasus terkonfirmasi atau probable COVID-19, ATAU
b. Riwayat kontak dengan hewan penular (jika hewan sudah teridentifikasi), ATAU
c. bekerja atau mengunjungi fasilitas layanan kesehatan dengan kasus terkonfirmasi
atau probable infeksi COVID-19 di Tiongkok atau wilayah/negara yang terjangkit.*
d. Memiliki riwayat perjalanan ke Wuhan dan memiliki demam (suhu ≥380C) atau
riwayat demam.29
b. Orang dalam Pemantauan
Seseorang yang mengalami gejala demam atau riwayat demam tanpa pneumonia yang
memiliki riwayat perjalanan ke Tiongkok atau wilayah/negara yang terjangkit, dan tidak
memiliki satu atau lebih riwayat paparan diantaranya:
 Riwayat kontak erat dengan kasus konfirmasi COVID-19
 Bekerja atau mengunjungi fasilitas kesehatan yang berhubungan dengan pasien
 konfirmasi COVID-19 di Tiongkok atau wilayah/negara yang terjangkit (sesuai dengan
perkembangan penyakit),
 Memiliki riwayat kontak dengan hewan penular (jika hewan penular sudah
teridentifikasi) di Tiongkok atau wilayah/negara yang terjangkit (sesuai dengan
perkembangan penyakit
c. Kasus Probable
Pasien dalam pengawasan yang diperiksakan untuk COVID-19 tetapi inkonklusif atau tidak
dapat disimpulkan atau seseorang dengan hasil konfirmasi positif pan-coronavirus atau beta
coronavirus.29,30
d. Kasus terkonfirmasi
Seseorang yang secara laboratorium terkonfirmasi COVID-19.

Pemeriksaan Penunjang (PDPI, 2020)

1. Pemeriksaan radiologi: foto toraks, CT-scan toraks, USG toraks. Pada pencitraan dapat
menunjukkan: opasitas bilateral, konsolidasi subsegmental, lobar atau kolaps paru atau
nodul, tampilan groundglass.
2. Pemeriksaan spesimen saluran napas atas dan bawah
 Saluran napas atas dengan swab tenggorok(nasofaring dan orofaring)
 Saluran napas bawah (sputum, bilasan bronkus, BAL, bila menggunakan endotrakeal
tube dapat berupa aspirat endotrakeal
3. Bronkoskopi
4. Pungsi pleura sesuai kondisi
5. Pemeriksaan kimia darah
6. Biakan mikroorganisme dan uji kepekaan dari bahan saluran napas (sputum, bilasan
bronkus, cairan pleura) dan darah26,27 Kultur darah untuk bakteri dilakukan, idealnya
sebelum terapi antibiotik. Namun, jangan menunda terapi antibiotik dengan menunggu
hasil kultur darah)26
7. Pemeriksaan feses dan urin (untuk investasigasi kemungkinan penularan).

9. SARS COV 2 Infection pathogenesis and specifically human infection (menggunakan

gambar)

10. Receptor yang berhubungan dengan COVID 19

Reseptor ACE2 terdapat banyak di paru-paru, jantung, ginjal dan jaringan adiposa. Ikatan 2 protein ini
dapat dijadikan target untuk pengobatan dan vaksinasi. SARS-CoV-2 memiliki mekanisme memasuki sel
host yang sama dengan SARS, namun kecepatannya lebih lambat. Perbedaannya adalah pada COVID-19,
virus terakumulasi lebih banyak pada jaringan sistemuk, sehingga memiliki masa inkubasi yang lebih
lama dan penularannya lebih tinggi. Manifestasi klinis COVID-19 yang timbul pada berbagai organ
diperkirakan sejalan dengan hasil penelitian terkini yang menunjukkan adanya ekspresi ACE2 di berbagai
organ tersebut seperti jantung, ginjal, kandung kemih, mata, dan sistem saraf termasuk otak. Temuan ini
mengindikasikan kemungkinan virus dapat menyebabkan kerusakan langsung pada jaringan yang
mengandung reseptor ACE2.

Sebnrnya ACE APA? ACE2 merupakan homolog dari angiotensin-converting enzyme (ACE) yang bekerja
menyeimbangkan fungsi ACE. Rasio ACE/ACE2 di jaringan berperan untuk mengaktivasi sistem renin-
angiotensin-aldosterone (RAAS) yang mengatur jalur keseimbangan antara proinflammatory dan pro-
fibrotic, dan anti-inflammatory dan anti-fibrotic pada proses peradangan dan kerusakan jaringan. Satu
penelitian melaporkan terjadinya peningkatan ekspresi ACE2 di jaringan endotel kapiler interstisial dan
glomerulus pada kerusakan ginjal, dan kemudian menyimpulkan bahwa ACE2 dianggap sebagai penanda
kerusakan jaringan