Seminarium 1: Struktura molekularna organelli komórkowych

Skład chemiczny oraz budowa cukrów

Cukry Aldozy Ketozy
Triozy (C3H6O3) Gliceroza (aldehyd glicerynowy) Dihydroksyaceton
Tetrozy (C4H8O4) Erytroza Erytruloza
Pentozy (C5H10O5) Ryboza Rybuloza
Heksozy (C6H12O6) Glukoza Fruktoza
Heptozy (C7H14O7) Sedoheptuloza
• Monosacharydy: węglowodany nie ulegające hydrolizie do cukrów prostych
o Podział na podstawie liczby atomów węgla:
▪ Triozy
▪ Tetrozy
▪ Pentozy
▪ Heksozy
▪ Heptozy
o Podział na podstawie obecności grupy aldehydowej lub ketonowej:
▪ Aldozy
▪ Ketozy
• Disacharydy: produkty kondensacji dwóch jednostek monosacharydowych
o Przykłady:
▪ Maltoza
▪ Sacharoza
• Oligosacharydy: produkty kondensacji 2 – 10 jednostek monosacharydowych
o Większość może być trawiona przez enzymy ludzkie.
• Polisacharydy: produkty kondensacji ponad 10 jednostek monosacharydów
o Przykłady:
▪ Skrobie i dekstryny, które mogą być kolidensatami liniowymi/rozgałęzionymi
▪ Błonnik, który jest polimerem glukozowym w ścianach komórek roślinnych
▪ Inulina, która jest polimerem fruktozowym pełniącym rolę węglowodanu
zapasowego w roślinach
o Nie mogą być trawione przez ludzkie enzymy
Cukry proste
• Nie hydrolizują do prostszych związków
Glukoza
• Najważniejszy węglowodan, bo większość węglowodanów w pokarmie jest wchłaniana do krwiobiegu
jako glukoza
• Bogate źródło energii w tkankach ssaków
• Uniwersalne „paliwo” dla płodu
• Przekształcana w inne cukry
•
Fruktoza
Ryboza
Deoksyryboza
Galaktoza
• Występuje w laktozie mleka, lipdach złożonych, w połączeniu z białkami w glikoproteinach i
proteoglikanach
 Cukry złożone
• Hydrolizują z utworzeniem dwóch cząsteczek monosacharydów → polisacharydy
Maltoza
Oligosacharydy
• Produkty kondensacji 2 – 10 jednostek monosacharydowych
Polisacharydy
• Polisacharydy:
Celuloza (błonnik)
− Dekstryny: substancje powstające
podczas częściowej hydrolizy skrobii
− Główny składnik podporowy roślin
− Nierozpuszczalna
− Struktura: Długie, proste łańcuchy
zbudowane z jednostek β-D-
glukopiranozowych połączonych
wiązaniami β(1→4) + wzmocnione
międzyłańcuchowymi wiązaniami
wodorowymi
− Nie jest trawiony przez ssaków → brak
hydrolazy działającej na wiązania
β(1→4)
− Ważny składnik pożywienia
Przykłady cukrów złożonych
Celobioza Laktoza
Przykłady polisacharydów
Glikogen („skrobia zwierzęca”)
− Zapasowy polisacharyd
organizmów zwierzęcych
− Struktura: mocniej rozgałęziona
od amylopektyny, bo jedno
odgałęzienie przyłączone do
łańcucha głównego przez
wiązanie α(1→6) glikozydowe
na 12-14 reszt α-D-
glukopiranozowych połączonych
wiązaniami α(1→4)
glikozydowymi.
Sacharoza
Skrobia (amylopektyna)
− Homopolimer glukozowy,
− najważniejsze źródło
węglowodanów w pożywieniu
− złożonna z amylozy (15-20%)
tworzącej nierozgałęzioną strukturę
helikoidalną oraz z amylopektyny
(80-85%) tworzącą łańcuchy
rozgałęzione przyłączonych 1→6
łańcuchy boczne
− indeks glikemiczny: miara
przyswajalności skrobii w produkcie
− gdzie znajdziemy skrobię?
o Ziemniaki, kasza, rośliny
strączkowe
 Porównanie budowy komórki eukariotycznej i prokariotycznej
Komórka eukariotyczna
Cecha Komórka prokariotyczna
Roślinna Grzyba Zwierzęca

Schemat budowy

Średnica około 1 µm 10 – 100 µm

zbudowana z zbudowana z
Ściana komórkowa zbudowana z peptydoglikanu brak
celulozy chityny
Błona komórkowa obecna
Cytoszkielet brak obecny
Jądro komórkowe brak obecne
Rybosomy 70S 80S
Mitochondria brak obecne
Chloroplasty brak obecne brak
Aparat Golgiego brak obecny
Siateczka
brak obecna
śródplazmatyczna
Lizosomy brak obecne
Peroksysomy brak obecne
brak (protisty
Wakuole brak obecne
mają wodniczki)

Ultrastruktura molekularna komórki

Cytoszkielet (cytoskeleton)
Cytoszkielet to zespół wewnątrzkomórkowych włókienek białkowych, który decyduje o kształcie i organizacji
wewnętrznej komórki.
• Trójwymiarowy układ utkanych i skoordynowanych włóknistych struktur (mikrtubule, mikrofilamenty,
filamenty pośrednie) z białkami towarzyszącymi
• Sieć włókien (polimerów) białkowych
• Rola: utrzymanie kształtu komórek, dynamika błon, transport wewnątrzkomórkowy, pozycjonowanie
organelli, polaryzacji komórek, ruchu komórek
• Zaburzenia w funkcjonowaniu cytoszkieletu: choroby np. pęcherzowe oddzielenie się naskórka,
miopatia, neuropatia, ciliopatia, choroby nowotworowe
• Budowa cytoszkieletu: filamenty aktynowe (mikrofilamenty), filamenty pośrednie, mikrotubule
• Główne białka budujące: aktyna i α-tubulina, β-tubulina.
• Funkcje cytoszkieletu:
o Regulacja i zmiana kształtu komórek
o Rozmieszczenie organelli
o Transport wewnętrzny
o Przemieszczanie się komórki
o Ochrona mechaniczna
 Mikrofilamenty Mikrotubule
Białka Aktyna Tubuliny α i β
Średnica 8 – 9 nm 25 nm
Funkcje Struktura komórki, ruchy Struktura, ruchy spolaryzowane

Rodzaje filamentów pośrednich i ich rozmieszczenie w komórce eukariotycznej

Białka Masa cząsteczkowa kDa Rozmieszczenie
Keratyny
Typ I (kwaśne) 40 – 60 Komórki nabłonkowe, włosy, paznokcie
Typ II (zasadowe) 50 – 70
Wimentynopodobne
Wimentyna 54 Komórki mezenchylne
Desmina 53 Mięśnie
Włókienkowate kwaśne białko gleju 50 Komórki gleju
Peryferyna 66 Neurony
Neurofilamenty
60 – 130 Neurony
Mała (L), Średnia (M), Duża (H)
Laminy
65 – 75 Błona jądrowa
A, B, C

Mikrofilamenty
Mikrotubule Filamenty pośrednie
aktynowe
Podjednostki Heterodimer GTP-αβ-
Monomery ATP-aktyna Ok. 70 różnych białek
tubulina
Preferencyjne miejsce
Koniec (+) β-tubuliny + end (barbed) Wewnętrzny
przyłączenia
 Polarność Tak Tak Nie
Aktywność
GTP-aza ATP-aza Brak
enzymatyczna
Białka motoryczne Kinezyny, dyneiny Miozyny Brak
Główna grupa białek
MAPs Białka wiążące aktynę Plakiny
związanych
Struktura Elastyczne i
Sztywna, pusta, Mocne, elastyczne i
nierozciągliwe włókno
nierozciągliwa rurka rozciągliwe włókno
spiralne
Średnica 25 nm 8 nm 10 – 12 nm
Lokalizacja Wszystkie organizmy eukariotyczne Zwierzęta
Podstawowe funkcje Podtrzymywanie,
transport Podtrzymywanie
Ruch, kurczliwość
wewnątrzkomórkowy, struktury
organizacja komórki
Dystrybucja
Cytoplazma Cytoplazma + Jądro
podkomórkowa

Podstawowe funkcje cytoszkieletu

Mikrotubule

Mikrotubule to białkowe rurki o średnicy ok. 25 nm, które powstają jako wynik polimeryzacji heterodimerów z
α i β tubuliny. Polimeryzacja i depolimeryzacja wpływa na zmiany długości mikrotubul.
Mikrotubule formowane są w centrach nukleacji z γ tubuliną (np. centrosom)
Powstawanie mikrotubul
• Dimer łączy się z sąsiednią podjednostką w kilku miejscach → warunek to przyłączenie dwóch
cząsteczek nukleotydu GTP do każdego dimeru tubuliny
• Jedna cząsteczka nukleotydu GTP jest hydrolizowana do GDP podczas przyłączenia dimeru do
mikrotubuli.
• Inne miejsce wiążące GTP w dimerze warunkuje łączenie uformowanych mikrotubul ze sobą w dłuższe
rurki.
• Mikrotubule podlegają stałemu rozpadowi na podjednostki, z których formują się nowe
mikrotubule.
• Reakcja polimeryzacji mikrotubul in vitro:
o Mikrotubule rosną na jednym z końców, na końcu A (net Assembly end/koniec plus) w
odróżnieniu od końca D (net Disassembly end/koniec minus)
o Szybkość dodawana podjednostek α i β na końcu A jest równoważona szybkością odłączania
podjednostek na końcu D → dzięki temu mikrotubula ulega wydłużeniu na jednym końcu, a
skróceniu na przeciwnym.
▪ Ten proces można zaobserwować poprzez oznakowanie mikrotubul trytowanym
GTP ([3H]GTP) → pozwala na ustalenie polarności mikrotubuli.
o W obecności kolchicyny proces łączenia podjednostek w mikrotubule jest zaburzony, bo
alkaloid zajmuje miejsce na dimerze, którym łączy się z sąsiednim dimerem.
▪ Podjednostki związane z kolchicyną nie są wykorzystywane do odtwarzania
mikrotubuli na końcu A
 ▪ Wywołuje to większe stężenie podjednostek mikrotubul w cytoplazmie →
zahamowanie biosyntezy jednostek tubuliny w komórce
o Proces Depolaryzacji może być zablokowany taksolem, czyli trucizną otrzymaną z cisu Taxus
brevifolia.
Stabilność mikrotubul
Egzogenne substancje zmieniające stabilność mikrotubul
Mechanizm działania Substancja
Blokowanie polimeryzacji Kolchicyna, Kolcemid, Nokodazol
Tworzenie agregatów tubuliny zamiast mikrotubul Winkrystyna, Winblastyna, Benomyl, Podofiliatoksyna
Stabilizacja mikrotubul Taksol (paclitaxel)
• Mikrotubule w rzęskach i witkach nie podlegają dezorganizacji przez kolchicynę i kolcemid, w
przeciwieństwie do mikrotubul w cytoplazmie
Budowa
• Tubulina: dimer złożony z dwóch globularnych białek czyli tubuliny α i tubuliny β. Dimery tubuliny
połączone ze sobą tworzą profilamenty, w których cząsteczki są ułożone.
o Protofilament: budowa spolaryzowana, na jednym końcu tubulina α (biegun minus), a na
drugim końcu tubulina β (biegun plus)
o 13 protofilamentów biegnących śrubowo tworzy mikrotubule
▪ Protofilament złożony z liniowych, kulistych/elipsoidalnych podjednostek
▪ Podjednostki protofilamentów:
• Dimery (podwójne cząsteczki) z α-tubuliny (56kD) i β-tubuliny (53 kD)
• Średnica zewnętrzna = 25 nm
• Grubość ściany = 4 nm
• Stabilność mikrotubul zależna jest od białek dodatkowych – białka towarzyszące mikrotubulom (MAP)

Funkcja
• Transport wewnętrzny komórki
• Utrzymanie pozycji pęcherzyków błonowych i organelli w komórce
• Rozdzielanie chromosomów podczas mitozy
• Ruch rzęsek i witek
Mikrofilamenty – filamenty aktynowe (5 – 9 nm)
Filamenty aktynowe wiążące się z białkami sieciującymi tworzą strukturę trójwymiarowej sieci o konsystencji
półsztywnego żelu (korteks kurczliwy). Filamenty aktynowe to włókniste struktury białkowe, zbudowane z
cząsteczek aktyny. Łączą się w pęczki/sieci nadające kształt i wytrzymałość komórkom, dodatkowo tworząc
elementy szkieletowe stabilnych struktur komórkowych (mikrokosmków). Tworzą struktury mniej stabilne
związane z ruchem komórek (lamelipodia i filopodia), przyleganiem komórek do podłoża (włókienka
naprężeniowe) i z cytokinezą (pierścień kurczliwy).
Budowa
Funkcja

Filamenty pośrednie (10 nm)

Filamenty pośrednie są stabilne i wytrzymałe na rozciąganie. Nadają komórkom wytrzymałość mechaniczną.
Jednostką strukturalną jest białko włókienkowe (monomer), którego najdłuższa część środkowa ma charakter
α-helisy. Na N-końcu znajduje głowa, a na C-końcu ogon. Białka włókienkowe tworzą dimery przez nawinięcie
odcinków środkowych wokół siebie (superhelisa). Utworzenie dimerów jest regulowane przez
fosforylację/defosforylację monomerów (fosforylacja lamin w profazie). Tetramery są utworzone przez
połączenie dwóch dimerów i występują jako niezwiązane w cytoplazmie. Tetrametry łączą się ze sobą koniec
do końca (protofilament), a potem bok do boku (protofibryla).
Budowa
Białka budujące filamenty pośrednie:
Rodzaj białka Masa cząsteczkowa (kD) Podtypy (ilość) Lokalizacja
Cytokeratyny
Typ I (kwaśne) 40 – 56.5 ok. 20 Komórki nabłonkowe
Typ II (zasadowe) 53 – 70 ok.18
Wimentyna i podobne
Wimentyna 55 1 Komórki mezenchymalne
Desmina 53 1 Komórki mięśniowe
GAFP 51 1 Komórki glejowe
Białko neurofilamentów
NF-L (lekkie) 60 – 70 1
Neutrony
NF-M (średnie) 110 1
NF-H (ciężkie) 135 – 150 1
Laminy jądrowe 65 – 75 3 (A, B, C) Jądra wszystkich komórek

Rodzaje filamentów pośrednich Rodzaj budującego białka Lokalizacja

Cytokeratynowe Keratyna Cytoplazma kom. nabłonkowych
Neurokeratynowe Neurokeratyna Cytoplazma neuronów
Wimentynowe Homodimery wimentyny Cytoplazma fibroblastów i kom.
mezenchymalnych
Glejowe (neuroglejowe) Heterodimery wimentyny i GAFP Cytoplazma kom. glejowych
Desminowe Heterodimery wimentyny i Cytoplazma kom. mięśniowych
desminy
Laminowe (jądrowe) Lamina (heterodimery lamin) Jądra wszystkich komórek

Funkcja filamentów pośrednich

• Tworzą pęczki/sieci przyczepiające się do błony komórkowej i otoczki jądrwej
• Łączą się z innymi składnikami cytoszkieletu
• Połączenia dzięki białkom towarzyszącym filamentów pośrednich (IFAP) np. syneminie i skeleminie
w komórkach mięśni szkieletowych i filagrynie w komórkach nabłonkowych.
• Zapewnienie wytrzymałości mechanicznej
o Sieci (tonofilamenty) łączą się z białkami połączeń międzykomórkowych (desmoplakiny w
desmosomach/hemidesmosomach).
Funkcje i rodzaje aktyny – 672, 694, 761, F (713), G(713), 707 (MIOZYNA)
• Aktyna to globularny monomer ulegający odwracalnemu montażowi w długie włókna, zwiększając
lepkość roztworów białka, zmiany tempa montażu wpływają na odmienność konsystencji cytoplazmy
• Długie i sztywne włókna aktyny są zorganizowane w pęczki i nadają komórce konfigurację
• Aktyna + Miozyna wytwarzają kurczliwość w komórkach niemięśniowych
• Włókna aktyny to kable wiążące ze sobą części komórki wraz z błoną komórkową.
• Aktyna to 15-20% całości białek komórki eukariotycznej
Monomeryczna aktyna globularna (G):
• 43kDa
• Kształt: sferyczny
• Pojedynczy łańcuch polipeptydowy z sekwencją 375 aminokwasów
• 25% białek mięśnia
• Funkcje:
o W zakresie siły jonowej + obecności magnezu → polimeryzacja niekowalencyjna tworząca
nierozpuszczalną podwójną helisę, czyli aktynę F
Aktyna F:
• Średnica nitki: 6 – 7 nm
• Częstość powtarzania struktury: co 35.5 nm
• W cytoplazmie tworzy mikrofilamenty o średnicy ok. 7 – 9.5 nm, występujące jako wiązki tworzące
nieregularną sieć pod błoną plazmatyczną
o Sieć wiązek = włókna napięciowe
o Zanik włókien napięciowych występuje podczas wzrostu ruchliwości komórki lub złośliwej
transformacji pod wpływem związków chemicznych/wirusów.
W komórkach niemięśniowych:
• Aktyna β
• Aktyna γ
Białka wiążące aktynę (ABP – actin-binding proteins)
Klasa I ABP – białka stabilizujące monomery aktyny np. aktynę G (depolimeryzujące aktynę F)
Nazwa białka Pochodzenie Masa cząsteczkowa podjednostek
Bydło: Śledziona, grasica, mózg 15 000 – 16 000
Człowiek: Płytki krwi 16 000
Profilina
Acanthamoeba castellanii 12 000 – 14 000
Physarum polycephalum 11 000 – 13 000
Depaktyna Rozgwiazda: oocyty 20 000
Białka wiążące witaminę D Człowiek: surowica 57 000
DNaza I Bydło: trzustka 31 000
Aktobindyna Acanthamoeba castellanii 9 800
Klasa II ABP – białka inicjujące polimeryzację aktyny (czapeczkujące CP, blokujące jedno z zakończeń)
Masa cząsteczkowa (liczba
Nazwa białka Pochodzenie
podjednostek)
Gelsolina Królik: makrofagi pęcherzyków
91 000 (1)
płuc
Człowiek: komórki wątrobiaka
90 000 (1)
HepG2
Człowiek: osocze krwi 93 000 (1)
Białko ADF (brewina) Królik: osocze krwi 90 000 (1)
Wilina Kura: mikrokosmki nabłonka jelita 95 000 (1)
Człowiek 92 500 (1)
Fragmina Physarum polycephalum 42 000 (1)
Seweryna Dictyostelium discoideum 40 000 (1)
β-aktynina Szczur: nerki 80 000 (1)
Akumentyna Królik: makrofagi pęcherzyków
65 000 (1)
płuc
Cap32/34 Dictyostelium discoideum 32 000 i 34 000
Cap2 Saccharomyces cerevisiae 32 000 – 36 000 (α);
28 000 – 32 000 (β)
CapZ Mięśnie szkieletowe 32 000 (β1) i 36 000 (β2)
Heterodimer 28/31 Acanthoamoeba 28 000 i 31 000
Heterodimer 31/35 Xenopus laevis 31 000 i 35 000
Aktolinkina Jeżowiec: jaja 20 000
Klasa III ABP – białka stabilizujące mikrofilamenty
 Masa cząsteczkowa (liczba
Nazwa białka Pochodzenie
podjednostek)
Człowiek: płytki krwi 30 000 (2)
Bydło: mózg, płytki krwi, trzustka 30 000 (2)
Koń: płytki krwi
Tropomiozyna
Szczur: komórki zarodków 28 000
Chomik: komórki BHK-21
Królik: makrofagi pęcherzyków płuc 30 000
Klasa IV ABP – białka formujące sieci mikrofilamentów
Masa cząsteczkowa (liczba
Nazwa białka Pochodzenie
podjednostek)
Miozyna Erytrocyt człowieka 200 000 (2)
19 000 (2)
25 000 (2)
Kura: mikrokosmki jelitowe 200 000 (2)
16 000 (2)
19 000 (2)
Szczur: komórki glejowe G6 19 000 (2)
Acanthamoeba castellanii 17 000 (2)
Dictyostelium discoideum 20 000 (2)
Filamina Mięśnie gładkie, makrofagi 250 000 (2)
pęcherzyków płuc, komórki
niemięśniowe
Filamina (ABP-280) Człowiek: śródbłonek macicy 280 000 (2)
Mini-filamina (ABP-120) Dictyostelium discoideum 120 000
Spektryna Człowiek, owca: erytrocyty 240 000 (2α) ; 220 000 (2β)
Klasa I ABP
• Białka stabilizujące monomery aktyny, wytwarzając z nimi mocne kompleksy, przez co zwiększa się
pula niespolimeryzowanej aktyny w komórce
• Profilina:
o Utrzymuje monomeryczną przedwłókienkową postać aktyny (G) przez wytworzenie mocnego
kompleksu profilina/aktyna, czyli profilaktynę.
o U człowieka zawiera 139 reszt
o Aminokwas N-końcowy jest acetylowany
o Aminokwas C-końcowy = tyrozyna
o Aminoterminalna część łańcucha polipeptydowego (β)
o Karboksyloterminalna – α-helisa

Klasa II ABP
• Białka wpływające na proces polimeryzacji poprzez związanie z jednym krańcem filamentu aktyny
• Nazwa: białka czapeczkujące (Cap) / białka blokujące zakończenie włókna aktynowego
• Poprzez dodanie białek klasy II do monomerów aktyny, inicjacja polimeryzacji zostaje przyspieszona,
po czym następuje hamowanie tempa elongacji filamentów → uformowanie krótszych
• Dodane do aktyny F, białka indukują rozpad filamentów dłuższych na większą liczbę krótszych
włókienek
• Wyróżnia się 3 rodziny białek:
o Gelsolina/Wilina
▪ Monomery o masie cząsteczkowej = 90 000 – 95 000
▪ Występują tylko u kręgowców
▪ Gelsolina:
• Masa cząsteczkowa = 91 000
• Wiąże się z aktyną i jonami wapniowymi
• Przekształca żel poprzecznie związanych włókien aktyny F w zol
• Dwie domeny funkcjonalne:
o Aminoterminalna (NT)
o Karboksyloterminalna (CT)
• Trzy peptydy wiążące z aktyną:
o N-terminalny 14NT (14kDa)
 ▪ Tworzy kompleks z G-aktyną
▪ Depolimeryzuje aktynę F
o Peptyd 26NT (26 kDa)
▪ Oddziałuje z aktyną F i G
o Peptyd 41 CT (41kDa)

o Fragmina/Seweryna
▪ Monomery o masie cząsteczkowej = 45 000
▪ Występują u kręgowców i pierwotniaków
o Heterodimery czapeczkujące
▪ Podjednostki o masie cząsteczkowej = 30 000 – 35 000
▪ Nie powodują fragmentacji włókienek aktyny F
▪ Nie wymagają jonów wapniowych do aktywności
Tubulina
• Tubulina: białko zachowane w toku ewolucji organizmów eukariotycznych, bez którego komórki
obumierają.
• Gamma-Tubulina: białko umożliwiające nukleację mikrotubul → rozpoczęcie polimeryzacji mikrotubul

Tubulina Aktyna
Co budują? Rzęski Kosmki jelitowe
Stabilizacja Zależna od GTP Zależna od ATP
Struktura Dyskretna struktura tubularna Gmatwanina krzyżowo
powiązanych białek
Polimeryzacja • Zależna od GTP i Mg2+ Dwuetapowa:
• Szybkość modyfikowana 1. Nukleacja, czyli etap
przez MAP: TOPg i białka limitujący szybkość
Tau procesu polimeryzacji
2. Elongacja, czyli etap
prowadzący do
zaangażowania w
polimeryzację izoform
aktyny

Białka towarzyszące mikrotubulom (nietubularne tektyny i MAPs)

• Duża grupa białek wiążących się z mikrotubulami, dzięki czemu wpływają na ich polimeryzację,
stabilizację lub funkcje.
• MAPs = microtubule-associated proteins
• Heterogenna grupa białek
• Rola:
o Umożliwienie ruchu wewnątrzkomórkowego
o Ułatwienie formowania dimerów tubuliny w mikrotubulach
o Ochrona mikrotubul w warunkach powodujących ich rozpad (np. spadek temperatury,
podwyższenie ciśnienia hydrostatycznego)
o Pośrednictwo w łączeniu mikrotubul z innymi elementami cytoszkieletu np. filamentami
pośrednimi.
• Lokalizacja białek MAP: powierzchnia mikrotubul
• Łatwa proteoliza przez endogenną proteazę zależną od Ca2+ np. podczas izolacji z komórek
• Wyróżnione typy:
o MAP 1:
▪ Masa cząsteczkowa = 300 – 350 kDa
▪ Fosforylacja przez kinazę białkową niezależną od cAMP (kinaza C)
o MAP 2:
▪ Masa cząsteczkowa = 250 – 300 kDa
▪ Fosforylacja przez 3 różne kinazy białkowe:
 • Kinaza zależna od cAMP
• Kinaza niezależna od cAMP (kinaza C)
• Kinaza zależna od kalmoduliny-Ca2+
o Białka tau (τ):
▪ Masa cząsteczkowa = 70 – 75 kDa
▪ Termostabilne
▪ Mają możliwość rozdziału na minimum 4 peptydy o wydłużonym kształcie i dużej
zawartości aminokwasów (glicyna + prolina)
Nazewnictwo białek towarzyszących mikrotubulom (MAP)
Nazwa przyjęta na podstawie
Nazwa tradycyjna Nazwa numeryczna
ciężaru cząsteczkowego
Białka tau MAP1B LMW-MAP
Dyneina aksonemalna MAP1C Należy do HMW-MAP
MAP stabilizujące dendryty MAP2 Należy do HMW-MAP
• Podział czynnościowy MAP:
o MAP stabilizujące
▪ Łączą się z bocznymi powierzchniami mikrotubul w miejscu acetylacji/fosforylacji
tubuliny α
▪ Np. białka tau (aksony); MAP2 (dendryty); kateniny (łączące mikrotubule z
pozostałymi elementami cytoszkieletu)
o MAP łączące koniec plus z innymi strukturami komórkowymi:
▪ Stabilizują mikrotubule
▪ Np. białka oczapkowujące z rodziny KAR
o MAP umożliwiające ruch na mikrotubulach
▪ Białka motoryczne
▪ Np. kinezyna, dyneina, dynamina, KAR3, NCD

Białka motoryczne mikrotubul (dyneiny, kinezyny)

Centrosom
• W komórkach eukariotycznych: centrosom to centrum organizujące mikrotubule
• Centrosomy i wrzeciona mitotyczne są miejscami inicjacji wzrostu mikrotubul,
czyli centrami organizacyjnymi mikrotubul (MTOC)
• Ujemny koniec mikrotubuli jest związany z MTOC, dodatki koniec jest wolny
(miejsce dobudowy dimerów tubuliny)
• Lokalizacja centrosomu: w pobliżu jądra komórki
Droga mikrotubul
• Promieniście od centrosomów i biegunów wrzeciona mitotycznego
Centriole
Główne białka budujące centriole
• Alfa-tubulina
• Beta-tubulina
Rzęski i wicie
• Rzęska ruchoma: aparat ruchu wykształcony w toku ewolucji organizmów
eukariotycznych
• Mikrotubule, czyli trzecia klasa elementów cytoszkieletu, to wydrążone
cylindryczne struktury zbudowane z dwóch rodzajów podobnych podjednostek,
czyli alfa i beta tubuliny o masie 50 kDa.
• Głównym składnikiem rzęsek i wici komórek eukariotycznych są mikrotubule.
•
Budowa
Funkcje

Budowa molekularna i funkcje na poziomie biolmol:

Mitochondrium
Mitochondrium to organelle występujące licznie w komórce. Mogą zajmować 12 – 25% objętości komórki.
• Struktury elipsoidalne, okrągłe lub rozgałęzione
• Średnica: 0.5 – 1 µm
• Długość: 1 – 7 µm
Budowa
 • Mitochondrialna błona zewnętrzna
o Grubość: 6 – 7 nm
o Gładka powierzchnia
• Przestrzeń międzybłonowa
o Odległość między błonami
mitochondrialnego = 4 – 8 nm
o Zawartość:
▪ Kinaza
nukleozydodifosforanowa
▪ Kinaza adenylowa
▪ Kinaza keratynowa
▪ Peptydazy odcinające
sekwencje sygnałowego
transportowane do
przestrzeni międzybłonowej
(cytochrom c1, b2)
▪ Liaza hemu cytochromu c
łączy hem z
apocytochromem c, który
jest na zewnętrznej stronie
błony wewnętrznej.
• Mitochondrialna błona wewnętrzna
o Silnie pofałdowana
o Tworzy grzebienie mitochondrialne (w mikroskopie elektronowym lamelle)
▪ Silne fałdowanie powoduje zwiększenie powierzchnie błony wewnętrznej
o Ujawnia obecność buławek (grzybki), średnica = 8 – 10 nm
o Wykazujących aktywność syntazy i hydrolazy ATP
Błona mitochondrialna Przestrzeń Błona mitochondrialna Matriks Enzymy matriks w zależności od
zewnętrzna międzybłonowa wewnętrzna komórki
Oksydaza monoaminowa
Składniki łańcucha Kompleks Syntaza ALA
(deaminacja monoamin,
oddechowego (reduktaza dehydrogenazy Syntaza karbamoilifosforanu
zakończenia
NADH-koenzym Q) pirogronianowej Ferrohelataza
presynaptyczne)
Enzymy cyklu kwasu Oksydaza kopro- i
Heksokinaza II Koenzym Q
cytrynowego protorfibrynogenu
Reduktaza bursztynian- Enzymy utleniania Transkarbomylaza ornitynowa
Cytochrom b5
koenzym Q (II) kwasów tłuszczowych Dehydrogenaza glutaminianowa
Dehydrogenaza NADH Kinaza adenylanowa
Reduktaza cytochromowa (III) Peptydazy Synteteza glutaminianowa
wrażliwa na rotenon Kinaza keratynowa
Syntaza acylo-CoA Kinaza
Oksydaza cytochromowa (IV) mtDNA, RNA Adrenodoksyna i jej reduktaza
(tiokinaza) nukleozydodifosforanowa
Palmitoilotransferaza Peptydazy Cytochrom C Dehydrogenaza/izomeraza 3β-
mt rybosomy
karnitynowa I Liaza hemu cytochromu c Cytochrom P450SCC hydroksysteroidowa
Białka szoku
Kanał VDAC – poryna Syntaza ATP 1-hydroksylaza-25-hydroksy-D3
termicznego
Syntaza i liaza HMG-CoA
PBR – receptor dla Palmitoilotransferaza
Dehydrogenaza D (-) 3-
benzodiazepiny karnitynowa II
hydroksymaślanowa
enzymy replikacji i Dysmutaza ponadtlenkowa
Translokaza karnityna
Białka rodziny Bcl-2 transkrypcji (Mn2+)
Białkowe nośniki metabolitów AspAT
Funkcja mitochondriów
ATP to uniwersalny przenośnik energii swobodnej w komórce. ATP zawiera dwa wiązania fosfobezwodnikowe,
których zerwanie umożliwia wyzwolenie dużej ilości energii użytecznej. Wiązania fosfobezwodnikowe są
wysokoenergetyczne, ponieważ uwalniają dużą ilość energii poprzez hydrolizy ATP. Grupa podlegająca
hydrolizie to końcowa grupa fosforanowa. Wynikiem tej hydrolizy jest powstanie ADP, użyty przez komórkę do
regeneracji ATP i ortofosforan (Pi), który po połączeniu z nieaktywną cząsteczką energizuje ją za pomocą
przechwyconej energii hydrolizy ATP. Prosta reakcja ADP + Pi → ATP i jest realizowana przez fosforylację
oksydacyjną, która zachodzi w wewnętrznej błonie mitochondrialnej, co wykorzystuje syntezę ATP uwalnianej
podczas transportu elektronów do O2 przez nośniki (łańcuch oddechowy) Elektrony pochodzą z cząsteczek
NADH i FADH2, utworzonych podczas: glikolizy, cyklu kwasu cytrynowego, utleniania kwasów tłuszczowych.
Budowa łańcucha oddechowego
Łańcuch oddechowy jest zbudowany z czterech kompleksów białkowych.
• Kompleks I = reduktaza NADH + koenzym Q/dehydrogenaza NADH
o Kataliza przenosin dwóch elektronów z matriksowej puli NADH na ubichinon (koenzym Q)
o Ubichinon: duże transbłonowe białko enzymatyczne z +30 łańcuchów polipeptydowych.
• Kompleks II = reduktaza bursztynian-koenzym Q czyli dehydrogenaza bursztynianowa
o Złożony z kilku polipeptodów, z których dwa tworzą dehydrogenazę bursztynianową
o Z 1 związany jest kowalencyjnie dinukleotyd flawino-adeninowy (FAD), przyjmujący 2
elektrony z utleniania bursztynianu do fumaranu z cyklu kwasu cytrynowego.
o Dehydrogenaza bursztynianowa: pełni funkcję enzymu cyklu kwasu cytrynowego
• Kompleks III = reduktaza cytochromowa / reduktaza ubichinol-cytochrom c / kompleks
cytochromów bc1
o Funkcja: kataliza przenosin elektronów z ubichinolu (QH2) do cytochromu c
o Budowa: cytochromy typu bL i bH + c1 + białka żelazosiarkowe typu 2Fe-2S
• Kompleks IV = oksydaza cytochromowa
o Funkcja: kataliza przenosin elektronów z cytochromu c do O2

Siateczka śródplazmatyczna
Siateczka śródplazmatyczna tworzy gęstą sieć cystern i tubuli, rozciągająca się wokół jądra komórkowego na
obwód komórki.
• Gładka: główny obszar produkcji lipidów wchodzących w skład błon
• Szorstka: syntezuje białka błon, białka rezydujące w świetle przedziałów błoniastych szlaku
wydzielniczego, białka przeznaczone na eksport.
Peroksysomy
Peroksysomy charakteryzują się znaczną aktywnością oksydaz i katalazy. Zawierają oksydazę tworzącą
nadtlenek wodoru. Są to struktury pęcherzykowate, które są otoczone pojedynczą błoną białkowo-lipidową i
zawierają wiele enzymów.
Funkcje peroksysomów:
• Przeprowadzanie detoksykacji (rozkład toksycznych związków chemicznych)
• Odpowiedzialne za beta-oksydację długich cząsteczek kwasów tłuszczowych
• Uczestniczą w przemianach niektórych sterydów i aminokwasów
Rybosomy
Rybosom to zbudowana z RNA i białek organella komórkowa katalizująca syntezę polipeptydu. Rybosomy
znajdują się w cytoplazmie i biorą udział w produkcji białek, a te przyczepione do ER wytwarzają białka, które
mają być wydzielone na zewnątrz kom./wbudowane w błony biologiczne.
Budowa rybosomu eukariotycznego
• Pojedynczy rybosom zawiera 2 połączone podjednostki. Każda podjednostka jeset złożona z białek i
cząsteczek kwasu tRNA.

Struktura genu rDNA

Lizosomy (pierwotny, wtórny)
Lizosomy to pęcherzyki ograniczone błoną białkowo-lipidową.
• Zawieszone są w cytoplazmie.
• Znajdują się w nich enzymy trawiące białka, tłuszcze, cukry i kwasy nukleinowe.
• Średnica = 0.5 µm
• Procesy rozkładu związków wielkocząsteczkowych przy udziale enzymów hydrolitycznych w kwaśnych
pH
• Powstawanie:
o Fuzja wytwarzanych w aparacie Golgiego pęcherzyków hydrolazowych (lizosom pierwotny) z
innymi pęcherzykami, które zawierają materiał do strawienia
• Błona lizosomów:
o Pompa protonowa umożliwia utrzymanie niskiego pH dla działania kwaśnych hydrolaz
o Glikoproteiny → nieprzepuszczalność błony dla enzymów lizosomalnych (chroni przed
samotrawieniem) ALE glikoproteiny A i B umożliwiają transport produktów trawienia (np.
aminokwasy, cukry proste) z lizosomów do cytoplazmy
• lizosom wtórny
o lizosom trawiący
o Dzielą się na:
▪ Heterolizosomy
• Powstawanie: fuzja lizosomów pierwotnych z endosomami zawierającymi
materiał pozakomórkowy
▪ Autolizosomy
• Powstawanie: trawienie własnego materiału pozakomórkowego
o Przykłady:
▪ Ciała wielopęcherzykowe (trawią nadmiar błon komórkowych)
▪ Ciała resztkowe (pozostałość po lizosomach wtórnych)
Funkcje lizosomów
• Trawienie wewnątrzkomórkowe substancji pobranych przez endocytozę w środowisku kwaśnym,
katalizacja przez kwaśne hydrolazy. (esterazy lipazy i nukleazy hydrolizujące wiązania estrowe
tłuszczów lub wiązania fosforanowe w nukleotydach; Peptydazy rozszczepiające wiązania peptydowe
białek i polipeptydów.; Glikozydazy hydrolizujące wiązania glikozydowe wielocukrów i
proteoglikanów)
• Przebudowa struktur komórkowych
• Usuwanie uszkodzonych organelli
Aparat Golgiego
Funkcje
• Uczestniczy w przemianach łańcuchów oligosacharydowych błon i innych połączonych wiązaniem N-
glikozydowym glikoprotein + zawiera enzymy uczestniczące w O-glikozydacji
• Uczestniczy w sortowaniu białek przed dostarczeniem ich do wyznaczonych miejsc wewnątrz komórki
Budowa
• Grupy spłaszczonych cystern (diktiosomy)
o Od strony jądra: biegun formowania (cis) do którego kierowane są pęcherzyki transportujące
→ cysterny pośrednie → cysterny trans tworzące biegun dojrzewania (formowanie
pęcherzyków hydrolazowych i wakule zagęszczające kierowane w stronę błony komórkowej.)
• Pęcherzyki transportujące
• Wakuole wydzielnicze
Jądro komórkowe
Jądro komórkowe to wyodrębniony przedział komórkowy, który zawiera chromatynę.
Budowa
• Otoczka jądrowa
• Chromatyna – substancja jądra interfazowego, która
jest składnikiem budulcowym chromosomów.
o Utworzona z DNA jądrowego białek
histonowych i niehistonowych + różnych
cząsteczek RNA
▪ Białka histonowe z DNA
odpowiadają za organizację
strukturalną chromatyny.
▪ Białka niehistonowe są w
kompleksach nukleoproteidowych i
uczestniczą w przemianie kwasów
nukleinowych i histonów + regulują
specyficzną komórkowo ekspresję
genów.
• Budowa chromatyny: helikalnie splecione 2
cząsteczki DNA o grubości 2nm, owinięte na
histonowym oktamerze.
• Nukleosom to podstawowa jednostka
organizacji chromosomów złożona z histonów i
DNA
• Budowa nukleosomu: rdzeń histonowy
(średnica ≈ 10 nm) złożony z 2 kopii każdego z
czterech białek histonowych (H2A, H2B, H3, H4)
• Komórka somatyczna zawiera 46 nici DNA o
długości 2 metrów (2 000 000 000 nm)

I. Włókno nukleosomalne
− To pierwszy poziom sfałdowania podstawowej
jednostki nukleosomowej
− Grubość: 11 nm
− Nukleosomy układają się jeden na drugim
wzdłuż osi włókna.
II. Solenoid (włókno chromatynowe)
− Grubość: 30 nm
 III. Supersolenoid
− Helisowe skręcenie włókna solenoidowego w strukturę długiego cylindra, wytwarzając
domeny skracające i pogrubiające solenoid.
− Grubość: 300 nm
IV. Chromatyda
− Grubość: 700 nm
V. Chromosom
− Postać ściśle upakowanych domen
− Grubość: 1400 nm
− Ilość zależna od gatunku.
o Człowiek: 46 chromosomów ułożonych w 23 pary
o Muszka owocowa: 4 pary chromosomów
o Kariotyp: kompletny zestaw chromosomów charakterystyczny dla gatunku.
• Jąderka
o Utworzone przez powtarzalne odcinki DNA (rDNA) odpowiedzialne za syntezę rRNA
o rRNA z białkami importowanymi z cytoplazmy formują w obszarze jąderek podjednostki
rybosomów.
Macierz jądrowa – NM
Macierz jądrowa: pozachromatynowa struktura pozostała po trawieniu jądra komórkowego buforami o
wysokiej sile jonowej, niejonowanymi detergentami i nukleazami. Jest białkowym szkieletem
wewnątrzjądrowym odpowiedzialny, za utrzymanie struktury przestrzennej chromatyny.
Budowa
• Morfologiczna:
o blaszka jądrowa z jądrowymi kompleksami
porowymi
o jąderka resztkowe
o włóknisto-ziarnista sieć pozająderkowa w
przestrzeni interchromatynowej → macierz
wewnętrzna
• Chemiczna:
o Białka niehistonowe (kwaśne) [97-98%]
o Laminy
o RNA (ok. 1.2%)
o Fosfolipidy (0.5%)
o DNA (<0.1%)
• Białka macierzy jądrowej:
o Wchodzą w skład resztkowej otoczki jądrowej, która buduje macierz peryferyczną,
fibrylarnogranularną strukturę macierzy wewnętrznej i resztkowe jąderko
o Przykłady: białka o charakterze strukturalnym, białka szoku cieplnego, enzymy, składniki
kompleksów (replikacjyjnych, transkrypcyjnych, remodelujących chromatynę), uczestniczące
w dojrzewaniu i transporcie RNA, procesie różnicowania, transdukcji sygnału.
o Laminy: odpowiadają za utrzymanie architektury jądra komórkowego, uczestniczą w
jednoczesnej regulacji ekspresji genów i naprawy DNA
Funkcja
• utrzymanie architektury jądra komórkowego
• replikcja DNA (wiązanie w kompleksy)
• regulacja ekspresji genów
• wiązanie hormonów steroidowych
• proces wirogenezy
Otoczka jądrowa
Otoczka jądrowa to dynamiczna strukutra przystosowana do wymiany
jądrowo-cytoplazmatycznej (przez kanały w otoczce → jądrowe kompleksy
porowe). Rozdziela nukleoplazmę od cytoplazmy. Zanika w późnej profazie →
rozpad na pęcherzyki, a odtwarza się za pomocą siateczki sarkoplazmatycznej
w telofazie.
Budowa
• Wewnętrzna błona jądrowa od strony nukleoplazmy
• Zewnętrzna błona jądrowa
• Przestrzeń perynuklearna (ok. 40nm)
• Pory jądrowe
• Blaszka jądrowa wchodząca w skład macierzy jądrowej.
Funkcje
• Transport RNA do cytoplazmy
• Z cytoplazmy przenoszone są białka strukturalne i czynnościowe

Wymiana jądrowo-plazmatyczna

Otoczka jądrowa pełni funkcję w selektywnej, dwukierunkowej wymianie jądrowo-cytoplazmatycznej.

• Kanały peryferyczne jądrowych kompleksów porowych w wyniku dyfuzji (nieselektywnej) umożliwiają
przemieszczanie jonów, metabolitów i białek (< 40 kDa)
• Transport przez kanał centralny jest aktywny + pozwala na transport RNP, polimeraz, lamin.
• Krótkie sekwencje sygnałowe aminokwasów (NLS):
 o występują w białkach przemieszczających się dzięki porom jądrowym,
o przyczepione do przenoszonych białek,
o rozpoznawane przez białka trasnportowe → importyny + eksportyny
▪ umożliwia to przemieszczenie białek przez kompleks porowy
o Występuje w dwóch postaciach
• Podstawowe typy NLS rozpoznawane przez importynę α, która przenosi białko w połączeniu z
importyną β1
o Rodzina białek importyny β1 może rozpoznawać wybrane NLS + transportować je przez
kompleks porowy samodzielnie.
o Kompleks białko-importyna wchodzi w przejściową interakcję z białkami (nukleoporyny FG) w
obrębie kompleksu poru
o Związanie formy Ran-GTP z importyną β1 w obrębie jądra prowadzi do zmian
konformacyjnych → odłączenie transportowanych białek od importyny.
▪ Zmiana konformacji Ran zależy od wiązania GTP/GDP i wpływa na siłę interakcji z
transportowanym kompleksem
o Importyny wracają do cytoplazmy i przygotowane są do kolejnego transportu
o Wymiana w kierunku przeciwnym (jądro → cytoplazma):
▪ Przez jądrowy komples porowy
▪ Sekwencja sygnałowa eksportu jądrowego (NES):
• Bogata w leucynę
• Rozpoznawana przez CRM1/eksportynę 1
o Czynnik CRM1 z rodziny importyn wiążę Ran-GTP i tworzy
trójczłonowy kompleks z przenoszonym białkiem.
• Po przejściu przez kompleks porowy, białko przenoszone zostaje uwolnione
jako wynik konwersji Ran-GTP do Ran-GDP
o Importyny uczestniczą w transporcie w obu kierunkach.
Jąderko
Jąderko to składnik jąder w organizmach eukariotycznych. Jąderko to aktywna domena jądra komórkowego
związana z syntezą prekursorów rybosomów. Jest miejscem biogenezy rybosomów.
• Powstawanie: powtarzalne odcinki DNA (rDNA) odpowiedzialne za syntezę rRNA
• Nie mają błony.
• Zanik w profazie mitozy, odtworzenie w telofazie (miejsce przewężenia wtórnego – NOR)
• Obszary jąderkotwórcze u człowieka:
o 3 x grupa D = 13, 14, 15
o 2 x grupa G = 21, 22
Budowa
• Ośrodki włókniste (fibrillar centers - FC)
o Interfazalny odpowiednik NOR
o Lokalizacja: centralne położenie w jąderku
o Struktura: z delikatnego, luźnego
materiału włókienkowego o małej
gęstości elektronowej + otoczone
strefami gęstego składnika
włóknistego.
o Zawartość: geny kodujące rRNA
• Gęsty składnik włóknisty (dense fibrillar
component – DFC)
o Struktura: włókna (średnica = 4-
5nm, długość maks. 50nm)
▪ Gęste upakowanie w
pasma, otaczają ośrodki włókniste
o Zawartość: 45S pre-rRNA
• Składnik ziarnisty (granular component – GC)
o Struktura: ziarna jako pola wymieszane z DFC (średnica = 15-20nm)
o Transformacja DFC w GC pokazuje proces dojrzewania pre-rRNA
 • Chromatyna związana z jąderkiem (nucleolar associated chromatine – NAC)
• Wakuole jąderkowe (nucleolar vacuoles – NV)
Typy jąderek
• Jąderka gąbczaste (forma nukleolonemy):
o Aktywne transkrypcyjnie
o Struktury RNP tworzą luźną, gąbczastą strukturę
• Jąderka zwarte
o Jednolite i ciasne ułożenie włókien i ziaren jąderkowych
o Aktywne transkrypcyjnie
o Uwidocznienie w jądrach młodych komórek
• Jąderka zwarte z segregacją składników:
o Morfologiczny wyraz syntezy rRNA
• Jąderka pierścieniowate:
o Obwodowe rozmieszczenie składników RNP
o Reprezentacja hamowania syntezy RNA lub wolny przebieg (RNP w części środkowej jąderka)
• Mikrojąderka (resztkowe):
o Morfologiczne odzwierciedlenie zahamowania syntezy RNA
o Widoczne w komórkach starych/degenerujących.
Funkcje
• Synteza rRNA
• Formowanie podjednostek tworzących rybosomy