Professional Documents
Culture Documents
PCR مترجم
PCR مترجم
تفاعل البوليميرز المتسلسل ( :)PCR: Polymerase Chain Reactionهو واحد من أهم أدوات
البحث العلمي البارعة في القرن العشرين في علم األحياء الجزيئي الذي يسمح بالتضخيم األسي
لتسلسالت ( )DNAالقصيرة داخل جزيء ( )DNAمزدوج .تم اختراعه من قبل ""Kary Mullis
باالشتراك مع " "Fred Faloonaو Henry A. Erlichو Randall K. Saikiفي عام ،1983بينما
كان يعمل في ،Emeryvilleكاليفورنيا لصالح .Cetus Corporationولخص موليس اإلجراء" :بدءًا
من جزيء واحد من ( )DNAالمادة الوراثية ،يمكن لـ PCRتوليد 100مليار جزيء مشابه في وقت
قصير .تكرار التفاعل سهل ال تنفيذ .ال يتطلب األمر أكثر من أنبوب اختبار وبعض الكواشف البسيطة
ومصدر للحرارة ".
صور للجهاز
وصفت ورقة عام 1971في مجلة علم األحياء الجزيئية التي كتبها "كييل كليبي" وزمالؤه في مختبر "
" H.Gobind Khoranaألول مرة طريقة استخدام محاليل إنزيمية لتكرار نموذج من ( )DNAقصير
مع التسخين في المختبر .ومع ذلك ،فإن هذا المظهر المبكر لمبدأ ( )PCRاألساسي لم يحظ باهتمام
كبير في ذلك الوقت ،ويُنسب اختراع تفاعل سلسلة البوليميرز في عام 1983إلى" كاري مولس ".
النظرية
تفاعل البلمرة المتسلسل ( )PCRهو تقنية مخبرية لتكرار الحمض النووي ،يسمح بتضخيم تسلسل
الحمض النووي "المستهدف" بشكل انتقائي .يمكن لـ ( )PCRاستخدام أصغر عينة من ( )DNAليتم
استنساخها وتضخيمها لماليين النسخ في بضع ساعات فقط .أصبح ( )PCRأداة أساسية وروتينية
في معظم المختبرات البيولوجية.
وبعبارة أخرى ،فإن الغرض من تفاعل البوليميرز المتسلسل ( )PCRهو عمل عدد ضخم من نسخ
الجين .هذا ضروري للحصول على ما يكفي من قالب البداية للتسلسل.
يتضمن تفاعل البوليميرز المتسلسل التضخيم اإلنزيمي بواسطة فتيل للحمض النووي .يعتمد
تفاعل البوليميرز المتسلسل ( )PCRعلى استخدام قدرة بوليميرز ( )DNAعلى توليف حبال جديد
من الحمض النووي المكمّل لحبل القالب المعروض .الفتيل مطلوب ألن بوليميرز ( )DNAيمكن أن
يضيف النيوكليوتيد فقط إلى مجموعة ( )OH-′3الموجودة مسبقًا إلضافة النيوكليوتيد األول .ثم
يطيل البوليميرز ( )DNAنهايته الثالثة عن طريق إضافة المزيد من النيوكليوتيدات لتوليد منطقة
ممتدة من الحمض النووي المزدوج.
باإلضافة إلى ذلك ،يستند مبدأه على آلية تكرار الحمض النووي في الجسم الحي :يتم تشويه
( )dsDNAإلى ( ،)ssDNAوتكرارها ،وتتكرر هذه العملية على طول التفاعل .والصورة التالية توضح
ذلك.
آلية العمل
هناك ثالث خطوات رئيسية في ( ،)PCRوالتي تتكرر لمدة 30أو 40دورة .يتم ذلك على جهاز تدوير
آلي ،والذي يمكنه تسخين وتبريد األنابيب بمزيج التفاعل في وقت قصير جدًا.
وهذه الخطوات الرئيسية هي:
تقترن القواعد (المكملة للقالب) بالفتيل على الجانب ( 3يضيف البلمرة dNTP'sمن ' 5إلى ،'3
ويقرأ القالب من جانب ' 3إلى ،'5وتضاف القواعد مكملة للقالب).
خطوات :PCR
نظرًا لنسخ كال الشريطين أثناء تفاعل البوليميراز المتسلسل ،فهناك زيادة أسية في عدد نسخ
الجين .لنفترض أن هناك نسخة واحدة فقط من الجين المطلوب قبل بدء الدورة ،وبعد دورة واحدة ،
سيكون هناك نسختان ،وبعد دورتين ،ستكون هناك 4نسخ ،وستنتج ثالث دورات 8نسخ وما إلى
ذلك.
بعد كل دورة ،يمكن أن تعمل خيوط ( )DNAالمركبة حديثًا كنموذج تمهيدي (فتيل) في الدورة
التالية .المنتج الرئيسي لهذا التفاعل األسي هو جزء من ( )ds-DNAالذي يتم تعريف نهايته
بواسطة 5أطراف من الفتيلتين ،والتي يتم تحديد طولها بالمسافة بين الفتائل .إن منتجات الدورة
األولى الناجحة من التضخيم هي جزيئات ( )DNAمتغايرة الحجم ،والتي قد تتجاوز أطوالها المسافة
بين مواقع الربط بين الفتائل .في الدورة الثانية ،تولد هذه الجزيئات خيوط ( )DNAذات طول محدد
تتراكم بطريقة أسية في جوالت الحقة من التضخيم وستشكل المنتجات السائدة للتفاعل.
حيث،
:n -هو عدد الدورات.
:2n -هو المنتج األول الذي تم الحصول عليه بعد الدورة األولى والمنتج الثاني الذي تم الحصول عليه
بعد الدورة الثانية بطول غير محدد.
:x -هو عدد نسخ القالب األصلي.
من المحتمل ،بعد 30دورة ( ،)PCRسيكون هناك تضخيم 230ضعفًا ،بافتراض كفاءة ٪ 100
خالل كل دورة .ستختلف كفاءة ( )PCRمن قالب آلخر ووفقًا لدرجة التحسين التي تم إجراؤها.
النتائج
عادة ما يتم تصوير نتائج تفاعل "( " PCRجعلها مرئية) باستخدام (.)Gel electrophoresis
( )Gel electrophoresisهو تقنية يتم فيها سحب أجزاء من الحمض النووي من خالل مصفوفة
هالم بواسطة تيار كهربائي ،ويفصل أجزاء الحمض النووي حسب الحجم .عادة ما يتم تضمين معيار
أو سلم الحمض النووي ،بحيث يمكن تحديد حجم األجزاء في عينة(.)PCR
شظايا الحمض النووي من نفس الطول تشكل "شريط" على الهالم ،والذي يمكن رؤيته بالعين إذا
كان الهالم ملطخًا بصبغة ترتبط بالحمض النووي .على سبيل المثال ،تفاعل البوليميرز المتسلسل
( )PCRينتج 400400400زوج قاعدة ( ،)bpوالشظية ستبدو على هذا الشكل:
الممر األيسر :سلم ( )DNAمع نطاقات 500 ،400 ،300 ،200 ،100زوج قاعدة.
الممر األيمن :نتيجة تفاعل ( ،)PCRشريط عند 400زوج قاعدة.
الممر األيسر :سلم ( )DNAمع نطاقات 500 ،400 ،300 ،200 ،100زوج قاعدة.
الممر األيمن :نتيجة تفاعل ( ،)PCRشريط عند 400زوج قاعدة.
يحتوي شريط الحمض النووي على الكثير الكثير من نسخ من منطقة الحمض النووي المستهدف،
وليس نسخة واحدة أو بضع نسخ .نظرًا ألن الحمض النووي مجهري ،فال بد من وجود العديد من نسخه
قبل أن نراه بالعين .هذا جزء كبير من سبب كون تفاعل البوليميرز المتسلسل ( )PCRأداة مهمة:
فهو ينتج نسخًا كافية من تسلسل الحمض النووي الذي يمكننا رؤيته أو التعامل مع تلك المنطقة
من الحمض النووي.
توضح الصورة التالية عينة من نتائج (:)PCR
مالحظة :قبل استخدام منتج ( )PCRفي تطبيقات أخرى ،يجب فحصه إذا:
تم تكوين منتج.
هل المنتج في الحجم الصحيح ،وهلم جرا.
على الرغم من أن الكيمياء الحيوية هي علم دقيق ،فليس كل فحص ( )PCRناجحًا .على سبيل
المثال ،هناك احتمال أن تكون جودة الحمض النووي ضعيفة ،أو أن أحد الفتائل ال تناسب ،أو أن هناك
الكثير من قوالب البداية.
بوليميرز ( )DNAالقابل للتسخين لتحفيز توليف الحمض النووي المعتمد على القالب:
اعتمادًا على القدرة ،واإلخالص ،والكفاءة لتوليف منتجات الحمض النووي الكبيرة ،تتوفر اآلن
مجموعة واسعة من اإلنزيمات.
قالب (:)DNA
يمكن إضافة الحمض النووي القالب الذي يحتوي على تسلسل الهدف إلى PCRفي شكل واحد أو
مزدوج .يتم تضخيم قوالب الحمض النووي الدائرية المغلقة بشكل أقل كفاءة من الحمض النووي
الخطي .على الرغم من أن حجم الحمض النووي للقالب ليس بالغ األهمية ،يمكن تحسين تضخيم
المتواليات المضمنة في الحمض النووي ذي الوزن الجزيئي العالي (> 10كيلوبايت) عن طريق هضم
القالب باستخدام إنزيم تقييد ال يلتصق داخل التسلسل المستهدف.
عند العمل في أفضل حاالته ،يتطلب PCRنسخة واحدة فقط من تسلسل الهدف كقالب .ولكن
بشكل أكثر شيوعًا ،تُصنف عدة آالف من نسخ الحمض النووي المستهدف في التفاعل .في حالة
الحمض النووي الجيني للثديات ،يتم استخدام ما يصل إلى 1ميكروغرام من الحمض النووي لكل تفاعل
،وهي كمية تحتوي على ~ 105 * 3نسخة من الجين الوراثي ذات النسخة الواحدة .الكميات النموذجية
من الحمض النووي والبكتيريا والبالزميد DNAالمستخدمة لكل رد فعل هي 10ميكروغرام و 1
ميكروغرام و 1غم على التوالي.
تطبيقات PCR
التطبيقات الطبية:
.1االختبار الجيني لوجود طفرات المرض الوراثي .على سبيل المثال :اعتالل الهيموغلوبين ،التليف
الكيسي ،أخطاء التمثيل الغذائي الخفية األخرى.
.2الكشف عن المرض المسبب للجينات في اآلباء المشتبه بهم الذين يقومون بدور الناقل.
.3دراسة تغير الجينات السرطانية قد تساعد في تخصيص العالج.
.4يمكن استخدامه أيضًا كجزء من اختبار حساس لكتابة األنسجة ،وهو حيوي لزراعة األعضاء
التنميط الجيني للجنين.
.5يساعد على مراقبة الجين في العالج الجيني.
املميزات والعيوب
PCRلديه عدد من المزايا .من السهل فهمها واستخدامها وتحقيق نتائج سريعة .هذه التقنية
حساسة للغاية مع إمكانية إنتاج ماليين إلى مليارات النسخ من منتج معين للتسلسل واالستنساخ
والتحليل .يشترك qRT-PCRفي نفس مزايا ،PCRمع ميزة إضافية لتحديد كمية المنتج
المركب .لذلك ،فإن لها استخداماتها لتحليل التغيرات في مستويات التعبير الجيني في األورام أو
الميكروبات أو حاالت المرض األخرى.
PCRهو أداة بحث قوية وعملية للغاية .يتم التعرف على تسلسل مسببات غير معروفة للعديد
من األمراض من خالل .PCRيمكن أن تساعد التقنية في تحديد تسلسل الفيروسات غير المعروفة
سابقًا والمتصلة بالفيروسات المعروفة بالفعل ،وبالتالي تعطينا فهمًا أفضل للمرض نفسه .إذا كان
باإلمكان تبسيط اإلجراء بشكل أكبر ويمكن تطوير أنظمة كشف غير إشعاعية حساسة ،فسيحتل
PCRمكانًا بارزًا في المختبر السريري لسنوات قادمة.
سلبيات
أحد العيوب الرئيسية لـ PCRهو أن المعلومات السابقة حول التسلسل الهدف ضرورية من أجل
إنشاء البادئات التي ستسمح بتضخيمها االنتقائي .هذا يعني أنه ،عادةً ،يجب على مستخدمي PCR
معرفة التسلسل (التسلسل) الدقيق ألعلى في المنطقة المستهدفة في كل من القوالب ذات السالسل
المفردة من أجل التأكد من أن بوليميراز DNAيرتبط بشكل صحيح بهجن قالب التمهيدي ويولد
الحقًا المنطقة المستهدفة بأكملها أثناء توليف الحمض النووي.
مثل جميع اإلنزيمات ،فإن بوليميرازات DNAعرضة أيضًا للخطأ ،مما يؤدي بدوره إلى حدوث
طفرات في أجزاء PCRالتي يتم إنشاؤها.
هناك قيود أخرى على تفاعل البوليميراز المتسلسل ( )PCRوهي أنه حتى أكبر كمية من الحمض
النووي الملوث يمكن تضخيمها ،مما يؤدي إلى نتائج مضللة أو غامضة .لتقليل فرصة التلوث ،يجب
على المحققين حجز غرف منفصلة إلعداد الكاشف ،PCR ،وتحليل المنتج .يجب االستغناء عن
الكواشف في قسائم االستخدام الواحد .يجب استخدام األنابيب التي تحتوي على غطاسات يمكن
التخلص منها ونصائح ماصة طويلة جدًا بشكل روتيني.
جميع المواد المستخدمة ككواشف في تفاعل البوليميراز المتسلسل هي غير خطرة ويجب أن تقضي
الممارسة المعملية الجيدة على أي مخاطر .يجب اتخاذ االحتياطات العادية عند استخدام مادة
األكريالميد EtBr ،واألشعة فوق البنفسجية أو غيرها من اإلشعاعات المؤينة.
هناك خطر حدوث حروق إذا تم لمس كتلة PCRعن غير قصد عندما تكون ساخنة.
بعض التحذيرات المهمة ألخذ العد:
ارتداء معطف المختبر ،والقفازات ،ونظارات السالمة واستخدام واقي الوجه المقاوم لألشعة فوق
البنفسجية عند تصور المواد الهالمية باستخدام األشعة فوق البنفسجية .قم بإيواء جهاز
transilluminatorفي "غرفة مظلمة" مكتفية ذاتيًا.
جميع المواد الكيميائية المستخدمة ككواشف في تفاعل تفاعل البوليميراز السلسلي لها شكل
تخزين COSHHمتاح مع إجراءات COSHHلـ .PCR
عند إعداد الهالم agaroseخطر الحروق من agaroseالساخنة .مرة أخرى إجراء COSHHشكل
agaroseالمتاحة.
formنموذج إجراء COSHHللصفحة متاح أيضا.
مخاطر EtBrالمدرجة في شكل COSHHلـ EtBrوفي اإلجراء COSHHللهالم .agarose
خطر الحروق ومخاطر األشعة فوق البنفسجية المدرجة في إجراء جل االغاروز .COSHHيمكن
تقليل /إزالة جميع المخاطر مع .GLP
ال تستخدم أي أنبوب أو لوحة غير مناسبة لجهاز PCRالذي تستخدمه.
تأكد من إحكام غلق األنابيب وخاصة األلواح قبل البدء في الجري.
قم بتنظيف أي محاليل انسكاب والتخلص منها في صناديق المخاطر الحيوية المناسبة.
كن حذرا مع أغطية آلة .PCRيمكن أن تتلف هذه إذا انتقد أو أسقطت أغطية.
قم بإيقاف تشغيل جهاز PCRعند االنتهاء من االستخدام.
تأكد من نظافة كتلة سخان PCRقبل بدء التشغيل .تحقق من كل وعاء أنبوب قبل البدء.
قم بتوزيع األنابيب بشكل متساوٍ عبر الكتلة بحيث يثبت الغطاء بشكل مسطح على قمة األنابيب
لتسخينه وإغالقه.
مطلوب ألي تغيير في االستخدام أو المعدات الجديدة ذات المخاطر المحتملة.