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    | INTRODUCCION A LA CELULA Células y genomas La superficie de nuestro planeta esté poblada por seres vivos sorprendentes, fatorias qui- micas altamente especializadas que incorporan materia desu entorno ylautlizan pata ge- ‘nerar copias de s mismos. Los organismos vivos son extraordinarlamente diversos. ;Qué puede set més diferente que un tire y un alga marina, o una bacteria y un drbol? Nuestros fancestros,sinconocimiento alguno de céluas o de DNA, nosexplicaron que todos estos en- {es tenian algo en comin, Hablaron de algo “vivo”. se maravillaron de su existenciae inten- {aron definirlo.y se desesperaron intentando explicar qué eran y cémo se relacionaban con lamateria“no viva’, ‘Los descubrimientos del siglo pasado no han disminuidonuestraadmiracion por lo vivo, sino todo lo contrario. No obstante, han esclarecido en gran parte algunos misterios como la nnaturaleza dea vida. Fn la ctualidad podemos decir que todos los seres vivosestin formados [Por células y que estas unidades de materia viva comparten una maquinaria comun para sus funciones ms bsicas. Los seresvivos, aunque infinitamente dives por fuera, son muy si- mmilares por dentro. La Biologia en su conjuntoes el punto de encuentro de dos ideas: aasom- bose variedad individual y a constanciaen los mecanismos fundamentales. En este primer ‘apitulo comenzaremos a delineat las caractersticas universales comunes a toda la vida de nuestro planeta. Inspeccionaremos, brevemente, la diversidad celular veremos c6mo, gra- ‘iasa un cédigocomtinen el que estan escritas las especifcaciones de todos los organismos, ‘expose eer, mei y desentrafiar estas especificaciones para alcanzar un conocimiento.co- hherente de todas las formas de vida, desde las ms pequeiias alas més grandes. LAS CARACTERISTICAS UNIVERSALES DE LAS CELULAS EN LA TIERRA Sehaestimado que el riimero de especies que ena actuaidad pueblan la tierra es superior ‘210 millones (quzds a 100 millones). Cada una de estas especies es diferente, ycada una se reproduce a sf misma con exactitud, dando ugar a una progenie perteneciente ala misma ‘especie, ya que el organismo progenitor aporta una informacidn que especficacon grande- {alle las caracteristicas que tendré su progenie. Este fenémeno de a herenca es fundamen- tal en la definicién de a vida, ya que la distingue de otros procesos como el crecimiento de cristales, la combustion de una vela ola formacién de olas en el agua, procesosen los que se ‘generan estructurasorganizadas pero sin l mismo tipo de relacién que existe entre as pe- Caliaridades de los progenitoresy las desu progenie. Como lallama de una vela el organis- ‘mo consume energia libre para generar y mantener su organizacién; esta energia libre se utiliza en ef desareollo de un enorme y complejo sistema de procesos quimicos que estén especificados po a informacion hereditaria. ‘Lamayoria de ls organismos vivs son células sencilla. Otros, como nosotros mismos, sonenormes ciudades pluricelularesenlas que grupos decélulasrealizan funciones espect- ficas y se etacionan mediante elaborados sistemas de comunicacién. No obstante, en todos los casos -desde una bacteria soitaria al agregado de més de 10! células que forma el cuer- ‘pohumano- cada organismo se ha originado por divisién celular a partir de una sola célula. Porlo tanto. la célula es el vehiculo através del que se tansmitelainformacién hereditaria ‘que define cada especie (Figura 1-1), Ademésy determinada por esta misma informacién, la célulacontiene la maquinaria necesaria para obtener materiales del ambiente y para gene- rar una nueva célula idéntica a sfmisma, que contendré una nueva copia de informacion hereditara. Slo lacAluladispone de esta capacidad. Eneste capitulo LAS CARACTERISTICAS UNIVERSALES DE LAS CELULAS ENA TIERRA LADIVERSIDAD DEL GENOMAY EL ARBOL DELAVIOA LA INFORMACION GENETICA EN EUCARIOTAS 1 26 2 Capitulo 1:Células y genomas i © 00pm ° aos sesh tt tent i ein an ni PO ee pal eye ed eaten cag an tence na cecona Mane eee Films: yf contela de Colin Brownlee) Todas las células guardan su informacion hereditaria en el mismo cédigo quimico lineal (el DNA) {os ordenadores nos han familaizado con el concepto dea informacién como algo cuan. Uificable -un millén de bytes para guardar algunos centenares de paginas de texto o una ima: fen procedente de una cémara digital, 600 millones para guardar la musica en un CD, ete También nos han hecho entender que una misma informacign se puede almacenaren dife. rentes formatosfsicos. El desarrollo de lainformtica implica que los disquetes las cinta de ordenador que uilizabamos hace 10afhos para guardar nuestra informacion resultan ile. sibles en las méquinas actuals. Las célulasvivas, igual que ls ordenadores, contienen in, formacién; se estima que llevan evolucionando y diversficéndose desde hace més de 3 mul millones y medio de aos. Desde esta perspectiva, parecia poco probable que todas ellas {Suardasen la informacién de la misma manera y quelos archivos de una célula pudiesen ser teidos por el sistema de lectura de ot0s tipos celulares Sorprendentemente, esto eso que ‘curr Todas la cutas vivas de la Tierra, sin ninguna excepcién conocida, guatdan su in, ormacién hereditaria en forma de moléculas de DNA de doble cadena dos largos pole, £08 paralelos no ramificados formados por cuatro tipos de mondmeros Estos monémeros, {que denominamos con apodos de un alfabeto de cuatro letras -A, T, , G-estan unidesem, tue siformando una larga secuencia lineal que codificala informacién genética de a célula, dela misma manera que|a secuencia de unos yceros codificalainformaciénen un ordena, dot. Podemos tomar un fragmento de DNA (&cido desoxinibonucleico: desouiribonucleic acid) de una célula humana. inserrioen una bacteria o un fragmento de DNA de una bac, teria inserilo en una célula humana, yestainformacién seréleida,interpretada copiada correctamente. En la actualidad, gracias a divers0s métodos quimicos, los cientificos yen. \icas pueden obtener y ler lasecuencia de monémeros presente en cualquier molécula de DNA ~compuesta por millones de nucledtidas-y asf descifrar la informacién hereditaria ‘contenida en cada organismo, | re LAS CARACTERISTICAS UNIVERSALES DE LAS CELULAS EN LA TIERRA 3 Todas las células replican su informacion hereditaria mediante una polimerizacién sobre un molde ‘Los mecanismos que hacen posible la vida dependen de a estructura de la molécula del [DNA de doble cadena. Cada monémero de una de las cadenas sencillas del DNA -denomi- rnado mucleétido- tiene dos partes: un aztcar (la desoxirribosa) con un grupo fosfato unido, yuna base que puede ser adenina (A), guanina (6), citosina (C)o timina (T) (Figura 1-2). Cada sicatesté unido alsiguiente aticar de la cadena por el grupo fosfato medianteun en- {ace fosfodiéstery forma un polimero cuyo eje central estéformado por los anscares-fosfato 1y del cual sobresalen las bases. El polimero de DNA puede crecer por la unién de mondme- tos a.uno de sus extremos. En el caso de una cadena sencilla de DNA, los mondmeros pue- den incorporarse al polimero de forma aleatora, sin un orden preestablecido, ya que todos Jos nucledtidos pueden unirse entre s{ del mismo modo en el sentido del crecimiento del [polimero de DNA. Pore contrari, en a célula vivael DNA no se sintetiza como una cadena libre aistada sino sobre un patrén o molde de DNA de otra cadena preesistente. Las bases ‘contenidas en la cadena patrén se unen alas bases de la nueva cadena siguiendo una es- ta norma de complementariedad: A se une aT, y Cse une aG. Este empareamientoune aalosnuevos monémerosen la cadena yademés contola la seleccién del mondmeroque se aahtadea la cadena. De esta forma, unaestructura de doble cadena consiste en dos secuen- ‘ias complementarias de A. C,y G. Ademés, as dos cadenas de nuclestidos se enrollan una sobrela otragenerando una doble hélice (Figura 1-20). (A) vida estructural el ONE (0) DNA Ge doble cadena fosino eee fostato 7 (8) cadena de ona exqueletode _paresde bases unidas L u i 4 5 L L 4 E 4 sticerfostoto por enlacesde mdrogeno (©) doble nice de ONA \ (©. polimerizacion de una nueva cadena de ONA sobre molde Figura 1-2E1 NA y sus unidades estructuraes. (A) EIDNA ests formado Por unidades sencilas enominadas nucletidos, cada una dels cuales est formada por una moléula de azucar,foxato yun grupo lateral que contiene ntrégena,o bate, Las bases pueden ser de cuatro tipos adenina, quanina, citosin otiminal, que conesponden a los cuatro nucleidos stints que denominamos AG, Cy T. (8) Una cadena sencilla de DNA ests formada por hucletidos unidos entre por enlaces azica forfato, Néteze que cada una dels unidades de azicarfosfato son asimévicas, generando un esqueleto ‘cadena que tiene una drecconaldad determinada opolridad, Esta creccionalidad quia los procesos moleculares por los que la informacion del DNA esinterpretad ycopiada en las lula: la nformacién siempre see" en una divcciénconsstente, como un terto en espatiol que seescribe yselee de nquerda a derecho, (C) Gracias esta polimertzacion sre un molde la secuenca de nuclestids de una cadena de DNA determina la secuencia nla que os nuciedtidos se unen ena cadena de DNA en crecimiento; unaT de una cadena se empareja con una Adela tray una G de una cadena "Se empareja con una C de la ota La nueva cadena presenta una secuencia de nucebtidos complementariaa lade la cadena atiguay un esqueleto con la direccionalidad opuesta:alasecuenciaGTAA... de a cadena orginal le correspondelasecuenca..TTAC. (0) Una molécula de DNA normal {8 formada por dos cadenascomplementaras. Los nuclettidos de cas cadens estan unidos por enlaces fueres(covalentes): los nucltisoe| complementais de as cadenas opuestas se unen entre s mediante enlaces de hidrégeno, mis débiles. (Las dos cadenas se enoscan una alrededor ‘dela otra yforman una doble hice: una estructura resistente que puede acomodar cualquier secuencia de nudletidos sin alterar su estructurabisica 4 Capitulo 1: Cétulas y genomas ‘cadena moise / ‘nueva cadens eva cadens DNA de dobe hice progenitors N ‘cadena molde -comparan con las uniones azi- Losenlaces establecidos entrelas bases son débiles sse compa ‘car fosfato del resto del esqueleto, Esta debilidad permite separa las dos cadenas de DNA ea aoe nS ‘molde o patrén en la sintesis de un nuevo DNA, una nueva copia de informa = ‘i gers 1-8 tree dems. roca mea ig ON Ps avelocidades diferentes. con controlesdenicio y final diferentes y con moléculas regul «as uniliares diferentes. Pero labase del proceso es universal: el DNA constituye el almacén de la informacion y la polimerizacion sobre un patrén o melde es el modo en el que esta in- formacién hereditaria se copia y se transmite ao largo del mundo vivo. Todas las células transcriben porciones de la informacion hereditaria contenida en el DNA, en el mismo tipo de molécula (el RNA) Fara evar a cabo esta func de transporte de informacin, el DNA tiene que hacer algo ins que duplcars. También debe expresarla informacion que contiene dirgiendo la si {esis de otras moléculas de a célula, Elmecanismo responsable de este processes el mismo £0 todos los organismos vivos yse inicia con lasinesis secuencial de dos tipos de moléculee, eIRNA y las proteinas. El proceso (que se analiza en detalleen los Capitulos 67) comienea con la polinerizacin sobre un patrén, denominada transerlpelén, proceso enel que die. fentes Segmentos de la Secuencia de DNA se utilizan como molde para la sintesis de molé. ‘culas cortas de un polimero muy retacionado con el DNA: el éeido rlbonueeleo o RNA {ribonucleic acid), Después, en un proceso més complejo denominado traducelén, muchas de estas moléculas de RNA se tlizan para dig la sintesis de poimeros de una clase qui ‘mica radicalmente diferente: las prozeinas (Figura \4), En el RNA, el esqueleto del polimero estéformado por aztcaresligeramente diferentes alos del DNA (ribosa en lugar de la desoxiribosa) y ademas, una de la cuatro bases es dife. ‘ente-racilo (U) en ellugar de la timina (T)~pero las otras tres bases -A.CyG- son las mis, ‘mas y se emparejan con su complementaria como en el DNA‘ la A, el U, layla G del RNA, Seunen con la lala Gyla Cdel DNA, respectivamente. Durante atranscripcide. los mo- ‘ndmeros de RNA se seleccionan parala polimerizacidn del RNA sobre una cadena molde de DNA, como se eleccionanlosmonémeros de DNA durantelareplicacion, Elresultado dela {ranseripcién es un polimero de RNA que contiene una pate de la informacion genética de 'aflula,aunqueescrita en un alfabeto diferente de mondimeros de RNA en lugarde mond. meros de DNA. {un mismo fragmento dela secuencia de DNA se puede utilizar varias eces para guia a ‘Sitess de muchos transcritos de RNA idénticos entre st. De esta forma, mienttas que elar- chivo de informacién de la célula-en el DNA es fj y “sagrado’ los ranscritos de RNA se ;Producen en gran muimero y son desechables (Figura 1-5), Como veremos. estos transoritos, Se uillzan como intermediarios en la transfeenicia de la informacion genética: principal. mente actian como un RNA mensajero (mRNA: messenger RNA) que ditigelasinesic de ‘roteinas de acuerdo con lasinstruccionesalmacenadas en elDNA. {as moleculas de RNA presentan estructuras moleculares particulares que les confie- ren capacidades quimicassorprendentes. En formade cadena sencilla su esqueleto «ses ble de manera que puede pleyarse sobre s{ mismo estableciendo uniones debiles entre diferentes partes dela misma molécula, Este fenomeno ocure cuando fragmentos dela se. 3 opined anormacin ‘Seo parrepcacin dares ‘rece or cadenas ene dbo cede DNAs sepuron yc ona de etasscto de male parataotess 5 una tc Clee sintess de ONA (caine Ir inten de RNA (trarsciecion) errr sintesis de protena trasucion) _PROTEINA ewmecce me aminoscidos Figura 1-4 Del DNA ala proteina. Lainformacién genética seutliza através de Lun proceso que tiene dos etapas En primer lugar enla anscripcén, segmentos dela secuenca del DNA ze utilizan para gular Ja sitesi de moldculas de ANA. Entonces, ena traduccin, ls molkculs de ANA tblizan para guiarlasintesis de moldculas e protein, LAS CARACTERISTICAS UNIVERSALES DE LAS CELULAS EN LA TIERRA, LAS MOLECULAS DE RNA COMO. PORTADORAS DE INFORUACION, DOBLE CADENA DE DNA COMO AARCHIVODE INFORMACION : Perret TOM: === Seger Pert ‘cadena utlzada comomolde para dig la sites el RA muxhor raacritn dena denice ‘cuencia del RIVA son Jocalmente complementarios: por ejemplo un fragmento ..GGGG. tene tendencia a asociarse con un fragmento de la molécula de secuencia .CCCC... Estas asociaciones internas permiten al RNA plegarse por regiones concretas de su molécula (Figura 1-6). La forma dela moléculade RNA, frutode este plegamiento, le permiterecono- ccery unirsea otras moléculas en ocasiones catalizar cambios quimicos en las moléculas a Jasque se han unido, Como veremos més adelante en el Capitulo 6, unas cuantas reacciones ‘quimicas cataizadas por el RNA son cruciales para algunos de los procesos mas ntiguos y bbésicos de las células vivas, lo cual ha sugerido que una catdlisis mds general guiada por el [RNA llegé a desempefiar un papel crucial en la evolucién inicial de a vida Todas las células utilizan las proteinas como catalizadores Las moléculas de protefnas, como el DNA o el RNA, son largas cadenas no ramificadasfor- 'madas por monémeros tomados de un repertorio idéntico en todas las élulas vivas. Como IDNA yel RNA, las proteinascontienenta informacién en forma de unasecuencia lineal de simbolos dela misma forma que un mensaje humanoescrito en un manuscrito. En cada cé Inlaexisten muchos tipos diferentes de proteinas,ysi no tenemosen cuenta elagua, consti- ‘uyen fa mayor parte de la masa celular ‘Los monémeros de las proteinas, los aminoéeldos, son muy diferentes de los mond- ‘meros del DNA o eI RNA, y adem, existen 20 tipos diferentes en lugar de 4. Todos os ami ‘nodcidos tienen una estructura central semejante, por la que pueden unirse alos demés aminodcidos. Unido a esta estructura central, se encuentra un grupo lateral que confere a ‘eada aminodecido su cardcter quimico caracteristica, Cada una de las moléculas proteicas 0 ppolipéptides, ormada por la unin de varios aminodcidos siguiendo una secuencia deter- ‘minada, se pliega y genera una estructura tridimensional que en su superficie presenta lu- ‘ares reactivos (Figura 1-74). Estos polimeros de aminodcidos se unen a otras moléculas ‘con gran especificidad y actian como enzimas catalizando reacciones en las que se rom~ Figura 1-5 Cémo se transmite ta Informacion genética para que pueda ser tiizada ena cella, Cada cll contene tun conjunto fo de moldculas de ONA archivo de informacion gendtica. Un segmento determinado desu DNA gua la sintsi de muchas molécula idérticas de transcitos de RNA, que se uilizan como opis de trabajo dela informacion ‘simacenada ene archivo. Se pueden hacer muchos conjuntos de molécuas ,y ulizan el HzS.como ‘combustible para obtener sus necesidades energéticas (Figura 1-20), el Hel Feel azufre ‘elemental, o cualquier otro de a gran cantidad de productos quimicos presentes en el am- biente “Muchas partes del mundo microsedpico estin ain sin explorar. Los métodos bact J6gic0s radicionales han proporcionado un conocimiento considerable de las especies que pueden ser aisladas y cultivadas en el laboratorio. No obstante, el andlisis de las secuencias de DNA dels poblaciones bacterianas de muestras de habitats naturales como el suelo, el ‘agua de mar 0 incluso la cavidad bucal humana nos ha abierto los ojos al hecho de que la ‘mayorfa dels especies no se pueden cultivar mediante técnicas conwencionales de labora- torio. De acuerdo con una estimacién, el 99% de las especies procariotas todavia no han docaracterizadas El Arbol de la vida tiene tres ramas principales: las bacterias, las arqueobacterias y los eucariotas Thadicionalmente, a claificacién de los seres vivos se ha fundado en el estudio comparati- ‘yo de su apariencia externa: podemos ver que un pez tiene ojos, mandibulas, espinazo,ce- ebro, etc, como nosotros, mientras que un gusano no; que un rosal es ‘pariente” de un ‘manzanoyy més diferente quel césped. Como demostré Darwin, podemos interpreta estas similtudes familiares en términos de evolucin a partir de ancestrus comunes y encontrar fos restos de muchos de estos ancestrs preservados en el registro sil. De esta manera ha ‘sido posible empezar a dibujar el arbol genealdgico de los organismos que muestre las versaslineas de descendencla asf como los puntos de ramificacin en la historia en los que losancestros de un grupo de especies empiezan a ser diferentes alos de otro grupo. ‘Sin embargo, cuando las diferencia entre organismas se hacen muy grandes, estos mé- {todos comienzan a fallar. Cémo decidir si un hongo es un pariente més cercano de una planta o de un animaf? Cuando se rata de los procariotas la tarea todavia es més diffi un ‘bastoncillo o una esfera microscépicos se parecen mucho entre sf, Por lo tanto, los micro- biologos han tenido que casiicar los procariotas atendiendo asus propiedades bioquimicas yasus requerimientos nutricionales, No obstante, esta aproximacién también tiene errores- Entre la confusa variedad de comportamientos bioquimicos resulta dificil saber que dlife- rencias relejan realmente diferencias en a historia evolutiva 1 andlisis del genoma ha proporcionando una via sencilla, mds directa y potente para ‘determinar relaciones evolutivas. La secuencia completa del DNA de un organismo define su naturaleza con una precsién casi perfecta, completa y con un detalle exhaustivo. Ade- mds, esta especificaciGn esté en forma digital -una serie de letras- que puede ser introduci- da directamente en un ordenador y comparada con la informacién correspondiente a otro ser vivo. EI DNA esté sujeto a cambios aleatorios que se han acumulando durantelargos pe- todos de tiempo (como veremos en seguida), porlo que el nimero de diferencias entre las secuencias de DNA de dos organismos proporciona una indicaciGn directa, objetivay cuan- Uiativa de a distancia evolutivaentre ellos. Esta aproximacién ha demostrado que los organismos que tradicionalmente hemos clasificado juntos como “bacterias” pueden tener un origen evolutivo tan diferente como lo Figura 1-19 La bacteria fototrofa ‘Anabaena cyindvca al microscopio 6ptico. Las clulas de esta especie forman largo flamentosplrceulares, La mayora de as ‘Ellas (marcadas con una Vrealzan fotosintesis, mientras otras estén especializadas ena facin del nitrogen (marcadas con una Hose wransforman en esporas resstentes(marcadas con ung 5) (Cortesa de Dave G. Adams) ease) um Figura 1-20 Una bacteria litotofa. Beggiatoo vive en ambientesricos en azute ‘Obtione energia oxdando el HS, adem, puede far carbono meluso en la oscuridad, Obsérvese ls depésitos amarilos de azure fenclinterior dela cla (Cortesia de Ralph Ww.woife) 16 Capitulo 1:Célulasy genomas Figura 1-21 Las tes dvisiones principales (dominios) det mundo viviente.Tadiionalmente a palabra bacteria se a utiizado para deft alos procariotas en general pera en la atualidad sehanredeinide para {eferiseespeciicamente alas bacterias.E 4rbol mostrado se basa en las comparacones de as secuencis ‘dernudeidos dels subunidades del RNA rbosomico de diferentes especies ladstanca en el iagrama ‘presenta una estimacin del nimero de cambios evolutivos que se han producido en esta moléulaen cad linajevéase Figura 1-22. Las partes del bo! sombreadasen gts coresponden alas incertidumores sobre tekcrcomparacin de los genomas de @bacteras, de 13 arqueobacteiasy de: eucavoies tenet tutares so 63 son realmente ubicuos (es decitestn presentes en todos los Bene Tis vavteadoo), La gran mayor‘ de esas familias universales comprende componentes de los aperes de traduccion y de ransripcin. Noparece quesetrate de una aproximacién > [Sie un conjunto de genes ancestals. Un proceso mejor de bisqueda, aunque todavia vetlimentario, consste en tener en Cuenta ls familias pénias que tienen representantes en iia, aunaie no forzxsamente todas, las especies de los tres dominios principales ES Tide ands hayevelado204 fails conservadas ancestaes Acada una deesis familias ec puede asignar na funcin (como minim en términs de actividad bioquimica Bene- TEL pero habitualmente con mayor precisin). La gran mayoria de estas Faiins gon eae rias paricipan en a traduccién yen eltransporey metabotsmo delosaminodc, sp Tabla &-2) Este conjunto de familias génicasatamente conservadas slo representa ie peauensa parte dela Merenciacomiin dela vida actual. Serdposibleeconstuir de fore ndaprecisa el Ultimo ancesto universal gracias a nuevas secuenciaciones de genomas Y ‘rilisiscomparativos més detallados. Las mutaciones revelan las funciones de los genes sin informacion adicional simple observacion dela secvencia de fs genes no permite eon fanclones Podemosreconocer que el gen Bs pareidoal Be A Peo ic6mo sac dcterina en pimet insanca a functn del gn A ntsoconoiendo fn: ranean A rine podemos dec ila funcin degen 8 eslamismaqueladel gen Aco" ci asad de sussecuencias? En dfintva,ymo podemas conecael mundo Grlatnfonmacign genética abstract yl mundo dels organisinasvivos? oso rat dele funciones de los genes depende de dos aproximaciones complemen aries tages ya bloqlmia. La aproximacion genética arranca con l estudio de mi aa ecrncseaconvar labora un Organismo eel que un gen determinado ese aon rminar los cambios que se producen en a esttucturay en elcomportamiento ato (pir t-22) Laaproxmaciénbioquica crainala unin dels mol a crpojems extrac dterminadas molécuas deun organism y estudiar sus activi: aoe roan Gombinando ambas aproximacinesyetudiando as alieraciones quimicas des guna forge mutant, pose enconvar as melas cya producion aoe jeu determinado gen. Al mismo tiempo, los estuas del comportamiento de serene mtante pueden indica sfunciones de estas motéuls en el conjunto o- aaeaeanigmo. De esta fora, la genética la bioqumica,conjuntamenteproporo: dono para relaionar os genes, as moléculas ya estructura ya func del trganism. ee utimos anos, se han producido ripidos prosresos gracias el estudio de as se Ce SGIDNA yde ls herrambentas dela bologfamolecular Apart dea comparacn Hacer ets podemos dendearsubregionesparticulares en eintrior de un gen pres deere Pg durante el curso dela evolcién Es probable qe ets subregiones con” aa saan, en trminos funcionales, ia zonas més importantes de un ge. Podemos sera ae burn individual ala actividad del producto del gen ya que mediante aoa irar can eu posible genera Mutacones en lugares concretes dl geno consul ari eee eve ridos que combinen partes de un gen y partes de otro gen. Ora 24 Capitulo 1: Células y genomas. ‘Tabla 1-2 Nimero de familias génicas, clasificadas por funcién, que son comunes para los tres dominios del mundo vivo Procesamiento de informacion Traduccién Transcripcin Replicacién reparacién yrecombinacion Procesos celularesysefiaizaciin Control del cio celular, mtosisy meiosis Mecanismes de defensa Mecanismas de taniduccion de sehal Paredcelularbiogénesis demembrana “Teficoinaceuary secreion ‘Mesificaciones postraduccionales recambio proteca chaperonas Metabolismo Produccion y conversion de energia ‘Metabolismo transporte de carbohidratos ‘Metabolism y transporte de aminoscidos Metabolismo y vansporte de nucestidos weeSatas = Para este ass as arias de genes se han defn como “universes s se encuenttan epreentadas tens genomas de al menos dos arqueas rents Achoroglbs kag y Aeopyum per, sos bacterias dsants evoluvamente(ichencea aby Bas subi) yun evcariota eva, Saccharomyces cerevioe)(Datos obenidos de RL Tats, EV Koonin y J pman Science 278831-627, 1997, con el cansetimiento de AAAS Ri Tatusovet al. BMC Bonformanks 441, 2003, con consemtimiento de BioMed Centra: yde la base de datos COGS de la US National Library of Medicine) posibilidad es disenar organismos que produzcan grandes cantidades de RNA mensajero 0 dela proteina especificada por un gen, para facilitar el andlisis bioquimico. Los especialistas. ‘enestructura molecular pueden establecer la conformacién tridimensional del producto gé- nico mediante la determinaci6n a posicién exacta de cada uno de sus 4tomos. Los bioqui- ‘mioos pueden determinar cémo actua cada una delas partes de la molécula, especificada ‘genéticamente sobre el comportamiento quimnico global, los bidlogos celulares estudiar el ‘comportamiento de las eéulas disetadas para expresar una versién mutante delgen. ‘Sin embargo, no se dispone de una receta universal para determina la funcién de un ‘gen ni de un formato universal para poder describtla. Por ejemplo, podemos descubrir que el producto de un gen determinado cataiza una cierta reaccidn quimica y no tener nl idea dela relevancia que tiene esta reaccién en el organism. La caracterizacin funcional de ca- da familia de productos génicos, aparte de la descripcién pura de las secuencias génicas, representa un nuevo retoalingenio de los biGlogos. Ademés, no conoceremos nuncacom- pletamente la funcién real de un gen hasta que aprendamos cul es su funcién en el orga- ‘nismo completo. Por lo tanto, para dar sentido a las funciones de los genes tenemos que estudiar organismos, no sélo moléculas 0 eéhulasaisladas.. Los bidlogos moleculares han centrado sus estudios en E. coli Los organismos vivo son muy complejos, porlo que cuanto més aprendemos acerca de una especie cualquiera, més atractiva se vuelve como objetivo de estudios posteriores. Cada des- ‘cubrimiento genera nuevas cuestiones y proporciona nuevas herramientas con las que po ‘demos afrontar las preguntas generales en el contexto del rganismo seleccionado.Poresta, normal (de a especie Schizosachromyces ombel se compara cn un mutante en el ‘ual un solo cambio hatransformado a a ‘tla desde una forma recta (zquerdo) hasta una forma de T (derecho) futo dela ateracion de un gen-Por lotant, et gen ‘mutado tiene unafuncionen el controlde {a morfologa celular. Peo, gcémo cumple ‘esta funcién en trminos molecuses? [sua pregunta dic que necesita de ‘un ands bioquimico para poder ser contestada (Conesia de Kenneth Sawin Paul Nurse) DIVERSIDAD DEL GENOMA Y EL ARBOL DE LAVIDA Excherichia collK12 4699.22 pares de rucestidos snusin, muchos grupos de investigacion han dirigido sus es{uerz0s a analizar diferentes 2s- ppectosde un mismo organtsmo modelo. Enel enormemente variado mundo de las bacterias, el foco de atencion de la biologia. olecular ha sido la bacteria Escherichia colo Ecol, (véase Figuras 1-17 y 1-18). Esta pe- quetabacteriacon forma de astoneillo vive por lo general en el tracto digestivo del hombre ffde otros vertebrados, pero puede crecerféciimente en el medio nutritive de un frasco de Trivo. Se adapta condiciones quimicas variables, se reproduce répidamente y puede evo- Jcionar con rapidez por mutacién y seleccin. Como ocurre con otras bacterias. diferentes tepas de E coi clasificadas como miembros de una misma especie pueden diferenciarse ge- aricamente mucho més que lo que se diferencian entre s diferentes variedades de Orga- fhimos que se reproducen sexualmente, como una planta o un animal. Una cepa de E.coli puede ener muchos centenare de genes que no tiene ota cepa, deforma que ambas pur, hen tener en comiin s6lo el S0% de su genoma. La cepa esténdar de laboratorio de E.coli 2 tiene un genoma de unos 4,6 millones de pares de nucledtidosen unasola molécula de [DNA circular, que codifica unos 4300 tipos de proteinas diferentes (Figura 1-29). En términos moleculares, enemas un conocimiento més profundo de la biologia de coli que dela de cualquier otro organismo vivo. Lamayor parte de nuestro conocimient© sabre los mecanismos fundamentales dela vida, por ejemplo, mo se replica el DNA 0.co- Tho se descodifican las instrucciones contenidas en el DNA para dirigir la sintesis de una proteina,proceden de estudios ralizados en E. oli. Los mecanismos genéticos bésicos son frocesos que se conservan a Io largo de la evolucién y on también esenciales en nuestras flulasy en col, Resumen 0 procarlotas(dtulas sin leo diferenciade) sn tos organisms mis diversosbioquimicamen- a Inclyen especies que pueden obtener toda su energy todos sus nutrients a partir de fuentes Figura 1-29 Elgenoma de € coll (A) Conjunto de varias clus de col. {8 Diagrama de genoma de col (parala ‘cepa de Ecol 12) diagramaes circular La envoltura nuclear consttuye sélo una parte de un sistema de ‘membranas internas cuya estructura es similar ala de la membrana plasmética,y que del- ‘mitan espacios dferenciados en la céhla, muchos de los cuales paricipan en a digestion y cena secreciGn. Las células animales y las eélulas eucariotas de vida libre lamadas proto- 200s pueden cambiar su formarépidamente y engullir otras células y pequefios objetos por {Fogoctoss debido ala ausencia de una pared semejante ala bacteriana (Figura 1-31), Desconocemos cémo y en qué orden han evolucionado estas propiedades. Una posibi- lidades que todas las células eucariotas constituyan el reflejo dela forma de vida de una c& lula eucariota primigenia depredadora que vivia capturando y alimentindose de otras. Ccélulas (Figura 1-32). Fst tipo de vida requiere una célula de gran tamafo con una mem- bbrana plasmética flexible con un citoesqueleto capaz de soportar y mover esta membrana, ‘Adem, requiere que el largo y frégil DNA estéretenidoen un compartimiento nuclear ais- lado, para proteger el genoma de posibles datos producidos durante el movimiento del ci- toesqueleta, | INFORMACION GENETICA EN EUCARIOTAS, ‘membrana plasmatica Las células eucariotas actuales han evolucionado gracias a.un proceso simbidtico ‘Una fotma de vida predadora nos ayuda a expicar otra caractristica de las células eucario- tas, Pricticamente todas estas olulas contienen mitocondrias (Figura 1~23).Se trata de pe- fqsfos corpisculos en el citoplasma, envueltos por una doble membrana, que capruran nigeno y generan energiaapartr de la oxidaciGn de moléculasalimenticias como los az- lees produciendo asi la mayor parte de! ATP que consumen las actividades de la élula, fas mitocondrias tienen un tamafo parecido al dels bacterias ms pequefasy, como ellas, tonticnen su propio genoma en forma de una molécula circular de DNA, sus propios ribo. omas que son diferentesa los de las células eucariotasy sus propios RNA de transferencia. até generalmente aceptado que las mitocondrias se originaron a partir de bacterias libres retsbolizadoras de oxfgeno (aerébicas) que fueron capturadas por una célulaeucariota an- estal que no podta utilizar el oxigeno por s{ misma (es decir, que era anterébica). Alesca- purde la digestion, estas bacterias evolucionaron ensimbjontes con aclu que as capturé con su progenie, reibiendo refugoyalimentacin en compensacin porla generacion de erga que producian para sus huéspedes (Figura 1-34). Parece que esta asoctacién entre ‘una eélula predadora eucariota,anaerébica y primitiva, ya bacteria se estableciShace unos nil quinientos millones de ahos, cuando la atmésfera de la Tierra empez6 a enriquecerse ideo reticulo ‘cndoplasmstico Figura 1-30 Caracteistcas principales de lag clus eucatiotas €l esquema iustta ‘ua cula anima tipea. No obstant a prdctia totalidad de sus componentes ‘pueden encontarse en vegetaes hongos (yeucariotas uniellares como las levaduras Y protazoot Las cus vegetaescontienen ‘Goroplasos ademisde los elementos ‘mostradosy su membrana plasmstcaesth fodeads por una resstente pared celiar formada mayortariamente porceluosa, fra 1-31 Fagot Et seve de inigenes tends de naples tmuetan sn gba banc humana {enrewote ncrprando un ertocto inubado con nticierpon aca trlcamert dejo Cortese de Stephen Maloy Anne de Chevance.) : yale 28 Capitulo 1: Células y genomas. Figura 1-32 Un eucariota unicellar que evora otras células. (A) Didinium es un ‘rots2o0 carnivore pertenediente i grupo {eos ciklodos. Tene un cuerpo globular de unos 150 um de dimetro con dos anos {de clos -apéndices zemejantes a fagels-, sins, que Baten constantemente Su pate anteriores sa excepto por la resenca de una protrusion en forma de labia. (6) Normalmente Dignum nade por laguna gran velocidad gracias al bt Sincronzad de sus clos. Cuando encuentra una esa asequibe por lo ‘eneral oto protez09ibera mufitud de equetos dardos paraizantes desde su Fegién dela protusin,Entonces, Dini seengancha y devors 3 su presa por fagoctoss mediante una expansion de su membrana que cases de su mismo tamafo (or cortesia de 0. Barlow) as plantas y de las algas_también Muchas células eucariotas ~espectficamente las de las plantas y de contienen otra clase de orgénulo rodeado por una envoltura similar ala delas mitocondrias: 1s cloroplasios (Figura 1-38). Los cloroplasios realizan la fotosintesis,utlizando la energia de la luz del sol para sinteizar carbohidratos a partir de diéxido de carbono atmosférico y © 000m Figura 1-33 Una mitocondri. (A) seccin longitudinal de una mitocondiaobservada por medio de Lun microscopo electrénico de ransmision. (8) Exquems de una mitocondia de a ue Se he climnado un fragmento para poder observa su estructura tidimensional(C) Exquema de una cha {carota con una mitoconda, coteriendo el DNA mitocondrialy los rbosomas Obséevese le ‘membrana extema isa en contrast con los replegues 0 cestasmnocondaes dela membrana inter Las crestas mitocondriales cntienen ls protenas necesarias para la generation de ATP pan de la oxidacion de molécuasaimenticias (A, conesia de Daniels Fone |INFORMACION GENETICA EN EUCARIOTAS ~ Figura 1-34 El origen de las mitocondris. ancestral Pee Secree que una cua eucanota ancestral na fagocté la bacteria ancestral de las actales ‘itocondrias nici una relacion simbidtica “np yliberan los productos ala célula huésped como alimento. Como las mitocondrias, Jpsclocoplastos tienen su propio genoma y casi con toda seguridad seoriginaron como bac- Jerassimbiontesftosintticas que fueron capturadas por eélulas que ya contenian mito- fendias (Pgura 1-36) Una céula eucariota equipada con cloroplasos no necesita cazar otras células: est ‘do alimentada por sus cloroplastos cautivos heredados de sus progenitors. De forma “eejante, las clus vegetales, aunque poseen un equipo de ctoesqueleto para el mow- Ihientohan perdido la capacidad de cambiar épidamente su morfologayde capturar otras {eduigs por fagocitosts, Por el contrario, crean asu alrededor una fuerte y protector pared ‘euler. Sila célula evcariota ancestral fue realmente un depredador de otros organismos, podemos considera las células vegetales como eucarotas que han efectuado una transi. ‘on desde acaza ala agricutura. Lloshiongos representan otra manera de vida eucarita, Las céulasdelos hongos, como Jascélulas animales, tienen mitocondrias pero no coroplastos. Pero diferencia dels célu- Javanimalesy de os protozoos, tienen una pared externa robusta quelimita su capacidad de Jwovimientorépido de devora otras células. Parece que los hongos han pasado de ser ca- tdores a basureros: otras clulassecretan moléculas de nutrentes 0 tas liberan cuando Imueren; los hongos se alimentan de estas moléculas y relizan una digestin necesatia- ‘mente exracellar gracias ala secrecin de enzimas digestivas al exterior. doroplastos Figura 1-35 Los doroplastos. Estos ‘orgdnuls captran la energa de a hz el sol en clas vegetales yen algunos eucarots unicelulares (A) Célula aisada de una hoja de una planta confor, vista al micoscopioéptica, que muestra sus oroplastos verdes (8) Esquema de ‘uno de los doropasts y desu sistema interno de membranasreplegadas que ontienen ls moldcuas de dorofa, por lasque se absorbe la luz. (A,cortesa e Preeti Dahiya) 30 Capitulo 1:Células y genomas Los eucariotas tienen genomas hibridos La informacion génica de as células eucariotas tiene un origen hibrido, ya que procede de ancestros eucariotas anaerdbicas y delas bacterias que adoptaron como simbiontes. Lama: yor parte de esta informacién esta almacenada en el niicleo, pero pequetias cantidades de ella residen todavia ene interior delas mitocondrias, enlas clas vegetaes y enlasalgas, een{os cloroplastos.F DNA mitocondrialy el DNA de los cloroplastos se puede separar del DNA nuclear, y se puede analizary secuenciar.Se ha encontrado que el genoma de as mito- condrias y dos cloroplastos esti degenerado, ya que se trata de versiones acortadas delos. .genomas bacterianos delos que derivan y carecen de muchos de los genes que tienen fun- Ciones esenciales. Por ejemplo, en una célula humana el genoma mitocondrial s6lo tiene 16.569 pares de nuclestidos y codifica13 proteinas, dos componentesdel RNA ribosémico y 22 RNA de transferencia. Los genes que faltan en el genoma de las mitocondrias yde los cloroplastos no se han. perdido totalmente, ya que muchos de ellos se han tasladado desde el genoma del sim- bionte al DNA del nucleo del huésped por mecanismos desconocidos. EI DNA nuclear hu- ‘mano contiene muchos genes que codifican proteinas cuyas funciones se ejercen en el interior de as mitocondrias. En los vegetales el DNA nuclear también contiene genes que especifican proteinas necesarias en los cloroplastos. El genoma eucariota es grande roped aamaf desu genoma Qutdelaumentodd geopara ne Scumuain de cemenios prises Vaspontbles wane capita eaten ee “seta” de DNA ae psd mera capis J moments ane ee Sea ial sala elec crea, genoma dela mayer eaoes eh, dees de maghid mayer quel dela ebaceasy us smuccberoe ee ee era decretinentode lean de DNA ha era pha eee Figura 1-36 Origen de os eloroptastos. Una éluaeucariota inca que ya contenia ‘mitocondhias.incorporé una bacteria, {otosineéica (una cianabacteia) ya veto ‘ensimbiosis Se ree que los cloropastos actales tienen sus ancestos en una sola especie de canobacteris que fueron adoptadas como simbiontesinternos {endosimbiontes) hace mi milones de ator. INFORMACION GENETICA EN EUCARIOTAS. ie Pini Pein eriia, ei, Pri Pern P er HP even eer My Tg Tn he w romero de pares de nusieStidos por genoms haploide Los genomas de eucariotas son ricos en DNA de regulacién {fs casi seguro que la mayor parte de nuestro DNA no-codificante es “chatarra" que podria ‘elininarse, que se ha mantenido como un conjunto de papeles viejos porque sin la presién ‘ehacer que un archivo sea pequetio, es ms sencillo retenerlo todo que escoger la infor- ‘macion valiosa para descartar el resto. Algunas especies eucariotas excepcionales, como el [pexsiobo (Figura 1-38), consttuye un ejemplo de libertinaje con sus congéneres:ienen la ‘eatacidad de desprenderse de grandes cantidades de DNA no-codificante. A pesar de ello, ‘te pezes similar en estructura, comportamiento y capacidades a otras especies proximas {quetienen muchisima mayor cantidad de este DNA no-codificante. Incluso en genomas eucariotas compactos como el del pez globo, hay mas DNA no-co- sdflcante que DNA codilicante, Parte de este DNA no-codificante tiene funciones importan- ‘es: ya que regula la expresién de genes adyacentes. Con este DNA de regulacién, los ‘eucariotas han desarrollado vias diferentes de control de cusndo y eémo se ponen en juego Jos diferentes genes. Esta sofisticada regulaciGn génicaes crucial parala formacién de orga- hms pluricelutares complejo. El genoma define el programa del desarrollo pluricelular {as células de un animalo de un vegetal son extraordinariamentevariadas. Las eélulasadl- [posas las células dela piel, [as células 6seas olasneuronas muestran todo lo diferentes que [pueden llegar a ser unas células. Todos estos tipos celulares son descendientes de una célu- Iahuevo fecundada (con pocas excepciones) y contienen un miimero idéntico de copias del fenoma dela especie. Las diferencias proceden de la forma en la que las eélulas hacen uso selectivo de sus Instrucciones genéticas siguiendo las claves que obtienen de su alrededor durante el desa- 1mollo embrionario. E1 DNA no es s6lo una lista de compra que especificalas moléculas que ‘edacélula debe tener yla céulano es un conjunto de todos las items de esalista. Pore con- ‘rari, lacélula se comporta como una méquina multifuncional, dotada de sensores que reci- ‘ben as seiales ambientales y dotada de una gran habilidad para poder activar determinados srupos de genes segtin la secuencia de sales recibidas. El genoma es suficientemente gran- {de como para acomodar a informacién que especifica un organismo pluricelular completo, ‘pero cada una de las eélulassdlo utiliza una parte de esta informacion. ‘Unagran parte delos genes del genoma delos eucariotas codifica proteinas que regulan la actividad de otros genes. La mayor parte de estas proteinas reguladoras de genes actian luniéndose directa o indirectamente alas secuencias del DNA de regulacién, adyacentes @ los genes que se deben controlar (Figura 1-39) 0 interfriendo con las capacidades de otras protefnas para hacerlo. Por lo tanto, el enorme genoma de los eucariotas no solo especifica Figura 1-37 Comparacién de tamados ‘de genomas.Eltamahodelgenoma ze ‘muestra en pares de nuclestidos de DNA orgenoma hapoide es decr, por copia sencila de genoma. (Las cluas de los ‘organisms de reproduccién sexual son En terminos de sus antecesores y dela secuencia del DNA, los protistas son més diver- sso. que los animales phiricelulares los vegetaes y los hongos. que proceden de 3 ramas pa- Jreidas proximas en el “pedigrt” eucariota (véase Figura 1-21). Como los procariotas, los fumanos han tendidoa menosprecia los protistas porque son microscOpicos, En ta actua- {lad con el desarrollo delandlisis genémico, hemosempezadoa entender st posicin en el srboldela vida y hemos empezado a contextualizarlosindicios que estas extrafas cria\uras nos offecen sobre nuestro distante pasado evolutivo. Una levadura es el modelo eucariota mas pequefio ‘Amenudo, la complefidad molecular y genéticanos intimida. Incluso més que os procario- tin, los biglogosy bidloges necesitan concentrar suslimitados recursos en unos cuantos mo- dios de organismos eucariotasselecclonados para entender su complejidad. Para analizarel interior de una célula eucarita, sin tener problemasadicionales deri- dos de desarrollo pluricelular, es necesario utilizar especies quessiendo unicelulares sean. fo ns sencillas posible. La eleccién popular de este modelo eucariota minima ha sidolale- vadura Saccharomycescerevisiae Figura 1-42), la misma especie quese utiliza para elaborar {acerveza oe! pan. ‘5. cerevisiae es un pequenio miembro unicelular del reino de los hongos y, de acuerdo ‘con los puntos de vista actuales es tan pr6ximo alos animales como a los vegetales.sre- tistentey facil de cultivaren un medionutritivo sencillo. Como otros hongos tiene una pared (celular, es relativamente inmévil y presenta mitocondrias pero no cloroplastos, Cuando el medio de cultivo contiene gran cantidad de nutrientes, crece y se divide casi tan répida- smentecomo lo haria unabacteria. Puede reproducirse vegetativamente (es decir, por simple Figura 1-41 Miscelines de prosstas: tun pequefo ejemplo de una cate muy

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