ცილის სტრუქტურაში ჩახვევის პროცესის თერმოდინამიკა

სურ 4-28 მოცემულია ცილის სტრუქტურაში ჩახვევის პროცესის თერმოდინამიკული

გზა. "ძაბრის" ზედა ნაწილში შესაძლებელია ცილის დიდი რაოდენობის
კონფორმაციები; შესაბამისად, კონფორმაციული ენტროპია დიდია. ეს ფიგურა
ითვალისწინებს ინტრამოლეკულური ურთიერთქმედების მხოლოდ მცირე ნაწილს,
რომელიც წარმოიქმნება ნატიურ კონფორმაციაში. როდესაც ცილა იწყებს ჩახვევას და
ცილა იწყებს დახვევას და გადადის "ძაბრში", რომლის დროსაც მცირდება
სტრუქტურის შესაძლო მდგომარეობების რაოდენობა (მცირდება ენტროპია). ამავე
დროს იზრდება პროტეინის რაოდენობა ნატიურ კონფორმაციაში და მცირდება
თავისუფალი ენერგია. ძაბვის კიდეების ადგილობრივი მინიმუმი შეესაბამება
შუალედურ ნაწილობრივ ჩამონგრეულ მდგომარეობებს, რომელთა არსებობამ
ზოგჯერ შეიძლება შეანელოს დასაკეცი პროცესი.

ცილის მოლეკულის ცალკეული მონაკვეთების თერმოდინამიკური სტაბილურობა

შეიძლება განსხვავდებოდეს - არის ადგილები მაღალი და დაბალი
თერმოდინამიკური სტაბილურობით. მაგალითად, ცილა შეიძლება შედგებოდეს ორი
სტაბილური დომენისგან, რომელსაც შეუერთდა ნაკლებად სტაბილური სეგმენტი;
დომენის ერთი მცირე ნაწილი შეიძლება იყოს ნაკლებად სტაბილური ვიდრე
ძირითადი სტრუქტურა. შედარებით დაბალი სტაბილურობის მქონე რეგიონები
საშუალებას აძლევს ცილას შეცვალოს მისი კონფორმაცია, გადადის ერთი
მდგომარეობიდან მეორეზე. როგორც ვნახავთ მომდევნო ორ თავში, ცილის
მოლეკულის უბნების განსხვავებული სტაბილურობა ხშირად აუცილებელია, რათა
მოხდეს მისი ფუნქციის რეალიზაცია.
ცილის მოწესრიგებულ სტრუქტურაში ჩახვევა და ცილის სტრუქტურის შესახებ
ჩვენი ცოდნის გაფართოებასთან ერთად, იქმნება უფრო და უფრო დახვეწილი
კომპიუტერული პროგრამები, რაც შესაძლებელს ხდის პროტეინის სტრუქტურის
პროგნოზირებას მისი ამინომჟავების თანმიმდევრობით. ცილის სტრუქტურის
პროგნოზირება პასუხისმგებელია ბიოინფორმატიკისთვის და ამ სფეროში პროგრესი
შეფასებულია CASP Critical Assessment of Structural Prediction) ორწლიან კონკურსში.
მონაწილეები მთელი მსოფლიოდან ეჯიბრებიან განსაზღვრონ (ბრმად) გარკვეული
ცილის სტრუქტურა, რომლის სტრუქტურა უკვე განსაზღვრულია, მაგრამ ჯერ არ
არის გამოქვეყნებული. საუკეთესო შემსრულებელი გუნდები მოწვეულნი არიან
თავიანთი შედეგების წარსადგენად CASP კონფერენციაზე. ჯერჯერობით, ცილის
სტრუქტურის პროგნოზირების პრობლემას არ აქვს აბსოლუტურად საიმედო
გადაწყვეტილებები, თუმცა, CASP დიდ წვლილს შეიტანს პროგნოზირების ახალი
მეთოდების გაუმჯობესებაში და მათი სიზუსტის გაზრდაში.