CAPITULO 8 Enzimas http://booksmedicos.blogspot.com En todo ser vivo se producen constantemen- te innumerables reacciones quimicas. Muchas de ellas tienden a transformar las sustancias intro- ducidas con los alimentos a fin de obtener ener- gia y materia prima para la sfntesis de nuevas estructuras moleculares. Dicha sfntesis, asf como la degradacidn de los componentes celulares una vex cumplida su vida itil, son también resultado de mailtiples reacciones. La velocidad y eficiencia con las cuales se rea- lizan las transformaciones bioquimicas son no- tables, Si se pretendiese repetirlas en el laborato- rio, se comprobarfa que s6lo ocurren si se sumi- nistra calor. o pH extremos, o grandes presiones etc., recursos todos incompatibles con la subsis tencia de las célalas. En las condiciones reinan- tes en el organismo: temperatura de alrededor de 37°C en seres homeotermos, temperatura ambien- te en poiquilotermos, pH proximo a la neutrali- dad, presidn constante, efc., la mayor parte de las reacciones transcurrirfa muy lentamente o no se prodiicirfa en absoluto. Las reacciones quimicas se realizan en los se- res vivientes_a gran velocidad, en.condi muy moderadas de temperatura, pH, presién, etc., gracias a Ja existencia de catalizadores. Las enzimas son catalizadores biolégicos Un catalizador es un agente capaz de acele- rar una reaccién quimica, sin formar parte de los productos finales ni desgastarse en el proceso. En Jos medios bioldgicos se desempefian como cata- lizadores macromoléculas denominadas enzimas. Como todo catalizador, las enzimas actéan disminuyendo la energfa de activacién (E,) de una reacci6n, En este sentido, son més efectivas que la mayorfa de catalizadores inorgdnicos, Por otra parte, las enzimas muestran mayor especificidad. Los catalizadores inorgdnicos suelen actwar ace- lerando reacciones quimicas muy diversas, mien- tras las enzimas s6lo catalizan una reaccién qui- mica determinada. Algunas enzimas actiian s bre. sustancias distintas, pero en general se trata de compuestos homslogos y la reaccién catalizada es Siempre del mismo tipo. Las sustancias sobre las cuales actdan las enzimas reciben el nombre genético de sustratos. La especificidad de una enzima le permite dis- tinguir con gran selectividad entre diferentes sus- tancias y aun entre isémeros Gpticos. Por ejem- plo, la glucoquinasa, enzima que cataliza una re- accién de fosforilacién de D-ghicosa, no acta frente a L-gluco Nomenclatura y clasificacién de enzimas Las enzimas suelen designarse agregando el sufijo asa al nombre del sustrato sobre el cual actéan. Por cjemplo, amilasa, urcasa y tirosinasa son enzimas que catalizan reacciones con almi- dén, urea y tirosina respectivamente. También se denominan las enzimas segtin el tipo de reaccién catalizada, por ejemplo, deshidrogenasas y descat- boxilasas catalizan fa sustraccién de hidrégenos y carboxilo del sustrato respectivamente. Por otra parte, ciertas enzimas conocidas des- de hace mucho tiempo tienen nombres arbitra- rigs. Entre ellas, ptialina salival, pepsina de jugo g4s- trico, tripsina y quimotripsina de jugo pancredtico, La confusién creada por el uso de nombres segtin distintos criterios, llev6 a la Unién Inter- nacional de Bioquimica y Biologa Molecular (IUBMB en las siglas inglesas) a proponer un sis tema de clasificacién, con normas para asignar a cada enzima un nombre descriptivo y un ntimero que permite ubicarla inequivocamente. En esta clasificacién se consideran seis clases principa- les segtin el tipo de reaccién catalizada. Las di- versas reacciones bioquimicas pueden agrupar-126 ¢ MIMIC, BIOLOGICA se en esas seis categorias. Cada una de las clases se divide en subelases y subsubclases. El codigo numérico utilizado para identificar las enzimas consta de cuatro componentes: el primer mime- ro corresponde a la clase prir la subclase, el tercero, a la subsubel niimeras san asignados teniendo en cuenta naturaleza de Lo: upos de stomos comprometi- dos en la reaccién) y el cuarto es el nuimero de orden de la enzima en su subsubclase. Periddica mente Ja 1UBMB publica la nomenclatura de las enzimas conocidas. En ella se asigna el nombre sistemdtico, en el cual se mencionan sustratos utilizadas y tipo de reaceisn catalizada, se indica cambién e! nombre comtin o trivial mas recomen: dable y se da el nimero de cédigo. En toda tra bajo enel cual se mencione una enzima debe con- signarse ese mimero a fin de identifiearla con exactitud, En este texto se utilizar por lo general el nombre pivial recomendado por la 1BMB gun en los cuales él uso ha’ saneionado oira denominacicn salvo en al caso Los seis grandes ginpas de la clasificacion inter nacional son |. Oxidorreductasas. Catalizan reacciones de xidorreduccidn. Estan asociadas_@ coenzimas (ver mas adelante). Cuando e! sustrato es denante de hhidrSgeno, las enzinas son designadas con el nom antcpuesto a deshidragenasa, Con cuando la teacciGn se indica en ef al nombre del sustrato se agrega bre del sustz menor frecuenc sentido inverse. ° denominan oridasus Jas enzimay que catalizan_reacciones én las cuales e} aceptor debi Indgeno es e! O, y el de oxigenasas sla cwando la molécuta de ©, € incorporada al sustrato. Peroxs dasas son Jas enzimas_que utilizar H,0, como aveptor de hidrogeno Como ejemplo genasa, que cataliza la oxidacién de lactato a_pirw vate y Lambién Ia reacctSn snversa (reduceién de remos a la lactato deshidro: pinuvato a factato), La enzima unliza NAD como cocnzima. La reaccidn catalizada es CHs GH CH.OH + NAD* == C=O +NADH +H" I 1 co.07 C0.07 Lactato Piruvate EJ nombre sistemitico ey L-lactato: NAD oxide. rreductasa, nombre trivial recomendado. lactato deshidroenasa y numero de cédigo U1.1.27, 2, Transferasas, Catalizan la tunsferencis de un grupo de dtomos, como amina, carboxilo, carbonilo, metilo, aeila, glicosilo, fosiorilo, desée un sustrate considerado danante. a otre compuesto aceptor. Por ejemplo, aminotransterasas © transaminasas. que ipal; el segundo, a eatalizan Ja cesién del grupo amina de un compues (© 4 o1ro, La reaceida G0.0° COO CH, I I Ch CH | *H;N-C—-H c=0 I I CO." coo {-aspartato roglutarato © u-cetnglutarato cO.07 1 Oxaloacetato es catalizada por una enzima cuyo nombre sistemd tico es TL. aspartato: 2-oxoglutarato aminotransferasa nombre trivial recomendado, aspartate amino. transterasa y nimero de cddigo, 2.6.1.4 drolasas. Catalizan la ruptura de enlaces C-0, CN. CS y 0-P por adicisn de agua. Fi nom- bre recomendado se forma con el del sustrato y el sutijo asa. Pertenecen a este grupo acetiicolines, terasa y tibonucleasa, que hideolizan Ia uniGn éster entre acetato y colina de acetileolina y las uniones entre suclestides en ARN respectivamente. Otro ejemplo es la arginasa, que cataliza la nidvolisis de argining para former urea NH} 1 C=NH 1 NH | (CH), + HO —> 1 +HN-C—H 1 CH,-NH} I UNH OH —0=c0 + CH, NH, i H;N-C—H I 60.0" Urea L-ornitina, ET nombre sistemstico es L-arginina amidine hidrolasa: nombre trivial, arginasa y niimero d4, Liasas, Catalizan la ruptura de uniones C-C, C8 y CN (excluyendo uniones peptidicas) de la molécula del sustrato. por un proceso distinto al de hidrdlisis. Aigunas eliminan grupos del sustrato y Forman dobles ligaduras o_ciclos. o agregan grupos a enlaces dobles. Los nombres recomendados in- cluyen, por ejemplo, los de descarboxilasas, deshidratasas, aldolasas, cuando eliminan CO3, agua 0 aldehido respectivamente. En los casos en los cuales la reaccién inversa (incorporacién de un grupo) sea la més importante, se utiliza la denomina- cién sintasa (no sintetasa), a fin de destacar la fina- lidad de sintesis de la reaccién. Un ejemplo de liasa es la aldolasa, que divide fructosa-1,6-bisfosfato en dos triosas fosfato. 0. P)—O—-H,C CH,—O—(P) (OH OH Fructose-1,6-bisfostato Degliceraldehido- Dihidroxiacetonafosfato 3-fosfato El nombre sistematico es fructosa-,6-bisfosfato D. nido-3-fosfato liasa; nombre trivial re~ comendado, fructosa-bisfosfato aldolasa y nimero de C6digo, 4.1.2.13. 5. Isomerasas. Interconvierten isémeros de cual- quier tipo, dpticos, geométricos 0 de posicién, Al- gunas de ellas reciben nombres triviales, como epimerasa, racemasa, cis-trans isomerasas, ciclo- isomerasas, tautomerasas. Ejemplos, fosfogluco- somerasa, cataliza la interconversin glucosa-6- fosfato = fructosa-6-fosfato; 0 triosafosfato ‘somerasa, que cataliza la reaccién. WM CHOH c c=0 == H-C-OH CH,-O-PO} CH,-O—PO;, Dihidroxiacetonafosfato D-gliceraldehido-3-fosfato ENZMAS 127 El nombre sistemético es D-gliceraldehido-3- fosfat rasa; nombre trivial recomenda- do, triosafosfato isomerasa; niimero de cédigo, 53.1. ~°6, Ligasas. Catal de dos mol acoplada con la hidrélisis de, un enlace de alta ener- gia_de_nuc i ‘ato. La designacion Sinfetasa, que Suele asignatse a estas enzimas, debe reservarse para las que responden estrictamente a Ja definicién precedente; no confundir con sintasa. Para evitar errores, se recomienda llamar ligasas a las enzimas de este grupo. Por ejemplo, la g mato:amonfaco ligasa, ntimero de cddigo 6.3.1.2, tam- bién Hamada glutamina sintetasa, actiia en la reac- cién entre feido glutémico y amonfaco para for- mar glutamina, gia necesaria para Ja sinte: ¢8 provista por hidrdlisis de ATP: G0.0" i CH, + NH* + ATP —= SHN-G—H Amonio I CO.0- L-glutamato. CO-NH, Che — CHF ADP +P) *HAN-C—H CO.0" L-glutamina Naturaleza quimica de las enzimas En 1926, Sumner purificé y cristalizé por pri- mera vez una enzima, ureasa, que cataliza la hidrélisis de urea a amoniaco y bidxido de carbo- no, Se comprobé entonces su naturaleza protefnica, Posteriormente se han obtenido muchas enzimas al estado puro y estudiado muy cuidadosamente su constitucién. Como consecuencia de esos es- tudios, hasta hace pocos aitos estaba firmemen- te arraigado un concepto: todas las enzimas son protefnas. Sin embargo, se han aislado molécu- las de Acido ribonucleico (ARN) con actividad catalitica, las lamadas ribozimas (pig. 373). Las técnicas actualmente disponibles para el estudio de macromoléculas han permitido cono- cer_con exactitud la estructura de numerosas enzimas y construir modelos precisos de las mis-128 — QUIMICA BIOLOGICA mas. Este tipo de conocimiento arroja iuz acerca del mecanismo de la accién enzimatica. Algunas enzimas estén constituidas s6lo por aminoacidos, Las hidrolasas, en general, son pro tefnas simples. Existen enzimas formadas por aso- ciacign de varias subunidades 0, cadenas polipeptidicas, es decir. son oligémeros. Frecuen- temente las relaciones mutuas entre las subuni- dades constituyentes tienen importancia funcional Coenzima. Muchas enzimas s6lo pueden rea- lizar su funcién catalitica en asociacién con otra molécula no proteica, de tamaiio relativamente pequefio, denominada coenzima. Las coenzimas pueden estar firmemente unidas a la enzima por uniones covalentes u otro tipo de enlace fuerte, formando complejos dificiles de separar. Algu- nos autores prefieren llamar a éstas grupo prostéticoy reservar el nombre coenzima para aquellas cuya asociaci6n a la protefna es mas laxa. En este texto se utilizara el nombre coenzima, cualquiera sea el cardcter de la unién a la enzi ma. Las dos porciones, proteica y no proteica, son indispensables para la actividad de la enzi- ma. El sistema completo se llama holoenzima y estd constituido por la proteina, designada apoenzima (mactomolécula termolabil, no dializable). y la coenzima (molécula no proteica, tecmoestable, tamafio relativamente pequeiio). HOLOENZIMA = APOENZIMA + COENZIMA Enzima total Proteina No proteinica Termolabil —_Termoestable No dializa Oxidorreductasas, transferasas, isomerasas y ligasas requieren coenzimas Tabla 8-1. Coenzimas comunes Notable: Vitamina correspondiente _ Pirofosfato de tiamina Piridoxina Biotina Nicotinamida Acido pantoténico Acido filico Vitamina Bip Las coenzimas intervienen activamente en la reaccién expetimentando cambios que compen- san las transformaciones sutridas por el sustrato. Por ejemplo, las coenzimas de oxidorreduct: aceptan 0 ceden los hidrégenos 0 electrones sus- trafdos 0 donados al sustrato. Las transferasas poseen coenzimas capaces de captar 0 ceder el grupo transferido en la reaccién. Muchas de las coenzimas presentan estruc- tura de tipo nucleotidico. Por otra parte, las coenzimas estén relacionadas con vitaminas, compuestos que el organismo no puede sinteti- zar y deben ser aportados por la alimentacién Las vitaminas pertenecientes al llamado grupo 0 “complejo” B forman parte de la estructura de coenzimas. Esta participacién en procesos enzimaticos otorga a muchas vitaminas su im- portancia fisioldgica. La tabla 8-1 presenta una lista de coenzimas e indica Ja vitamina relacio- nada. En el capitulo 22 se tratard el papel fun- cional de las vitaminas Si bien siempre participa en un determinado tipo de reaccién, una coenzima puede unirse a distintas apoenzimas y actuar frente a diferentes sustratos. Por ejemplo, lactato deshidrogenasa, malato deshidrogenasa, glutamato deshidro- genasa y otras oxidorreductasas utilizan la mi ma cocnzima, nicotinamida adenina dinuclestide (NAD), aceptora de los hidrégenos sustraidos al sustrato. Es decir, no es la coenzima, sino la apoenzima, la responsable de reconocer con pre- cisién al sustrato. La especificidad de la holo- enzima depende de Ja porcién proteica. Metaloenzimas En algunas enzimas, la presencia de iones metilicos es indispensable para la accién catalitica. Los iones metdlicos contribuyen al proceso catalitico por su capacidad para atraer © donar electrones. Algunos metales fijan ligan- dos a su esfera de coordinacién, lo cual los ha- bilita para unir sustratos. Otros contribuyen al mantenimiento dé"las estructuras terciaria y cuaternaria de la molécula de enzima. En todas las metaloenzimas, la eliminacién del componen- te metélico determina pérdida de actividad. Los siguientes son ejemplos de este tipo de enzimas Fe, Catalasa, peroxidasas y citocromos son hemoprotefnas en las. cuales él bierro es esen- cial para la actividad enzimatica Cu, Tirosinasa, écido ascérbico oxidasa, citocro- smas Fe) contienen cobre. Zn. Alcohol deshidrogenasa y anhidrasa car- bénica son enzimas con zine como parte inte- grante de su moléculaMo. Integra la molécula de xantino oxidasa (que también tiene Fe) y_otras oxidasas y deshi- drogenasas ‘Mg. Es requerido por enzimas que usan ATP como cofactor. La forma activa de ATP es un complejo ATP-Mg**. El Mg® se une a los grupos fosfato con carga negativa en el ATP. Mn. El ion manganeso es indispensable para la accion de acetil-CoA carboxilasa, desoxirri- bonucleasa y otras enzimas. Se. El selenio se une covalentemente a gluta~ tin peroxidasa. Ca. Muchas enzimas requieren ion Ca* 0 son activadas por él La actividad de algunas enzimas depende de la presencia de determinados iones en el medio, por ejemplo, cationes Nay K*, o aniones Cl-(no metélicos), Catélisis enzimdtica Seguin se ha mencionado, las enzimas aumen- tan la velocidad de reaccién disminuyendo Ja energia de activacién (E,). De esta manera, ma- yor niimero de moléculas alcanzan el estado in- iermediario o de transicién, y la transformacién quimica se acelera, Las enzimmas aumentan enot- memente Ja velocidad de reaccién y, como todo flizador, no modifican en absoluito el cambio neto de energia, ni la constante de equilibrio Durante el curso de la reaccién, la enzima se une efectivamente al o a los sustrato/s, forman- do.un complejo transitorio. Las eventuales mo- dificaciones de la molécula durante dicha unién son effmeras; la enzima aparece inalterada al fi- nal de la catdlisis. Si una enzima E cataliza la transformacién del sustrato $ en producto P, primero se unen enzima y. sustrato para formar el complejo ES, el cual luego se disocia en enzima y producto. El proce- so puede representarse con la ecuacién: E+ S @ ES > E+ P Complejo cenzima-sustrato Enzima Sustrato Enzima Producto Sitio activo Enzima Sustrato Complejo ENZIMAS 129 La formacién del complejo ES, iniciaimente propuesta sobre bases te6ricas, ha sido demos- trada experimentalmente. En el transcurso de la reaccién la enzima se une efectivamente al sustrato. Al final, la enzima no muestra cambio alguno y puede nuevamente unirse a otra molé- cula de sustrato. Ello explica por qué muy pe- quefias cantidades de enzima aceleran enorme- mente la velocidad de una reaccién. La misma molécula es reutilizada muchisimas veces Sitio activo Para formar el complejo ES, el sustrato se fija aun lugar definido de la enzime. Esta region de la molécula ha recibido las denominaciones de sitio activo, centro activo, sitio catalitico 0 lu- gar de sustrato y es donde se cumple la accion catalitica (fig. 8-1). El lugar de sustrato posee sitios de unién y catalitico. Al fijarse al primero, el sustrato se dis- pone de manera tal que el enlace a ser modifica- do en la reaccién se ubica exactamente en el si- tio catalftico. Tanto Ja unién como la accién ca- talizadora exigen una conformacién tridimen- sional altamente especifica a nivel del sitio acti- vo, en el cual las cadenas laterales de los restos aminoacidicos aportan grupos funcionales esen- ciales. Por ejemplo, cadenas laterales reactivas como las de cisteina, glutamato. aspartato, lisina, arginina, histidina, serina y treonina, o restos hidrofobicos, suelen desempefiar un papel im- portante en Ja unién del sustrato. E| sitio activo es una agrupacién de un nimero, no muy grande de aminodcidos, distribuidos espa- cialmente de manera precisa. Esta disposicién se mantiene gracias a la contribucion de las estruc- turas (primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria) de la proteina. En la formacién de] sitio activo participan restos aminoacidicos situados a veces en posiciones distantes de la cadena polipeptidica, que convergen en una zona restringida y se ubi- can en posiciones espaciales adecuadas, por los plegamientos y torsiones de la cadena Enzima Producto enzima-sustrato Fig, 8-1. Representacién muy esquematica de una reavcitin enzimatica, :130 QUIMICA BIOLOGIA La unién del sustrato a Jn enzima comprende la formacién de enlaces no covalentes. tales como puentes de hidrégeno, enlaces iénicos & interacciones hidrofébicas y de van der Waals. Los grupos quimicos del sitio activo capaces de interaccionar con el sustrato estin dispuestos en el espacio de tal modo que enfrentan a los gru- pos carrespondientes del sustrato especitico y lo fijan en fa posicion apropiada. En el curso de la reaccidn también pueden formarse uniones covalentes transitorias entre enzima y sustrato. La molécula de sustrato fijada a la enzima sufre una deformacion en los enlaces que han de ser afectados por la reaceién y adquiere un estado “tenso”, desde el cual pasa fécilmente a formar el o Jos productos. Este estado de ten clivacion” es el llamado intermediario signa de transicidn y explica por qué a enzima redu ce la energia de activacisn, Hasta agut se a hecho referencia a un sustrato, Sin embargo, en muchas reacciones qui- micas calalizadas por enzimas participan dos 0 mas molécuias de sustratas diferentes. En estos casos, el sitio activo ofrece un nicho en el cual cada sustrato es ubicado en la posicidn y orien- lacién mas favorable para reaccionar; se promue- ve asi la formacién del estado de wansicisn, la reduccidn de la energia de activacion y el inere- mento de fa velocidad de reac Hay siempre una gran diferencia de tamato entre Ta molécula de la enzima y la del sustrato in. Aun cuando el sustrato sea una macromolécula, la zona de ésta que experimenta ia accion de la enzima es un segmento pequefio. Por ello, mu- chos autores se han preguntado por qué a io far- go de la evolueién se han seleccionado macromo- leculas (ARN y proteinas) para cumplir el papel de enzimas y no moléculas mas pequefias, més “econdmicas” desde e) punto de vista de su sin- tesis por la célula. La explicacién mas satisfac- toria es la siguiente: con moléculas pequefias seria muy dificil obtener una configuracion tridimensional adaptable a un determinado sustrato y crear un “nicho” precisamente con formado. Si bien el sitio activo es una porcidn reducida de la molécula, toda ésta colabora en mantener la disposicién adecuada. La cocnzima también participa en asegurar la conformacin optima. Se une a la enzima en un lugar # ella destinado, generalmente proximo, af sitio active, y a veces forma parte del lugar del sustrato. A fines del siglo XIX. E. Fischer emitié una hipdtesis en {x cual homologaba launidn del susiraio ala enzima con el encaje reciproco de la ave y [a corradura, Existiria complemen- to Fig. 8-2. Representacién muy esquemética de ta hipste sis “Have-cerradura” para la formacicin del complejo en zima-sustrato, tariedad estructural para el ensamble preciso (fig 8-2). Hsta hipétesis explica los casos de enzimas con muy estrieta especificidad, pero rigidez no compatible con conocimientos actua- les sobre estiuctura molecular y conformacién de macromoléculas. Se conocen agentes que pro- ducen cambios conformacionales en la enzima y con ello aumentan la actividad catalitica, Ac- ialmente tiene més aceptacion ia hipétesis de Koshland de adaptacion o ajuste inducido, que considera a la enzima como una estructura dota- da de plasticidad y flexibilidad. No se trata de un modelo rigido ¢ inalterable, sino de una masa modificable en contacto con el sustrato, que se adapta 2 él, orientando los residuos esenciales en la posicién éptima en el momento de formar el complejo ES. En este sentido, sdlo el sustrato adecuado provoca en la enzima Ja disposicin precisa de cadenas laterales necesaria para la catdlisis, Cuando el sustrato se une a la enzima, induce cambios conformacionales en la moléculat de ésta, y recién entonces se acomodan los gru- pos funcionales criticos para asegurar la ubica cidn mas efeciive (ig. xige una Fig, 8-3. Represcutacidn inuy esquernstica de Ia hipote- sis de adapracidin o “encaje inducido” pare la Formacién el complejo enzima-sustrato, Limégenos Algunas enzimas se sintetizan en las célul: de origen al estado de precursores inactivos lla- mados zimdgenos, proenzimas o preencimas. En. la mayoria de los casos, estos precursores son proteinas simples que se convierten en enzima activa por un proceso de hidrélisis. Agentes es