VIROLOGI

SARS-Cov-2

Ni Ketut Yuliana Sari, S.ST., M. Si., M.Imun.

SARS-Cov-2
Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2
Penyebab penyakit Covid-19

• SARS‐CoV‐2 : family Coronaviridae of the Nidovirales order.

• Positive‐sense single‐stranded RNA (+ssRNA)

• The SARS-related coronaviruses are covered by spike proteins

that contain a variable receptor-binding domain (RBD).
• Spike proteins on the surface of the coronavirus bind to
angiotensin-converting enzyme 2 (ACE-2) receptors on the
surface of the target cell.
• Receptor ACE-2 found in the heart, lungs, kidneys, and
gastrointestinal tract
Fungsi Protein Nonstruktural
Respon Imun terhadap SARS-Cov-2
Innate Immunity
1) Toll-like receptors (TLR) are proteins involved in the
development and activation of innate immunity; it is a
family of 11 transmembrane receptor proteins that
recognize pathogen-associated molecular patterns (PAMPs).
Coronavirus seems to trigger a significant cytokine release
in the body, primarily IL-6 and all the other proteins of the
acute phase that leads to activation of the immune
response.

Role of toll-like receptor in response to coronavirus infection.

TLR4 is involved in the response triggered by oxidized
phospholipids (OxPLs) induced by SARS-CoV2 infection, with
activation, through MyD88 and TRIF, of the production of type
I Interferon and inflammatory cytokines such as IL6 and TNF.
TLR3 and TLR7/8 recognize viral RNA at the endosome and
through MyD88 and TRIF, activate interferon regulatory factor
(IRF3 and IRF7)
2. Complement system
The complement system is a group of proteins present in the bloodstream in a form of
inactive precursors, involved in mechanisms of protection from bacteria and viruses.
The complement system acts through three different pathways: the classic pathway,
the alternative pathway, and the lectin pathway, to activate different elements of the
immune system.
3. Monocytes and macrophages
4. Neutrophils
5. Interferons
Dysfunctional and Healthy immune Response
 Referances
 Rabi, F. A., Al Zoubi, M. S., Kasasbeh, G. A., Salameh, D. M., & Al-Nasser, A. D.
(2020). SARS-CoV-2 and Coronavirus Disease 2019: What We Know So Far.
Pathogens, 9(3), 231. doi:10.3390/pathogens9030231
 Chen, Y., Liu, Q., & Guo, D. (2020). Emerging coronaviruses: Genome structure,
replication, and pathogenesis. Journal of medical virology, 92(4), 418–423.
https://doi.org/10.1002/jmv.25681
 Birra, D., Benucci, M., Landolfi, L., Merchionda, A., Loi, G., Amato, P., Licata, G.,
Quartuccio, L., Triggiani, M., & Moscato, P. (2020). COVID 19: a clue from innate
immunity. Immunologic research, 68(3), 161–168. https://doi.org/10.1007/s12026-
020-09137-5
 Tay, M. Z., Poh, C. M., Rénia, L., MacAry, P. A., & Ng, L. (2020). The trinity of COVID-
19: immunity, inflammation and intervention. Nature reviews. Immunology, 20(6),
363–374. https://doi.org/10.1038/s41577-020-0311-8
 Youtube chanel Cute immunology
Penatalaksanaan dan Pemeriksaan
Spesimen COVID-19

Puslitbang Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan

Badan Litbangkes

Disampaikan pada :
Pertemuan Ilmiah Berkala (PIB) - Bersama Hadapi COVID-19
Jakarta, 20 Februari 2020
The Quality Assurance
Cycle

Sumber : Laboratory Quality Management System Handbook, WHO, 2011

2
Proporsi Kesalahan Pemeriksaan
Laboratorium
Alur kegiatan di
laboratorium• Dinas Kesehatan / RS
Penerimaan
• Nasofaring / Orofaring /BAL
spesimen • Sputum

• Terfokus untuk Molekuler saja

Pemeriksaan • Merujuk pada petunjuk WHO
spesimen

Pelaporan
Definisi
Kasus

5
Definisi
Kasus

6
 Jenis Spesimen

Jenis Spesimen Bahan Suhu Penyimpanan Keterangan

Pengambilan Pengiri
man
Usap Nasopharing Swab Dacron atau 4oC ≤5 hari: 4 °C Kedua Swab harus WAJIB
atau Orofaring Flocked Swab + >5 hari: -70 °C ditempatkan di DIAMBIL
Virus Transport tabung yang sama
Medium (VTM) untuk
meningkatkan viral
load.
Sputum Kontainer Steril 4oC ≤48 jam: 4 °C Pastikan Sputum WAJIB
>48 jam: –70 berasal dari DIAMBIL
°C Saluran Pernafasan
bawah (BUKAN air
liur)
Bronchoalveolar Kontainer Steril 4oC ≤48 jam: 4 °C
Lavage >48 jam: –70
°C

8
 Jenis Spesimen Bahan Suhu Penyimpan Keterangan
Pengambilan Pengirima an
n
Tracheal aspirate, Kontainer Steril 4oC ≤48 jam: 4
nasopharyngeal °C
aspirate atau >48 jam: –
nasal wash 70 °C
Jaringan biopsi Kontainer Steril 4oC ≤24 jam: 4
atau autopsi + Saline °C
termasuk dari >24 jam: –
paru-paru. 70 °C

Serum (2 sampel Serum 4oC ≤5 hari: 4 °C Pengambilan 2

yaitu akut dan separator >5 hari: -70 Sampel :
konvalesen) tubes (Dewasa °C •Akut –
UNTUK SEROLOGI 3-5 ml whole minggu
Blood) pertama saat
sakit
•Konvalesen –
2 s.d. 3 minggu
setelahnya

9
Persiapan Pengambilan
Spesimen COVID-19
1. Dokumen : Formulir Form COVID-19
2. Peralatan Pelindung diri (APD)
3. Peralatan Pengiriman Spesimen Saluran Pernapasan
a. Virus Transport Media (VTM)
Dapat digunakan dengan beberapa merk komersil yang sudah siap
pakai atau dengan mencampur beberapa bahan (Hanks BBS;
Antifungal dan Antibiotik dengan komposisi tertentu) untuk
disatukan dalam 1 wadah steril.
b. Swab Dacron atau Flocked Swab
c. Tongue Spatel
d. Kontainer Steril untuk Sputum
e. Parafilm
f. Plastik Klip
g. Marker atau Label
 VTM (Viral Transport
Medium)
• Steril
• Larutan Isotonik
• Mengandung Protein
• Mengandung Antibiotik
• Buffer pH
• Indikator (Phenol Red)*

Contoh VTM :
Hanks Balanced Salt Solution (HBSS), Virocult, MEM, UTM, dll
VTM (Virus Transport
Medium)
• Disimpan dalam Freezer -20oC
(dalam kondisi beku, VTM
berwarna kuning = normal)
• Jika akan digunakan Dicairkan
terlebih dahulu
• Hindari Beku-Cair (Frezze-Thaw)
 VTM Rusak

VTM dalam keadaan Beku

Virus Transport
Medium

Masih Bisa digunakan Tidak Bisa digunakan

Alat/Bahan Pengambilan
Spesimen

Swab Dacron/Rayon
Tahap Pengambilan
Nasofaring (1)
1. Persiapkan cryotube yang berisi 1,5 ml media transport virus (Hanks
BSS + Antibiotika), dapat juga digunakan VTM komersil yang siap pakai
(Pabrikan).
2. Berikan label yang berisi Nama Pasien dan Kode Nomer Spesimen. Jika
label bernomer tidak tersedia maka Penamaan menggunakan
Marker/Pulpen pada bagian berwarna putih di dinding cryotube.
3. Gunakan swab yang terbuat dari Dacron/rayon steril dengan tangkai
plastic atau jenis Flocked Swab (tangkai lebih lentur). Jangan
menggunakan swab kapas atau swab yang mengandung Calcium
Alginat atau Swab kapas dengan tangkai kayu, karena dapat
menghambat proses pemeriksaan secara molekuler.
4. Pastikan tidak ada Obstruksi (hambatan pada lubang hidung).
5. Masukkan secara perlahan swab ke dalam hidung, pastikan posisi swab
pada septum bawah hidung.
6. Masukkan swab secara perlahan-lahan ke bagian nasofaring.
Tahap Pengambilan
Nasofaring (2)
Tahap Pengambilan
Nasofaring (3)
7. Swab kemudian dilakukan gerak memutar secaraperlahan.
8. Kemudian masukkan sesegera mungkin ke dalam cryotube yang
berisi VTM
9. Putuskan tangkai plastik di daerah mulut cryotube agarcryotube
dapat ditutup dengan rapat.
Tahap Pengambilan
Nasofaring (4)
10. Pastikan label kode spesimen sesuai dengan kode yang adadi
formulir/Kuesioner.
11. Cryotube kemudian dililit parafilm dan masukkan ke dalamPlastik
Klip. Jika ada lebih dari 1 pasien, maka Plastik Klip
dibedakan/terpisah. Untuk menghindari kontaminasi silang.
12. Simpan pada suhu 4-8 ° C sebelum dikirim. Jangan dibekukan
dalam Freezer.
Pengambilan Spesimen Usap
Orofaring
1. Gunakan APD sesuai standar
2. Persiapkan cryotube yang berisi 1,5 ml media
transport virus
3. Gunakan swab yang terbuat dari Dacron/rayon
steril dengan tangkai plastik.
4. Lakukan usap pada belakang tonsil dan hindarkan
swab menyentuh bagian lidah.
Pengambilan spesimen Usap Orofaring
Pengambilan Spesimen Usap Orofaring
5. Kemudian masukkan swab orofaring sesegera mungkin ke
dalam cryotube yang berisi virus transport medium.
6. Putuskan tangkai plastik di daerah mulut cryotube agar
cryotube dapat ditutup dengan rapat.
Pengambilan Spesimen Usap Orofaring

7. Cryotube kemudian dililit parafilm.

8. Cryotube yang sudah berisi swab dibungkus dalam tisu bersih lalu
dimasukan ke dalam plastik klip.

9. Simpan dalam suhu 4-8°C sebelum dikirim. Jangan dibekukan

dalam Freezer.
Spesimen swab saluran napas

Vial

Usap Nasofaring

Usap Orofaring
Pengambilan Spesimen
Sputum
1. Container steril spesimen
2. Plastik Klip atau Plastik pembungkus container
3. Sputum di tampung dalam container Steril
PENGEPAKAN DAN PENGIRIMAN
SPESIMEN
• Spesimen pasien harus dilakukan tatalaksana
sebagai UN3373, "Substansi Biologis, Kategori B",
ketika akan diangkut/ditransportasikan dengan
tujuan diagnostik atau investigasi.
• Semua spesimen harus dikemas untuk mencegah
kerusakan dan tumpahan. Adapun sistem yang
digunakan adalah dengan menggunakan tiga lapis
(Three Layer Pacakging) sesuai dengan pedoman
dari WHO dan International Air Transport
Association (IATA).

25
26
PENGEPAKAN/PENGIRI
MAN
1. Masukkan pot sputum ke dalam plastik klip per spesimen
2. Demikian juga untuk swab nasofaring dan orofaring harus dikirim
dalam plastik klip secara terpisah (per pasien/spesimen)

27
PENGEPAKAN/PENGIRI
MAN
4. Seluruh spesimen dimasukkan ke dalam cool box
yang berisi Ice pack yang telah dibekukan terlebih
dahulu. Suhu pengiriman dijaga pada 2-8°C.
5. Ice packs sebaiknya ditempatkan pada sisi kiri-
kanan (ditambahkan juga bagian atas-bawah jika
memungkinkan).
6. Harus dapat dipastikan bahwa spesimen tetap
terjaga kondisi suhunya saat diterima di
laboratorium
PENGEPAKAN/PENGIRIMAN
7. Jangan lupa masukkan juga formulir kuisioner yang telah diisi dan
diberi label ke dalam cool box dengan terlebih dahulu dimasukkan
dalam wadah plastik
PENGEPAKAN/PENGIRI
MAN
8. Ke dalam cool box juga bisa dimasukkan kertas pengganjal (bisa
berupa kertas koran yang diremas remas). Kemudian ditutup.

9. Tutup Cool box dengan selotip dan beri label pada sisi kanan dan
atau kiri cool box, yang ditujukan ke Laboratorium rujukan.
Alamat
Pengiriman
Kepada Yth
Dr. dr. Vivi Setiawaty, M.Biomed
Laboratorium Virologi
Laboratorium Pusat Penyakit Infeksi Prof.Dr.Oemijati
Puslitbang Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan,
Badan Litbangkes.
Kompleks Pergudangan Kementerian Kesehatan
Jl. Percetakan Negara No.23A. Jakarta Pusat 10560.
Telp. 021-4288 1754/45
33
Sputum ???

34
Formulir ???
Pemeriksaan
Laboratorium
Country Institute Gene targets
China China CDC ORF1ab and N
Germany Charité RdRP, E, N
Hong Kong HKU ORF1b-nsp14, N

National Institute of Infectious Pancorona and multiple targets, Spike

Japan
Diseases, Department of Virology III protein

Thailand National Institute of Health N

US US CDC Three N primers, RNP

Sumber :
https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/technical-guidance/laboratory-guidance

36
 Konfirmasi
https://www.who.int/emergencies/diseases/nov

Laboratorium
el-coronavirus-2019/technical-
guidance/laboratory-guidance

37
Hasil Pemeriksaan
Laboratorium
• Hasil pemeriksaan laboratorium dikirimkan oleh
laboratorium pemeriksa ke Dirjen P2P cq. PHEOC
untuk kemudian diteruskan ke Emergency
Operation Center (EOC) Pusat Krisis Kesehatan.
• PHEOC mengirimkan hasil pemeriksaan ke Dinas
Kesehatan dan Rumah Sakit yang merawat kasus.
• Pelaporan satu pintu ini diharapkan dapat lebih
memudahkan berbagai pihak terkait agar dapat
berkoordinasi lebih lanjut.

38
Alur Koordinasi dan Pelaporan SKDR
Pasien Rawat
Klinik Swasta/
Fasyankes Jalan Rumah Sakit
private di desa
Puskesmas

Laboratorium
Unit Surveilans Puskesmas
Puskesmas

Laboratorium
Unit Surveilans Kabupaten/ Kota
Kabupaten/ Kota

Laboratorium
Unit Surveilans Propinsi
Propinsi

Laboratorium Kementerian Kesehatan RI

Rujukan Nasional Dinkes Prov/Kota/Kabupaten (Direktorat Simkarkesma, Ditjen
PP dan PL)

Pelaporan PHEIC
Rujukan spesimen
Pelaporan kasus
Umpan balik rujukan spesimen
Tindak lanjut pelaporan kasus
Thank you
Terimakasih
Pembiakan dan Spesimen
Pemeriksaan Virus

Ni Ketut Yuliana Sari, S.ST., M.Si., M.Imun

Pembiakan Virus
 Virus adalah mikroorganisme yang hidup secara obligat intra seluler, oleh
karena itu cara pembiakannya lebih sulit daripada pembiakan bakteri.Ada tiga
cara yang umum digunakan untuk membiakkan virus yang dengan inokulasi
pada hewan percobaan, inokulasi pada telur berembrio, Inokulasi pada biakan
jaringan
 Inokulasi Pada Hewan Percobaan
 Metode yang digunakan untuk mengadakan inokulasi virus tergantung pada
jenis virus yang akan dicoba dan lokasi anatomi dari sel yang dituju dalam
percobaan. Contoh, virus berselubung segera menjadi tidak aktif jika berada
pada pH asam sehingga tidak mungkin dibiakkan dengan cara inokulasi melalui
alat pencernaan. Cara yang sering digunakan untuk melakukan inokulasi
adalah melalui intravena, intraserebral, intraperintonial, intranasal,
intratrakeal, intradermal dan melalui subkutan. Dengan demikian jenis hewan
percobaan, umurnya, jenis kelamin serta cara penyuntikan untuk inokulasi
pada hewan percobaan sangat tergantung dari jenis virus yang akan ditanam
atau diisolasi.
Contoh:
 Virus Herpes simplex : Pada Kelinci, dengan bahan digoreskan/skarifikasi pada
kornea, setelah beberapa hari kornea keruh karena ada vesikel-vesikel berisi
virusnya.
 Virus Rabies : Pada Tikus putih (albino) bayi atau dewasa, disuntikan
intraserebral, setelah 1minggu akan terlihat gejala ensefalitis (rabies) dan
tikus akan mati.
 Dengue : Pada Tikus putih berumur 1-3 hari, dsuntikan intraserebral dan
subkutan, 3-7 hari kemudian terlihat tremor kemudian paralisis dan mati.
 Penyebab Q-fever : Pada Cavia jantan, disuntikan intraperitonial, setelah 7-10
hari tampak orkhitis, dalam cairan skrotum dapat ditemukan penyebab Q-
fever.
 Polio : Dari tinja, liqour, apus tenggorokan penderita disuntikkan pada kera
secara intrakutan/intramuskular/intraneural/intraspinal, kemudian akan
tampak paralisis.
Inokulasi Pada Telur Berembrio
 Beberapa jenis virus dapat dibiakkan pada sel-sel yang membungkus rongga
telur berembrio atau pada embrio yang sedang tumbuh itu sendiri. Berbagai
jenis telur dapat digunakan untuk membiakkan virus, antara lain telur bebek
dan telur ayam kalkun misalnya virus rabies, tetapi yang paling sering
digunakan adalah telur ayam. Untuk mencegah masuknya bakteri, lapisan lilin
diluar dinding telur hanya boleh disikat, tidak boleh dicuci dengan sabun.
Umur telur berembrio, suhu dan lamanya pengeraman serta cara penyuntikan
yang bermacam-macam tergantung kepada jenis virus yang akan dibiakkan
atau diisolasi.
Contoh:
 Intra amnion/Intra alantois : Untuk Herpes simplex, Influenza dan Parotitis
epidemika dipakai telur berumur 9-12 hari dengan lama pengeraman 2 x 24
jam pada suhu 37℃.
 Intra yolk sac : Untuk Q-fever, telur berembrio berumur 6-8 hari, 10 x 24 jam
pada suhu 37oC.Untuk Trakhoma, telur berembrio berumur 7-10 hari, lama
pengeraman 1-2 minggu pada suhu 37 ℃.
 Intra embrional : Untuk Japanese B Encephalitis, dipakai telur berembrio
umur 8-10 haridan dieramkan pada suhu 37 ℃.
Inokulasi Pada Biakan Jaringan

 Dengan kultur jaringan ini selain pembiakan virus dapat juga dilakukan
berbagai macam tindakan, misalnya penemuan berbagai macam virus baru,
penelitian sifat virus dalam jangka panjang dan juga usaha untuk menemukan
vaksin terhadap virus. Terdapat tiga dasar jenis kultur sel hewani yaitu kultur
primer dan kultur sekunder, diploid cell strains dan continuous cell lines.
 Di dalam penggunaannya biakan jaringan yang berasal dari manusia maupun
hewan dibagi menjadi dua yaitu biakan jaringan primer (Primary tissue
culture = primary cell line), stable cell line
 Biakan jaringan primer Pada umumnya biakan jaringan berasal dari hewan
(anjing, kera, kelinci, ayam, babi, tikus, serangga dan lain-lain) dan bisa juga
dari manusia. Biakan jaringan baik yang berasal dari hewan ataupun dari
manusia bisa dibuat dari jaringan normal, embrional atau abnormal. Contoh :
a. Dari jaringan dewasa normal dibuat dari : Ginjal kera atau ginjal kelinci
dan hati manusia.
b. Jaringan embrional : Paru-paru dan usus embrio manusia, embrio tikus,
embrio anjing.
c. Jaringan abnormal : Terutama dari tumor jinak atau ganas seperti, Roos
Sarcoma dari tikus, karsinoma epidermoid dari cervix dan karsinoma
epidermoid dari nasopharynx manusia.

 Stable cell line Stable cell line diperoleh dengan pasase sel primer sehingga
sifat sel tidak berubah. Contohnya : a. Hela cell (Helena lane), berasal dari
epidermoid karsinoma cervix. b. KB cell, berasal dari epidermoid karsinoma
nasopharynx. c. LLCMK2, berasal dari ginjal kera Rhesus. d. BSCL cell, dari
ginjal kera Grivet. e. BHK 21, dari ginjal Hamster bayi, pasase ke 21.
 Faktor-Faktor Yang Mempengaruhi Pertumbuhan Virus Dalam Biakan Jaringan

 1. Suhu
 2. PH
 3. Keadaan biakan jaringan
 4. Jenis Virus
Infeksi virus: agen, spesimen dan cara
pemeriksaan
Dokumentasi