Génomique Fonctionnelle - Chapitre 1 - Carte Génétique Et Carte Physique

Université Frères Mentouri Constantine 1
Institut de la Nutrition, de l'Alimentation et des Technologies Agro Alimentaires (INATAA)

Licence Sciences Alimentaires : Semestre 1/M1
Matière : Génomique fonctionnelle / Chapitre 1 : Carte génétique et carte physique
Enseignante : Mme KECHID Maya Email : maya.kechid@umc.edu.dz
Position des gènes sur leurs chromosomes
Carte de position
les cartes génétiques les cartes physiques
S’appuie sur la Distance réelle (Kb, Mb), à

recombinaison partir de fragments d’ADN.
durant la méiose. Résolution habituellement élevée.
Les distances sont Les distances sont exprimées en
exprimées en paires de bases (pb)
centimorgan (cM) kilobases (kb) = 1000 pb
Mégabases (Mb) = 1000 kb
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Définition
 Loci, gènes, marqueurs : A; B. Emplacement sur un
chromosome.
 Polymorphisme : présente au moins deux formes
différentes (allèles Aa).
 Homozygote : paire d’allèles identiques (A/A ou a/a),
sinon et hétérozygote (A/a).
 Haplotype : séquence des allèles portées par chacun
des chromosomes ( Ab/aB par exemple).
 Génotype : séquence des paires d’allèles (non
ordonnées) portée par les chromosomes homologues (A/a
B/b par exemple).
 Phase: information suffisante pour déterminer les
deux haplotypes à partir du génotype.
Carte génétique
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Carte génétique
 Elle est basée sur l’observation de la transmission des
caractères héréditaires.
 l’observation de la transmission se base sur le résultat des

expériences de croisements, ou l’étude de l’histoire généalogique
des sujets (cas des humains)
 Les distances génétiques sont le reflet de la fréquence de

recombinaison.
 Pendant la méiose, les « crossing-over » provoquent l’échange

de matériel génétique entre chromosomes homologues
(recombinaison).
 Plus deux gènes (deux marqueurs) sont proches, moins ils ont
de chances d’être séparés par un crossing-over et plus la distance
génétique entre eux sera petite.
Rappel de la génétique
formelle chez les
eucaryotes
Chez les
diploïdes
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Carte génétique
Afin de positionner les gènes sur le chromosome il faut
revenir à la génétique formelle
Génétique mendélienne
Un gène Chez les diploïdes un gène est présenté

Un caractère sous forme de deux allèles, chacun est
Plusieurs porté par l’un des 2 chromosomes
gènes homologues
Si les deux Si les deux allèles

Plusieurs allèles sont ne sont pas
phénotypes identiques identiques
dans la nature
Génotype
Homozygote Héterozygote
Carte génétique
Transmission du patrimoine génétique et expression phénotypique
Expression du gène
phénotype
Diploïde
Si les 2 allèles sont identiques Si les allèles 2 ne sont pas
identiques
Expression
phénotypique Expression
des deux allèles. phénotypique
selon la relation
de dominance et
de récessivité des
deux allèles.
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Monohybridisme
(ségrégation d’un seul
caractère)
Carte génétique
Dominance
La F1 est 100% homogène donc les

deux parents sont pures
(homozygotes).
La F1 porte un allèle du premier

parent et un allèle du deuxième parent
BB bb (hétérozygote)
Le phénotype de la F1 est le même de

l’un des parents (l’un des deux
allèles)
L’allèle de la couleur violette est
Bb dominant sur l’allèle couleur blanche
L’allèle de la couleur blanche est

récessif sur l’allèle couleur blanche
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Carte génétique
Absence de dominance (dominance incomplète)

(homozygotes).
Apparition d’un nouveau phénotype

intermédiaire entre les deux parents
La F1 ce sont des fleurs roses ( aucun

des deux allèles rouge ou blanche
n’est dominant sur l’autre)
Le phénotype couleur rose n’apparaît que si son génotype est hétérozygote (présence
d’un allèle du premier parent et d’un allèle du deuxième parents).
Carte génétique
Codominance

(homozygotes).
Apparition dans la F1 des deux

phénotypes des deux parents
La F1 ce sont des fleurs rouge et

blanche au même temps(expression
des deux allèles chacun à part)
Le phénotype de codominance n’apparaît que si le génotype est hétérozygote (présence

d’un allèle du premier parent et d’un allèle du deuxième parents).
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Carte génétique
Cas particulier Gène létal
NN Nn Nn
½ NN ½ Nn nn
Classe
Gène létal phénotypique
qui a disparue
Dihybridisme
(ségrégation de deux
caractères)
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Carte génétique
Croisement entre individus pures
Deux gènes indépendants , chaque
(homozygotes)
gène sur un chromosome
RRYY rryy
Le croisement entre
deux individus
hétérozygotes pour
deux caractères RrYy
1/4 1/4 1/4 1/4
Individu (hétérozygotes)
1/4
1/16 1/16 1/16 1/16 Si le Résultats du test cross
1/16 1/16 1/16 1/16

1/4
1/4
1/16 1/16 1/16 1/16 Phénotypes parentaux
1/16 1/16 1/16 1/16

1/4
phénotypes non parentaux
9/16 RY, 3/16 Ry, 3/16 rY, 1/16 ry Gènes indépendants
Carte génétique
Si le croisement entre deux individus hétérozygotes pour deux caractères
Les proportions 9/16 RY, 3/16 Ry, 3/16 rY, 1/16 ry
Si le Résultats du test cross
Phénotypes parentaux  phénotypes non parentaux
Les gènes sont liés
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Carte génétique
Deux gènes liés , les deux gènes se retrouvent sur le même chromosome
Gamètes
parentaux parentaux
100% parentaux Recombinés
Parentaux  Recombinés
Carte génétique
Le test Cross permet de vérifier et confirmer si les

gènes sont liés ou indépendants
Le phénomène de Crossing over a permet d’evaluer les

distances génétiques
Calcul de la distance entre deux gènes =

(Nombre de recombinés/Nombre total) X 100
La distance est exprimée en

Centimorgan (CM)
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Carte génétique
Centimorgan (cM)
Utilisé pour la 1ère fois par Morgan et Sturtevant en
1913. Unité de mesure de la distance sur la carte
génétique. Lors de la méiose, des marqueurs situés sur
un même chromosome peuvent être séparés s'il se
produit un crossing-over dans la région qui les sépare.
La probabilité qu'un tel évènement se produise est
proportionnelle à la distance qui sépare ces marqueurs.
La fréquence de recombinaison reflète donc des
distances entre marqueurs et l'unité de distance est le
centiMorgan (cM) : 1 cM ést égal à 1% de crossing-
over (1 crossing-over pour 100 méioses).
Carte génétique
Système d’intervention d’au
Si on est dans le cas de l’étude
moins 3 gènes.sur le même
de plus que deux gènes liés
chromosome
EXEMPLE : cas de 3 gènes
Un test cross entre le sauvage hétérozygote (A B C )et l’homozygote récessif (a b c).
Les gènes a et b La plus grande
Recombinés (5,6,7,8)= distance c’est entre
(A b)+(a B) = les gènes a et c donc
N° Phénotype Effectif
53 + 50 + 2 + 3 = 108 a et c c’est les deux
1 ABC 405
D= (108/1000) X 100 = 10,8CM gènes extrêmes.
2 abc 395
Les gènes b et c
3 ABc 47
Recombinés (3,4,7,8)=
4 abC 45 (B c)+(b C) = Cependant la distance
5 Abc 53 47 + 45 + 2 + 3 = 97 observée entre a et c
6 aBC 50 D= (97/1000) X 100 = 9,7CM = 19,5CM est plus
7 aBb 2 petite que la somme
Les gènes a et c des deux distances (a
8 AbC 3 Recombinés (3,4,5,6) =
Total 1000 b) et (b c) = 10,8 +
(A c)+(a C) = 9,7= 20,5CM.
47 + 45 + 50 + 53 = 195
D= (195/1000) X 100 = 19,5CM 19,5  20,5 ?
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Carte génétique
A B C
Explication
X X X
Région  Région 
génétique a b c
X X X
Si un C.O aura lieu dans la région , on aura les phénotypes
N° Phénotype Effectif
recombinés : 5, 6, 7 et 8.
1 AB C 405
2 abc 395 Si un C.O aura lieu dans la région , on aura les phénotypes
3 AB c 47 recombinés N:3, 4, 7 et 8.
4 abC 45
5 Abc 53 Les phénotypes 7 et 8 sont issus d’un double C.O l’un
6 aBC 50 localisé dans la région  et l’autre dans la région .
7 aBc 2
8 AbC 3 Si les deux gènes extrêmes subissent deux C.O, donc la
Total 1000 distance calculée 19,5CM est erronée.
Les phénotypes dont les gènes a et c sont recombinés (3,4,5,6,7,8) =

(A c)+(a C) + 2(a c) + 2(A C)= 47+45+50+53+ 2(2+3)=205
Distance réelle = (205/1000) X 100 =20,5 CM
Carte génétique
Un C.O réduit la probabilité qu’un autre C.O se produise

dans une autre région adjacente.
 Plus les gènes sont proches, plus l’interférence est

grande => positives c’est à dire un 1ier C.O affecte la
production d’un second .
 Plus les gènes sont loin plus l’interférence diminue =>

négatives c’est à dire un 1ier C.O n’affecte pas la
production d’un second .
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Carte physique
Une carte de génétique produite à partir de techniques de génétique permet de

réaliser une carte pour certaines gènes, cependant elle est pas toujours précise
est rarement suffisante pour mener à bien la phase de séquençage d’un projet
incluant le séquençage du génome . Deux raisons pour cela:
Sont connus par leur vitesse de

multiplication, ce qui permet d’étudier
Microorganismes
de nombreux croisements et établir
une carte génétique plus détaillée.
1/Le niveau de EXEMPLE: le séquençage de E.coli et
résolution d’une Saccharomyces cervisiae a débuté
carte génétique grâce à des cartes génétiques qui ont
dépend du nombre été déjà réalisées sans passer par la
de croisements qui a carte physique.
pu être déterminé.
Eucaryotes ou Il n’est pas possible d’obtenir des
organismes croisements suffisamment nombreux ,
supérieurs donc la résolution dans la distance
entre les gènes est très faible.
EXEMPLE: deux gènes séparés par
une dizaine de kb peuvent apparaître
au même endroit.
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Est-ce qu’un C.O se

fait d’une façon au
hasard?
2/ les cartes Ceci n’est que partiellement correct,

génétiques ont une car sur le chromosome, il existe
précision limitée certaines régions qui sont plus sujette
au C.O que d’autres
La distance physique entre deux gènes ne

correspond pas toujours à la distance Les points chauds de
génétique définie par la fréquence de recombinaison (hotspots)
recombinaison.
Ces limites de cartographie génétiques , font que ce type de carte doit être
vérifié et corrigé par les cartes physiques.
Les techniques les plus utilisées
 Cartes de restriction
 FISH ou Hybridation in situ avec sonde fluorescente
 Carte des sites STS (Séquence Tagged Sites)
Page 13/20
Equivalence entre CM et paire de base
Carte physique
Carte de Carte de
restriction cytogénétique
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Carte de restriction par une digestion enzymatique
PRINCIPE: Représentation graphique de la localisation des sites de

restriction sur une molécule d'ADN, après avoir soumis celle-ci à une
digestion enzymatique.
Une carte de restriction identifie dans l'ADN une suite linéaire de sites
séparés par une distance réelle (en nombre de paires de bases). Ces sites
correspondent à des coupures de la séquence par des enzymes de restriction,
Les tailles des fragments qui résultent de ces coupures sont ensuite
mesurées.
Pour réaliser ce type de carte, on utilise une double digestion (utilisation de

deux enzymes de restriction différentes)
Carte de restriction par une digestion enzymatique

En contrôlant les
conditions
expérimentales
Non respect des

Conditions optimales de
Conditions optimales de
digestion
digestion
Digestion complète Digestion partielle
une proportion des sites de

tous les sites de
coupures restent intacts
coupure sont coupés
Nombre de fragments
obtenus
Inferieure Supérieure
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EXEMPLE Utilisation de 2 enzymes de restriction: BamHI et EcoRI

4,9kb
BamHI
5 fragments
4 fragments , 3 sites de
, 4 sites de
1,5kb restriction.
restriction.
2kb
2kb
3,4kb 1,2kb 1kb 1,2kb 1kb
2 fragments , un seul 0,7kb 0,5kb 0,2kb

site de restriction.
Ces deux fragments

B B résultent de la coupure
Le Fragment BamHI du fragment BamHI
E (1kb) ne présente pas de (0,7kb) sur le site EcoRI.
1,5kb site EcoRI, il se retrouve B B
dans le site EcoRI
(1,5kb) E
Les deux fragments BamHI (1,2 et 2 kb n’ont pas de site EcoRI et ils doivent se situer
dans le fragments EcoRI (3,4kb)
B E B B
Carte 1
1kb 0,7kb 1,2kb 2kb
OU
B E B B
Carte 2
1kb 0,7kb 2kb 1,2kb
Page 16/20
Pour connaître la place de site de restriction BamHI => il faut faire une digestion partielle
 Si la carte 1 est correcte , la digestion partielle par BamHI incluera des fragments de
restriction de 1,2 + 0,7 =1,9kb.
 Si la carte 2 est correcte, la digestion partielle par BamHI incluera des fragments de
2+0,7=2,7kb.
4,9kb
Conditions expérimentales non optimales pour BamHI
3,9kb
1kb
0,7kb
3,7kb
2kb
2,7kb 3,2kb
1,2kb
1,7kb
4,9kb
Conclusion => la carte 2 est correcte
Cependant, si le fragment d’ADN utilisé est très long, on va obtenir plusieurs

fragments et parfois même des fragments de mêmes taille ce qui va donner des
ambiguïtés sur la carte, c’est pour ça il est préférable de réaliser des cartes de
restrictions sur des génomes petits  50kb.
Mais cette taille est au dessous de la limite des tailles de la majorités des
organismes à l’exception des virus.
Est-ce que c’est possible d’utiliser cette techniques pour des génomes de taille
 50kb
La réponse est OUI, dans ce cas il faut utiliser des enzymes de restriction
rares et non fréquente.
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Enzymes à site de reconnaissance de 7 à 8 nucléotides
Exemple d’enzymes de restriction rares:

 SapI (5’-GCTCTTC-3’) => site de reconnaissance de 7 nucléotides
 Sgfi (5’-GCGATCGC-3’) => site de reconnaissance de 8 nucléotides
Avec ce types d’enzymes on a pas pu voir une amélioration sur les cartes de
restrictions mais reste toujours pas possible d’utiliser cette techniques pour les
eucaryotes supérieurs (homme, plantes, animaux….) , elle est surtout utilisée pour
l’ADN des organismes issues de procaryotes, virus ou les eucaryotes inferieurs
(levures, champignons…)
Si on utilise ce types d’enzymes, il faut aussi utiliser une électrophorèse sur gel
d’agarose modifié (exemple : Utilisation d’un champ électrique orthogonal alternatif )
=>:OFAGE: Orthogonal Field Alternation Gel Electrophoresis.
Technique de cytogénétique: FISH

(Fluorescent In Situ Hybridization)
• Intérêt: permet une analyse beaucoup

plus fine du chromosome(quelques
Kpb),peut être utilisée en interphase pour
détecter des anomalies de nombre.
• Principe: utilisation d’une sonde marquée
par une substance fluorescente, qui peut
reconnaitre une séquence et se fixer dans
une zone précise du chromosome.
Page 18/20
Technique de cytogénétique: FISH
(Fluorescent In Situ Hybridization)
Technique de Cytogénétique: Cartographie STS
Séquence STS (Sequence Tagged

Site) ou (site à séquence
marquée) :
Un site STS est constitué d’une
courte séquence d’environ 100 à 500
pb de long, facilement
reconnaissable retrouvée une seule
fois dans le chromosome ou le
génome étudié, il ne doit pas
contenir des séquences répétitives.
Page 19/20
Technique de Cytogénétique: Cartographie EST
Séquence EST (Expressed

Sequence Tags) ou (Site à
séquence exprimée):
Séquence partielle d'une séquence
transcrite, c’est-à-dire avant tout
d'un ADNc. Un EST permet, comme
un STS, de disposer d'une sonde
pour un site particulier du génome.
De plus, ce site, dans ce cas, est un
gène exprimé.
Technique de Cytogénétique: Cartographie SSLP
SSLP (Simple sequence length

polymorphism):
polymorphismes génétiques de séquences
simples répétées, entourées de séquences
uniques : ces régions sont également
appelées " micro-satellites "· Une PCR des
amorces complémentaires des séquences
uniques entourant une répétition (Exemple
de type « CA » à n fois répétée dans le
génome) permet de déterminer
directement la valeur polymorphique de n.
Page 20/20

Génomique Fonctionnelle - Chapitre 1 - Carte Génétique Et Carte Physique

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Institut de la Nutrition, de l'Alimentation et des Technologies Agro Alimentaires (INATAA)

Position des gènes sur leurs chromosomes

les cartes génétiques les cartes physiques

S’appuie sur la Distance réelle (Kb, Mb), à

 l’observation de la transmission se base sur le résultat des

 Les distances génétiques sont le reflet de la fréquence de

 Pendant la méiose, les « crossing-over » provoquent l’échange

Un gène Chez les diploïdes un gène est présenté

Si les deux Si les deux allèles

La F1 est 100% homogène donc les

La F1 porte un allèle du premier

Le phénotype de la F1 est le même de

L’allèle de la couleur blanche est

Absence de dominance (dominance incomplète)

La F1 est 100% homogène donc les

Apparition d’un nouveau phénotype

La F1 ce sont des fleurs roses ( aucun

La F1 est 100% homogène donc les

Apparition dans la F1 des deux

La F1 ce sont des fleurs rouge et

Le phénotype de codominance n’apparaît que si le génotype est hétérozygote (présence

Cas particulier Gène létal

1/16 1/16 1/16 1/16

1/16 1/16 1/16 1/16

9/16 RY, 3/16 Ry, 3/16 rY, 1/16 ry Gènes indépendants

Les proportions 9/16 RY, 3/16 Ry, 3/16 rY, 1/16 ry

Si le Résultats du test cross

Phénotypes parentaux  phénotypes non parentaux

Les gènes sont liés

Le test Cross permet de vérifier et confirmer si les

Le phénomène de Crossing over a permet d’evaluer les

Calcul de la distance entre deux gènes =

La distance est exprimée en

Les phénotypes dont les gènes a et c sont recombinés (3,4,5,6,7,8) =

Un C.O réduit la probabilité qu’un autre C.O se produise

 Plus les gènes sont proches, plus l’interférence est

 Plus les gènes sont loin plus l’interférence diminue =>

Une carte de génétique produite à partir de techniques de génétique permet de

Sont connus par leur vitesse de

Est-ce qu’un C.O se

2/ les cartes Ceci n’est que partiellement correct,

La distance physique entre deux gènes ne

Equivalence entre CM et paire de base

PRINCIPE: Représentation graphique de la localisation des sites de

Pour réaliser ce type de carte, on utilise une double digestion (utilisation de

Carte de restriction par une digestion enzymatique

Non respect des

Digestion complète Digestion partielle

une proportion des sites de

EXEMPLE Utilisation de 2 enzymes de restriction: BamHI et EcoRI

2 fragments , un seul 0,7kb 0,5kb 0,2kb

Ces deux fragments

1kb 0,7kb 2kb 1,2kb

Conclusion => la carte 2 est correcte

Cependant, si le fragment d’ADN utilisé est très long, on va obtenir plusieurs

Enzymes à site de reconnaissance de 7 à 8 nucléotides

Exemple d’enzymes de restriction rares:

Technique de cytogénétique: FISH

• Intérêt: permet une analyse beaucoup

Technique de Cytogénétique: Cartographie STS

Séquence STS (Sequence Tagged

Séquence EST (Expressed