UJIAN TENGAH SEMESTER GENETIKA

Mata Kuliah : Genetika

Dosen Pengampu : Ummi Nur Afinni Dwi Jayanti,
M.Pd.
Program Studi : Tadris Biologi
Semester/Kelas/Waktu : V/TBIO-3/ Siang
Durasi Ujian : 100 menit
Hari/Tanggal : Kamis, 27 Oktober 2022
Sifat Ujian : Tertulis
Jumlah Peserta : 31

Nama :Siti Namiroh

Nim 0310201017
Kelas :Tadris Biologi-3

BUTIR SOAL
A. Ruang Lingkup Genetika dalam Bidang Ilmu Biologi
1. Genetika dikatakan sebagai inti dari biologi. Bagaimana hubungan antara
genetika dengan bidang ilmu biologi lainnya? (minimal dikaitkan dengan
3 bidang lainnya dan contoh yang relevan dari artikel jurnal ataupun
hasil riset/berita valid bukan copy paste dari penjelasan di buku
referensi!) (15 poin)
JAWAB:
Biologi adalah ilmu tentang hidup dan kehidupan organisme dari masa
lampau sampai prediksi masa depan, baik dalam hal struktur, fungsi,
taksonomi, pertumbuhan dan perkembangannya. Dewasa ini biologi telah
banyak mengalami revolusi keilmuan melampaui revolusi fisika dan kimia
yang lebih dahulu mendominasi khazanah ilmu pengetahuan. Implikasi dari
revolusi biologi telah menjangkau ke hampir semua cabangcabang ilmu
biologi, seperti halnya genetika, fisiologi, anatomi, taksonomi, dan
bidangbidang lain yang sederajat. Menurut Woese (2004) Biologi saat ini
berada pada titik singgung strategis karena dapat sebagai subyek maupun obyek
dari ilmu lain dalam Pengetahuan Alam.
genetika sebagai struktur dasar biologi, karena genetika merupakan ilmu
dasar dalam membangunan ilmu-ilmu cabang biologi. Theodosins Dobzhansky
menyatakan ³Nothing in biology makes sense except in the light of evolution. It
is even more certain that nothing in biology is understandable except in the
light of genetics. Genetics is the core biological science; it provides the
framework within which the diversity of life and its processess can be
comprehended as an intellectual whole”(Ayala et al, 1984). Dengan demikian
keberhasilan pemahaman konsep-konsep genetika akan sangat membantu
pemahaman dan pengembangan abang-cabang ilmu lain dalam payung biologi.
Dasar pemikirannya merujuk pada fakta bahwa semua fenotip makhluk hidup
merupakan wujud interaksi dari perilaku gen dan lingkungan. Dalam kata lain
bahwa perjalanan hidup dari semua makhluk secara evolutif dari mulai
anchestor sampai puncak pohon evolusi tidak lepas dari peran gen yang
berubah dan membentuk variasi atau spesies baru.
1. Bidang Kesehatan :berdasarkan jurnal yang telah saya dapatkan” Penelitian
genom dan Implikasinya dalam kesehatan masyarakat di indonesia” Menurut
bell j 2004 Penelitian genom manusia yang bertujuan untuk memetakan dan
mengidentifikasi seluruh DNA manusia telah dimulai tahun 1990 dan baru
berakhir tahun 2003. Keberhasilan memetakan dan mengidentifikasi seluruh
gen manusia, yang berjumlah sekitar 30.000, telah memberikan manfaat kepada
bidang kedokteran untuk pengobatan dan diagnosis penyakit yang didasarkan
pada kondisi genetiknya. Pemetaan gen telah dimanfaatkan untuk memprediksi
gangguan kesehatan yang diderita dan pengobatan berbagai penyakit keturunan,
seperti cystic fibrosis dan hemophilia.1 Selain pada aspek pengobatan penyakit,
pemetaan gen manusia ditantang untuk dapat dimanfaatkan di bidang kesehatan
masyarakat. Pemetaan gen seharusnya tidak hanya fokus pada penyakit
keturunan seperti yang disebutkan sebelumnya tetapi dapat dimanfaatkan pada
masalah penyakit yang lebih luas.
2. Bidang Pertanian : Berdasarkan jurnal yang saya dapatkan “MODIFIKASI
RANCANGAN BERSEKATDAN PENDUGAAN PARAMETER GENETIK
PADA GENERASI AWAL TANAMAN MENYERBUK SENDIRI”
Pengaruh sistematik merupakan faktor-faktor sumber keheterogenan
yang tidak dikehendaki dan mempengaruhi pertumbuhan dan produksi
tanaman di generasi awal. Pengaruh-pengaruh sistematik ini dapat
menyebabkan ketaknormalan dan ketakhomogenan ragam sifat-sifat kuantitatif.
Faktor genetik yang menghasilkan pengaruh sistematik sebagian besar berasal
dari heterozigositas dan keunggulan hibrida, terjadinya aksi gen dominansi atau
overdominansi, dan pautan digenik dan interaksi berurutan seperti terjadinya
epistasis (Yadav et al., 1998; Kuczyñska et al., 2007; Jambormias et al., 2011).
Sebagian keragaman sistematik juga muncul dari keheterogenan lapangan
percobaan dan pengaruh keterbauran (confounding) akibat kompetisi inter
tanaman dengan tanaman tetangganya. Keragaman sistematik lingkungan ini
turut mempengaruhi penampilan akhir fenotipe sifat-sifat kuantitatif tanaman.
Adanya pengaruh sistematik yang tidak dapat dikendalikan berimbas pada nilai
fenotipe yang heterogen dan tidak menyebar normal.
Sebagian besar bahan genetik dalam percobaan generasi awal tidak dapat
diulang, sehingga memerlukan penggunaan rancangan tanpa ulangan yang
dapat mengendalikan pengaruh sistematik, baik yang berasal dari faktor genetik
maupun lingkungan. Rancangan bersekat (augmented design) merupakan
rancangan tak lengkap tanpa ulangan yang dapat digunakan mengendalikan
faktor sistematik pada generasi awal ini. Galat percobaan pada rancangan ini
dibangkitkan dari penggunaan beberapa taraf faktor yang dapat diulang
(Federer, 1956), misalnya galur-galur sebagai pembanding. Percobaan seperti
ini menghasilkan gugus data yang memiliki banyak keterbatasan (restriction)
dalam analisis seperti data tak setimbang (unbalance data). Analisis kuadrat
terkecil pada data seperti ini dapat menghasilkan BLP yang cenderung berbias
(Khuri, 2008). Selain itu, analisis anak contoh (sampling analysis) sering
diabaikan, walaupun keragaman non aditif dari famili-famili generasi awal
dapat diungkap dari dalam anak contoh ini
3. Bidang Industri Farmasi
Berdasarkan jurnal yang saya dapatkan“Penelitian genom dan
Implikasinya dalam kesehatan masyarakat di indonesia” bahwa bioteknologi di
bidang kesehatan merupakan sesuatu hal yang penting karena dapat
memberikan manfaat bagi manusia . Penemuan - penemuan berbagai jenis obat
, vaksin , vitamin dan produk kesehatan lainnya dapat membantu masyarakat
dalam menangani masalah kesehatan yang sedang dialaminya , dimana harapan
hidup yang tadinya kecil , namun dengan adanya bioteknologi yang
menghasilkan produk - produk unggulan dan baru , memperbesar harapan
hidup manusia untuk bisa sembuh dan beraktivitas kembali menjalankan
rutinitasnya . Sehubungan dengan hal tersebut , selain produk bioteknologi
memberikan manfaat dan dampak positif bagi masyarakat , namun perlu
diketahui pula bahwa produk - produk bioteknologi modern sebagaimana yang
disebutkan di atas juga dapat menimbulkan dampak negatif tidak hanya bagi
manusia , akan tetapi juga bagi lingkungan sekitar . Hal ini dikarenakan pada
dasarnya produk bioteknologi modern merupakan hasil dari proses kimiawi dan
biologis , di mana produk tersebut menghasilkan apa yang disebut dengan
Living Modified Organism ( LMO ) atau di Indonesia dikenal dengan sebutan
Organisme Hasil Modifikasi Genetik ( selanjutnya disebut OHMG ) . OHMG
sendiri adalah organisme hidup yang memiliki kombinasi bahan genetik baru
yang diperoleh melalui aplikasi dari bioteknologi modern atau rekayasa
genetika . Berkenaan dengan hal tersebut , setelah produk bioteknologi yang
menghasilkan OHMG selesai digunakan , sisa dari OHMG akan dilepas ke
lingkungan sekitar . Pelepasan itulah yang kemudian menjadi permasalahan
karena tidak menutup kemungkinan bahwa pelepasan organisme termodifikasi
hasil bioteknologi menimbulkan dampak negatif bagi lingkungan sekitar ,
seperti mempengaruhi ekosistem , konservasi dan pemanfaatan secara
berkelanjutan keanekaragaman hayati , bahkan juga dapat membahayakan
kesehatan manusia

B. Materi Genetik
2. Deskripsikan struktur asam nukleat serta perbedaan antara DNA dan RNA!
(pastikan mencantumkan gambar yang relevan dan valid dari buku
teksbukan dari Google!) (15 poin)
JAWAB:
Asam nukleatmerupakan salah satu makromolekul yang memegang
peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya
tersimpan informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga
polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai
monomernya. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus
fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). Ada dua
macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau deoxyribonucleic acid
(DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA).
Konsep yang benar hubungan gen, DNA dan kromosom adalah sebagai
berikut. Gen adalah bagian dari DNA karena segmen DNA membentuk gen.
Selanjutnya gen-gen terangkai membentuk kromosom. Kromosom (eukariotik)
terdiri dari DNA yang terangkai secara bersambung membentuk spiral dan
berasosiasi dengan protein. Kromosom adalah molekul asam nukleat yang
mengandung sejumlah gen, serta pada struktur tertentu tersusun dari DNA dan
protein histon dan protein lain yang lazim disebut sebagai nukleoprotein.
 3. Perbedaan DNA dan RNA sebagai materi genetik Meskipun banyak
memiliki persamaan dengan DNA , RNA memiliki perbedaan dengan DNA
RNA, antara lain yaitu .
a . Kebanyakan bentuk molekul DNA adalah heliks ganda , bentuk molekul
RNA berupa rantai tunggal yang terlipat , sehingga menyerupai rantai ganda .
Saat ini telah terbukti ada beberapa DNA yang berupa unting tunggal dan RNA
dalam bentuk unting ganda namun informasi ini tidak banyak dilaporkan .
Misalnya pada beberapa virus tanaman , RNA merupakan pita double namun
tidak terpilin sebagai spiral .
b . Susunan kimia molekul RNA juga merupakan polimer nukleotida ,
perbedaannya dengan DNA yaitu gula yang menyusunnya bukan dioksiribosa ,
melainkan ribosa . Basa pirimidin yang menyusunnya bukan timin seperti DNA
, tetapi urasil .
c . RNA mengandung basa adenin , guanin dan sitosin seperti DNA tetapi tidak
mengandung timin , sebagai gantinya RNA mengandung urasil . Jumlah guanin
dalam molekul RNA tidak perlu sama dengan sitosin , demikian pula jumlah
adenin , tidak perlu sama dengan urasil .

3. Berdasarkan gambar dibawah ini, bagaimana hubungan antara gen, DNA,

dan kromosom? (20 poin)

JAWAB:
hubungan DNA, Gen dan Kromosom (eukariot).Jadi rangkaian/ segmen
DNA membentuk gen. Gen-gen terangkai dalam satu kromosom. Sehingga
Kromosom terdiri dari DNA yang terangkai secara bersambung membentuk
spiral dan berasosiasi dengan protein histon dan nonhiston. Gen adalah segmen
DNA yang terangkai/bersambung memanjang membentuk kromosom.
Sebagaimana Gadrner, 1991:67 menyatakan bahwa Gen are organized into linear
array in chromosomes” atau Gen adalah organisasi dari kesatuan ukuran
panjang/segmen yang punya kesatuan arti dalam kromosom) 67. Jadi gen adalah
bagian dari kromosom. Gen adalah urutan DNA berasosiasi dengan protein
histon membentuk nukleosom dan berkondensasi membentuk badan yang
disebut kromosom. Approximately 200 nucleotide-pair length of DNA‖
(Gardner, 1991:136) Kromosom eukariot diartikan sebagai molekul asam
nukleat yang mengandung sejumlah gen, serta pada struktur tertentu tersusun
dari DNA dan protein histon dan protein lain (lazim disebut sebagai
nukleoprotein. (Ayala, 1984).
4. Istilah plasmid dan episome tidak sama karena keunikan sifat yang dibawa
oleh episome. Walaupun demikian, diketahui bahwa faktor F yang
merupakan salah satu jenis plasmid juga mempunyai sifat yang unik seperti
episome. Apakah faktor F dapat disebut sebagai episome? Bagaimana
konsep dasar untuk memahami perbedaan plasmid dan episome? Apa
manfaat kita mempelajari tentang plasmid dan episome? (sertakan gambar
yang relevan dan mendukung penjelasanjawaban!) (25 poin)
JAWAB:
Manfaat kita mempelajari tentang plasmid dan episome Yaitu Plasmid
biasanya digunakan dalam teknologi DNA rekombinan menggunakan E. coli
sebagai host, sehingga dalam rekayasa genetika plasmid sering digunakan
sebagai vektor untuk membawa gen-gen tertentu yang diinginkan ke dalam
suatu sel inang. Gen-gen tersebut selanjutnya akan mengekspresikan produk
komersial tertentu seperti insulin, interferon, dan berbagai enzim. Sedangkan
Episom sebagai penanda materi genetik yaitu faktor F fertility atau sex, yang
salah satu berintegrasi dalam kromosom bakteri.
A. PLASMID
Plasmid adalah molekul DNA sirkuler berukuran relatif kecil di luar
kromosom yang terdapat di dalam sel prokariot, khususnya bakteri dan sel
eukariotik tingkat rendah. DNA plasmid berukuran lebih kecil dari DNA
kromosom dan dapat bereplikasi sendiri. Ada tiga tipe plasmid yaitu F plasmid
(F faktor dapat dikategorikan sebagai episom) dan F‘plasmid. Tipe ke 2 disebut
R plasmid atau RTF atau Resisten Transfer Faktor plasmid. Tipe ke 3 adalah
Col plasmid disebut juga colicinogenic. Umumnya, akan tetapi tidak semua,
plasmid tidak penting bagi sel induknya, tapi beberapa mempunyai kemampuan
untuk reaksi antibiotik. Sebagaimana dinyatakan Stansfield (1991) bahwa
plasmid biasanya mengandung informasi genetik yang relative tidak penting
seperti gen-gen untuk seksualitas atau gen-gen bagi resistensi antibiotik.
Plasmid mampu untuk bereplikasi sendiri, dapat berkombinasi dengan DNA
lain dan dapat membawa DNA dalam pusat aktivitas sintetis sel, sehingga
plasmid digunakan dalam teknik rekayasa genetika.
Misalnya plasmid TI (tumor inducing) membawa sequence DNA yang
merubah bentuk sel tanaman dikotil, seperti tembakau dan bunga matahari
menjadi sel tumor. Tumor hasil transformasi ini dihubungkan dengan penyakit
Crowngall. Penyakit ini bentuknya seperti bintik yang bergerombol yang
diinducing suatu bakteri yang disebut Agrobacterium tumevacien. Plasmid
biasanya digunakan dalam teknologi DNA rekombinan menggunakan E. coli
sebagai host, sehingga dalam rekayasa genetika plasmid sering digunakan
sebagai vektor untuk membawa gen-gen tertentu yang diinginkan ke dalam
suatu sel inang. Gen-gen tersebut selanjutnya akan mengekspresikan produk
komersial tertentu seperti insulin, interferon, dan berbagai enzim. Penggunaan
plasmid dalam DNA rekombinan dilakukan karena plasmid memiliki tiga
region yang berperan penting untuk cloning DNA, yaitu, replication origin,
marker yang memungkinkan adanya seleksi (biasanya gen resisten antibiotik)
dan region yang mampu disisipi oleh fragmen DNA dari luar.

B.EPISOME

Istilah episom diperkenalkan oleh Yacob dan koleganya pada tahun 1960
sebagai penanda materi genetik yaitu faktor F fertility atau sex, yang salah satu
berintegrasi dalam kromosom bakteri.Plasmid adalah potongan bundar DNA
yang merupakan gen tambahan. Plasmid dapat bergabung dengan DNA
kromosom tanpa terintegrasi sehingga masih dapat melakukan replikasi secara
mandiri. Bila unsur ekstra kromosomal dapat bereplikasi secara terpadu ke
dalam kromosom DNA bakteri, maka plasmid tersebut disebut episom.
Perilaku ini membedakan episom dari plasmid, karena plasmid tidak terpadu ke
dalam kromosom. Jadi faktor F E. coli adalah suatu episom. Sel donor E.coli
yang mengandung F faktor dikenal dengan F+sel.Ketika F+sel melakukan
konjugasi dengan F-sel resipien maka hanya Ffaktor yang ditransformasi.
Kedua sel yang terlibat dalam konjugasi menjadi F+karena F faktor bereplikasi
selama transfer materi genetik.Untuk melihat mengenai transfer F faktor pada
E. Coli.
Banyak plasmid dan episom tergantung pada sequence DNA pendek yang
disebut IS elemen, atau disebut juga Insertion Sequence. IS elemen juga ada di
dalam kromosom utama induk. Sequence DNA pendek tersebut (dari 800-1400
pasang Nukleotida) adalah transforsable, yang artinya IS elemen ini dapat
bergerak dari 1 posisi ke posisi yang lain di dalam kromosom atau bergerak
dari satu kromosom ke kromosom yg lain. IS element memperantarai
rekombinasi antara elemen genetik nonhomolog yang lain dengan tempatnya.
Hal ini dapat dijelaskan melalui integrasi E. coli K12 F plasmid selama
pembentukan Hfrnya.
 5. Bagaimana kita dapat menentukan suatu bentuk materi genetik
merupakan elemen transposable? Apa manfaat elemen transposable bagi
makhluk hidup? Berikan satu contoh perilaku elemen transposable pada
makhluk hidup! (pilih saja salah satu perilaku elemen transposable di
bakteri, hewan, tumbuhan atau manusia, sertakan gambar yang relevan
dan mendukung penjelasan jawaban!) (25 poin)
JAWAB:
Elemen transposable merupakan sekuens DNA yang dapat berpindah
posisi. Elemen transposable adalah DNA jadi merupakan materi genetik yang
ada di dalam kromosom utama yang dapat berpindah-pindah tempat yang
ditemukan pada sel prokariot dan eukariot. Ukurannya cukupkecil, sekitar 500-
10000 pasang nukleotida.Elemen transposabel merupakan beberapa urutan
genetik yang mampu bergerak atau berpindah tempat dari kromosom satu ke
kromosom lain. Elemen genetik yang dapat bertransposisi tersebut ditemukan
baik dalam prokaryot, eukaryot, maupun dalam bakteriofag. Elemen
transposabel yang terdapat pada prokaryotik ialah Insertion sequence (IS),
Transposon Komposit (TN), dan Elemen Tn3. Transposisi yang terjadi pada
prokaryotik ialah secara replikatif (Cointegrated) dan secara non-replikatif
(Conservative). Elemen
1. Transposable pada Sel Bakteri
Salah satu elemen transposable pada bakteri adalah IS (insertion sequences)
yang terdiri atas sekitar 1500 pasang nukleotida dan hanya mengandung gen
yang terlibat dalam mengatur terjadinya transposisi (perpindahan). Elemen
transposable disebut sebagai transposon.Elemen IS
Elemen IS merupakan sekuens tunggal dengan urutan basa yang sama
atau hampir sama pada masing-masing ujungnya. Saat elemen IS menyisip
pada kromosom atau plasmid, elemen inimembuat duplikasi sekuens DNA
pada tapak yang diinsersi.Duplikasi ini ditempatkan pada masing-masing sisi
elemen IS.Sekuens DNA yang diduplikasi ini dikenal dengan target
siteduplication. Elemen IS juga memperantarai integrasi episom pada
kromosom bakteri. Adanya 2 elemen IS yang menginsersi sekuens DNA
dengan posisi yang berdekatan satu sama lain dikenal dengan composite
transposon atau biasa disingkat Tn. Beberapa Tn yang dikenal antara lain Tn 9,
Tn5 dan Tn10. Tiap-tiap Tn tersebut mengandung gen yang mengkode sifat
resisten terhadap antibiotic.
 Tn3 Family
Ukurannya lebih besar dibandingkan elemen IS, sekitar 5000 atau lebih
pasang nukleotida dan mengandung gen-gen yang dibutuhkan untuk transposisi.
Tn3 mengandung 3 gen, yaitu tnpA, tnpR dan bla, yang masing-masing
berfungsi untuk mengkode transposase, resolvase/repressor dan enzim beta
laktamase.2. Elemen Transposable pada Eukariot
Sel eukariot yang sudah terbukti memiliki elemen transposabel adalah yeast,
jagung dan Drosophila.
Elemen TY pada Yeast
Elemen transposable pada Yeast (Saccharomyces cerevisiae) disebut Ty.
Transposon tersebut memiliki panjang sekitar 5900 pasang nukleotida dan di
tiap-tiap ujungnya diikat oleh sekuens δ yang memiliki panjang 340 pasang
nukleotida. Sekuens δ ini membentuk Long terminal repeats atau LTR. Elemen
Ty diapit oleh 5 pasang nukleotida yang dihasilkan dari duplikasi DNA pada
tempat Ty menginsersi genom Yeast. Target site duplication ini tidak memiliki
sekuens tertentu, tetapi memiliki banyak pasanganbasa A-T. Organisasi genetik
elemen Ty menyerupai retrovirus. Pada retrovirus, mereka akan mensintesis
DNA dari RNA rantai tunggal setelah memasuki sel inang, dan kemudian
menginsersikan DNA tersebut pada genom sel inang. Elemen Ty mengandung 2
gen, yaitu A dan B yang masing-masing analog dengan gen gag dan pol pada
retrovirus yang berfungsi mengkode protein struktural dan katalitik.

3. Transposon pada Jagung

Elemen Ac dan Ds
Elemen Ac terdiri atas 4563 pasang nukleotida yang diikat oleh 8
pasang nukleotida berulang yang terbentuk saat elemen tersebutmenyisip pada
kromosom. Hal unik yang terlihat dari elemen ini adalah adanya 11 pasang
nukleotida yang sama di kedua ujung dengan arah yang berbeda. Keberadaan
inverted terminal repeat ini berperan penting dalam proses transposisi/berpindah.
Salah satu kelas dari elemen Ds terbentuk dari turunan elemenAc, akibat delesi
sekuens internal Ac. Elemen Ac memiliki gen yang mengkode transposase
sehingga transposisi bisa terjadi.

--Terimakasih Saudara menjawab dengan jujur. Selamat bekerja—