Σύνθεση & μάτισμα του RNA

© ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΑΚΕΣ ΕΚΔΟΣΕΙΣ ΚΡΗΤΗΣ ΣΥΜΠΛΗΡΩΜΑΤΙΚΟ ΥΛΙΚΟ ΓΙΑ ΤΟ ΧΗΜΙΚΟ ΤΜΗΜΑ ΤΟΥ ΠΑΝ/ΜΙΟΥ ΑΘΗΝΩΝ
ΚΕΦΑΛΑΙΟ 28
Σύνθεση και μάτισμα του RNA
EÎÙÔÌËÌ¤ÓÔ
ÈÓÙÚfiÓÈÔ
¶Úfi‰ÚÔÌÔ ÌfiÚÈÔ mRNA

ÙÔ˘ mRNA
H σύνθεση RNA είναι ένα καθοριστικό βήμα στην

έκφραση των γενετικών πληροφοριών. Για τα ευκαρυωτικά
κύτταρα, το αρχικό μεταγράφημα RNA (του πρόδρομου μορίου του
RNA) συχνά ματίζεται, αφαιρώντας τα ιντρόνια τα οποία δεν
κωδικεύουν αλληλουχίες πρωτεϊνών. Πολλές φορές, το ίδιο προ-
mRNA ματίζεται διαφορετικά σε διαφορετικούς τύπους κυττάρων ή
σε διαφορετικά στάδια της ανάπτυξης. Στην εικόνα αριστερά,
πρωτεΐνες που σχετίζονται με το μάτισμα RNA (χρωσμένες με ένα
φθορίζον αντίσωμα) τονίζουν περιοχές του γονιδιώματος αμφίβιου
ζώου οι οποίες μεταγράφονται ενεργά. [(Aριστερά) Eυγενική
προσφορά Mark B. Roth και Joseph G. Gall.]
Το DNA αποθηκεύει τις γενετικές πληροφορίες σε μια σταθερή μορφή η οποία

μπορεί εύκολα να αντιγραφεί. Ωστόσο, η έκφραση αυτών των γενετικών πλη-
ροφοριών προϋποθέτει τη ροή της από το DNA στο RNA στις πρωτεΐνες, όπως
αναφέρθηκε εισαγωγικά στο Κεφάλαιο 5. Το παρόν κεφάλαιο ασχολείται με
το πώς συντίθεται και ματίζεται το RNA. Αρχίζουμε με τη μεταγραφή στο βα-
κτήριο Escherichia coli και εστιάζουμε την προσοχή μας σε τρεις ερωτήσεις:
Ποιες είναι οι ιδιότητες των προαγωγέων (των θέσεων του DNA στις οποίες
αρχίζει η μεταγραφή του RNA) και πώς λειτουργούν οι προαγωγείς; Πώς αλ-
ληλεπιδρούν μεταξύ τους η RNA πολυμεράση, το εκμαγείο DNA και η νεο-
συντιθέμενη αλυσίδα του RNA; Πώς τερματίζεται η μεταγραφή;
Στη συνέχεια στρέφουμε την προσοχή μας στη μετα-
γραφή των ευκαρυωτικών, αρχίζοντας από τη δομή των προ- ΠΕΡΙΓΡΑΜΜΑ
αγωγέων και των πρωτεϊνικών παραγόντων της μεταγραφής,
οι οποίοι ρυθμίζουν τη δραστικότητα του προαγωγέα. Ένα • 28.1 H μεταγραφή καταλύεται από την RNA
ευδιάκριτο χαρακτηριστικό των ευκαρυωτικών εκμαγείων πολυμεράση
DNA είναι η παρουσία ενισχυτικών αλληλουχιών, οι οποί- • 28.2 H ευκαρυωτική μεταγραφή και η μετά-
ες διεγείρουν την έναρξη της μεταγραφής από απόσταση φραση είναι διαχωρισμένες στον χώρο και
μεγαλύτερη των χιλίων βάσεων από τη θέση έναρξης. Τα στον χρόνο
πρωτογενή μεταγραφήματα στα ευκαρυωτικά υφίστανται • 28.3 Tα προϊόντα της μεταγραφής και των
εκτεταμένη τροποποίηση, όπως παραδείγματος χάριν με το τριών ευκαρυωτικών πολυμερασών υφίστα-
κάλυμμα του 5΄-άκρου ενός προδρόμου του mRNA και την νται επεξεργασία
προσθήκη μακριών ουρών πολυ(Α) στο 3΄-άκρο του. Πιο
εντυπωσιακό είναι το μάτισμα πρόδρομων μορίων του
• 28.4 H ανακάλυψη του καταλυτικού RNA
ήταν αποκαλυπτική τόσο σε σχέση με τον
mRNA, το οποίο καταλύεται από σωμάτια ματίσματος που μηχανισμό όσο και με την εξέλιξη
αποτελούνται από μικρά πυρηνικά ριβονουκλεοπρωτεϊνικά
σωμάτια (snRNP). Τα μικρά μόρια πυρηνικού RNA
(snRNA) στα σύμπλοκα αυτά παίζουν καθοριστικό ρόλο,
880
ΚΕΦΑΛΑΙΟ 28
κατευθύνοντας τη διάταξη των θέσεων ματίσματος και μεσολαβώντας στην κα-
· Σύνθεση και μάτισμα RNA
τάλυση. Πραγματικά, μερικά μόρια RNA μπορούν να ματίζονται μόνα τους
απουσία πρωτεϊνών. Η θεμελιώδης αυτή ανακάλυψη του Thomas Chech και του
Sidney Altman έδειξε ότι τα μόρια RNA μπορούν να χρησιμεύσουν ως κατα-
λύτες και επηρέασε σημαντικά την άποψή μας για τη μοριακή εξέλιξη.
Το μάτισμα του RNA δεν είναι απλώς μια εξαίρεση. Περίπου το 15% όλων
των γενετικών ασθενειών προκαλούνται από μεταλλάξεις οι οποίες επηρεά-
ζουν το μάτισμα του RNA. Ακόμη, το ίδιο μόριο προ-mRNA μπορεί να ματί-
ζεται διαφορετικά σε διαφορετικούς κυτταρικούς τύπους και σε διαφορετικά
στάδια της ανάπτυξης, ή ως απόκριση σε άλλα βιολογικά σήματα. Επιπλέον,
επιμέρους βάσεις σε μερικά μόρια προ-mRNA αλλάζουν, με μια διεργασία που
ονομάζεται διόρθωση RNA. Μια από τις μεγαλύτερες εκπλήξεις από την ανά-
λυση της αλληλουχίας του ανθρώπινου γονιδιώματος ήταν ότι αναγνωρίστη-
καν μόνο 40.000 γονίδια περίπου συγκριτικά με προηγούμενες εκτιμήσεις για
100.000 ή περισσότερα. Η ικανότητα ενός γονιδίου να κωδικεύει περισσότε-
ρα από ένα διάκριτα mRNA, και επομένως περισσότερα από ένα πρωτεϊνικά
μόρια, μπορεί να παίζει καθοριστικό ρόλο στη διεύρυνση της ποικιλίας του
γονιδιώματός μας.
28.0.1 Ανασκόπηση της σύνθεσης του RNA
Η σύνθεση του RNA, ή μεταγραφή, είναι η διεργασία της μεταγραφής των πλη-
ροφοριών της νουκλεοτιδικής αλληλουχίας του DNA σε πληροφορίες αλλη-
λουχίας RNA. Η σύνθεση του RNA καταλύεται από ένα μεγάλο ένζυμο που
ονομάζεται RNA πολυμεράση. Η βασική βιοχημεία της σύνθεσης του RNA εί-
ναι κοινή στα προκαρυωτικά και στα ευκαρυωτικά, αν και η ρύθμισή της εί-
ναι πιο πολύπλοκη στα ευκαρυωτικά. Η στενή σύνδεση μεταξύ προκαρυωτι-
κής και ευκαρυωτικής μεταγραφής έχει απεικονιστεί υπέροχα από τις τριδιά-
EIKONA 28.1 Δομές των RNA πολυ- στατες δομές των αντιπροσωπευτικών RNA πολυμερασών από προκαρυωτικά
μερασών. Οι τριδιάστατες δομές των RNA πολυ-
και ευκαρυωτικά κύτταρα που προσδιορίστηκαν πρόσφατα (Eικόνα 28.1). Πα-
μερασών από έναν προκαρυωτικό (Thermus
aquaticus) και έναν ευκαρυωτικό (Saccharomyces ρά τις ουσιώδεις διαφορές στο μέγεθος και τον αριθμό των πολυπεπτιδικών
cerevisiae) οργανισμό. Οι δύο μεγαλύτερες υπο- υπομονάδων, οι συνολικές δομές αυτών των ενζύμων είναι πολύ όμοιες, απο-
μονάδες για κάθε δομή φαίνονται σε σκούρο καλύπτοντας μια κοινή εξελικτική προέλευση.
κόκκινο και σκούρο μπλε. Η ομοιότητα των δο-
Η σύνθεση του RNA, όπως σχεδόν όλες οι βιολογικές αντιδράσεις πολυ-
μών αυτών αποκαλύπτει ότι τα ένζυμα αυτά
έχουν την ίδια εξελικτική προέλευση και έχουν μερισμού, πραγματοποιείται σε τρία στάδια: έναρξη, επιμήκυνση και τερματι-
πολλά κοινά μηχανιστικά χαρακτηριστικά. σμό. Η RNA πολυμεράση στη διεργασία αυτή έχει πολλαπλές λειτουργίες:
¶ÚÔÎ·Ú˘ˆÙÈÎ‹ RNA ÔÏ˘ÌÂÚ¿ÛË E˘Î·Ú˘ˆÙÈÎ‹ RNA ÔÏ˘ÌÂÚ¿ÛË

881
1. Αναζητά στο DNA θέσεις έναρξης, οι οποίες ονομάζονται επίσης θέσεις RNA πολυμεράση
προαγωγέων ή απλώς προαγωγείς. Παραδείγματος χάριν, το DNA της E. coli
έχει 2000 περίπου θέσεις προαγωγέων στο γονιδίωμά της που έχει μέγεθος 4,8
× 106 bp. Επειδή οι αλληλουχίες αυτές βρίσκονται στο ίδιο μόριο DNA με τα
μεταγραφόμενα γονίδια, ονομάζονται στοιχεία με δράση cis.
2. Ξετυλίγει ένα μικρό τμήμα δίκλωνου ελικοειδούς DNA για να δημιουργή-

σει ένα μονόκλωνο εκμαγείο DNA από το οποίο παίρνει οδηγίες.
3. Επιλέγει τον σωστό τριφωσφορικό ριβονουκλεοζίτη και καταλύει τον σχη-

ματισμό ενός φωσφοδιεστερικού δεσμού. Η διεργασία αυτή επαναλαμβάνεται
πολλές φορές καθώς το ένζυμο μετακινείται προς τη μία κατεύθυνση κατά μή-
κος του εκμαγείου DNA. Η RNA πολυμεράση είναι ένα εντελώς επεξεργα-
στικό ένζυμο – δηλαδή, ένα μεταγράφημα συντίθεται από την αρχή μέχρι το
τέλος από ένα μόνο μόριο RNA πολυμεράσης.
4. Ανιχνεύει σήματα τερματισμού τα οποία προσδιορίζουν το πού τελειώνει

ένα μεταγράφημα.
5. Αλληλεπιδρά με ενεργοποιητικές και κατασταλτικές πρωτεΐνες, οι οποίες

προσαρμόζουν την ταχύτητα της έναρξης μεταγραφής για πολύ μεγάλο και δυ-
ναμικό εύρος. Οι πρωτεΐνες αυτές, οι οποίες παίζουν έναν πιο σημαντικό ρό-
λο στα ευκαρυωτικά παρά στα προκαρυωτικά, ονομάζονται παράγοντες μετα-
γραφής ή στοιχεία με δράση trans. Η γονιδιακή έκφραση ελέγχεται κυρίως στο
επίπεδο της μεταγραφής, όπως θα συζητηθεί λεπτομερώς στο Κεφάλαιο 31.
Η θεμελιώδης αντίδραση της σύνθεσης του RNA είναι ο σχηματισμός ενός

φωσφοδιεστερικού δεσμού. Η 3΄-υδροξυλική ομάδα του τελευταίου νουκλεο-
τιδίου της αλυσίδας προσβάλλει πυρηνοφιλικά την α-φωσφορική ομάδα του
εισερχόμενου τριφωσφορικού νουκλεοζίτη με ταυτόχρονη απελευθέρωση
ενός πυροφωσφορικού (βλ. Eικόνα 5.25). Η αντίδραση αυτή ευνοείται θερμο-
δυναμικά και η επακόλουθη διάσπαση του πυροφωσφορικού προς ορθοφω-
σφορικό ασφαλίζει την αντίδραση προς την κατεύθυνση της σύνθεσης του
RNA.
Η χημεία της σύνθεσης του RNA είναι η ίδια για όλες τις μορφές RNA,
συμπεριλαμβανομένων του αγγελιαφόρου RNA, του μεταφορικού RNA και
του ριβοσωματικού RNA. Τα βασικά βήματα που μόλις σκιαγραφήθηκαν ισχύ-
ουν για όλες τις μορφές RNA. H συνθετική διεργασία διαφέρει κυρίως στη
ρύθμιση, στη μετα-μεταγραφική επεξεργασία και στην ειδική πολυμεράση η
οποία συμμετέχει.
28.1 Η ΜΕΤΑΓΡΑΦΗ ΚΑΤΑΛΥΕΤΑΙ ΑΠΟ ΤΗΝ RNA ΠΟΛΥΜΕΡΑΣΗ
Αρχίζουμε την περιγραφή της μεταγραφής με την εξέταση της διεργασίας στα
βακτήρια, όπως είναι η E. coli. Η RNA πολυμεράση από την E. coli είναι ένα
πολύ μεγάλο (~ 400 kd) και πολυσύνθετο ένζυμο, αποτελούμενο από τέσσερα
είδη υπομονάδων (Πίνακας 28.1). Η σύσταση των υπομονάδων του συνολικού
ενζύμου, το οποίο ονομάζεται ολοένζυμο, είναι α2ββ΄σ. Η υπομονάδα σ βοηθά
να βρεθεί μια θέση προαγωγέα όπου αρχίζει η μεταγραφή, συμμετέχει στην
έναρξη της σύνθεσης του RΝΑ και στη συνέχεια αποσυνδέεται από το υπό-
λοιπο ένζυμο. Η RNA πολυμεράση χωρίς την υπομονάδα αυτή (δηλαδή το τμή-
μα α2ββ΄) ονομάζεται πυρήνας του ενζύμου. Ο πυρήνας του ενζύμου περιέχει το
καταλυτικό κέντρο.
Το καταλυτικό κέντρο μοιάζει με εκείνο της DNA πολυμεράσης (Εδάφιο
882
ΚΕΦΑΛΑΙΟ 28 ΠΙΝΑΚΑΣ 28.1 Yπομονάδες της RNA πολυμεράσης από την E. coli
Yπομονάδα Γονίδιο Aριθμός Mάζα (kd)
rpoA 2 37
rpoB 1 151
rpoC 1 155
70 rpoD 1 70
27.2.2) ως προς το ότι στη δραστική μορφή του περιέχει δύο με-
ταλλικά ιόντα (Eικόνα 28.2). Το ένα μεταλλικό ιόν παραμένει
δεσμευμένο στο ένζυμο, ενώ το άλλο φαίνεται ότι εισέρχεται
μαζί με τον τριφωσφορικό νουκλεοζίτη και αποχωρεί με το πυ-
ροφωσφορικό. Τρία συντηρημένα κατάλοιπα ασπαραγινικού του
A˘Í·ÓfiÌÂÓË ενζύμου συμμετέχουν στη δέσμευση αυτών των μεταλλικών ιό-
·Ï˘Û›‰· RNA
ντων. Επισημαίνεται ότι οι συνολικές δομές των DNA πολυμε-
TÚÈÊˆÛÊÔÚÈÎfi˜ ρασών και των RNA πολυμερασών είναι τελείως διαφορετικές.
ÚÈ‚ÔÓÔ˘ÎÏÂÔ˙›ÙË˜ Τα παρόμοια ενεργά κέντρα τους είναι προϊόντα συγκλίνουσας
3' εξέλιξης.

Asp
M2+
28.1.1 H μεταγραφή αρχίζει σε θέσεις προαγωγέων στο
Asp εκμαγείο DNA

Η μεταγραφή αρχίζει στους προαγωγείς του εκμαγείου DNA. Οι
2+
M προαγωγείς είναι αλληλουχίες του DNA, οι οποίες κατευθύνουν την
Asp
RNA πολυμεράση στην κατάλληλη θέση έναρξης της μεταγραφής. Οι
περιοχές προαγωγέων μπορούν να αναγνωριστούν και να ταυ-
EIKONA 28.2 Το ενεργό κέντρο της RNA πολυ- τοποιηθούν με συνδυασμό διαφόρων τεχνικών. Μια ισχυρή τεχνική για τον
μεράσης. Ένα μοντέλο της μεταβατικής κατάστα- χαρακτηρισμό αυτών και άλλων θέσεων δέσμευσης πρωτεϊνών στο DNA ονο-
σης για τον σχηματισμό φωσφοδιεστερικού δε-
σμού στο ενεργό κέντρο της RNA πολυμεράσης.
μάζεται αποτύπωση (Eικόνα 28.3). Αρχικά, ένας από τους κλώνους ενός θραύ-
Η 3’-υδροξυλική ομάδα της αυξανόμενης αλυσί- σματος DNA που χρησιμοποιείται για τη μελέτη αυτή σημαίνεται στο ένα
δας του RNA προσβάλλει την α-φωσφορική ομά- άκρο του με 32Ρ. Στο σημασμένο DNA προστίθεται RNA πολυμεράση και το
δα του εισερχόμενου τριφωσφορικού νουκλεοζί- μείγμα υφίσταται επεξεργασία με DNΑση για τόσο χρονικό διάστημα ώστε να προ-
τη. Αυτή η μεταβατική κατάσταση είναι δομικά
κύψει περίπου ένα κόψιμο σε κάθε αλυσίδα των μορίων του μείγματος. Ένα μέρος
όμοια με εκείνη της DNA πολυμεράσης (βλ. Eικό-
να 27.12). του ραδιενεργού DNA υφίσταται την ίδια επεξεργασία αλλά χωρίς την προ-
ÕÎÚÔ ÙÔ˘ DNA EÈ‰ÈÎ¤˜

ÛËÌ·ÛÌ¤ÓÔ ÌÂ 32P ‰ÂÛÌÂ‡Ô˘ÛÂ˜
ÚˆÙÂ˝ÓÂ˜
EÁÎÔ¤˜ ·fi DNAÛË EÁÎÔ¤˜ ·fi DNAÛË
EIKONA 28.3 Η τεχνική της αποτύπωσης. Το

ένα άκρο μιας αλυσίδας του DNA σημαίνεται με
32
Ρ (δείχνεται με κόκκινο κύκλο) Στη συνέχεια,
το σημασμένο DNA υφίσταται τέτοια επίδραση
ώστε κάθε θραύσμα να προκύπτει από ένα μόνο
κόψιμο του αρχικού μορίου. Το ίδιο κόψιμο πραγ-
ματοποιείται μετά την προσθήκη μιας πρωτεΐνης,
η οποία δεσμεύεται σε συγκεκριμένες θέσεις του
DNA. Η δεσμευμένη πρωτεΐνη προστατεύει ένα
τμήμα του DNA από το δράση της DNAσης. Επο-
μένως, ορισμένα θραύσματα που υπάρχουν στην
αντίδραση, η οποία πραγματοποιείται χωρίς την
πρωτεΐνη αυτή, απουσιάζουν. Οι ζώνες που δεν £Ú·‡ÛÌ·Ù· AÔÙ¤ÏÂÛÌ· £Ú·‡ÛÌ·Ù·
εμφανίζονται στο πρότυπο ηλεκτροφόρησης ÛËÌ·ÛÌ¤Ó· ÌÂ 32P ËÏÂÎÙÚÔÊfiÚËÛË˜ ÛËÌ·ÛÌ¤Ó· ÌÂ 32P
προσδιορίζουν τη θέση δέσμευσης στο DNA. ÛÂ ËÎÙ‹
883
σθήκη RNA πολυμεράσης για να χρησιμεύσει ως μάρτυρας. Τα θραύσματα RNA πολυμεράση
του DNA που προκύπτουν διαχωρίζονται σύμφωνα με το μέγεθός τους με ηλε-
κτροφόρηση. Το πρότυπο ηλεκτροφόρησης είναι εξαιρετικά αποκαλυπτικό:
μια σειρά από ζώνες που εμφανίζονται στο δείγμα του μάρτυρα δεν υπάρχουν H ÌÂÙ·ÁÚ·Ê‹
στο δείγμα το οποίο περιέχει την RNA πολυμεράση. Οι ζώνες αυτές δεν υπάρ- ·Ú¯›˙ÂÈ Â‰Ò
χουν διότι η RNA πολυμεράση προστατεύει το DNA από σχάσεις, από τις
5' –10 3'
οποίες θα προέκυπταν τα αντίστοιχα θραύσματα.
(A) CGT A T G T T G TG T G G A
Ένα εντυπωσιακό σχήμα είναι επίσης προφανές όταν συγκρίνονται οι αλ- (B) GCTA T G G T T AT T T C A
ληλουχίες πολλών προκαρυωτικών προαγωγέων. Δύο κοινά μοτίβα παρουσιάζο- (°) GTTA A C T A G TA C G C A
νται προς την 5΄-πλευρά της θέσης έναρξης (ανοδικά του μηνύματος). Είναι γνω- (¢) G TGA T A C T G AG C A C A
στά ως η αλληλουχία –10 και η αλληλουχία –35, διότι είναι συμμετρικά τοποθε- (E) GTTT T C A T G CC T C C A
τημένες περίπου 10 και 35 νουκλεοτίδια ανοδικά από τη θέση έναρξης. Η κά- TA T A A T
θε μία από τις αλληλουχίες αυτές έχει μήκος 6 bp. Οι ομόφωνες (κατά μέσον
EIKONA 28.4 Προκαρυωτικές αλληλουχίες
όρο) αλληλουχίες τους, οι οποίες προέκυψαν από την ανάλυση πολλών προα- προαγωγέων. Η σύγκριση πέντε αλληλουχιών
γωγέων (Eικόνα 28.4), είναι: από προκαρυωτικούς προαγωγείς αποκαλύπτει μια
επανεμφανιζόμενη αλληλουχία ΤΑΤΑΑΤ με κέντρο
–35 –10 +1 τη θέση –10. Η ομόφωνη αλληλουχία της θέσης
5' T TG ACA TATA AT £¤ÛË –10 (κόκκινη) καθορίστηκε από έναν μεγάλο
¤Ó·ÚÍË˜ αριθμό αλληλουχιών προαγωγέων. Οι αλληλουχίες
της εικόνας αυτής προέρχονται από τα οπερόνια
Το πρώτο νουκλεοτίδιο (η θέση έναρξης) μιας μεταγραφόμενης αλληλου- (Α) lac, (Β) gal, (Γ) trp της E. coli, (Δ) τον φάγο
χίας DNA σημειώνεται ως +1 και το δεύτερο ως +2. Το νουκλεοτίδιο που λ και (Ε) τον φάγο φΧ174.
προηγείται της θέσης έναρξης σημειώνεται ως –1. Οι συμβολισμοί αυτοί ανα-

φέρονται στον κωδικεύοντα κλώνο του DNA. Υπενθυμίζεται ότι η αλληλου-
χία του κλώνου-εκμαγείου του DNA είναι συμπληρωματική της αλληλουχίας του
μεταγραφήματος RNA (βλ. Eικόνα 5.26). Αντιθέτως, ο κωδικεύων κλώνος του
DNA έχει την ίδια αλληλουχία με εκείνη του μεταγραφήματος RNA, με τη
διαφορά ότι έχει θυμίνη (Τ) στη θέση της ουρακίλης (U). Ο κωδικεύων κλώ-
νος είναι επίσης γνωστός ως ο νοηματικός (+) κλώνος και ο κλώνος του εκ-
μαγείου ως ο αντινοηματικός (–) κλώνος.
Οι προαγωγείς διαφέρουν σημαντικά ως προς τη δραστικότητά τους. Γονί-
δια με ισχυρούς προαγωγείς μεταγράφονται πολύ συχνά – κάθε δύο δευτερό-
λεπτα στην E. coli. Αντιθέτως, γονίδια με πολύ ασθενείς προαγωγείς μετα-
γράφονται περίπου μία φορά κάθε 10 λεπτά. Οι περιοχές –10 και –35 των πε-
ρισσότερων ισχυρών προαγωγέων έχουν αλληλουχίες που αντιστοιχούν αρ-
κετά στις ομόφωνες αλληλουχίες, ενώ οι ασθενείς προαγωγείς τείνουν να φέ-
ρουν πολλές αντικαταστάσεις βάσεων στις θέσεις αυτές. Πράγματι, η μετάλ-
λαξη ακόμη και μίας βάσης είτε στην –10 είτε στην –35 αλληλουχία μπορεί
να μειώσει τη δραστικότητα του προαγωγέα. Η απόσταση μεταξύ των συντη-
ρημένων αυτών αλληλουχιών είναι επίσης σημαντική. Ένας διαχωρισμός τους
σε έκταση 17 νουκλεοτιδίων είναι ο βέλτιστος. Επομένως, η αποτελεσματικό-
τητα ή η ισχύς μιας αλληλουχίας προαγωγέων χρησιμεύει στη ρύθμιση της μετα-
γραφής. Ρυθμιστικές πρωτεΐνες οι οποίες δεσμεύονται σε ειδικές αλληλουχίες
κοντά σε θέσεις προαγωγέων και οι οποίες αλληλεπιδρούν με την RNA πο-
λυμεράση (Κεφάλαιο 31) επηρεάζουν επίσης σημαντικά τη συχνότητα μετα-
γραφής πολλών γονιδίων.
28.1.2 Oι υπομονάδες σ της RNA πολυμεράσης αναγνωρίζουν θέσεις

προαγωγέων
Ο πυρήνας α2ββ΄ της RNA πολυμεράσης δεν μπορεί να αρχίσει μόνος του τη
μεταγραφή σε θέσεις προαγωγέων. Αντιθέτως, το πλήρες ολοένζυμο α2ββ΄σ εί-
ναι απαραίτητο για την έναρξη της μεταγραφής στη σωστή θέση. Η υπομονά-
δα σ συμβάλλει στην ειδική έναρξη με δύο τρόπους. Πρώτον, μειώνει τη χημι-
κή συγγένεια της RNA πολυμεράσης για άλλες τυχαίες θέσεις στο DNA κατά έναν
παράγοντα 104. Απουσία της υπομονάδας σ, ο πυρήνας του ενζύμου δεσμεύεται
884
ΚΕΦΑΛΑΙΟ 28
στο DNA αδιάκριτα και ισχυρά. Δεύτερον, η υπομονάδα σ δίνει τη δυνατότητα
στην RNA πολυμεράση να αναγνωρίζει θέσεις προαγωγέων. Ένα μεγάλο θραύσμα
υπομονάδας σ βρέθηκε να έχει στην επιφάνειά της μια α-έλικα. Η έλικα αυτή
έχει βρεθεί ότι εμπλέκεται στην αναγνώριση της αλληλουχίας 5΄-ΤΑΤΑΑΤ
της περιοχής –10 (Eικόνα 28.5). Το ολοένζυμο δεσμεύεται σε δίκλωνο DNA
και κινείται κατά μήκος της διπλής έλικας σε αναζήτηση ενός προαγωγέα,
σχηματίζοντας προσωρινούς δεσμούς υδρογόνου με εκτεθειμένες ομάδες δε-
ŒÏÈÎ· ÌÂ ÚfiÏÔ κτών και δοτών των ζευγών βάσεων. Η αναζήτηση είναι ταχύτατη διότι η RNA
ÛÙËÓ ·Ó·ÁÓÒÚÈÛË
ÙË˜ ÂÚÈÔ¯‹˜ ÙË˜
πολυμεράση ολισθαίνει κατά μήκος του DNA αντί να δεσμεύεται και να απο-
·ÏÏËÏÔ˘¯›·˜ –10 δεσμεύεται από αυτό συνεχώς. Με άλλα λόγια, η θέση του προαγωγέα προσεγγί-
ζεται με ένα τυχαίο βάδισμα σε μία διάσταση και όχι σε τρεις διαστάσεις. Η παρα-
τηρούμενη σταθερά ταχύτητας δέσμευσης του ολοενζύμου της RNA πολυμε-
ράσης σε αλληλουχίες προαγωγέων είναι 1010 Μ–1 s–1, περισσότερο από 100
φορές ταχύτερη από ό,τι θα επιτυγχανόταν με επαναλαμβανόμενες προσεγγί-
σεις καθώς θα δεσμευόταν και θα αποδεσμευόταν από το DNA. Η υπομονάδα
σ ελευθερώνεται όταν η νεοσυντιθέμενη αλυσίδα RNA αποκτήσει μήκος εν-
νέα ή δέκα νουκλεοτιδίων. Μετά την ελευθέρωσή της μπορεί να βοηθήσει την
έναρξη της μεταγραφής από έναν άλλο πυρήνα ενζύμου. Επομένως, η υπομο-
EIKONA 28.5 Η δομή της υπομονάδας
νάδα σ δρα καταλυτικά.
σ. Η δομή ενός θραύσματος από την υπομονάδα
σ70 της E. coli αποκαλύπτει τη θέση μιας α-έλι- Η E. coli περιέχει πολλαπλούς παράγοντες σ, οι οποίοι αναγνωρίζουν διά-
κας στην επιφάνεια της πρωτεΐνης. Η έλικα αυτή φορους τύπους αλληλουχιών προαγωγέων στο DNA της Ε. coli. Ο τύπος που
παίζει σημαντικό ρόλο για τη δέσμευση στην αλ- αναγνωρίζει την ομόφωνη αλληλουχία που περιγράφηκε παραπάνω ονομάζε-
ληλουχία –10 ΤΑΤΑΑΤ. ται σ70, διότι έχει μοριακή μάζα 70 kd. Ένας διαφορετικός παράγοντας σ αρ-
χίζει να δρα όταν η θερμοκρασία αυξάνεται απότομα. Η Ε. coli αποκρίνεται
με τη σύνθεση του σ32, ο οποίος αναγνωρίζει τους προαγωγείς των γονιδίων της
θερμικής καταπληξίας. Οι προαγωγείς αυτοί έχουν αλληλουχίες –10, οι οποίες
είναι κατά τι διαφορετικές από τις αλληλουχίες –10 των συνηθισμένων προα-
γωγέων (Eικόνα 28.6). Η αυξημένη μεταγραφή των γονιδίων της θερμικής κα-
ταπληξίας οδηγεί στη συντονισμένη σύνθεση μιας σειράς προστατευτικών
πρωτεϊνών. Άλλοι παράγοντες σ αποκρίνονται σε περιβαλλοντικές συνθήκες,
όπως η τροφοπενία αζώτου. Τα ευρήματα αυτά δείχνουν ότι η υπομονάδα σ
παίζει καθοριστικό ρόλο στο να προσδιορίζει από πού αρχίζει τη μεταγραφή η RNA
πολυμεράση.
–35 –10
T TGACA
5' TA TAAT 3' ™˘ÓËıÈÛÌ¤ÓÔ˜ ÚÔ·ÁˆÁ¤·˜
5' T NNCNCNC T T GAA CCCA TN T 3' ¶ÚÔ·ÁˆÁ¤·˜ ÁÔÓÈ‰›ˆÓ ıÂÚÌÈÎ‹˜ Î·Ù·ÏËÍ›·˜
5' C T GGGN A T T GC A 3' ¶ÚÔ·ÁˆÁ¤·˜ ÙÚÔÊÔÂÓ›·˜ ·˙ÒÙÔ˘
EIKONA 28.6 Εναλλακτικές αλληλουχίες προαγωγέων. Μια σύγκριση των ομόφωνων αλληλουχιών συνη-
θισμένων προαγωγέων, προαγωγέων γονιδίων της θερμικής καταπληξίας και προαγωγέων της τροφοπενίας
αζώτου της E. coli. Οι προαγωγείς αυτοί αναγνωρίζονται από τις υπομονάδες σ70, σ32 και σ54, αντίστοιχα.
28.1.3 Για να πραγματοποιηθεί η μεταγραφή, η RNA πολυμεράση

πρέπει να ξετυλίξει το εκμαγείο της δίκλωνης έλικας
Αν και η RNA πολυμεράση μπορεί να αναζητά θέσεις προαγωγέων όταν δε-

σμεύεται στο δίκλωνο ελικοειδές DNA, ένα τμήμα της έλικας πρέπει να ξετυ-
λιχτεί πριν δοθεί η δυνατότητα να αρχίσει η σύνθεση. Μια περιοχή δίκλωνου
DNA πρέπει να χωρίσει, ούτως ώστε τα νουκλεοτίδια του ενός από τους κλώ-
νους να γίνουν προσιτά για σχηματισμό ζευγών βάσεων με τους εισερχόμενους
τριφωσφορικούς ριβονουκλεοζίτες. Ο κλώνος-εκμαγείο του DNA επιλέγει τον
σωστό τριφωσφορικό νουκλεοζίτη σχηματίζοντας με αυτόν ένα ζεύγος βάσε-
ων Watson-Crick (Εδάφιο 5.2.1), όπως συμβαίνει και στη σύνθεση του DNA.
Πόσο από το εκμαγείο του DNA ξετυλίγεται από την RNA πολυμεράση;
Επειδή το ξετύλιγμα αυξάνει την αρνητική υπερσπείρωση του DNA (Εδάφιο
27.3.2), το πρόβλημα αυτό λύθηκε αναλύοντας την υπερσπείρωση ενός κυκλι-
885
κού δίκλωνου DNA που είχε εκτεθεί σε ποικίλες ποσότητες RNA πολυμερά- RNA πολυμεράση
σης. Η τοποϊσομεράση Ι, ένα ένζυμο που καταλύει τη συντονισμένη σχάση
και επανένωση του δίκλωνου DNA (Εδάφιο 27.3.3), προστέθηκε στη συνέχεια
για να χαλαρώσει το τμήμα του κυκλικού DNA που δεν βρισκόταν σε επαφή
¢›ÎÏˆÓÔ ÂÏÈÎÔÂÈ‰¤˜ •ÂÙ˘ÏÈÁÌ¤ÓÔ DNA
με τα μόρια της πολυμεράσης. Τα δείγματα αυτά του DNA μετά την απομά- DNA (·ÓÔ›ÁÌ·ÙÔ˜ 17 bp)
κρυνση της δεσμευμένης πρωτεΐνης αναλύθηκαν με ηλεκτροφόρηση σε πη-
κτή. Ο βαθμός της αρνητικής υπερσπείρωσης αυξήθηκε αναλογικά με τον αριθμό
των μορίων της RNA πολυμεράσης που είναι δεσμευμένα ανά εκμαγείο DNA, γεγο-
νός που δείχνει ότι το ένζυμο ξετυλίγει το DNA. Κάθε δεσμευμένο μόριο πολυμερά-
RNA ÔÏ˘ÌÂÚ¿ÛË
σης ξετυλίγει ένα τμήμα DNA 17 bp, το οποίο αντιστοιχεί σε 1,6 στροφές έλικας B-
DNA (Eικόνα 28.7). EIKONA 28.7 Ξετύλιγμα του DNA. Η RNA πο-
Η αρνητική υπερσπείρωση του κυκλικού DNA ευνοεί τη μεταγραφή γο- λυμεράση ξετυλίγει 17 περίπου βάσεις του εκμα-
νιδίων διότι διευκολύνει το ξετύλιγμα (Εδάφιο 27.3.2). Επομένως, η εισαγωγή γείου DNA.
αρνητικών υπερσπειραμάτων στο DNA από την τοποϊσομεράση ΙΙ μπορεί να

αυξήσει την αποτελεσματικότητα προαγωγέων που βρίσκονται σε απομακρυ-
σμένες θέσεις. Ωστόσο, δεν διεγείρονται όλοι οι προαγωγείς από την αρνη-
τική υπερσπείρωση. Η θέση του προαγωγέα για την ίδια την τοποϊσομεράση
ΙΙ αποτελεί μια αξιοσημείωτη εξαίρεση. Η αρνητική υπερσπείρωση μειώνει
την ταχύτητα μεταγραφής αυτού του γονιδίουØ πρόκειται για έναν κομψό μη-
χανισμό επανατροφοδοτικού ελέγχου ο οποίος φροντίζει να μην προκαλείται
εκτεταμένη αρνητική υπερσπείρωση του DNA. H αρνητική υπερσπείρωση
μπορεί να μειώσει την αποτελεσματικότητα αυτού του προαγωγέα αλλάζοντας
τη δομική σχέση των περιοχών –10 και –35.
Η μετάβαση από το σύμπλοκο του κλειστού προαγωγέα (στο οποίο το DNA
είναι δίκλωνο) στο σύμπλοκο του ανοιχτού προαγωγέα (στο οποίο το DNA εί-
ναι ξετυλιγμένο) αποτελεί ένα σημαντικό γεγονός για τη μεταγραφή. Το σκη-
νικό είναι τώρα έτοιμο για τον σχηματισμό του πρώτου φωσφοδιεστερικού δε-
σμού της νέας αλυσίδας RNA.
28.1.4 Oι αλυσίδες του RNA σχηματίζονται de novo και αυξάνονται

προς την κατεύθυνση 5’ προς 3’
Σε αντίθεση προς τη σύνθεση του DNA, η σύνθεση του RNA μπορεί να αρχίσει
de novo, χωρίς να χρειάζεται εκκινητής. Οι περισσότερες νεοσυντιθέμενες αλυ-
σίδες RNA έχουν στο 5΄-άκρο τους μια εξαιρετικά ευδιάκριτη ετικέτα: η πρώ-
τη βάση στο άκρο αυτό είναι είτε pppG είτε pppA.
EÙÈÎ¤Ù· (A ‹ G) B¿ÛË
ÛÙÔ 5'-¿ÎÚÔ
2– – – O
O O O O O O O
P P P O O
O O O O
OH O OH
P
O– O
Η παρουσία της τριφωσφορικής ομάδας υποδηλώνει ότι η σύνθεση RNA

αρχίζει στο 5΄-άκρο. Από τα αποτελέσματα πειραμάτων σήμανσης με υπο-
στρώματα γ-32Ρ επιβεβαιώθηκε ότι οι αλυσίδες RNA, όπως και οι αλυσίδες
DNA, αναπτύσσονται κατά την κατεύθυνση 5΄→3΄.
X X Y X Y Z
YTP PPi ZTP PPi
P P P OH P P P P OH P P P P P OH 3'
5'
·Ó¿Ù˘ÍË 5' 3'
886
ΚΕΦΑΛΑΙΟ 28
28.1.5 H επιμήκυνση πραγματοποιείται στις φυσαλίδες μεταγραφής οι
οποίες μετακινούνται κατά μήκος του εκμαγείου DNA
Η φάση επιμήκυνσης της σύνθεσης του RNA αρχίζει μετά τον σχηματισμό
του πρώτου φωσφοδιεστερικού δεσμού. Μια σημαντική αλλαγή είναι η απώ-
λεια του παράγοντα σ. Υπενθυμίζεται ότι ο πυρήνας του ενζύμου χωρίς τον σ
δεσμεύεται στο εκμαγείο του DNA πιο ισχυρά. Πραγματικά, η RNA πολυμε-
ράση παραμένει δεσμευμένη στο εκμαγείο της μέχρι να προσεγγίσει ένα σή-
μα τερματισμού. Η περιοχή που έχει RNA πολυμεράση, DNA και νεοσυντι-
θέμενο RNA ονομάζεται φυσαλίδα μεταγραφής διότι περιέχει μια «φυσαλίδα»
τοπικά αποδιαταγμένου DNA (Eικόνα 28.8). Το RNA που μόλις έχει συντεθεί
σχηματίζει μια υβριδική έλικα με τον κλώνο-εκμαγείο του DNA. Αυτή η έλι-
κα DNA-RNA έχει μήκος 8 περίπου bp, που αντιστοιχεί σχεδόν σε μια στρο-
φή της διπλής έλικας (Εδάφιο 27.1.3). Η 3΄-υδροξυλική ομάδα του RNA σε αυ-
τήν την υβριδική έλικα είναι τοποθετημένη με τέτοιο τρόπο ώστε να μπορεί
να προσβάλλει το α-άτομο του φωσφόρου ενός εισερχόμενου τριφωσφορικού
ριβονουκλεοζίτη. Ο πυρήνας του ενζύμου περιέχει επίσης μια θέση δέσμευ-
σης για τον άλλο κλώνο του DNA. Περίπου 17 bp DNA ξετυλίγονται κατά τη
φάση επιμήκυνσης, όπως και κατά τη φάση έναρξης. Η φυσαλίδα μεταγραφής
διανύει μια απόσταση 170 Å (17 nm) ανά δευτερόλεπτο, που αντιστοιχεί σε
έναν ρυθμό επιμήκυνσης 50 περίπου νουκλεοτιδίων ανά δευτερόλεπτο. Αν και
αρκετά γρήγορη, η ταχύτητα αυτή είναι πολύ μικρότερη από εκείνη της σύν-
θεσης του DNA, η απόδοση της οποίας είναι 1000 νουκλεοτίδια ανά δευτε-
ρόλεπτο.
RNA ÔÏ˘ÌÂÚ¿ÛË
EIKONA 28.8 Φυσαλίδα μεταγραφής. KÏÒÓÔ˜-ÂÎÌ·ÁÂ›Ô Kˆ‰ÈÎÂ‡ˆÓ

Σχηματική αναπαράσταση της φυσαλίδας •·Ó·Ù‡ÏÈÁÌ· •ÂÙ‡ÏÈÁÌ·
ÎÏÒÓÔ˜
μεταγραφής κατά την επιμήκυνση ενός
μεταγραφήματος RNA. Το δίκλωνο DNA 3' 5'
ξετυλίγεται στο πρόσθιο άκρο της RNA
5' 3' 3'
πολυμεράσης και ξανατυλίγεται στο οπίσθιο.
Το υβρίδιο RNA-DNA περιστρέφεται κατά την NÂÔÛ˘ÓÙÈı¤ÌÂÓÔ Y‚ÚÈ‰ÈÎ‹ ¤ÏÈÎ· £¤ÛË
RNA RNA–DNA ÂÈÌ‹Î˘ÓÛË˜
επιμήκυνση.
5' ppp K›ÓËÛË

ÙË˜ ÔÏ˘ÌÂÚ¿ÛË˜
DNA
Το μήκος του υβριδίου RNA-DNA και της ξετυλιγμένης περιοχής του
DNA παραμένει μάλλον σταθερό καθώς η RNA πολυμεράση μετακινείται κα-
τά μήκος του εκμαγείου DNA. Αυτό το εύρημα υποδηλώνει ότι το DNA ξα-
νατυλίγεται με την ίδια περίπου ταχύτητα στο οπίσθιο μέρος της RNA πολυ-
μεράσης όπως ξετυλίγεται στο εμπρόσθιο μέρος του ενζύμου. Το υβρίδιο
RNA-DNA πρέπει επίσης να περιστρέφεται κάθε φορά που ένα νουκλεοτίδιο
προστίθεται, ούτως ώστε το 3΄-ΟΗ άκρο του RNA να παραμένει στην κατα-
λυτική θέση. Το μήκος του υβριδίου RNA-DNA προσδιορίζεται από μια δο-
RNA μή μέσα στο ένζυμο που αναγκάζει το υβρίδιο RNA-DNA να χωρίζει, επι-
τρέποντας έτσι στην αλυσίδα του RNA να εξέρχεται από το ένζυμο και στην
αλυσίδα του DNA να ξαναενώνεται με τη συμπληρωματική της (Eικόνα 28.9).
EIKONA 28.9 Διαχωρισμός υβριδίου Είναι αξιοσημείωτο ότι η RNA πολυμεράση δεν έχει δραστικότητα νου-
RNA-DNA. Μια δομή μέσα στην RNA πολυμεράση
κλεάσης. Έτσι, σε αντίθεση προς την DNA πολυμεράση, η RNA πολυμεράση
επιβάλλει τον διαχωρισμό του υβριδίου RNA-
DNA, επιτρέποντας στην αλυσίδα του DNA να δεν διορθώνει τη νεοσυντιθέμενη πολυνουκλεοτιδική αλυσίδα. Συνεπώς, η πιστότη-
εξέρχεται από το ένα μέρος και στην αλυσίδα τα της μεταγραφής είναι πολύ μικρότερη από εκείνη της αντιγραφής. H συχνότητα
του RNA να εξέρχεται από το άλλο. σφάλματος της σύνθεσης RNA είναι της τάξεως του ενός λάθους ανά 104 έως
887
105 νουκλεοτίδια, περίπου 105 φορές μεγαλύτερη από εκείνη της σύνθεσης RNA πολυμεράση
DNA. Η πολύ μικρότερη πιστότητα της σύνθεσης RNA είναι ανεκτή διότι τα
λάθη δεν μεταβιβάζονται στους απογόνους. Για τα περισσότερα γονίδια συ-
ντίθενται πολλά αντίγραφα μεταγραφημάτων RNA, και επομένως μερικά ελατ-
τωματικά είναι απίθανο να είναι βλαβερά.
28.1.6 Mια δομή φουρκέτας RNA που ακολουθείται από ορισμένα

κατάλοιπα ουρακίλης τερματίζει τη μεταγραφή μερικών γονιδίων
Ο τερματισμός της μεταγραφής είναι τόσο επακριβώς ελεγχόμενος όσο είναι

και η έναρξή της. Στη φάση του τερματισμού της μεταγραφής, ο σχηματισμός
των φωσφοδιεστερικών δεσμών παύει, το υβρίδιο RNA-DNA αποσυνδέεται,
η αποδιαταγμένη περιοχή του DNA ξανατυλίγεται και η RNA πολυμεράση
ελευθερώνει το DNA. Ποιος ορίζει το πού τερματίζεται η μεταγραφή; Οι με- C
ταγραφόμενες περιοχές των εκμαγείων DNA περιέχουν σήματα τερματισμού. Η U G
U G
απλούστερη περιοχή τερματισμού είναι μια παλινδρομική περιοχή πλούσια σε
G C
ζεύγη GC που ακολουθείται από μια περιοχή πλούσια σε ζεύγη ΑΤ. Το μεταγρά-
A U
φημα του RNA αυτής της παλινδρομικής αλληλουχίας του DNA είναι αυτο-
συμπληρωματικό (Eικόνα 28.10). Επομένως, οι βάσεις του μπορούν να ζευγα- C G
ρώσουν σχηματίζοντας μια δομή φουρκέτας με έναν βραχίονα και μια θηλιά, C G
μια δομή που ευνοείται από την υψηλή περιεκτικότητα καταλοίπων G και C. G C
Τα ζεύγη γουανίνης-κυτοσίνης είναι πιο σταθερά από τα ζεύγη αδενίνης-θυ-
C G
μίνης λόγω του επιπλέον δεσμού υδρογόνου που περιέχουν. Αυτή η σταθερή
δομή φουρκέτας ακολουθείται από μια αλληλουχία C G
τεσσάρων ή περισσότερων καταλοίπων ουρακί- G C

λης, τα οποία είναι επίσης κρίσιμα για τον τερμα- U A A U C C C A C A A U U U U OH
5' 3'
τισμό. Το μεταγράφημα του RNA τελειώνει μέσα
ή λίγο μετά από αυτά τα κατάλοιπα.
Πώς όμως αυτός ο συνδυασμός της δομής φουρκέτας-ολιγο(U) τερματίζει EIKONA 28.10 Σήμα τερματισμού. Ένα σήμα
τη μεταγραφή; Πρώτον, φαίνεται πιθανόν ότι η RNA πολυμεράση σταματά τερματισμού που βρέθηκε στο 3ã-άκρο ενός με-
ταγραφήματος RNA αποτελείται από μια σειρά
αμέσως μετά τη σύνθεση του τμήματος RNA, το οποίο αναδιπλώνεται σε μια
βάσεων οι οποίες σχηματίζουν μια σταθερή δομή
φουρκέτα. Επιπλέον, η υβριδική έλικα RNA-DNA που παράγεται μετά τη βραχίονα-θηλιάς και μια σειρά καταλοίπων U.
φουρκέτα είναι ασταθής, διότι τα ζεύγη των βάσεων rU-dA είναι τα ασθενέ-
στερα από τα τέσσερα είδη τους. Επομένως, η παύση της μεταγραφής που προ-
καλείται από τη φουρκέτα επιτρέπει στο χαλαρά συνδεδεμένο νεοσυντιθέμενο
RNA να αποσυνδεθεί από το εκμαγείο DNA και στη συνέχεια από το ένζυμο. Η απο-
μονωμένη αλυσίδα του εκμαγείου DNA ξαναενώνεται με τη συμπληρωματική
της ανασχηματίζοντας το δίκλωνο DNA, και η φυσαλίδα της μεταγραφής κλεί-
νει.
28.1.7 H πρωτεΐνη ρ βοηθά στον τερματισμό της μεταγραφής

ορισμένων γονιδίων
Η RNA πολυμεράση δεν χρειάζεται βοήθεια για να τερματίσει τη μεταγραφή

σε μια φουρκέτα που ακολουθείται από μερικά κατάλοιπα U. Σε άλλες θέσεις
όμως ο τερματισμός χρειάζεται τη συμμετοχή και ενός πρόσθετου παράγοντα.
Στην ανακάλυψη αυτή συνετέλεσε η παρατήρηση ότι μερικά μόρια RNA, που
συντέθηκαν in vitro από την RNA πολυμεράση και μόνον, ήταν μακρύτερα από
εκείνα που συντέθηκαν in vivo. Ο παράγοντας που έλειπε, μια πρωτεΐνη που
προκαλούσε τον σωστό τερματισμό, απομονώθηκε και ονομάστηκε ρ. Άλλες
πληροφορίες για τη δράση της πρωτεΐνης ρ αποκτήθηκαν με την προσθήκη
αυτού του παράγοντα τερματισμού σε ένα μείγμα επώασης, σε διάφορους χρό-
νους μετά την έναρξη της σύνθεσης του RNA (Eικόνα 28.11). Μόρια RNA με
συντελεστές καταβύθισης 10 S, 13 S και 17 S αποκτήθηκαν όταν η ρ προστέ-
θηκε κατά την έναρξη, λίγα δευτερόλεπτα μετά την έναρξη και δύο λεπτά με-
888
ΚΕΦΑΛΑΙΟ 28 · Σύνθεση και μάτισμα RNA ŒÓ·ÚÍË TÂÚÌ·ÙÈÛÌfi˜ ·Ô˘Û›· Ú
EÎÌ·ÁÂ›Ô
DNA
ı¤ÛÂÈ˜ Ú
5' 3' XˆÚ›˜ ÚˆÙÂ˝ÓË Ú MfiÚÈ· RNA 23S
MÂÙ·ÁÚ·Ê‹Ì·Ù· 5' 3' H ÚˆÙÂ˝ÓË Ú ÛÙËÓ ·Ú¯‹ ÙË˜ Û‡ÓıÂÛË˜ MfiÚÈ· RNA 10S
RNA 5' 3' H ÚˆÙÂ˝ÓË Ú ÚÔÛÙÈı¤ÌÂÓË 30'' ·ÚÁfiÙÂÚ· MfiÚÈ· RNA 13S
5' 3' H ÚˆÙÂ˝ÓË Ú ÚÔÛÙÈı¤ÌÂÓË 2 ÏÂÙ¿ ·ÚÁfiÙÂÚ· MfiÚÈ· RNA 17S
EIKONA 28.11 Η επίδραση της πρωτεΐνης ρ στο μέγεθος των μεταγραφημάτων RNA.
τά την έναρξη, αντίστοιχα. Χωρίς την προσθήκη της

ρ, η μεταγραφή απέδωσε ένα προϊόν RNA μεγέθους
23 S. Είναι προφανές ότι το εκμαγείο περιέχει του-
λάχιστον τρεις θέσεις τερματισμού που αποκρίνονται
στη ρ (και αποδίδουν RNA μεγέθους 10 S, 13 S και 17
S), καθώς και μία θέση τερματισμού η οποία δεν απο-
κρίνεται στη ρ (και η οποία αποδίδει ένα RΝΑ 23 S).
ATP
+ RNA ÔÏ˘ÌÂÚ¿ÛË Έτσι, ένας ειδικός τερματισμός σε μια θέση που πα-
H2O ράγει RNA 23 S μπορεί να γίνει απουσία της πρω-
¶ÚˆÙÂ˝ÓË Ú τεΐνης ρ. Ωστόσο, η ρ ανιχνεύει πρόσθετα σήματα
τερματισμού που δεν αναγνωρίζονται μόνο από την
ADP RNA πολυμεράση.
+ Με ποιον τρόπο η πρωτεΐνη ρ προκαλεί τον τερ-
Pi
ppp 5' ματισμό της σύνθεσης RNA; Ένα καθοριστικό στοιχείο
είναι η ανακάλυψη ότι η ρ υδρολύει ΑΤΡ παρουσία μονό-
κλωνου RNA και όχι παρουσία DNA ή δίκλωνου RNA.
EIKONA 28.12 Μηχανισμός τερματισμού της μεταγραφής από την πρω- Η εξαμερής ρ, η οποία δομικά είναι παρόμοια και ομό-
τεΐνη ρ. H πρωτεΐνη αυτή είναι μια ελικάση εξαρτώμενη από την ΑΤΡ, η οποία λογη με τη συνθάση της ΑΤΡ (Εδάφιο 18.4.1), δε-
δεσμεύεται στη νεοσυντιθέμενη αλυσίδα RNA και την έλκει μακριά από την
RNA πολυμεράση και το εκμαγείο DNA.
σμεύεται ειδικά σε μονόκλωνο RNA. Μια έκταση 72
νουκλεοτιδίων δεσμεύεται με τέτοιο τρόπο ώστε το
RNA να διέρχεται διά μέσου του κέντρου της δομής
εκείνης (Eικόνα 28.12). Η ρ αποκτά δραστικότητα από
αλληλουχίες που βρίσκονται στο νεοσυντιθέμενο RNA, οι οποίες είναι πλούσιες σε
κυτοσίνες και φτωχές σε γουανίνες. Η δραστικότητα ΑΤΡάσης της ρ βοηθά την
πρωτεΐνη αυτή να τραβήξει το νέο RNA ενώ ακολουθεί την RNA πολυμερά-
ση. Όταν η ρ φθάσει την RNA πολυμεράση στη φυσαλίδα μεταγραφής σπάει
την υβριδική έλικα RNA-DNA δρώντας όπως μια RNA-DNA ελικάση. Δεδο-
μένης της δομικής και εξελικτικής σύνδεσης, είναι πιθανόν ο μηχανισμός δρά-
σης της πρωτεΐνης ρ να είναι παρόμοιος με εκείνον της συνθάσης της ΑΤΡ, με
το μονόκλωνο RNA να παίζει τον ρόλο της υπομονάδας γ.
Και άλλες πρωτεΐνες εκτός από την ρ μεσολαβούν και συντονίζουν τον τερ-
ματισμό της μεταγραφής. Παραδείγματος χάριν, η πρωτεΐνη nusA βοηθά την
RNA πολυμεράση στην E. coli να αναγνωρίσει μια χαρακτηριστική ομάδα θέ-
σεων τερματισμού. Στην Ε. coli ειδικά σήματα τερματισμού που ονομάζονται
εξασθενιστές ρυθμίζονται για να ικανοποιήσουν τις θρεπτικές ανάγκες του κυτ-
τάρου (Εδάφιο 31.4.1). Ένα κοινό χαρακτηριστικό του τερματισμού που δεν εξαρ-
τάται από πρωτεΐνες και εκείνου που εξαρτάται από πρωτεΐνες είναι ότι τα λειτουρ-
γικά σήματα τερματισμού βρίσκονται στο νεοσυντιθέμενο RNA και όχι στο εκμα-
γείο DNA.
28.1.8 Τα πρόδρομα μόρια του μεταφορικού και του ριβοσωματικού rRNA rRNA rRNA
RNA διασπώνται και τροποποιούνται χημικά μετά τη μεταγραφή 16S tRNA 23S 5S
Στα προκαρυωτικά, τα μόρια του αγγελιαφόρου RNA υφίστανται μικρή ή κα-

μία τροποποίηση μετά τη σύνθεσή τους από την RNA πολυμεράση. Πράγμα- EIKONA 28.13 Πρωτογενές μεταγράφημα.
τι, πολλά μόρια mRNA μεταφράζονται καθώς μεταγράφονται. Αντίθετα, τα μό- Διάσπαση αυτού του μεταγραφήματος παράγει
μόρια rRNA μεγέθους 5S, 16S και 23S. Οι ενδιά-
ρια του μεταφορικού και του ριβοσωματικού RNA δημιουργούνται από σχάσεις και
μεσες περιοχές φαίνονται κίτρινες.
άλλες τροποποιήσεις των νέων αλυσίδων RNA. Παραδείγματος χάριν, στην E.
coli τρία είδη μορίων rRNA και ένα tRNA εξάγονται από ένα μόνο πρωτογε-
νές μεταγράφημα RNA, το οποίο επίσης περιέχει ενδιάμεσες περιοχές (Eι-
OH
κόνα 28.13). Άλλα μεταγραφήματα περιέχουν σειρές από μερικά είδη tRNA HO O
ή μερικά αντίγραφα του ίδιου tRNA. Οι νουκλεάσες οι οποίες διασπούν και
ψαλιδίζουν αυτά τα πρόδρομα μόρια του rRNA και του tRNA είναι εξαιρετι-
κά εξειδικευμένες. Η ριβονουκλεάση Ρ, παραδείγματος χάριν, δημιουργεί το HO O
CH 3
σωστό 5΄-άκρο όλων των μορίων tRNA της E. coli. Το ενδιαφέρον αυτό ένζυ-
2'-O-MÂı˘ÏÔÚÈ‚fi˙Ë
μο περιέχει ένα καταλυτικά ενεργό μόριο RNA. Η ριβονουκλεάση ΙΙΙ εκτέμνει (ÛÙ· Â˘Î·Ú˘ˆÙÈÎ¿)
προδρόμους των rRNA μεγέθους 5 S, 16 S και 23 S από το πρωτογενές μετα-
γράφημα, διασπώντας περιοχές δίκλωνων φουρκετών σε ειδικές θέσεις. H 3C
Ένας δεύτερος τύπος επεξεργασίας είναι η προσθήκη νουκλεοτιδίων στα άκρα
N CH 3
ορισμένων αλυσίδων RNA. Παραδείγματος χάριν, η CCA, μια τελική αλλη-
N
λουχία που απαιτείται για τη λειτουργία όλων των μορίων tRNA, προστίθε-
ται στα 3΄-άκρα των μορίων tRNA που δεν έχουν ήδη αυτήν την τελική αλ- N
N
ληλουχία. Ένας τρίτος τύπος επεξεργασίας είναι η τροποποίηση βάσεων και μο- H
N
νάδων ριβόζης μορίων ριβοσωματικών RNA. Στα προκαρυωτικά, μερικές βά-
6-¢ÈÌÂı˘ÏÔ·‰ÂÓÔÛ›ÓË
σεις του rRNA μεθυλιώνονται. Ασυνήθεις βάσεις βρίσκονται σε όλα τα μόρια (ÛÙ· ÚÔÎ·Ú˘ˆÙÈÎ¿)
tRNA (Εδάφιο 29.1.2). Οι βάσεις αυτές σχηματίζονται με την ενζυμική τρο-
ποποίηση ενός κανονικού ριβονουκλεοτιδίου σε ένα πρόδρομο μόριο tRNA.
Παραδείγματος χάριν, κατάλοιπα ουριδυλικού τροποποιούνται μετά τη μετα-
γραφή σχηματίζοντας ριβοθυμιδυλικό και ψευδοουριδυλικό. Αυτές οι τροποποι-
ήσεις δημιουργούν ποικιλομορφία, επιτρέποντας μεγαλύτερη δομική και λει-
τουργική προσαρμοστικότητα.
O
CH 3
HN
O N H
O ÚÈ‚fi˙Ë
H PÈ‚Ôı˘ÌÈ‰˘ÏÈÎfi
HN
O H O
N
ÚÈ‚fi˙Ë HN NH
O˘ÚÈ‰˘ÏÈÎfi
H O
ÚÈ‚fi˙Ë
æÂ˘‰ÔÔ˘ÚÈ‰˘ÏÈÎfi
28.1.9 Aντιβιοτικά ως αναστολείς της μεταγραφής
Πολλά αντιβιοτικά είναι εξαιρετικά ειδικοί αναστολείς βιολογικών

διεργασιών. Η ριφαμπικίνη και η ακτινομυκίνη είναι δύο αντιβιοτικά
που αναστέλλουν τη μεταγραφή, αν και με τελείως διαφορετικό τρόπο. Η ρι-
890 φαμπικίνη είναι ένα ημισυνθετικό παράγωγο των ριφαμυκινών, οι οποίες παρά-
ΚΕΦΑΛΑΙΟ 28 · Σύνθεση και μάτισμα RNA γονται από ένα στέλεχος Streptomyces.
CH 3 CH 3
HO
H 3C O
CH 3OH O
OH OH CH 3
CH 3
O CH 3
NH
H3C N
H 3CO
N
O N
OH
O
O
CH 3
PÈÊ·ÌÈÎ›ÓË
Το αντιβιοτικό αυτό αναστέλλει ειδικά την έναρξη της σύνθεσης RNA. Η ρι-
φαμπικίνη δεν εμποδίζει τη δέσμευση της RNA πολυμεράσης στο εκμαγείο
DNA. Αντίθετα, παρεμβαίνει στον σχηματισμό του πρώτου φωσφοδιεστερι-
κού δεσμού στην αλυσίδα του RNA. Η δομή ενός συμπλόκου μεταξύ μιας προ-
καρυωτικής RNA πολυμεράσης και της ριφαμπικίνης αποκαλύπτει ότι το αντι-
βιοτικό φράσσει τον δίαυλο μέσα από τον οποίο πρέπει να περάσει το υβρί-
διο RNA-DNA που δημιουργείται από το ένζυμο (Eικόνα 28.14). Η θέση δέ-
σμευσης απέχει 12 Å από το ίδιο το ενεργό κέντρο. Η ριφαμπικίνη δεν εμπο-
δίζει την επιμήκυνση της αλυσίδας όταν έχει αρχίσει, διότι το υβρίδιο RNA-
DNA που ενυπάρχει στο ένζυμο αποτρέπει τη δέσμευση του αντιβιοτικού.
Η ακτινομυκίνη D, ένα πολυπεπτιδικό αντιβιοτικό από ένα διαφορετικό στέ-
λεχος Streptomyces, αναστέλλει τη μεταγραφή με έναν τελείως διαφορετικό
μηχανισμό. Η ακτινομυκίνη D δεσμεύεται ισχυρά και ειδικά στο δίκλωνο ελικοει-
δές DNA και με τον τρόπο αυτό το εμποδίζει να είναι ένα αποτελεσματικό εκμαγείο
για τη σύνθεση RNA. Δεν δεσμεύεται σε μονόκλωνο DNA ή RNA, δίκλωνο
RNA ή υβρίδια RNA-DNA. Τα αποτελέσματα φασματοσκοπικών και υδρο-
δυναμικών μελετών συμπλόκων ακτινομυκίνης D και DNA υποδηλώνουν ότι
ο φαινοξαζονικός δακτύλιος της ακτινομυκίνης παρεμβάλλεται μεταξύ γειτο-
νικών ζευγών βάσεων του DNA.
Αυτός ο τρόπος δέσμευσης ονομάζεται παρεμβολή (intercalation). Σε χαμη-
λές συγκεντρώσεις, η ακτινομυκίνη D αναστέλλει τη μεταγραφή χωρίς να επη-
EIKONA 28.14 Αντιβιοτική δράση. Η ριφαμπι- ρεάζει σημαντικά την αντιγραφή του DNA ή τη σύνθεση πρωτεϊνών. Επομέ-
κίνη δεσμεύεται σε μια θήκη μέσα στον δίαυλο, νως, η ακτινομυκίνη D χρησιμοποιείται ευρέως ως ένας εξαιρετικά εξειδικευμένος
η οποία φυσιολογικά είναι κατειλημμένη από το αναστολέας του σχηματισμού νέου RNA τόσο στα προκαρυωτικά όσο και στα ευ-
νεοσχηματιζόμενο υβρίδιο RNA-DNA. Επομένως,
το αντιβιοτικό εμποδίζει την επιμήκυνση μετά
καρυωτικά κύτταρα. Η ικανότητά της να αναστέλλει την ανάπτυξη ταχέως δι-
από την προσθήκη μόνο δύο ή τριών νουκλεοτι- αιρούμενων κυττάρων την καθιστά έναν αποτελεσματικό θεραπευτικό παρά-
δίων. γοντα στην αντιμετώπιση ορισμένων μορφών καρκίνου.
PÈÊ·ÌÈÎ›ÓË
891
28.2 Η ΕΥΚΑΡΥΩΤΙΚΗ ΜΕΤΑΓΡΑΦΗ ΚΑΙ Η ΜΕΤΑΦΡΑΣΗ ΕΙΝΑΙ
Eυκαρυωτική μεταγραφή και μετάφραση
ΔΙΑΧΩΡΙΣΜΕΝΕΣ ΣΤΟΝ ΧΩΡΟ ΚΑΙ ΣΤΟΝ ΧΡΟΝΟ
Στρέφουμε τώρα την προσοχή μας στη μεταγραφή των ευκαρυωτικών, μια πο-
λύ πιο πολύπλοκη διεργασία από ό,τι στα προκαρυωτικά. Στα ευκαρυωτικά, η
μεταγραφή και η μετάφραση πραγματοποιούνται σε διαφορετικά κυτταρικά διαμερί-
σματα: η μεταγραφή πραγματοποιείται στον περιβαλλόμενο από διπλή μεμ-
βράνη πυρήνα, ενώ η μετάφραση λαμβάνει χώρα στο κυτταρόπλασμα. Στα προ-
καρυωτικά, οι δύο διεργασίες είναι στενά συζευγμένες (Eικόνα 28.15). Πράγ-
ματι, η μετάφραση του βακτηριακού mRNA αρχίζει ενώ το μεταγράφημα ακό-
μη συντίθεται. Ο χωροταξικός και χρονικός διαχωρισμός της μεταγραφής και της
μετάφρασης καθιστούν ικανά τα ευκαρυωτικά να ρυθμίζουν τη γονιδιακή έκφραση με
πολύ πιο περίπλοκους τρόπους, συνεισφέροντας στην αφθονία των ευκαρυωτικών
μορφών και λειτουργιών.
(A) (B)
DNA DNA ¶˘Ú‹Ó·˜
¶ÚˆÙÔÁÂÓ¤˜
ÌÂÙ·ÁÚ¿ÊËÌ·
5' 3'
EÂÍÂÚÁ·Û›·
K˘ÙÔÛfiÏÈÔ
5' 3'
mRNA MÂÙ·ÊÔÚ¿ mRNA
PÈ‚fiÛˆÌ· 3'
5' PÈ‚fiÛˆÌ·
5' NÂÔÛ˘ÓÙÈı¤ÌÂÓË
ÚˆÙÂ˝ÓË NÂÔÛ˘ÓÙÈı¤ÌÂÓË
ÚˆÙÂ˝ÓË
¶POKAPYøTIKO EYKAPYøTIKO
EIKONA 28.15 Μεταγραφή και μετάφραση. Αυτές οι δύο διεργασίες είναι στενά συζευγμένες στα
προκαρυωτικά, ενώ είναι χωροταξικά και χρονικά χωρισμένες στα ευκαρυωτικά. (Α) Στα προκαρυωτικά,
το πρωτογενές μεταγράφημα χρησιμεύει ως mRNA και χρησιμοποιείται αμέσως ως εκμαγείο για τη σύν-
θεση πρωτεϊνών. (Β) Στα ευκαρυωτικά, οι πρόδρομοι του mRNA υφίστανται επεξεργασία και ματίζονται
μέσα στον πυρήνα πριν από τη μεταφορά τους στο κυτταρόπλασμα για μετάφραση σε πρωτεΐνες. [Κατά
J. Darnell, H. Lodish και D. Baltimore. Molecular Cell Biology, 2η έκδοση. (Scientific American Books,
1990), p. 230.]
Μια δεύτερη κύρια διαφορά μεταξύ των προκαρυωτικών και ευκαρυωτικών

είναι η έκταση της επεξεργασίας του RNA. Αν και τόσο τα προκαρυωτικά όσο
και τα ευκαρυωτικά τροποποιούν το tRNA και το rRNA, τα ευκαρυωτικά επε-
ξεργάζονται σε πολύ μεγάλη έκταση το νεοσυντιθέμενο RNA που προορίζεται να γί-
νει mRNA. Πρωτογενή μεταγραφήματα (μόρια προ-mRNA), τα προϊόντα της
δράσης της RNA πολυμεράσης, αποκτούν ένα κάλυμμα στα 5΄-άκρα τους και
μια ουρά πολυ(Α) στα 3΄-άκρα τους. Αυτό που είναι πιο σημαντικό είναι ότι
σχεδόν όλα τα πρόδρομα μόρια του mRNA στα ανώτερα ευκαρωτικά ματίζονται
(Εδάφιο 5.6.1). Τα ιντρόνια εξάγονται με ακρίβεια από τα πρωτογενή μετα-
γραφήματα και τα εξόνια συνδέονται για να σχηματιστούν τα ώριμα μόρια
mRNA με συνεχή μηνύματα. Μερικά μόρια mRNA έχουν μόνο το ένα δέκα-
το του μεγέθους των προδρόμων τους, που μπορεί να είναι 30 kb ή και μεγα-
λύτερο. Ο τύπος του ματίσματος μπορεί να ρυθμίζεται κατά την πορεία της
ανάπτυξης για να δημιουργήσει παραλλαγές σε ένα θέμα, όπως είναι οι μεμ-
βρανικές και οι εκκρινόμενες μορφές μορίων αντισωμάτων. Το εναλλακτικό
μάτισμα αυξάνει την ποικιλία των πρωτεϊνών στα ευκαρυωτικά και αποτελεί
μια καθαρή απεικόνιση του γιατί το πρωτέωμα είναι πολύ πιο πολύπλοκο από
το γονιδίωμα.
892
ΚΕΦΑΛΑΙΟ 28
28.2.1 Tο RNA στα ευκαρυωτικά κύτταρα συντίθεται από τρεις τύπους
RNA πολυμεράσης
Στα προκαρυωτικά, το RNA συντίθεται από ένα μόνο είδος πολυμεράσης.

Αντίθετα, ο πυρήνας ενός ευκαρυωτικού περιέχει τρεις τύπους RNA πολυμε-
ράσης που διαφέρουν ως προς την εξειδίκευση του εκμαγείου τους, τη θέση
τους μέσα στον πυρήνα και την ευαισθησία τους σε αναστολείς (Πίνακας 28.2).
Όλες αυτές οι πολυμεράσες είναι μεγάλες πρωτεΐνες που περιέχουν από 8 έως
14 υπομονάδες και έχουν μια συνολική σχετική μοριακή μάζα μεγαλύτερη από
500 kd. Η RNA πολυμεράση Ι βρίσκεται στους πυρηνίσκους, όπου μεταγράφει
τη διαδοχική σειρά των γονιδίων για τα ριβοσωματικά RNA των 18 S, 5,8 S
και 28 S (Εδάφιο 29.3.1). Το άλλο μόριο ριβοσωματικού RNA (rRNA 5 S, Εδά-
φιο 29.3.1) και όλα τα μόρια μεταφορικού RNA (Εδάφιο 29.1.2) συντίθενται
από την RNA πολυμεράση ΙΙΙ, η οποία βρίσκεται στο πυρηνόπλασμα και όχι
στους πυρηνίσκους. Η RNA πολυμεράση ΙΙ, η οποία επίσης απαντά στο πυρη-
νόπλασμα, συνθέτει τα πρόδρομα μόρια του mRNA καθώς επίσης μερικά μι-
κρά μόρια RNA όπως εκείνα του μηχανισμού ματίσματος (Εδάφιο 28.3.5). Αν
και όλες οι ευκαρυωτικές RNA πολυμεράσες είναι ομόλογες μεταξύ τους και
με την προκαρυωτική RNA πολυμεράση, η RNA πολυμεράση ΙΙ περιέχει μια
μοναδική καρβοξυ-τελική δομική περιοχή στην υπομονάδα των 220 kd. Η δο-
μική αυτή περιοχή είναι ασυνήθης διότι περιέχει πολλαπλές επαναλήψεις μιας
ομόφωνης αλληλουχίας YSPTSPS. Η δραστικότητα της RNA πολυμεράσης ΙΙ
ρυθμίζεται από φωσφορυλιώσεις στα κατάλοιπα σερίνης και θρεονίνης της
καρβοξυ-τελικής δομικής περιοχής. Μια άλλη κύρια διάκριση μεταξύ των πο-
λυμερασών έγκειται στην απόκρισή τους προς την τοξίνη α-αμανιτίνη, ένα κυ-
κλικό οκταπεπτίδιο το οποίο περιέχει μερικά τροποποιημένα αμινοξέα.
HO
CH 2OH
H3C O
H
N
NH
HN
O
HO
O O O
CH 3
N S HN
O HN
H2N CH 3
O C
OH O
HN NH
O N
H
O
·-AÌ·ÓÈÙ›ÓË
ΠΙΝΑΚΑΣ 28.2 Eυκαρυωτικές RNA πολυμεράσες
Tύπος Θέση Kυτταρικά μεταγραφήματα Ευαισθησία στην α-αμανιτίνη

I Πυρηνίσκος rRNA 18 S, 5,8 S και 28 S Aνθεκτική
II Πυρηνόπλασμα πρόδρομα μόρια mRNA Aναστέλλεται ισχυρά
και snRNA
III Πυρηνόπλασμα tRNA και rRNA 5 S Aναστέλλεται από
υψηλές συγκεντρώσεις
893
Η α-αμανιτίνη παράγεται από το δηλητηριώδες μανιτάρι Amanita phaloides, Eυκαρυωτική μεταγραφή και μετάφραση
το οποίο ονομάζεται επίσης κύπελλο θανάτου ή δολοφονικός άγγελος (Eικόνα
28.16). Περισσότεροι από 100 θάνατοι προκαλούνται παγκοσμίως κάθε χρόνο
από την κατανάλωση δηλητηριωδών μανιταριών. Η α-αμανιτίνη δεσμεύεται
πολύ ισχυρά (Kd = 10 nM) στην RNA πολυμεράση ΙΙ, και με τον τρόπο αυτό
εμποδίζει τη φάση επιμήκυνσης της σύνθεσης RNA. Υψηλότερες συγκε-
ντρώσεις α-αμανιτίνης (1 μΜ) αναστέλλουν την πολυμεράση ΙΙΙ, ενώ η πολυ-
μεράση Ι είναι ανθεκτική στην τοξίνη. Αυτό το σχήμα της ευαισθησίας είναι
εξαιρετικά συντηρημένο σε όλο το ζωϊκό και φυτικό βασίλειο.
28.2.2 Στοιχεία με δράση cis και trans: οι κλειδαριές και τα κλειδιά

της μεταγραφής
Τα ευκαρυωτικά γονίδια, όπως τα αντίστοιχα προκαρυωτικά, χρειάζονται προ-

αγωγείς για την έναρξη της μεταγραφής. Κάθε ένας από τους τρεις τύπους πο-
λυμερασών αναγνωρίζει διαφορετικούς προαγωγείς. Η RNA πολυμεράση Ι με-
ταγράφει μόνο από ένα είδος προαγωγέα, ο οποίος υπάρχει μόνο σε γονίδια
rRNA και περικλείει τη θέση έναρξης. Σε μερικά γονίδια, η RNA πολυμε- EIKONA 28.16 Δηλητήριο RNA πολυμεράσης.
ράση ΙΙΙ αποκρίνεται σε προαγωγείς που βρίσκονται στην κανονική ανοδική Το Amanita phaloides, ένα δηλητηριώδες μανιτά-
ρι που παράγει α-αμανιτίνη. [Κατά G. Lincoff και
θέση. Σε άλλα γονίδια, αποκρίνεται σε προαγωγείς που βρίσκονται στα γονί-
D. H. Mitchel, Τoxic and Hollucinogenic
δια καθοδικά της θέσης έναρξης. Οι προαγωγείς για την RNA πολυμεράση ΙΙ Mushroom Poisoning (Van Nostrand Reinhold,
μπορεί να είναι απλοί ή πολύπλοκοι (Εδάφιο 28.2.3). Όπως και στην περίπτω- 1977), p.30.]
ση των προκαρυωτικών, οι προαγωγείς βρίσκονται πάντοτε στο ίδιο μόριο
DNA όπου βρίσκεται και το γονίδιο που ρυθμίζουν. Συνεπώς, οι προαγωγείς
αναφέρονται ως στοιχεία με δράση cis.
Ωστόσο, οι προαγωγείς δεν είναι ο μόνος τύπος στοιχείων DNA που έχουν
δράση cis. Τα ευκαρυωτικά και οι ιοί τους περιέχουν επιπλέον ενισχυτές
(enhancers). Αυτές οι αλληλουχίες DNA, αν και δεν είναι οι ίδιες προαγωγείς,
μπορούν να αυξήσουν σημαντικά την αποτελεσματικότητα των προαγωγέων.
Είναι εξαιρετικά ενδιαφέρον το ότι οι θέσεις των ενισχυτών σχετικά με τους
προαγωγείς δεν είναι καθορισμένες. Οι θέσεις αυτές μπορεί να ποικίλλουν ου-
σιαστικά. Οι ενισχυτές παίζουν καθοριστικό ρόλο στη ρύθμιση της γονιδια-
κής έκφρασης σε ειδικούς ιστούς ή στάδια της ανάπτυξης (Εδάφιο 31.2.4).
Οι αλληλουχίες των στοιχείων του DNA που έχουν δράση cis είναι θέσεις
δέσμευσης πρωτεϊνών, οι οποίες ονομάζονται παράγοντες μεταγραφής. Μια τέ-
τοια πρωτεΐνη συχνά ονομάζεται παράγοντας με δράση trans, διότι μπορεί να
κωδικεύεται από ένα γονίδιο σε ένα μόριο DNA διαφορετικό από εκείνο που
περιέχει το γονίδιο το οποίο ρυθμίζεται. Η δέσμευση ενός παράγοντα μετα-
γραφής στη σχετική αλληλουχία του στο DNA βοηθά την RNA πολυμεράση
να εντοπίσει την κατάλληλη θέση έναρξης. Θα συνεχίσουμε την έρευνά μας
για τη μεταγραφή με την εξέταση αυτών των στοιχείων με δράση cis και trans.
28.2.3 Oι περισσότεροι προαγωγείς για την RNA πολυμεράση II

περιέχουν ένα πλαίσιο TATA κοντά στη θέση έναρξης της μεταγραφής
Οι προαγωγείς για την RNA πολυμεράση ΙΙ, όπως εκείνοι για τις βακτηρια-
κές πολυμεράσες, είναι τοποθετημένοι στην πλευρά 5΄ της θέσης έναρξης της
μεταγραφής. Τα αποτελέσματα πειραμάτων μεταλλαξιγένεσης, μελετών απο-
τύπωσης και συγκρίσεις πολλών γονιδίων ανώτερων ευκαρυωτικών οργανι- 5' T82 A97 T93 A85 A63 A88 A50 3'
σμών έχουν δείξει τη σημασία αρκετών περιοχών ανοδικά της θέσης έναρξης. ¶Ï·›ÛÈÔ TATA
Για τα περισσότερα γονίδια που μεταγράφονται από την RNA πολυμεράση ΙΙ
το πιο σημαντικό στοιχείο με δράση cis ονομάζεται πλαίσιο ΤΑΤΑ με βάση EIKONA 28.17 Πλαίσιο ΤΑΤΑ. Συγκρίσεις των
αλληλουχιών περισσότερων από 100 ευκαρυωτι-
την ομόφωνη αλληλουχία του (Eικόνα 28.17). Το πλαίσιο ΤΑΤΑ επικεντρώ- κών προαγωγέων οδήγησαν στην ομόφωνη αλλη-
νεται συνήθως μεταξύ των θέσεων –30 και –100. Επισημαίνεται ότι το ευκα- λουχία που φαίνεται. Οι δείκτες σημειώνουν τη
ρυωτικό πλαίσιο ΤΑΤΑ μοιάζει πολύ με την προκαρυωτική αλληλουχία –10 συχνότητα (%) της βάσης σε κάθε θέση.
894
ΚΕΦΑΛΑΙΟ 28
(ΤΑΤΑΑΤ), αλλά βρίσκεται πολύ μακρύτερα από τη θέση έναρξης. Η μετάλ-
λαξη μίας μόνον βάσης στο πλαίσιο ΤΑΤΑ μειώνει σημαντικά τη δραστικό-
τητα του προαγωγέα. Επομένως, το σημαντικό στοιχείο είναι η ακριβής αλ-
ληλουχία και όχι απλώς η περιεκτικότητα σε ΑΤ.
Το πλαίσιο ΤΑΤΑ είναι απαραίτητο αλλά όχι αρκετό για ισχυρή δραστι-
κότητα προαγωγέα. Πρόσθετα στοιχεία είναι τοποθετημένα μεταξύ των θέσε-
5' G G NC A A T C T 3' ων –40 και –150. Πολλοί προαγωγείς περιέχουν ένα πλαίσιο CAAT και μερι-
¶Ï·›ÛÈÔ CAAT κοί άλλοι ένα πλαίσιο GC (Eικόνα 28.18). Ιδιοσυστατικά γονίδια (γονίδια τα οποία
5' G G GC G G 3'
εκφράζονται συνεχώς και δεν ρυθμίζονται) τείνουν να φέρουν πλαίσια GC
¶Ï·›ÛÈÔ GC στους προαγωγείς τους. Οι θέσεις αυτών των ανοδικών αλληλουχιών ποικίλ-
λουν από τον ένα στον άλλο προαγωγέα, σε αντίθεση με τη μάλλον σταθερή
EIKONA 28.18 Πλαίσιο CAAT και πλαίσιο GC. τοποθεσία της αλληλουχίας –35 των προκαρυωτικών. Μια άλλη διαφορά είναι
Ομόφωνες αλληλουχίες των πλαισίων CAAT και
GC ευκαρυωτικών προαγωγέων για πρόδρομα μό-
ότι τα πλαίσια CAAT και GC μπορεί να είναι αποτελεσματικά όταν βρίσκο-
ρια mRNA. νται στον κλώνο-εκμαγείο (αντινοηματικό), σε αντίθεση με την αλληλουχία
–35, η οποία πρέπει να βρίσκεται στο κωδικεύοντα (νοηματικό) κλώνο. Οι δια-
φορές αυτές μεταξύ προκαρυωτικών και ευκαρυωτικών αντανακλούν ουσια-
στικά διαφορετικούς μηχανισμούς για την αναγνώριση στοιχείων με δράση
cis. Οι αλληλουχίες –10 και –35 των προκαρυωτικών προαγωγέων αντιστοι-
–50 –30 –10 +10 +30
χούν σε θέσεις δέσμευσης της RNA πολυμεράσης και του σχετιζόμενου με
αυτή παράγοντα σ. Αντίθετα, τα πλαίσια ΤΑΤΑ, CAAT και GC καθώς και άλ-
D λα στοιχεία με δράση cis στους ευκαρυωτικούς προαγωγείς, αναγνωρίζονται
TATAAA
από πρωτεΐνες διαφορετικές από την ίδια την RNA πολυμεράση.
EÎÌ·ÁÂ›Ô DNA
28.2.4 H πρωτεΐνη που δεσμεύεται στο πλαίσιο TATA αρχίζει τη

D συναρμολόγηση του ενεργού συμπλόκου μεταγραφής
A TATAAA
Τα στοιχεία με δράση cis αποτελούν μέρος μόνο του γρίφου της ευκαρυωτικής
γονιδιακής έκφρασης. Χρειάζονται επίσης παράγοντες μεταγραφής που δε-
D B σμεύονται στα στοιχεία αυτά. Παραδείγματος χάριν, η RNA πολυμεράση ΙΙ
A TATAAA
οδηγείται στη θέση έναρξης από ένα σύνολο παραγόντων μεταγραφής που εί-
ναι γνωστοί συλλογικά ως TFII (τα αρχικά TF προέρχονται από τις λέξεις
transcription factors = παράγοντες μεταγραφής, και το ΙΙ αναφέρεται στην RNA
D B πολυμεράση ΙΙ). Ξεχωριστοί παράγοντες TFII ονομάζονται TFIIA, TFIIB κ.λπ.
A TATAAA Η έναρξη αρχίζει με τη δέσμευση του TFIID στο πλαίσιο ΤΑΤΑ (Eικόνα
F
28.19).
Το καθοριστικό αρχικό γεγονός είναι η αναγνώριση του πλαισίου ΤΑΤΑ
από την πρωτεΐνη που δεσμεύεται στο πλαίσιο ΤΑΤΑ (ΤΒΡ), ένα συστατικό
D B 30 kd του συμπλόκου TFIID των 700 kd. Η ΤΒΡ δεσμεύεται 105 φορές πιο
A TATAAA ισχυρά στο πλαίσιο ΤΑΤΑ από ό,τι σε μη σχετικές αλληλουχίες. Η σταθερά
F
RNA ÔÏ˘ÌÂÚ¿ÛË II
διάστασης του συγκεκριμένου συμπλόκου είναι περίπου 1 nM. Η ΤΒΡ είναι
μια πρωτεΐνη με σχήμα σέλας που αποτελείται από δύο όμοιες δομικές πε-
ριοχές (Εδάφιο 7.3.3, Eικόνα 28.20). Το πλαίσιο ΤΑΤΑ του DNA δεσμεύεται
στην κοίλη επιφάνεια της ΤΒΡ. Η δέσμευση αυτή επάγει μεγάλες αλλαγές της
D B στερεοδιάταξης του δεσμευμένου DNA. Η δίκλωνη έλικα ξετυλίγεται αρκε-
A TATAAA E τά ώστε να διευρύνει τη μικρή της αύλακα, διευκολύνοντας την εκτεταμένη επα-
F
φή με τους αντιπαράλληλους κλώνους β της κοίλης πλευράς της ΤΒΡ. Υδρο-
RNA ÔÏ˘ÌÂÚ¿ÛË II
φοβικές αλληλεπιδράσεις είναι κυρίαρχες στην επιφάνεια επαφής. Τέσσερα
κατάλοιπα φαινυλαλανίνης, παραδείγματος χάριν, περιλαμβάνονται μεταξύ
EIKONA 28.19 Έναρξη της μεταγραφής. Οι
παράγοντες μεταγραφής TFIIA, B, D, E και F εί-
των ζευγών βάσεων του πλαισίου ΤΑΤΑ. Γενικά, η ευλυγισία των αλληλου-
ναι ουσιώδεις για την έναρξη της μεταγραφής χιών που είναι πλούσιες σε ζεύγη ΑΤ αξιοποιείται εδώ για την κάμψη του
από την RNA πολυμεράση ΙΙ. Η βήμα-προς-βήμα DNA. Αμέσως έξω από το πλαίσιο ΤΑΤΑ επανασυνδέεται η κλασική δομή
συναρμολόγηση αυτών των γενικών παραγόντων του Β-DNA. Αυτό το σύμπλοκο είναι σαφώς ασύμμετρο. Η ασυμμετρία είναι
μεταγραφής αρχίζει με τη δέσμευση του TFIID
(πορφυρό) στο πλαίσιο ΤΑΤΑ. Το βέλος σημειώνει
κρίσιμη για να εξειδικεύσει μια μοναδική θέση έναρξης και για να εξασφα-
τη θέση έναρξης της μεταγραφής. [Κατά L. λίσει την εξέλιξη της μεταγραφής προς μία μόνο κατεύθυνση.
Guarente. Trends Genet. 8(1992):28.]
895
Η ΤΒΡ που δεσμεύεται στο πλαίσιο ΤΑΤΑ είναι η καρδιά του συμπλόκου έναρ- Eυκαρυωτική μεταγραφή και μετάφραση
ξης (βλ. Eικόνα 28.19). Η επιφάνεια της σέλας της ΤΒΡ παρέχει θέσεις για την
πρόσδεση και άλλων συστατικών (Eικόνα 28.21). Πρόσθετοι παράγοντες με-
ταγραφής συναρμολογούνται στον πυρήνα αυτόν με μια ορισμένη σειρά. Πρώ-
τα στρατολογείται ο TFIIA, ακολουθούμενος από τον TFIIB και στη συνέχεια
τον TFIIF — μια ελικάση εξαρτώμενη από την ΑΤΡ, που αρχικά χωρίζει τους
δύο κλώνους του DNA για την πολυμεράση. Τελικά, η RNA πολυμεράση ΙΙ
και στη συνέχεια ο TFIIE ενώνονται με τους άλλους παράγοντες για να σχη-
ματίσουν ένα σύμπλοκο που ονομάζεται βασικός μηχανισμός μεταγραφής. Κά-
ποια στιγμή κατά τον σχηματισμό του συμπλόκου αυτού η καρβοξυ-τελική δο-
μική περιοχή της πολυμεράσης φωσφορυλιώνεται στα κατάλοιπα της σερίνης
και θρεονίνης, μια διεργασία που απαιτείται για μια επιτυχημένη έναρξη. Η
σημασία της καρβοξυ-τελικής δομικής περιοχής τονίζεται από την ανακάλυ-
ψη ότι ζυμομύκητες που περιέχουν μεταλλαγμένη RNA πολυμεράση ΙΙ με λι-
EIKONA 28.20 Το σύμπλοκο που σχη-
γότερες από 10 επαναλήψεις δεν είναι βιώσιμοι. Οι περισσότεροι από τους πα-
ματίζεται από την πρωτεΐνη η οποία δεσμεύε-
ράγοντες μεταγραφής ελευθερώνονται πριν η πολυμεράση αφήσει τον προα- ται στο πλαίσιο ΤΑΤΑ. Η δομή της πρωτεΐνης
γωγέα και στη συνέχεια μπορούν να συμμετάσχουν σε έναν άλλο κύκλο έναρ- που μοιάζει με σέλα κάθεται σε ένα τμήμα DNA
ξης. που είναι αρκετά ξετυλιγμένο και λυγισμένο.
¶ÚˆÙÂ˝ÓË Ô˘ ÚÔÛ‰¤ÓÂÙ·È ÛÙÔ Ï·›ÛÈÔ TATA
TFIIA
EIKONA 28.21 Συναρμολόγηση του συμπλόκου έναρξης. Ένα τριπλό σύμπλοκο μεταξύ της
πρωτεΐνης που δεσμεύεται στο πλαίσιο ΤΑΤΑ (πορφυρό), του TFIIA (πορτοκαλί) και του DNA. Ο TFIIA
αλληλεπιδρά αρχικά με την άλλη πρωτεΐνη.
Αν και τα βακτήρια δεν έχουν ΤΒΡ, τα αρχαία χρησιμοποιούν ένα μό-

ριο ΤΒΡ το οποίο είναι δομικά παρόμοιο με την ευκαρυωτική πρω-
τεΐνη. Πράγματι, διεργασίες μεταγραφικού ελέγχου στα αρχαία είναι, γενικά,
πολύ πιο όμοιες με εκείνες των ευκαρυωτικών από ό,τι είναι οι διεργασίες των
βακτηρίων. Πολλά συστατικά της ευκαρυωτικής μεταγραφικής μηχανής έχουν
εξελιχθεί από έναν πρόγονο των αρχαίων.
28.2.5 Πολλοί παράγοντες μεταγραφής αλληλεπιδρούν με

ευκαρυωτικούς προαγωγείς
Το βασικό μεταγραφικό σύμπλοκο που περιγράφηκε στο Εδάφιο 28.2.4 αρχί-

ζει τη μεταγραφή με σχετικά χαμηλή συχνότητα. Πρόσθετοι παράγοντες με-
ταγραφής οι οποίοι δεσμεύονται σε άλλες θέσεις χρειάζονται για την επίτευ-
ξη υψηλών ρυθμών σύνθεσης RNA και για την επιλεκτική διέγερση ειδικών
γονιδίων. Ενισχυτικές θέσεις ανοδικά του μηνύματος ευκαρυωτικών γονιδίων
ποικίλλουν τόσο ως προς την αλληλουχία όσο και ως προς τη θέση. Η ποικι-
λία τους υποδηλώνει ότι αναγνωρίζονται από πολλές διαφορετικές ειδικές
πρωτεΐνες. Πράγματι, πολλοί παράγοντες μεταγραφής έχουν απομονωθεί και
οι θέσεις δέσμευσής τους έχουν προσδιοριστεί με πειράματα αποτύπωσης (Eι-
κόνα 28.22). Παραδείγματος χάριν, ο Sp1, μια πρωτεΐνη περίπου 100 kd από
–200 –100 +1
896
ΚΕΦΑΛΑΙΟ 28 · Σύνθεση και μάτισμα RNA
Ÿ„ÈÌÔ RNA ¶ÚÒÈÌÔ RNA
SV40
¶Ï·›ÛÈÔ GC
RNA
(A) DHFR
°ÔÓ›‰ÈÔ
RNA
ıÂÚÌÈÎ‹˜ TATA
Î·Ù·ÏËÍ›·˜
(B) ™ÙÔÈ¯Â›Ô ıÂÚÌÈÎ‹˜ Î·Ù·ÏËÍ›·˜
EIKONA 28.22 Περιοχές πρόσδεσης παραγό- κύτταρα θηλαστικών, προσδένεται σε προαγωγείς που περιέχουν πλαίσια GC.
ντων μεταγραφής. Αυτές οι πολλαπλές θέσεις Το δίκλωνο DNA του ιού SV40 (ενός καρκινογόνου ιού που μολύνει κύτταρα
πρόσδεσης παραγόντων μεταγραφής χαρτογραφή-
θηκαν με αποτύπωση. (Α) Πρόσδεση του Sp1
πιθήκων) περιέχει πέντε πλαίσια GC σε περιοχές 50 έως 100 bp ανοδικά ή κα-
(πράσινο) σε ιικό προαγωγέα του SV40 και στον θοδικά των θέσεων έναρξης της μεταγραφής. Ο παράγοντας μεταγραφής που δε-
προαγωγέα για την αναγωγάση του διυδροφυλλι- σμεύεται στη θέση CCAAT (CTFØ ονομάζεται και NF1), μια πρωτεΐνη 60 kd
κού (DHFR). (B) Πρόσδεση του HSTF (μπλε) σε από κύτταρα θηλαστικών, προσδένεται στο πλαίσιο CAAT. Ένας παράγοντας
έναν προαγωγέα θερμικής καταπληξίας της
μεταγραφής θερμικής καταπληξίας (HSTF) εκφράζεται στη Drosophila μετά από
Drosophila. [Κατά W.S. Dynan και R. Tjan,
Nature, 316(1985):774.] απότομη αύξηση της θερμοκρασίας. Αυτή η πρωτεΐνη των 93 kd που δεσμεύ-
εται σε DNA αναγνωρίζει την αλληλουχία:
5΄-CNNGAANNTCCNNG-3΄
Υπάρχουν αρκετά αντίγραφα της αλληλουχίας αυτής, γνωστής ως στοιχείο από-

κρισης στη θερμική καταπληξία, που αρχίζουν 15 bp ανοδικά του πλαισίου ΤΑ-
ΤΑ. Ο HSTF διαφέρει από την σ32, μια πρωτεΐνη θερμικής καταπληξίας της
E. coli (Εδάφιο 28.1.2) ως προς το ότι δεσμεύεται άμεσα σε στοιχεία απόκρι-
σης προαγωγέων θερμικής καταπληξίας αντί να συνδέεται πρώτα με την RNA
πολυμεράση.
28.2.6 Eνισχυτικές αλληλουχίες μπορούν να διεγείρουν τη μεταγραφή

σε θέσεις έναρξης που βρίσκονται χιλιάδες βάσεις μακριά
Οι δραστικότητες πολλών προαγωγέων στα ανώτερα ευκαρυωτικά αυξάνονται

σημαντικά από ένα άλλο είδος στοιχείου με δράση cis, το οποίο ονομάζεται
ενισχυτής. Οι αλληλουχίες ενισχυτών δεν έχουν δική τους δραστικότητα προ-
αγωγέα. Μπορούν όμως να ασκήσουν τις διεγερτικές δράσεις τους από αποστάσεις
μερικών χιλιάδων βάσεων. Μπορούν να βρίσκονται ανοδικά, καθοδικά, ή ακόμη και
στη μέση ενός γονιδίου που έχει μεταγραφεί. Ακόμη, οι ενισχυτές είναι αποτελε-
σματικοί όταν υπάρχουν σε οποιαδήποτε αλυσίδα του DNA (ισότιμα και σε
κάθε κατεύθυνση). Οι ενισχυτές των ζυμομυκήτων είναι γνωστοί ως ανοδικές
ενισχυτικές αλληλουχίες (upstream activator sequences, UAS).
Ένας συγκεκριμένος ενισχυτής είναι αποτελεσματικός μόνο σε ορισμένα

κύτταρα. Παραδείγματος χάριν, ο ενισχυτής της ανοσοσφαιρίνης λει-
τουργεί στα λεμφοκύτταρα Β αλλά όχι σε άλλα. Καρκίνος μπορεί να προκύ-
ψει εάν η σχέση μεταξύ γονιδίων και ενισχυτών διακοπεί. Στο λέμφωμα Burkitt
και τη λευχαιμία κυττάρων Β μια χρωμοσωματική μετατόπιση φέρνει το
πρωτο-ογκογονίδιο myc (που κωδικεύει έναν παράγοντα μεταγραφής) υπό τον
έλεγχο ενός ισχυρού ενισχυτή ανοσοσφαιρίνης. Η επακόλουθη απορρύθμιση
του γονιδίου myc πιστεύεται ότι παίζει ρόλο στην πρόοδο του καρκίνου.
Παράγοντες μεταγραφής και άλλες πρωτεΐνες που προσδένονται σε ρυθμιστικές
θέσεις του DNA μπορούν να θεωρηθούν ως κωδικοί αριθμοί που συνεργειακά ανοί-
γουν πολλαπλές κλειδαριές, δίνοντας πρόσβαση στην RNA πολυμεράση για ειδικά
897
γονίδια. Η ανακάλυψη των προαγωγέων και των ενισχυτών έχει ανοίξει την Eπεξεργασία των προϊόντων της μεταγραφής
πόρτα για την κατανόηση του πώς γονίδια εκφράζονται επιλεκτικά στα ευκα-
ρυωτικά κύτταρα. Η ρύθμιση της μεταγραφής γονιδίων, η οποία περιγράφεται
στο Κεφάλαιο 31, αποτελεί τον θεμελιώδη τρόπο για τον έλεγχο της γονιδια-
κής έκφρασης.
28.3 ΤΑ ΠΡΟΪΟΝΤΑ ΤΗΣ ΜΕΤΑΓΡΑΦΗΣ ΚΑΙ ΤΩΝ ΤΡΙΩΝ

ΕΥΚΑΡΥΩΤΙΚΩΝ ΠΟΛΥΜΕΡΑΣΩΝ ΥΦΙΣΤΑΝΤΑΙ ΕΠΕΞΕΡΓΑΣΙΑ
Ουσιαστικά, όλα τα αρχικά προϊόντα της μεταγραφής στα ευκαρυωτικά υφί-

στανται περαιτέρω επεξεργασία. Παραδείγματος χάριν, πρόδρομα μόρια
tRNA μετατρέπονται σε ώριμα μόρια tRNA μετά από μια σειρά μεταβολών:
διάσπαση μιας αλληλουχίας-οδηγού του 5΄-άκρου, μάτισμα για την αφαίρεση
του ιντρονίου, αντικατάσταση της 3΄-τελικής αλληλουχίας από την αλληλου-
χία CCA και τροποποίηση μερικών βάσεων (Eικόνα 28.23). Μια σειρά από έν-
ζυμα μπορεί να δρουν στην αλυσίδα του ριβονουκλεϊκού οξέος ή στις βάσεις
που το αποτελούν για να επιτύχουν το τελικό προϊόν.
3' 3'
OH OH
U A
C
£¤ÛË ‰¤ÛÌÂ˘ÛË˜
O‰ËÁfi˜ U ·ÌÈÓÔÍ¤Ô˜
A C
5' G U U A U C A G U U A A U U G A
A
C G
U A 5' P C G
C G U A
U G C G
C G U G
G C C G
G C U C Am G C
U
C C C G C G C U C Am
U G G C C C G C
U A A G G G C G D G U C
G A C C G Cm U y C D A A G G G C G
A C C Gm C
U A Gm Cm T y
G A G G C D A
U A G G G A G G C m
U U A D A G G
C G A
D D C G
A U
A U EIKONA 28.23 Επεξεργασία πρόδρομων
A U
G C
EÂÍÂÚÁ·Û›·
A U μορίων μεταφορικού RNA. Η μετατροπή
A U A G C
C A y ενός πρόδρομου μορίου tRNA ζυμομυκήτων
A A
C σε ώριμο tRNA χρειάζεται την αφαίρεση
U A 1
G G U A
C ενός ιντρονίου 14 νουκλεοτιδίων (κίτρινο),
G y A
U A
A U τη διάσπαση μιας αλληλουχίας του 5΄-
A C IÓÙÚfiÓÈÔ AÓÙÈÎˆ‰›ÎÈÔ
U A άκρου (πράσινο) και την αφαίρεση του UU
U C με την προσάρτηση της αλληλουχίας CCA
U A C
στο 3΄-άκρο (κόκκινο). Επιπλέον, μερικές
¶ÚÒÈÌÔ ÌÂÙ·ÁÚ¿ÊËÌ· flÚÈÌÔ tRNA βάσεις τροποποιούνται.
28.3.1 Tα άκρα του μεταγραφήματος του προ-mRNA αποκτούν ένα

5’-κάλυμμα και μια ουρά 3’-πολυ(A)
Ίσως το προϊόν της μεταγραφής που υφίσταται την πιο εκτεταμένη τροποποί-
ηση να είναι εκείνο της RNA πολυμεράσης ΙΙ: το μεγαλύτερο μέρος αυτού
του RNA υφίσταται επεξεργασία σε mRNA. Το άμεσο προϊόν μιας RNA πο-
λυμεράσης μερικές φορές αναφέρεται ως προ-mRNA. Τα περισσότερα μόρια
προ-mRNA ματίζονται για την αφαίρεση των ιντρονίων. Επιπλέον, τα 5΄- και
3΄-άκρα τους τροποποιούνται, και αυτές οι μεταβολές διατηρούνται καθώς το
προ-mRNA μετατρέπεται σε mRNA (Εδάφιο 28.3.3). Όπως στα προκαρυωτι-
κά, η ευκαρυωτική μεταγραφή συνήθως αρχίζει με Α ή G. Ωστόσο, το τριφω-
σφορικό 5΄-άκρο της νεοσυντιθέμενης αλυσίδας RNA τροποποιείται αμέσως.
Στην αρχή ελευθερώνεται μια φωσφορική ομάδα με υδρόλυση. Στη συνέχεια,
το διφωσφορικό 5΄-άκρο προσβάλλει το α-άτομο του φωσφόρου μιας GTP για
να σχηματιστεί ένας πολύ ασυνήθης 5΄-5΄ τριφωσφορικός σύνδεσμος. Αυτό το
CH 3
MÂı˘ÏÈˆÌ¤ÓË
O
διάκριτο άκρο ονομάζεται κάλυμμα (Eικόνα 28.24). Στη συνέχεια, το άζωτο Ν-
ÛÙ· Î·Ï‡ÌÌ·Ù· +
0, 1 Î·È 2 N 7 της ακραίας γουανίνης μεθυλιώνεται από την S-αδενοσυλομεθειονίνη για να
– O
O NH σχηματιστεί το κάλυμμα 0. Οι παρακείμενες ριβόζες μπορούν να μεθυλιωθούν
P 5' N και να σχηματιστεί το κάλυμμα 1 ή το κάλυμμα 2. Σε αντίθεση με το αγγελια-
O O
O N φόρο RNA και μικρά μόρια RNA που συμμετέχουν στο μάτισμα, τα μόρια του
O NH2
P – μεταφορικού και του ριβοσωματικού RNA δεν έχουν καλύμματα. Τα καλύμ-
O
O HO OH ματα συμβάλλουν στη σταθερότητα των μορίων mRNA, προστατεύοντας τα
O
P – 5΄-άκρα τους από τη δράση φωσφατασών και νουκλεασών. Επιπλέον, τα κα-
O
5' O λύμματα ενισχύουν τη μετάφραση του mRNA από τα ευκαρυωτικά συστήμα-
‚¿ÛË τα σύνθεσης πρωτεϊνών (Υποκεφάλαιο 29.5).
O
Όπως αναφέρθηκε νωρίτερα, το προ-mRNA τροποποιείται επίσης στο 3΄-
άκρο. Τα περισσότερα ευκαρυωτικά mRNA περιέχουν μια πολυαδενυλική, πολυ(Α),
O O O ουρά σε αυτό το άκρο, η οποία προστίθεται μετά τον τερματισμό της μεταγραφής.
– CH 3
O P MÂı˘ÏÈˆÌ¤ÓË
Επομένως, το DNA δεν κωδικεύει αυτήν την ουρά πολυ(Α). Στην πραγματικό-
ÛÙ· Î·Ï‡ÌÌ·Ù·
O 1 Î·È 2 τητα, το νουκλεοτίδιο που προηγείται της ουράς πολυ(Α) δεν είναι το τελευταίο
‚¿ÛË νουκλεοτίδιο που μεταγράφεται. Μερικά πρωτογενή μεταγραφήματα περιέχουν
O
εκατοντάδες νουκλεοτίδια πέρα από το 3΄-άκρο του ώριμου mRNA.
Πώς όμως το 3΄-άκρο του προ-mRNA παίρνει την τελική μορφή του; Ευ-
O O O CH
καρυωτικά πρωτογενή μεταγραφήματα διασπώνται από μια ειδική ενδονουκλεάση, η
– 3
O P οποία αναγνωρίζει την αλληλουχία AAUAAA (Eικόνα 28.25). Η διάσπαση δεν γί-
MÂı˘ÏÈˆÌ¤ÓË
O ÛÙÔ Î¿Ï˘ÌÌ· 2 νεται εάν αφαιρεθεί η αλληλουχία αυτή ή ένα τμήμα 20 νουκλεοτιδίων από το
3΄-άκρο. Η παρουσία εσωτερικών αλληλουχιών AAUAAA σε ορισμένα ώρι-
μα μόρια mRNA δείχνει ότι η AAUAAA είναι μόνο ένα μέρος του σήματος
EIKONA 28.24 Καλύπτοντας το 5΄-άκρο. Κα-
λύμματα στο 5΄-άκρο ευκαρυωτικού mRNA περι- διάσπασηςØ αυτό που επίσης είναι σημαντικό είναι το περιβάλλον της. Μετά
λαμβάνουν 7-μεθυλογουανυλικό (κόκκινο) προ- τη διάσπαση από την ενδονουκλεάση, μια πολυ(Α) πολυμεράση προσθέτει πε-
σαρτημένο με έναν τριφωσφορικό σύνδεσμο στη ρίπου 250 αδενυλικά κατάλοιπα στο 3΄-άκρο του μεταγραφήματος. Στην αντί-
ριβόζη του 5΄-άκρου. Καμία από τις ριβόζες δεν
δραση αυτή η ΑΤΡ είναι ο δότης αδενυλικών.
είναι μεθυλιωμένη στο κάλυμμα 0, μία είναι με-
θυλιωμένη στο κάλυμμα 1 και οι δύο είναι μεθυ- Ο ρόλος της ουράς πολυ(Α) δεν έχει ακόμη διευκρινιστεί με βεβαιότητα,
λιωμένες στο κάλυμμα 2. παρά τις μεγάλες προσπάθειες. Ωστόσο, συσσωρεύονται ολοένα και περισ-
σότερες ενδείξεις ότι ενισχύει την αποτελεσματικότητα της μετάφρασης και
τη σταθερότητα του mRNA. Η παρεμπόδιση της σύν-
EÎÌ·ÁÂ›Ô DNA θεσης της ουράς πολυ(Α) μετά από έκθεση σε 3΄-δε-
οξυαδενοσίνη (κορδυσεπίνη) δεν παρεμβαίνει στη σύν-
θεση του πρωτογενούς μεταγραφήματος. Το μόριο
5' K¿Ï˘ÌÌ· AAUAAA
αγγελιαφόρου RNA που δεν έχει ουρά πολυ(Α) μπο-
NÂÔÛ˘ÓÙÈı¤ÌÂÓÔ RNA ™‹Ì· ‰È¿Û·ÛË˜
ρεί να μεταφέρεται έξω από τον πυρήνα. Ένα μόριο
¢È¿Û·ÛË ·fi mRNA, όμως, που δεν έχει ουρά πολυ(Α) συνήθως
ÂÈ‰ÈÎ‹ ÂÓ‰ÔÓÔ˘ÎÏÂ¿ÛË
είναι πολύ λιγότερο αποτελεσματικό ως εκμαγείο
για σύνθεση πρωτεϊνών από ό,τι αυτό που έχει ουρά
ATP
¶ÚÔÛı‹ÎË Ô˘Ú¿˜ ·fi πολυ(Α). Πράγματι, μερικά μόρια mRNA αποθηκεύ-
ÙËÓ ÔÏ˘(A) ÔÏ˘ÌÂÚ¿ÛË ονται με μια μη αδενυλιωμένη μορφή και αποκτούν
PPi
την ουρά πολυ(Α) μόνον όταν επίκειται μετάφραση.
5' K¿Ï˘ÌÌ· AAUAAA A A A A A(A)n OH 3' Η περίοδος ημιζωής ενός μορίου mRNA μπορεί να
¶ÔÏ˘·‰ÂÓ˘ÏÈˆÌ¤ÓÔ Úfi‰ÚÔÌÔ mRNA προσδιοριστεί εν μέρει από τον ρυθμό αποικοδόμη-
σης της ουράς πολυ(Α).
EIKONA 28.25 Πολυαδενυλίωση ενός πρωτο- 28.3.2 Ο μηχανισμός διόρθωσης του RNA αλλάζει τις πρωτεΐνες που
γενούς μεταγραφήματος. Μια ειδική ενδονου-
κλεάση διασπά το RNA καθοδικά του AAUAAA.
κωδικεύονται από το mRNA
Στη συνέχεια η πολυ(Α) πολυμεράση προσθέτει
περίπου 250 κατάλοιπα αδενυλικών. Το περιεχόμενο της αλληλουχίας μερικών μορίων mRNA αλλάζει μετά τη με-
ταγραφή. Διόρθωση RNA (RNA editing) είναι ο όρος για μια αλλαγή της αλ-
ληλουχίας των βάσεων του RNA μετά τη μεταγραφή με διεργασίες διαφορε-
τικές του ματίσματος. Η διόρθωση RNA είναι χαρακτηριστική σε μερικά συ-
στήματα που έχουν ήδη συζητηθεί. Η απολιποπρωτεΐνη Β (apo-B) παίζει ση-
μαντικό ρόλο στη μεταφορά τριακυλογλυκερολών και χοληστερόλης σχημα-
899
τίζοντας ένα αμφιπαθές σφαιρικό κέλυφος γύρω από τα λιπίδια που μεταφέ- Eπεξεργασία των προϊόντων της μεταγραφής
ρονται στα σωμάτια λιποπρωτεΐνης (Εδάφιο 26.3.1). Η απολιποπρωτεΐνη B
υπάρχει σε δύο μορφές, μια απολιποπρωτεΐνη B-100 512 kd και μια απολιπο-
πρωτεΐνη B-48 240 kd. Η μεγαλύτερη μορφή, η οποία συντίθεται στο ήπαρ, συμ-
™˘Ó·ÚÌÔÏfiÁËÛË ¶ÚfiÛ‰ÂÛË
μετέχει στη μεταφορά λιπιδίων που συντίθενται μέσα στο κύτταρο. Η μικρό- ÏÈÔÚˆÙÂ˝ÓË˜ ˘Ô‰Ô¯¤· LDL
τερη μορφή, η οποία συντίθεται στο λεπτό έντερο, μεταφέρει τροφικό λίπος
με τη μορφή χυλομικρών. Η απολιποπρωτεΐνη B-48 περιέχει τα 2152 κατάλοι- 1 4536
πα του αμινο-τελικού άκρου της απολιποπρωτεΐνης B-100, η οποία περιέχει συ- AoÏÈÔÚˆÙÂ˝ÓË B-100
νολικά 4536 κατάλοιπα. Αυτό το κολοβό μόριο μπορεί να σχηματίσει σωμάτια
λιποπρωτεΐνης, αλλά δεν μπορεί να δεσμευθεί στους υποδοχείς των λιποπρω- MÂÙ¿ÊÚ·ÛË
τεϊνών χαμηλής πυκνότητας των κυτταρικών μεμβρανών. Ποια είναι η βιοσυν-

θετική σχέση αυτών των δύο μορφών απολιποπρωτεΐνης B; Μια πιθανότητα a 5' CAA 3'
mRNA Ô˘ ‰ÂÓ ¤¯ÂÈ ‰ÈÔÚıˆıÂ›
priori είναι ότι η απολιποπρωτεΐνη B-48 παράγεται από την πρωτεολυτική διά-
σπαση της απολιποπρωτεΐνης B-100. Μια άλλη εξήγηση είναι ότι οι δύο μορ-
¢ÈfiÚıˆÛË RNA
φές προκύπτουν από εναλλακτικό μάτισμα (Εδάφιο 28.3.6). Τα πειραματικά απο- ÌÂ ··Ì›ÓˆÛË
+
NH4
τελέσματα δείχνουν ότι τίποτε από αυτά δεν συμβαίνει. Ένας εντελώς απρό-
βλεπτος και νέος μηχανισμός για τη δημιουργία ποικιλομορφίας βρίσκεται σε
5' UAA 3'
δράση: η αλλαγή της νουκλεοτιδικής αλληλουχίας του mRNA μετά τη σύνθεσή του
mRNA Ô˘ ¤¯ÂÈ ‰ÈÔÚıˆıÂ›
(Eικόνα 28.26). Ένα ειδικό κατάλοιπο κυτιδίνης του mRNA απαμινώνεται σε ουρι-
δίνη, γεγονός που αλλάζει το κωδίκιο του καταλοίπου 2153 από CAA (Gln) σε UAA MÂÙ¿ÊÚ·ÛË
(τερματισμού). Η απαμινάση που καταλύει την αντίδραση αυτή υπάρχει στο λε-
πτό έντερο και όχι στο ήπαρ, και εκφράζεται μόνο σε ορισμένα αναπτυξιακά 1 2152
στάδια. AoÏÈÔÚˆÙÂ˝ÓË B-48
Η διόρθωση του RNA δεν περιορίζεται στην απολιποπρωτεΐνη Β. Το γλου-
ταμινικό οξύ ανοίγει διαύλους ειδικούς για κατιόντα στο κεντρικό νευρικό σύ- EIKONA 28.26 Διόρθωση του RNA. Ενζυμικά
καταλυόμενη απαμίνωση μιας ειδικής κυτιδίνης
στημα των σπονδυλωτών δεσμευόμενο σε μετασυναπτικές μεμβράνες. Η διόρ-
στο mRNA της απολιποπρωτεΐνης Β-100 αλλάζει
θωση RNA αλλάζει ένα κωδίκιο γλουταμίνης (CAG) στο mRNA του υποδοχέα ένα κωδίκιο γλουταμίνης (CAA) σε κωδίκιο τερ-
του γλουταμινικού σε κωδίκιο αργινίνης (CGG). H αντικατάσταση της γλουτα- ματισμού (UAA). Η απολιποπρωτεΐνη Β-48, μια
μίνης από αργινίνη στον υποδοχέα εμποδίζει τη ροή των Ca+2 αλλά όχι των Na+ κολοβή μορφή της πρωτεΐνης που έχει χάσει τη
δομική περιοχή δέσμευσης του υποδοχέα LDL,
διά μέσου του διαύλου. Η διόρθωση του RNA φαίνεται ότι είναι πιο συνηθι-
δημιουργείται από αυτή τη μετα-μεταγραφική αλ-
σμένη από ό,τι πιστευόταν. Η χημική αντιδραστικότητα των νουκλεοτιδικών λαγή στην αλληλουχία του mRNA. [Κατά P.
βάσεων, περιλαμβανομένης της ευαισθησίας τους στην απαμίνωση που χρειά- Hodges και J. Scott. Trends Biochem. Sci.
ζεται τη λειτουργία περίπλοκων μηχανισμών επιδιόρθωσης DNA (Εδάφιο 17(1992):77.]
27.6.3), έχει χρησιμοποιηθεί ως μηχανή δημιουργίας μοριακής ποικιλομορφίας
στο επίπεδο του RNA και επομένως και στο επίπεδο των πρωτεϊνών.
Στα τρυπανοσώματα (παρασιτικά πρωτόζωα), ένας διαφορετικός μηχανι-
σμός διόρθωσης RNA αλλάζει σημαντικά ορισμένα μιτοχονδριακά μόρια
mRNA. Σχεδόν τα μισά από τα κατάλοιπα ουριδίνης σε αυτά τα μόρια mRNA
εισάγονται με μηχανισμούς διόρθωσης RNA. Ένα καθοδηγητικό μόριο RNA ανα-
γνωρίζει την αλληλουχία που πρόκειται να τροποποιηθεί, και μια ουρά πο-
λυ(U) στον οδηγό δίνει κατάλοιπα ουριδίνης στα μόρια mRNA, τα οποία υφί-
στανται διόρθωση. Είναι προφανές ότι οι αλληλουχίες του DNA δεν φανε-
ρώνουν πάντοτε πιστά την αλληλουχία των πρωτεϊνών που κωδικεύουν, αλλά
λειτουργικά κρίσιμες αλλαγές μπορούν επίσης να συμβούν στο mRNA.
28.3.3 Θέσεις ματίσματος σε πρόδρομα μόρια του mRNA

εξειδικεύονται από αλληλουχίες στα άκρα ιντρονίων
Τα περισσότερα γονίδια στα ανώτερα ευκαρυωτικά αποτελούνται από εξόνια

και ιντρόνια. Τα ιντρόνια πρέπει να εξαχθούν και τα εξόνια να συνδεθούν για
να σχηματιστεί το τελικό mRNA με μια διεργασία που ονομάζεται μάτισμα.
Το μάτισμα πρέπει να είναι εξαιρετικά ευαίσθητο: μια ολίσθηση έστω και ενός
νουκλεοτιδίου στο σημείο ματίσματος θα μετατόπιζε το πλαίσιο ανάγνωσης
στην 3΄-πλευρά του ματίσματος, δίνοντας μια τελείως διαφορετική αλληλου-
χία αμινοξέων. Επομένως, η σωστή θέση ματίσματος πρέπει να είναι καθαρά
900 ı¤ÛË Ì·Ù›ÛÌ·ÙÔ˜ 5' ı¤ÛË ı¤ÛË Ì·Ù›ÛÌ·ÙÔ˜ 3'

ΚΕΦΑΛΑΙΟ 28 · Σύνθεση και μάτισμα RNA ‰È·ÎÏ¿‰ˆÛË˜
AÓÔ‰ÈÎfi K·ıÔ‰ÈÎfi
AG G U A A G U A (Py)n N C A G G
EIKONA 28.27 Θέσεις ματίσματος. ÂÍfiÓÈÔ ÂÍfiÓÈÔ
Φαίνονται οι ομόφωνες αλληλουχίες IÓÙÚfiÓÈÔ
για τις θέσεις ματίσματος 5΄ και 3΄.
σημειωμένη. Υπάρχει κάποια ειδική αλληλουχία που δηλώνει τη θέση ματί-
Το Py συμβολίζει την πυριμιδίνη.
σματος; Οι αλληλουχίες βάσεων των χιλιάδων συνδέσμων ιντρονίων-εξονίων
στα μεταγραφήματα RNA είναι γνωστές. Στα ευκαρυωτικά, από τους ζυμομύ-
κητες έως τα θηλαστικά, οι αλληλουχίες αυτές έχουν ένα κοινό δομικό πρώ-
τυπο: η αλληλουχία βάσεων ενός ιντρονίου αρχίζει με GU και τελειώνει με AG. Η
ομόφωνη αλληλουχία στο 5΄-άκρο του ιντρονίου σε σπονδυλωτά είναι
AGGUAAGU (Eικόνα 28.27). Στο 3΄-άκρο ενός ιντρονίου η ομόφωνη αλλη-
λουχία είναι ένα τμήμα 10 πυριμιδινών (U ή C), ακολουθούμενο από οποιαδή-
ποτε βάση και μετά από μια C, η οποία τελειώνει με την αμετάβλητη αλλη-
λουχία AG. Τα ιντρόνια έχουν επίσης μια σημαντική εσωτερική θέση που
τοποθετείται μεταξύ 20 και 50 νουκλεοτιδίων ανοδικά της θέσης ματίσματος
3΄. Το σημείο αυτό ονομάζεται θέση διακλάδωσης για λόγους που θα γίνουν προ-
φανείς σε λίγο. Στους ζυμομύκητες, η θέση διακλάδωσης σχεδόν πάντοτε εί-
ναι UACUAAC, ενώ στα θηλαστικά απαντά μια ποικιλία αλληλουχιών.
Τμήματα των ιντρονίων, διαφορετικά από τις θέσεις ματίσματος 5΄ και 3΄
καθώς και τη θέση διακλάδωσης, είναι λιγότερο σημαντικά για τον καθορι-
σμό του σημείου όπου θα γίνει το μάτισμα. Το μήκος των ιντρονίων ποικίλ-
λει από 50 μέχρι 10.000 νουκλεοτίδια. Το μεγαλύτερο μέρος ενός ιντρονίου
μπορεί να απαλειφθεί χωρίς να αλλάζει η θέση ή η αποτελεσματικότητα του
ματίσματος. Παρομοίως, το μάτισμα δεν επηρεάζεται από την εισαγωγή με-
γάλων τμημάτων DNA στα ιντρόνια γονιδίων. Επιπλέον, χιμαιρικά ιντρόνια
που κατασκευάστηκαν με μεθόδους ανασυνδυασμένου DNA από το 5΄-άκρο
ενός ιντρονίου και το 3΄-άκρο ενός τελείως διαφορετικού ιντρονίου ματίζο-
νται κανονικά, εφόσον δεν έχουν αλλαχθεί οι θέσεις ματίσματος και διακλά-
δωσης. Αντίθετα, μεταλλάξεις σε οποιαδήποτε από αυτές τις τρεις κρίσιμες
περιοχές οδηγούν σε έκτροπο μάτισμα.
Παρά τις γνώσεις μας για τις αλληλουχίες των θέσεων ματίσματος, η πρό-
βλεψη σχημάτων ματίσματος από πληροφορίες αλληλουχιών γονιδιωματικού
DNA παραμένει μια πρόκληση. Σε αλληλουχίες DNA υπάρχουν και άλλες
πληροφορίες που συμβάλλουν στην επιλογή θέσεων ματίσματος, αλλά δεν εί-
ναι κατανεμημένες με κάποια κανονικότητα όπως οι αλληλουχίες των ίδιων
των θέσεων ματίσματος.
Το έκτροπο μάτισμα προκαλεί μερικές μορφές θαλασσαιμίας, μιας

ομάδας κληρονομικών αναιμιών που χαρακτηρίζονται από την ελατ-
τωματική σύνθεση της αιμοσφαιρίνης. Σε έναν ασθενή, μια μετάλλαξη G σε
A 19 νουκλεοτίδια μακριά από την κανονική θέση ματίσματος 3΄ του πρώτου
ιντρονίου δημιούργησε μια νέα θέση ματίσματος (Eικόνα 28.28). Το mRNA
που προέκυψε περιείχε μια σειρά κωδικίων που δεν υπάρχουν στα φυσιολο-
γικά άτομα. Το έκτο κωδίκιο μετά το μάτισμα είναι ένα σήμα τερματισμού της
σύνθεσης πρωτεϊνών, και έτσι η έκτροπη πρωτεΐνη τελειώνει πρώιμα. Με-
ταλλάξεις που επηρεάζουν τις θέσεις ματίσματος έχει υπολογιστεί ότι προκαλούν το
15% των γενετικών νόσων.
º˘ÛÈÔÏÔÁÈÎfi 3'-¿ÎÚÔ
ÙÔ˘ ÈÓÙÚÔÓ›Ô˘
º˘ÛÈÔÏÔÁÈÎfi 5' C C T A T T G G T C T A T T T T CC A CCC T T A G G C T G C T G 3'
‚-ı·Ï·ÛÛ·ÈÌ›· 5' C C T A T T A G T C T A T T T T CC A CCC T T A G G C T G C T G 3'
EIKONA 28.28 Ελαττώματα ματίσματος. Μετάλλαξη μιας βάσης (G σε Α) σε ένα ιντρόνιο του γονιδίου
της β-σφαιρίνης οδηγεί σε θαλασσαιμία. Η μετάλλαξη αυτή δημιουργεί μια νέα θέση ματίσματος 3΄
(μπλε) παρόμοια με εκείνη του φυσιολογικού ματίσματος (κίτρινο) αλλά μακρύτερα ανοδικά.
901
3'
Eπεξεργασία των προϊόντων της μεταγραφής
G 3'
3' OH
P
EÍfiÓÈÔ G G
5' 2 3' OH
A A
C C
EÍfiÓÈÔ G G N
1 ı¤ÛË A
P Ì·Ù›ÛÌ·ÙÔ˜
Yn
G 3' 3'
A
C
A N Y Y
G Yn 5' +
ı¤ÛË P P G P
5' 5'
Ì·Ù›ÛÌ·ÙÔ˜ G 3' P 3'
Y G P G P
5' U 2' OH A U 2' A G U A
2'
A R £¤ÛË A R A A R
A Y ‰È·ÎÏ¿‰ˆÛË˜ A Y A Y
G N G N G N
U Y U Y U Y
5'
¶Úfi‰ÚÔÌÔ ÌfiÚÈÔ EÓ‰È¿ÌÂÛÔ ¶ÚÔ˚fiÓ MÔÚÊ‹ ‚Úfi¯Ô˘
‰ÔÌ‹˜ ‚Úfi¯Ô˘ Ì·Ù›ÛÌ·ÙÔ˜ ÙÔ˘ ÈÓÙÚÔÓ›Ô˘
EIKONA 28.29 Μηχανισμός ματίσματος που χρησιμοποιείται για πρόδρομα μόρια mRNA. Το ανοδι-
κό (5΄) εξόνιο φαίνεται μπλε, το καθοδικό (3΄) εξόνιο φαίνεται πράσινο και η θέση διακλάδωσης φαί-
νεται κίτρινη. Το Υ σημαίνει νουκλεοτίδιο πουρίνης, το R νουκλεοτίδιο πυριμιδίνης και το Ν οποιοδήπο-
τε νουκλεοτίδιο. Η θέση ματίσματος 5΄ προσβάλλεται από την ομάδα 2΄-ΟΗ του καταλοίπου αδενοσίνης
της θέσης διάσπασης. Η θέση ματίσματος 3΄ προσβάλλεται από τη νεοσχηματιζόμενη ομάδα 3΄-ΟΗ του
ανοδικού εξονίου. Τα εξόνια συνδέονται και το ιντρόνιο ελευθερώνεται με τη μορφή βρόχου. [Κατά P.
A. Sharp, Cell 2(1985):3980.]
28.3.4 Tο μάτισμα αποτελείται από δύο αντιδράσεις

τρανσεστεροποίησης
O
O
Το μάτισμα νεοσυντιθέμενων μορίων mRNA είναι μια πολύπλοκη διεργασία. P –
O
Χρειάζεται τη συνεργασία αρκετών μικρών μορίων RNA και πρωτεϊνών που O
5'
σχηματίζουν ένα μεγάλο σύμπλοκο, το οποίο ονομάζεται σωμάτιο ματίσματος. A‰ÂÓ›ÓË
O
Ωστόσο, η χημεία της διεργασίας ματίσματος είναι απλή. Το μάτισμα αρχίζει
με τη διάσπαση του φωσφοδιεστερικού δεσμού μεταξύ του ανοδικού εξονίου –
O
(εξόνιο 1) και του 5΄-άκρου του ιντρονίου (Eικόνα 28.29). Η προσβάλλουσα 3' 2' O
O O O P
ομάδα στην αντίδραση αυτή είναι η 2΄-υδροξυλική ομάδα ενός καταλοίπου αδε- –
O P O
νυλικού στη θέση διακλάδωσης. Ένας 2΄,5΄-φωσφοδιεστερικός δεσμός σχη-
ματίζεται μεταξύ αυτού του καταλοίπου Α και της φωσφορικής ομάδας του 5΄- O °Ô˘·Ó›ÓË
άκρου του ιντρονίου. Αυτή η αντίδραση είναι μια τρανσεστεροποίηση. O
– –
O O O O
R3 TÚ·ÓÛÂÛÙÂÚÔÔ›ËÛË R2
R1 P R2 + H R1 P R3 + H O O OH
O O –
O O O O
O P
Επισημαίνεται ότι το συγκεκριμένο κατάλοιπο αδενυλικού συνδέεται επί- O

σης με άλλα δύο νουκλεοτίδια διά μέσου κανονικών 3΄,5΄-φωσφοδιεστερικών
δεσμών (Eικόνα 28.30). Επομένως, μια διακλάδωση δημιουργείται στη θέση αυ- EIKONA 28.30 Θέση διακλάδωσης κατά το
τή και σχηματίζεται ένα ενδιάμεσο δομής βρόχου. μάτισμα. Η δομή της θέσης διακλάδωσης στο
Στη συνέχεια, το 3΄-ΟΗ άκρο του εξονίου 1 προσβάλλει τον φωσφοδιε- ενδιάμεσο δομής βρόχου στο οποίο το κατάλοιπο
αδενυλικού συνδέεται με τρία νουκλεοτίδια μέσω
στερικό δεσμό μεταξύ του ιντρονίου και του εξονίου 2. Τα εξόνια 1 και 2 συν-
φωσφοδιεστερικών δεσμών. Ο νέος σύνδεσμος
δέονται και το ιντρόνιο ελευθερώνεται με τη μορφή βρόχου. Και στην περί- 2΄-5΄ φαίνεται κόκκινος και οι συνηθισμένοι
πτωση αυτή η αντίδραση είναι μια τρανσεστεροποίηση. Επομένως, το μάτι- 3΄- 5΄δεσμοί μπλε.
902
ΚΕΦΑΛΑΙΟ 28
σμα επιτυγχάνεται με δύο αντιδράσεις τρανσεστεροποίησης και όχι με υδρόλυ-
ση ακολουθούμενη από ανασύνδεση. Η πρώτη αντίδραση δημιουργεί μια ελεύ-
θερη 3΄-υδροξυλική ομάδα στο 3΄-άκρο του εξονίου 1, και η δεύτερη αντίδρα-
ση συνδέει την ομάδα αυτή με την 5΄-φωσφορική ομάδα του εξονίου 2. Ο αριθ-
μός των φωσφοδιεστερικών δεσμών παραμένει ο ίδιος κατά τη διάρκεια αυτών των
βημάτων, γεγονός εξαιρετικά κρίσιμο διότι επιτρέπει στην αντίδραση ματί-
σματος να προχωρά χωρίς πηγή ενέργειας όπως η ΑΤΡ και η GTP.
28.3.5 Mικρά πυρηνικά μόρια RNA στα σωμάτια ματίσματος καταλύουν

το μάτισμα πρόδρομων μορίων mRNA
Ο πυρήνας περιέχει πολλά είδη μικρών μορίων RNA με λιγότερα από 300 νου-
κλεοτίδια, τα οποία αναφέρονται ως μικρά πυρηνικά μόρια RNA (small nuclear
RNA, snRNA). Μερικά από αυτά —τα οποία συμβολίζονται ως U1, U2, U4,
U5 και U6— είναι ουσιώδη για το μάτισμα πρόδρομων mRNA. Οι δευτερο-
ταγείς δομές αυτών των μορίων RNA είναι εξαιρετικά συντηρημένες σε ορ-
γανισμούς που εκτείνονται από τους ζυμομύκητες μέχρι τον άνθρωπο. Αυτά τα
μόρια RNA συνδέονται με ειδικές πρωτεΐνες σχηματίζοντας σύμπλοκα που
ονομάζονται μικρά πυρηνικά ριβονουκλεοπρωτεϊνικά σωμάτια (small nuclear
ribonucleoprotein particles, snRNP). Οι ερευνητές συχνά τα αναφέρουν ως
«σναρπς» (snurps). Τα σωμάτια ματίσματος είναι μεγάλα (60 S) δυναμικά συ-
γκροτήματα αποτελούμενα από μόρια snRNP, άλλες πρωτεΐνες που ονομάζο-
νται παράγοντες ματίσματος και το πρόδρομο μόριο mRNA που υφίσταται την
επεξεργασία (Πίνακας 28.3)
ΠΙΝΑΚΑΣ 28.3 Mικρά πυρηνικά ριβονουκλεοπρωτεϊνικά σωμάτια (snRNP)

στον μηχανισμό ματίσματος πρόδρομων μορίων mRNA
Mόρια Mέγεθος των snRNA
snRNP (νουκλεοτίδια) Pόλος
U1 165 Δεσμεύεται στη θέση ματίσματος 5’ και
στη συνέχεια στη θέση ματίσματος 3’
U2 185 Δεσμεύεται στη θέση διακλάδωσης και
σχηματίζει μέρος του καταλυτικού κέντρου
U5 116 Δεσμεύεται στη θέση ματίσματος 5’
U4 145 Επισκιάζει την καταλυτική δράση του U6
U6 106 Kαταλύει το μάτισμα
Στα κύτταρα των θηλαστικών, το μάτισμα αρχίζει με την αναγνώριση της

θέσης ματίσματος 5΄ από το snRNP U1 (Eικόνα 28.31). Πράγματι, το snRNP
U1 περιέχει μια εξαιρετικά συντηρημένη αλληλουχία έξι νουκλεοτιδίων που
σχηματίζουν ζεύγη βάσεων με τη θέση ματίσματος 5΄ του προ-mRNA. Αυτή
η δέσμευση αρχίζει τη συναρμολόγηση στο μόριο του προ-mRNA.
ı¤ÛË Ì·Ù›ÛÌ·ÙÔ˜ 5' ¶Úfi‰ÚÔÌÔ ÌfiÚÈÔ mRNA
5' AÓÔ‰ÈÎfi ÂÍfiÓÈÔ G U A A G U 3'
3' C A U U C A Î¿Ï˘ÌÌ· 5'

snRNA U1
Στη συνέχεια, το snRNP U2 δεσμεύεται στη θέση διακλάδωσης στο ιντρό-

νιο διά μέσου ζευγών βάσεων μεταξύ της εξαιρετικά συντηρημένης αλληλου-
χίας του snRNP U2 και του προ-mRNA. Η δέσμευση του snRNP U2 χρειάζε-
ται υδρόλυση ΑΤΡ. Ένα προσυναρμολογημένο σύμπλοκο U4-U5-U6 συνδέε-
£¤ÛË ‰È·ÎÏ¿‰ˆÛË˜ 903

Eπεξεργασία των προϊόντων της μεταγραφής
EÍfiÓÈÔ 1 IÓÙÚfiÓÈÔ EÍfiÓÈÔ 2
5' GU A AG 3'
¶Úfi‰ÚÔÌÔ ÌfiÚÈÔ mRNA
U1
U2
U1 U2
5' GU A AG 3'
™‡ÌÏÔÎÔ
U4-U5-U6
G 3'
A
EIKONA 28.31 Συναρμολόγηση σωματίου μα-
5' GU
τίσματος. Το U1 (μπλε) συνδέεται στη θέση μα-
A
U5 τίσματος 5΄ και το U2 (κόκκινο) στη θέση δια-
U6 κλάδωσης. Στη συνέχεια, ένα προσχηματισμένο
σύμπλοκο U4-U5-U6 συνδέεται με τη διάταξη
U4
αυτή για να σχηματίσει το πλήρες σωμάτιο ματί-
¶Ï‹ÚÂ˜ ÛˆÌ¿ÙÈÔ Ì·Ù›ÛÌ·ÙÔ˜ σματος.
ται με αυτό το σύμπλοκο U1, U2 και του πρόδρομου μορίου mRNA για να σχη-
ματιστεί το πλήρες σωμάτιο ματίσματος. Αυτή η σύνδεση επίσης χρειάζεται
υδρόλυση ΑΤΡ.
Μια αποκαλυπτική όψη των αλληλεπιδράσεων μεταξύ των μορίων RNA
στη συναρμολόγηση αυτή δόθηκε από την εξέταση διασυνδέσεων που σχη-
ματίζονται από το ψοραλένιο, ένα φωτοενεργοποιούμενο αντιδραστήριο, το
οποίο συνδέει γειτονικές πυριμιδίνες σε περιοχές ζευγαρωμένων βάσεων. Αυ-
τές οι διασυνδέσεις υποδηλώνουν ότι το μάτισμα γίνεται με τον ακόλουθο τρό-
πο: Πρώτα, το U5 αλληλεπιδρά με αλληλουχίες του εξονίου στη θέση ματί-
σματος 5΄ και μετά με το εξόνιο 3΄. Στη συνέχεια, το U6 αποσυνδέεται από το
U4 και υφίσταται μια ενδομοριακή αναδιάταξη η οποία επιτρέπει το ζευγά-
ρωμα των βάσεων με το U2 και εκτοπίζει το U1 από το σωμάτιο ματίσματος
αλληλεπιδρώντας με το 5΄-άκρο του ιντρονίου. Η έλικα U2•U6 είναι απολύ-
τως αναγκαία για το μάτισμα, γεγονός που υποδηλώνει ότι τα μόρια snRNA U2
και U6 πιθανώς σχηματίζουν το ενεργό κέντρο του σωματίου ματίσματος (Eικόνα
28.32). Το U4 χρησιμεύει ως αναστολέας ο οποίος επισκιάζει το U6 μέχρις
ότου οι ειδικές θέσεις ματίσματος ευθυγραμμιστούν. Αυτές οι ανακατατάξεις
έχουν ως αποτέλεσμα την πρώτη αντίδραση τρανσεστεροποίησης, δημιουρ-
γώντας το ενδιάμεσο δομής βρόχου και το διαχωρισμένο εξόνιο 5΄.
Περαιτέρω ανακατατάξεις του RNA στο σωμάτιο ματίσματος διευκολύνουν
τη δεύτερη τρανσεστεροποίηση. Οι ανακατατάξεις αυτές ευθυγραμμίζουν το
ελεύθερο εξόνιο 5΄ με το εξόνιο 3΄ ούτως ώστε η 3΄-υδροξυλική ομάδα του
3'
5'
snRNA U6 A
C
5' G
A G
A C AGAG A UGA UC C
U
A CU AG U snRNA U2
A A
G
UGU AGU A 3' EIKONA 28.32 Καταλυτικό κέντρο ματίσμα-
τος. Το καταλυτικό κέντρο του σωματίου ματί-
3' EÍfiÓÈÔ 2 GA A CA UCU A
σματος σχηματίζεται από το snRNA U2 (κόκκινο)
A και το snRNA U6 (πράσινο), τα οποία συνδέονται
με ζεύγη βάσεων. Το U2 σχηματίζει επίσης ζεύγη
5' EÍfiÓÈÔ 1 GU βάσεων με τη θέση διακλάδωσης του πρόδρομου
μορίου mRNA. [Κατά H.D. Madhani και C.
¶Úfi‰ÚÔÌÔ ÌfiÚÈÔ mRNA Guthrie. Cell 71(1992):803.]
904
ΚΕΦΑΛΑΙΟ 28
εξονίου 5΄ τοποθετείται κατάλληλα για να μπορεί να προσβάλλει πυρηνοφι-
λικά τη θέση ματίσματος 3΄ και να δημιουργήσει το ματισμένο προϊόν. Τα U2,
U5 και U6 που είναι δεσμευμένα στο εκτεμνόμενο ιντρόνιο δομής βρόχου
ελευθερώνονται συμπληρώνοντας την αντίδραση ματίσματος.
Πολλά από τα βήματα στη διεργασία του ματίσματος χρειάζονται υδρόλυ-
ση ΑΤΡ. Πώς η ελεύθερη ενέργεια που προέρχεται από την υδρόλυση της
ΑΤΡ χρησιμοποιείται για να ωθήσει την υδρόλυση; Για να επιτευχθούν οι κα-
prÔ-mRNA λοδιαταγμένες ανακατατάξεις που είναι αναγκαίες για το μάτισμα, RNA-ελι-
κάσες που ωθούνται από την υδρόλυση ΑΤΡ πρέπει να ξετυλίξουν τις έλικες
EÍfiÓÈÔ 1 EÍfiÓÈÔ 2A EÍfiÓÈÔ 2B EÍfiÓÈÔ 3
του RNA και να επιτρέψουν τον σχηματισμό εναλλακτικών ζευγών βάσεων.
Επομένως, αξίζει να σημειωθούν δύο χαρακτηριστικά της διεργασίας ματί-
σματος. Πρώτον, μόρια RNA παίζουν καθοριστικό ρόλο στην καθοδήγηση της ευ-
θυγράμμισης των θέσεων ματίσματος και στη διεξαγωγή της κατάλυσης. Δεύτερον,
EIKONA 28.33 Εναλλακτικά σχήματα ματί- ελικάσες ωθούμενες από την υδρόλυση της ΑΤΡ ξετυλίγουν δίκλωνα ενδιάμεσα μό-
σματος. Ένα προ-mRNA με πολλαπλά εξόνια με-
ρικές φορές ματίζεται με διαφορετικούς τρό-
ρια RNA, γεγονός που διευκολύνει την κατάλυση και επάγει την ελευθέρωση των μο-
πους. Εδώ, με παρόντα δύο εναλλακτικά εξόνια ρίων snRNP από το mRNA.
(εξόνια 2Α και 2Β) το mRNA μπορεί να παραχθεί
με κανένα, ένα από το καθένα ή και τα δύο 28.3.6 Mερικά μόρια προ-mRNA μπορούν να ματίζονται με
εξόνια. Πιο πολύπλοκοι τρόποι εναλλακτικού μα-
τίσματος είναι επίσης πιθανοί.
εναλλακτικούς τρόπους δίνοντας διαφορετικά mRNA
Το εναλλακτικό μάτισμα είναι ένας αρκετά διαδεδομένος μηχανισμός για τη δη-

μιουργία πρωτεϊνικής ποικιλομορφίας. Συνιστά τη διαφορική συμμετοχή εξο-
νίων σε ένα ώριμο RNA. Το εναλλακτικό μάτισμα μπορεί να ρυθμίζεται για να
παράγει διαφορετικές μορφές μιας πρωτεΐνης για ειδικούς ιστούς ή στάδια της
ανάπτυξης (Eικόνα 28.33). Ένα δείγμα του αυξανόμενου καταλόγου των πρω-
τεϊνών που είναι γνωστές ως προϊόντα εναλλακτικού ματίσματος παρουσιάζε-
ΠΙΝΑΚΑΣ 28.4 Eπιλεγμένες πρωτεΐνες
ται στον Πίνακα 28.4. Πρόσφατοι υπολογισμοί δείχνουν ότι τα προϊόντα RNA
που προέρχονται από εναλλακτικό του 30% των ανθρώπινων γονιδίων ματίζονται εναλλακτικά. Το εναλλακτικό μά-
μάτισμα του RNA τισμα αποτελεί έναν ισχυρό μηχανισμό που επεκτείνει την ποικιλομορφία των γονι-
διωματικών αλληλουχιών. Ας υποθέσουμε, παραδείγματος χάριν, ότι είναι προ-
Aκτίνη
νομιακό να υπάρχουν δύο μορφές μιας πρωτεΐνης με κάπως διαφορετικές ιδιό-
Aλκοολική αφυδρογονάση
τητες, οι οποίες εκφράζονται σε διαφορετικούς ιστούς. Η εξέλιξη μιας πορεί-
Aλδολάση
ας εναλλακτικού ματίσματος παρέχει έναν τρόπο ικανοποίησης αυτής της ανά-
K-ras
γκης που είναι διαφορετικός από τον διπλασιασμό και την εξειδίκευση γονι-
Kαλσιτονίνη
δίων. Επιπλέον, το εναλλακτικό μάτισμα δίνει τη δυνατότητα για συνδυαστικό
Iνωδογόνο
έλεγχο. Ας πάρουμε ένα γονίδιο με πέντε θέσεις όπου μπορεί να λάβει χώρα
Iνοσυνδετίνη εναλλακτικό μάτισμα. Με την υπόθεση ότι αυτές οι πορείες εναλλακτικού μα-
Mυοσίνη τίσματος μπορεί να ρυθμίζονται ανεξάρτητα, μπορεί να δημιουργηθεί ένα σύ-
Νευροαυξητικός παράγοντας νολο από 25 = 32 διαφορετικά μόρια mRNA. Περισσότερες μελέτες γύρω από
κυττάρων
το εναλλακτικό μάτισμα και τους μηχανισμούς επιλογής της θέσης ματίσματος
Tροπομυοσίνη θα είναι πραγματικά κρίσιμες για το πεδίο της πρωτεωμικής.
Tροπονίνη
Πηγή: R. E. Breitbart, A. Andreadis, και B.

Nadal-Ginard. Annu. Rev. Biochem. 28.4 Η ΑΝΑΚΑΛΥΨΗ ΤΟΥ ΚΑΤΑΛΥΤΙΚΟΥ RNA ΗΤΑΝ
56(1987):467-495.
ΑΠΟΚΑΛΥΠΤΙΚΗ ΤΟΣΟ ΣΕ ΣΧΕΣΗ ΜΕ ΤΟΝ ΜΗΧΑΝΙΣΜΟ ΟΣΟ ΚΑΙ
ΜΕ ΤΗΝ ΕΞΕΛΙΞΗ
Τα RNA αποτελούν μια εντυπωσιακά ευπροσάρμοστη ομάδα μορίων. Όπως εί-

δαμε, το μάτισμα καταλύεται κυρίως από μόρια RNA, με τις πρωτεΐνες να παί-
ζουν δευτερεύοντα ρόλο. Ένα άλλο ένζυμο που περιέχει ένα βασικό συστατι-
κό RNA είναι η ριβονουκλεάση Ρ (RNAση Ρ), η οποία καταλύει την ωρίμα-
ση του tRNA με την αφαίρεση νουκλεοτιδίων από το 5΄-άκρο των πρόδρομων
μορίων (Εδάφιο 28.1.8). Τέλος, όπως θα δούμε στο Κεφάλαιο 29, το συστατι-
κό RNA των ριβοσωμάτων είναι ο καταλύτης που επιτελεί τη σύνθεση πρω-
τεϊνών.
5'
905
Kαταλυτικό RNA
M·ÙÈÛÌ¤Ó·
ÂÍfiÓÈ·
5'
5'
AÓÔ‰ÈÎfi
ÂÍfiÓÈÔ
3'
G
IÓÙÚfiÓÈÔ 5' 5'
OH OH
G + G
G
K·ıÔ‰ÈÎfi
ÂÍfiÓÈÔ OH
3' 3'
414 399 395
EIKONA 28.34 Αυτο-μάτισμα. Ένα πρόδρομο μόριο του ριβοσωματικού RNA από το Tetrahymena ματί- 3'
3'
ζει τον εαυτό του παρουσία ενός συμπαράγοντα γουανοσίνης (G, φαίνεται πράσινο). Ένα ιντρόνιο 414 RNA
νουκλεοτιδίων (κόκκινο) ελευθερώνεται με την πρώτη αντίδραση ματίσματος. Το ιντρόνιο αυτό στη συ- L19
νέχεια ματίζει ξανά τον εαυτό του δύο φορές, παράγοντας ένα γραμμικό RNA το οποίο έχει χάσει συνο-
λικά 19 νουκλεοτίδια. Αυτό το RNA L19 είναι καταλυτικά ενεργό. [Κατά T. Cech, RNA as an enzyme.
© 1986 by Scientific American, Inc. κατοχυρωμένα δικαιώματα.]
Η πολλαπλή χρησιμότητα του RNA αρχικά έγινε αντιληπτή από παρατη-

ρήσεις που αφορούσαν τις διεργασίες οι οποίες λάμβαναν χώρα σε ένα ριβο-
σωματικό RNA ενός μονοκύτταρου ευκαρυωτικού οργανισμού. Στο Tetrahy-
mena (ένα βλεφαριδοφόρο πρωτόζωο), ένα ιντρόνιο 414 νουκλεοτιδίων αφαι-
ρείται από ένα πρόδρομο μόριο 6,4 kb για να δώσει το ώριμο μόριο rRNA 26 S
(Eικόνα 28.34). Με μια σειρά θαυμάσιων μελετών αυτής της αντίδρασης ματί-
σματος, ο Thomas Cech και οι συνεργάτες του απέδειξαν ότι το RNA ματίζει
τον εαυτό του για την ακριβή εκτομή του ιντρονίου των 414 νουκλεοτιδίων.
Αυτά τα εντυπωσιακά πειράματα έδειξαν ότι ένα μόριο RNA μπορεί να ματί-
ζει τον εαυτό του απουσία πρωτεϊνών και ότι, πράγματι, μπορεί να έχει εξαι-
ρετικά ειδική καταλυτική δραστικότητα.
Η αντίδραση αυτο-ματίσματος χρειάζεται ένα πρόσθετο νουκλεοτίδιο γου-
ανοσίνης. Τα νουκλεοτίδια προστέθηκαν αρχικά στο μείγμα της αντίδρασης
διότι επικρατούσε η άποψη ότι η ΑΤΡ ή η GTP μπορεί να ήταν απαραίτητες
ως πηγή ενέργειας. Πράγματι, βρέθηκε ότι τα νουκλεοτίδια ήταν απαραίτητα
ως συμπαράγοντες. Ο απαιτούμενος συμπαράγοντας αποδείχθηκε ότι είναι μια
μονάδα γουανοσίνης, με τη μορφή γουανοσίνης, GMP, GDP ή GTP. Το G
(συμβολίζει κάθε ένα από αυτά τα μόρια) δεν χρησιμεύει ως πηγή ενέργειας,
αλλά ως μια προσβάλλουσα ομάδα που ενσωματώνεται μεταβατικά στο RNA
(βλ. Eικόνα 28.34). Το G δεσμεύεται στο RNA και στη συνέχεια προσβάλλει
τη θέση ματίσματος 5΄ για να σχηματίσει έναν φωσφοδιεστερικό δεσμό με το £¤ÛË
5΄ άκρο του ιντρονίου. Αυτή η αντίδραση τρανσεστεροποίησης δημιουργεί μια ‰¤ÛÌÂ˘ÛË˜
ÁÔ˘·ÓÔÛ›ÓË˜
3΄-ΟΗ ομάδα στο άκρο του ανοδικού εξονίου. Στη συνέχεια, η νέα αυτή ομά-
δα 3΄-ΟΗ προσβάλλει τη θέση ματίσματος 3΄. Η δεύτερη αυτή τρανσεστερο-
ποίηση ενώνει τα δύο εξόνια και οδηγεί στην ελευθέρωση του εξονίου των
414 νουκλεοτιδίων.
Το αυτο-μάτισμα εξαρτάται από τη δομική ακεραιότητα του πρόδρομου μο-
ρίου του rRNA. Το περισσότερο από το ιντρόνιο είναι απαραίτητο για το αυ-
το-μάτισμα. Το μόριο αυτό, όπως και πολλά μόρια RNA, έχει μια μορφή ανα-
EIKONA 28.35 Δομή ενός αυτο-ματι-
διπλωμένης δομής με πολλούς δίκλωνους βραχίονες και θηλιές (Eικόνα 28.35). ζόμενου ιντρονίου. Η δομή ενός μεγάλου τμή-
Η εξέταση της τριδιάστατης δομής, που προσδιορίστηκε με κρυσταλλογραφία ματος του αυτο-ματιζόμενου ιντρονίου του
με ακτίνες Χ, αποκαλύπτει μια συμπαγή αναδιπλωμένη δομή που είναι από πολ- Tetrahymena αποκαλύπτει ένα πρότυπο περίπλο-
κης αναδίπλωσης ελίκων και θηλιών. Οι βάσεις
λές πλευρές ανάλογη με τις δομές πρωτεϊνικών ενζύμων. Μια καλά καθορισμένη
φαίνονται με πράσινο η Α, κίτρινο η C, πορφυρό
θήκη για τη δέσμευση της γουανοσίνης σχηματίζεται μέσα στη δομή αυτή. η G και πορτοκαλί η U.
906
ΚΕΦΑΛΑΙΟ 28
Η ανάλυση της αλληλουχίας των βάσεων του πρόδρομου μορίου rRNA έδει-
ξε ότι η θέση ματίσματος 5΄ ευθυγραμμίζεται με τα καταλυτικά κατάλοιπα των
ζευγών βάσεων μεταξύ μιας περιοχής πλούσιας σε πυριμιδίνες (CUCUCU) του
ανοδικού εξονίου και μιας αλληλουχίας-οδηγού πλούσιας σε πουρίνες (GGGA GG)
£¤ÛË K·ıÔ‰ÈÎfi μέσα στο ιντρόνιο (Eικόνα 28.36). Το ιντρόνιο φέρνει κοντά τον συμπαράγο-
‰¤ÛÌÂ˘ÛË˜ G ÂÍfiÓÈÔ
ντα της γουανοσίνης και τη θέση ματίσματος 5΄ έτσι ώστε η 3΄-υδροξυλική
AÓÔ‰ÈÎfi G
ÂÍfiÓÈÔ
ομάδα (3΄-ΟΗ) του G να μπορεί να προσβάλει πυρηνοφιλικά το άτομο του φω-
P
U 3' σφόρου στη θέση ματίσματος. Ένα άλλο μέρος του ιντρονίου στη συνέχεια
5' CUCUCU P A κρατά το καθοδικό εξόνιο σε θέση προσβολής από τη νεοσχηματιζόμενη 3΄-
AGGGAGG ΟΗ ομάδα του ανοδικού εξονίου. Ένας φωσφοδιεστερικός δεσμός σχηματίζε-
ται μεταξύ των δύο εξονίων και το ιντρόνιο ελευθερώνεται ως γραμμικό μό-
IÓÙÚfiÓÈÔ
ριο. Όπως και στην κατάλυση από πρωτεϊνικά ένζυμα, η αυτο-κατάλυση του
σχηματισμού ενός δεσμού και η διάσπαση μέσα στο πρόδρομο μόριο rRNA
είναι εξαιρετικά εξειδικευμένη.
Η ανακάλυψη ενζυμικής δραστικότητας στο αυτο-ματιζόμενο ιντρόνιο και
G στη συνιστώσα RNA της RNAσης Ρ έχει ανοίξει νέες περιοχές αναζήτησης
G OH P
U 3' και έχει αλλάξει τον τρόπο σκέψης για τη μοριακή εξέλιξη. Η ανακάλυψη ότι
5' CUCUCU P A το RNA μπορεί να είναι τόσο καλός καταλύτης όσο και φορέας πληροφοριών
AGGGAGG υποδηλώνει ότι θα πρέπει να υπήρξε ένας κόσμος RNA νωρίς κατά την εξέ-
λιξη της ζωής και πριν από την εμφάνιση του DNA και των πρωτεϊνών (Εδά-
φιο 2.2.2).
Τα πρόδρομα μόρια του αγγελιαφόρου RNA στα μιτοχόνδρια των ζυμομυ-
κήτων και των μυκήτων υφίστανται επίσης αυτο-μάτισμα, καθώς και ορισμέ-
να πρόδρομα μόρια RNA στους χλωροπλάστες μονοκύτταρων οργανισμών,
G όπως είναι η Chlamydomonas. Αντιδράσεις αυτο-ματίσματος μπορούν να ταξι-
P
U 3' νομηθούν σύμφωνα με τη φύση της μονάδας που προσβάλλει την ανοδική θέ-
5' C U C U C U OH ση ματίσματος. Το αυτο-μάτισμα της ομάδας Ι διεκπεραιώνεται από έναν συ-
AG μπαράγοντα γουανοσίνης, όπως στο Tetrahymena. Η προσβάλλουσα ομάδα στο
AGGGAGG
αυτο-μάτισμα της ομάδας ΙΙ είναι η 2΄-ΟΗ ενός ειδικού αδενυλικού του ιντρο-
νίου (Eικόνα 28.37).
Οι μηχανισμοί αυτο-ματίσματος των ομάδων Ι και ΙΙ μοιάζουν με το μάτι-
σμα που καταλύεται από σωμάτια ματίσματος ως προς δύο σημεία. Πρώτον,
στο αρχικό βήμα, μια υδροξυλική ομάδα ριβόζης προσβάλλει τη θέση ματί-
G σματος 5΄. Το νεοσχηματιζόμενο 3΄-ΟΗ άκρο του ανοδικού εξονίου προ-
OH
σβάλλει τη θέση ματίσματος 3΄ για να σχηματίσει έναν φωσφοδιεστερικό δε-
σμό με το καθοδικό εξόνιο. Δεύτερον, και οι δύο αντιδράσεις είναι τρανσε-
AG στεροποιήσεις στις οποίες οι φωσφορικές ομάδες σε κάθε θέση ματίσματος
AGGGAGG
διατηρούνται στα προϊόντα. Ο αριθμός των φωσφοδιεστερικών δεσμών παρα-
μένει σταθερός. Το μάτισμα της ομάδας ΙΙ μοιάζει με το μάτισμα που κατα-
°Ú·ÌÌÈÎfi ÈÓÙÚfiÓÈÔ
+ λύεται από σωμάτιο ματίσματος πρόδρομων μορίων του mRNA κατά μερικούς
5' CUCUCUU 3' ακόμη τρόπους. Η προσβολή της θέσης ματίσματος 5΄ πραγματοποιείται από
M·ÙÈÛÌ¤ÓÔ RNA ένα μέρος του ίδιου του ιντρονίου (την ομάδα 2΄-ΟΗ της αδενοσίνης) και όχι
(Û˘Ó‰Â‰ÂÌ¤Ó· ÂÍfiÓÈ·) από έναν εξωτερικό παράγοντα (G). Και στις δύο περιπτώσεις το ιντρόνιο
ελευθερώνεται με τη μορφή δομής βρόχου. Επιπλέον, σε μερικές περιπτώσεις,
EIKONA 28.36 Μηχανισμός αυτο-ματίσματος. το ιντρόνιο της ομάδας ΙΙ μεταγράφεται σε κομμάτια τα οποία συναρμολο-
Ο καταλυτικός μηχανισμός του αυτο-ματιζόμενου γούνται με δεσμούς υδρογόνου για να σχηματίσουν το καταλυτικό ιντρόνιο,
ιντρονίου του Tetrahymena περιλαμβάνει μια σει-
με έναν τρόπο ανάλογο με τη συναρμολόγηση των snRNA στο σωμάτιο ματί-
ρά αντιδράσεων τρανσεστεροποίησης. [Κατά T.
Cech, RNA as an enzyme. © 1986 by Scientific σματος.
American, Inc., κατοχυρωμένα δικαιώματα.]
Οι ομοιότητες αυτές έχουν οδηγήσει στην υπόθεση ότι το μάτισμα του

mRNA που καταλύεται από το σωμάτιο ματίσματος εξελίχθηκε από
αυτο-μάτισμα καταλυόμενο από το RNA. Το μάτισμα της ομάδας ΙΙ μπορεί
πολύ καλά να είναι ένα ενδιάμεσο μεταξύ του ματίσματος ομάδας Ι και του μα-
τίσματος στον πυρήνα των ευκαρυωτικών κυττάρων. Ένα σημαντικό βήμα στη
μετάβαση αυτή ήταν η μεταφορά καταλυτικής δύναμης από το ίδιο το ιντρόνιο σε
AYTO-MATIZOMENA INTPONIA MATI™MA TOY ¶YPHNIKOY mRNA ¶OY

KATA§YETAI A¶O TO ™øMATIO MATI™MATO™
™ˆÌ¿ÙÈÔ Ì·Ù›ÛÌ·ÙÔ˜
OÌ¿‰· I OÌ¿‰· II
2'
3' 2' A
HO
HO G HO A P
P P P
P P
A
P G 3' P
3' OH
3' P A P
OH OH
P P
P G
P A A
3' P
P HO P HO 3' P
HO 3'
άλλα μόρια. Ο σχηματισμός σωματίων ματίσματος έδωσε στα γονίδια μια νέα EIKONA 28.37 Σύγκριση πορειών ματίσματος.
Τα εξόνια που συνδέονται φαίνονται μπλε και κί-
ελευθερία, διότι τα ιντρόνια δεν εξαναγκάζονταν πλέον να παρέχουν το κα-
τρινα, ενώ η προσβάλλουσα μονάδα φαίνεται
ταλυτικό κέντρο για το μάτισμα. Ένα άλλο πλεονέκτημα της εξωτερικής κα- πράσινη. Στο μάτισμα της ομάδας Ι και της ομά-
τάλυσης για το μάτισμα είναι ότι μπορεί να ρυθμίζεται πιο εύκολα. Ωστόσο, δας ΙΙ η καταλυτική θέση σχηματίζεται από το
είναι σημαντικό να τονιστεί ότι οι ομοιότητες δεν αποδεικνύουν τη γενεαλο- ίδιο το ιντρόνιο (κόκκινο). Αντίθετα, το μάτισμα
γία. Οι ομοιότητες μεταξύ των ιντρονίων της ομάδας ΙΙ και του ματίσματος του των πυρηνικών πρόδρομων μορίων του mRNA κα-
mRNA μπορεί να είναι αποτέλεσμα συγκλίνουσας εξέλιξης. Ίσως υπάρχει ταλύεται από snRNA και τις σχετιζόμενες με αυτά
πρωτεΐνες στο σωμάτιο ματίσματος. [Κατά P. A.
μόνο ένας περιορισμένος αριθμός οδών διεξαγωγής επαρκούς και εξειδικευ- Sharp. Science 235(1987):769.]
μένης εκτομής ιντρονίων. Για να προσδιορίσουμε εάν οι ομοιότητες αυτές κα-
τάγονται από γονική σειρά ή από χημεία χρειάζεται να αυξήσουμε τις γνώ-
σεις μας στη βιοχημεία του RNA.
Π Ε ΠΕΡΙΛΗΨΗ
ΡΙΛΗΨΗ
• Η μεταγραφή καταλύεται από την RNA πολυμεράση

Όλα τα κυτταρικά μόρια RNA συντίθενται από RNA πολυμεράσες σύμ-
φωνα με οδηγίες που δίδονται από εκμαγεία DNA. Τα ενεργοποιημένα μο-
νομερή υποστρώματα είναι τριφωσφορικοί ριβονουκλεοζίτες. Η κατεύ-
θυνση της σύνθεσης RNA είναι 5΄→3΄, όπως και στη σύνθεση του DNA.
Οι RNA πολυμεράσες, σε αντίθεση με τις DNA πολυμεράσες, δεν χρειά-
ζονται έναν εκκινητή και δεν έχουν διορθωτική δραστικότητα νουκλεά-
σης.
Η RNA πολυμεράση της Ε. coli είναι ένα ένζυμο πολλών υπομονάδων.
Η σύσταση των υπομονάδων του ολοενζύμου των 500 περίπου kd είναι
α2ββ΄σ και η σύσταση του πυρήνα του ενζύμου είναι α2ββ΄. Η μεταγραφή
αρχίζει σε θέσεις προαγωγέων που αποτελούνται από δύο ομόφωνες αλ-
ληλουχίες, η μία επικεντρωμένη κοντά στη θέση –10 και η άλλη κοντά στη
θέση –35. Δηλαδή, 10 και 35 νουκλεοτίδια μακριά από τη θέση έναρξης
προς την κατεύθυνση του 5΄-άκρου (ανοδικά). Η ομόφωνη αλληλουχία της
908
ΚΕΦΑΛΑΙΟ 28
περιοχής –10 είναι ΤΑΤΑΑΤ. Η υπομονάδα σ βοηθά το ολοένζυμο να ανα-
γνωρίζει θέσεις προαγωγέων. Όταν η θερμοκρασία ανάπτυξης αυξάνεται,
τα κύτταρα της Ε. coli εκφράζουν έναν ειδικό παράγοντα σ, ο οποίος επι-
λεκτικά δεσμεύεται σε διάκριτους προαγωγείς γονιδίων της θερμικής κα-
ταπληξίας. Η RNA πολυμεράση πρέπει να ξετυλίξει το δίκλωνο εκμαγείο
της διπλής έλικας για να πραγματοποιηθεί η μεταγραφή. Το ξετύλιγμα εκ-
θέτει περίπου 17 βάσεις στον κλώνο-εκμαγείο και ετοιμάζει το σκηνικό
για τον σχηματισμό του πρώτου φωσφοδιεστερικού δεσμού. Οι αλυσίδες
του RNA συνήθως αρχίζουν με pppG ή pppA. Η υπομονάδα σ αποσυνδέε-
ται από το ολοένζυμο μετά από την έναρξη της νέας αλυσίδας. Η επιμή-
κυνση πραγματοποιείται στις φυσαλίδες της μεταγραφής που μετακινού-
νται κατά μήκος του εκμαγείου DNA με μια ταχύτητα περίπου 50 νουκλε-
οτιδίων ανά δευτερόλεπτο. H νεοσυντιθέμενη αλυσίδα του RNA περιέχει
σήματα τερματισμού που τελειώνουν τη μεταγραφή. Ένα σήμα τερματι-
σμού είναι μια δομή φουρκέτας του RNA, η οποία ακολουθείται από με-
ρικά κατάλοιπα U. Ένα διαφορετικό σήμα τερματισμού διαβάζεται από την
πρωτεΐνη ρ που είναι μια ΑΤΡάση. Στην E. coli πρόδρομα μόρια tRNA και
rRNA διασπώνται και τροποποιούνται χημικά μετά τη μεταγραφή, ενώ μό-
ρια mRNA χρησιμοποιούνται αναλλοίωτα ως εκμαγεία για τη σύνθεση
πρωτεϊνών.
• Η ευκαρυωτική μεταγραφή και η μετάφραση είναι διαχωρισμένες στον

χώρο και στον χρόνο
Η σύνθεση του RNA στα ευκαρυωτικά λαμβάνει χώρα στον πυρήνα, ενώ
η σύνθεση πρωτεϊνών πραγματοποιείται στο κυτταρόπλασμα. Στον πυρή-
να υπάρχουν τρεις τύποι RNA πολυμεράσης: η RNA πολυμεράση Ι συν-
θέτει πρόδρομα μόρια rRNA. Η RNA πολυμεράση ΙΙ συνθέτει πρόδρομα
μόρια mRNA και η RNA πολυμεράση ΙΙΙ συνθέτει πρόδρομα μόρια tRNA.
Οι ευκαρυωτικοί προαγωγείς είναι πολύπλοκοι, αποτελούμενοι από αρκε-
τά διαφορετικά στοιχεία. Οι προαγωγείς για την RNA πολυμεράση ΙΙ βρί-
σκονται στην πλευρά 5΄ της θέσης έναρξης για τη μεταγραφή. Ο κάθε ένας
αποτελείται από ένα πλαίσιο ΤΑΤΑ επικεντρωμένο μεταξύ των θέσεων –30
και –100 καθώς και από πρόσθετες ανοδικές αλληλουχίες. Αναγνωρίζονται
από πρωτεΐνες που ονομάζονται παράγοντες μεταγραφής και όχι από την
RNA πολυμεράση ΙΙ. Η πρωτεΐνη σχήματος σέλας που δεσμεύεται στο
πλαίσιο ΤΑΤΑ ξετυλίγει και κάμπτει το DNA στις αλληλουχίες του πλαι-
σίου ΤΑΤΑ και χρησιμεύει ως εστιακό σημείο για τη συναρμολόγηση των
συμπλόκων μεταγραφής. Η πρωτεΐνη που δεσμεύεται στο πλαίσιο ΤΑΤΑ
αρχίζει τη συναρμολόγηση του ενεργού συμπλόκου μεταγραφής. Η δρα-
στικότητα πολλών προαγωγέων αυξάνεται σημαντικά από ενισχυτικές αλ-
ληλουχίες οι οποίες δεν έχουν οι ίδιες δραστικότητα προαγωγέα. Οι ενι-
σχυτικές αλληλουχίες μπορούν να δρουν από αποστάσεις αρκετών χιλιά-
δων βάσεων και μπορεί να είναι τοποθετημένες είτε ανοδικά είτε καθοδι-
κά ενός γονιδίου.
• Τα προϊόντα της μεταγραφής και των τριών ευκαρυωτικών πολυμερασών

υφίστανται επεξεργασία
Τα 5΄-άκρα των πρόδρομων mRNA καλύπτονται και μεθυλιώνονται κατά
την πορεία της μεταγραφής. Μια ουρά πολυ(Α) 3΄ προστίθεται στα περισ-
σότερα πρόδρομα μόρια mRNA μετά τη διάσπαση της νεοσυντιθέμενης
αλυσίδας από μια ενδονουκλεάση. Διεργασίες διόρθωσης RNA αλλάζουν
τη νουκλεοτιδική αλληλουχία μερικών mRNA όπως εκείνης της απολιπο-
πρωτεΐνης Β.
Το μάτισμα πρόδρομων μορίων mRNA πραγματοποιείται από σωμάτια
ματίσματος, τα οποία αποτελούνται από μικρά πυρηνικά ριβονουκλεοπρω-
909
τεϊνικά σωμάτια (snRNP). Οι θέσεις ματίσματος στα πρόδρομα mRNA Eπιλεγμένη βιβλιογραφία
προσδιορίζονται από αλληλουχίες στα άκρα ιντρονίων και από θέσεις δια-
κλάδωσης κοντά στα 3΄-άκρα τους. Η υδροξυλική ομάδα ενός καταλοίπου
αδενοσίνης στη θέση διακλάδωσης προσβάλλει τη θέση ματίσματος 5΄
σχηματίζοντας ένα ενδιάμεσο δομής βρόχου. Το νέο 3΄-ΟΗ άκρο του ανο-
δικού εξονίου που δημιουργείται στη συνέχεια προσβάλλει τη θέση διά-
σπασης 3΄ για να ενωθεί με το καθοδικό εξόνιο. Επομένως, το μάτισμα επι-
τελείται με δύο αντιδράσεις τρανσεστεροποίησης, με τον αριθμό των φω-
σφοδιεστερικών δεσμών να παραμένει σταθερός κατά τη διάρκεια των αντι-
δράσεων. Τα μικρά πυρηνικά RNA στα σωμάτια ματίσματος καταλύουν το
μάτισμα των πρόδρομων μορίων του mRNA. Πιο συγκεκριμένα, τα snRNA
U2 και U6 σχηματίζουν το ενεργό κέντρο των σωματίων ματίσματος.
• Η ανακάλυψη του καταλυτικού RNA ήταν αποκαλυπτική τόσο σε σχέση

με τον μηχανισμό όσο και με την εξέλιξη
Μερικά μόρια RNA, όπως το πρόδρομο ριβοσωματικό RNA 26 S από το
πρωτόζωο Tetrahymena, υφίστανται αυτο-μάτισμα απουσία πρωτεϊνών. Μια
αυτο-τροποποιούμενη παραλλαγή αυτού του ιντρονίου rRNA εμφανίζει
πραγματική καταλυτική δράση. Μάτισμα που καταλύεται από σωμάτια μα-
τίσματος μπορεί να έχει εξελιχθεί από το αυτο-μάτισμα. Η ανακάλυψη του
καταλυτικού RNA έχει ανοίξει νέους ορίζοντες στη διερεύνηση των πρώ-
ιμων σταδίων της μοριακής εξέλιξης.
ΟΡΟΙ-ΚΛΕΙΔΙΑ
μεταγραφή, 880 φυσαλίδα μεταγραφής, 886 διόρθωση RNA, 898
RNA πολυμεράση, 880 πρωτεΐνη ρ, 887 μάτισμα RNA, 899
θέσεις προαγωγέων, 881 πλαίσιο ΤΑΤΑ, 893 σωμάτιο ματίσματος, 901
παράγοντας μεταγραφής, 881 ενισχυτής, 896 μικρά πυρηνικά RNA (snRNA), 902
αποτύπωση, 882 προ-mRNA, 897 εναλλακτικό μάτισμα, 904
ομόφωνη αλληλουχία, 883 κάλυμμα 5΄, 898 καταλυτικό RNA, 904
υπομονάδα σ, 883 ουρά πολυ(Α), 898 αυτο-μάτισμα, 905
ΕΠΙΛΕΓΜΕΝΗ ΒΙΒΛΙΟΓΡΑΦΙΑ
Aπό πού να αρχίσετε D., and Darnell, J., 2000. Molecular Cell Biology (4th ed.). W.
H. Freeman and Company.
Woychik, N. A., 1998. Fractions to functions: RNA polymerase
Watson, J. D., Hopkins, N. H., Roberts, J. W., Steitz, J. A., and
II thirty years later. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol.
Weiner, A. M., 1987. Molecular Biology of the Gene (4th ed.).
63:311-317.
Benjamin Cummings.
Losick, R., 1998. Summary: Three decades after sigma. Cold
Gesteland, R. F., Cech, T., and Atkins, J. F. (Eds.), 1999. The
Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 63:653-666.
RNA World (2d ed.). Cold Spring Harbor Laboratory Press.
Darnell, J. E., Jr. 1985. RNA. Sci. Am. 253(4):68-78.
Cech, T. R., 1986. RNA as an enzyme. Sci. Am. 255(5):64-75. RNA πολυμεράσες
Sharp, P. A., 1994. Split genes and RNA splicing. Cell 77:805-
815. Cramer, P., Bushnell, D. A., and Kornberg, R. D., 2001. Structural
Cech, T. R., 1990. Self-splicing and enzymatic activity of an basis of transcription: RNA polymerase II at 2.8 Å resolution.
intervening sequence RNA from Tetrahymena. Biosci. Rep. Science 292:1863-1875.
10:239-261. Gnatt, A. L., Cramer, P., Fu, J., Bushnell, D. A., and Kornberg,
Guthrie, C., 1991. Messenger RNA splicing in yeast: Clues to why R. D., 2001. Structural basis of transcription: An RNA poly-
the spliceosome is a ribonucleoprotein. Science 253:157-163. merase II elongation complex at 3.3 Å resolution. Science 292:
1876-1882.
Bιβλία Zhang, G., Campbell, E. A., Minakhin, L., Richter, C., Severinov,
K., and Darst, S. A., 1999. Crystal structure of Thermus aqua-
Lewin, B., 2000. Genes (7th ed.). Oxford University Press.
ticus core RNA polymerase at 3.3 Å resolution. Cell 98:811-
Kornberg, A., and Baker, T. A., 1992. DNA Replication (2d ed.).
824.
W. H. Freeman and Company.
Campbell, E. A., Korzheva, N., Mustaev, A., Murakami, K., Nair,
Lodish, H., Berk, A., Zipursky, S. L., Matsudaira, P., Baltimore,
910 KEΦAΛAIO 28 · Σύνθεση και μάτισμα RNA
S., Goldfarb, A., and Darst, S. A., 2001. Structural mechanism Tερματισμός
for rifampicin inhibition of bacterial RNA polymerase. Cell
Burgess, B. R., and Richardson, J. P., 2001. RNA passes through
104:901-912.
the hole of the protein hexamer in the complex with
Cheetham, G. M., and Steitz, T. A., 1999. Structure of a
Escherichia coli Rho factor. J. Biol. Chem. 276:4182-4189.
transcribing T7 RNA polymerase initiation complex. Science
Yu, X., Horiguchi, T., Shigesada, K., and Egelman, E. H., 2000.
286:2305-2309.
Three-dimensional reconstruction of transcription termina-
Ebright, R. H., 2000. RNA polymerase: Structural similarities
tion factor rho: Orientation of the N-terminal domain and
between bacterial RNA polymerase and eukaryotic RNA
visualization of an RNA-binding site. J. Mol. Biol. 299:1279-
polymerase II. J. Mol. Biol. 304:687-698.
1287.
Paule, M. R., and White, R. J., 2000. Survey and summary:
Stitt, B. L., 2001. Escherichia coli transcription termination factor
Transcription by RNA polymerases I and III. Nucleic Acids
Rho binds and hydrolyzes ATP using a single class of three
Res. 28:1283-1298.
sites. Biochemistry 40:2276-2281.
Έναρξη και επιμήκυνση Henkin, T. M., 2000. Transcription termination control in
bacteria. Curr. Opin. Microbiol. 3:149-153.
Buratowski, S., 2000. Snapshots of RNA polymerase II trans- Gusarov, I., and Nudler, E., 1999. The mechanism of intrinsic
cription initiation. Curr. Opin. Cell Biol. 12:320-325. transcription termination. Mol. Cell. 3:495-504.
Conaway, J. W., and Conaway, R. C., 1999. Transcription
elongation and human disease. Annu. Rev. Biochem. 68:301- Σχηματισμός του καλύμματος 5 και πολυαδενυλίωση
319.
Shatkin, A. J., and Manley, J. L., 2000. The ends of the affair:
Conaway, J. W., Shilatifard, A., Dvir, A., and Conaway, R. C.,
Capping and polyadenylation. Nat. Struct. Biol. 7:838-842.
2000. Control of elongation by RNA polymerase II. Trends
Ro-Choi, T. S., 1999. Nuclear snRNA and nuclear function
Biochem. Sci. 25:375-380.
(discovery of 5 cap structures in RNA). Crit. Rev. Eukaryotic
Korzheva, N., Mustaev, A., Kozlov, M., Malhotra, A., Nikiforov,
Gene Expr. 9:107-158.
V., Goldfarb, A., and Darst, S. A., 2000. A structural model
Shuman, S., Liu, Y., and Schwer, B., 1994. Covalent catalysis in
of transcription elongation. Science 289:619-625.
nucleotidyl transfer reactions: Essential motifs in Saccharo-
Reines, D., Conaway, R. C., and Conaway, J. W., 1999. Mecha-
myces cerevisiae RNA capping enzyme are conserved in
nism and regulation of transcriptional elongation by RNA
Schizosaccharomyces pombe and viral capping enzymes and
polymerase II. Curr. Opin. Cell Biol. 11:342-346.
among polynucleotide ligases. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.
Προαγωγείς, ενισχυτές και παράγοντες μεταγραφής 91:12046-12050.
Bard, J., Zhelkovsky, A. M., Helmling, S., Earnest, T. N., Moore,
Merika, M., and Thanos, D., 2001. Enhanceosomes. Curr. Opin. C. L., and Bohm, A., 2000. Structure of yeast poly(A) poly-
Genet. Dev. 11:205-208. merase alone and in complex with 3-dATP. Science 289:1346-
Park, J. M., Gim, B. S., Kim, J. M., Yoon, J. H., Kim, H. S., 1349.
Kang, J. G., and Kim, Y. J., 2001. Drosophila mediator Martin, G., Keller, W., and Doublie, S., 2000. Crystal structure
complex is broadly utilized by diverse gene-specific of mammalian poly(A) polymerase in complex with an analog
transcription factors at different types of core promoters. Mol. of ATP. EMBO J. 19:4193-4203.
Cell. Biol. 21:2312-2323. Zhao, J., Hyman, L., and Moore, C., 1999. Formation of mRNA
Fiering, S., Whitelaw, E., and Martin, D. I., 2000. To be or not 3 ends in eukaryotes: Mechanism, regulation, and
to be active: The stochastic nature of enhancer action. Bioes- interrelationships with other steps in mRNA synthesis.
says 22:381-387. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 63:405-445.
Hampsey, M., and Reinberg, D., 1999. RNA polymerase II as a Minvielle-Sebastia, L., and Keller, W., 1999. mRNA polyadeny-
control panel for multiple coactivator complexes. Curr. Opin. lation and its coupling to other RNA processing reactions and
Genet. Dev. 9:132-139. to transcription. Curr. Opin. Cell Biol. 11:352-357.
Chen, L., 1999. Combinatorial gene regulation by eukaryotic Wahle, E., and Kuhn, U., 1997. The mechanism of 3 cleavage and
transcription factors. Curr. Opin. Struct. Biol. 9:48-55. polyadenylation of eukaryotic pre-mRNA. Prog. Nucleic Acid
Muller, C. W., 2001. Transcription factors: Global and detailed Res. Mol. Biol. 57:41-71.
views. Curr. Opin. Struct. Biol. 11:26-32.
Sakurai, H., and Fukasawa, T., 2000. Functional connections Διόρθωση RNA
between mediator components and general transcription
Gott, J. M., and Emeson, R. B., 2000. Functions and mechanisms
factors of Saccharomyces cerevisiae. J. Biol. Chem. 275:37251-
of RNA editing. Annu. Rev. Genet. 34:499-531.
37256.
Simpson, L., Thiemann, O. H., Savill, N. J., Alfonzo, J. D., and
Droge, P., and Muller-Hill, B., 2001. High local protein concen-
Maslov, D. A., 2000. Evolution of RNA editing in trypano-
trations at promoters: Strategies in prokaryotic and eukaryotic
some mitochondria. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97:6986-6993.
cells. Bio-essays 23:179-183.
Chester, A., Scott, J., Anant, S., and Navaratnam, N., 2000. RNA
Fickett, J. W., and Hatzigeorgiou, A. G., 1997. Eukaryotic promo-
editing: Cytidine to uridine conversion in apolipoprotein B
ter recognition. Genome Res. 7:861-878.
mRNA. Biochim. Biophys. Acta 1494:1-3.
Smale, S. T., Jain, A., Kaufmann, J., Emami, K. H., Lo, K., and
Maas, S., and Rich, A., 2000. Changing genetic information
Garraway, I. P., 1998. The initiator element: A paradigm for
through RNA editing. Bioessays 22:790-802.
core promoter heterogeneity within metazoan protein-coding
genes. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 63:21-31. Mάτισμα πρόδρομων μορίων mRNA
Kim, Y., Geiger, J. H., Hahn, S., and Sigler, P. B., 1993. Crystal
structure of a yeast TBP/TATA-box complex. Nature 365:512- Stark, H., Dube, P., Luhrmann, R., and Kastner, B., 2001.
520. Arrangement of RNA and proteins in the spliceosomal U1
Kim, J. L., Nikolov, D. B., and Burley, S. K., 1993. Co-crystal small nuclear ribonucleoprotein particle. Nature 409:539-542.
structure of TBP recognizing the minor groove of a TATA Strehler, E. E., and Zacharias, D. A., 2001. Role of alternative
element. Nature 365:520-527. splicing in generating isoform diversity among plasma
White, R. J., and Jackson, S. P., 1992. The TATA-binding protein: membrane calcium pumps. Physiol. Rev. 81:21-50.
A central role in transcription by RNA polymerases I, II and Graveley, B. R., 2001. Alternative splicing: Increasing diversity in
III. Trends Genet. 8:284-288. the proteomic world. Trends Genet. 17:100-107.
Newman, A., 1998. RNA splicing. Curr. Biol. 8:R903-R905.
Reed, R., 2000. Mechanisms of fidelity in pre-mRNA splicing.
Ασκήσεις 911
Curr. Opin. Cell Biol. 12:340-345. Scott, W. G., 1998. RNA catalysis. Curr. Opin. Struct. Biol. 8:720-
Sleeman, J. E., and Lamond, A. I., 1999. Nuclear organization of 726.
pre-mRNA splicing factors. Curr. Opin. Cell Biol. 11:372-377. Scott, W. G., and Klug, A., 1996. Ribozymes: Structure and
Black, D. L., 2000. Protein diversity from alternative splicing: A mechanism in RNA catalysis. Trends Biochem. Sci. 21:220-
challenge for bioinformatics and post-genome biology. Cell 224.
103:367-370. Cech, T. R., Herschlag, D., Piccirilli, J. A., and Pyle, A. M., 1992.
Collins, C. A., and Guthrie, C., 2000. The question remains: Is the RNA catalysis by a group I ribozyme: Developing a model for
spliceosome a ribozyme? Nat. Struct. Biol. 7:850-854. transition state stabilization. J. Biol. Chem. 267:17479-17482.
Herschlag, D., and Cech, T. R., 1990. Catalysis of RNA cleavage
Aυτο-μάτισμα και καταλυτικό RNA by the Tetrahymena thermophila ribozyme 1: Kinetic descrip-
Carola, C., and Eckstein, F., 1999. Nucleic acid enzymes. Curr. tion of the reaction of an RNA substrate complementary to
Opin. Chem. Biol. 3:274-283. the active site. Biochemistry 29:10159-10171.
Doherty, E. A., and Doudna, J. A., 2000. Ribozyme structures Piccirilli, J. A., Vyle, J. S., Caruthers, M. H., and Cech, T. R.,
and mechanisms. Annu. Rev. Biochem. 69:597-615. 1993. Metal ion catalysis in the Tetrahymena ribozyme re-
Fedor, M. J., 2000. Structure and function of the hairpin ribozyme. action. Nature 361:85-88.
J. Mol. Biol. 297:269-291. Wang, J. F., Downs, W. D., and Cech, T. R., 1993. Movement of
Hanna, R., and Doudna, J. A., 2000. Metal ions in ribozyme fol- the guide sequence during RNA catalysis by a group I ribo-
ding and catalysis. Curr. Opin. Chem. Biol. 4:166-170. zyme. Science 260:504-508.
ΑΣΚΗΣΕΙΣ
1. Συμπληρώματα. Η αλληλουχία ενός τμήματος mRNA εί- 9. Μια αποκαλυπτόμενη φυσαλίδα. Ας πάρουμε τη συνθετική
ναι: φυσαλίδα μεταγραφής RNA-DNA που απεικονίζεται πα-
ρακάτω. Ας αναφερθούμε στην κωδικεύουσα αλυσίδα του
5΄-AUGGGGAACAGCAAGAGUGGGGCCCUGUCCAAGGAG-3΄
DNA, τον κλώνο-εκμαγείο και τον κλώνο του RNA ως
Ποια είναι η αλληλουχία του κωδικεύοντος κλώνου του κλώνους 1, 2 και 3, αντίστοιχα.
DNA; Ποια είναι η αλληλουχία του κλώνου-εκμαγείου
Kˆ‰ÈÎÂ‡ˆÓ ÎÏÒÓÔ˜
του DNA; A CGGC
AC GA
GG A
5'- GG A T A C T T A C AGCC A T T A C T CC A T T... 3'
2. Ελέγχοντας για λάθη. Γιατί η σύνθεση RNA δεν παρακο-
3'- CC T A T G A A T G T C GG T A CC T G T GCCGC T T A T GAGG T A A... 5'
λουθείται προσεκτικά για λάθη όπως η σύνθεση DNA;
KÏÒÓÔ˜- U UGG A C A CGGCG AA
U
3. Η ταχύτητα δεν είναι η ουσία. Γιατί είναι πιο πλεονεκτικό ÂÎÌ·ÁÂ›Ô
U UU
U
για τη σύνθεση DNA να είναι ταχύτερη από τη σύνθε- 5'- U
ση RNA; RNA
4. Ικανός αναστολέας. Η ηπαρίνη αναστέλλει τη μεταγρα- (α) Ας υποθέσουμε ότι ο κλώνος 3 είναι σημασμένος
φή, δεσμευόμενη στην RNA πολυμεράση. Ποιες ιδιό- με 32Ρ στο 5΄-άκρο του και ότι διεξάγεται ηλεκτροφό-
τητες της ηπαρίνης της επιτρέπουν να δεσμεύεται στην ρηση σε πηκτή πολυακρυλαμιδίου υπό μη αποδιατακτι-
RNA πολυμεράση τόσο αποτελεσματικά; κές συνθήκες. Να προβλέψετε το αυτοραδιογραφικό
πρότυπο για: (i) τον κλώνο 3 μόνον, (ii) τους κλώνους 1
5. Ένα ελεύθερο κανόνι. Η πρωτεΐνη σ δεν δεσμεύεται η ίδια και 3, (iii) τους κλώνους 2 και 3, (iv) τους κλώνους 1, 2
σε θέσεις προαγωγέων. Να προβλέψετε το αποτέλεσμα και 3 και (v) τους κλώνους 1, 2, 3 και τον πυρήνα της
μιας μετάλλαξης που επιτρέπει στη σ να δεσμεύεται στη RNA πολυμεράσης
θέση –10 απουσία άλλων υπομονάδων της RNA πολυμε- (β) Ποιο είναι το πιθανό αποτέλεσμα της ριφαμπικί-
ράσης. νης στη σύνθεση RNA στο σύστημα αυτό;
(γ) Η ηπαρίνη εμποδίζει την επιμήκυνση του RNA-εκ-
6. Κολλημένη πρωτεΐνη σ. Ποιο είναι το πιθανότερο αποτέ- κινητή όταν προστίθεται στον πυρήνα της RNA πολυ-
λεσμα μιας μετάλλαξης που θα μπορούσε να εμποδίσει μεράσης πριν από το ξεκίνημα της μεταγραφής, αλλά όχι
την αποσύνδεση της σ από τον πυρήνα της RNA πολυ- μετά την έναρξή της. Να εξηγήσετε τη διαφορά αυτή.
μεράσης; (δ) Ας υποθέσουμε ότι η σύνθεση διεξάγεται παρου-
σία ΑΤΡ, CTP και UTP. Να συγκρίνετε το μήκος του μα-
7. Χρόνος μεταγραφής. Ποιο είναι το ελάχιστο χρονικό διά- κρύτερου προϊόντος που αποκτάται με εκείνο που ανα-
στημα που απαιτείται για τη σύνθεση από την RNA πο- μένεται όταν υπάρχουν και τα τέσσερα ριβονουκλεοτί-
λυμεράση της E. coli ενός μορίου mRNA που κωδικεύει δια.
μια πρωτεΐνη 100 kd;
10. Ατελέσφορος κύκλος. Δι- και τρινουκλεοτίδια πολλές φο-
8. Μεταξύ φυσαλίδων. Πόσο απέχουν μεταξύ τους φυσαλί- ρές ελευθερώνονται από την RNA πολυμεράση κατά την
δες μεταγραφής σε γονίδια της E. coli, τα οποία μετα- έναρξη της μεταγραφής, μια διεργασία που ονομάζεται
γράφονται με μέγιστη ταχύτητα; ατελέσφορος κύκλος. Η διεργασία αυτή χρειάζεται επα-
912 KEΦAΛAIO 28 · Σύνθεση και μάτισμα RNA
νέναρξη της μεταγραφής. Να προτείνετε μια πιθανή εξή- ρούσαν να ενισχύσουν ακόμη περισσότερο την πολυ-
γηση για τον ατελέσφορο κύκλο. πλοκότητα αυτή;
11. Αναστολή πολυμεράσης. Η κορδισεπίνη αναστέλλει τη 16. Τεχνική διαχωρισμού. Να προτείνετε έναν τρόπο με τον
σύνθεση πολυ(Α) σε χαμηλές συγκεντρώσεις και τη σύν- οποίο θα μπορούσατε να διαχωρίσετε mRNA από άλ-
θεση RNA σε υψηλότερες συγκεντρώσεις. λους τύπους RNA σε ένα ευκαρυωτικό κύτταρο.
NH2
N Ασκήσεις ερμηνείας δεδομένων
N 17. Ένα γενικό πείραμα. Πυρήνες απομονώθηκαν από εγκέ-

N
HO O φαλο, ήπαρ και μυς. Στη συνέχεια οι πυρήνες επωάστη-
N
καν με α-32Ρ-UTP σε συνθήκες που επιτρέπουν τη σύν-
θεση RNA, εκτός του ότι κατά την επώαση υπήρχε ένας
H OH αναστολέας της έναρξης της μεταγραφής. Το ραδιενερ-
KÔÚ‰ÈÛÂ›ÓË (3ã-‰ÂÔÍ˘·‰ÂÓÔÛ›ÓË) γό RNA απομονώθηκε και υβριδοποιήθηκε με διάφορες
αλληλουχίες DNA προσαρτημένες σε μια μικροσυστοι-
(α) Ποια είναι η βάση της αναστολής από την κορδι- χία DNA. Στα διαγράμματα που παρατίθενται, η ένταση
σεπίνη; των σκιάσεων υποδηλώνει περίπου πόσο mRNA προ-
(β) Γιατί η σύνθεση πολυ(Α) είναι πιο ευαίσθητη στην σκολλάται σε κάθε αλληλουχία DNA.
παρουσία κορδισεπίνης;
(γ) Χρειάζεται η κορδισεπίνη τροποποίηση για να
ασκήσει τη δράση της;
12. Ένα επιπλέον τμήμα. Ποια είναι η αλληλουχία αμινοξέ-

ων του επιπλέον τμήματος της πρωτεΐνης που συντίθε- ◊·Ú M˘˜ EÁÎ¤Ê·ÏÔ˜
ται σε έναν θαλασσαιμικό ασθενή που έχει μια μετάλ-
λαξη η οποία οδηγεί σε εναλλακτικό μάτισμα; (βλ. Eι- (α) Γιατί η ένταση της υβριδοποίησης διαφέρει μετα-
κόνα 28.28). Το πλαίσιο ανάγνωσης μετά τη θέση διά- ξύ των γονιδίων;
σπασης αρχίζει με TCT. (β) Γιατί είναι σημαντικό το γεγονός ότι μερικά από
τα μόρια RNA εμφανίζουν διαφορετικά σχήματα υβρι-
13. Ένα μήνυμα μακριάς ουράς. Ένας άλλος ασθενής με θα- δοποίησης στους διαφορετικούς ιστούς;
λασσαιμία είχε μια μετάλλαξη που οδήγησε στην παρα- (γ) Μερικά γονίδια εκφράζονται σε όλους τους ιστούς.
γωγή ενός mRNA για την αλυσίδα β της αιμοσφαιρίνης Ποια νομίζετε ότι μπορεί να είναι η φύση αυτών των γο-
που ήταν 900 νουκλεοτίδια μακρύτερη από την κανονι- νιδίων;
κή. Η ουρά πολυ(Α) αυτού του μεταλλαγμένου mRNA (δ) Να προτείνετε έναν λόγο για την προσθήκη ενός
ήταν τοποθετημένη μερικά νουκλεοτίδια μετά από τη μο- αναστολέα της έναρξης της μεταγραφής στο μείγμα της
ναδική αλληλουχία AAUAAA της επιπρόσθετης αλλη- αντίδρασης.
λουχίας. Να προτείνετε μια μετάλλαξη που θα μπορού-
σε να οδηγήσει στην παραγωγή αυτού του αλλοιωμένου 18. Χριστουγεννιάτικα δένδρα. Το αυτοραδιογράφημα που πα-
mRNA. ρατίθεται δείχνει μερικά βακτηριακά γονίδια που υφί-
στανται μεταγραφή. Να αναγνωρίσετε το DNA. Τί είναι
Άσκηση μηχανισμού οι κλώνοι αυξανόμενου μεγέθους; Πού βρίσκεται η έναρ-
ξη της μεταγραφής; Πού βρίσκεται το τέλος της μετα-
14. Διόρθωση RNA. Πολλά μόρια ουριδίνης εισέρχονται σε γραφής; Επάνω στη σελίδα, ποια είναι η κατεύθυνση της
μερικά mRNA στα τρυπανοσώματα. Τα κατάλοιπα ουρι- σύνθεσης RNA; Τί μπορείτε να συμπεράνετε για τον
δίνης προέρχονται από ουρές πολυ(U) μιας αλυσίδας-δό- αριθμό των ενζύμων που συμμετέχουν στη σύνθεση RNA
τη. Τριφωσφορικοί νουκλεοζίτες δεν συμμετέχουν στην ενός δεδομένου γονιδίου;
αντίδραση αυτή. Να προτείνετε έναν μηχανισμό αντί-
δρασης που είναι υπεύθυνος για την ανακάλυψη αυτή.
(Υπόδειξη: Να συσχετίσετε τη διόρθωση RNA με το μά-
τισμα RNA.)
Ασκήσεις συνδυασμού ύλης από διάφορα κεφάλαια
15. Πολυπλοκότητα πρωτεώματος. Ποιες διεργασίες που εξε-

τάστηκαν στο κεφάλαιο αυτό κάνουν το πρωτέωμα πιο
πολύπλοκο από το γονιδίωμα; Ποιες διεργασίες θα μπο-

Σύνθεση &amp; μάτισμα του RNA

Uploaded by

Document Information

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

Σύνθεση &amp; μάτισμα του RNA

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

© ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΑΚΕΣ ΕΚΔΟΣΕΙΣ ΚΡΗΤΗΣ ΣΥΜΠΛΗΡΩΜΑΤΙΚΟ ΥΛΙΚΟ ΓΙΑ ΤΟ ΧΗΜΙΚΟ ΤΜΗΜΑ ΤΟΥ ΠΑΝ/ΜΙΟΥ ΑΘΗΝΩΝ

¶Úﬁ‰ÚÔÌÔ ÌﬁÚÈÔ mRNA

H σύνθεση RNA είναι ένα καθοριστικό βήμα στην

Το DNA αποθηκεύει τις γενετικές πληροφορίες σε μια σταθερή μορφή η οποία

28.0.1 Ανασκόπηση της σύνθεσης του RNA

¶ÚÔÎ·Ú˘ˆÙÈÎ‹ RNA ÔÏ˘ÌÂÚ¿ÛË E˘Î·Ú˘ˆÙÈÎ‹ RNA ÔÏ˘ÌÂÚ¿ÛË

2. Ξετυλίγει ένα μικρό τμήμα δίκλωνου ελικοειδούς DNA για να δημιουργή-

3. Επιλέγει τον σωστό τριφωσφορικό ριβονουκλεοζίτη και καταλύει τον σχη-

4. Ανιχνεύει σήματα τερματισμού τα οποία προσδιορίζουν το πού τελειώνει

5. Αλληλεπιδρά με ενεργοποιητικές και κατασταλτικές πρωτεΐνες, οι οποίες

Η θεμελιώδης αντίδραση της σύνθεσης του RNA είναι ο σχηματισμός ενός

28.1 Η ΜΕΤΑΓΡΑΦΗ ΚΑΤΑΛΥΕΤΑΙ ΑΠΟ ΤΗΝ RNA ΠΟΛΥΜΕΡΑΣΗ

ÕÎÚÔ ÙÔ˘ DNA EÈ‰ÈÎ¤˜

EÁÎÔ¤˜ ·ﬁ DNAÛË EÁÎÔ¤˜ ·ﬁ DNAÛË

EIKONA 28.3 Η τεχνική της αποτύπωσης. Το

προηγείται της θέσης έναρξης σημειώνεται ως –1. Οι συμβολισμοί αυτοί ανα-

28.1.2 Oι υπομονάδες σ της RNA πολυμεράσης αναγνωρίζουν θέσεις

28.1.3 Για να πραγματοποιηθεί η μεταγραφή, η RNA πολυμεράση

Αν και η RNA πολυμεράση μπορεί να αναζητά θέσεις προαγωγέων όταν δε-

αρνητικών υπερσπειραμάτων στο DNA από την τοποϊσομεράση ΙΙ μπορεί να

28.1.4 Oι αλυσίδες του RNA σχηματίζονται de novo και αυξάνονται

Η παρουσία της τριφωσφορικής ομάδας υποδηλώνει ότι η σύνθεση RNA

YTP PPi ZTP PPi

EIKONA 28.8 Φυσαλίδα μεταγραφής. KÏÒÓÔ˜-ÂÎÌ·ÁÂ›Ô Kˆ‰ÈÎÂ‡ˆÓ

5' ppp K›ÓËÛË

28.1.6 Mια δομή φουρκέτας RNA που ακολουθείται από ορισμένα

Ο τερματισμός της μεταγραφής είναι τόσο επακριβώς ελεγχόμενος όσο είναι

τεσσάρων ή περισσότερων καταλοίπων ουρακί- G C

28.1.7 H πρωτεΐνη ρ βοηθά στον τερματισμό της μεταγραφής

Η RNA πολυμεράση δεν χρειάζεται βοήθεια για να τερματίσει τη μεταγραφή

5' 3' XˆÚ›˜ ÚˆÙÂ˝ÓË Ú MﬁÚÈ· RNA 23S

τά την έναρξη, αντίστοιχα. Χωρίς την προσθήκη της

Στα προκαρυωτικά, τα μόρια του αγγελιαφόρου RNA υφίστανται μικρή ή κα-

28.1.9 Aντιβιοτικά ως αναστολείς της μεταγραφής

Πολλά αντιβιοτικά είναι εξαιρετικά ειδικοί αναστολείς βιολογικών

DNA DNA ¶˘Ú‹Ó·˜

mRNA MÂÙ·ÊÔÚ¿ mRNA

Μια δεύτερη κύρια διαφορά μεταξύ των προκαρυωτικών και ευκαρυωτικών

Στα προκαρυωτικά, το RNA συντίθεται από ένα μόνο είδος πολυμεράσης.

ΠΙΝΑΚΑΣ 28.2 Eυκαρυωτικές RNA πολυμεράσες

Tύπος Θέση Kυτταρικά μεταγραφήματα Ευαισθησία στην α-αμανιτίνη

28.2.2 Στοιχεία με δράση cis και trans: οι κλειδαριές και τα κλειδιά

Τα ευκαρυωτικά γονίδια, όπως τα αντίστοιχα προκαρυωτικά, χρειάζονται προ-

28.2.3 Oι περισσότεροι προαγωγείς για την RNA πολυμεράση II

28.2.4 H πρωτεΐνη που δεσμεύεται στο πλαίσιο TATA αρχίζει τη

Αν και τα βακτήρια δεν έχουν ΤΒΡ, τα αρχαία χρησιμοποιούν ένα μό-

28.2.5 Πολλοί παράγοντες μεταγραφής αλληλεπιδρούν με

Το βασικό μεταγραφικό σύμπλοκο που περιγράφηκε στο Εδάφιο 28.2.4 αρχί-

Υπάρχουν αρκετά αντίγραφα της αλληλουχίας αυτής, γνωστής ως στοιχείο από-

28.2.6 Eνισχυτικές αλληλουχίες μπορούν να διεγείρουν τη μεταγραφή

Οι δραστικότητες πολλών προαγωγέων στα ανώτερα ευκαρυωτικά αυξάνονται

Ένας συγκεκριμένος ενισχυτής είναι αποτελεσματικός μόνο σε ορισμένα

28.3 ΤΑ ΠΡΟΪΟΝΤΑ ΤΗΣ ΜΕΤΑΓΡΑΦΗΣ ΚΑΙ ΤΩΝ ΤΡΙΩΝ

Ουσιαστικά, όλα τα αρχικά προϊόντα της μεταγραφής στα ευκαρυωτικά υφί-

28.3.1 Tα άκρα του μεταγραφήματος του προ-mRNA αποκτούν ένα

τεϊνών χαμηλής πυκνότητας των κυτταρικών μεμβρανών. Ποια είναι η βιοσυν-

28.3.3 Θέσεις ματίσματος σε πρόδρομα μόρια του mRNA

Τα περισσότερα γονίδια στα ανώτερα ευκαρυωτικά αποτελούνται από εξόνια

900 ı¤ÛË Ì·Ù›ÛÌ·ÙÔ˜ 5' ı¤ÛË ı¤ÛË Ì·Ù›ÛÌ·ÙÔ˜ 3'

Το έκτροπο μάτισμα προκαλεί μερικές μορφές θαλασσαιμίας, μιας

º˘ÛÈÔÏÔÁÈÎﬁ 5' C C T A T T G G T C T A T T T T CC A CCC T T A G G C T G C T G 3'

‚-ı·Ï·ÛÛ·ÈÌ›· 5' C C T A T T A G T C T A T T T T CC A CCC T T A G G C T G C T G 3'

28.3.4 Tο μάτισμα αποτελείται από δύο αντιδράσεις

άκρου του ιντρονίου. Αυτή η αντίδραση είναι μια τρανσεστεροποίηση. O

Σύνθεση & μάτισμα του RNA

Σύνθεση & μάτισμα του RNA