1

Το Κύτταρο Μια Μοριακή Προσέγγιση

Έβδομη Έκδοση

5. Μεταγραφή του DNA

Σύνθεση και
επεξεργασία του RNA

Geoffrey M. Cooper • Robert E. Hausman

2
 Η μεταγραφή του DNA
Η έκφραση των γονιδίων στα κύτταρα γίνεται με μεταφορά πληροφορίας από το

 DNA στο RNA (μεταγραφή, από νουκλεοτίδια σε νουκλεοτίδια)

και από το

 RNA στα πολυπεπτίδια (μετάφραση, από νουκλεοτίδια σε αμινοξέα)

 Τα ένζυμα που μεταγράφουν το DNA ονομάζονται RNA πολυμεράσες

 Στα βακτήρια η μεταγραφή γίνεται από μία RNA πολυμεράση, ενώ στους
ευκαρυώτες από 3 διαφορετικές

 Η RNA πολυμεράση μεταγράφει μόνο με κατεύθυνση 5 → 3 , με ταχύτητα 50-70

νουκλεοτίδια / sec

!!! ΔΕ ΧΡΕΙΑΖΕΤΑΙ ΟΛΙΓΟΝΟΥΚΛΕΟΤΊΔΙΟ-ΕΚΚΙΝΗΤΗΣ

για να ξεκινήσει η μεταγραφή !!!

Οι διαδικασίες σύνθεσης ενός λειτουργικού mRNA στα προκαρυωτικά

και στα ευκαρυωτικά κύτταρα.

Στα βακτήρια η μετάφραση Στους ευκαρυώτες το πρόδρομο mRNA

μπορεί να γίνει πριν ακόμη υφίσταται τροποποιήσεις στον πυρήνα
ολοκληρωθεί η μεταγραφή μετά τη μεταγραφή και στη συνέχεια
βγαίνει στο κυτταρόπλασμα για τη
μετάφραση
Πηγή: Russell, P.J. (2009) iGenetics. Μια Μεντελική προσσέγιση.Ακαδημαϊκές εκδόσεις .Αλεξανδρούπολη

4
 Η μεταγραφή του DNA

• Στα βακτήρια η μεταγραφή γίνεται στο κυτταρόπλασμα και η μετάφραση

από τα ριβοσώματα μπορεί να ξεκινήσει πριν ακόμη ολοκληρωθεί η
μεταγραφή,

ενώ

• στους ευκαρυώτες η μεταγραφή και η επεξεργασία του RNA γίνεται στον

πυρηνόπλασμα (πυρήνα) και η μετάφραση από τα ριβοσώματα στο
κυτταρόπλασμα

Ξεχωρίζουμε τρία στάδια

• Έναρξη-επιμήκυνση-τερματισμός της μεταγραφής

Η μεταγραφή του DNA-Προϊόντα της μεταγραφής

 κωδικό (λειτουργικό) RNA μεταφράζεται σε πρωτεΐνες

mRNA (messenger RNA, μεταφράζεται σε πρωτεΐνες)

 μη κωδικά RNA (ncRNA -noncoding RNA, δεν μεταφράζονται)

• rRNA (ribosomal RNA, συμμετέχει στο σχηματισμό των ριβοσωμάτων)
• tRNA (transfer RNA, μεταφέρει τα αμινοξέα για τη σύνθεση των πρωτεϊνών)

• RNA τελομεράσης

• snRNA (small nuclear RNA, συμβάλλουν στην επεξεργασία του pre-mRNA, σχηματίζουν
σύμπλοκα με πρωτεΐνες)

• miRNA (microRNA_ ssRNA hairpins, ρύθμιση έκφρασης γονιδίων)

• siRNA (small interfering RNA, μικρά παρεμβαλλόμενα RNA_ dsRNA, ρύθμιση έκφρασης
γονιδίων)
• κ.α. RNA που ρυθμίζουν την γονιδιακή έκφραση

6
 Η μεταγραφή στα
βακτήρια

 Μόνο η μία από τις δύο αλυσίδες του DNA μεταγράφεται κάθε φορά, ο κλώνος-μήτρα.

 Ο κλώνος-μήτρα υπαγορεύει τη νουκλεοτιδική αλληλουχία στον νεοσχηματιζόμενο

κλώνο RNA . Ο συμπληρωματικός κλώνος DNA ονομάζεται κωδικός ή σημαίνων κλώνος
 Η μεταγραφή ξεκινάει de novo από ειδικές περιοχές στην αρχή των γονιδίων
(θέση +1)
 Η περιοχή του DNA όπου προσδένεται η πολυμεράση για να ξεκινήσει τη
μεταγραφή λέγεται υποκινητής (promoter)
 Οι θέσεις δεξιά του σημείου έναρξης λέγονται καθοδικές, ενώ αριστερά ανοδικές

ΕΙΚΟΝΑ 8.2 Οι χαρακτηριστικές αλληλουχίες των υποκινητών της E. coli. Οι υποκινητές της E.
coli φέρουν δύο χαρακτηριστικές αλληλουχίες οι οποίες βρίσκονται 10 και 35 ζεύγη βάσεων
ανοδικά από τη θέση έναρξης της μεταγραφής (+1). Οι πρότυπες αλληλουχίες που
υποδεικνύονται εδώ αντιστοιχούν στα νουκλεοτίδια που συναντώνται συχνότερα σε κάθε θέση
με βάση τη σύγκριση των αντίστοιχων αλληλουχιών από διαφορετικούς υποκινητές.

8
 RNA πολυμεράσες βακτηρίων
• Η RNA πολυμεράσες των βακτηρίων είναι μεγάλες πρωτεΐνες με πολλές υπομονάδες
(ολοένζυμο)

• Στην E.coli αποτελείται από έξι υπομονάδες: δύο α, μία β, μία β΄ , μία ω και μία σ
(α2ββ’ωσ)

Απαραίτητες για την ενεργότητα είναι οι α2ββ΄ που αποτελούν το κεντρικό ένζυμο ενώ ο
παράγοντας σ κατευθύνει το ένζυμο στους υποκινητές.

Η υπομονάδα ω συμβάλλει απλά στη συναρμολόγηση του ενζύμου.

ΕΙΚΟΝΑ 8.1 Η RNA πολυμεράση της E. coli.

Το πλήρες ένζυμο αποτελείται από έξι
υπομονάδες: δύο α, μία β, μία β΄, μία ω και
μία σ. Η υπομονάδα σ συνδέεται πιο χαλαρά
και έτσι μπορεί να αποσπαστεί σχετικά
εύκολα από τις υπόλοιπες υπομονάδες, οι
οποίες συνιστούν τη λεγόμενη κεντρική
πολυμεράση.

Έναρξη της μεταγραφής

 Η μεταγραφή ξεκινά όταν το ολοένζυμο της RNA πολυμεράσης αναγνωρίσει ένα
ειδικό σήμα έναρξης της μεταγραφής, τον υποκινητή (promoter) και προσδεθεί σε
αυτό.

 Οι υποκινητές έχουν ειδικές αλληλουχίες έξι νουκλεοτιδίων στις θέσεις

-10 (πλαίσιο -10 ή -10 box ή πλαίσιο Pribnow) και -35 (πλαίσιο -35 ή -35 box), τις
τυπικές ή συναινετικές αλληλουχίες, οι οποίες μπορεί να διαφέρουν, αλλά έχουν
μεγάλη πιθανότητα να φέρουν τις βάσεις :
ΤΑΤΑΑΤ στη θέση -10 και ΤΤGACA στη θέση -35

 Τα νούμερα -10 και -35 αναφέρονται στο μέσο της αλληλουχίας

 Ο παράγοντας σ είναι απαραίτητος για την αναγνώριση του υποκινητή.
Υπάρχουν διαφορετικοί παράγοντες σ, που αναγνωρίζουν διαφορετικούς υποκινητές ,
διαφορετικών γονιδίων
Ονομάζονται με εκθέτη το ΜΒ ή κάποιο γράμμα. Π.χ. σ70 ή σD , σ54 ή σΝ

10
 ΕΙΚΟΝΑ 8.3 Η μεταγραφή στην E. coli.

Η RNA πολυμεράση αρχικά προσδένεται

χωρίς ειδικότητα στο DNA και μετακινείται
κατά μήκος του μορίου μέχρι η
υπομονάδα σ να προσδεθεί στα στοιχεία
–35 και –10, ώστε να σχηματιστεί το
λεγόμενο κλειστό σύμπλοκο υποκινητή.

Κατόπιν, η πολυμεράση ξετυλίγει το

DNA γύρω από τη θέση έναρξης της
μεταγραφής, σχηματίζοντας το λεγόμενο
ανοικτό σύμπλοκο υποκινητή, και ξεκινάει
ο πολυμερισμός ελεύθερων NTP.

Ακολούθως, η υπομονάδα σ
αποδεσμεύεται από την κεντρική
πολυμεράση, η οποία αρχίζει να κινείται
καθοδικά σε σχέση με τον υποκινητή
ΔΕ ΧΡΕΙΑΖΕΤΑΙ ΟΛΙΓΟΝΟΥΚΛΕΟΤΊΔΙΟ- επιμηκύνοντας το υπό σύνθεση μόριο
ΕΚΚΙΝΗΤΗΣ για να ξεκινήσει η μεταγραφή !!! RNA.
https://www.academicbooks.gr/sites/default/files/cooper-ch08_v01.mp4 video

11

Τερματισμός μεταγραφής

ΕΙΚΟΝΑ 8.5 Τερματισμός της μεταγραφής. Ο τερματισμός της μεταγραφής σηματοδοτείται

από μια ανάστροφα επαναλαμβανόμενη αλληλουχία πλούσια σε GC, η οποία ακολουθείται
από περίπου επτά νουκλεοτίδια αδενίνης (Α) στην αλυσίδα-μήτρα. Η μεταγραφή της
ανάστροφης επανάληψης οδηγεί στον σχηματισμό μιας δομής στελέχους-βρόχου στο μόριο
του RNA, η οποία αποσταθεροποιεί τη σύνδεση του μεταγράφου με τη μήτρα DNA
προκαλώντας την απελευθέρωση του RNA και τη λήξη της μεταγραφής.

12
 Η μεταγραφή στους
ευκαρυώτες

13

Η μεταγραφή στους ευκαρυώτες

• Στα βακτήρια η μεταγραφή επιτελείται από μια πολυμεράση για όλα τα είδη RNA.
Στους ευκαρυώτες απαιτούνται εξειδικευμένα ένζυμα για κάθε τύπο RNA και
εντοπίζονται στον πυρήνα
• Στους ευκαρυώτες η μεταγραφή πραγματοποιείται με τη συμβολή πολλών βοηθητικών
μεταγραφικών παραγόντων ( EIK. 8.10)
• Στους ευκαρυώτες η απευθείας πρόσβαση του DNA είναι πολύ δύσκολη λόγω
σχηματισμού νουκλεοσωμάτων, και συμπαγούς χρωματίνης, οπότε απαιτείται
αποσυναρμολόγηση και τροποποίηση των ιστονών από επιπλέον παράγοντες
• Το DNA αρχικά μεταγράφεται σε ένα πρόδρομο mRNA (pre mRNA) το οποίο
υφίσταται επεξεργασία στον πυρήνα πριν μεταφερθεί στο κυτταρόπλασμα.
Η επεξεργασία αυτή περιλαμβάνει την τροποποίηση των δύο άκρων και τη
διαδικασία του ματίσματος ή ωρίμαση
(δηλ. απομάκρυνση ιντρονίων και συρραφή εξονίων)

14
 ΠΙΝΑΚΑΣ 8.1 Κατηγορίες γονιδίων που
μεταγράφονται από τις ευκαρυωτικές
RNA πολυμεράσες.

*Μερικά snRNA(small nuclear RNA) και scRNA

(small cytoplasmic RNA) μεταγράφονται από
την RNA πολυμεράση II, ενώ άλλα
μεταγράφονται από την RNA πολυμεράση IIΙ.

**Οι μιτοχονδριακές και χλωροπλαστικές RNA

πολυμεράσες μοιάζουν με τα αντίστοιχα
βακτηριακά ένζυμα.

15

ΕΙΚΟΝΑ 8.10 Ο σχηματισμός in vitro του προεναρκτήριου

συμπλόκου της RNA πολυμεράσης ΙΙ.
Οι υποκινητές της RNA πολυμεράσης ΙΙ περιλαμβάνουν
διάφορες ρυθμιστικές αλληλουχίες, όπως το πλαίσιο ΤΑΤΑ (με
πρότυπη αλληλουχία TATAA) 25-30 νουκλεοτίδια ανοδικά της
θέσης έναρξης της μεταγραφής, το στοιχείο αναγνώρισης του
TFIIB(BRE) 35 νουκλεοτίδια ανοδικά της θέσης έναρξης της
μεταγραφής, τον εναρκτή (Inr), ο οποίος περιβάλλει τη θέση
έναρξης της μεταγραφής, καθώς και διάφορα στοιχεία τα οποία
βρίσκονται καθοδικά της θέσης έναρξης της μεταγραφής (τα
DCE, MTE και DPE). Ο σχηματισμός του μεταγραφικού
συμπλόκου ξεκινά με την πρόσδεση του μεταγραφικού
παράγοντα TFIID. Μια υπομονάδα του TFIID, η πρωτεΐνη
πρόσδεσης στο ΤΑΤΑ (TBP), προσ-δένεται στο πλαίσιο ΤΑΤΑ.
Άλλες υπομονάδες του TFIID, οι παράγοντες που συνδέονται με
την TBP (TAF), προσ-δένονται στον εναρκτή, καθώς και στα
στοιχεία που βρίσκονται καθοδικά της θέσης έναρξης της
μεταγραφής. Κατόπιν, στρατολογείται ο TFIIB (B), ο οποίος
προσδένεται στην TBP και στο στοιχείο BRE. Ακολουθεί η
πρόσδεση της πολυμεράσης η οποία βρίσκεται ήδη συνδεδεμένη
με τον TFIIF (F). Ο σχηματισμός του προεναρκτήριου
συμπλόκου ολοκληρώνεται με την προσθήκη του TFIIE (E) και
του TFIIH (H). CTD είναι η C-τελική επικράτεια της μεγα-
λύτερης υπομονάδας της RNA πολυμεράσης.

16
 Παράγοντες βασικής μεταγραφής
• Για την έναρξη της μεταγραφής στους ευκαρυώτες απαιτούνται πολλοί παράγοντες μεταγραφής οι
ονομάζονται γενικοί ή βασικοί παράγοντες μεταγραφής: TFIIA, TFIIB, TFIID TFIIE, TFIIBG και TFIIΗ
(TF: Transcription Factor, το II δηλώνει ότι συμμετέχουν στη μεταγραφή που καταλύεται από την
πολυμεράση ΙΙ και τα τελευταία γράμματα τον αριθμό του αντίστοιχου κλάσματος με τη σειρά που
απομονώθηκε)
• Οι παράγοντες μεταγραφής και η RNA πολυμεράση ΙΙ δεσμεύονται σε ρυθμιστικά στοιχεία των
υποκινητών σε μια συγκεκριμένη σειρά, σχηματίζοντας το πλήρες μεταγραφικό σύμπλοκο που
ονομάζεται προεναρκτήριο σύμπλοκο
• Η πραγματοποίηση όμως της μεταγραφής προϋποθέτει την παρουσία επιπλέον παραγόντων.
Μεταξύ αυτών περιλαμβάνεται ένα μεγάλο πρωτεϊνικό σύμπλοκο ο Διαμεσολαβητής (20
υπομονάδες). Ενεργοποιεί την έναρξη της μεταγραφής, αλληλεπιδρά τόσο με τους γενικούς
μεταγραφικούς παράγοντες όσο και με την RNA πολυμεράση αλλά και με ειδικούς για κάθε
γονίδιο παράγοντες που ρυθμίζουν τη γονιδιακή έκφραση
• Ιδιαίτερης σημασίας είναι και οι ενισχυτές, αλληλουχίες που βρίσκονται είτε ανοδικά είτε καθοδικά
της θέσης έναρξης, και μπορεί να βρίσκονται χιλιάδες bp μακριά, ρυθμίζουν δηλ τη μεταγραφή από
απόσταση. Δεσμεύονται με τους υποκινητές με πρωτεϊνικά μόρια (διαμεσολαβητές) με
περίπλοκους μηχανισμούς

17

ΕΙΚΟΝΑ 8.12 Η μεταγραφή των γονιδίων του ριβοσωμικού RNA. Το ριβοσωμικό

DNA (rDNA) μεταγράφεται σε ένα μεγάλο πρόδρομο μόριο RNA (το 45S pre-rRNA),
από το οποίο στη συνέχεια αποκόπτονται τα 28S, 18S και 5,8S rRNA. Στον υποκινητή
του rDNA προσδένονται συνεργειακά οι μεταγραφικοί παράγοντες UBF και SL1 και
στρατολογούν την RNA πολυμεράση Ι στο μεταγραφικό σύμπλοκο.

18
 ΕΙΚΟΝΑ 8.17 Η λειτουργία των ενισχυτών.

Χωρίς τη δράση ενός ενισχυτή, ένα γονίδιο

μεταγράφεται σε χαμηλά επίπεδα (Α).

Παρουσία ενός ενισχυτή, Ε –για παράδειγμα,

των δύο επαναλήψεων 72 ζευγών βάσεων του
SV40–, η μεταγραφή διεγείρεται. Ο ενισχυτής
είναι ενεργός όχι μόνο όταν τοποθετείται
ακριβώς ανοδικά σε σχέση με τον υποκινητή(Β)

αλλά και όταν τοποθετείται αρκετές κιλοβάσεις

είτε ανοδικά είτε καθοδικά της θέσης έναρξης
της μεταγραφής (Γ και Δ).

Επίσης, οι ενισχυτές είναι ενεργοί ανεξάρτητα

από τον προσανατολισμό τους σε σχέση με τη
θέση έναρξης της μεταγραφής (Ε).

19

ΕΙΚΟΝΑ 8.18 Ενισχυτές και αναδίπλωση του DNA. Οι μεταγραφικοί παράγοντες

που προσδένονται σε έναν απομακρυσμένο ενισχυτή είναι δυνατόν, μέσω της
αναδίπλωσης του DNA (του σχηματισμού βρόχου), η οποία σταθεροποιείται από την
κοχεσίνη, να αλληλεπιδράσουν με τον Διαμεσολαβητή ή τους γενικούς μεταγραφικούς
παράγοντες στην περιοχή του υποκινητή.
20
 Στη ρύθμιση της μεταγραφής συμμετέχουν και διάφορες
ρυθμιστικές πρωτεΐνες που προσδένονται στην μεγάλη αύλακα
του DNA.

ΕΙΚΟΝΑ 8.26 Παραδείγματα επικρατειών πρόσδεσης στο DNA. (Α) Η επικράτεια

δάκτυλος ψευδαργύρου αποτελείται από βρόχους στους οποίους συντονισμένα μια α-
έλικα και ένα β-φύλλο προσδένουν ένα ιόν ψευδαργύρου. (Β) Η επικράτεια έλικα-
στροφή-έλικα περιλαμβάνει τρεις (ή σε ορισμένες περιπτώσεις τέσσερις) ελικοειδείς
περιοχές. Η έλικα 3 είναι αυτή που πραγματοποιεί τις περισσότερες επαφές με το DNA,
ενώ οι έλικες 1 και 2 διευθετούνται πάνω από την έλικα 3 κατά τέτοιο τρόπο ώστε να
σταθεροποιούν την αλληλεπίδραση.

21

ΕΙΚΟΝΑ 8.26 Παραδείγματα επικρατειών πρόσδεσης στο DNA. (Γ) Η επικράτεια φερμουάρ
λευκίνης σχηματίζεται από δύο ανεξάρτητες πολυπεπτιδικές αλυσίδες που συγκροτούν ένα
διμερές. Ο διμερισμός επιτυγχάνεται χάρη στις αλληλεπιδράσεις που αναπτύσσονται ανάμεσα
στις υδρόφοβες πλευρικές ομάδες καταλοίπων λευκίνης οι οποίες εκτίθενται στη μία πλευρά μιας
ελικοειδούς περιοχής που ονομάζεται φερμουάρ λευκίνης. Αμέσως μετά το φερμουάρ λευκίνης
συναντάται μια έλικα πλούσια σε βασικά αμινοξέα, η οποία πραγματοποιεί τις επαφές με το
DNA. (Δ) Η επικράτεια έλικα-βρόχος-έλικα είναι παρόμοια με την επικράτεια φερμουάρ
λευκίνης, από την άποψη ότι η πρόσδεση στο DNA πραγματοποιείται από ένα διμερές. Ωστόσο,
οι περιοχές που αλληλεπιδρούν για τον σχηματισμό του διμερούς αποτελούνται η καθεμία από
δύο ελικοειδείς περιοχές οι οποίες διαχωρίζονται από έναν βρόχο.

22
 Τερματισμός μεταγραφής στους ευκαρυώτες
και επεξεργασία του pre mRNA
Ο τερματισμός της μεταγραφής είναι μια σύνθετη διεργασία και επιτελείται με
τα παρακάτω βήματα:
• Αποκοπή του pre-mRNA στη θέση αποκοποπής / πολυαδενυλίωσης ή θέση
πολύ(Α)
• Προσθήκη πολυ(Α) ουράς
• Η μεταγραφή τερματίζεται καθοδικά της θέσης πολυαδενυλίωσης

Ο μηχανισμός τερματισμού χρειάζεται ειδικά στοιχεία αναγνώρισης τα

οποία διαφέρουν στους διάφορους ευκαρυώτες

Κατόπιν το pre mRNA υφίσταται επεξεργασία στα άκρα του

23

Τερματισμός, αποκοπή του pre-mRNA και επεξεργασία 3΄ άκρου

ΕΙΚΟΝΑ 8.45 Σχηματισμός του 3΄ άκρου των ευκαρυωτικών mRNA. Τα σήματα

πολυαδενυλίωσης στα θηλαστικά αποτελούνται από ένα εξανουκλεοτίδιο, το AAUAAA, και
μία περιοχή πλούσια σε U ή σε GU, που βρίσκεται καθοδικά από τη θέση στην οποία
προστίθεται η ουρά πολυ(A). Επιπλέον, σε ορισμένα mRNA υπάρχει και μια πλούσια σε U
αλληλουχία ανοδικά του στοιχείου AAUAAA. Κατά την πολυαδενυλίωση, μια ενδονουκλεάση
κόβει το pre-mRNA 10 έως 30 νουκλεοτίδια καθοδικά του στοιχείου AAUAAA, συνήθως μετά
από ένα δινουκλεοτίδιο CA. Κατόπιν, η πολυ(A) πολυμεράση προσθέτει στο 3΄ άκρο του RNA
μια ουρά πολυ(A), η οποία αποτελείται από 200 περίπου νουκλεοτίδια αδενίνης.

24
 https://www.academicbooks.gr/sites/default/files/igenetics-ch13_v02.mp4

25

Επεξεργασία του mRNA

Συνοπτικά πριν την έξοδο από τον πυρήνα:
 Στο 5΄άκρο
προστίθεται μια καλύπτρα δηλ. η προσθήκη μιας μεθυλο-γουανοσίνης και δύο
μεθυλομάδων στα δυο επόμενα νουκλεοτίδια του μορίου

 Στο 3΄ άκρο
προστίθενται αδενίνες (50-250 αδενίνες_πολυαδενυλίωση, πολύ-Α ουρά) από την
πολύ(Α)πολυμεράση

 Διαδικασία της ωρίμασης (μάτισμα),

δηλ. απομάκρυνση ιντρονίων (μη κωδικών αλληλουχιών) και συρραφή εξονίων
(κωδικών αλληλουχιών). Από ένα pre mRNA είναι δυνατόν να προκύψουν δύο ή
περισσότερα mRNA ανάλογα με το ποια εξόνια θα συρραφθούν (εναλλακτικό
μάτισμα)

 Στοιχειοθεσία RNA
Μπορεί να μεταβληθεί η κωδική αλληλουχία με τροποποίηση κάποιων βάσεων

26
 ΕΙΚΟΝΑ 8.44 Η επεξεργασία του ευκαρυωτικού αγγελιαφόρου RNA στα άκρα. Η επεξεργασία του
mRNA περιλαμβάνει την τροποποίηση του 5΄ άκρου του μέσω της προσθήκης μιας καλύπτρας 7-
μεθυλογουανοσίνης (m7G). Αυτή η 5΄ καλύπτρα σχηματίζεται με την προσθήκη στο 5΄ άκρο του mRNA
ενός GTP σε αντίστροφο προσανατολισμό, σχηματίζοντας έναν δεσμό 5΄-5΄. Το πρόσθετο G
μεθυλιώνεται στη θέση Ν-7 και μεθυλομάδες προστίθενται επίσης στις ριβόζες του ενός ή των δύο
πρώτων νουκλεοτιδίων του RNA. Η τροποποίηση του 3΄ άκρου συνίσταται στην προσθήκη μιας ουράς
πολυ(Α).

Η επεξεργασία των άκρων είναι απαραίτητη προκειμένου να είναι

σταθερό, να μην υδρολυθεί από RNA νουκλεάσες και για να
αναγνωριστεί και να προσδεθεί από τα ριβοσώματα
27

Μάτισμα
Απομάκρυνση ιντρονίων και συρραφή εξονίων

Εικόνα 6.2 Η δομή ενός ευκαρυωτικού γονιδίου.

Τα περισσότερα ευκαρυωτικά γονίδια περιέχουν τμήματα κωδικών αλληλουχιών (εξόνια) τα οποία
διακόπτονται από μη κωδικές αλληλουχίες (ιντρόνια). Τα εξόνια και τα ιντρόνια μεταγράφονται σε
ένα πρόδρομο αρχικό μετάγραφο RNA. Στη συνέχεια, τα ιντρόνια απομακρύνονται με τον
μηχανισμό του ματίσματος για να σχηματιστεί το ώριμο mRNA.

Πηγή: Cooper, M.G. & Hausman, R.E. (2018) Το κύτταρο. Μια μοριακή προσέγγιση Ακαδημαϊκές εκδόσεις. Αλεξανδρούπολη

28
 Εναλλακτικό μάτισμα
Απομάκρυνση ιντρονίων και συρραφή εξονίων με διαφορετικούς συνδυασμούς

Εικόνα 6.7 Εναλλακτικό μάτισμα.

Το γονίδιο που απεικονίζεται περιέχει έξι εξόνια, μεταξύ των οποίων παρεμβάλλονται πέντε
ιντρόνια. Το εναλλακτικό μάτισμα επιτρέπει συρραφή των εξονίων αυτών σε διαφορετικούς
συνδυασμούς, με αποτέλεσμα τη σύνθεση τριών διακριτών μορίων mRNA και επομένως τριών
διαφορετικών πρωτεϊνών από το αρχικό πρωτογενές μετάγραφο.

Πηγή: Cooper, M.G. & Hausman, R.E. (2018) Το κύτταρο. Μια μοριακή προσέγγιση Ακαδημαϊκές εκδόσεις. Αλεξανδρούπολη

29

Η ωρίμανση (μάτισμα) του pre-mRNA .

Α. Συγκρότηση του σωματίου ματίσματος.

ΕΙΚΟΝΑ 8.48 Το πρώτο βήμα κατά τον σχηματισμό του

σωματίου ματίσματος έγκειται στην πρόσδεση του U1 snRNP
(small nuclear Ribonucleoprotein Particles - σύμπλοκο του U1
snRNA μe πρωτεΐνες) στην 5΄ θέση ματίσματος (ΘΜ) του pre-
mRNA.

Ακολουθεί η πρόσδεση του U2 snRNP στο σημείο

διακλάδωσης.

Κατόπιν, ένα προ-σχηματισμένο σύμπλοκο που αποτελείται

από τα U4/U6 και U5 snRNP ενσωματώνεται στο σωμάτιο
ματίσματος.

Τέλος, τα U1 και U4 αποσυνδέονται από το σύμπλοκο, ενώ το

U6 καταλύει τον σχηματισμό της δομής σε σχήμα λάσου και
τη σύνδεση των εξονίων.

U1,U2,U4,U5,U6 : snRNAs (small nuclear RNAs)

30
 Η ωρίμανση του pre-mRNA
Β. Αυτομάτισμα του mRNA :

Τα ιντρόνια αποκόπτονται από μόνα τους και συρράπτουν τα εξόνια

https://www.academic
books.gr/sites/default/f
iles/igenetics-
ch13_v02.mp4

video

ΕΙΚΟΝΑ 8.50 Αυτομάτισμα. Τα αυτοματιζόμενα ιντρόνια της ομάδας Ι και της ομάδας ΙΙ απομακρύνονται
με διαφορετικούς μηχανισμούς. Στην περίπτωση των ιντρονίων της ομάδας Ι, η διαδικασία ξεκινά με μία
κοπή στην 5΄ θέση ματίσματος, η οποία πραγματοποιείται με τη βοήθεια ενός νουκλεοτιδίου
γουανοσίνης που λειτουργεί ως συμπαράγοντας. Έτσι προστίθεται ένα G στο 5΄ άκρο του ιντρονίου και
προκύπτει ένα γραμμικό ενδιάμεσο μόριο. Ο μηχανισμός απομάκρυνσης των ιντρονίων της ομάδας ΙΙ
μοιάζει πολύ με αυτόν του ματίσματος των pre-mRNA. Η κοπή στην 5΄ θέση ματίσματος προκαλείται
από ένα νουκλεοτίδιο αδενίνης του ιντρονίου, με αποτέλεσμα τον σχηματισμό ενός ενδιάμεσου μορίου
με μορφή λάσου. Και στις δύο περιπτώσεις, η διαδικασία ολοκληρώνεται με την κοπή στην 3΄ θέση
ματίσματος, η οποία πραγματοποιείται ταυτόχρονα με την απομάκρυνση του ιντρονίου και τη σύνδεση
των δύο εξονίων μεταξύ τους.

31

Στοιχειοθεσία του RNA (RNA editing)

Μεταβάλλεται η κωδική αλληλουχία ορισμένων mRNA

Περιλαμβάνει αλλαγές συγκεκριμένων βάσεων μέσω ορισμένων

τροποποιητικών αντιδράσεων

Π.χ. στα θηλαστικά

 απαμίνωση κυτιδίνης προς ουριδίνη

 αδενοσίνης προς ινοσίνη

32
ΕΙΚΟΝΑ 8.54 Στοιχειοθεσία του mRNA της απολιποπρωτεΐνης Β. Το mRNA του γονιδίου
της απολιποπρωτεΐνης Β στο ανθρώπινο ήπαρ δεν υφίσταται στοιχειοθεσία και από τη
μετάφρασή του προκύπτει μια πρωτεΐνη μεγέθους 4.536 αμινοξέων, η οποία ονομάζεται Apo-
B100. Ωστόσο, το mRNA αυτό υφίσταται στοιχειοθεσία στο έντερο, με αποτέλεσμα τη
μετατροπή μιας συγκεκριμένης βάσης του από C σε U. Η αλλαγή αυτή έχει ως συνέπεια ένα
κωδικόνιο γλουταμίνης (CAA) να μετατρέπεται σε κωδικόνιο τερματισμού της μετάφρασης
(UAA). Ο πρόωρος τερματισμός της μετάφρασης του mRNA της απολιποπρωτεΐνης Β στο
έντερο οδηγεί στη σύνθεση μιας μικρότερης πρωτεΐνης, η οποία ονομάζεται Apo-B48 και έχει
μέγεθος 2.152 αμινοξέα.

33

Αποικοδόμηση του mRNA

Όλα τα μόρια RNA (ιντρόνια,

mRNA) αποικοδομούνται από RNA
νουκλεάσες και τα συστατικά τους
ανακυκλώνονται

Τα μεταφορικά και τα ριβοσωμικά

είναι ιδιαιτέρως σταθερά λόγω της
δομής τους

ΕΙΚΟΝΑ 8.55 Αποικοδόμηση του mRNA.

Η αποικοδόμηση του mRNA συνήθως ξεκινά με τη μείωση του μήκους της ουράς πολυ(Α).
Η διαδικασία της αποαδενυλίωσης ακολουθείται είτε από την αποικοδόμηση του μορίου
του mRNA με κατεύθυνση 3΄ προς 5΄ είτε από την απομάκρυνση της καλύπτρας στο 5΄
άκρο και την αποικοδόμηση του μορίου με κατεύθυνση 5΄ προς 3΄.

34
 Το ριβοσωμικό RNA
(rRNA)

Το ριβοσωμικό RNA
αναδιπλώνεται και
συμμετέχει στο σχηματισμό
ριβοσωμάτων σε συνδυασμό
με πρωτεΐνες

ΕΙΚΟΝΑ 9.5 Η δομή του 16S rRNA.

Εξαιτίας του ζευγαρώματος των
βάσεων διαφορετικών περιοχών
του, το 16S rRNA αποκτά μια
χαρακτηριστική δευτεροταγή δομή.
(Από τη δημοσίευση των Yusupov et
al., 2001. Science 292: 883.)

35

Επεξεργασία υφίστανται και τα μεταφορικά RNA στα άκρα

τους

ΕΙΚΟΝΑ 8.43 Η επεξεργασία των μεταφορικών RNA.

Τα μεταφορικά RNA προέρχονται από pre-tRNA, ορισμένα από τα

οποία περιέχουν περισσότερα από ένα ανεξάρτητα μόρια tRNA.
Στο πλαίσιο της ωρίμανσης των πρόδρομων μορίων το ριβοένζυμο
RNάση P καταλύει την κοπή του 5΄ άκρου, ενώ μια δεύτερη κοπή στο
3΄ άκρο καταλύεται από μια συμβατική, πρωτεϊνική RNάση.
Στη συνέχεια, στο 3΄ άκρο πολλών tRNA προστίθεται το
τρινουκλεοτίδιο CCA.
Τέλος, ορισμένες βάσεις που βρίσκονται σε συγκεκριμένες θέσεις του
μορίου υφίστανται κάποιες χαρακτηριστικές τροποποιήσεις.

Μεταξύ των τροποποιημένων νουκλεοσιδίων που μπορεί να

προκύψουν συμπεριλαμβάνονται :
η διυδροουριδίνη (DHU), η μεθυλογουανοσίνη (mG), η ινοσίνη (I), η
ριβοθυμιδίνη (T) και η ψευδοουριδίνη (Ψ).

36
 ΕΙΚΟΝΑ 8.43

(Β) Η δομή των τροποποιημένων βάσεων.

Η ριβοθυμιδίνη,
η διυδροουριδίνη και η ψευδοουριδίνη
σχηματίζονται μέσω της τροποποίησης
ουριδινών του tRNA.

Η ινοσίνη και η μεθυλογουανοσίνη

σχηματίζονται μέσω της τροποποίησης
καταλοίπων γουανοσίνης.

37