Professional Documents
Culture Documents
Sistemi za pretraživanje
Broj informacija neprekidno raste, pa je za dobijanje relevantnih informacija postalo
neophodno razvijanje sistema za pretraživanje. Sistemi za pretraživanje pohranjuju,
organizuju i diseminiraju naučne informacije. Delove sistema za pretraživanje čine sadržaj
(baza podataka, internet sajt), tehnologija za pohranjivanje i organizovanje informacija i
programi za procesiranje upita za pretraživanje. Cilj primene sistema za pretraživanje je da
korisniku omogući pristup sadržaju sistema. Komunikacija između korisnika i sistema vrši se
postavljanjem upita o temi koja je predmet pretraživanja. Sistem zatim vrši uparivanje upita
sa sadržajem sistema koji je najčešće predstavljen u obliku metapodataka.
indeksiranje i
pretraživanje informacija.
Indeksiranje znači dodeljivanje metapodataka ("podaci o podacima") određenom
sadržaju. Za indeksiranje se koriste
atributi kao što su naziv časopisa, imena autora, vrsta publikacije, godina
objavljivanja ili neki drugi.
Pretraživanje informacija
Globalizacija savremenog društva, pojava novih tehnologija i komunikacionih
sistema omogućila je da veliki broj informacija postane dostupan svima, na svakom mestu i
u svako vreme pa je pretraživanje postalo deo svakodnevnog života velikog broja ljudi. Za
većinu ovaj pojam predstavlja pretraživanje svih vrsta informacija uz korišćenje
kompjuterske tehnologije. Specifičnije značenje ovog pojma je pretraživanje informacija u
bazama podataka koje uglavnom sadrže informacije u obliku teksta. Najpotpuniju definiciju
pretraživanja su dali Menning, Raghavan i Schutze:
Izvori medicinskih informacija prema sadržaju mogu biti bibliografski, kompletni tekstovi,
sadržaji bez teksta i agregatori.
Medline predstavlja osnovni izvor medicinske literature koji pokriva sve oblasti medicine,
sadrži zapise (bibliografske podatke i sažetke) o radovima iz više od 5.000 medicinskih
časopisa, iz preko 80 zemalja. Najveći broj objavljenih radova je na engleskom jeziku ili ima
apstrakt na engleskom jeziku. Besplatno je dostupna na internetu preko servisa PubMed
kojem se može pristupiti sa URL adrese:www.ncbi.nlm.nih.gov. Korišćenjem ovog servisa
moguće je pretraživanje preko 22 miliona bibliografskih citata iz oblasti biomedicine.
PubMed servis dodatno omogućava i pristup člancima iz odabranih časopisa koji nisu
uključeni u Medline bazu podataka.
Pitanje 5: Najpoznatija i najčešće korišćena bibliografska baza podataka u medicini je:
MEDLINE
MEDDOC
MEDLIT
MEDSCI
Kompletni tekstovi
Kako bi znanje zaista postalo zajedničko, javno i dostupno svima novi trend u naučnoj
literaturi je režim otvorenog pristupa (Open Access) koji omogućava svim korisnicima
interneta besplatno pristup, preuzimanje i korišćenje on-line kopija radova objavljenih
u recenziranim, naučnim časopisima.
Pitanje 6: Režim otvorenog pristupa (Open Access) omogućava svim korisnicima interneta:
Sve navedeno
Pretraživanje PubMed-a
Veština pretraživanja velikog broja informacija se sastoji u dobrom izboru pojmova (dobro
formulisano pitanje) i njihovom kombinovanju, korišćenju opcija naprednog pretraživanja i
kliničkih upita.
Prema autoru, naslovu časopisa, kao i prema predmetu, temi istraživanja ili
medicinskom problemu korišćenjem ključnih reči
Prema autoru i naslovu časopisa, dok se korišćenjem ključnih reči ne može vršiti
pretraživanje
Pretraživanje (praktično)
Operator AND koristi se kada se kao rezultat žele dobiti zapisi (reference) koji sadrže
sve tražene pojmove. Na primer, ukoliko u okvir za pretraživanje
upišemo diabetes AND complications, kao rezultat ćemo dobiti sve reference u čijem
se naslovu, sažetku ili bilo gde u zapisu nalaze obe reči. Kad ukucamo dva termina za
pretraživanje PubMed automatski pretražuje sa AND operatorom iako nije ukucan i
nije prikazan u rečima za pretraživanje.
Booleovi operatori mogu se pisati velikim ili malim slovima (AND, OR, NOT ili and, or, not).
Logičkog operatora OR
Filteri pretraživanja
Upotreba dodatnih filtera omogućava da se prilikom pretraživanja dobiju precizniji i
relevantniji rezultati. Oni usmeravaju pretraživanje na određene delove bibliografskog
zapisa i omogućavaju uže pretraživanje zadatih pojmova. Filteri pretraživanja se nalaze na
levoj strani stranice kada je već izvršeno osnovno pretraživanje traženog pojma. Prilikom
prvog pretraživanja aktivno je samo nekoliko filtera.
Nakon izbora svi aktivni filteri će biti označeni znakom za štikliranje i zadebljanim slovima,
npr.
Filteri korišćeni prilikom pretraživanja ostaju aktivni sve do trenutka kada se pretraživanje ne
sažme drugim filterima pretraživanja ili se aktivnost datih filtera ne isključi. Filteri se
deaktiviraju ponovnim klikom na aktivni filter ili klikom na link Clear all kada se deaktiviraju
svi filteri. Aktivnost filtera je uvek prikazana, kako na naslovnoj tako i na svim ostalim
stranama u toku pretraživanja odmah iznad prikazanih rezultata pretraživanja.
da li je neko pre nas aktivirao svoje filtere, u kom slučaju je potrebno da se oni
ponište klikom na link Clear all.
Ništa od navedenog
Sa padajuće liste odabrati željena polja za pretragu. Nakon odabira polja ukucati traženi
naziv. Prilikom ukucavanja PubMed u padajućoj listi nudi nazive iz svoje baze. Nakon
ukucavanja kliknuti na dugme Search koje se nalazi ispod polja za pretragu. Moguće je
kombinovati više polja i naziva za pretragu.
Pretraga po autoru. Na stranici PubMed Advanced Search Builder odabrati sa padajuće liste
polje za pretragu za autora (moguće je birati prvog autora, sve autore, poslednjeg itd.).
Nakon toga ukucati prezime autora, npr. Montgomery pa kliknuti na dugme ADD a
zatim Search.
Filteri kliničkih upita dizajnirani su da ukucane termine pretraže kroz tri oblasti kliničkih
istraživanja:
Rezultati pretraživanja
Rezultat pretraživanja PubMed baze podataka najčešće se prikazuje u obliku osnovnih
bibliografskih podataka i sažetka rada. Rezultati pretraživanja su prikazani u sažetom (engl.
Summary) formatu, koji sadrži osnovne bibliografske podatke o radu, tj. podatke o autoru,
naslovu rada i časopisu u kojem je rad objavljen.
U sažetom formatu prikazana su prezimena i inicijali svih autora koji potpisuju članak,
podaci o časopisu sadrže skraćen naslov časopisa, godinu objavljivanja, volumen, broj
sveske, početnu i završnu stranicu članka. Skraćeni prikaz sadrži i link za usmeravanje ka
sličnim radovima u bazi (Related citations), ako oni postoje.
Autorski sažetak (Abstract) predstavlja skraćeni oblik originalnog rada. Sažetak rada se
otvara u novom prozoru klikom na link sa nazivom rada u sažetom formatu. Cilj pisanja
sažetka je da na brz i efikasan način obavesti čitaoca o problemu istraživanja saopštenog u
originalnom radu. Ako se rad objavljuje u celini u nekom časopisu obično se sažetak piše
ispod naslova, a iznad rada. Najčešće je napisan na jeziku na kome je napisan rad i na
engleskom jeziku. Sažetak se takođe piše po utvrđenoj metodologiji, a broj reči se najčešće
ograničava na 250-300 reči. Sažetak treba da je napisan tako da se lako čita, da je jasan i da
se lako shvata. Elementi sažetka su: naslov, ime autora i koautora, naziv ustanove, uvod, cilj
rada, materijal i metode, rezultati sa diskusijom i zaključak. Nemaju svi sažeci jasno
naznačene delove rada.
Preuzimanje autorskih sažetaka. 1. Na stranici gde su prikazani rezultati pretraživanja
obeležiti radove čije autorske sažetke želimo da preuzmemo. To se postiže klikom levim
tasterom miša na kvadratić kod naslova rada.
U delu padajuće liste Format izabrati Abstract (text) pa kliknuti na Create File.
3. Zavisno od internet pretraživača koji se koristiti pojaviće se prozor gde treba odabrati gde
hoćemo da sačuvamo fajl. Preporučuje se da naziv fajla budu pojmovi koje smo pretraživali i
datum pretraživanja, a da ekstenzija fajla bude txt. Nakon preuzimanja referenci otvoriti
skinuti fajl i proveriti da li sadrži sve reference koje smo obeležili.
1. U filterima smo već označili da se prikažu samo besplatno dostupni kompletni radovi.
2. Klikom levim tasterom miša na naslov željenog rada sa liste otvoriće se nova stranica u
internet pretraživaču u kojoj će biti prikazan autorski sažetak. Čitanjem sažetka možemo
proceniti da li nam je kompletan tekst rada potreban.
3. Klikom na pravougaonu ikonu u desnom gornjem uglu prozora otvoriće se novi prozor u
internet pretraživaču. To je najčešće internet stranica časopisa u kojoj je prikazan kompletan
rad u html formatu.
U nekim slučajevima rad se može otvoriti direktno u pdf formatu u okviru pretraživača pa se
dalje postupa kao u stavci 5. navedenoj niže u tekstu. Rad može biti i spreman za
preuzimanje bez prethodnog otvaranja u pdf čitaču kada je potrebno odrediti gde će se
sačuvati kao što je navedeno u stavci 6. niže u tekstu.
4. Prvo treba markirati naslov rada pa kliknuti desnim tasterom miša na njega. U dijalog
prozoru koji se pojavio levim tasterom kliknuti na Copy čime smo kopirali naslov rada. Ovo
je potrebno da bi prilikom preuzimanja rad sačuvali pod originalnim naslovom pošto svaki
časopis različito obeležava radove u svojoj bazi.
5. Da bi rad preuzeli u pdf formatu treba potražiti (iznad, desno ili levo od naslova) link koji
u svom nazivu sadrži skraćenicu (pdf) i kliknuti na njega. Otvoriće se isti rad ali sada u pdf
formatu.
6. Kliknom levim tasterom na ikonicu sa strelicom nadole otvara se prozor u kome traba
prvo odabrati direktorijum u kome želimo da sačuvamo rad.
U prozoru u polju File name: kliknuti desnim tasterom miša pa levim na Paste čime smo
ubacili naslov rada kao naziv fajla pa kliknuti na Save.
Obratiti pažnju da je u nazivu rada potrebno izbrisati specijalne znakove ( : ; / + itd. ) da bi
rad uopšte mogao da se sačuva na hard disku jer Windows ne dozvoljava specijalne
znakove u naslovu pdf dokumenta!
Pitanje 10. U kom formatu se kompletni radovi najčešće mogu preuzeti sa interneta:
doc
jpg
txt
pdf
Otvoreni pristup naučnim informacijama
Pristup naučnim informacijama
Objavljivanje rezultata naučnih istraživanja predstavlja neodvojivi deo svakog naučnog rada.
Do skoro su ulogu distributera naučnih informacija vršili sami autori, izdavačke kuće i
biblioteke, a danas tu ulogu sve više preuzima Internet. Procenjuje se da se svake godine
objavi oko 150.000 naučnih radova, a ovaj broj i dalje konstantno raste, dovodeći biblioteke
u poziciju u kojoj nisu više u mogućnosti da sve objavljene naslove stave na raspolaganje
svojim korisnicima. Pojava interneta, svetske mreže, a zatim i elektronskog publikovanja, u
osnovi je promenila procese komunikacije u nauci.
Pokret za otvoreni pristup (Open access – OA) nastao je kao odgovor na situaciju u kojoj
je publikovanje u komercijalnim časopisima prepoznato kao problem koji pogađa i naučnike
i biblioteke. Iako se pojavio u razvijenim zemljama, on ima veliki značaj i za smanjivanje
informacionog jaza između razvijenih zemalja i zemalja u razvoju, jer svima pruža jednake
mogućnosti pristupa informacijama. Pod pokroviteljstvom OSI (Open Society Institute),
2002. godine, održana je konferencija zagovornika otvorenog pristupa iz celog sveta, nakon
koje je objavljena Budimpeštanska inicijativa za otvoreni pristup (BOAI) (1). Ova inicijativa,
koju su u međuvremenu podržale mnoge institucije, definiše otvoreni pristup kao “slobodnu
dostupnost na javnom Internetu uz dozvolu svim zainteresovanim da čitaju, preuzimaju, šire,
štampaju, pretražuju i linkuju ceo tekst članaka, koriste ih za indeksiranje, uzimaju podatke za
softverske alate ili ih koriste za bilo koju drugu legalnu svrhu bez finansijskih, pravnih i
tehničkih prepreka, osim onih koje su vezane sa dobijanje pristupa samom Internetu”. Jedino
ograničenje je da se autorima obezbedi nadzor nad integritetom njihovog dela i da se
delo ispravno citira.
Otvoreni pristup predstavlja ideju obezbeđivanja onlajn pristupa naučnoj literaturi bez
ograničenja, tako da je svako može koristiti bez plaćanja pretplate časopisu, licence ili
plaćanja naknade za pristup pojedinačnim publikacijama (5). Da bi bio kvalifikovan
za potpuni otvoreni pristup, materijal mora biti slobodno dostupan onlajn:
- neograničenog trajanja i
Otvoreni pristup je posebno važan za autore koji žele da njihov rad bude široko dostupan,
da kruži u naučnim krugovima, da bude citiran, diskutovan i dalje razvijan. On je dakle
pogodan za autore članaka, koji ne traže direktnu finansijsku nadoknadu od prodaje
njihovog rada (za razliku od autora knjiga npr.).
Otvoreni pristup podrazumeva da svaki korisnik koji ima pristup Internetu bilo gde u svetu
ima pravo da čita, preuzima, čuva, štampa i koristi digitalni sadržaj radova objavljenih u
otvorenom pristupu, sa jedinom obavezom da ih korektno citira.
Tri su glavna razloga zašto autorima može biti važan otvoreni pristup:
1. zato što mogu imati koristi od publikovanja u otvorenom pristupu, kroz veću vidljivost i
korišćenje njegovog rada, koji vode većoj citiranosti i boljoj reputaciji
2. zato što veruju u korist otvorenog pristupa za druge, kao i za društvo u celini
3. zato što institucije koje su finansirale naučno istraživanje zahtevaju deponovanje članaka
u repozitorijum sa otvorenim pristupom.
Svakom autoru je u interesu da njegov rad bude dostupan što većem broju čitalaca, kako bi
rezultati njegovih straživanja imali što veći odjek, što može uticati i na napredovanje njegove
karijere.
Koji su glavni razlozi zašto autorima može biti važan otvoreni pristup:
Zato što mogu imati koristi od publikovanja u otvorenom pristupu, kroz veću vidljivost i
korišćenje njegovog rada, koji vode većoj citiranosti i boljoj reputaciji; zato što veruju u
korist otvorenog pristupa za druge, kao i za društvo u celini; zato što institucije koje su
finansirale naučno istraživanje zahtevaju deponovanje članaka u repozitorijum sa otvorenim
pristupom
Zato što mogu imati finansijsku korist od publikovanja u otvorenom pristupu.
Ova dva vida ostvarivanja otvorenog pristupa se jos nazivaju zelenim i zlatnim putem do
otvorenog pristupa, tj. kraće zeleni i zlatni otvoreni pristup.
Pored časopisa sa potpuno otvorenim pristupom, postoji i veliki broj časopisa koji nudi
hibridni ili delimično otvoreni pristup. Osnovni vidovi ovih časopisa su:
Opcioni otvoreni pristup: Komercijalni časopisi mogu omogućiti autorima (u zamenu za
naknadu objavljivanja, sličnu onoj koja se naplaćuje u časopisima sa potpuno otvorenim
pristupom) da postave pojedinačne članke u režim otvorenog pristupa. Ovo je verovatno i
najčešći tip časopisa sa otvorenim pristupom. Međutim, zastupljenost ovog tipa članaka u
režimu otvorenog pristupa je niska (3-11% autora se opredelilo za ovu opciju u OUP studiji,
dok mnogi časopisi ni nemaju ovu opciju), tako da opcioni otvoreni pristup zapravo
predstavlja mali deo članaka koji se nalaze u otvorenom pristupu.
Samoarhiviranje i repozitorijumi
Autorska prava
Pravo pristupa publikaciji, u oba navedena slučaja ostvarivanja otvorenog pristupa, nije u
suprotnosti sa zakonom o autorskom pravu, jer vlasnik autorskog prava daje pristanak na
otvoreni pristup svom radu popunjavanjem kratke izjave (licence) prilikom publikovanja
rada. Pri tom autoru obavezno ostaje pravo na nadzor nad celovitošću rada i pravo na
ispravno navođenje autorstva. Autori se takođe često brinu da deponovanje članka u
repozitorijumu sa otvorenim pristupom može prekršiti ugovor o autorskim pravima koji je
napravljen sa izdavačem komercijalnog časopisa u kome je članak publikovan. U praksi, ovo
često nije slučaj – velika većina izdavača dozvoljava autorima da arhiviraju neku verziju
članka. Tipično, ova verzija predstavlja tzv. postprint verziju članka, koja predstavlja finalnu
draft verziju nastalu nakon recenzija ali pre uređivanja od strane izdavača. Mnogi časopisi,
međutim, postavljaju dodatne uslove za samoarhiviranje. Neki zahtevaju određeni period
zabrane između publikovanja i stavljanja članka u otvoreni pristup, dok drugi traže
postavljanje URL linka za zvaničnu verziju članka koja se nalazi na sajtu izdavaca. Stavovi
odredjenih izdavača prema samoarhiviranju članaka se mogu proveriti na RoMEO veb sajtu.
Već smo naveli kako članak u otvorenom pristupu može koristiti autoru kroz dobijanje šire
čitalačke publike, što vodi njegovoj većoj citiranosti, povećanju reputacije i privlačenju novih
istraživačkih partnera. Postoje međutim, i širi argumenti koji govore u prilog otvorenog
pristupa. Pre svega, otvoreni pristup daje veću vidljivost i pristupačnost literaturi, što vodi
većem uticaju istraživanja u širem naučnom smislu. Prethodno prikazani rad objavljen u
časopisu sa otvorenim pristupom PLoS Biology (7) otvorio je živopisnu diskusiju na
socijalnim mrežama poput Twitera, kao i sajtu PubPeer namenjenom postpublikacionoj
recenziji naučnih radova.
"This paper is a very important contribution on how to improve the way we present statistical
data. The reception of this paper has been quite astounding with over 39,000 visits on Plos
biology website since 22 April. Astonishingly, my tweet on this paper
(https://twitter.com/GaetanBurgio/status/590958042444800001) has attracted > 300
Retweets, > 300 favorites and over 30,000 impressions. Additionally, today a comment on this
paper has been featured in Nature News and comments (http://www.nature.com/news/bar-
graphs-criticized-for-misrepresenting-data-1.17383), which start trending strongly on Twitter.
This response to this paper underlines the widespread of bad habits in statistics and data
representation. I would like to take this unexpected opportunity to share a summary of my
discussions on Twitter on this paper and my personal take on this story. Hopefully we can start
an interesting and fruitful discussion on this forum. For once, it won't be on data manipulation
and paper retraction!" (PubPeer; April 25th, 2015)
Postoje dokazi da otvoreni pristup povećava istraživački uticaj kroz povećanje broja
preuzimanja članka i njegovog citiranja, sto podržava i situacija u kojoj se našao i rad iz
prtehodno navedenog primera. Bibliometrijski pokazatelji nakon samo nedelju dana od
objavljivanja pokazuju da je rad imao preko 70.000 pregleda.
Bibliometrijski pokazatelji rada objavljenog u časopisu sa otvorenim pristupom PLoS Biology
nakon nekoliko dana od objavljivanja
Otvoreni pristup, takođe, promoviše brži i efikasniji razvoj istraživanja. Sprovedene studije su
pokazale da je tokom poslednjih 15 godina, period između deponovanja članaka u
otvorenim repozitorijumima i njihovog citiranja znacajno skraćen. Otvoreni pristup, dalje,
olakšava bolju procenu, praćenje i upravljanje naukom. Bibliometrijske alatke koje
omogućavaju proučavanje citata na vebu u okviru određene oblasti postoje već neko vreme,
ali se procenjuje da bi ove alatke bile mnogo efektivnije kada bi im celokupna naučna
literatura bila dostupna. U otvorenom pristupu, nove informacije bi mogle biti kreirane
korišćenjem savremenih informacionih tehnologija (kao sto je to npr. rudarenje podacima i
tekstom). Iako bi se ove tehnologije teoretski mogle koristiti pronađenim sadržajem kroz
njegovo plaćanje, bilo bi mnogo lakše i efektivnije kada bi sva literatura transparentno bila
dostupna ovim softverskim alatima. Dalje, časopisi u otvorenom pristupu nude veću
ekonomsku efektivnost od komercijalnih časopisa. Kada marginalni troškovi obezbeđivanja
sledeće elektronske kopije jednog članka dostignu nulu, mnogo je efikasnije ne naplaćivati
pristup, zato što bilo koja cena, koliko god bila niska, odvraća neke potencijalne korisnike. I
poslednje, iako ne najmanje važno, javno mnjenje smatra da ima pravo na pristup
rezultatima istraživanja koje su finasirali poreski obveznici. Ovakav stav ne predstavlja samo
argument za jednakost, već je podržan i argumentom da će društvo u celini biti bolje kada
ima na raspolaganju celokupno naučno znanje za dalje korišćenje.
Koristi od otvorenog pristupa nisu, medjutim, jos uvek nepobitne. Postoje diskusije oko toga
da li su dostupni modeli finansiranja časopisa u otvorenom pristupu dostižni i/ili održivi.
Najvažnija kritika ovih modela je u tome što bi sveobuhvatni prelazak sa trenutnog modela
naplate od strane korisnika na naplatu od strane autora zahtevao velika i nepraktična
pomeranja finansiranja u okviru akademskog sveta. Moglo bi se reći da ovo i nije toliko
važno, zbog toga sto bi tržište isto rešilo, ali protivnici OA smatraju da je neodgovorno
promovisati prelazak sa postojećeg sistema koji funkcioniše na neprovereni model.
Protivnici samoarhiviranja, dalje, tvde da ono egzistira na temelju postojećih komercijalnih
časopisa, jer autori i dalje žele da njihovi radovi budu publikovani u relevantnim časopisima
sa dugom reputacijom. Ukoliko institucije koje finansiraju istraživanja zahtevaju od njih da
arhiviraju svoje članke, postavlja se pitanje da li će, kada nivo arhiviranja dostigne neku
kritičnu tačku, biblioteke napustiti plaćanje pretplata časopisima u korist slobodnih verzija
njihovog sadržaja. Zagovornici samoarhiviranja, međutim, tvrde da je ovaj strah neosnovan
zbog toga sto postojeći dokazi pokazuju da komercijalni časopisi koegzistiraju sa arhivama
čak i kada sadrže iste članke, ili da, pak, ako komercijalni časopisi postanu tržišno neodrživi,
onda će tranzicija ka modelu otvornog pristupa biti izvodljiva. Takođe, smatra se da naplata
publikovanja članaka može diskriminisati autore bez istraživačkih finansija, one u
siromašnijim institucijama, ili državama u razvoju. Skoro svi, međutim, časopisi u otvorenom
pristupu, nude umanjeno plaćanje ili publikovanje bez naknade ovim autorima. Zagovornici
izdavanja komercijalnih časopisa smatraju i da otvoreni pristup predstavlja pretnju postupku
recenziranja u smislu kontrole kvaliteta. Zagovornici otvorenog pristupa tvrde kako je
recenzija još oštrija, jer otvoreno dostupna literatura olakšava proveravanje činjenica i
citiranih radova, što omogućava veći kvalitet recenziranja. U praksi, međutim, dobri časopisi,
koji zavise pre svega od kvaliteta objavljenog sadržaja koji privlači i autore i čitaoce,
potpuno odvajaju proces recenzije i odabira radova od poslovne strane časopisa. Međutim,
samoarhiviranje ipak podiže sumnju u proliferaciju različitih verzija istog članka. Post – print
verzija ne bi trebalo da se razlikuje u svom naučnom smislu od finalne izdavačke verzije ali
proces tehničke obrade ipak unosi promene, koje u nekim slučajevima mogu biti važne.
Rezultati studije dostupnosti radova u otvorenom pristupu objavljeni 2013. godine pokazali
su da je broj dostupnih radova u više zemalja, kao i u više naučnih disciplina dostigao 50%
(11). Pokazano je da je većina institucija koje finansiraju naučna istraživanja prihvatala
objavljivanje u časopisima sa otvorenim pristupom ili hibridnim časopisima, kao i arhiviranje
u digitalnim repozitorijumima, a od skoro su ove institucije počele da zauzimaju zvanične
stavove prema otvorenom pristupu u kojima se traži ili zahteva od istraživača da deponuju
publikovane članke koji su rezultat njihovog finansiranja u otvorene arhive. Postoji veliki broj
razloga za to, ali u osnovi smatra se da je svima u interesu da publikacije budu dostupne što
većem broju čitalaca, kako bi rezultati istraživanja imali što veći uticaj u javnosti, a samim tim
i veću vrednost za društvo. Način navođenja institucija koje su finansirale publikovano
istraživanje može se videti na primeru istog rada objavljenog u PlosBiology.
National Institute of Health je 2008. godine uveo obavezni javni pristup – Public Access
Policy tj. obavezu da svi naučnici koji dobiju sredstva za istraživanje od ove institucije
(većinom istraživači sa američkih univerziteta) moraju da predaju svoj recenzirani rukopis u
digitalni arhiv odmah po prihvatanju za objavljivanje, i da ga učine dostupnim u punom
tekstu najkasnije 12 meseci po objavljivanju. Iste godine i Harvard Faculty of Arts and
Science doneo je odluku koja je načinila značajan korak u pravcu oslobađanja naučnih
informacija, kojom se od autora sa fakulteta zahteva da pošalju po jednu elektronsku kopiju
svakog rada u univerzitetski digitalni repozitorijum zajedno sa dozvolom univerzitetu da
arhivira i distribuira radove. Time je fakultet dozvolio da svoje rezultate objavljene u obliku
članaka u naučnim časopisima učini svima dostupnim, bez ograničenja. Ovu obavezu su u
međuvremenu uveli i drugi veoma ugledni američki univerziteti, kao i mnogi evropski
univerziteti. Druge institucije takođe su sledile primer NIH – a, a National Science
Foundation od 2010. zahteva otvoreni pristup ne samo objavljenim radovima, već i
podacima koji su prikupljeni tokom istraživanja.
Ovakvi stavovi institucija postaju sve više obavezujući, a razlikuju se međusobno u pet
glavnih tačaka: da li je deponovanje dobrovoljno (ali ohrabreno) ili obavezno; koja verzija
članka mora biti deponovana (tipično je to post – print verzija); koliko je maksimalno
predviđeno embargo vreme proteklo od publikacije dok članak ne postane slobodno
dostupan (ukoliko je određeno, ovo je tipicno 6 do 12 meseci; alternativna formulacija je
“što je moguće pre u saglasnosti sa politikom izdavača); da li će ili ne finansirati plaćanje
publikovanja u otvorenom pristupu; i mesto deponovanja (NIH odredjuje PubMed Central,
Wellcome određuje UK PubMed Central; dok drugi finansijeri dozvoljavaju autorima da
biraju odgovarajući tematski ili institucionalni repozitorijum).
PubMed Central – www.pubmedcentral.nih.gov
GenBank – www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/
NIH baza podataka svih do sada otkrivenih i slobodno dostupnih genskih sekvenci.
PLoS je neprofitna organizacija naučnika i lekara koja objavljuje izuzetno kvalitetne časopise
u otvorenom pristupu (PLoS Biology, PLoS Medicine, PLoS Computational Biology, PLoS
Genetics, PLoS Pathogens, PLoS ONE i PLoS Neglected Tropical Diseases). PLoS ONE je
najveći časopis na svetu, objavljuje preko 20.000 radova godišnje a i pored toga prema
impakt faktoru spada u grupu vodećih časopisa iz oblasti multidisciplinarnih nauka.
HighWire Press – http://highwire.stanford.edu/lists/freeart.dtl
Sadrži preko dva miliona slobodno dostupnih članaka iz 260 časopisa iz oblasti
biomedicinskih nauka.
PHAIDRA – https://phaidrabg.bg.ac.rs/
Citiranje
Citiranje i aplikativni softveri za citiranje
Zavisno od vrste publikacije, prema mestu navođenja, izvori informacija mogu se
navesti:
u tekstu (citiranje)
CITAT je u osnovi oznaka koja se stavlja u tekst da bi pokazala da se poziva na neki izvor
Verovatnoća bolesti pre dijagnostičkog postupka naziva se pretest verovatnoća ("a
priori verovatnoća”), dok se verovatnoća bolesti nakon izvedenog dijagnostičkog testa
naziva posttest verovatnoća ("a posteriori verovatnoća”). Posttest verovatnoća je veća
ukoliko je rezultat dijagnostičkog testa pozitivan, a manja ukoliko je rezultat testa bio
negativan (Slika 1).
U svrhu odabira adekvatne dijagnostičke procedure za pojedinačnog pacijenta,
neophodno je poznavati osobine dijagnostičkih postupaka za specifične situacije. To
podrazumeva evaluaciju tačnosti dijagnostičkih procedura, interpretaciju pozitivnih ili
negativnih dijagnostičkih rezultata i modelovanje kompleksnog problema specifičnog
pacijenta.
Za mnoga stanja u medicini postoje dijagnostički testovi koji se smatraju referentnim tj.
zlatnim standardom koji predstavlja u datom trenutuku najbolji raspoloživi kriterijum ili
standard za postavljanje konačne dijagnoze - pravog stanja zaraze ili bolesti. Primeri
nekih oboljenja koje imaju zlatni standard i njihovi zlatni standardi su dati u Tabeli 1.
Postoje situacije kada iz opravdanih razloga nije moguće primeniti zlatni standard
kao dijagnostičku proceduru (izuzetno rizična procedura, komplikovana za izvođenje,
dugo se čeka na rezultat, veoma sofisticirana i nemoguće je izvesti u navedenoj
zdravstvenoj ustanovi, skupa). U tim slučajevima se umesto zlatnog standarda pribegava
drugim dijagnostičkim procedurama, čiju je tačnost neophodno oceniti.
Indeksni test iz dijagnostičke studije u praksi može postati standardan test ako je
njegova tačnost zadovoljavajuća za rešavanje konkretnog zdravstvenog problema.
DIJAGNOSTIČKA TABELA
·Na osnovu rezultata indeksnog testa ispitanici su klasifikovani u dva reda: prvi red u
kojem su ispitanici kod kojih je test pozitivan (T+) i drugi red u kojem su
ispitanici kod kojih je test negativan (T-).
Na taj način u četiri ćelije ove tabele predstavljene su četiri moguće kombinacije. U
prvom redu (T+), pozitivni rezultati testa mogu biti ili tačno-pozitivni (TP) ili laţno-
pozitivni (LP) zavisno od toga da li bolest zaista postoji. U drugom redu (T-), negativni
rezultati testa mogu biti lažno-negativni (LN) ili tačno-negativni (TN) u zavisnosti od
prisustva ili odsustva bolesti.
Zbir TP+LP je ukupan broj pacijenata koji imaju pozitivan test; zbir LN+TN je ukupan
broj pacijenata koji imaju negativan rezultat ispitivanja, a N je veličina uzorka u
dijagnostičkoj studiji.
Mere tačnosti dijagnostičkog testa su: senzitivnost, specifičnost, sveukupna tačnost i
površina ispod krive operativne karakteristike.
Senzitivnost se takođe može definisati kao (1) stopa tačno pozitivnih, (2) verovatnoća
pozitivnog rezultata testa kod onih koji imaju bolest, ili (3) proporcija obolelih koji su
pozitivni na testu.
Ako test ima visoku senzitivnost imaće nisku stopu lažno negativnih.
Ako test ima nisku senzitivnost imaće visoku stopu lažno negativnih, odnosno kod velikog
broja onih koji su bolesni test će biti negativan.
Specifičnost je sposobnost testa da prepozna stvarno zdrave tj. sposobnost testa da isključi
postojanje bolesti, odnosno da rezultat testa bude negativan kod zdravih. Izračunava se kao
proporcija tačno negativnih od ukupnog broja zdravih:
Specifičnost se takođe može definisati kao (1) stopa tačno negativnih, (2) verovatnoća
negativnog rezultata testa kod onih koji nemaju bolest, ili (3) proporcija zdravih koji su
negativni na testu.
Zbir specifičnosti i stope lažno pozitivnih jednak je jedinici. Ako test ima visoku
specifičnost imaće nisku stopu lažno pozitivnih. Ako test ima nisku specifičnost imaće
visoku stopu lažno pozitivnih, odnosno kod velikog broja onih koji su zdravi test će biti
pozitivan.
Senzitivnost i specifičnost imaju inverzan odnos što znači da se sa povećanjem jedne mere
druga smanjuje i obratno.
Testovi sa većom senzitivnošću su potrebniji u situacijama gde su lažno-negativni
rezultati manje poželjni. To je slučaj sa neoplazmama gde lažno negativan rezultat dovodi do
kašnjenja početka terapije, kod životno ugrožavajućih akutnih oboljenja, kao što je akutni infarkt
miokarda, kod oboljenja koja se brzo šire, kao što su neke virusne zarazne bolesti.
U skriningu, kada je prevalencija bolesti niska, čak i primena visoko specifičnog testa
dala bi veliki broj lažno pozitivnih rezultata koji bi zahtevali dodatno ispitivanje. Zato je
poželjno u inicijalnom ispitivanju primeniti visoko senzitivan test, da bi se isključili oni koji
bolest nemaju, a zatim sve pozitivne iz inicijalnog testiranja verifikovati visoko specifičnim
testom.
Odnos verodostojnosti
Odnos verodostojnosti (LR) je odnos verovatnoća određenog rezultata testa (+ ili -) ispitanika koji imaju
bolest podeljeno verovatnoćom istog rezultata testa osoba koja nemaju bolest.
Mogu se izračunati dve vrste odnosa verodostojnosti:
Primer 1
REŠENJE
Granična vrednost (vrednost praga tj. cut off point) predstavlja vrednost testa od
koje počinje detekcija pozitivnih slučajeva. Granična vrednost je od koristi kod
dijagnostičkih procesa koji podrazumevaju kontinuirane vrednosti (npr. Biomarkeri,
sistolni krvni pritisak, dijastolni krvni pritisak itd.).
Promena granične vrednosti menja Sn, Sp, SLP i SLN. Strožiji kriterijum na testu
vodiće ka (a) smanjenju senzitivnosti i povećanju specifičnosti, i (b) smanjenju stope
lažno pozitivnih i povećanju stope lažno negativnih (Slika 5). Ublažavanje kriterijuma na
testu dovodi do promena u suprotnom smeru.
Površina ispod ROC krive (engl. Area Under Curve, AUC) može poslužiti kao
zbirna, sveukupna mera dijagnostičke korisnosti testa uzimajući u obzir sve moguće
vrednosti praga. Kada test nema dijagnostičku korisnost, ROC kriva se poklapa sa
dijagonalnom linijom, a površina ispod krive je jednaka 0.5. Sa porastom dijagnostičke
korisnosti, ROC kriva se udaljava od dijagonalne linije tj. raste i površina ispod krive
postaje bliža jedinici odnosno maksimalnoj mogućoj površini ispod krive (Slika 6). Što je
veća površina ispod ROC krive, test ima veću dijagnostičku korisnost. Površina ispod
ROC krive može poslužiti za poređenje dijagnostičke korisnosti dva ili više različitih
testova.
Primer 3
Obzirom da su ROC krive primenljive za poređenje tačnosti više testova za istu dijagnozu,
a da je sveukupna tačnost dijagnostičkog testa predstavljena površinom ispod krive, to
nam govori da, što je površina ispod ROC krive veća i test je bolji.
Na Slici 8 su prikazane dve ROC krive, za dva upitnika za alkoholizam kod starijih (CAGE i
MAST). Jasno je da su senzitivnost i specifičnost veće za CAGE, što ujedno govori i o tome
da je površina ispod ROC krive za ovaj dijagnostički test veća.
Vrednosti senzitivnosti i specifičnosti dijagnostičkog testa, kao i druge mere
dijagnostičke tačnosti, ne mogu biti upotrebljene samostalno, bez poznavanja pretest
verovatnoće bolesti, da bi se odredila (posttest) verovatnoća bolesti kod određenog
pacijenta. Poznavanjem senzitivnost i specifičnosti ne može se direktno odgovoriti na
važna dijagnostička pitanja:
2. Bayesove formule
4. Stabla odlučivanja
5. Nomogramom
Primer 4
Odnosi verodostojnosti:
Medicinsko odlučivanje II – Izbor terapije
7. Analiza senzitivnosti
Dijagram bi trebalo da bude kompletan i da prikazuje sve neizvesnoti, odluke i ishode, ali
istovremeno i dovoljno jednostavan da omogući njegovo razumevanje. Stablo odlučivanja je
model realnosti, i kao takvo ne može obuhvatiti svu kompleksnost određenog kliničkog
problema, ali za dobijanje valjanog zaključka dovoljno je da u modelu budu uključeni oni
elementi koji omogućavaju procenu odnosa koristi i rizika vezano za neku odluku.
Verovatnoće ishoda
Suma verovatnoća svih ishoda na svakom čvoru šansi mora biti jednaka 1. Verovatnoće
ishoda mogu biti dobijene pregledom literature - iz sistematskih pregleda ili primarnih
studija. Često, takvi podaci mogu imati ograničeni vrednost, jer se odnose na drugu
populaciju pacijenata. Ako takvi podaci nedostaju u literaturi, alternativno mogu biti
dobijeni analizom administrativnih baza podataka, kao što su to registri bolesti, ili na osnovu
mišljenja eksperata u određenoj oblasti, pod uslovom da ovako dobijene ocene, u analizi
senzitivnosti, ne utiču na konačne zaključke.
Za svaki ishod mora postojati procena njegove vrednosti, u smislu korisnosti za pacijenta.
Korisnost ishoda (ishodne mere) mogu biti definisane na nekoliko načina:
1. Kliničke mere, na primer rizik od smrti, rizik od komplikacija, funkcionalni status, godine
očekivanog života
2. Mere kvaliteta života - ove mere su obično iskazane relativno, tako da 0 predstavlja smrt,
a jedinica perfektno zdravlje
Vrednost ishoda može se proceniti različitim načinima, na primer anketom u kojoj pacijenti
skoruju određeno zdravstveno stanje, ili na osnovu procene koliko je pacijent spreman da
preuzme rizik u zamenu za prelazak iz jednog u drugo zdravstveno stanje, na primer
prihvatanje rizičnog operativnog zahvata u zamenu za veću funkcionalnost.
Za svaku specifičnu putanju (alternativnu putanju, klinički scenaro, strategija) unutar stabla
odlučivanja može se izračunati numerička vrednost očekivane korisnosti (očekivanog
ishoda). Očekivani ishodi različitih putanja porede se da bi se postigao najoptimalniji pristup
u odlučivanju. Odabrana specifična putanja je optimalna u smislu najboljeg ishoda na
osnovu kliničke ocene rezultata lečenja, korisnosti ili troškova. U kompleksnoj analizi
odlučivanja cilj je naći odluke koje su jasno bolje od drugih i blokirati grane koje vode ka
odlukama koje nisu zadovoljavajuće za pacijenta. Očekivanu korisnost treba interpretirati
kao prosek korisnosti koja se može očekivati uvek kada se prilikom odlučivanja odabere
upravo ta specifična putanja (klinički scenario) za određenu populaciju pacijenata, iako se
mogu očekivati varijacije od pacijenta do pacijenta. Očekivana koristnost je kombinacija
verovatnoća, procenjenih na osnovu literaturnih podataka, i vrednosti za pacijenta u formi
korisnosti. Ovakva kombinacija u jedinstvu sa izborom pacijenta i ekonomskim
razmatranjima omogućava holistički pristup u odlučivanju u medicini.
građana
pacijenata
zdravstvenih radnika
pružaoca zdravstvenih usluga
kreatora zdravstvene politike
tehnički razvoj,
promene načina razmišljanja,
sticanje pozitivnih navika,
umrežavanje
Business-to-Employess (B2E)
Government-to-Consumer (G2C)
Government-to-Government (G2G)
Komponente ZIS-a
Komponente ZIS-a, kao i kod većine sistema, čine tri komponente: ULAZ -> OBRADA
(procesiranje) -> IZLAZ.
ULAZ čine svi ZIS resursi – sposobnost odgovornih ljudi da vode i kordiniraju celim
sistemom, postojanje zakona i politike, finansijskih resursa i ljudi sa neophodnim veštinama
za obavljanje posla i infrastruktura – od radnog prostora do mrežne infrastrukture.
OBRADA u ZIS-u podrazumeva postojanje indikatora (pokazatelji stanja za određenu zemlju
ili područje), izvora podataka (integrisani ZIS prikuplja podatke iz raznih izvora), upravljanja
podacima (mora da omogući lak pristup relevantnim podacima svima onima kojima su
neophodni, uz zaštitu privatnosti pojedinaca).
IZLAZI iz ovakvog sistema treba da su relevantni, dostupni i korisni za donošenje odluka.
Funkcije ZIS-a
Elektronski uput omogućava zdravstvenom radniku kod koga je upućen pacijent da ima uvid
u njegovo zdravstveno stanje i pre dolaska pacijenta u ordinaciju za razliku od
konvencionalnog upućivanja gde pacijent donosi svu svoju dokumentaciju sa sobom.
Implementacija i razvoj e-uputa je moguća ukoliko je razvijen integrisani informacioni
sistem u zdravstvu, odnosno postoji adekvatna komunikacija zdravstvenih ustanova svih
novoa.
dijagnostiku,
lečenje i prevenciju bolesti,
istraživanja i razvoj u oblasti zdravlja,
kontinuiranu edukaciju zdravstvenih radnika, i
menadžment u zdravstvstu,
Njen prevashodni zadatak je bio postavljanje dijagnoze na daljinu, kao što je i danas, jer se
prirodan tok, dijagnostički i terapijski pristup mnogih bolesti već promenio.
Telemedicinu je moguće odrediti sa četiri konstatacije koje najbliže determinišu njene
vrednosti: