Primena računara u

fizičkoj hemiji

Nastavnik: prof. Miloš Mojović

Asistent: dr Aleksandra Pavićević

http://www.ffh.bg.ac.rs/примена-рачунара-у-физичкој-хемији

milos@ffh.bg.ac.rs aleks.pavicevic@ffh.bg.ac.rs
Čemu ovaj predmet?

Program predmeta:
 Računarski sistem
 Hardver računara
 Alternativni OS, njihova instalacija i upotreba
 Mrežni parametri i online naučne baze podataka
 Rad u programima koji su relevantni za fizičku hemiju (MATLAB)
 Upoznavanje sa osnovama računarskih simulacija
 Neuronske mreže i analiza glavnih komponenata - PCA
 Računari i merni instrumenti, akvizicija podataka
Literatura i ispit:

 Literatura:
1. Predavanja
2. Knjiga
3. Domaći
 Ocenjivanje
1. Predavanja (online) 10 (prisutnost na predavanjima i aktivno učešće)
2. Praktična nastava Vežbe 10 + seminarski rad 20
(domaći zadaci i odbrana seminarskog rada)
3. Ispit 60 (zadatak 30* + teorijsko pitanje 30)

* Ispitni zadatak moze biti zamenjen seminarskim radom

Računarski sistem:
 Definicija:

Skup mašina (hardvera) i

HARDVER I SOFTVER
pridruženih metoda
(softvera) organizovanih radi
vršenja automatske obrade
podataka.

 Struktura hardvera:

- Centralni procesor (CPU)

- Unutrašnja memorija
- Različiti I/O uređaji
HARDVER SOFTVER
Softver računara:
 Softver je ključna komponenta koja omogućava da računar
obavlja različite zadatke. Postoje dva osnovna tipa softvera:

1. Sistemski softver kontroliše i koordiniše rad različitih

uređaja koji su sastavni delovi računarskog sistema.
Najvažniji deo sistemskog softvera je skup programa koji se
zajedno nazivaju operativni sistem.

2. Aplikativni softver dopušta korisnicima da koriste računar za rešavanje najrazličitijih zadataka. Postoji
ogromna količina različitog aplikativnog softvera (za pisanje i formatiranje teksta, grafički softver,
matematički softver, igrice ... )
 Sistemski i aplikativni softver pišu po zadatoj potrebi programeri koristeći sintaksu koja je karakteristična
za određeni programski jezik.
 Kompjuterski jezici: Od 1943. pa do danas napravljeno je od 700 do 9000 različitih programskih jezika od
ENIAC (Electronic Numerical Integrator and Computer), preko Ballerina (2017) do Android 12 (2021).
Danas najaktuelniji jezici:
Operativni sistemi (OS):
 Predstavljaju najvažniji deo sistemskog softvera.
 Omogućavaju računaru da izvršava osnovne funkcije (rad sa aplikativnim softverom).
 Sadrže interfejs prema korisnicima (operativno okruženje) i čine rad sa računarom manje-više
komfornim.
 Definicija: Operativni sistem je sistemski softver koji upravlja aktivnostima računara,
kontroliše hardver računara i izvršavanje korisničkih programa.

 Osnovni ciljevi kvalitetnog OS su da:

- obezbedi udoban rad korisnika
- obezbedi efikasnije korišćenje računarskih resursa
- obezbedi stabilnost i sigurnost u radu sa računarom
 Problem je što efikasnost, udobnost i stabilnost često ne idu zajedno (DOS i Windows).
Funkcije OS:
 Postoji bitna korelacija između snage računarskog sistema i
mogućnosti operativnog sistema.
 Računari veće snage mogu da podrže (ali i zahtevaju) moćniji
operativni sistem.
 U opštem slučaju, funkcije savremenih operativnih sistema mogu se
podeliti u četiri kategorije:
- zauzimanje i dodeljivanje sistemskih resursa (CPU, memoriji, I/O uređajima
dodeljuje sve potrebne resurse za izvršenje nekog posla). To radi skup
programa OS koji se zove supervizor (kernel).
- raspoređivanje različitih poslova (određivanje na koji način će resursi obavljati
neki posao).
- nadgledanje aktivnosti sistema (npr. obaveštava o greškama).
- ostvarivanje interfejsa između korisnika i računara (nekada je bio linijski režim
rada kao DOS ili UNIX, ali danas se koristi GUI (Graphical User Interface) režim
npr.: Windows, Mac OS ili Linux.
Gde se u hijerarhiji nalaze OS?

 OS koristi predefinisanu bazu podataka da bi omogućio

hardver-softver interakciju.
Korisnički programi
 Zbog toga, sa korisničkim programima komuniciramo preko OS
pošto oni sami nemaju direktan prisup hardveru računara.
 OS je sam po sebi program ali njegovi prioriteti nisu isti kao kod Sistemski programi
korisničkih programa.
 OS koristi tzv “kernel” mod za razliku od korisničkih programa Operativni sistem
koji koriste tzv “user” mod.
 Razlika je u tome što su sve instrukcije hardveru validne u
Mašinski jezik
“kernel” modu što nije slučaj za “user” mod.
 Operativni sistem ima kompleksnu strukturu i čine ga: mikro
kod, jezgro i ljuska. Hardver
 BIOS рачунара
BIOS računara:
 Nakon što je računarska konfiguracija uspešno sastavljena,
računar i dalje neće moći da funkcioniše (boot error).
 Jedina funkcija kojoj sada uspešno može da se pristupi je
BIOS računara.
 BIOS (Basic Integrated Operating System) je program
ugrađen u čip koji prepoznaje i kontroliše različite
komponente računarske konfiguracije (hard-disk, USB fleš
disk, DVD, memoriju ..)
 Zadatak BIOS-a je da pripremi i upozna računar sa
osnovnim periferijama koje su mu na raspolaganju. Gnothi Seauton
 BIOS je specifičan za različite proizvođače računara
(prvenstveno matičnih ploča) i može se uspešno menjati sa
novijim verzijama (BIOS update).
 BIOS-u se obično pristupa pritiskom na taster Delete.
Greška u BIOS-u .....pravac majstor.
Tipovi operativnih sistema:
 Operativne sisteme možemo podeliti
prema:
- tehnologiji rada (UNIX ili Windows ... )
- vlasništvu i licenci (vlasništvo neke firme
ili open source)
- radnom okruženju (stariji kao DOS ili
OS/2 ili noviji kao Windows, Linux)
- svrsi (istraživanje, proizvodnja, zabava,
razvoj ...)
 Trenutno postoji ogroman broj OS koji se
koriste u različitim uređajima (mobilnim
telefonima, konzolama za igru, serverima,
kućnim računarima, industrijskim
uređajima ...) Windows OS, Linux OS,
Android OS, Harmony OS (Huawei), ....
Tipovi operativnih sistema:
 Operativne sisteme možemo podeliti
prema:
- tehnologiji rada (UNIX ili Windows ... )
- vlasništvu i licenci (vlasništvo neke firme
ili open source)
- radnom okruženju (stariji kao DOS ili
OS/2 ili noviji kao Windows, Linux)
- svrsi (istraživanje, proizvodnja, zabava,
razvoj ...)
 Trenutno postoji ogroman broj OS koji se
koriste u različitim uređajima (mobilnim
telefonima, konzolama za igru, serverima,
kućnim računarima, industrijskim
uređajima ...) Windows OS, Linux OS,
Android OS, Harmony OS (Huawei), ....
Linux vs. Windows:
Karakteristike Windows Linux Comm.
Cena 45-450 $ 0-350 $ jeftiniji L
Antivirusi oko 100 $ godišnje 0$ nema za L

Drajveri uglavnom ima mora se pomučiti lakše za W

Sigurnost puno se govori probaju entuzijasti serveri su L

Particije može više OS može više OS L je bolji

Softver kupuje se open source $$$

Stabilnost OS od WIN 2000-bolje stabilan bitna stvar

CTRL + C
Stabilnost aplik. CTRL+ALT+DEL šta reći
ali veoma retko
stvar
Podrška aplik. puno apl. puno apl.
navike
Windows i Linux - instalacija:
 Na ovome kursu naučićemo kako kao
alternativu Win OS instalisati različite
Linux OS (SUSE, UBUNTU ... ).
 Koristićemo VirtualBox

https://www.virtualbox.org

 Preuzeti VB i neki Linux OS

 Nakon instalacije VB pokrenuti ga i
instalisati Linux.
 Upoznati se sa radnim okruženjem.
 Napraviti dokument.
 Obraditi sliku.
 Povezati se na internet i pogledati poštu.
Formatiranje hard-diska:
 Formatiranje hard diska predstavlja pripremu hard-diska da bi na
njega mogli da se upisuju novi podaci, tj. pravljanje praznog fajl-
sistema. Postoje dva osnovna tipa formatiranja:
- Low level formatting (predstavlja formatiranje ploča i instalaciju
osnovnih karakteristika diska kao npr. broja sektora). Ovaj vid
formatiranja se već obavlja u fabrici tako da ovakvo formatiranje
najčešće nije ni potrebno. Povratak podataka sa diska nakon ovakvog
vida formatiranja diska nije više moguć.
- High level formatting (predstavlja pripremu diska za upis podataka
prema specifičnim sistemima fajlova koji su karakteristika određenog
operativnog sistema. Ovaj proces uključuje i formatiranje boot sectora
na hard disku. Boot sector predstavlja mesto na hard-disku na kome
je smešten jednostavan program koji obavlja inicijalizaciju operativnog
sistema i bez njega OS ne može početi svoj rad. Povratak podataka
posle ovakvog vida formatiranja je moguć ukoliko preko njih nisu
upisivani novi podaci.
Particionisanje hard-diska:
 Predstavlja kreiranje logički-odvojenih celina
na jednom hard-disku koje računar posmatra
kao posebne disk-jedinice.
 U DOS i Windows operativnom sistemu
postoje dva osnovna tipa particija:
- Primary partition (je particija na hard-disku
koja se ponaša kao da je poseban disk).
Primarnih particija može biti najviše četiri od
kojih samo jedna može biti aktivna. Primarna
particija može (a ne mora) sadržati OS i
obično je to disk označen slovom C: Primer: Disk koji ima C: D: E: i F: particije
(Windows OS):
- Extended partition (je particija u okviru
Koriste se dve primarne particije. Prva je aktivna
jedne primarne particije koja nije aktivna i DOS primarna particija i to je C: disk na kome se
koja ne sadrži OS. Može biti podeljena u više nalazi OS. Druga je extended DOS particija koja je
logičkih particija npr: D: E: F: ... ). podeljena na tri logičke particije D: E: i F:

 DOS će prepoznavati samo aktivnu primarnu particiju i to treba imati u vidu prilkom rada sa ovim OS.
Organizacija fajlova (Windows):
 Fajlovi su organizovani po sledećem principu:
- Particija (Partition)
- Folderi (Folders)
- Fajlovi (Files)
 Primer:
C:\WINDOWS\file.txt
 Treba znati:
- " \" je backslash (koristi ga u glavnom Windows)
- "/" je slash (koristi ga Linux i Internet)
 Fajlovi i foderi mogu biti:
- hidden (nevidljivi)
- vidljivi
 Setovanje:
File Explorer Options
 Sitemske fajlove najbolje je ostaviti sakrivene
Sistemi fajlova (FAT):
File systems (sistemi fajlova) su metoda čuvanja i
organizovanja kompjuterskih fajlova (tj. podataka koji oni
sadrže) i čine manjom ili većom njihovu raspoloživost
korisniku računara.
 U okviru različitih sistema organizacije fajlova postoji tačno
definisana hijerarhija važnosti, dostupnosti i manipulacije
različitim podacima, i u zavisnosti od potrebe korisnik se
opredeljuje za željeni sistem.
 Na ovom kursu biće razmatrani sistemi fajlova koji se mogu
pojaviti u okviru Windows i LINUX okruženja, mada treba
imati u vidu da je broj načina organizacije daleko veći (Mac
OS, UNIX-like OS ...).
 Microsoft je po uzoru na svoj prvi OS (MS-DOS) razvio korišćenje FAT (File Allocation Table) i NTFS (New
Technology File System) tehnologiju zapisivanja fajlova. Prethodne verzije FAT sistema (FAT12 i FAT16) imale
su ograničenja koja su se ticala dužine broja karaktera u imenu, brojem unosa u osnovni direkorijum (root) i
naročito u veličini diskova tj. particija na kojima su podaci bili čuvani (FAT12 i FAT16 su ograničavali broj
karaktera u nazivu fajla na 8, i 3 za ekstenziju - tzv. 8.3 ograničenje).
 FAT32 fajl sistem ukinuo je ovakav tip ograničenja ali je i dalje ostao limitiran u odnosu na NTFS fajl sistem.
Sistemi fajlova (NTFS):
 NTFS (New Technology File System) je uveden pojavom novog operativnog
sistema Windows NT i postao je osnova kasnijih Windows operativnih sistema
kao što su Windows 2000, XP, Server 2003, Vista i Windows 7.
 Ovaj fajl-sistem uvodi pojavu entiteta koji se označava kao metadata u kome
se nalazi sve što ima veze sa osobinama fajla (ime, datum kreacije, dozvola o
pristupnosti, čak i komentari).
 Ovakav način indeksiranja dozvoljava brži pristup podacima i čini sistem
stabilnijim u toku rada.
 NTFS dodatno obezbeđuje sigurnost fajlovima primenom enkripcije (mogućnost
skrivanja fajlova), mogućnost kompresije fajlova, foldera ili celih drajvova
ukoliko je prostor problem, kao i povratak slučajno obrisanih podataka.
 Treba imati u vidu da FAT32 particije nemaju mogućnost da "vide" NTFS
particije što obratno nije slučaj. Takođe, NTFS nije "savršen" i ima svojih
nedostataka o kojima za sada neće biti reči.
 U principu je preporuka koristiti NTFS ukoliko ne postoji značajan razlog za
korišćenjem FAT opcije (kao što je upotreba specifičnog aplikativnog softvera
starije generacije koji ne funkcioniše pod NTFS sistemom).
Linux OS (organizacija):
 Linux je besplatan Unix-tip operativnog sistema koji je originalno napravljen od strane Linusa Torvaldsa uz
asistenciju velikog broja programera širom sveta.
 "Source-code" za Linux OS je dostupan svakome (razlika od Windows-a). Neke od verzija Linuxa su: Debian,
CentOS, Fedora Core, SUSE Linux, RedHat, Mandriva, Linspire, Xandros, MEPIS, Ubuntu, Knoppix ...
 Za razliku od Windows-a, Linux ne koristi slova da označi particije na hard-disku (npr. C:\). Ovde je primarna particija
(root) označena sa "/" dok postoji još mnoštvo particija kao što su "/boot" (sadrže kernel i boot loader), "/home"
(sadrži korisničke fajlove), "/var" (sadrži programske konfiguracije)...

 Još jedna od važnih particija zove se "swap"

particija. Njena veličina iznosi obično dvostruko od
veličine memorije koju ima računar i predstavlja
njenu dopunu u slučaju da je cela sistemska
memorija u upotrebi.
 Instalacija aplikativnog softvera kao i ostale
intervencije u okviru sistema pod Linuxom obavlja
se iz "Konzole" (slično kao DOS shell). Njene
komande možete upoznati sa:
http://www.linuxcommand.org/index.php
Windows (klasična instalacija):
I korak
 U BIOS-u računara namestiti da računar butuje prvo sa DVD-
ja ili USB diska (nakon uključivanja pritiskati taster Delete).
 Pripremiti USB disk (preporuka je Rufus) ili instalacioni DVD.
 Restartovati računar.

II korak
 Izabrati da instalacija Windows-a bude na nekom od
raspoloživih diskova.
 Setovanje instalacionih parametara (nakon potvrde o licenci
odgovoriti na nekoliko jednostavnih pitanja)
 Pustiti računar da dalje sam odradi instalaciju operativnog
sistema ne menjajući predložene (default) parametre.
Windows (klasična instalacija):
I korak
 U BIOS-u računara namestiti da računar butuje prvo sa DVD-
ja ili USB diska (nakon uključivanja pritiskati taster Delete).
 Pripremiti USB disk (preporuka je Rufus) ili instalacioni DVD.
 Restartovati računar.

II korak
 Izabrati da instalacija Windows-a bude na nekom od
raspoloživih diskova
 Setovanje instalacionih parametara (nakon potvrde o licenci
odgovoriti na nekoliko jednostavnih pitanja)
 Pustiti računar da dalje sam odradi instalaciju operativnog
sistema ne menjajući predložene (default) parametre.
Windows (klasična instalacija):
I korak
 U BIOS-u računara namestiti da računar butuje prvo sa DVD-
ja ili USB diska (nakon uključivanja pritiskati taster Delete).
 Pripremiti USB disk (preporuka je Rufus) ili instalacioni DVD.
 Restartovati računar.

II korak
 Izabrati da instalacija Windows-a bude na nekom od
raspoloživih diskova
 Setovanje instalacionih parametara (nakon potvrde o licenci
odgovoriti na nekoliko jednostavnih pitanja)
 Pustiti računar da dalje sam odradi instalaciju operativnog
sistema ne menjajući predložene (default) parametre.
Windows instalacija (drajveri):
 Nakon što je Windows instalisan, instalacioni
DVD ili USB mogu se ukloniti i sistem se može
po prvi put startovati bez dodatnih intervencija.
 Prilikom prvog butovanja operativnog sistema
Windows će u svojoj bazi podataka pokušati da
pronađe adekvatne drajvere za funkcionisanje
hardvera koji se nalazi u konkretnom računaru.
 Drajveri su specijalizovani hardversko i
operativno sistemsko zavisni programi koji
omogućavaju interakciju specifičnog harvera sa
operativnim sistemom i aplikativnim softverskim
paketom unutar njega.
 Bez njih računar nema informaciju o postojanju
određenog hardvera koji je na njega priključen,
ili prosto rečeno, nikakav hardver NEĆE DA
RADI BEZ DRAVERA.
Windows instalacija (drajveri):
 Nakon što je Windows instalisan, instalacioni
DVD ili USB mogu se ukloniti i sistem se može
po prvi put startovati bez dodatnih intervencija.
 Prilikom prvog butovanja operativnog sistema
Windows će u svojoj bazi podataka pokušati da
pronađe adekvatne drajvere za funkcionisanje
hardvera koji se nalazi u konkretnom računaru.
 Drajveri su specijalizovani hardversko i
operativno sistemsko zavisni programi koji
omogućavaju interakciju specifičnog harvera sa
operativnim sistemom i aplikativnim softverskim
paketom unutar njega.
 Bez njih računar nema informaciju o postojanju
određenog hardvera koji je na njega priključen,
ili prosto rečeno, nikakav hardver NEĆE DA
RADI BEZ DRAVERA.
Windows instalacija (drajveri):
 Nakon što je Windows instalisan, instalacioni
DVD ili USB mogu se ukloniti i sistem se može
po prvi put startovati bez dodatnih intervencija.
 Prilikom prvog butovanja operativnog sistema
Windows će u svojoj bazi podataka pokušati da
pronađe adekvatne drajvere za funkcionisanje
hardvera koji se nalazi u konkretnom računaru.
 Drajveri su specijalizovani hardversko i
operativno sistemsko zavisni programi koji
omogućavaju interakciju specifičnog harvera sa
operativnim sistemom i aplikativnim softverskim
paketom unutar njega.
 Bez njih računar nema informaciju o postojanju
određenog hardvera koji je na njega priključen,
ili prosto rečeno, nikakav hardver NEĆE DA
• Uraditi Windows update, a ako i dalje ne radi,
RADI BEZ DRAVERA. naći drajvere na internetu.
• Ako ne radi internet - pomoć prijatelja.
Instalacija drajvera:
 Ukoliko posedujete DVD
sa drajverima koji se
redovno isporučuju
zajedno sa računarom
prilikom njegove kupovine,
ubaciti taj DVD i sa njega
instalisati sve drajvere koji
pripadaju hardverskoj
konfiguraciji.
 Nekada je Windows
update snabdeven novijim
drajverima od isporučenih.
 Preporuka je povremeno
ići na sajt proizvođača i
preuzeti nove drajvere.
Setovanje radnog okruženja:
 Treba imati u vidu da je grafičko okruženje sporedna stvar
koja treba da ima funkciju da ubrza korisnički rad sa
aplikativnim softverom. Ukoliko je grafičko okruženje
hardverski zahtevno (virtual ili 3D desktop) to može znatno
usporiti rad računara jer procesor koristi isuviše svog vremena
na sporedne stvari i može često doći da preopterećenja i pada
sistema.
 Pad sistema predstavlja stanje kada program (ili ceo operativni
sistem) prestane da obavlja svoju funkciju tj. prestane da
komunicira sa drugim delovim sistema. Najčešće dolazi do
"zamrzavanja" programa što može onemogućiti korisnika da
sačuva svoj dotadašnja rad na računaru te su novi podaci
bespovratno izgubljeni.
 Do ovoga dolazi usled nesavršenosti u komunikaciji između
hardvera, OS i korisničkih programa. Korisnicima se zato
preporučuje da prilikom rada sa računarom češće sačuvaju
dotadašnji rad upisom na hard-disk ili neki vid eksterne
memorije.
Instalacija aplikativnog softvera:
 Sledeći korak u pripremi računa ra za rad je instalacija aplikativnog softvera.
 Instalacija (ili setup) predstavlja proces implementacije programa u operativni
sistem. Bez instalacije, operativni sistem nema informacije o svrsi određenog
aplikativnog softvera i posmatra ga kao nezavisni niz fajlova te aplikativni softver
neće moći da funkcioniše. Bez instalacije, sam aplikativni softver nema nikakvih
podataka o računarskim resursima u konkretnom slučaju (jer su sve informacijе o
računaru zapisane u okviru OS).
 Većina programa se od proizvođača isporučuje u kondenzovanoj formi i da bi bili
korišćeni moraju se prethodno raspakovati (o ovome će biti reči kasnije).
 Prilkom instalacije, operativni sistem pita korisnika gde želi da mu softver bude
zapisan (standardno mesto je folder: C:\Program Files\...) ali i kontroliše
kompatibilnost, hardversku i softversku zahtevnost datog programskog paketa.
 Aplikativni softver od OS dobija povratnu informaciju o stanju računara i periferijama
koje su mu na raspolaganju, grafičkom okruženju, brzini procesora i raspoloživoj
memoriji, kao i o već instalisanom softveru u koji se potencijano može implementirati
(npr. Origin i Microsoft Office paketi).
 Neki programi ne zahtevaju instalaciju (stariji, kopiraju se direktno na disk ali su sa
njima česti problemi), dok neki zahtevaju kompajliranje (Linux). Portable programi.
Postupak instalacije softvera:
 Primer instalacije aplikativnog softvera biće demonstriran u slučaju paketa
Microsoft Office 2007 i Open Office (vežbe).
 Generalno, instalacija većine aplikativnog softvera zasniva se na istom
principu:
- na instalacionom CD-u ili Folderu u kome se nalazi program, pronaći fajl
koji ima naziv install.exe (ili setup.exe)
- pokrenuti izvršenje fajla i pratiti dalja uputstva (ukucati serijski broj i
odrediti folder gde će program biti smešten ...)
- instalacija je inače napravljena da na svako postavljeno pitanje u velikom
broju slučajeva treba odgovoriti sa Next >.
 Bitno je zapamtiti da će se posle instalacije program moći pokrenuti iz
Foldera u koji je program instalisan (mada se često koristi i prečica na
destopu ili Start-Programs meni).
 Ukoliko više ne želite da koristite određeni softverski paket treba ga
deinstalisati (Control Panel - Add or Remove Programs - Remove) da ne bi
zauzimao mesta na disku.
 Prilikom instalacije programa treba izaći iz ostalih aplikacija da ne bi došlo
do neočekivanih problema.

A kako se vrši instalacija softvera pod LINUX OS?

Korisni linkovi za Linux:
 Innstalacija programskih paketa se u Linuxu vrši iz konzole u tri koraka:
 1) ./ configure (proverava se da li je OS spreman za uspešno dodavanje novog programa)
2) make (kompajlira program tj. prevodi ga iz izvornog koda u binarni)
3) make install (uklapa kompajlirane datoteke na svoja mesta u OS)

 Linux Software Encyclopedia

http://pong.tamu.edu/~baum/linuxlist/linuxlist/linuxlist.html
 Linux Software Map
http://ftp.task.gda.pl/pub/linux/docs/linux-software-map/
The table of analogs of Windows software in Linux
http://www.linuxrsp.ru/win-lin-soft/table-eng.html
Linux Software: Scientific Applications
https://linuxappfinder.com/scientificandengineering
 Linux math software
https://linuxappfinder.com/scientificandengineering/math
Linux games
https://itsfoss.com/free-linux-games/
Books about Linux
https://itsfoss.com/learn-linux-for-free/
Chemistry and LINUX
https://www.linuxlinks.com/chemistry/